The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
324
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structure length |
324
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Chain Sequence |
RFTQALVIAYVIGYVCVYNKGYQDTDTVLSSVTTKVKGIALTNTSELGERIWDVADYIIPPQEDGSFFVLTNMIITTNQTQSKCAENPTPASTCTSHRDCKRGFNDARGDGVRTGRCVSYSASVKTCEVLSWCPLEKIVDPPNPPLLADAENFTVLIKNNIRYPKFNFNKRNILPNINSSYLTHCVFSRKTDPDCPIFRLGDIVGEAEEDFQIMAVRGGVMGVQIRWDCDLDMPQSWCVPRYTFRRLDNKDPDNNVAPGYNFRFAKYYKNSDGTETRTLIKGYGIRFDVMVFGQAGKFNIIPTLLNIGAGLALLGLVNVICDWI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the ATP-gated P2X(4) ion channel in the closed state.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
P2X purinoceptor
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| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Danio rerio
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| total genus |
60
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| structure length |
324
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| sequence length |
324
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | atp-gated p2x4 ion channel | ||
| Mainly Beta | Sandwich | atp-gated p2x4 ion channel fold | atp-gated p2x4 ion channel domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H9V A; 4DW1 A; 3I5D A; 4DW0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NH2 B; 1ZSP A; 4P2Z A; 1VF6 A; 3N2K A; 5FNV A; 3WB0 A; 5KX5 B; 2EIM C; 2DWE C; 1YTF B; 4MTG A; 4RQF A; 3OW2 U; 1OV9 A; 3ABK B; 1O9H A; 4I5S A; 4DO2 A; 1OCZ C; 2HHH O; 3K57 A; 2GBO A; 2P90 A; 1J5E B; 1D5N A; 1SQV H; 3CB2 A; 3ZN0 A; 5IWA B; 2ZCE A; 2ZE7 A; 5L3G A; 4FM1 A; 2AGA A; 3AK1 A; 2H3O A; 1E1Q G; 3MHS C; 3W7T A; 5J2U A; 5GON A; 3M7M X; 2OCC C; 4UCV A; 4QJF B; 3LDD A; 3JCZ A; 2A9H A; 5B1O A; 1SS3 A; 1WPB A; 3PJS K; 3QTC A; 4K0K B; 4JI7 O; 3VQY A; 4LF8 B; 1NR1 A; 4X1K B; 1XHX A; 5CA1 A; 4LCU C; 1N34 O; 4NB5 A; 3B77 A; 4O4I A; 5B3S C; 2WSS G; 4IL6 Z; 4JF3 A; 5IYZ B; 3AG3 C; 4LH7 A; 3JCU Z; 5H5N A; 1JOY A; 3EXA A; 5D5P A; 2F43 G; 1G8M A; 3ETQ A; 4KXR A; 5JJJ B; 4TUY A; 2F4V O; 1WNS A; 2NLJ C; 4PDV A; 4GYC B; 1Q6I A; 5BMV B; 4JZG A; 4I9Q A; 3GWO A; 3JAL B; 4O2A B; 1MAB G; 3ZHS A; 1LUW A; 2W0F C; 4GCZ A; 3OMN B; 3CCR V; 5FLX N; 4LH6 A; 5BY1 A; 2YUA A; 1YVW A; 4FFB A; 2LGW A; 4J9Z B; 4BR6 A; 3CCV V; 1IBK B; 2CAZ C; 4BIO A; 1K4C C; 1P84 F; 4MVQ A; 4LF9 B; 1HR0 B; 4X8A A; 1MOF A; 4CH3 A; 1OHH G; 3QO5 A; 2Y4T A; 3E2E A; 4TSF G; 1XNR O; 1GO3 F; 4H0L B; 4AI8 A; 1D2D A; 5K1X A; 5JVD A; 3L71 H; 4GKJ O; 2EIN B; 1VP7 A; 4D7T A; 2N05 A; 3HR0 A; 1PM9 A; 1EM1 A; 4Z2W A; 3D8C A; 3ZHQ A; 4OXS A; 5LA6 B; 3N2G A; 2W6I G; 4JPR A; 2YDE A; 4TQD A; 4W4L A; 1GK9 A; 1FXV A; 5BZB A; 3A8T A; 1S72 V; 2ZNI A; 3M8A A; 4DV1 O; 2QDO A; 3WB1 A; 1NH2 D; 2K1E A; 2QM7 A; 4B3S O; 3F5W C; 3AG4 C; 3ML0 A; 2WLN A; 1M93 A; 3SPC A; 1YTF D; 1XI1 A; 4NTX A; 1Y66 A; 2CK3 G; 5KAF Z; 1FD9 A; 4MTX A; 3O65 A; 5LHG A; 2LGQ A; 1HNX O; 4X20 B; 3QO7 A; 3I56 V; 3EVK A; 4YJ3 B; 1QVF U; 2UXC O; 3JAK A; 3UM7 A; 3VQW A; 4PD4 F; 4CH6 A; 1MA1 A; 1G6U A; 5LHH A; 1VAR A; 1M9N A; 4CBC A; 2Q7H A; 2DYR C; 1QR8 A; 3ZHV A; 4B7K A; 2MW2 B; 2ZNJ A; 1I08 A; 3E8B A; 1EZJ A; 1KU9 A; 5EYP A; 1R3L C; 4LNU A; 4QPK A; 5IDJ A; 1AR4 A; 3KCY A; 4MSW C; 3QNE A; 2AZ2 A; 2AXT Z; 4X1I B; 5KUK A; 1KBH A; 1Q43 A; 1IDS A; 1NTM H; 4DR1 B; 1FJG B; 1QBZ A; 1PV0 A; 4ZI7 A; 1N36 O; 3Q4H A; 4G28 B; 3O9O A; 3CRQ A; 2KG7 B; 1YJW V; 4CC5 A; 2H8P C; 2NR5 A; 1H2M A; 1WP7 A; 1YJ9 V; 4CH5 A; 1M5I A; 2VWK A; 3CEI A; 4AQY O; 3OGC C; 5E79 Z; 3RN4 A; 1H8E G; 3ABK C; 1SQB H; 3CX5 F; 4RUF A; 1AJQ A; 4FLZ A; 4RWU A; 1QVG U; 2DE0 X; 2QWP B; 1N32 B; 5EK0 A; 3CXC U; 2QKA A; 3J80 N; 4IIJ A; 4LFB B; 3UO2 A; 1RSO B; 1HNW O; 1YXB A; 4LF4 O; 1VF7 A; 5IJ9 B; 3K08 A; 3R65 A; 4ZBM A; 5FPO A; 1SQP H; 1NTK H; 1ZAU A; 1XQ8 A; 3K5M A; 4ZKI A; 3RBZ A; 2D3O W; 4DV5 O; 1V55 B; 5LOV B; 4JI3 B; 5KX5 A; 2IU3 A; 1MMM A; 4MVU A; 2UU9 B; 2P67 A; 4X62 O; 1PP9 H; 3OR7 C; 4FZ1 A; 2VQE O; 1LUV A; 4B3M O; 1VIB A; 3T1H B; 3ZX6 A; 1GAX A; 1XNQ B; 3WFV A; 4X64 O; 3MHH C; 2HG5 C; 4B3R B; 1KQS U; 3JSL A; 3ASN B; 2UUB O; 2EZO A; 4DV7 O; 3LSS A; 1BQ0 A; 1COW G; 2ATK C; 2Q73 A; 2JEX A; 1N0N A; 3X2Q B; 2CE4 A; 3G6B A; 3B2E E; 4DUZ O; 4LFC O; 1RPR A; 2V7Q G; 3K5L A; 3JD2 A; 3BA9 A; 4J7Z A; 2H94 A; 2Y4U A; 1R1B A; 4DR3 B; 4XDL A; 1SET A; 3JSN A; 4PA9 A; 1FFT B; 2IU0 A; 5LGU A; 1WB8 A; 3SGI A; 2CGO A; 4UB8 Z; 4JAS A; 3LDE A; 4UCT A; 5IYZ A; 3JYC A; 3BAB A; 5JCO C; 2X6A A; 4DR4 O; 2EIK B; 4JZ2 A; 2E74 B; 1Q86 W; 3SPH A; 3DC6 A; 3ZMT A; 3CHX A; 3CJH B; 1RM1 B; 1Q7Y W; 3CC7 V; 4U3F H; 2EIN C; 2QWQ B; 1ARO P; 2EIL B; 1HW7 A; 5KHK A; 3OTF A; 3K9S A; 3UO3 A; 5BMV A; 4DUY B; 1XMQ O; 3JAL A; 2ZQM A; 1CP9 A; 1GMG A; 5KA5 A; 4JYA O; 1KB9 F; 4UCR A; 2DQ0 A; 5GTH Z; 1XIL A; 3WU2 Z; 4BW5 A; 1Q6U A; 2EIJ B; 2LP7 A; 5KHG A; 4PA3 A; 2QEX V; 3A2F A; 1QLE B; 3R66 A; 4DR6 B; 3ZS8 C; 2ZM6 O; 2XAS A; 4FMT A; 4J9Y B; 3THO A; 1HNZ O; 5IE9 A; 1Q90 D; 2X6C A; 1PPJ H; 2F1M A; 1Q8I A; 2HJF C; 1NTZ H; 3J7A U; 4WFA V; 2E5L B; 2OIG A; 2IH3 C; 3RVZ A; 4DK1 A; 4DV3 B; 4DV0 O; 1G1X B; 3SDL A; 1FXK B; 3H1H H; 3JAW B; 5CA0 B; 1AB3 A; 1PKX A; 4RAI A; 4I4T B; 1PL0 A; 2HLD G; 5LGN A; 2CTQ A; 2OTJ V; 3BRC A; 2LJ2 A; 5LA6 A; 2PI5 A; 1K73 W; 5BXZ A; 2HVJ C; 1KP3 A; 3MDS A; 1GN4 A; 2P22 C; 3K0G A; 4YY3 B; 1K7D A; 2M6Y A; 1N0J A; 3AG7 A; 4JI8 B; 3CRR A; 2LW1 A; 2P4V A; 1F4M A; 2XOK G; 3P32 A; 5L3F A; 3F5T A; 1WLE A; 4F6R A; 1VF5 B; 2IJH A; 4G27 B; 4JAA A; 1H2L A; 4TT3 G; 2WA4 A; 5LBQ A; 1VQ4 V; 2XND G; 4P9P A; 2ARH A; 4LF5 B; 2ZR2 A; 1Q81 W; 2BTO A; 4YJ3 A; 4FLW A; 4Q6G A; 1JVM A; 4JAV A; 1K9M W; 2Q0A A; 3TK1 A; 2ILM A; 3KZI Z; 5IT9 N; 4FFK A; 2UXD B; 4LNU B; 2FTK A; 3CRA A; 2HEP A; 4PDM A; 3SYP A; 1YJN V; 4WFB V; 3NR7 A; 4UFZ A; 1R3J C; 3OTO B; 3WB2 A; 1VQ6 V; 4JTD B; 2XAF A; 4JTA B; 1NR7 A; 2QGN A; 4YHH O; 2QTS A; 3FYE B; 3ZRX A; 2FL4 A; 4LFA B; 4X1I A; 4XBF A; 1IBM B; 4WFE A; 2X6B A; 4ZI7 B; 5BR8 B; 1B04 A; 3LNN A; 3Q4H B; 1QR9 A; 5LMU B; 1H2N A; 5J2T B; 4UCS A; 3UKM A; 3ZRS A; 4DV2 B; 2F95 B; 2QSA A; 4JV5 O; 3ZMV A; 1VF6 C; 2KG7 A; 3D36 C; 1XL6 A; 5IYC O; 3K3W A; 1N33 B; 2ADP A; 1XBL A; 5DN6 G; 4O4J B; 1ZTE A; 1V55 C; 3CD6 V; 2QWO B; 4PDL A; 4NXN B; 5TIS Z; 4JI4 O; 4J80 A; 1XOU A; 1R3K C; 3ZMZ A; 2DWD C; 3OEE G; 3U10 A; 3E35 A; 4DW1 A; 2F4V B; 4JGS A; 1KUQ A; 2A79 B; 3FFQ A; 3QF7 A; 4P9O A; 2FML A; 3MAQ A; 3ASN C; 1SQF A; 3CC2 V; 3VQV A; 3ZMS A; 3X2Q C; 4R50 A; 4CS4 A; 3ZCC A; 4FLU A; 1VQ5 V; 4MVO A; 1KC8 W; 2YID A; 3D36 A; 4G2K A; 1ZUQ A; 5LOV A; 4DR7 O; 4J41 A; 1EN4 A; 4J11 A; 5LL6 Y; 1M90 W; 5B1N A; 1XNR B; 1H8H G; 1MSD A; 5L3D A; 1W0K G; 4C7U A; 2BOC C; 4I50 B; 2UUC O; 4EFE A; 1R3I C; 2EIK C; 3VBB A; 1JQ0 A; 1OCC B; 4DR2 B; 3L73 H; 4DRX A; 1I94 B; 4LF6 B; 2CTR A; 3F7V C; 4X65 B; 2P4K A; 2B5U A; 1S5L Z; 2DYS B; 2EIL C; 1JJO A; 3CPW U; 3T4Z A; 2HFE C; 1AR1 B; 3I55 V; 5CBH A; 3ABM B; 1GH6 A; 2N74 A; 1M1K W; 1US6 A; 3K5O A; 4TOI A; 2ZXW C; 4JI2 B; 3BVO A; 1M4U A; 2R9R B; 2EIJ C; 3FKS G; 4O4H B; 4X66 B; 1KMI Z; 1VQL V; 3RYH B; 1SF9 A; 1DGS A; 2XAG A; 5LYJ A; 3T1C A; 2UXC B; 4GKK O; 4IT5 A; 3HKB B; 1OCR B; 3OUS A; 1KKD A; 4YIP A; 3UCS C; 3W7S A; 1IZ3 A; 3CJH A; 4JI0 B; 1Y74 B; 1H38 A; 4B3T B; 3U0Z A; 2CUG A; 4BIZ A; 4FIP C; 1W2B U; 4PEL A; 1P49 A; 1NU1 H; 3L74 H; 3CMA V; 2QJ1 A; 1F7Y A; 2VS0 A; 1FAF A; 4LBE C; 3W7W A; 2X0L A; 1GM8 A; 1K34 A; 4DV6 O; 2Y48 A; 4KHP O; 3HKD B; 3CRM A; 3DXR B; 2E3C A; 1VMG A; 3U11 A; 1V54 B; 1FFX B; 4J10 A; 1F4N A; 3IJ4 A; 2X7R B; 3WG7 B; 1FXK A; 4LF7 B; 3FAV B; 2EBO A; 3P3P A; 3JAW A; 5CA0 A; 4DV4 B; 3ASO B; 5IY5 B; 4GX1 A; 2O57 A; 4QIW F; 2ZKO A; 2V4D A; 2DW4 A; 3SYO A; 4I4T A; 3A0H Z; 2GDS A; 4LF4 B; 4O4L A; 2DJV A; 1BE3 H; 1AJN A; 1HWY A; 2Q67 A; 3A0R A; 3SJC C; 1J5E O; 1X4T A; 2WLI B; 4JI1 B; 2WAM A; 3I5D A; 4LWS A; 5IWA O; 3ABU A; 4X88 A; 3ETG A; 3G71 V; 1M56 B; 1S77 D; 1FS0 G; 5J9P C; 3B4S A; 1YI2 V; 4F6R B; 4JI6 O; 1XDC A; 4DV5 B; 2OIE A; 5LGT A; 5B1B B; 4H37 A; 4FJC C; 5B1A B; 4RQE A; 3G6E V; 3FD9 A; 1JCH A; 1S3J A; 2JGU A; 1EN5 A; 2CGN A; 5LMN B; 1K33 A; 2RQ6 A; 2DN9 A; 3HPL C; 4LF8 O; 4PHZ A; 1M57 B; 3T2M A; 4PI0 A; 2RN9 A; 1TVK B; 1WPX A; 5KUM A; 2WLL A; 1Q82 W; 3FYI B; 2P7T C; 2WWW A; 2Q7E A; 2PGG A; 4DV7 B; 2Z0A A; 5B5E Z; 2JJ2 G; 5HFM A; 1JMK C; 2IJI A; 2P6J A; 3ZIA G; 2KKW A; 1SQQ H; 2B9Z A; 1AI7 A; 1BL8 A; 2XAJ A; 2R72 A; 2PYJ A; 2YXL A; 2QKS A; 4U3J B; 3OR6 C; 3W7U A; 5HFL A; 1K92 A; 2BTQ B; 3GVM A; 1S5H C; 3K5N A; 1ZL8 B; 1B06 A; 5J2T A; 4YIO A; 1R73 A; 1N4C A; 4J7K A; 4RUE A; 2WLK A; 3JAS A; 2QA4 V; 3ETD A; 3G67 A; 4O4J A; 3KG2 A; 4JI5 B; 4N21 A; 4FLX A; 3K06 A; 5EC2 C; 2ZD9 A; 1IBK O; 2WLM A; 1VEW A; 4U7N A; 5A2Q N; 4LF9 O; 1GKF A; 1HR0 O; 5H2F Z; 3CCL V; 4X9Q A; 3T1Y B; 3UQ8 A; 3ZRW B; 1NQT A; 1Y6X A; 5LP6 B; 1XEQ A; 2ETN A; 3ETE A; 1KEC A; 2WLJ A; 3EFF K; 1OCC C; 3H1K H; 2LO1 A; 3KKY A; 3QVN A; 2UUA B; 2DYS C; 4QNH B; 4CS2 A; 1THZ A; 1NT2 B; 2YIB D; 4I0X A; 2LQT A; 3ABM C; 1PNM A; 4A5U B; 5LHI A; 4PJ0 Z; 5C93 A; 4NXM B; 4BAY A; 2CH7 B; 3CCU V; 2Y69 B; 4EKW A; 2JDI G; 1K97 A; 4R7C A; 1F23 A; 2RJZ A; 3SR2 C; 1XMO B; 4JYB A; 4TWK A; 1TAE A; 4DV0 B; 3OUF A; 1VQ7 V; 4I50 A; 3IGA C; 3BEH A; 1V9P A; 3B8N A; 4B7E A; 1GM9 A; 5B66 Z; 2K9P A; 4DRX B; 1OCR C; 3G4S V; 4GLX A; 3FB5 C; 4EFB A; 2ZE8 A; 4OPA A; 4FZ0 A; 1Y76 B; 2E76 B; 1DK1 A; 2YEV B; 1AP5 A; 3FX7 A; 2LW7 A; 3S3W A; 4TV8 B; 2OCH A; 3MD0 A; 4KL1 A; 4B08 A; 5CB4 A; 2GTS A; 4GT1 A; 5FL7 G; 3E8H A; 3HKC B; 4AIL C; 1OCO B; 3OGI B; 3BAA A; 3CCQ V; 4CH4 A; 4O4H A; 4R8C A; 4OX9 B; 5LYJ B; 1E79 G; 3RYH A; 5KA6 A; 4DR1 O; 1FJG O; 3CWB H; 1V54 C; 1SA0 A; 5C8Y B; 1IUR A; 2YSU B; 4KP4 A; 4D6T H; 3HKB A; 1IBL B; 1EFR G; 4MS2 A; 3RYC B; 3OT7 A; 3WG7 C; 2IJJ A; 3HKE B; 1QU7 A; 3C3S A; 2QKC A; 3H1J H; 4UV8 A; 1NVP B; 1Y74 A; 3ASO C; 5IY5 C; 1T5E A; 1YIJ V; 4H13 B; 1R6T A; 1A32 A; 3OMI B; 4HNA B; 2DQ3 A; 2EX3 A; 4L8J A; 2Z5U A; 3HB3 B; 3SJQ C; 1L1F A; 1N32 O; 2F66 C; 2ZIN A; 2Q5Z A; 4LFB O; 4Z1M G; 3JD4 A; 1W59 A; 4DR5 B; 3HKD A; 1HDJ A; 2OTL V; 5E1A C; 1Q3E A; 3CXH F; 2JGD A; 2C2A A; 2JS5 A; 2YIB A; 2WLH A; 3TJT A; 1NJI W; 3IC9 A; 3DXR A; 5H6Q A; 2JIZ G; 5B1B C; 4JI4 B; 5B1A C; 1FFX A; 1JFF B; 1YHQ V; 3LUT B; 4ICG A; 3J81 N; 1PD3 A; 2VQF B; 4FM0 A; 1BCC H; 2PYL A; 4JI3 O; 2PF4 E; 3FAV A; 1M57 C; 2UU9 O; 4PV1 B; 1JPX A; 2HR3 A; 2UXB B; 2JK5 C; 5IYD O; 1CXZ B; 4O4L B; 4DXW A; 4EEQ A; 2Z3Y A; 1JX9 A; 3T1H O; 1Q6H A; 5L3B A; 2F93 B; 4LWS B; 3EHB B; 2AHZ A; 1QHT A; 2WLI A; 1Q5O A; 4B3R O; 3QG5 A; 3P30 A; 2ZR3 A; 3CSX A; 3H01 A; 1LNQ A; 1S5J A; 1DTO A; 4O2B A; 1BHB A; 3JD0 A; 3OMA B; 4PA7 A; 1CEZ A; 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