The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
ADLKKKVRKLNSKAGQMKMDLHDLAEGLPTDYENLVETAEKTYEIFRELDQLKKKLNIWEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural characterization of the protein cce_0567 from Cyanothece 51142, a metalloprotein associated with nitrogen fixation in the DUF683 family.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal binding protein,unknown function
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| source organism |
Cyanothece
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| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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| total genus |
24
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05082 | Rop-like | Rop-like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CAZ C; 3QF7 A; 3SJB C; 2JS5 A; 3ICX A; 3THO A; 3SJA C; 1X4T A; 3ZS8 C; 2P22 C; 1NT2 B; 3B2E E; 2F66 C; 3SJC C; 1SKV A; 3CSX A; 3QG5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DTO A; 1ZUQ A; 2IW5 A; 3A0R A; 3HPL C; 4K0K B; 1GKF A; 4TWK A; 3L9D A; 1FPO A; 1KKC A; 1QLN A; 5EBW C; 3UO3 A; 3STL C; 4UVA A; 4DV3 O; 2A0L A; 3OGC C; 4DV6 O; 2IBZ H; 4BWA A; 5CA0 B; 5KX5 A; 1FXK B; 4PEL A; 3AK1 A; 2FKX A; 1R6T A; 4JI3 B; 3CP1 A; 1SER A; 4K3A A; 1GO3 F; 3OE7 G; 4DK0 A; 4G28 B; 5L3D A; 4HNA A; 3S3W A; 1EBO A; 3BHP A; 3QO7 A; 4AIL C; 3VOU A; 1YCI A; 4JF3 A; 3B4S A; 5EZY A; 3KZI Z; 1B06 A; 1G8M A; 3FYE B; 4GKK O; 5EC2 C; 3AK3 A; 2EIM B; 3CCL V; 3OTF A; 2E5L O; 3UT5 B; 1PM9 A; 2CH7 A; 1HR0 O; 2X6A A; 3ZHS A; 3ZX6 A; 1HNX O; 1EN6 A; 3VQV A; 2DN9 A; 5J2U A; 2A3Q A; 2WLM A; 3JAL B; 4O4I A; 1NKD A; 3CSX A; 4U7O A; 4PA9 A; 2LW1 A; 4UCU A; 5D5P A; 1XDC A; 4DRX A; 4LFC O; 3OUS A; 4UCO A; 1TA8 A; 4B3S O; 2HLD G; 1WB7 A; 1H2G A; 5GON A; 5JH7 A; 3DSQ A; 1LUV A; 3IC9 A; 2OWO A; 4I55 A; 1YIT V; 1IBL B; 4NTX A; 1IVS A; 1THZ A; 3WU2 Z; 1OCO C; 4FLV A; 1N32 B; 1JJO A; 4YJ3 B; 4UCV A; 5JJN B; 4DXW A; 3CCQ V; 2ADP A; 1EZJ A; 1S5H C; 4ABM A; 3ZRW A; 1QQC A; 3CD6 V; 4GCZ A; 3ZCC A; 5JVD A; 1Q7Y W; 2A7W A; 2WA3 A; 4J80 A; 5CBF A; 1PNM A; 4HZ3 A; 1L8D A; 3ZRV A; 3D3I A; 4UCR A; 5IJ0 B; 2ITD C; 5C8Y B; 3E22 B; 2UXN A; 4KFM A; 5IY5 B; 2LGW A; 1ZLZ A; 5CB4 B; 1YHQ V; 1XRE A; 4EB6 A; 4KUM A; 1AR1 B; 1OCZ B; 1VQ5 V; 2P7T C; 1H2S B; 2Y69 B; 1L1F A; 5KHI A; 1M1K W; 4JTD B; 3OR7 C; 4R50 A; 2EIK B; 3FFQ A; 2FTK A; 4Z2W A; 1GTO A; 2PY5 A; 1Z2G A; 4CS2 A; 3ZED A; 4W4K A; 1QNM A; 1HNZ O; 5FPO A; 2D2C B; 1Z5W A; 2LQT A; 1KKD A; 2KQX A; 5LHG A; 1BS3 A; 2KB1 A; 1SQP H; 2PZS A; 2ZXW B; 1YI2 V; 4HBN A; 3MDS A; 5HFL A; 4FVM A; 4DR5 O; 1VMG A; 4JYC A; 4D7S A; 4CH5 A; 1NH2 B; 3RBZ A; 3TGU H; 3MAQ A; 2NNU A; 4JYA O; 2ZDI C; 5KA5 A; 2XAH A; 1WAZ A; 5LP6 A; 4IL6 Z; 4WBN B; 1J5E B; 5IE9 A; 3QTC A; 4JZG A; 5J9P C; 1KYO F; 1VF6 A; 3N2G B; 3K0G A; 4LR3 A; 1VQ6 V; 3ZMZ A; 4QE7 A; 1K33 A; 5BR8 B; 2H3O A; 5CA3 A; 1SZX A; 4JI1 B; 3JAT A; 1ZAU A; 4L8J A; 2XND G; 3FAV A; 4EFE A; 2CUG A; 3A0B Z; 1SET A; 2BSK B; 3OW2 U; 1BZK A; 4JI6 B; 2EZP A; 3L75 H; 1FXV A; 1XIL A; 4X9Q A; 3O65 A; 2JEU A; 4X88 A; 4DUZ B; 5JQG B; 2YIB D; 2AHY A; 5LXT B; 4DV4 B; 3DC6 A; 4JZ2 A; 1QR9 A; 3E8F A; 2XAG A; 2HEP A; 3E8G A; 3ZN1 A; 3ABU A; 3I56 V; 1SQV H; 3CYO A; 1FD9 A; 3BFR A; 3EXA A; 1XQ8 A; 1JX9 A; 1V55 B; 3UCS C; 2Y4T A; 1RSO A; 3AG2 C; 3CCM V; 3TJT A; 4J42 A; 4J7J A; 2EZO A; 2ZR3 A; 1JR9 A; 1SZT A; 5LOV B; 2PGG A; 1PV0 A; 1XL6 A; 3WG7 B; 1XNR B; 1DGS A; 2YXH A; 1MSD A; 5EYP B; 4X20 A; 3G4S V; 1AI6 A; 5LHI A; 4FLT A; 5KA6 A; 4JI7 B; 1S0V A; 1FYJ A; 4ZKI A; 4LF5 B; 4PA7 A; 4EEQ A; 2E76 B; 5JCO A; 5LYJ A; 3A0H Z; 3ABK B; 5LA6 A; 1YF2 A; 3ZHU A; 3CX5 F; 1Y67 A; 4GKJ O; 4B3R B; 1N33 O; 4OX9 O; 1RFY A; 4UUJ C; 2CTP A; 1M56 C; 4DR6 O; 2XTA A; 4JI0 O; 5B1B B; 5IYB O; 1FAF A; 4X1Y B; 3HKB A; 4DV0 B; 2VWK A; 4X62 B; 3NR7 A; 1SQF A; 5IJ9 B; 2R72 A; 4U3J B; 1V54 C; 1MAB G; 4UCT A; 4O4J A; 1W59 A; 5LGN A; 3L70 H; 2ZR2 A; 3QF7 A; 2NR5 A; 2YXL A; 1T5E A; 4NTW A; 1MOF A; 4NXN O; 1CPY A; 2CTR A; 1K34 A; 4BW5 A; 4JTA B; 3BPZ A; 1B04 A; 1K5Q A; 1VEW A; 2OT5 A; 1Q86 W; 5HFM A; 1S76 D; 4FLX A; 3CRA A; 4X89 A; 3PN1 A; 3QVN A; 1MA1 A; 2DYS C; 2ZM6 B; 3B77 A; 4MTF A; 1B3Q A; 3ETE A; 3O9O A; 1NJI W; 3ZHQ A; 4X1I A; 1D2D A; 2NN4 A; 1YEW A; 2JGD B; 1WNS A; 4X66 B; 1IXB A; 2XAJ A; 4FFB A; 2WLL B; 4O2B B; 4MTG A; 2RDC A; 3JD2 A; 4C7U A; 3UKM A; 3ZS8 C; 4XBF A; 2WLI B; 1O9H A; 3ASO C; 2Q6A A; 1IBM B; 4TV9 A; 3SJA C; 2WLN A; 4YY3 B; 2X6B A; 1KB9 F; 1QCE A; 4ZHQ A; 2GV9 A; 2IJI A; 3SYQ A; 3CME V; 2UU9 B; 3A2F A; 4AQY O; 4UCS A; 4JI2 O; 3EFF K; 2YI9 A; 2DOS A; 2DWE C; 3H01 A; 3G71 V; 4FIP C; 1H2L A; 1MMM A; 2NLJ C; 1CEZ A; 1Y4M A; 1URF A; 5LMU O; 1GN2 A; 2CE4 A; 4JI5 B; 1N8R W; 2LP7 A; 3K08 A; 3SPJ A; 4JI4 B; 1H8H G; 2XAS A; 1BSM A; 4QJF B; 4KHP O; 4TUY B; 2QSA A; 2WSS G; 2E3C A; 5H5N A; 3KG2 A; 2YID A; 4FLU A; 1XOU A; 1MSW D; 1NT2 B; 1SQX H; 2QWR B; 4I5S A; 1AI4 A; 1Y74 A; 2ZD9 A; 1Y76 A; 2Z3Y A; 4H44 B; 1N34 B; 3BA9 A; 4FLY A; 4RUE A; 3VBB A; 3OMA B; 5LP6 C; 4LFA O; 1Y6X A; 5KUK A; 1R6N A; 1IBK B; 2BE3 A; 1AJP A; 5B1A C; 1VF6 C; 2DYR C; 2ZIN A; 3JCZ A; 1GH6 A; 4GZR B; 4HAM A; 4P30 A; 4H0L B; 5KMG A; 1W2B U; 2UXB O; 1K97 A; 2P4V A; 1GMG A; 4UVC A; 2LFR A; 2MK3 A; 4BIO A; 2B1G A; 5IDJ A; 4X8A A; 4PD4 F; 2GSM B; 4DV6 B; 2EIL B; 3AG3 B; 2CDY A; 4TV8 B; 2UXC B; 4I0X A; 1M9N A; 4CS4 A; 1XEQ A; 1I94 O; 2UUA O; 2EIN B; 4CS3 A; 4PI0 A; 4GKK B; 1PNK A; 3ZJZ A; 2AZ0 A; 4BIZ A; 2E5L B; 3G6B A; 1CXZ B; 4JAV A; 2OTJ V; 4Q20 A; 5CA0 A; 3HKD B; 1G4Y B; 2Z5U A; 4KP4 A; 1HNX B; 3I55 V; 4MVM A; 1F23 A; 1AJQ A; 4GT1 A; 3RYC B; 5LL6 Y; 3AG4 C; 2E75 B; 1UPG A; 2IJK A; 2LJ2 A; 3TXS A; 2QKC A; 1O9G A; 3H1J H; 3UT5 A; 2EBO A; 3CCU V; 3M99 B; 4UB6 Z; 4LFC B; 3ASN C; 4LF6 O; 4NXM O; 1COW G; 3JAL A; 3SJQ C; 2DMX A; 1VQN V; 2RQ6 A; 4B3S B; 4G27 B; 3RYI B; 4LWS B; 2IJH A; 1ARO P; 1PD3 A; 1AVM A; 3CC7 V; 1MZE A; 4E4E A; 1DK1 A; 2X6C A; 2A9H A; 4OPA A; 5JCO C; 3DXR B; 4BW9 A; 4CC5 A; 1RM1 B; 2Y0I A; 3K59 A; 1XBL A; 3HR0 A; 3LUT B; 1DLB A; 4R7C A; 5CBH A; 1KP3 A; 4LCU C; 1AI5 A; 2F95 B; 3CWB H; 2IH1 C; 3X2Q B; 1WP7 A; 2YIA A; 4X1K B; 1NQT A; 3HKC A; 4UB8 Z; 2ILM A; 2GUZ B; 4LF9 O; 1U96 A; 4N21 A; 2FYU H; 4IHJ B; 3SPI A; 2BCC H; 2W6J G; 1BT8 A; 4YJ3 A; 4LFB O; 1WJZ A; 4I4T A; 4ICG A; 5JJE B; 3K58 A; 2F4V O; 5IYZ B; 3UO2 A; 3RFR A; 3CRQ A; 1Q5O A; 1OJH A; 1TUB B; 4RUF A; 4BAY A; 5GTI Z; 5EIB C; 4FPP A; 1AJN A; 4F6R B; 5IJ0 A; 1LUW A; 5FLX N; 5C8Y A; 3E22 A; 3P32 A; 2RNB A; 4LC1 A; 2ADQ B; 4PA6 A; 1QLE C; 4NB5 A; 2F66 C; 2BOB C; 2VQE O; 1QBZ A; 2PF4 E; 3OTO O; 4LH7 A; 1FFX A; 2YXY A; 3UQ8 A; 4FM1 A; 5CMU A; 1N36 O; 4AI8 A; 5IYD O; 1WA8 B; 4JI1 O; 3LSQ A; 1SF9 A; 2HFE C; 4ZI7 B; 2FL4 A; 1ENV A; 3OFN G; 4U3F H; 1BQZ A; 3CHX A; 2Y4U A; 4DR5 B; 5FNV B; 3CXC U; 2BTQ B; 1BHB A; 4WF9 V; 4XDJ A; 5H6Q A; 2H8P C; 1W0K G; 2N04 A; 4MW8 A; 1SS3 A; 5B3S B; 4JI3 O; 2JIZ G; 4CBC A; 4TT3 G; 2ETN A; 2EJR A; 1Q43 A; 4H33 A; 5KAI Z; 2BOC C; 2JEX A; 4OXS A; 1HDJ A; 3M8A A; 3LDE A; 4DR7 O; 4J11 A; 1V9P A; 4HYO A; 4I7Z B; 4OPH A; 3N27 A; 1N4C A; 4ZBM A; 3APQ A; 3SJC C; 1SKV A; 4U7N A; 3JAK B; 1FS0 G; 2FB5 A; 1R6K A; 5AG2 A; 1SC5 B; 4MVR A; 4GYC B; 5LBQ A; 4WBN A; 4LP8 A; 5D5Q A; 2JK5 C; 5BY1 A; 1GAX A; 2DWD C; 5GW7 A; 2Q9L A; 3N2G A; 4PDR A; 2WLK A; 1QVF U; 2WLH A; 1NZ6 A; 3RW0 A; 1GN6 A; 2QM8 A; 2OCC C; 2B9Z A; 2RCV A; 3APO A; 2QM4 A; 4ZOL B; 3ZHT A; 2BSK A; 2CGN A; 2VRZ A; 3FD9 A; 1PKX A; 1NVP D; 2HHH O; 2GTS A; 1OCR C; 2DJV A; 3CRR A; 1XHZ A; 5JQG A; 1QHT A; 5LXT A; 1IBL O; 1L0L H; 3JSL A; 1WPB A; 4F4L A; 3ZMV A; 2QA4 V; 3IAY A; 3ASO B; 3TCU A; 4MSW C; 3BEH A; 4J41 A; 3ZMS A; 1BQ0 A; 4DV7 O; 3MD0 A; 1M57 C; 2ZNI A; 2CGO A; 3D36 A; 1GN3 A; 4EB6 B; 1GM9 A; 3JAW B; 3W7S A; 1XMQ O; 3F5T A; 3FYI B; 2M6Y A; 5LOV A; 2W6I G; 3F7V C; 1EN5 A; 1AP6 A; 5F2V O; 3I5D A; 2ZIM A; 1K3E A; 5EYP A; 1K8A W; 1AR4 A; 1DF5 A; 3ABM C; 4D7T A; 1YJW V; 4MT8 A; 3K5N A; 4GKJ B; 3C3S A; 1N33 B; 4OX9 B; 2UUB O; 2ZE6 A; 4IIJ B; 4PDM A; 3SR2 C; 4DR6 B; 4JI0 B; 4WFE A; 1RPR A; 1IDS A; 4KXR A; 3ZRX A; 3RWR D; 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