The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
PSKLALIQELPDRIQTAVEAAMGMSYQDAPNNVRRDLDNLHACLNKAKLTVSRMVTSLLEKPSVVAYLEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Dual modes of RNA-silencing suppression by Flock House virus protein B2.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
5'-R(*GP*CP*AP*(5BU)P*GP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*(5BU)P*CP*CP*AP*(
|
| molecule tags |
Viral protein/rna
|
| source organism |
Flock house virus
|
| total genus |
24
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-09-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11473 | B2 | RNA binding protein B2 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q4H B; 3O9O A; 3HR0 A; 4GZR B; 3TXS A; 1WA8 A; 2VS0 A; 4I0X A; 1WA8 B; 3FD9 A; 2VRZ A; 4I0X B; 4LWS A; 3FAV A; 4ABM A; 4LWS B; 3FAV B; 3TXQ A; 2AZ0 A; 3G80 A; 3GWK C; 3GVM A; 3ZBH A; 2KG7 A; 3Q4H A; 2AZ2 A; 2DE0 X; 2KG7 B; 3OGI B; 2B9Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KKY A; 3CX5 F; 1BHA A; 4QE7 A; 1YZB A; 2AHZ A; 4WFB V; 2DWE C; 1GN6 A; 3ABT A; 1IVS A; 4G2K A; 3K08 A; 3J7A U; 4X66 B; 4O4I B; 4MTX A; 2VWK A; 5F2V O; 3HKB B; 4PHZ A; 2QTS A; 3SPG A; 5H5N A; 2FYU H; 2AZ2 A; 4X64 B; 4CH4 A; 4NXM B; 2LO1 A; 4FK5 C; 4UCS A; 1KYO F; 1CEZ A; 1SQB H; 4CH3 A; 1FYJ A; 1EN6 A; 2Q69 A; 2EX3 A; 4FIP C; 1N32 O; 3CE2 A; 4TV9 B; 1H8E G; 3ZED A; 4FLV A; 1THZ A; 2Y48 A; 3AG4 B; 3OEE G; 1AI6 A; 1KBH A; 5A9G A; 5LHG A; 5IWA B; 3B8N A; 1RPO A; 5FPO A; 2EIL C; 1W0J G; 1WPB A; 3SGI A; 4MTO A; 4EEQ A; 3BRC A; 4ASU G; 1YJN V; 3E8H A; 3OTF A; 4DR3 O; 2JK5 C; 1N32 B; 4I4T B; 3MD0 A; 3L9D A; 5KHH A; 5CB4 B; 3RYF B; 1AP5 A; 1RP3 B; 3K04 A; 4LC1 A; 4JAS A; 3PN1 A; 4TSF G; 4DV0 B; 1L0L H; 4ZOL A; 1VQ9 V; 1NZ6 A; 1FFX B; 3LSU A; 4IIJ B; 2F43 G; 1V54 C; 5JH7 B; 4D6T H; 2PI4 A; 4DR3 B; 4JV5 O; 1SA0 B; 1Z5W A; 5IY5 C; 3OMN B; 1YVW A; 1SKV A; 1VQ7 V; 2M7W A; 3F7Y C; 3BAB A; 3AK3 A; 3KCY A; 2MK3 A; 1RSO A; 5EIB D; 3CCS V; 1JA8 A; 1P4R A; 3IAY A; 3AG2 C; 2FB5 A; 4TT3 G; 1W59 A; 2BTQ A; 4JV5 B; 4EKW A; 4UVB A; 1AJP A; 1ZX3 A; 1OCZ B; 4UCR A; 2BSK A; 3IJ4 A; 4WFF A; 3TXS A; 2WPD G; 4YXW G; 4GX2 A; 2MW2 B; 5FNV B; 2WA4 A; 1AJQ A; 4LF4 O; 4UB6 Z; 5IYZ B; 3CSX A; 3OR6 C; 2UUA B; 4JTA B; 3C90 A; 1NU1 H; 4DV2 B; 4MS2 A; 1N36 O; 3KZI Z; 4QE9 A; 2P5O A; 3B8M A; 4FM1 A; 1ARO P; 3RYH A; 1JPX A; 3UT5 B; 1SZX A; 2EJR A; 2BTO A; 1Y4M A; 3CC4 V; 1CPY A; 2HVJ C; 1EN5 A; 1S3J A; 3G6B A; 1P7B A; 4DO2 A; 2P7T C; 3KCX A; 3OR7 C; 1BT8 A; 4WBN B; 4GYC B; 3BVO A; 4GCZ A; 4WFH A; 4GKJ B; 3OUF A; 3GB7 C; 5EBW C; 3RWR D; 3OD4 A; 1J95 A; 3TJT A; 5A2Q N; 5LGU A; 3H1J H; 4MSW C; 3QO7 A; 1XHZ A; 1SER A; 4O4J B; 3N2K B; 5KUK A; 5C8Y B; 2HKO A; 5ITZ B; 4J7K A; 1KC8 W; 4O4H B; 3CRM A; 3ZRS A; 3VQX A; 5IYC O; 4PI0 A; 4B08 A; 1JVM A; 1IZ3 A; 1YTF B; 4FPP A; 2GTA A; 2DQ3 A; 4BW9 A; 2F23 A; 3JAK A; 5K1P A; 1QVF U; 4A5U B; 1M4U A; 2W0F C; 1FAF A; 4RQF A; 1R73 A; 2B1G A; 4GT1 A; 5E79 Z; 4HZ3 A; 3K5M A; 3TET A; 4LFA B; 3LNN A; 3E22 A; 1WNS A; 1JMK C; 5EIB C; 1HNW O; 4F6R B; 4WF9 V; 3CP1 A; 1OCC B; 4JF3 A; 3FAV B; 3SJQ C; 4UB8 Z; 4UVC A; 5JQG A; 4DR5 B; 2DE0 X; 1NTK H; 2YIB A; 4FZ0 A; 1L8D A; 1YHQ V; 1VQM V; 1Y76 B; 2UXN A; 3UO2 A; 4BR6 A; 1XNR O; 1HDJ A; 2ATK C; 2LW1 A; 3HPL C; 4P9O A; 4OGQ B; 2N05 A; 1H38 A; 2IJH A; 3LSS A; 2KKW A; 4I0X A; 1TUB A; 1PV0 A; 3N2G A; 3SYQ A; 4EB6 B; 2E5L B; 3CCU V; 2ZIO A; 4GKK B; 2JGD A; 2QDO A; 3G6E V; 3JAW A; 5KMG B; 3L73 H; 3HKD A; 4G27 B; 5KHJ A; 2KB1 A; 2CE4 A; 2EIK C; 4AQY B; 3ZS8 C; 4QJF B; 4O2B B; 2L6L A; 1TVK A; 3ASN C; 4JI2 B; 3ZHR A; 3T1H O; 1I94 B; 5LMU B; 2X0L A; 1VQL V; 3CJH B; 3LNM B; 4NTX A; 3O65 A; 4P30 A; 1K5Q A; 3OM3 B; 4LNU A; 3SR2 C; 3BAA A; 5EBM C; 2ZR3 A; 5LYJ A; 4CS4 A; 5CBH A; 3T1H B; 4W4L A; 3OT7 A; 1HW7 A; 2E3C A; 1Q81 W; 4UV8 A; 3I5D A; 4DV3 O; 3RYC A; 4O2A A; 5BXZ A; 3ABK B; 2VRZ A; 3K0G A; 2DWD C; 4KHP B; 2XTA A; 3CCE V; 1RM1 B; 2B5U A; 2OT5 A; 3EFF K; 3RVY A; 1VQ5 V; 2AXT Z; 3A2F A; 3JAS B; 1NBM G; 4H44 B; 3JYC A; 3JD4 A; 1R6K A; 1N33 O; 2B1I A; 4JAU A; 1H2L A; 3EHB B; 1X4T A; 3U11 A; 2XT9 A; 2YI9 A; 1GTO A; 2Q0O C; 5J2T B; 1BQ0 A; 1Y66 A; 4H13 B; 3BA8 A; 2DOS A; 5KHI A; 3HKC A; 4Q20 A; 4UFZ A; 3TXQ A; 4QGP A; 4Q6G A; 4I9Q A; 4QPK A; 4DW0 A; 2UXB B; 1F4N A; 2UUC O; 2ETN A; 4YJ2 A; 4KFM A; 4X9Q A; 3BPZ A; 1Y67 A; 4RUF A; 2A06 H; 1PL4 A; 1N33 B; 4X8A A; 4RAI A; 3T1Y O; 2O57 A; 2KQX A; 4G28 B; 2XAF A; 5BMV B; 4R7C A; 2XAJ A; 2JIZ G; 2IBZ H; 4X65 O; 5H6Q A; 3WB2 A; 1BZK A; 4TOI A; 1VQN V; 3LDE A; 1G8M A; 1RFY A; 1KP3 A; 2YEV B; 4ZKI A; 3JAT A; 1BQZ A; 5LOV B; 1VMG A; 3JAL A; 2ARH A; 2QM7 A; 1E1R G; 5KLV H; 1DK1 A; 2CH7 B; 1MSD A; 4LF9 O; 4DUZ O; 1JX9 A; 3DC5 A; 1V55 C; 3H1K H; 2R9R B; 1UJW B; 1N8R W; 3OW2 U; 1YIJ V; 4X65 B; 4PDR A; 1R3J C; 1N4C A; 1IBM B; 4YY3 O; 4JZ2 A; 4K3A A; 2DMX A; 1V9P A; 2ITD C; 2XAS A; 1E79 G; 2HR3 A; 3CYO A; 5JJJ B; 3HR0 A; 4ZI7 B; 4GZR B; 3DTU B; 1N0J A; 2QEX V; 2DYR B; 2QWR B; 4LWS B; 3ML0 A; 4DV5 O; 4J7J A; 4LF9 B; 1S5L Z; 4JI3 B; 2QJ1 A; 3B40 A; 1VQ6 V; 1GM8 A; 4KXR A; 1T5E A; 1GKF A; 4YY3 B; 3AG2 B; 1SF9 A; 1EBO A; 4NTW A; 2XHB A; 2H8P C; 2LP7 A; 2EUL A; 1WLE A; 2DYS C; 4DV5 B; 1XMO B; 1QLE C; 3SDL A; 2PF4 E; 4LP8 A; 1KD1 W; 3W7W A; 4QIW F; 3CHX A; 1KUQ A; 1AVM A; 2F1M A; 4WFA V; 2YUA A; 2CDY A; 5IT9 N; 5GTI Z; 2PYJ A; 3VBB A; 1Y74 A; 1BS3 A; 1I7F A; 2CAZ C; 3QO8 A; 4ZHQ A; 2ZE8 A; 4FVM A; 3K58 A; 4X66 O; 1F7Y A; 5B1B B; 2EIM C; 3ZMS A; 2GBO A; 1HR0 B; 1YIT V; 3NR7 A; 4XBF A; 3AEI A; 4X64 O; 2PZS A; 3ETE A; 4DR7 B; 4NXM O; 1QQC A; 2F93 B; 3OGI B; 5KA5 A; 1I0H A; 1OHH G; 1HNZ O; 1Y6X A; 1ZSP A; 4FLU A; 4LCU C; 1Q6U A; 3SYO A; 3ZRV A; 1K73 W; 1K8A W; 4FFK A; 1G6U A; 2QGN A; 1NS1 A; 5CA1 A; 1GM9 A; 5LA6 A; 2R9I A; 5LXT A; 4DV4 O; 3R65 A; 2QM4 A; 5J9P C; 5IWA O; 4UCO A; 4JI0 O; 1SC5 B; 3ABM C; 2CGO A; 1XQ8 A; 3ETG A; 4I55 A; 1AR4 A; 1I08 A; 4FFB A; 3ABL C; 2PI5 A; 4IGG A; 1HNZ B; 3CC7 V; 2A7W A; 3FB7 C; 1PD3 A; 3DXR B; 5AG2 A; 4D7S A; 2RJZ A; 2DN9 A; 1Q82 W; 1EZV H; 1SQX H; 2E74 B; 1QHT A; 1M1K W; 4TUY B; 5CBF A; 4DV4 B; 1XHX A; 4DV0 O; 3AG1 C; 4ZIB A; 4J9Y B; 5IJ0 A; 4JI0 B; 1FXH A; 1WP7 A; 5IYD O; 4PA6 A; 2HP8 A; 1S76 D; 1WA8 A; 3S3X A; 3CME V; 3JD0 A; 4TV9 A; 3CRQ A; 1OCO C; 5LGT A; 1Q6H A; 4I50 A; 2JVD A; 1XMQ O; 2BE3 A; 2X6A A; 1GK9 A; 1R1B A; 1NTZ H; 2VQE B; 4DXW A; 2CTR A; 2W6I G; 2PYL A; 4O4L A; 4TQF A; 1IX9 A; 4JAV A; 2F95 B; 2ZCE A; 1TAE A; 3CXC U; 3J80 N; 4OPA A; 4HBN A; 2OTL V; 5FPR A; 4B3R O; 3B77 A; 2QWN B; 4PA7 A; 4ZOL B; 1QR8 A; 2VQF O; 4NB5 A; 4I4T A; 2IW5 A; 2EIK B; 3RYF A; 2Y69 B; 1JFF B; 1XBL A; 1NJI W; 3ASN B; 1SZT A; 3VQV A; 5LHI A; 1XMQ B; 4YIP A; 1JOY A; 2WAM A; 2QKC A; 1KP2 A; 1FFX A; 4JI6 B; 4IIJ A; 4K35 A; 1PM9 A; 3JSL A; 1KU9 A; 4B3R B; 5B1A C; 2Q68 A; 5KA6 A; 3W7S A; 3WG7 B; 3ZRW A; 1Z2G A; 2E75 B; 2UUA O; 2LJ2 A; 3FB8 C; 2VQF B; 4TWK A; 2EIJ C; 3TK1 A; 3GVM A; 4DV2 O; 4UUJ C; 4GUN A; 2ZDI A; 2BTQ B; 4FLX A; 5K1X A; 4TV8 B; 3HB3 B; 2WLL A; 3F5T A; 3ASO C; 1OCR C; 1DTO A; 5B3S B; 1Q90 D; 3ZJZ A; 3TGU H; 4JAA A; 1VQP V; 1M56 C; 4UVA A; 3THO A; 4Z1V A; 2JRI A; 2EJ7 A; 3H1I H; 4GKJ O; 1VF7 A; 2X6B A; 3WB0 A; 2X7R B; 2JGU A; 3F5W C; 2WLK A; 1K5S A; 3MHH C; 2FL4 A; 4BIU A; 3RYH B; 3SPC A; 2Q0A A; 3IFX A; 4MVO A; 5IYZ A; 3G4S V; 3CXH F; 5LMN O; 1FXK B; 2CGN A; 4LFC B; 2ZXW C; 4X62 B; 3FB5 C; 1MSW D; 1M90 W; 4DRX A; 2HEP A; 2WA3 A; 2QWP B; 1GH6 A; 3UT5 A; 4XDK A; 5BY1 A; 3L75 H; 3LSQ A; 3VQW A; 2HJD A; 5H2F Z; 1XL6 A; 1R3I C; 4DR4 O; 4BIZ A; 4WBN A; 5LMN B; 3I55 V; 5JVD B; 3L74 H; 5GON B; 1BE3 H; 1EFR G; 4PV1 B; 4LFA O; 1LNQ A; 3Q4H B; 4JGS A; 4K8Z A; 1DF4 A; 3OFN G; 2JJ2 G; 1EZJ A; 1BMF G; 3K79 A; 3W7T A; 1SQV H; 2Q67 A; 4MVR A; 1SRY A; 4IHJ A; 2ZM6 B; 1GN2 A; 1MZF A; 4O4J A; 1S72 V; 4NKG B; 4JPR A; 1IXB A; 1Q8I A; 1MNG A; 1PKX A; 5ITZ A; 2YI8 A; 2OTJ V; 2QM8 A; 5KAI Z; 3K3W A; 4FJC C; 4DR4 B; 4DR5 O; 1D5A A; 1K3E A; 3D8C A; 5D5P A; 4LH6 A; 5DEC A; 4LF6 B; 4HNA B; 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3CS5 A; 3FYE B; 1UPG A; 4W4K A; 3RYI B; 3RYC B; 4O2A B; 1IXM A; 2DQ0 A; 1ZL8 B; 3RGB A; 2EZP A; 1SQQ H; 3E8G A; 4DUY O; 1D2D A; 3CC2 V; 4NYK A; 1OCZ C; 3UM7 A; 3ZMZ A; 1ZWI C; 3QVN A; 2UXB O; 4NTY A; 1NR1 A; 1NH2 D; 4H37 A; 2Y0I A; 4BW5 A; 2DJV A; 1R6T A; 3FB6 C; 1FKA O; 1HNX O; 3RVZ A; 2ZQM A; 5LBQ A; 1OV9 A; 4DUY B; 5KAF Z; 1K33 A; 4U3F H; 4BWA A; 5EYP B; 4YJ2 B; 1K9M W; 5EC1 C; 2QE7 G; 1Q86 W; 1Q6I A; 3AG1 B; 3RFR A; 2XAG A; 2EIL B; 4WFE A; 1IBM O; 5CMU A; 1HNX B; 3LUT B; 4B3S B; 1AI4 A; 1OCO B; 2KG7 A; 4JZG A; 5CA0 A; 2PGG A; 4CC5 A; 4CS2 A; 4N23 A; 3RW0 A; 5L3G A; 1CXZ B; 3JAT B; 1PNK A; 4B7K A; 3E86 A; 2XND G; 5HFL A; 5LL6 Y; 5B66 Z; 3M7M X; 1B6Q A; 1J5E B; 2H94 A; 3J81 N; 1GM7 A; 5JJN B; 1EN4 A; 4LF8 O; 4JI3 O; 3ZHQ A; 2QA4 V; 5KX5 B; 3S3W A; 1V54 B; 3HKE A; 1BSM A; 1O9H A; 4MVM A; 4PJ0 Z; 5IJ9 B; 4X1K A; 3ZMU A; 1BHB A; 2NR5 A; 2ZNJ A; 1NTM H; 2ZR2 A; 5IY5 B; 2CH7 A; 1WB7 A; 1TA8 A; 2Y4T A; 1ORQ C; 5EZY B; 5FLX N; 1HP8 A; 4ABM A; 4OX9 O; 2IJI A; 5L3F A; 3BCC H; 2GSM B; 4IYI A; 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