The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
89
|
structure length |
89
|
Chain Sequence |
QVYAPLVLRDPVSNPNNRKIDQDDDYELVRRNMHYQSQMLLDMAKIALENAKNADSPRHVEVFAQLMGQMTTTNKEMLKMHKEMKDLAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and function of the small terminase component of the DNA packaging machine in T4-like bacteriophages.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Aeromonas phage 44rr2.8t
|
| molecule keywords |
Terminase DNA packaging enzyme small subunit
|
| total genus |
30
|
| structure length |
89
|
| sequence length |
89
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GZR B; 2KG7 B; 4LWS A; 3O9O A; 4I0X A; 2B9Z A; 3GWK C; 2AZ0 A; 3HR0 A; 4ABM A; 2VS0 A; 4LWS B; 3OGI B; 2DE0 X; 3TXS A; 4I0X B; 3FAV A; 3GVM A; 1WA8 A; 2VRZ A; 3Q4H A; 3ZBH A; 2KG7 A; 2AZ2 A; 3G80 A; 3FAV B; 3TXQ A; 1WA8 B; 3FD9 A; 3Q4H B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M90 W; 1M93 A; 1XEQ A; 1K34 A; 1O9H A; 1XRE A; 4CH5 A; 1GM9 A; 2QTS A; 5LXT A; 5E79 Z; 5B1B B; 1QNM A; 1EN4 A; 3RYF B; 1FJG B; 3FB7 C; 2LQT A; 4UCS A; 4D7T A; 3WB0 A; 4GKJ O; 3W7W A; 2MK3 A; 1KKD A; 2LW7 A; 1S5J A; 3T1Y O; 2A7W A; 1XNR O; 3K79 A; 1WP7 A; 1K33 A; 4I5S A; 3BVO A; 3UO2 A; 5B5E Z; 4GKK O; 3SJQ C; 3D8C A; 4F6R A; 1H2K A; 3IFX A; 5LGT A; 2DJV A; 3DTU B; 4EFB A; 2ZDI C; 3CCS V; 3GB7 C; 3L74 H; 2UU9 B; 4I9W A; 4PDV A; 2EBO A; 4JZG A; 2Q4P A; 2Q68 A; 3L75 H; 1I0H A; 2XOK G; 1GM7 A; 1KB9 F; 2OIG A; 1P49 A; 1Z5W A; 1ZL8 A; 4OGQ B; 3ZRW A; 4MTX A; 1SQV H; 1JFF A; 1EFR G; 1UJW B; 2KKW A; 1DTO A; 4X65 O; 5BR8 B; 2YIB A; 1MZF A; 2ZR2 A; 4G2K A; 4AI8 A; 2M6Y A; 2AHZ A; 3JD2 A; 3N2G A; 1VQ8 V; 2EZO A; 4Z1V A; 2G38 A; 4BR6 A; 2LFR A; 1JVM A; 2PGG A; 3UT5 B; 2ZDI A; 4DR1 O; 1MAB G; 4UB6 Z; 4MSW C; 3ZN1 A; 4P2Z A; 2QGN A; 1ZSP A; 1Y6X A; 5H5N A; 5KHJ A; 2EIL C; 3HKE A; 5BZB A; 3SGI A; 2P7T C; 1AJQ A; 4BIU A; 2CUG A; 4X8A A; 4IHJ B; 5J2T A; 2EX3 A; 1RPR A; 4F6E A; 1MNG A; 4MVQ A; 3JCZ A; 2LP7 A; 2IM9 A; 5EYP B; 3H01 A; 3OGC C; 2AZ2 A; 1EN5 A; 4DYL A; 3JAW A; 4B3M O; 1FS0 G; 2QM4 A; 1M57 B; 4YIP A; 3RVY A; 4DV2 B; 3ASO C; 1Q43 A; 4GYC B; 2YID A; 4NTY A; 4GX2 A; 3UM7 A; 1W2B U; 1NZ6 A; 2BTO A; 2PZS A; 1IBL B; 2GHY A; 2ARH A; 4ZHQ A; 2YEV A; 3Q4H A; 3DC6 A; 4DV0 B; 1OHH G; 1XQ8 A; 3RYH A; 2PYL A; 4JZ2 A; 2WLN A; 5K1P A; 2YXL A; 4BIZ A; 1SA0 A; 2HJD A; 2YUA A; 4YJ3 A; 3LUT B; 1Q81 W; 2IJI A; 2BOB C; 3E83 A; 2VWK A; 4Z2W A; 2Q69 A; 1TVK B; 1SET A; 2VQE B; 3FKS G; 2DOS A; 4JI4 O; 5K1X A; 2BCC H; 4J7J A; 2JK5 C; 1FFX A; 1VEW A; 2DYR C; 4I9Q A; 3L72 H; 4LC1 A; 4FLY A; 4RUE A; 5KUM A; 1K5Q A; 2PUS A; 3K03 A; 3QO7 A; 1HNZ B; 2W0X A; 1NVP B; 4N23 A; 4EFE A; 1NQT A; 2ITC C; 3X2Q B; 3J80 N; 1P7G A; 4Z1M G; 2OTJ V; 3VQY A; 3SPH A; 3DXR A; 1TUE B; 3CEI A; 3J81 N; 3HKB B; 1WB7 A; 4QGP A; 2QM7 A; 4JI0 O; 2EIJ B; 5FPR A; 1MG1 A; 2PF4 E; 2QTO A; 3H9V A; 4FLT A; 1CEZ A; 1M4U A; 4U7N A; 3BY6 A; 3WG7 B; 1IBK B; 4L8J A; 2QSA A; 1WN7 A; 2YIC A; 2WLM A; 1GM8 A; 1SC5 B; 3RFR A; 5DED A; 5LL6 Y; 2JEU A; 5B3S C; 3QTC A; 3TET A; 3WB1 A; 1GN2 A; 1BMF G; 2DWE C; 1Z2G A; 4O4H B; 4OPH A; 5L3F A; 2XAJ A; 3AG1 C; 5LP6 C; 3ABL C; 2A9H A; 3T4Z A; 1J5E B; 4GUN A; 3ZMT A; 5CA1 A; 4W4L A; 5KHG A; 4OX9 O; 2AGA A; 2PY5 A; 2K9P A; 2YI8 A; 2JDI G; 3ZMZ A; 1FXK C; 2ODM A; 1F23 A; 4FFK A; 1Y76 B; 1RP3 B; 3E8H A; 4G27 B; 5DM6 V; 4NR1 A; 4X9Q A; 3MD0 A; 2YIB D; 2UXD O; 4IIJ A; 2GV9 A; 4DK1 A; 4JTA B; 1TUB B; 3N2K A; 1ZX3 A; 4I0X B; 2ZE7 A; 5JJE B; 5BY1 A; 1OCR B; 1NI8 A; 4NYK A; 2EJR A; 1Y74 B; 4FM1 A; 1AP6 A; 3OTF A; 4YY3 O; 1XMO O; 2ZD9 A; 1YEW A; 2W6I G; 1KD1 W; 3AEI A; 2RCV A; 4FIP C; 3SYQ A; 5L3E A; 1FXK A; 4LFC B; 3D3Q A; 3AG4 B; 5IJ9 A; 1GN4 A; 4RUF A; 3KKY A; 4LH7 A; 3SYC A; 5F2V O; 1HNX O; 2E74 B; 4LNU B; 3S3X A; 4UB8 Z; 1WPB A; 5JH7 B; 4JI2 O; 3B4S A; 4LH6 A; 4EKW A; 1K9M W; 1MMM A; 3QVN A; 3SJC C; 3T2M A; 5IYC O; 1F51 A; 3P3P A; 3ZMV A; 1OCC B; 1QLE C; 4JYC A; 3P30 A; 4MW3 A; 5JQG A; 1I5Y A; 5LHG A; 4X1I B; 2UUC B; 1NR7 A; 3JSL A; 2W6J G; 2WPD G; 4OPA A; 3ZMU A; 4B3R O; 4O2A B; 1KUQ A; 1VQ7 V; 4GX1 A; 2XAS A; 3I5D A; 4F4L A; 1V54 B; 2RDC A; 3BFR A; 2QWP B; 3JAK B; 2Z0A A; 1SQB H; 1Y66 A; 3EHB B; 4R50 A; 4CBC A; 1N33 O; 5EZY A; 3L71 H; 1Q7Y W; 3WB2 A; 4DUY B; 3TXQ A; 5B1N A; 3K04 A; 1NTM H; 1AI6 A; 4BAY A; 2ZIN A; 4DR2 O; 4TSF G; 4O4J A; 4DV1 O; 1N8R W; 4MTO A; 2UUA B; 4JI3 B; 1K92 A; 1H38 A; 3ZHR A; 4K0K B; 3JAR A; 5JJJ B; 1YJ9 V; 4DRX B; 2Q5Z A; 1DF4 A; 3OTO B; 2OCC C; 4FM0 A; 4QE9 A; 2JJ2 G; 1PNM A; 1EN6 A; 3JD3 A; 1P7B A; 1DGS A; 2WLI B; 2YS8 A; 2VRZ A; 3LSU A; 4ZOL A; 4KHP B; 4DV6 O; 1E1Q G; 4WBN B; 4I50 A; 2UU9 O; 2JGD A; 4FVM A; 1VAR A; 1HP8 A; 3CP1 A; 2Q7G A; 2QE7 G; 5JWP A; 2CTR A; 4QIW F; 1KC8 W; 4JI7 O; 4MVU A; 2Q8V A; 3UKM A; 5BR8 O; 1QQC A; 1Q86 W; 4TV9 A; 1AI7 A; 1ZWI C; 3CHX A; 2A79 B; 4FZ0 A; 5FNV A; 4PA9 A; 4LF5 B; 2D2C B; 3BAA A; 2WWW A; 1PV0 A; 4WFB V; 3ZRX A; 4X64 O; 2Q9L A; 3RYI B; 4LCU C; 3I55 V; 3CCR V; 5EK0 A; 1GKF A; 2YXY A; 3ETQ A; 4X20 A; 1SZX A; 1KYO F; 4MVR A; 2XHB A; 2HVJ C; 2Q6A A; 2V7Q G; 4QE7 A; 1SQP H; 2LGW A; 2Q0O C; 2VWJ A; 3ZRW B; 4FK5 C; 4BIO A; 1JFF B; 5KHK A; 3PN1 A; 4DV2 O; 5KAF Z; 2RJZ A; 2X7R B; 3RN4 A; 2WLL A; 5KA5 A; 3HKD B; 2QKC A; 1QR9 A; 3PJS K; 3TJT A; 3ASN C; 3N2G B; 4MVO A; 1MSD A; 2EIK B; 3B8N A; 4DV0 O; 1P84 F; 1MZE A; 5LA6 A; 3FX7 A; 2UUB O; 3BPZ A; 3E86 A; 2M7W A; 1BL8 A; 2WSS G; 1OCZ C; 3SPC A; 5KMG B; 3H1L H; 4FLX A; 1EM1 A; 3U11 A; 1G1X B; 4K35 A; 1YIT V; 2F43 G; 5J2T B; 1AIL A; 1X59 A; 3T4D A; 4FLU A; 4X62 B; 1IBM B; 1HWY A; 4AQY B; 4QJF B; 4JI1 O; 2WLH A; 1V55 C; 3VQX A; 4I4T A; 2F95 B; 1IUR A; 5CBH A; 4K3A A; 3JAS B; 5KX5 A; 3LNM B; 4LFA B; 1T5E A; 4ZHQ B; 1B6Q A; 1SQF A; 2YEV B; 3Q4H B; 3QO5 A; 4IL6 Z; 3CXC U; 4H44 B; 2Q7E A; 1S77 D; 2ZT9 B; 1SA0 B; 4J42 A; 1GO3 F; 5IE9 A; 3K9S A; 2GTS A; 4YIO A; 4JGS A; 1X4T A; 3ZS8 C; 3GVM A; 4ICG A; 1S72 V; 2JS5 A; 5L3D A; 1GK9 A; 2X6A A; 4IYI A; 4DR4 O; 1FFX B; 4LF4 B; 2IU0 A; 2OWO A; 3E8F A; 1QHT A; 1URF A; 4DV4 O; 2ATK C; 4KUM A; 1CP9 A; 4HAM A; 2EIN C; 3H1H H; 4DR3 B; 1AVM A; 3M99 B; 2CK3 G; 5CA3 A; 3UCS C; 5KHI A; 3B40 A; 5LMU B; 3DXR B; 5C8Y A; 3CYO A; 2FYU H; 1QVF U; 3AK1 A; 4MVM A; 2IBZ H; 1THZ A; 3OD4 A; 1FAF A; 3W7S A; 2RN9 A; 4UVA A; 1OCO B; 2BOC C; 2JGU A; 3OT7 A; 5EIB C; 5CBF A; 3J7A U; 4U3F H; 1YXB A; 3CRM A; 5AG2 A; 4I55 A; 4LR3 A; 4MS2 A; 2P4K A; 1WP8 A; 4WFA V; 5GON A; 1U97 A; 4WFH A; 1R3L C; 3FD9 A; 5IWA B; 4FLV A; 4J11 A; 1VF5 B; 3CE2 A; 1HR0 B; 2ZE8 A; 3JAT A; 2RMK B; 1K73 W; 3IC7 A; 4O2B A; 5CB4 B; 3MAQ A; 2QDO A; 4JAU A; 4LF9 O; 1XNQ O; 2N04 A; 4TUY A; 2WAM A; 1I5X A; 1QCE A; 2GUZ A; 5CN0 A; 4CZZ A; 3ETD A; 2ILM A; 4ZI7 A; 3E8G A; 3GWO A; 4LFC O; 3WU2 Z; 2HJF C; 5CA1 B; 4DV3 B; 4HNA A; 3MDS A; 1WNS A; 2OTL V; 4RQF A; 1JX9 A; 4LF7 O; 2XTA A; 4JV5 B; 3VQW A; 2QWR B; 1RM1 C; 3SJA C; 3K57 A; 2B5U A; 3ZJZ A; 3QNE A; 3A0H Z; 4DR7 B; 1ROP A; 3CC2 V; 2Y0I A; 4IIJ B; 2P90 A; 1DK1 A; 3K3W A; 3H1I H; 3ABM B; 3RW0 A; 3CJH B; 1AR1 B; 3EFF K; 4TT3 G; 2LGQ A; 1I7F A; 5FLX N; 5JCO C; 4UUJ C; 3FYE B; 2EUL A; 1SES A; 5KA6 A; 5LGU A; 4XDJ A; 5IT9 N; 3ETE A; 1H2S B; 3CXH F; 3CCQ V; 5H6Q A; 4B3T O; 3K08 A; 2DQ0 A; 3AG3 C; 5IJ9 B; 4ZIB A; 5B1A C; 3FB5 C; 2B9Z A; 2B1G A; 4DUY O; 4WFG A; 4DUZ B; 1YF2 A; 3S3W A; 1E1R G; 3OMA B; 1PP9 H; 3E89 A; 3JAL A; 2R9A A; 4JPR A; 5B1B C; 2C2A A; 4NXN B; 2UUA O; 1PKX A; 2XAF A; 2H8P C; 4WFE A; 1VQM V; 5JQG B; 2YDE A; 2ZIM A; 2DYS B; 4UV9 A; 1Q6I A; 5IJ0 A; 3F5W C; 2B1I A; 4DR6 B; 4K0K O; 1PM9 A; 5A9G A; 3KG2 A; 3AG2 B; 4FZ1 A; 4R6Z A; 3ZN0 A; 2ZXW B; 3RWR D; 4ZKI A; 3O65 A; 4CH4 A; 4RQE A; 3OTO O; 1KU9 A; 1SRY A; 2ITD C; 1I94 O; 3CRQ A; 2ZKO A; 3ZBH A; 3C3S A; 4IYH A; 4H33 A; 4PA3 A; 5JJN B; 5J2U B; 4BW9 A; 4J80 A; 4HBN A; 3A0R A; 4DV5 B; 5EZY B; 4LF6 O; 4MVS A; 1XL6 A; 4DV7 O; 1J95 A; 1EZJ A; 5BMV A; 2AZ0 A; 5L3G A; 2HKO A; 4E2L A; 1XDC A; 5IYB O; 1JMK C; 2RNB A; 1H8E G; 1VQN V; 4JI6 O; 5IYZ A; 3T1C A; 5C93 A; 4RO2 A; 4B7E A; 4B7K A; 4YJ2 B; 3W7X A; 4PA6 A; 4QPJ A; 4GZR B; 2EZP A; 1RFY A; 4CS2 A; 2ZE6 A; 4N21 A; 2ZM6 O; 2E76 B; 1M56 B; 4DR5 O; 1P4R A; 4GCZ A; 4NXM O; 2DMX A; 1N0N A; 4W4K A; 3M8A A; 4HYO A; 4LF5 O; 2E5L O; 1W0K G; 3OEE G; 5ITZ B; 3K5L A; 3SPJ A; 2HP8 A; 1RPO A; 2P6J A; 3BA8 A; 1R3K C; 3ZHT A; 2WLK A; 2E3C A; 3ZX6 A; 4ZOL B; 1B3Q A; 1VQ6 V; 1HDJ A; 4JI5 B; 2JGD B; 1M57 C; 2QKA A; 3T1H O; 4GKJ B; 2DE0 X; 4U3J B; 5D5P A; 3T1Y B; 1HNW O; 1XNR B; 5JVD A; 2KQX A; 1SER A; 4GKK B; 5EC2 C; 1W0J G; 2LJ2 A; 2R9R B; 5LP6 A; 4B08 A; 4IHJ A; 1JOY A; 1IVS A; 3DSQ A; 1QU7 A; 1H2G A; 2R70 A; 4A5U B; 4BW5 A; 4J10 A; 3LDE A; 5EYP A; 1F7Y A; 1CPY A; 1R3J C; 1ARO P; 1GN3 A; 1SQX H; 3C3T A; 4DXW A; 4X88 A; 5EC1 C; 3SYO A; 4PDL A; 2KG7 A; 4B3S O; 4J41 A; 1BT8 A; 2L6L A; 4X65 B; 3ABT A; 1Q6H A; 1SQQ H; 4XDL A; 2DW4 A; 1N34 O; 4X1Y A; 2OIE A; 2QR4 A; 3ICX A; 3NXS A; 3K5O A; 4CS3 A; 3MHH C; 4X62 O; 3CCM V; 3QO8 A; 4FFB B; 3ABK B; 5GW7 A; 3FB6 C; 1D5N A; 2F66 C; 4MTF A; 3ZIA G; 2EIJ C; 3RYC A; 4GT1 A; 4BWA A; 3FB8 C; 1EBO A; 1S0V A; 2PYJ A; 3WG7 C; 2FL4 A; 1BE3 H; 2Z5U A; 5LA6 B; 1W59 A; 3AK3 A; 4B3M B; 4UFZ A; 5LYJ A; 5DN6 G; 5BXZ A; 2F4V O; 4EB6 A; 4X66 B; 3CD6 V; 4NVP A; 2BE3 A; 3HKB A; 1VQ5 V; 2QEX V; 4GX5 A; 1XMQ B; 3CS5 A; 4LF4 O; 3CCE V; 3P3N A; 1JA8 A; 2Y69 B; 3P32 A; 2HFE C; 1PPJ H; 4UVC A; 1JQ0 A; 1K5S A; 4I4T B; 5IY5 B; 2CGN A; 1FJG O; 5LMU O; 1SS3 A; 3TK1 A; 5KX5 B; 4JI4 B; 3EVK A; 1KP3 A; 3OM3 B; 2NNU A; 3K9A A; 1F4N A; 1ZAU A; 2JIZ G; 2PTM A; 2N05 A; 2YIA A; 5IYD O; 2F1M A; 1M5I A; 5LOV A; 2NN4 A; 2ZQM A; 3ML0 A; 4YHH B; 3CMA V; 2HLD G; 1ORQ C; 1XHX A; 5KLV H; 3W7U A; 1NTZ H; 2QWO B; 1OCR C; 4O4H A; 1BQ0 A; 3K0G A; 1TA8 A; 3WFV A; 2EIM B; 1N0J A; 3APO A; 4GLX A; 2X6C A; 1NU1 H; 1VQP V; 1F4M A; 5IDJ A; 3TCU A; 4J7K A; 4JI0 B; 2OT5 A; 5IWA O; 4K8X A; 1HR0 O; 1IX9 A; 1RSO A; 4I7Z B; 3R65 A; 1XHZ A; 1GTO A; 1U96 A; 1XBL A; 3AG4 C; 1VQ9 V; 2UXB B; 2XUM A; 5LXT B; 2A0L A; 2IU3 A; 1K3E A; 2EJ7 A; 4LWS A; 4I0X A; 2IH3 C; 3TGU H; 5H6R A; 4DV3 O; 2RQ6 A; 5B1O A; 3SJB C; 1OCC C; 1YTF D; 4JV5 O; 1YVW A; 4F6R B; 1Z5V A; 3JD1 A; 2Y0P A; 2ETN A; 3IAY A; 2ZNI A; 4I55 B; 1VF6 C; 3HKC A; 1SF9 A; 3RBZ A; 5GON B; 1BCC H; 4OX9 B; 1V54 C; 1ZL8 B; 1JR9 A; 1N32 B; 4NTW A; 1UFI A; 4RAI A; 3D3I A; 5JH7 A; 4O2B B; 3RGB A; 5LGN A; 2UXX A; 3DGE A; 4X1K A; 4TUY B; 3KZI Z; 1AI5 A; 1PNL A; 2GUZ B; 1BSM A; 3IJ4 A; 1M1K W; 1IBL O; 2DN9 A; 1KMI Z; 2E75 B; 4ZI7 B; 4O4L A; 1LUV A; 2V4D A; 3JD0 A; 2Q7H A; 2Z3Y A; 1AJN A; 4P9O A; 4DW1 A; 4H0L B; 1B06 A; 1H2M A; 4YY3 B; 3ZRS A; 1XMO B; 3A0B Z; 4LBE C; 3ZHV A; 3HKE B; 4KFM A; 5B66 Z; 2VQE O; 5HFL A; 3LSS A; 2W0F C; 4AIL C; 2P22 C; 1I08 A; 2ZIO A; 3OMI B; 2XAG A; 2CDY A; 3HR0 A; 1IXB A; 4PD4 F; 2ZE5 A; 1HNZ O; 1HNX B; 3JAW B; 3K58 A; 1OZ0 A; 1S5H C; 4L87 A; 3CWB H; 1K97 A; 4QNH B; 4R8C A; 2A3Q A; 4PA7 A; 1YI2 V; 2R72 A; 5LMN B; 3RYH B; 2EIL B; 2N74 A; 3ABU A; 4AHC A; 4YJ3 B; 2WA3 A; 3OAA G; 2YSU B; 2CTW A; 1IBK O; 3LDC A; 3CSX A; 3JAL B; 2AXT Z; 1GAX A; 5H2F Z; 3JYC A; 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