The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
MDPNTVSSFQVDCFLWHVRKRVADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATRAGKQIVERILK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for dsRNA recognition by NS1 protein of influenza A virus
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| total genus |
30
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXB O; 5IT9 N; 2VQE O; 2Z0A A; 4DUZ O; 3T1Y O; 4X65 O; 2UXD O; 4B3T O; 4AQY O; 4JI7 O; 2JRI A; 2UUA O; 4DR4 O; 4JI8 O; 1HNW O; 4YHH O; 2UXC O; 5FLX N; 2DJV A; 4JI3 O; 1HR0 O; 4YY3 O; 3F5T A; 1N36 O; 2ZKO A; 2ZM6 O; 1XEQ A; 3M8A A; 1FJG O; 3T1H O; 5H5N A; 1XMO O; 3OTO O; 4DR5 O; 3RT3 C; 1R6T A; 4DR3 O; 2LW7 A; 1IBL O; 4X66 O; 4LFC O; 1KUQ A; 4JI5 O; 4JI1 O; 1XNR O; 4LFA O; 2F4V O; 4DR1 O; 3J7A U; 5LMN O; 1YZB A; 4OPA A; 5BXZ A; 4DV0 O; 4DV6 O; 4LF9 O; 1AIL A; 1D2D A; 1NS1 A; 4JI6 O; 4GKJ O; 3R66 A; 4X64 O; 3J80 N; 2UU9 O; 2HHH O; 4GKK O; 4DR2 O; 5BY1 A; 2N74 A; 4A5U B; 4X62 O; 4DV2 O; 4JI4 O; 3J81 N; 3O65 A; 1N33 O; 2E5L O; 4DV3 O; 4LF5 O; 1N32 O; 4B3S O; 4KHP O; 3JAM N; 4DUY O; 4B3M O; 4LF7 O; 1I94 O; 1HNZ O; 2UUC O; 1F7Y A; 4LF8 O; 4NXM O; 4B3R O; 1HNX O; 4OPH A; 1IBK O; 1R1B A; 2DOS A; 1X59 A; 4DV1 O; 1IBM O; 4LF6 O; 4LFB O; 2VQF O; 1DK1 A; 4DV7 O; 4JV5 O; 1XMQ O; 1AB3 A; 2UUB O; 1A32 A; 3SDL A; 5IWA O; 4DR7 O; 4K0K O; 1J5E O; 4OX9 O; 4DV5 O; 4JI0 O; 4JYA O; 5LL6 Y; 4JI2 O; 1N34 O; 4DV4 O; 4DR6 O; 5LMU O; 5BR8 O; 2AGA A; 4NXN O; 5A2Q N; 1XNQ O; 1FKA O; 1G1X B; 2FKX A; 4LF4 O; 1FYJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EN6 A; 4PHZ A; 1CP9 A; 5JVD A; 3CRR A; 3QG5 A; 2RQ6 A; 1IUR A; 2Q68 A; 4IGG A; 1MSW D; 4X88 A; 1RSO A; 4YJ3 A; 5K1P A; 4MS2 A; 4JI3 O; 2E74 B; 3F5T A; 1GK9 A; 5KX5 A; 4JYA B; 1FXV A; 3ETD A; 5L3E A; 1G8M A; 1XUQ A; 4DRX B; 3HKE A; 4K8Z A; 4DR6 B; 1VQ7 V; 1KU9 A; 1R6T A; 1SS3 A; 3FAV A; 2F1M A; 3AG2 B; 4LWS A; 1QLE C; 4TV8 A; 3SYO A; 5JWP A; 4H0L B; 4GCZ A; 4BAY A; 3C90 A; 3IFX A; 4JAS A; 2IU0 A; 2BSK A; 3RW0 A; 2UXC B; 5JCO A; 3CCJ V; 1H2L A; 5LOV B; 5IYC O; 5LP6 A; 3ZHV A; 5J2T B; 4ABM A; 1N4C A; 4RWU A; 2CE4 A; 1MZE A; 3BY6 A; 3T1H B; 1TA8 A; 3J81 N; 1ZSP A; 3RBZ A; 1K34 A; 5HFM A; 3LDE A; 3CX5 F; 4Q6G A; 3JD3 A; 5EZY B; 4U3J B; 2HLD G; 1YJ9 V; 4DR1 B; 1Q81 W; 3A2F A; 2WA3 A; 2OTL V; 3RGB A; 4GYC B; 4IIJ B; 4WFB V; 4WFE A; 4JYC A; 2ZNI A; 2IJI A; 4F6E A; 1IBK O; 1R1B A; 3B09 A; 1X59 A; 3CMA V; 1YXB A; 2VQF O; 3C3T A; 3SDL A; 4DR2 B; 1R6N A; 1YIJ V; 2XAJ A; 2NLJ C; 4TWK A; 3JAR B; 4NKG B; 1OCC B; 5B1B B; 4I50 A; 1H2M A; 2PUS A; 1BQ0 A; 1XDC A; 3VQY A; 2QSA A; 2UUC B; 3S3X A; 1QQC A; 4JZG A; 3DC5 A; 1XHZ A; 4JTC B; 4XDK A; 3ZRW A; 4U3F H; 1CXZ B; 2H3O A; 2XND G; 3KCX A; 5EC1 C; 4O2B A; 2JGD A; 1OCO B; 3CRC A; 5D5P A; 5JQG B; 3HB3 B; 4K0K B; 3A0R A; 3OW2 U; 3AG1 B; 4FLU A; 1N36 O; 3DTU B; 2YDE A; 1FJG O; 4DYL A; 4WBN A; 5H6R A; 4O4L B; 1FFX A; 1JA8 A; 2HJF C; 1I5Y A; 4MVM A; 1RFY A; 5BZB A; 5GON B; 5BXZ A; 4DUZ B; 3E89 A; 1AI7 A; 1P84 F; 5CB4 A; 1Z5V A; 3RYC A; 1ENV A; 1BE3 H; 4Q20 A; 1ZUQ A; 4DW1 A; 1SZX A; 1BS3 A; 1O9G A; 4X62 O; 2V1D A; 2D3O W; 2GUZ B; 3HKD B; 4KP4 A; 1XL6 A; 4IYH A; 1YCI A; 1EZV H; 3K0D A; 2YUA A; 1I94 O; 1F7Y A; 4DV6 B; 2ZXW C; 4YJ2 B; 3FYE B; 2DMX A; 5L3G A; 2PY5 A; 4N23 A; 2DE0 X; 1IZ3 A; 1KMI Z; 3SPI A; 3H1H H; 4FM2 A; 4DV7 O; 1S5L Z; 4HBN A; 2V4D A; 2D2C B; 2CGO A; 4MTO A; 4CH6 A; 3CWB H; 4DV3 B; 4RUF A; 2EIJ C; 4KHP B; 1KKD A; 1OCR B; 4B3M B; 3FFQ A; 3K5N A; 1TAE A; 2GHY A; 2WLI A; 3E8H A; 3TCU A; 1K97 A; 1D5N A; 2X6B A; 1NI8 A; 3FB5 C; 4E4E A; 5J2T A; 2WLK A; 1VIB A; 1NH2 D; 1GAX A; 1JR9 A; 4J7K A; 3AK2 A; 4JV5 B; 3FKS G; 1H38 A; 4UXN A; 1SQX H; 2ZR2 A; 2ITC C; 1H8E G; 3WB2 A; 4WFA V; 5EZY A; 4DV5 B; 2IBZ H; 2AW9 A; 1F23 A; 5IE9 A; 5LMU B; 5BR8 B; 1Q90 D; 1FS0 G; 1JCH A; 3EFF K; 4IIJ A; 2CTQ A; 2W0F C; 2X6C A; 1K5Q A; 3LNN A; 4LF4 B; 3APQ A; 4OPA A; 1SQG A; 1S72 V; 5B1O A; 2GTA A; 1NR7 A; 1PL0 A; 4I4T B; 3W7W A; 3SPG A; 1Y74 B; 3JAR A; 1WP7 A; 3E35 A; 4JI3 B; 4A5U B; 3RYF B; 4DK1 A; 3F7V C; 2DWD C; 3LSS A; 2RDC A; 1DF5 A; 1QLN A; 4MVO A; 3ZMS A; 2ODM A; 3OT7 A; 5EIB C; 1VP7 A; 1UFI A; 4FFB B; 2LJ2 A; 4B7E A; 1GN2 A; 1R3L C; 1SZT A; 2CTW A; 4LF8 O; 3KZI Z; 3CRA A; 2QWO B; 3KKY A; 3LSQ A; 4WFF A; 3ZN0 A; 1VQM V; 4BIZ A; 5EBL C; 4O4L A; 1VMG A; 4HYO A; 4QGP A; 3N2K B; 4OX9 O; 4JI0 O; 4EB6 B; 2CH7 B; 4HAM A; 2DYR B; 4D6T H; 1N34 O; 4WCE V; 2MK3 A; 4JTD B; 2XT9 A; 2Y69 C; 4PD4 F; 4NXN O; 5DN6 G; 1GMG A; 1SA0 B; 2QKC A; 4LBE C; 4RQE A; 2XAQ A; 2IH1 C; 2LFR A; 1IBK B; 1M9N A; 1WP8 A; 4GT1 A; 2VQF B; 3PJS K; 4KXR A; 2GUZ A; 2JIZ G; 3K08 A; 3B2E E; 5LXT B; 1XQ8 A; 2YI9 A; 2HP8 A; 2NN4 A; 3OAA G; 4YJ2 A; 3QO8 A; 1GM8 A; 4JI1 O; 1E1Q G; 3P30 A; 5B66 Z; 3ETG A; 1MMM A; 5KHG A; 4JI6 O; 1VEW A; 2YXY A; 1V9P A; 5BMV B; 5CMU A; 4ZI7 A; 2HHH O; 2QDO A; 4JAA A; 3D36 C; 2DN9 A; 1N36 B; 5GW7 A; 3E22 B; 1FJG B; 1QNM A; 5LA6 B; 3G6E V; 1VQ9 V; 3K04 A; 2E5L O; 1PP9 H; 4JTA B; 1CEZ A; 2HR3 A; 3FX7 A; 4J10 A; 1BZK A; 1JQ0 A; 2YIA A; 3AG4 B; 2QA4 V; 3JAM N; 1DGS A; 2YXL A; 3OGI B; 1SET A; 3OD4 A; 1R6K A; 1AJP A; 4BWA A; 3EHB B; 1H2K A; 2JDI G; 1M93 A; 1L0L H; 2YIB D; 3A0B Z; 4U7N A; 1TUE B; 4D7T A; 4X62 B; 1SQB H; 4LCU C; 3AG3 C; 3ASO C; 3HKB B; 5A2Q N; 2QTS A; 3E86 A; 1W0J G; 2WLN A; 1I94 B; 2XUM A; 1FYJ A; 4I4T A; 2UXB O; 5GTH Z; 4MVS A; 2C2A A; 5EYP B; 1KC8 W; 2G38 A; 3W7T A; 1QVF U; 3RYF A; 4TV9 B; 4X1Y B; 4X65 B; 4DV7 B; 4YHH O; 1VF5 B; 3ETE A; 1AP5 A; 2DYS B; 4FFB A; 2O57 A; 4LNU B; 2RMK B; 1NVP B; 2PZS A; 1GTO A; 4JF3 A; 2R9R B; 1IBL O; 1L8D A; 4GX0 A; 2QKS A; 2Q7E A; 1F4N A; 3BAA A; 3F5W C; 4PI0 A; 3TXS A; 3JAS A; 1Q8I A; 1D2D A; 4WFG A; 2GDS A; 4L8J A; 3UT5 B; 5IJ0 A; 4Z1V A; 3ABU A; 1QLE B; 4EB6 A; 4NR1 A; 2EIK C; 2CH7 A; 5B1N A; 5BY1 A; 2N74 A; 5IYB O; 3G71 V; 2R72 A; 1Q6H A; 4R50 A; 4K35 A; 4AHC A; 1SA0 A; 3B77 A; 1NH2 B; 2LGW A; 1JFF B; 4FM0 A; 3K9S A; 3LSU A; 3GVM A; 4X89 A; 5CBF A; 3G4S V; 3H1J H; 5D5Q A; 5LXT A; 1T5E A; 3E8G A; 4LF6 O; 1GN4 A; 3K03 A; 1V54 C; 2HFE C; 2A7W A; 1XMQ O; 5CBH A; 1Q3E A; 4JYB A; 2YSU B; 1XRE A; 3SPH A; 5J2U B; 1BMF G; 5ITZ B; 3RFR A; 1R73 A; 4DV4 O; 2XTA A; 3QO7 A; 2V7Q G; 3STL C; 3OFN G; 5BMV A; 4LF8 B; 1B3Q A; 1HWY A; 2Z0A A; 1Q6U A; 3G80 A; 2OYQ A; 3OMN B; 3P32 A; 2YC0 A; 3K79 A; 3DC6 A; 4Z2W A; 1L0N H; 2JS3 A; 3K06 A; 5LA6 A; 2QEX V; 2VWJ A; 1S0V A; 4UCT A; 1ZL8 B; 4OX9 B; 2IU3 A; 2XAH A; 4JI0 B; 2RCV A; 5FNV B; 4PDV A; 1N34 B; 4QIW F; 2ZIN A; 4DR5 O; 2IJH A; 2ADP A; 4NXN B; 4O4I A; 1PV0 A; 1KUQ A; 4CH3 A; 1TUB A; 2F4V O; 4X20 B; 1Q82 W; 4ZHQ B; 1G6U A; 3H1I H; 3GWO A; 3RYH B; 3OUF A; 1AI6 A; 5CN0 A; 2M7W A; 1K7D A; 4X1K B; 3LDD A; 4O4J A; 2AHZ A; 3U0Z A; 1JOY A; 1QU7 A; 3BRC A; 3HKB A; 2W6I G; 1AI5 A; 3Q4H B; 1YI2 V; 4B3S O; 4J41 A; 5L3C A; 3RVY A; 4JI1 B; 2H8P C; 4TV9 A; 1ARO P; 2ZE6 A; 2VS0 A; 4X1Y A; 1YJN V; 4NTY A; 3IC9 A; 2X0L A; 4R8C A; 4KFM A; 1M56 C; 1NU1 H; 3ZHS A; 4JI6 B; 5TIS Z; 3JAL B; 4OPH A; 4LNU A; 2HHH B; 2UUB O; 1Z5W A; 2OIE A; 1NJI W; 2ZXW B; 2DW4 A; 2PYL A; 2K9P A; 4O4H A; 4BIU A; 1GKF A; 1KEC A; 2QWP B; 2E5L B; 4NTW A; 4MTX A; 3HKC A; 2RN9 A; 2OWO A; 5KHI A; 2QWR B; 5FL7 G; 3UT5 A; 1IDS A; 1VQK V; 2VQE O; 2YID A; 4U7O A; 5LGU A; 2EIJ B; 4UB8 Z; 4YXW G; 2EIM B; 3BHP A; 3UCS C; 1HNW O; 3H1L H; 1YSC A; 1SQF A; 4FK5 C; 5FLX N; 1GN3 A; 1JFF A; 1W59 A; 2QM8 A; 1HR0 O; 3BFR A; 1Y76 B; 1Q86 W; 4UCU A; 1WPB A; 4FLZ A; 3OR6 C; 3ZJZ A; 4P9O A; 2Z3Y A; 1K3E A; 4ZKI A; 3ZBH A; 2PGG A; 2Q8V A; 4BW5 A; 4JAV A; 3FD9 A; 3ZMU A; 4LFA O; 3A8T A; 2UXB B; 2Q67 A; 4DV0 O; 3KG2 A; 1PKX A; 3NR7 A; 2Y0P A; 4PV1 B; 1Q7Y W; 4ZIB A; 3IJ4 A; 1YF2 A; 3ZX6 A; 3ICX A; 4YHH B; 3ZHT A; 4DXW A; 5B3S C; 5J2U A; 5ITZ A; 4PA3 A; 5LYJ B; 3ZHQ A; 4BW9 A; 4DV2 O; 4JI4 O; 4UVC A; 1N33 O; 3L71 H; 1IBL B; 1GM9 A; 1VF6 C; 4DUY O; 4LF7 O; 1XL4 A; 5EC2 C; 1IXB A; 5B5E Z; 4N21 A; 1SES A; 1ZL8 A; 4LFB O; 1V55 C; 5KMG B; 4D7S A; 1DK1 A; 5FNV A; 3ABK C; 1AR1 B; 4CS3 A; 3CSX A; 2ZD9 A; 3T2M A; 1Z2G A; 3BPZ A; 3A0H Z; 1M90 W; 1P7G A; 4X20 A; 2YS8 A; 2F93 B; 2CGN A; 4ZHQ A; 4MT8 A; 1AR4 A; 1K4C C; 3RYH A; 1VAR A; 3F7Y C; 1HDJ A; 2ETN A; 4I9Q A; 4X65 O; 2F95 B; 2FML A; 3UKM A; 2E76 B; 4DRX A; 2WPD G; 4X1K A; 4LF6 B; 3BAB A; 4DR4 O; 2Y69 B; 3WB1 A; 2F66 C; 4UCS A; 2EZO A; 1XMQ B; 3FB6 C; 5LGN A; 2LQT A; 3Q4H A; 3OE7 G; 3CCQ V; 2LFS A; 4LR3 A; 4AI8 A; 2ZKO A; 1XI1 A; 2EIM C; 2VRZ A; 4DV4 B; 3OTO O; 3B40 A; 3RT3 C; 2LW7 A; 2XOK G; 4IYI A; 1PD3 A; 5LOV A; 3JAL A; 3CS5 A; 5LMN O; 2VWK A; 1SQP H; 5H6Q A; 1QVG U; 1NS1 A; 4EFE A; 1HW7 A; 4TT3 G; 4GKJ O; 3G6B A; 1UJW B; 4X1I B; 2ZE8 A; 2RJZ A; 2P5O A; 1LUW A; 4U3J A; 4OGQ B; 1K4D C; 1NQT A; 1D5A A; 1KB9 F; 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2EIK B; 4FM1 A; 1I5X A; 1EZJ A; 4LFA B; 4FZ1 A; 1OV9 A; 5LBQ A; 3L74 H; 3FB8 C; 4DV0 B; 2N04 A; 4J9Z B; 2JVD A; 2QM4 A; 1RP3 B; 5KHK A; 1IX9 A; 1YJW V; 2N05 A; 4EEQ A; 1IBM O; 1H2S B; 5IJ9 B; 1W0K G; 2CTR A; 2GV9 A; 1J5E O; 1AVM A; 4DV2 B; 3O9O A; 5KAI Z; 4JI4 B; 4HNA B; 3SPC A; 1ORQ C; 3K9A A; 2OCH A; 1N33 B; 1MSD A; 1V54 B; 2WLL B; 4DUY B; 4LF7 B; 4IL6 Z; 3SJC C; 1AI4 A; 3JD0 A; 4P2Z A; 4X1I A; 5B1A B; 4QE7 A; 3ABT A; 3OUS A; 4B3T O; 4WFH A; 4AQY O; 4XDJ A; 4LFB B; 1VQ5 V; 2P4K A; 1ZX3 A; 1MZF A; 4PDL A; 2R9I A; 4HZ3 A; 3CCR V; 2BTQ A; 2BE3 A; 3D36 A; 3OM3 B; 4MTF A; 1SER A; 1Y67 A; 3K5O A; 4TUY B; 3T4D A; 2PF4 E; 3ZMZ A; 4DR3 O; 1WLE A; 1Y74 A; 2FB5 A; 3N27 A; 5GTI Z; 1RM1 C; 2X6A A; 1H2N A; 1XNR O; 3SYA A; 4CS2 A; 4UV8 A; 1U97 A; 2M6Y A; 4LH7 A; 5KX5 B; 4LF9 O; 5DEC A; 4NTX A; 2KG7 B; 4DR4 B; 3R66 A; 3UQ8 A; 3K5L A; 3J80 N; 3JAT B; 3JYC A; 4ASU G; 2FYU H; 5CA1 A; 4UCR A; 1K9M W; 1KQS U; 1KD1 W; 1PNM A; 2QJ1 A; 3L70 H; 5KUK A; 2YEV B; 1NZ6 A; 1Y4M A; 3STZ C; 3TK1 A; 1XIL A; 2FTK A; 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