The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II at a resolution of 1.9 A
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
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| molecule tags |
Electron transport, photosynthesis
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| total genus |
24
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AXT Z; 3KZI Z; 5KAF Z; 3JCU Z; 3WU2 Z; 4IL6 Z; 5E79 Z; 5B5E Z; 4PJ0 Z; 5B66 Z; 5H2F Z; 1S5L Z; 5KAI Z; 5GTI Z; 3A0H Z; 5GTH Z; 4UB8 Z; 5TIS Z; 3A0B Z; 4UB6 Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IZ3 A; 1P7G A; 4I50 B; 3VOU A; 4U7O A; 2RJZ A; 3AK1 A; 4I9W A; 1Y66 A; 1QCE A; 4TV9 B; 1YF2 A; 3X2Q C; 3P3P A; 5FLX N; 1GN6 A; 5A2Q N; 4UXN A; 1FJG O; 2FYU H; 3CC2 V; 3JYC A; 1KYO F; 2R9I A; 4GCZ A; 5CBH A; 2Q6A A; 2XT9 A; 1VF6 C; 1DLB A; 3SR2 C; 3AG4 C; 2Q7G A; 3JAL B; 3OAA G; 3OT7 A; 1YSC A; 3ASN C; 1FKA O; 3WB1 A; 1MA1 A; 2XUM A; 2JEU A; 1NVP B; 3K59 A; 2F23 A; 2V1D A; 3U0Z A; 3VQV A; 1I5Y A; 4JZ2 A; 3HKB A; 1G6U A; 4I55 B; 2Q73 A; 1H2M A; 2OCC B; 4FLY A; 5HFL A; 2R72 A; 4I4T B; 1GH6 A; 2HHH B; 4E2L A; 2OWO A; 3ZHT A; 4TOI A; 3IC9 A; 3HB3 B; 1ZL8 B; 1F51 A; 2UXD B; 5K1X A; 1NH2 D; 2PI5 A; 4CS3 A; 1JFF A; 3RYH B; 1FPO A; 4NVP A; 1D5N A; 3OGI B; 4MVQ A; 4DRX B; 2CTQ A; 3PN1 A; 1XL6 A; 4KFM A; 2PY5 A; 3E8F A; 1WN7 A; 2ZR3 A; 3G6B A; 2EIJ B; 1GN3 A; 2HVJ C; 3G6E V; 1K92 A; 3G4S V; 4DR1 B; 2C2A A; 3LNM B; 4JAA A; 1SQG A; 1OZ0 A; 1M56 C; 4K0K B; 2EJ7 A; 3D8C A; 2Z5U A; 5EC2 C; 2DYS B; 5J2U B; 3K5L A; 2A06 H; 2A3Q A; 4R50 A; 3SJA C; 4OGQ B; 4LWS A; 1URF A; 5FNV B; 4X8A A; 3ABM C; 1GK9 A; 2ZM6 O; 4RWU A; 5EZY A; 5TIS Z; 3RT3 C; 5EIB D; 1KQS U; 2WLM A; 5LA6 A; 2O57 A; 4D6T H; 4PD4 F; 4AQY O; 4DUZ B; 2EIL B; 4YHH O; 3AG2 B; 1NI8 A; 1TA8 A; 3E8G A; 3APO A; 1EBO A; 3SYP A; 1N8R W; 3FB7 C; 1VQ8 V; 1NTZ H; 1DF4 A; 2D3O W; 3A8T A; 1H2L A; 3OTO B; 5KHG A; 1B3Q A; 3E8H A; 4GKK B; 2P5O A; 1UFI A; 4LF5 B; 5B1A B; 5C93 A; 3TCU A; 1EN6 A; 1JJO A; 4X66 O; 3JAR B; 1E1R G; 3O9O A; 4ZHQ B; 1WB7 A; 2FL4 A; 2V7Q G; 5FPO A; 1M57 C; 4YY3 O; 2EIN B; 3ZMT A; 4HZ3 A; 5B66 Z; 3S3W A; 3ZJZ A; 4MS2 A; 1PL0 A; 1O9H A; 3A0H Z; 3C3S A; 3STL C; 3CCL V; 1KKC A; 2YI9 A; 3FAV A; 1R1B A; 2LGW A; 5BR8 O; 1VQ5 V; 3ZMZ A; 4TUY B; 1OCZ C; 1XNR O; 4NXN B; 3CCM V; 1RSO B; 3CRR A; 1NR1 A; 4OX9 O; 2QWP B; 4NR1 A; 1WJZ A; 3ZX6 A; 4F6R B; 1RPR A; 1RPO A; 2P4K A; 4C7U A; 5E79 Z; 1HNW O; 1FXK B; 1H2N A; 5JWP A; 1NTM H; 4HYO A; 4PDM A; 1QHT A; 4JTC B; 5GON A; 3T1H B; 5IYC O; 4RQF A; 1I94 O; 4DR4 O; 4DV6 O; 1UJW B; 2YEV A; 1XMO B; 1OCC B; 3C90 A; 4JV5 B; 3C3T A; 2ZXW B; 4YIP A; 2CGN A; 1N33 O; 2UXB O; 2BTQ A; 4JYC A; 1ORQ C; 1Y76 A; 2WLK A; 2F93 B; 3UO2 A; 4QE7 A; 4JI2 O; 1XEQ A; 4CH6 A; 1DGS A; 3AG7 A; 5L3F A; 4ZOL A; 3LSS A; 4OPH A; 3HKE B; 4JI3 O; 1XUQ A; 1IVS A; 4JI4 O; 1F23 A; 4EFB A; 1YTF D; 1THZ A; 1G8M A; 2HG5 C; 1K97 A; 4XDK A; 5BY1 A; 1GO3 F; 2Z0A A; 2LW1 A; 2WSS G; 3OE7 G; 3M99 B; 4FM2 A; 4QGP A; 5JH7 B; 1COW G; 5KLV H; 4TV9 A; 3TJT A; 3W7T A; 2P6J A; 2F43 G; 5IE9 A; 2JGD A; 4D7T A; 3OR6 C; 4UB8 Z; 2QTO A; 1K33 A; 3LUT B; 3K0D A; 1R73 A; 2NNU A; 3CCS V; 1OCR C; 1Q6H A; 5D5P A; 2AHY A; 2Y0I A; 1PV0 A; 4IT5 A; 3HPL C; 3OM3 B; 2Y4U A; 5CB4 A; 4EKW A; 4IYI A; 3D36 A; 4DV1 O; 3T4D A; 3CP1 A; 2OTJ V; 2UXC O; 3DC5 A; 5LMN B; 2EX3 A; 1Q43 A; 3A2F A; 3K79 A; 4I55 A; 2UUC O; 4MVM A; 3CXH F; 2WA4 A; 3SJC C; 1Q86 W; 2ZIN A; 3ABU A; 4J80 A; 5FPR A; 4NXM B; 3OEE G; 5EYP A; 4I4T A; 1XNQ B; 4LF4 B; 2YDE A; 5DEC A; 4FFB A; 3HKB B; 4R6Z A; 1KBH A; 4H44 B; 1IDS A; 1YDX A; 4WBN B; 1S76 D; 1NU1 H; 2H94 A; 1V55 C; 3IGA C; 1S3J A; 1PPJ H; 2UUB B; 1SER A; 3SYA A; 1IBK B; 4GUN A; 3RYH A; 2LGQ A; 4H37 A; 1FFT B; 2RDC A; 1J5E B; 3WB2 A; 3CX5 F; 3AEI A; 3K5O A; 2X6B A; 3E8B A; 4UCT A; 2Q0A A; 3TK1 A; 3WU2 Z; 3ZRW A; 1BS3 A; 1UPG A; 4B3M O; 4DR5 B; 1Z2G A; 2HLD G; 3JCZ A; 2E3C A; 4FJC C; 1BHA A; 4DR3 B; 4LF7 O; 3QNE A; 3J7A U; 1QLE B; 1VF5 B; 4B3S B; 4PJ0 Z; 1XMQ O; 4X62 O; 4X89 A; 4PEL A; 5AG2 A; 4LFA O; 4BR6 A; 1PD3 A; 1AI5 A; 1NZ6 A; 2VWK A; 2ZIO A; 1FYJ A; 3I56 V; 5JQG B; 4TQF A; 5F2V O; 3E83 A; 2QJ1 A; 1EFR G; 4P2Z A; 2QSA A; 4WFG A; 3I5D A; 4LWS B; 2IU3 A; 2LW7 A; 4DK0 A; 2B1I A; 3BCC H; 1H38 A; 1AI7 A; 3E86 A; 3OGC C; 2EZO A; 2YI8 A; 3CSX A; 2EIK C; 4OXS A; 4PA3 A; 3OFN G; 4MTO A; 5LA6 B; 5LP6 C; 3E22 A; 3CCJ V; 1KD1 W; 2W0F C; 4DK1 A; 2ZCE A; 1N36 O; 2QM7 A; 4JAU A; 2AZ2 A; 4JI5 B; 2EIM C; 1NT2 B; 5KUM A; 1JA8 A; 4U7N A; 3ZHV A; 1FXH A; 4HAM A; 3RYI A; 1XHX A; 1E79 G; 4YJ3 A; 3F7Y C; 4FLV A; 1FFX A; 2IW5 A; 3F5W C; 4KL1 A; 1JR9 A; 2N05 A; 2PYJ A; 5H6R A; 3I55 V; 4P9P A; 4NB5 A; 3UCS C; 3R65 A; 5B5E Z; 1Z5W A; 3CCV V; 2UUA B; 3CCE V; 2P06 A; 2FML A; 3B40 A; 2E76 B; 3CMA V; 2WLL B; 1RSO A; 3RVZ A; 4LH6 A; 4DYL A; 3JAW A; 5KHJ A; 3QG5 A; 4B3T O; 3AK3 A; 2KQX A; 4F6R A; 5HFM A; 2DYR C; 3FAV B; 3SPG A; 4JI0 B; 5BXZ A; 1P7B A; 4BW9 A; 3FKS G; 5KA6 A; 2Q8V A; 1YIJ V; 1HNZ B; 4H0L B; 4O4H A; 2LQT A; 1SQV H; 4DV0 B; 1XBL A; 5KA5 A; 5LYJ A; 1HWY A; 4KXR A; 2EUL A; 1DF5 A; 1KMI Z; 1L0N H; 4ABM A; 1S0V A; 1SA0 A; 1ZUQ A; 1SET A; 3A0R A; 3RW0 A; 3GVM A; 3ML0 A; 1WLE A; 2UXD O; 3L75 H; 2QDO A; 4ZBM A; 4MT8 A; 4DXW A; 3L73 H; 1NQT A; 4N23 A; 5IYB O; 2DE0 X; 1VQ6 V; 4DV4 B; 1VQM V; 1QQC A; 1XOU A; 3GWK C; 4IHJ A; 2OTL V; 1YIT V; 5CBF A; 2BTQ B; 1Y76 B; 5KHI A; 4W4K A; 4DV7 B; 4J9Z B; 3LDE A; 3FYE B; 2DJV A; 1TUE B; 4ZOL B; 1Q5O A; 1YXB A; 4MW8 A; 4LF8 O; 2PGG A; 2HJF C; 1IBM B; 4K0K O; 4YIO A; 2F4V B; 3BVO A; 1W2B U; 4JTA B; 2GBO A; 2P90 A; 4B7K A; 1M9N A; 4O4I A; 3RN4 A; 3B8N A; 4J41 A; 1KP2 A; 2M7W A; 1U96 A; 4PI0 A; 3WFV A; 5BZB A; 1F7Y A; 2KKW A; 3HKC A; 4CC5 A; 4X88 A; 4JI7 B; 2VQE B; 3ZMS A; 2JGD B; 1MZF A; 2Y69 C; 2ITD C; 4Z1V A; 3AG3 C; 3JSN A; 4DUZ O; 4EEQ A; 5CA0 A; 3OMN B; 3OR7 C; 5CA3 A; 1TVK A; 2WLI A; 2XND G; 3BRC A; 5JJJ B; 4ZIB A; 2JEX A; 3ABL B; 4TV8 A; 3OTO O; 5CB4 B; 4O2A A; 4GKK O; 2ZE7 A; 4LFB O; 3THO A; 5IYZ B; 3RWR D; 3DSQ A; 3K03 A; 4F6E A; 4BWA A; 3ABK C; 4EB6 A; 4BW5 A; 4FLX A; 3JAT A; 1YJW V; 3FYI B; 1YTF B; 4MSW C; 5LHG A; 4WBN A; 3ZIA G; 1BQZ A; 4N21 A; 4FLZ A; 4CH3 A; 2IH3 C; 2MW2 B; 2ADP A; 1IXM A; 3IC7 A; 4Z2W A; 2ZNI A; 3ETE A; 2Q67 A; 5EYP B; 1BHB A; 4MVS A; 2EZP A; 4NYK A; 2JK5 C; 1PNK A; 1US6 A; 4FFB B; 3H9V A; 4PDL A; 1SQQ H; 4WFH A; 1TAE A; 2W6I G; 1GN4 A; 2B9Z A; 1GM9 A; 4GLX A; 4KHP B; 2OIG A; 3SYO A; 2WPD G; 1RM1 C; 1BZK A; 1ARO P; 5EBM C; 3L72 H; 4FIP C; 2QWQ B; 1WPX A; 5LL6 Y; 2BCC H; 3ZHS A; 3CEI A; 4DV5 O; 1KUQ A; 5LGT A; 4LF6 B; 1Q6I A; 5B1B C; 2DN9 A; 2YS8 A; 5IY5 B; 3CJH A; 3SJB C; 2CUG A; 4DW0 A; 4XDL A; 3ZRW B; 1LR1 A; 3ZN0 A; 2V4D A; 5JQG A; 2ZD9 A; 1G1X B; 3W7U A; 3AG1 C; 4CZZ A; 3BAA A; 5KHK A; 4K8X A; 4JGS A; 4RQE A; 5IWA B; 4Q20 A; 1PKX A; 2RCV A; 3ASO B; 3DTU B; 2BOB C; 4UVB A; 1R3K C; 1FS0 G; 4MVU A; 5LXT A; 1QR8 A; 5LGN A; 5L3G A; 4JAV A; 3K08 A; 4IIJ A; 2P22 C; 3TGU H; 1KU9 A; 4ZI7 B; 1R6N A; 3ZRS A; 1SQX H; 5IJ9 A; 5LOV A; 2VS0 A; 4TSF G; 3X2Q B; 3OUS A; 4WFF A; 2WLN A; 2Z3Y A; 1YI2 V; 3K06 A; 1AR1 B; 2VWJ A; 2FB5 A; 4UVA A; 3UO3 A; 1AJP A; 3E22 B; 1FJG B; 3K9A A; 4BIO A; 3AG4 B; 4JZG A; 4X9Q A; 2ITC C; 5KX5 A; 1XDC A; 3ASN B; 4GX1 A; 4X1Y A; 1GM7 A; 3JAM N; 3RYI B; 4LF9 B; 4JTD B; 3SGI A; 2ZE8 A; 1TUB A; 3OEH G; 4L87 A; 1VMG A; 4YJ3 B; 1VQ4 V; 1FFX B; 5C8Y A; 3JAK A; 1HNX B; 2WLL A; 3BY6 A; 1QNM A; 3CRC A; 4MVO A; 4UB6 Z; 5B3S C; 2XHB A; 3ZHU A; 2WA3 A; 1JJ2 U; 1EZJ A; 2KSD A; 3BFR A; 2JJ1 G; 3EVK A; 2XAJ A; 3IAY A; 3IJ4 A; 2Q5Z A; 1X59 A; 5LMN O; 3UKM A; 4DUY O; 3JAW B; 4O2B B; 4X1K A; 1VQN V; 2XOK G; 4OPA A; 2F66 C; 2OCH A; 4NXM O; 2WAM A; 1XNQ O; 4LF4 O; 4WFB V; 4W4L A; 1JQ0 A; 4GYC B; 4LBE C; 2GHY A; 1SQF A; 1MNG A; 4O4H B; 1JCH A; 1YJN V; 5LYJ B; 2KG7 A; 1VIB A; 2F1M A; 5IJ0 B; 3JAS A; 3KCX A; 1GN2 A; 4NTX A; 4JI1 O; 4FLT A; 4YJ2 A; 1SRY A; 3K3W A; 1IBK O; 1PM9 A; 3MHS C; 1SA0 B; 1AP6 A; 3LDC A; 4PHZ A; 1ZWI C; 3EXA A; 1J5E O; 1V54 C; 2Y48 A; 2LJ2 A; 1CEZ A; 4P30 A; 1M56 B; 2OT5 A; 1B06 A; 3LSU A; 2IJH A; 2QWN B; 4JI8 O; 2PZS A; 1Y4M A; 3TXS A; 1I5X A; 2W0X A; 3ZBH A; 2L6L A; 1YVW A; 3ABM B; 4DR5 O; 4DR2 B; 5LGU A; 4IHJ B; 1ZAU A; 1BGY H; 3G80 A; 2QKC A; 5E1A C; 1I7F A; 4GX2 A; 4B3S O; 5JCO A; 3ZRX A; 1N0J A; 4FM0 A; 1AR4 A; 3KG2 A; 3G67 A; 1WNS A; 2CDY A; 3D3Q A; 2HVK C; 1FD9 A; 4QPK A; 5D5Q A; 1K73 W; 4NKG B; 4B3R B; 4B7E A; 1JPX A; 2D2C B; 5EBL C; 1AI6 A; 4PI2 A; 2NLJ C; 2CK3 G; 2E5L B; 2ZIM A; 2E74 B; 4O4I B; 1GRJ A; 4BIU A; 1YJ9 V; 2UU9 B; 2GSM B; 1E1Q G; 3BPZ A; 3HKC B; 3WG7 C; 1MG1 A; 1QVF U; 1L1F A; 4AIL C; 1EN4 A; 3QVN A; 5J2T A; 1F4N A; 1M57 B; 1QLN A; 4JYA B; 4UVC A; 5CA0 B; 2CH7 A; 2GV9 A; 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4G2K A; 1S77 D; 2VRZ A; 2CGO A; 1N34 B; 2YUA A; 4K3A A; 2WLJ A; 3VQX A; 3E89 A; 4R8C A; 1IBL B; 4X64 B; 4JI7 O; 2VQE O; 5KHH A; 4UCO A; 4DV1 B; 4I5S A; 4J9Y B; 1N32 B; 1J95 A; 4HBN A; 3ZED A; 5KX5 B; 1ZLZ A; 2UXC B; 2ZDI C; 4X1Y B; 5L3C A; 1Z5V A; 1TUB B; 3FB5 C; 1VQP V; 5C8Y B; 4GZR B; 5L3E A; 1TGO A; 4UUJ C; 3Q4H A; 4PA4 A; 5GTI Z; 3DXR A; 3E35 A; 3JAK B; 3BAB A; 4O2B A; 2OYQ A; 4BAY A; 3VBB A; 1V55 B; 2UXN A; 3SPH A; 1VF7 A; 2ZKO A; 3MAQ A; 3T2M A; 2DMX A; 3CB2 A; 4X1K B; 3RFR A; 5IJ0 A; 2EJR A; 4UCS A; 3H1K H; 4FMT A; 3L74 H; 2OCC C; 2HHH O; 3ZCC A; 2F95 B; 4IYH A; 1MAB G; 5KAF Z; 2IH1 C; 4MTG A; 5JJE B; 3ZRV A; 2KG7 B; 4PA7 A; 4QJF B; 4XDJ A; 3JAS B; 1NTK H; 4YJ2 B; 1N0N A; 3PJS K; 2P4V A; 1S5L Z; 5DM6 V; 4LF7 B; 4KHP O; 1FAF A; 3T4Z A; 3RYC A; 4EFE A; 2RNB A; 4O4L B; 5KMG A; 4LFC B; 1ZX3 A; 3CYO A; 2QKA A; 3ZMU A; 4DV3 B; 4LF6 O; 2NN4 A; 3L70 H; 4FLU A; 4KUM A; 2G38 A; 1BQ0 A; 2ZE5 A; 1JOY A; 3BEH A; 3MD0 A; 3G71 V; 3K5M A; 4I0X B; 4DR1 O; 4ICG A; 5JVD A; 2EIJ C; 3KKY A; 1BMF G; 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