The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
SCAYELIKSLPAKLEQLAQETQATIQTLMIADPNVNKDLRAFCEFLTVQHQRAYRATNSLLIKPRVAAALRGE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the RNA-Binding Domain of Nodamura Virus Protein B2, a Suppressor of RNA Interference.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein B2
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Nodamura virus
|
| total genus |
28
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ABM A; 3G80 A; 3OGI B; 3Q4H A; 3FAV B; 3FD9 A; 4GZR B; 1WA8 A; 2KG7 B; 4LWS A; 3GWK C; 2DE0 X; 4I0X B; 3O9O A; 3FAV A; 3Q4H B; 2B9Z A; 2VRZ A; 2AZ2 A; 1WA8 B; 2KG7 A; 4LWS B; 4I0X A; 3GVM A; 3HR0 A; 2AZ0 A; 2VS0 A; 3TXQ A; 3ZBH A; 3TXS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IYC O; 3ZMT A; 3VQV A; 3T1Y O; 3CS5 A; 2QTO A; 1BSM A; 1VQP V; 3N2G B; 1VF5 B; 3IFX A; 2OWO A; 2B1G A; 3JD3 A; 4HBN A; 5B1B C; 5B66 Z; 1N4C A; 2QWO B; 2F93 B; 4B3M O; 1H2K A; 3CCM V; 4X9Q A; 2UXB O; 1OV9 A; 1XEQ A; 1F23 A; 2Z3Y A; 2EJR A; 3AG4 C; 4ZKI A; 4FLT A; 1YXB A; 1V55 B; 4YHH O; 2BOC C; 2BOB C; 2P06 A; 1U96 A; 1J5E O; 2Q9L A; 4PEL A; 1PPJ H; 4X8A A; 3GVM A; 3JCZ A; 5J2U B; 1JA8 A; 1VQ8 V; 3H1K H; 1K8A W; 3J7A U; 1S76 D; 2MK3 A; 3L75 H; 5TIS Z; 4LNU B; 2OTJ V; 5IY5 C; 1D5N A; 2ZIM A; 1NI8 A; 2QWP B; 3E8G A; 4MTO A; 1N33 O; 3RGB A; 1XNQ O; 3QO8 A; 2ATK C; 5LXT A; 3JCU Z; 2UUB B; 1N34 B; 4CH6 A; 2A0L A; 2OCC C; 1I7F A; 1I0H A; 2OYQ A; 1CP9 A; 5L3F A; 4MSW C; 3CX5 F; 1Q6U A; 5LMU B; 4LWS A; 1GM9 A; 1K7D A; 2OIE A; 5KAI Z; 4LR3 A; 1TUB B; 3AG7 A; 5JH7 A; 2F4V O; 4MT8 A; 2Q8V A; 4X20 A; 1VQN V; 4LWS B; 5C93 A; 1Q8I A; 1N36 O; 2YID A; 1AR4 A; 2ZQM A; 5JH7 B; 1KBH A; 4TT3 G; 1NQT A; 4X20 B; 4DO2 A; 4TV8 A; 5JQG A; 3ABK B; 3G67 A; 4JI2 B; 1US6 A; 2RN9 A; 3OM3 B; 3ML0 A; 4N23 A; 1Q86 W; 3SPG A; 1KU9 A; 1N0J A; 4B3T O; 4UV8 A; 2Y69 C; 3K06 A; 4TV8 B; 5JQG B; 2OTL V; 4LF8 B; 3E89 A; 1W59 A; 2EIN C; 4DV6 O; 3OFN G; 1SF9 A; 1NR7 A; 2QTS A; 1RPO A; 3AG3 C; 1R73 A; 5LL6 Y; 3SDL A; 4DV3 O; 1P7B A; 4LFB O; 1R3K C; 2FKX A; 3RWR D; 4X89 A; 3E83 A; 3THO A; 1HNW B; 3I55 V; 2VS0 A; 3TXQ A; 1EZJ A; 1QVF U; 5EC2 C; 3RFR A; 4MW3 A; 1CEZ A; 2JRI A; 3UT5 A; 5EIB D; 4AI8 A; 4PA3 A; 3K9S A; 4F6E A; 3W7U A; 1F4M A; 2UUA O; 1AVM A; 4YY3 B; 3CRC A; 1M5I A; 3ZIA G; 5IDJ A; 1BS3 A; 5H5N A; 3DTU B; 1R1B A; 4PJ0 Z; 3UT5 B; 1S5L Z; 4JGS A; 4FMT A; 3ZHT A; 4Z1M G; 2PF4 E; 4X66 B; 2VQE B; 2QE7 G; 3ZX6 A; 1FYJ A; 2JIZ G; 1UPG A; 2WSS G; 2LP7 A; 2ZM6 O; 1RPR A; 4OPA A; 4EB6 B; 5IYD O; 1RP3 B; 1V55 C; 3DXR A; 1HP8 A; 4JF3 A; 1CPY A; 3BA8 A; 1MZF A; 3LNN A; 4LH6 A; 5KHK A; 1R3I C; 4DR1 B; 4DR2 O; 3DXR B; 4D6T H; 3SYQ A; 1YTF D; 1R6N A; 2XAS A; 1SET A; 1SZT A; 4FZ1 A; 2CE4 A; 1XI1 A; 2DE0 X; 4JI4 B; 4CBC A; 2UUC O; 2Q0A A; 3WU2 Z; 1YDX A; 1XNR O; 2XAJ A; 3FFQ A; 2CAZ C; 4WBN A; 1IBL B; 4DV7 O; 4LF7 O; 3C3S A; 3ASN B; 1NJI W; 2ITC C; 4L8J A; 3K5L A; 2ILM A; 1JJO A; 1NVP D; 4K8Z A; 1XDC A; 2NN4 A; 2DQ0 A; 5LOV A; 3K5O A; 3HKE B; 3BCC H; 2HHH O; 4D7S A; 5BXZ A; 2KQX A; 4B3R B; 2CUG A; 4TV9 A; 4B7E A; 1MSW D; 2E75 B; 5LOV B; 2F1M A; 2ZE8 A; 2ARH A; 2A79 B; 3QNE A; 2Z5U A; 3JD1 A; 4U3J A; 5E1A C; 1KB9 F; 4W4L A; 1NH2 B; 4F6R A; 1JMK C; 4BIU A; 3L74 H; 2EX3 A; 2A9H A; 3ABK C; 4K35 A; 2W6I G; 4F6R B; 2EIJ B; 3CC2 V; 4LBE C; 5H9C A; 4B7K A; 2BSK A; 1VF6 A; 3APQ A; 4JI0 O; 2Q7H A; 4UCV A; 4IIJ A; 4PA4 A; 5EC1 C; 1N8R W; 3RYI A; 4WFH A; 3RN4 A; 1V54 B; 1CXZ B; 4Q20 A; 2EZO A; 2BSK B; 5JVD A; 3HKD B; 5LP6 A; 4PA7 A; 1VQ5 V; 2IW5 A; 3RYI B; 2YIC A; 1QLE B; 3RVY A; 5JVD B; 4JI7 B; 4GZR B; 5LP6 B; 2WA3 A; 2DMX A; 1H8H G; 2CGN A; 2E3C A; 4U3F H; 3JAL B; 5B1O A; 1FJG O; 1Y6X A; 2B9Z A; 4YIP A; 4JZG A; 3E8F A; 5KUM A; 1VIB A; 4CS2 A; 3FB5 C; 1ZWI C; 5CB4 A; 2JDI G; 1TUE B; 1SKV A; 3OW2 U; 2HKO A; 3KCX A; 2DJV A; 1S72 V; 1NKD A; 4X64 B; 4K0K O; 3M99 B; 5AG2 A; 4DK0 A; 5CB4 B; 4E2L A; 3E8B A; 2KSD A; 2Q0O C; 2Q7G A; 1SS3 A; 3QG5 A; 5D5Q A; 5L3B A; 2YEV B; 2AZ0 A; 3EXA A; 2QKS A; 5LHG A; 3KCY A; 3SPH A; 1Y74 A; 4MTF A; 4H37 A; 4OX9 B; 1Q81 W; 1S0V A; 1GH6 A; 3KKY A; 3OR7 C; 4J9Z B; 4LF9 O; 1PP9 H; 4PA9 A; 1Q5O A; 4TOI A; 4LF6 O; 5KAF Z; 1Y74 B; 4N21 A; 5B1N A; 4I5S A; 4DUY B; 5HFL A; 1SZX A; 1Q90 D; 2VQF O; 4QPJ A; 4NTY A; 3ZHV A; 2RCV A; 1THZ A; 1YZB A; 2BTQ A; 2E76 B; 1MZE A; 1M1K W; 4F4L A; 1AR5 A; 2QGN A; 4ZHQ B; 2K1E A; 4MTX A; 1P49 A; 5BR8 B; 3CMA V; 3MAQ A; 2PYJ A; 4UCT A; 4KHP B; 4FJC C; 4YJ3 A; 1IBK O; 3F5W C; 3T2M A; 3OGC C; 5KHG A; 3IJ4 A; 2YI9 A; 1GKF A; 3K04 A; 1FFT B; 3ZCC A; 3HR0 A; 4JYA O; 3JAM N; 1TA8 A; 1AB3 A; 3RYC B; 2LJ2 A; 1K34 A; 4YJ3 B; 4LF5 B; 1SA0 A; 4PDM A; 1AI4 A; 3U0Z A; 4XDK A; 3BHP A; 3T1C A; 4DUZ O; 5LYJ A; 1SA0 B; 4JPR A; 3CPW U; 1ORQ C; 4FFB A; 1Q82 W; 4P2Z A; 1QQC A; 2CTQ A; 2EIK B; 1P84 F; 5LYJ B; 3CWB H; 1QCE A; 4FFB B; 4DR4 B; 1OHH G; 4FM2 A; 3ABT A; 5JJN B; 3QO7 A; 2CTR A; 1V54 C; 1Y4M A; 5IYZ B; 2N74 A; 4JI5 O; 1F51 A; 1AIL A; 4H33 A; 2UXC B; 1VF6 C; 5CA3 A; 2XAQ A; 2A06 H; 3WB0 A; 3ZN0 A; 1RM1 B; 3B4S A; 5IJ0 A; 2O57 A; 1BQZ A; 2IU3 A; 2R9A A; 4UB6 Z; 3W7X A; 2LO1 A; 1K97 A; 5LP6 C; 2XAG A; 4JV5 B; 3STL C; 4AIL C; 4EFE A; 4DV5 O; 1JOY A; 3CCE V; 1NBM G; 3CRR A; 3T1H O; 4XDJ A; 1AI6 A; 1DF4 A; 2YXL A; 2BE3 A; 3QF7 A; 2ZE7 A; 5EZY B; 3CCL V; 1MOF A; 3SR2 C; 5E79 Z; 2WLL A; 3NR7 A; 2JS5 A; 1VQK V; 1KP2 A; 3ICX A; 3QO5 A; 4DRX A; 4MVO A; 3D3Q A; 4WFF A; 3ZRX A; 1JFF B; 1YTF B; 3P32 A; 4O2B A; 2DYR C; 3B2E E; 1PNL A; 4I9W A; 4EFB A; 4DR3 B; 3AEI A; 3CEI A; 5GON A; 2DWD C; 3T4D A; 3K0G A; 4O2B B; 2CGO A; 1ZL8 A; 3ETQ A; 3CXC U; 5LHI A; 1SRY A; 2EIM B; 1GRJ A; 1QLN A; 2Y0P A; 3AK2 A; 2ZCE A; 2HJF C; 4PD4 F; 3DC6 A; 4I55 B; 4J7Z A; 1ZL8 B; 3R66 A; 4JYB A; 1IVS A; 1ZAU A; 1NVP B; 1S5J A; 4J10 A; 4UVB A; 2JGU A; 3OMN B; 2E5L O; 3G4S V; 3FAV A; 2X0L A; 3QTC A; 1JPX A; 1BQ0 A; 3MHH C; 2Q6A A; 1H38 A; 4IYI A; 2HJD A; 1I94 O; 4TSF G; 5CBG A; 2DWE C; 3FX7 A; 3T4Z A; 1FXV A; 2JVD A; 3FAV B; 3I56 V; 4FK5 C; 2QEX V; 1GMG A; 3FD9 A; 5EBM C; 1HNZ O; 1BHA A; 1BT8 A; 4O2A A; 5J2U A; 4TWK A; 3BRC A; 1OJH A; 4Q6G A; 4QE9 A; 4ZBM A; 2X6B A; 1GN6 A; 2Q7E A; 4ZIB A; 3T1Y B; 4LNU A; 4BAY A; 4X62 B; 3CE2 A; 2V4D A; 1QU7 A; 4O2A B; 2HR3 A; 5L3E A; 2PY5 A; 3SYA A; 4GYC B; 1DTO A; 5JJE B; 3W7S A; 1N34 O; 2QM8 A; 5BY1 A; 2EIK C; 2LFS A; 5JWP A; 4B3M B; 4LP8 A; 2UXB B; 3K5M A; 1JVM A; 2RDC A; 1E1Q G; 4YHH B; 4IYH A; 1TUB A; 2GSM B; 1M4U A; 4UCO A; 1RFY A; 1RM1 C; 2PI4 A; 3LUT B; 3K03 A; 1J5E B; 5L3C A; 1Y66 A; 4FPP A; 3H1I H; 4DR5 B; 3TGU H; 4GX5 A; 2WLH A; 2P22 C; 4FM0 A; 2YIB D; 3ASO B; 5B5E Z; 3ZHU A; 1DK1 A; 4NXM O; 2N04 A; 3UKM A; 1Y76 A; 1N33 B; 5EK0 A; 3P3N A; 1XNQ B; 5KHH A; 4YIO A; 1M56 B; 5K1P A; 1AJQ A; 4PDR A; 3GWO A; 3BY6 A; 4H44 B; 4WFB V; 5GTI Z; 4UUJ C; 3LSQ A; 1Y76 B; 3SYC A; 2AHY A; 2F43 G; 4WFE A; 3B77 A; 3B09 A; 3CRQ A; 3UO2 A; 3A0B Z; 4IT5 A; 3FB7 C; 5KA5 A; 1HR0 O; 4DW0 A; 4I4T A; 3SYO A; 4FLV A; 3FYE B; 4P30 A; 3TXS A; 4X65 O; 4DR7 B; 1L0N H; 3ZS8 C; 4H0L B; 1ARO P; 1XL6 A; 2UU9 O; 2F4V B; 3S3W A; 2FTK A; 1AP6 A; 1MA1 A; 4I4T B; 2W0X A; 3RYH A; 4TUY B; 1N36 B; 3DC5 A; 4IHJ A; 2C2A A; 3SYP A; 4B3S O; 3K3W A; 1YI2 V; 3BVO A; 4J7K A; 2P4V A; 3ABM C; 1G8M A; 4YY3 O; 3RYH B; 3B8M A; 1Q6H A; 1X59 A; 4IHJ B; 3AK3 A; 1XRE A; 1GK9 A; 2P67 A; 3OAA G; 4JI6 B; 4B3T B; 4O4H A; 4LFA O; 2N05 A; 3S3X A; 2VQE O; 1K92 A; 1KUQ A; 4DV6 B; 4X1K B; 4DV1 B; 3ZED A; 4O4H B; 1WPX A; 3MDS A; 1E1R G; 4EB6 A; 2IJK A; 1OCZ B; 3KG2 A; 1N32 O; 4DV2 O; 1L1F A; 4CH5 A; 3D8C A; 4DR1 O; 3CHX A; 4I50 A; 3A8T A; 2QJ1 A; 2P6J A; 1EM1 A; 1SQB H; 1TVK B; 4JI4 O; 4I0X A; 4JAU A; 2WLJ A; 4I50 B; 3PJS K; 2QA4 V; 1HDJ A; 1LNQ A; 4I7Z B; 4BIO A; 1IBL O; 1N0N A; 2G38 A; 3Q4H A; 4H13 B; 2W6J G; 2AGA A; 5IT9 N; 4TQD A; 4CH4 A; 1WP8 A; 4I0X B; 2DN9 A; 2IJH A; 1YCI A; 1VF7 A; 3K58 A; 1YF2 A; 1YIJ V; 1KKD A; 3UM7 A; 2WLM A; 4AHC A; 1IX9 A; 3Q4H B; 3MD0 A; 1EN6 A; 2HP8 A; 2XHB A; 5IWA B; 4G2K A; 1IBM B; 2LW1 A; 3H9V A; 2ZM6 B; 5B3S B; 3HKE A; 4RUF A; 3JAK B; 2ZR3 A; 2F23 A; 3X2Q B; 1K5S A; 5FL7 G; 1F4N A; 2FB5 A; 4DR2 B; 3AG2 B; 1BZK A; 2R9R B; 2XND G; 1NTK H; 4GT1 A; 3ASO C; 3CCU V; 1SER A; 1AI7 A; 2DYS B; 1PNK A; 4ABM A; 2UUC B; 1JR9 A; 1XNR B; 1OCR B; 3VQY A; 5H6Q A; 2UXD O; 1M56 C; 1KEC A; 4DV7 B; 4LF7 B; 2ZE5 A; 4D7T A; 3C3T A; 1ZLZ A; 3CSX A; 2IU0 A; 4MTG A; 3WB1 A; 2GUZ B; 2XUM A; 1XMO O; 5LA6 A; 4FM1 A; 3AG1 B; 3H1J H; 4UCR A; 4LFC O; 4R8C A; 1JJ2 U; 1GN4 A; 2X7R B; 1Z5V A; 5LA6 B; 3HKD A; 1VEW A; 1WAZ A; 2EBO A; 4QE7 A; 1SQV H; 2QWN B; 4PA6 A; 4HYO A; 2HVJ C; 4JI7 O; 1G4Y B; 5L3G A; 5KMG A; 2KB1 A; 5B1A B; 4GLX A; 2LGQ A; 4RWU A; 1B04 A; 1JQ0 A; 3JAL A; 2Q67 A; 1H2M A; 5IJ9 B; 1A32 A; 4G28 B; 3OT7 A; 3P3P A; 3OTO B; 1XL4 A; 1TAE A; 1XBL A; 5KMG B; 1G6U A; 1Q7Y W; 4BIZ A; 4DV0 O; 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5FNV B; 3BPZ A; 2RJZ A; 5DM6 V; 2LFR A; 5ITZ B; 2K9P A; 4DR4 O; 1LUW A; 1NU1 H; 1XHX A; 4CS4 A; 4O4L B; 3AG1 C; 2P4K A; 3JSL A; 1XUQ A; 4FVM A; 1IBK B; 2EIJ C; 4CH3 A; 5IYZ A; 3CXH F; 3SPI A; 1YIT V; 1AJP A; 2YUA A; 1PNM A; 4JYA B; 4KL1 A; 1L8D A; 4MVU A; 4UCU A; 4PHZ A; 4UCS A; 4DXW A; 3E35 A; 4EEQ A; 3H01 A; 4CC5 A; 1HNX O; 5IY5 B; 3G80 A; 2AHZ A; 1MAB G; 5B1A C; 1SQP H; 1QLE C; 5J9P C; 1BGY H; 4J42 A; 1FPO A; 3OD4 A; 2ZT9 B; 4DV4 B; 1WNS A; 4LCU C; 4RO2 A; 5LHH A; 1XOU A; 4JI3 O; 1AR1 B; 2VRZ A; 5EZY A; 1B06 A; 4WF9 V; 3ZMS A; 1WJZ A; 2P5O A; 2WLK A; 1O9G A; 2ZKO A; 2GDS A; 3ETD A; 2CTP A; 5FPO A; 4JI5 B; 4JI8 B; 3WFV A; 5KHJ A; 1JFF A; 3A2F A; 5LMN O; 1SC5 B; 1T5E A; 4MW8 A; 3ZMV A; 1D2D A; 1SQX H; 3F5T A; 3SJA C; 2PZS A; 3K0D A; 3HPL C; 2LQT A; 4NXN O; 1H2L A; 4NR1 A; 4E4E A; 3ABL C; 4GKJ B; 3CP1 A; 3F7V C; 4I55 A; 5A2Q N; 1K4C C; 2WLI A; 2EIN B; 1W2B U; 4X1I B; 4MVQ A; 1B6Q A; 1K3E A; 2WLN A; 2GTA A; 4PV1 B; 4PDL A; 3AG3 B; 4LH7 A; 2DQ3 A; 4GUN A; 2WLI B; 1NT2 B; 1YJW V; 3RW0 A; 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