The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
DLFSTMEQHASYGVGRQMGEQLAANSFEGIDIPAVQAGLADAFAGKESAVSMEELQVAFTEISRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of N-domain of FKBP22 from Shewanella sp. SIB1: dimer dissociation by disruption of Val-Leu knot
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
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| molecule tags |
Chaperone
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| source organism |
Shewanella
|
| total genus |
17
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2011-06-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q6H A; 1Q6I A; 1FD9 A; 1Q6U A; 3B09 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XAH A; 4JI6 B; 4N23 A; 1VMG A; 5GW7 A; 1RSO B; 4UVB A; 1E1Q G; 1QR8 A; 3IGA C; 4PA4 A; 3RYF A; 1YZB A; 2H3O A; 4R50 A; 4MTG A; 3CJH B; 3CHX A; 4FM0 A; 1NH2 D; 1KKC A; 4DRX B; 4NB5 A; 4LF9 O; 4LFA O; 2P4K A; 4QJF B; 2WLJ A; 3SJQ C; 1WN7 A; 2HVJ C; 3APQ A; 4U7N A; 4U3J A; 3RYC B; 4UV9 A; 1YIT V; 4Z1M G; 2Q67 A; 2ZIM A; 4NXN O; 4X1I A; 2HVK C; 1JCH A; 4DUY O; 4CBC A; 3SYA A; 3G4S V; 2ZXW B; 2B1G A; 4GZR B; 5JJJ B; 2RDC A; 3H01 A; 2AHZ A; 3JSL A; 3K08 A; 4JI2 O; 2Q7G A; 1G1X B; 2X6B A; 3CCM V; 5JJE B; 4E2L A; 3K3W A; 2CTQ A; 2EIM C; 1YJW V; 3AK2 A; 4PEL A; 3K0D A; 5LHI A; 5EZY B; 2UUC O; 5KMG B; 4FZ0 A; 4X62 O; 3ZRW B; 4O4I B; 4LWS A; 5TIS Z; 1BCC H; 3BFR A; 3J81 N; 3JCU Z; 3K04 A; 1AP5 A; 4XBF A; 1ZX3 A; 1SRY A; 4JI3 B; 2BE3 A; 2QM7 A; 3JCZ A; 4OX9 O; 4TQF A; 3JD2 A; 1GN6 A; 3GWK C; 2ETN A; 2OTL V; 4X1K B; 3TXS A; 1KQS U; 4Q6G A; 2UUB B; 2E3C A; 1QNM A; 4JYY A; 2AZ2 A; 1OCO C; 2AHY A; 1GTO A; 5CA1 B; 2UXD O; 3CB2 A; 2LO1 A; 3B2E E; 2F1M A; 4JI1 O; 1F4N A; 2CAZ C; 5BR8 B; 3KCY A; 2JS5 A; 5LMU O; 1HDJ A; 1WA8 B; 2WLM A; 3DXR A; 3K59 A; 2ZNI A; 5FPR A; 4B3T O; 1JPX A; 3MHH C; 2ZIO A; 5FPO A; 3HKB A; 5LXT B; 4DV3 B; 1GMG A; 4X20 B; 3BEH A; 2EJ7 A; 3JYC A; 3HKE B; 1M4U A; 4I5S A; 1PM9 A; 1I5X A; 4UFZ A; 1AJN A; 3T1C A; 1N32 O; 1VF6 A; 3E22 A; 1HR0 O; 2A79 B; 2B5U A; 1YI2 V; 4FLT A; 3CSX A; 2MK3 A; 1S76 D; 4FLW A; 3VQW A; 4XDJ A; 1YDX A; 1JQ0 A; 4YXW G; 4O4J A; 2Z5U A; 4JYA B; 3Q4H B; 1F4M A; 1XEQ A; 3ZBH A; 2WLL A; 1MSW D; 1Y76 B; 1YHQ V; 3ETD A; 1H8E G; 2P67 A; 3AEI A; 5LGU A; 2IW5 A; 2JRI A; 1PL4 A; 3WB0 A; 1AR4 A; 4IHJ A; 5AG2 A; 3ZN0 A; 5BMV A; 5LP6 C; 2IU0 A; 1US6 A; 1VAR A; 5H2F Z; 3QTC A; 1IBL B; 1S77 D; 1DF5 A; 4MVZ A; 2Y48 A; 5EK0 A; 4JZ2 A; 2XHB A; 4G2K A; 4KP4 A; 4O4H A; 1FJG O; 4J7Z A; 1ZUQ A; 2ZDI C; 3SJB C; 3RYH A; 1M93 A; 2Q68 A; 2E5L B; 2ATK C; 1VQ9 V; 2AW9 A; 3RYF B; 1S0V A; 5J2U A; 4RUF A; 3ZCC A; 3CP1 A; 1AR5 A; 5JWP A; 2CH7 A; 3K5N A; 4CZZ A; 4R7C A; 4CH5 A; 1XI1 A; 3ASO C; 4X64 B; 3QVN A; 2WSS G; 3LSQ A; 2N74 A; 2FML A; 4LFC B; 3S3X A; 2OT5 A; 1XNR B; 2UXC O; 1ENV A; 4U3J B; 1O9H A; 1D5A A; 1N4C A; 3ABK C; 1AVM A; 3LNN A; 1XUQ A; 3ABL C; 1MZE A; 1LR1 A; 2Q8V A; 1SQQ H; 4I9Q A; 1IX9 A; 4X1I B; 2JS3 A; 2JVD A; 2FB5 A; 1RM1 C; 2R70 A; 1YIJ V; 3L75 H; 1CPY A; 1NKD A; 1K5Q A; 4LF4 B; 4DR1 O; 2LW7 A; 5LA6 A; 1SQX H; 1H2M A; 1AIL A; 4PDR A; 4TV9 B; 5CN0 A; 1CXZ B; 3ZRS A; 3C90 A; 2UU9 O; 3U0Z A; 1SKV A; 3IC7 A; 4TUY A; 5DM6 V; 1N33 B; 2ADP A; 1AP6 A; 2W0F C; 2IH3 C; 1AB3 A; 1V55 C; 1P49 A; 4X8A A; 4JI5 B; 4LWS B; 3RVY A; 2RN9 A; 5IT9 N; 1M9N A; 4DR6 B; 2C2A A; 3RVZ A; 2EIL B; 4X65 B; 1B04 A; 1R3I C; 3ICX A; 1BZK A; 1FXK A; 3B4S A; 5B1A B; 3BRC A; 3L73 H; 2QGN A; 5LBQ A; 3VQY A; 4HYO A; 3ASN C; 4P30 A; 4DR3 O; 4RUE A; 3HKC A; 3UT5 B; 4NXM B; 5LOV A; 3F7V C; 2QM4 A; 3I55 V; 1NZ6 A; 1K73 W; 1Q8I A; 2EX3 A; 2EIJ C; 3B09 A; 2OTJ V; 1K9M W; 4J9Y B; 3CPW U; 2ZQM A; 2HHH B; 1JOY A; 1BGY H; 3DXR B; 3SJA C; 2AZ0 A; 2RJZ A; 3SPH A; 5IWA O; 4DR2 B; 2QE7 G; 3HKB B; 1NU1 H; 2DYR B; 2VQF B; 4B08 A; 3T1Y O; 1XMO O; 3JAM N; 5EIB D; 2KQX A; 1YEW A; 4QE7 A; 3H1J H; 3BHP A; 2Q7E A; 1U97 A; 4JI4 B; 3E22 B; 4NVP A; 5CA3 A; 5LL6 Y; 3N2K B; 4J41 A; 3B8N A; 4IYI A; 2L6L A; 1H2N A; 1VQK V; 4DV2 B; 2HFE C; 3SYQ A; 1I08 A; 5CBH A; 1SA0 A; 2XAF A; 4O4J B; 2XTA A; 4J42 A; 1JJ2 U; 1K3E A; 5B1B B; 2WLI A; 2WLL B; 3K58 A; 3E83 A; 1Y6X A; 4BIO A; 3RBZ A; 1VQ6 V; 3L74 H; 3TGU H; 4W4K A; 2F66 C; 1BQ0 A; 2AXT Z; 4DR7 B; 4IHJ B; 2XUM A; 1GK9 A; 5BMV B; 1AI4 A; 1T5E A; 1FYJ A; 5B5E Z; 1V54 C; 1B3Q A; 3CJH A; 5KLV H; 1K4C C; 4W4L A; 4MVQ A; 1HNZ O; 1S3J A; 2DMX A; 4O4H B; 5L3B A; 2A7W A; 2WAM A; 3K5O A; 3JAK A; 3T1H B; 1G8M A; 3RYH B; 1SQF A; 4JTA B; 4BIZ A; 2KKW A; 1AI7 A; 5KHJ A; 5J2U B; 3HR0 A; 4KXR A; 2QKC A; 2P6J A; 3OMA B; 5JH7 A; 2CH7 B; 4P2Z A; 3FD9 A; 1MNG A; 4FVM A; 1WNS A; 5EC2 C; 1XRE A; 3CE2 A; 3ZED A; 2A9H A; 1F51 A; 2JJ1 G; 2EIN B; 3VQX A; 2RQ6 A; 4B3M B; 2QKA A; 2YS8 A; 1URF A; 5H6Q A; 2DQ3 A; 4B3T B; 4DYL A; 4JI0 B; 5HFM A; 4FPP A; 3F7Y C; 2QA4 V; 2CK3 G; 2R9A A; 3DGE A; 3OR6 C; 3X2Q B; 4G27 B; 3JD1 A; 2VQE O; 5LA6 B; 1MAB G; 3GVM A; 2NN4 A; 2CTW A; 3SPI A; 5EYP A; 1RP3 B; 3G6B A; 1Q6U A; 1ZL8 A; 2Q9L A; 3STL C; 4TUY B; 1TUE B; 2ITD C; 3OGC C; 2CDY A; 1JMK C; 4FK5 C; 4O2A A; 4X88 A; 3N2G A; 4JI8 O; 4QPK A; 3JD0 A; 1VF6 C; 1BT8 A; 4K0K O; 1VF7 A; 4UB6 Z; 4F4L A; 2A3Q A; 3ABU A; 3K06 A; 1FXK B; 2O57 A; 3E86 A; 2VS0 A; 1H2S B; 1OCC C; 4GKK O; 1QR9 A; 4IGG A; 4AHC A; 1R1B A; 2IJH A; 3HKC B; 4RQF A; 4TSF G; 5FLX N; 3CME V; 3D3I A; 1J5E O; 4H33 A; 5D5P A; 5LOV B; 3ABM C; 5IJ9 A; 4H44 B; 1PP9 H; 5LMN B; 2PGG A; 3QNE A; 4K8X A; 1D5N A; 3K9S A; 2ZNJ A; 3FKS G; 3TK1 A; 3AG3 B; 1I94 O; 2DWD C; 4HBN A; 3ZRX A; 3K57 A; 1PNK A; 1NJI W; 2LW1 A; 3L72 H; 1RPR A; 5E79 Z; 4MVR A; 1AI6 A; 1SC5 B; 2UXB O; 3CYO A; 2XT9 A; 3UO2 A; 3WG7 C; 1K34 A; 1SES A; 2V1D A; 3OW2 U; 4FLV A; 3BAB A; 4KHP B; 4B3R O; 2WA3 A; 2PI4 A; 2B9Z A; 5CMU A; 2GHY A; 1GAX A; 2IH1 C; 3KG2 A; 3FB5 C; 2KB1 A; 1KUQ A; 1M56 B; 1WPB A; 2ZCE A; 3JAT A; 4YIO A; 3CC2 V; 1SA0 B; 1G4Y B; 4RWU A; 4E4E A; 2UUA O; 2WLI B; 2EIN C; 1HNW B; 2WLN A; 2Q69 A; 5IJ0 A; 3JSN A; 2NLJ C; 4CH4 A; 2QJ1 A; 2QTS A; 2GDS A; 5J9P C; 3FB8 C; 4TV8 A; 4LC1 A; 4LF8 O; 4UV8 A; 2ZIN A; 4MW8 A; 2F4V O; 3L9D A; 1QLE B; 3ZHV A; 2VWJ A; 1H38 A; 5CBG A; 1FXH A; 1N34 O; 1DF4 A; 4JF3 A; 1COW G; 1M57 C; 4DV0 O; 1VP7 A; 2CE4 A; 3LDD A; 4FM2 A; 2B1I A; 1VQP V; 1FAF A; 3JAK B; 1HNX B; 2JEX A; 4PV1 B; 1IBK O; 2H8P C; 4I50 A; 2GV9 A; 4JPR A; 1K33 A; 2Y4U A; 3UCS C; 4GKJ B; 1FKA O; 1Q6H A; 3W7U A; 1Q5O A; 2EIK B; 5JH7 B; 3RYI A; 1FD9 A; 3AG2 B; 2Q7H A; 1N36 B; 3M99 B; 5FNV A; 4TV9 A; 2R9I A; 2YXY A; 4D7S A; 4LFB B; 2CGO A; 4J7K A; 1NR7 A; 2RMK B; 3ZMV A; 1NTZ H; 1Q7Y W; 4JAS A; 1OV9 A; 4DR4 O; 3I5D A; 2ZM6 B; 4JI7 B; 4NTW A; 4LF7 B; 3AG4 C; 3K5M A; 3AK3 A; 2FTK A; 4QNH B; 3OR7 C; 4ZOL B; 1XL4 A; 1CEZ A; 3WU2 Z; 1J95 A; 4I7Z B; 1XQ8 A; 3E8G A; 5EYP B; 1JR9 A; 4B3S O; 3OT7 A; 1L1F A; 1ZL8 B; 2G38 A; 4X89 A; 4BR6 A; 5B3S B; 5H6R A; 1A32 A; 4DV4 O; 4O2A B; 3N2G B; 5C8Y A; 3A0B Z; 2ZR2 A; 3UT5 A; 5JCO C; 5KX5 A; 3KCX A; 3A0H Z; 1QBZ A; 1MSD A; 4FIP C; 2ZE8 A; 4TWK A; 4WBN A; 4X66 B; 1TAE A; 3ZMT A; 4IYH A; 2PI5 A; 4BIU A; 2QTO A; 2PYJ A; 3OM3 B; 4YHH B; 2E74 B; 3I56 V; 3NR7 A; 3A0R A; 3W7W A; 1KU9 A; 1H2G A; 1PV0 A; 1S5J A; 3CCJ V; 5D5Q A; 3BAA A; 4I0X A; 5IJ9 B; 2WLH A; 3FB6 C; 4JYB A; 4LF5 O; 1NT2 B; 3QG5 A; 3EFF K; 3N2K A; 3ZMU A; 5LGN A; 2IBZ H; 3KZI Z; 3UM7 A; 2YI8 A; 4DV7 O; 2DOS A; 1I5Y A; 1WPX A; 1XHZ A; 2R9R B; 1SQB H; 2HLD G; 1K97 A; 1MG1 A; 5KHH A; 5L3F A; 4AI8 A; 2X7R B; 3E35 A; 1BMF G; 5IY5 B; 4IIJ A; 4DV1 B; 4R8C A; 3CC4 V; 1NR1 A; 1OHH G; 3OTO O; 4AQY O; 2ZXW C; 4P9O A; 4PI0 A; 3JAT B; 1VQL V; 4RQE A; 4UB8 Z; 2L35 A; 1VIB A; 2X6C A; 3LUT B; 5FL7 G; 3CCQ V; 4DV5 O; 1UJW B; 4FLU A; 5IJ0 B; 1DTO A; 1R6N A; 1K5S A; 3E8F A; 5EBL C; 1XMQ B; 4TV8 B; 4DR5 O; 1QVG U; 4J11 A; 2D2C B; 1L0N H; 2KSD A; 5KAI Z; 3ZMS A; 4DV6 B; 1GM8 A; 4DUZ B; 1BSM A; 1OZ0 A; 4PD4 F; 4K0K B; 3F5T A; 4HAM A; 5J2T A; 4JTD B; 2F23 A; 2HP8 A; 2VWK A; 3D3Q A; 2DN9 A; 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1P84 F; 2LP7 A; 4DV0 B; 4OGQ B; 4JI3 O; 4ASU G; 4X1Y A; 1GKF A; 3G80 A; 5A2Q N; 1KBH A; 2M6Y A; 2YIA A; 1X59 A; 4NXN B; 1OCR B; 3STZ C; 4DUY B; 3OMI B; 1Y66 A; 4WFH A; 3PN1 A; 4PA6 A; 2P90 A; 2HJF C; 2UUB O; 4PA7 A; 4JZG A; 4IIJ B; 3E8H A; 4ABM A; 4BAY A; 1S5L Z; 2OIE A; 3O9O A; 4JI2 B; 2DYS B; 3H1K H; 1Z2G A; 2UUC B; 4D6T H; 4X62 B; 5BR8 O; 4WFA V; 1NS1 A; 3CCL V; 3RGB A; 1E79 G; 2QKS A; 1EN4 A; 1H2K A; 5CA0 A; 1XBL A; 5EIB C; 1Q43 A; 2YXH A; 1JA8 A; 1X4T A; 4OX9 B; 1SF9 A; 1Q86 W; 3ETQ A; 5BZB A; 5IYD O; 2EIL C; 1YF2 A; 2A06 H; 1XL6 A; 3OMN B; 4UXN A; 3FYI B; 4IL6 Z; 4BW5 A; 4AIL C; 5B1A C; 3DSQ A; 3L71 H; 2Z3Y A; 4ZKI A; 4WF9 V; 3RWR D; 2IJJ A; 2YEV A; 1VF5 B; 3JAS B; 1PNL A; 5J2T B; 1JX9 A; 4P9P A; 2UXD B; 2LFR A; 3SPG A; 5B1N A; 4JI1 B; 4JYA O; 5LMU B; 5DED A; 4WCE V; 3OUF A; 5LP6 A; 1R6K A; 2YDE A; 1IXB A; 5IE9 A; 3M8A A; 1OCZ B; 2JIZ G; 2QM8 A; 3FAV B; 2P7T C; 4ZOL A; 1YSC A; 4EEQ A; 3W7X A; 4PA9 A; 1IDS A; 3JAR B; 2DYR C; 4ZIB A; 1N32 B; 1IBL O; 1HR0 B; 4O4L A; 2KG7 B; 2ZDI A; 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