The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
SEALKILNNIRTLRAQARESTLETLEEMLEKLEVVVNERREEESAAAAEVEERTRKLQQYREMLIADGIDPNELLNSMAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
H-NS forms a superhelical protein scaffold for DNA condensation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| molecule keywords |
DNA-binding protein H-NS
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| total genus |
29
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| structure length |
81
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| sequence length |
81
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NI8 A; 2MW2 B; 3NR7 A; 1LR1 A; 1OV9 A; 4ICG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MTG A; 2ZNJ A; 2DOS A; 2Y4T A; 3D3I A; 2ADQ B; 1S5J A; 3H1H H; 1NKD A; 3ZRV A; 5C8Y A; 3CJH A; 2Y69 C; 1BZK A; 2EIN C; 4LF7 B; 5E79 Z; 5IJ0 A; 4JAA A; 5LA6 A; 4CS3 A; 4F4L A; 4LCU C; 1I0H A; 3FB6 C; 1K3E A; 4U7N A; 2ARH A; 2YID A; 2Q7G A; 4H33 A; 4O2A B; 5H2F Z; 5KX5 B; 2UXC B; 1XL6 A; 3O65 A; 1MOF A; 3PN1 A; 3M8A A; 4LH7 A; 3CS5 A; 4NXN O; 4MVS A; 2YDE A; 3FAV B; 1XMQ B; 2QJ1 A; 3LDC A; 5LYJ B; 5CMU A; 4PI0 A; 2N05 A; 1K73 W; 3JYC A; 1VQ7 V; 3E89 A; 3JSL A; 3LNN A; 1SES A; 4H44 B; 1XMO O; 4DUZ B; 2Z0A A; 3SPJ A; 1VMG A; 3EHB B; 5IYD O; 2CTW A; 2JGU A; 4YHH B; 3OMI B; 4JGS A; 4DUY O; 1WAZ A; 1TUB B; 2RCV A; 3K0D A; 4QIW F; 4JI8 B; 4O4I A; 3TCU A; 1RP3 B; 2P4V A; 2XAJ A; 1JA8 A; 3H1I H; 2B5U A; 1E79 G; 3KCX A; 4WBN A; 4B3R O; 1JJO A; 5LP6 B; 1WA8 B; 3JCU Z; 4W4L A; 2P6J A; 4J9Z B; 2AW9 A; 1I7F A; 3M99 B; 3SJC C; 5FNV B; 1IBL O; 4ABM A; 3H9V A; 3T1C A; 3J81 N; 1SQX H; 3BA9 A; 1N34 O; 2Z5U A; 3OUS A; 4DR1 O; 4BIO A; 4WFF A; 3JAL A; 5B3S B; 2PF4 E; 1JJ2 U; 3ZMV A; 3ZRX A; 5CA1 A; 4UV9 A; 2P67 A; 4X1I B; 2YEV A; 4DR3 O; 3K06 A; 2UUC O; 4X64 O; 2QM7 A; 1B3Q A; 2UXB B; 1VAR A; 3UO3 A; 2Y0I A; 4FM2 A; 2CH7 A; 1NVP B; 1XRE A; 3R66 A; 3AG2 C; 2XT9 A; 3JD1 A; 3P32 A; 4DV4 B; 3CC7 V; 4BR6 A; 4LFA O; 3RYI B; 1N32 O; 2XND G; 4JTD B; 2IH1 C; 4YIO A; 2ZD9 A; 4GKJ O; 5CA0 A; 5EZY B; 4J9Y B; 4G28 B; 3G6B A; 3THO A; 3I55 V; 1NZ6 A; 2FKX A; 2LJ2 A; 2YXL A; 3DSQ A; 3OR6 C; 4UCO A; 1FKA O; 3ZHS A; 3E8H A; 1SQG A; 5TIS Z; 1OCC C; 2EZO A; 2QWN B; 3IFX A; 2WLL B; 4BWA A; 4O4J B; 2HVJ C; 3MHH C; 1YXB A; 3W7X A; 5EBL C; 3A0B Z; 5A2Q N; 2EIM C; 2R9I A; 1PD3 A; 5GON B; 4NXN B; 4PA4 A; 3W7U A; 5J2T B; 1BQZ A; 1AIL A; 2CUG A; 2GV9 A; 3ASN C; 4LNU A; 2EIN B; 5KMG A; 5IYZ A; 1R3J C; 5B1O A; 2ADP A; 3ZRW A; 5JWP A; 1XMO B; 2OCC B; 4XDL A; 1K33 A; 3HR0 A; 4I55 B; 1RPO A; 4DUY B; 4KXR A; 4D7T A; 2GDS A; 1XUQ A; 2YC0 A; 2Q9L A; 3RYH B; 3QO7 A; 5B1A B; 4HNA A; 4EB6 A; 4DV5 O; 1W59 A; 2ETN A; 4P2Z A; 4HYO A; 3C3S A; 2F95 B; 4B3R B; 2UU9 O; 1VIB A; 1NQT A; 2QGN A; 4YIP A; 2B1I A; 1NU1 H; 3OEE G; 1JFF B; 1OHH G; 3N27 A; 1N4C A; 2JIZ G; 1IBL B; 5IJ9 B; 3BFR A; 1NH2 B; 4OGQ B; 1MSD A; 3AG4 C; 3SPG A; 1N34 B; 4X20 A; 2BOB C; 2ILM A; 2Q0A A; 4EKW A; 4DR1 B; 1Y74 A; 1X4T A; 2YXY A; 2LO1 A; 1HWY A; 4LWS A; 4WFH A; 3ZHV A; 2K1E A; 3CCJ V; 4JZG A; 3APO A; 5B1B C; 3HKD B; 4UVA A; 3CRA A; 1UFI A; 4DR3 B; 2Y0P A; 2UUC B; 4XDK A; 2Q4P A; 3WFV A; 4X64 B; 2LFS A; 3ABU A; 3W7W A; 1NR1 A; 2DW4 A; 2YS8 A; 4BW5 A; 4O4L B; 4LF5 O; 1GMG A; 2KB1 A; 3C3T A; 4RUF A; 3R65 A; 4AIL C; 1YDX A; 4I4T A; 1L1F A; 3N2K B; 5LHI A; 5LOV A; 4LFA B; 1IX9 A; 1N32 B; 1KD1 W; 4LR3 A; 3CB2 A; 5BXZ A; 2LFR A; 5L3B A; 4JYC A; 3RBZ A; 1SER A; 3SYC A; 4DV0 O; 2F1M A; 2W6I G; 1IUR A; 1M93 A; 2JEX A; 3PJS K; 4WFB V; 4BIZ A; 4GKJ B; 2MW2 B; 5LHG A; 4J7J A; 1AR5 A; 2ZR3 A; 3VOU A; 4RQE A; 1AJN A; 1J5E O; 3VQV A; 3CX5 F; 5KHG A; 3OD4 A; 3CRM A; 4NYK A; 2EBO A; 1OCO C; 4NVP A; 3ZMU A; 1VF6 A; 2RN9 A; 2OT5 A; 4DR5 O; 3LSU A; 1Q5O A; 4MT8 A; 2JJ1 G; 3E8G A; 3X2Q C; 2ZE5 A; 1CP9 A; 3IAY A; 3OE7 G; 2M7W A; 1VF6 C; 3HB3 B; 3JD2 A; 2F23 A; 4JYB A; 4PEL A; 3K5L A; 1BS3 A; 1CXZ B; 2RMK B; 3P30 A; 1Q81 W; 5L3D A; 1BE3 H; 4CS4 A; 3SDL A; 1KKD A; 5CBH A; 2ZE7 A; 1BGY H; 1CPY A; 2VQE O; 3O9O A; 3UKM A; 4B08 A; 1XOU A; 4JI0 O; 4KP4 A; 3W7T A; 1AI5 A; 2CAZ C; 4O2A A; 1AJP A; 3E22 B; 4TV8 B; 5KX5 A; 2XAS A; 4X65 O; 2OTL V; 2EIM B; 3STZ C; 1JOY A; 3AG1 B; 1KQS U; 3FAV A; 5LYJ A; 2H94 A; 3ETE A; 4DR6 O; 4DV5 B; 3D36 A; 1GN3 A; 2GUZ B; 1H2L A; 1AR1 B; 2UU9 B; 1NTZ H; 1XNR O; 4TV9 B; 2QEX V; 4K8X A; 2XAH A; 2WWW A; 5B1N A; 1HNX O; 4X1K B; 1SQP H; 5KUM A; 3D36 C; 4IYH A; 1YHQ V; 4O2B B; 5KLV H; 5L3F A; 4ZIB A; 3BPZ A; 3DC6 A; 1TA8 A; 2NNU A; 3B77 A; 3D3Q A; 1TUB A; 2IBZ H; 1VF5 B; 1QHT A; 5BMV B; 3JAM N; 2WLN A; 1ENV A; 3VQY A; 2JRI A; 1SQQ H; 3CEI A; 3HKC B; 4JI1 O; 1QBZ A; 2FB5 A; 4L8J A; 1YTF B; 3B8M A; 3RN4 A; 5LP6 A; 1WA8 A; 3ETD A; 1R3L C; 1U97 A; 3ABM C; 3ETG A; 3CRQ A; 3HPL C; 1BSM A; 4DRX B; 4HNA B; 3WU2 Z; 2F43 G; 4LF5 B; 5EBW C; 4MVM A; 5FNV A; 3DTU B; 2QE7 G; 3AG4 B; 5LP6 C; 3H01 A; 3AK1 A; 2LW7 A; 3ZIA G; 2W6J G; 2JEU A; 4UCR A; 4I0X B; 2XHB A; 4FZ1 A; 2GTA A; 5J2U B; 2ZR2 A; 4UVB A; 2CGO A; 2CDY A; 3UT5 B; 1LUW A; 4GLX A; 4G27 B; 1QQC A; 2M6Y A; 4R7C A; 4DO2 A; 1SC5 B; 4GUN A; 4X1I A; 5ITZ B; 1D5N A; 3CRC A; 4UB8 Z; 4DV0 B; 5B3S C; 1AVM A; 3HKB B; 2UXD O; 4X8A A; 3EVK A; 1GN6 A; 1PL4 A; 2X6C A; 4Z1V A; 4KUM A; 3OEH G; 1J5E B; 3CMA V; 4ZOL B; 3MAQ A; 4D7S A; 1QLE B; 4GX2 A; 5JJN B; 1F4M A; 3RYI A; 3RYC B; 4IYI A; 3A2F A; 2Q68 A; 2HLD G; 2JDI G; 1WB8 A; 4JAV A; 4DR5 B; 3B09 A; 2ZIM A; 4DK1 A; 1QU7 A; 2YIB A; 1FYJ A; 2E76 B; 3MD0 A; 5EZY A; 5H9C A; 1NR7 A; 5JCO A; 4QPK A; 2QTS A; 2XAQ A; 4PHZ A; 1VQN V; 4QE7 A; 2QA4 V; 3F7Y C; 1BT8 A; 1PM9 A; 2CE4 A; 4CH4 A; 5LMN O; 3ZED A; 1H2K A; 3NR7 A; 2VQE B; 5BZB A; 2QKC A; 5JCO C; 4H13 B; 2R72 A; 3ABL B; 1GN2 A; 4JI0 B; 3CXC U; 3HKE B; 1RM1 B; 1F4N A; 1R6T A; 2WLL A; 4JF3 A; 4X88 A; 4O4J A; 4X65 B; 4JYY A; 4I9W A; 1HDJ A; 4HBN A; 1VQ9 V; 2QM4 A; 2L35 A; 1R3K C; 1RFY A; 5GON A; 2QWQ B; 3ICX A; 5J2T A; 2NR5 A; 4PDL A; 2ZQM A; 4DR6 B; 4F6R B; 1EN4 A; 1FAF A; 1XNR B; 3IJ4 A; 4DW0 A; 4PDM A; 1IBM O; 1KC8 W; 5EIB D; 1HNX B; 3QTC A; 4I55 A; 1YF2 A; 2Q7E A; 1VQK V; 3FYE B; 5EBM C; 1Q8I A; 2OCC C; 4ZI7 B; 4FLY A; 1VQ5 V; 3RYH A; 3AG7 A; 4NB5 A; 4MVO A; 5CBF A; 1YJN V; 4JI1 B; 3C90 A; 1EZV H; 3L74 H; 3N2G B; 4FLX A; 4OX9 O; 4X1Y B; 2ZCE A; 5B1A C; 4DR7 O; 1JFF A; 3LDE A; 5KHI A; 5IJ9 A; 2EIK B; 3K0G A; 1Q6H A; 4A5U B; 3T1Y O; 2Q73 A; 4XBF A; 5EC2 C; 2HHH O; 2RNB A; 1BMF G; 3JD0 A; 5FPO A; 3DC5 A; 2E75 B; 3HKD A; 2YUA A; 3OMN B; 2KG7 B; 1E1Q G; 2P7T C; 3AEI A; 4R6Z A; 2XTA A; 4AQY B; 1XI1 A; 1SS3 A; 2OIG A; 4FVM A; 3ABM B; 2UXD B; 4RAI A; 1TUE B; 2OCH A; 2WPD G; 4JI7 O; 5D5Q A; 3KZI Z; 4O4L A; 2HP8 A; 3JAK B; 2IJH A; 4FFB B; 1R3I C; 1WN7 A; 3L70 H; 4LBE C; 2YIC A; 3GVM A; 2ZE6 A; 3LUT B; 2L6L A; 4MTF A; 4JTA B; 1HW7 A; 1SA0 B; 1YEW A; 3SPI A; 3N2K A; 5IDJ A; 3CC2 V; 3ZN1 A; 2EJ7 A; 5E1A C; 1JCH A; 1S76 D; 1GTO A; 1P4R A; 3QO8 A; 4UXN A; 1ZX3 A; 5H6R A; 1NVP D; 4GZR B; 1I5Y A; 1R6K A; 3VQX A; 4PD4 F; 2FYU H; 5CB4 A; 3SYP A; 2DE0 X; 2CTQ A; 1Y66 A; 5LMN B; 3CCQ V; 2YIB D; 4I50 A; 1DGS A; 4J11 A; 1FFX B; 1AR4 A; 2VQF O; 4E4E A; 1AB3 A; 2PUS A; 1M90 W; 4I9Q A; 3IC9 A; 3BAA A; 4CH5 A; 1XL4 A; 4TQD A; 2BTO A; 1Y4M A; 1M5I A; 1V9P A; 1JPX A; 2A9H A; 2P4K A; 4OXS A; 4KHP O; 2QSA A; 3JAW B; 4YY3 O; 4Q6G A; 1NI8 A; 2A06 H; 2AHY A; 1GO3 F; 1XQ8 A; 1K92 A; 1AP6 A; 1ZUQ A; 5DM6 V; 3E83 A; 5LBQ A; 1FD9 A; 1G1X B; 1IBM B; 2YSU B; 5H5N A; 3Q4H B; 3B2E E; 2BE3 A; 3E22 A; 4TV8 A; 2QWR B; 1P7G A; 3DGE A; 2WSS G; 3L73 H; 5JH7 B; 4B3S O; 1H38 A; 4X9Q A; 2XAF A; 2EX3 A; 1YJW V; 1YJ9 V; 2AXT Z; 3JSN A; 1THZ A; 5LGN A; 4PDV A; 1NTM H; 4DV6 O; 2WA4 A; 3F5T A; 1NJI W; 2GUZ A; 3CCV V; 1VQL V; 2EIJ B; 3AG1 C; 4OX9 B; 2ZE8 A; 4L87 A; 1Q43 A; 4TT3 G; 4PA3 A; 4TV9 A; 3SYA A; 3UM7 A; 4BW9 A; 1QR8 A; 3K57 A; 4DR7 B; 4X1K A; 5LGT A; 1SRY A; 4WFA V; 2Q69 A; 2UXN A; 1R73 A; 4O2B A; 1VP7 A; 3T1Y B; 4FLZ A; 4UCT A; 3G67 A; 5BMV A; 2HHH B; 3CME V; 5LL6 Y; 1IXB A; 3RVZ A; 3ABK B; 3HKC A; 1PNM A; 1NH2 D; 4IT5 A; 3ZRS A; 4C7U A; 2QDO A; 1TVK B; 1GRJ A; 3LSQ A; 1Q86 W; 4Q20 A; 4DRX A; 4JI7 B; 3RT3 C; 1WPB A; 4X89 A; 2IU3 A; 2EJR A; 4CH6 A; 1Z5W A; 1GAX A; 1GM8 A; 1FXH A; 1Q82 W; 4I0X A; 2B9Z A; 3G6E V; 1HNZ O; 5J2U A; 1AI7 A; 3OTF A; 2N04 A; 5CN0 A; 3UT5 A; 2JS5 A; 5ITZ A; 3FX7 A; 2HKO A; 2Q6A A; 4U3J B; 1N0N A; 3HKB A; 3AK2 A; 3KG2 A; 3TET A; 2VS0 A; 3K79 A; 4B7E A; 3AG3 B; 4AI8 A; 4ZOL A; 1SF9 A; 4J7Z A; 1EN5 A; 2XUM A; 1H8E G; 3RYC A; 1M56 B; 2OTJ V; 2VQF B; 1L0L H; 3A0R A; 4NKG B; 2Z3Y A; 1O9G A; 1COW G; 1R1B A; 4B3T O; 1QLE C; 2WLI B; 4H0L B; 4PA6 A; 2CTP A; 5L3C A; 1FFT B; 4FM1 A; 2ZXW C; 3ZHT A; 3L71 H; 3TGU H; 5FPR A; 3SGI A; 4KHP B; 4YY3 B; 2UUA O; 2Q5Z A; 3P3N A; 4DW1 A; 3ML0 A; 4MTX A; 2JS3 A; 4IIJ B; 3GB7 C; 5CB4 B; 1BHB A; 4DR2 O; 1WJZ A; 4TWK A; 3HKE A; 4G2K A; 1UJW B; 2E5L B; 1K7D A; 4I50 B; 3RYF B; 3CSX A; 4GKK O; 4ICG A; 4B3S B; 1ZWI C; 3ABL C; 1RM1 C; 1DK1 A; 2PGG A; 1DF4 A; 4RQF A; 3JD4 A; 5BY1 A; 4DV6 B; 4UCV A; 4F6R A; 1FXK B; 2R9A A; 1AI6 A; 2ZIN A; 3WB2 A; 1ZSP A; 4IHJ B; 3K5N A; 3K03 A; 1M57 B; 1EM1 A; 2ZDI A; 4FIP C; 3QF7 A; 3WB0 A; 3APQ A; 3BY6 A; 3A0H Z; 1Q6U A; 4UCU A; 1Q3E A; 4J42 A; 4JI3 O; 2BTQ B; 4Z1M G; 2ZNI A; 4ZI7 A; 4OPA A; 2ZDI C; 2YXH A; 3OW2 U; 1Q7Y W; 2DQ3 A; 3H1K H; 1Z2G A; 2XOK G; 1FJG O; 3VQW A; 4RO2 A; 4UUJ C; 1MG1 A; 2GSM B; 4K8Z A; 3N2G A; 3BAB A; 3K04 A; 3LSS A; 3U11 A; 4X1Y A; 3ABT A; 5KAF Z; 2F4V O; 3U0Z A; 3CHX A; 3CRR A; 1K9M W; 1W0K G; 3OGI B; 3L72 H; 4E2L A; 1X59 A; 3MDS A; 1W2B U; 1YTF D; 3K5M A; 5IYC O; 3B40 A; 3K5O A; 1SET A; 3GWK C; 5KHK A; 1HNZ B; 3P3P A; 2QKA A; 2EIK C; 3K9A A; 3CC4 V; 4UCS A; 2KG7 A; 2V1D A; 1Q90 D; 4X62 O; 4MVZ A; 2PI4 A; 3H1J H; 1L8D A; 1P7B A; 4TUY B; 5L3G A; 1I94 O; 2IM9 A; 4ASU G; 2VWJ A; 3JAK A; 2H8P C; 4TOI A; 4FFB A; 4D6T H; 3OTO O; 3KKY A; 1K5S A; 4DXW A; 1MAB G; 4UV8 A; 1J95 A; 3KCY A; 3F7V C; 1QNM A; 1SA0 A; 2Q67 A; 2HVK C; 1XHX A; 3T4D A; 4KL1 A; 3CYO A; 2NN4 A; 1FPO A; 3MHS C; 1HR0 O; 2E3C A; 5IE9 A; 4JYA O; 4B3T B; 5JQG B; 2CGN A; 5B66 Z; 1KU9 A; 3UQ8 A; 4J80 A; 2R70 A; 2B1G A; 4DR4 O; 4P9O A; 1LNQ A; 4AQY O; 4IL6 Z; 4CBC A; 4NXM O; 2UUA B; 3ASO C; 3CXH F; 1GKF A; 3ZBH A; 2VRZ A; 4R50 A; 2VWK A; 2PI5 A; 4JZ2 A; 4LP8 A; 1FFX A; 4DR2 B; 3OT7 A; 1US6 A; 1B04 A; 5KUK A; 1JX9 A; 4GKK B; 1NBM G; 1S5L Z; 5KAI Z; 1AJQ A; 5LXT B; 3SPC A; 1M4U A; 2G38 A; 2ZXW B; 3L9D A; 4MSW C; 3G4S V; 1V55 B; 1GM7 A; 1RSO B; 4KFM A; 1V54 B; 5CA3 A; 3JAW A; 5GTH Z; 1R6N A; 1IBK O; 2GBO A; 5KHH A; 1ARO P; 4NTY A; 4J7K A; 3E8B A; 3CCM V; 1BHA A; 3UCS C; 3Q4H A; 1AI4 A; 3WG7 B; 3S3X A; 3TK1 A; 2WLM A; 1CEZ A; 1EZJ A; 1OZ0 A; 3BHP A; 5JH7 A; 1KKC A; 5K1P A; 4JI3 B; 1BQ0 A; 2AHZ A; 3G71 V; 4YJ2 B; 2ATK C; 4DYL A; 1H2N A; 3OFN G; 1G6U A; 1I5X A; 1FJG B; 1MMM A; 3QVN A; 5FLX N; 1YI2 V; 5LMU O; 2GTS A; 2F4V B; 4O4H B; 1P49 A; 2CK3 G; 4P9P A; 5EYP A; 2EIJ C; 4JI4 O; 2QWO B; 5JJJ B; 2QWP B; 1S3J A; 2DYR B; 1K4D C; 3ZMT A; 3FB5 C; 3CPW U; 3OM3 B; 2BSK B; 4TSF G; 1SQB H; 4IGG A; 1WB7 A; 3T2M A; 4DV3 O; 2IU0 A; 1MZE A; 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