The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
TVLHVQEIRDMTPAEREAELDDLKTELLNARAVQAAGGAPENPGRIKELRKAIARIKTIQGEEGD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
23
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF00831 | Ribosomal_L29 | Ribosomal L29 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQO V; 1N8R W; 1YJW V; 1M1K W; 1KQS U; 1W2B U; 1K9M W; 1Q81 W; 1VQ6 V; 5DM6 V; 3CME V; 3CC2 V; 1YHQ V; 1KD1 W; 1YIJ V; 1Q7Y W; 1R73 A; 3OW2 U; 4WF9 V; 1NJI W; 1QVG U; 4WCE V; 1VQM V; 2D3O W; 1Q82 W; 3CCU V; 1YJ9 V; 1K73 W; 3G4S V; 3CCS V; 3I56 V; 3CCL V; 1QVF U; 3G71 V; 1VQL V; 1VQP V; 3CCR V; 3CD6 V; 1YI2 V; 3CC7 V; 1YIT V; 1VQ4 V; 1VQN V; 1VQ5 V; 1JJ2 U; 2QEX V; 4WFB V; 3CCM V; 3CMA V; 1VQ7 V; 1KC8 W; 1S72 V; 3CPW U; 3CCJ V; 1VQ8 V; 1K8A W; 3CCQ V; 3G6E V; 2OTL V; 1Q86 W; 4WFA V; 3CC4 V; 2OTJ V; 3CCV V; 1VQK V; 1M90 W; 1YJN V; 3CCE V; 3I55 V; 1VQ9 V; 2QA4 V; 3CXC U; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GTI Z; 4LWS B; 5IJ0 A; 1HNW O; 1DF5 A; 2G38 A; 4ZOL A; 1WPX A; 3L74 H; 4ICG A; 2EIM B; 4JI3 O; 4ZHQ B; 3JD3 A; 5BR8 O; 4G28 B; 2QEX V; 5LYJ B; 2VQF O; 5H2F Z; 2UXX A; 1S72 V; 4DR4 O; 2X0L A; 2V4D A; 4YY3 B; 5JWP A; 1R3J C; 3E8H A; 5FPR A; 3CHX A; 2HLD G; 2ATK C; 1EN5 A; 1M56 B; 4LF5 O; 1SA0 A; 3K5M A; 1AP5 A; 2FYU H; 1HWY A; 1S3J A; 3CSX A; 1N32 O; 1FFX B; 3IGA C; 3ZCC A; 2ZIN A; 1HNZ O; 3G6B A; 3LDE A; 2HKO A; 5DED A; 2ZT9 B; 1GM8 A; 2ITC C; 1BT8 A; 2EUL A; 2Z0A A; 4PJ0 Z; 4QE7 A; 2JEU A; 3DXR B; 4ZHQ A; 1QVF U; 4YJ2 A; 5FNV A; 2QKA A; 5IYZ A; 3DC6 A; 4AQY O; 1DF4 A; 1AR5 A; 2OTJ V; 4X88 A; 3ZRX A; 1FJG B; 1F51 A; 3ABU A; 1H2L A; 2QM8 A; 4BWA A; 1Z2G A; 1BHB A; 4FK5 C; 1NJI W; 1W0K G; 3FFQ A; 4AI8 A; 1SC5 B; 2QSA A; 5CN0 A; 2QKS A; 4JI5 O; 1NR1 A; 1K34 A; 2WLM A; 1FFX A; 2EX3 A; 3N27 A; 1ZL8 B; 4LCU C; 5EBL C; 4PDV A; 2CTP A; 1FFT B; 3QO7 A; 3ASO B; 2ADP A; 3H1H H; 2M6Y A; 1BGY H; 5EC2 C; 1ORQ C; 2X6A A; 1N4C A; 4FMT A; 5EYP B; 3TET A; 2QWR B; 2F4V B; 3OAA G; 3DXR A; 2Q67 A; 2UXD O; 1URF A; 5BMV B; 4DV1 B; 1PM9 A; 1WPB A; 4EFE A; 1I94 B; 5FLX N; 1VQ4 V; 2P4V A; 1VQ5 V; 1SER A; 1N33 O; 1AJQ A; 4TWK A; 5IYD O; 2IJI A; 2E5L B; 1MA1 A; 4G27 B; 1GAX A; 1A32 A; 2JJ1 G; 1KKC A; 4FZ0 A; 3ZMZ A; 1FXH A; 1QLE C; 4DV3 B; 1TUB A; 1IBM O; 4LF9 O; 5LP6 B; 2QDO A; 4Z1M G; 2RQ6 A; 5GON A; 5LOV A; 3WG7 B; 4MS2 A; 4DR6 O; 1ZWI C; 3JSL A; 2P6J A; 1AIL A; 1KC8 W; 1H2G A; 4X9Q A; 2GHY A; 5LGN A; 3RYH A; 4UFZ A; 4DV4 B; 2AHZ A; 3FX7 A; 5LMN B; 3LDD A; 4JAU A; 2FML A; 1ZUQ A; 4MVR A; 4DR3 O; 2WSS G; 1NTM H; 2ZXW B; 3UKM A; 1SQX H; 3L72 H; 2L6L A; 2KG7 A; 3TXQ A; 3LSS A; 1AJN A; 2EIL B; 4OPA A; 1Y4M A; 1S77 D; 1QR8 A; 3SPG A; 5EBM C; 2GBO A; 3AG3 B; 4ASU G; 1SQQ H; 5E79 Z; 3B4S A; 4MTX A; 3W7W A; 4DW1 A; 3CCV V; 3AG7 A; 3JAM N; 4LF7 O; 2UUB B; 3SGI A; 2LFR A; 4FLT A; 3AG1 C; 1W59 A; 3DC5 A; 1R6T A; 2XAJ A; 4L8J A; 3E22 A; 3WB0 A; 1RPO A; 4LF6 B; 2Z5U A; 3DSQ A; 4WFB V; 2BOC C; 1VQ7 V; 3ZRS A; 4B3R O; 2Q7G A; 3AG2 C; 5FPO A; 2B1I A; 3X2Q C; 4AHC A; 4DV5 B; 1MG1 A; 2IM9 A; 5IWA O; 2EIJ C; 1QBZ A; 4JI7 B; 2QM4 A; 2HHH O; 1BQZ A; 1ARO P; 4J10 A; 1L1F A; 3NR7 A; 2UUC B; 3H1K H; 4RQF A; 4FM2 A; 5B1O A; 3ASN B; 3RYI B; 4J7Z A; 2XT9 A; 3FYE B; 4GCZ A; 3VOU A; 4X65 O; 2HFE C; 2CTW A; 2YI9 A; 3RT3 C; 5ITZ B; 1I0H A; 1Q90 D; 1DTO A; 4IYI A; 1N34 B; 3SDL A; 4X1K B; 3LSQ A; 4XBF A; 1RSO B; 1SZT A; 3P30 A; 4P2Z A; 4WBN B; 1MZE A; 1K33 A; 4DV7 B; 3ETG A; 5KMG B; 5IJ9 A; 2CUG A; 3THO A; 5EC1 C; 3ZJZ A; 2YI8 A; 3HKB A; 2ARH A; 1SRY A; 2B1G A; 2JJ2 G; 4ZIB A; 3JAL A; 4UCV A; 2IBZ H; 3IC7 A; 4GKK B; 4TQF A; 3CXC U; 3NXS A; 2EJR A; 3JAR A; 3HKC B; 1VQ6 V; 3CC2 V; 2XUM A; 3JAT A; 4YY3 O; 3OR6 C; 1YXB A; 3RYI A; 4JI1 O; 1RM1 C; 4GUN A; 1EN6 A; 2Q68 A; 2YEV A; 3L70 H; 5L3D A; 3ZHS A; 3HB3 B; 1BMF G; 1WA8 A; 4WFG A; 1VF7 A; 1ROP A; 1FS0 G; 2ZE5 A; 1GN6 A; 4CH6 A; 1VP7 A; 5CA1 B; 3PN1 A; 4WBN A; 1F7Y A; 4PA7 A; 1SZX A; 1IBK O; 1QLN A; 4HAM A; 5CBH A; 4JAS A; 2KSD A; 1H2K A; 3OD4 A; 4XDJ A; 3SYA A; 1K7D A; 4H33 A; 5EIB D; 4TSF G; 3QVN A; 4QIW F; 1Q86 W; 2ODM A; 1D2D A; 3A2F A; 2YID A; 3JAW A; 3QG5 A; 5AG2 A; 1OCR C; 5LA6 A; 2PYL A; 4KXR A; 4TUY B; 5LGU A; 4JF3 A; 1XL6 A; 3MAQ A; 2LO1 A; 3I56 V; 2HVJ C; 4DR4 B; 2PZS A; 1FJG O; 2QJ1 A; 5JVD A; 3JD4 A; 4PDL A; 4KHP B; 1VF6 C; 4J7J A; 3CCM V; 4DRX B; 1HDJ A; 1S5H C; 4UXN A; 3TXS A; 2WLN A; 2LJ2 A; 4LP8 A; 4G2K A; 4X62 B; 1R1B A; 2EIN C; 4X20 A; 1W0J G; 2F4V O; 1HNX O; 1Z5V A; 3APO A; 5D5Q A; 1OV9 A; 4BAY A; 1JX9 A; 4X8A A; 2BSK B; 2ZR2 A; 1H2M A; 1YF2 A; 4DV1 O; 3CJH A; 3KG2 A; 2P06 A; 3JD2 A; 1Y76 B; 4OX9 B; 1Q8I A; 2F66 C; 3ML0 A; 4AQY B; 1M57 C; 5KHJ A; 3CX5 F; 3E8G A; 4I4T B; 2E5L O; 2UXB B; 2EZP A; 3U0Z A; 3C3S A; 4DRX A; 1XIL A; 2V7Q G; 3ZHU A; 4U3J B; 4RWU A; 1PV0 A; 1GMG A; 5H6R A; 3LNM B; 2R70 A; 3CRC A; 1N0J A; 2BTO A; 5L3C A; 4UCS A; 4YIO A; 5FL7 G; 4I7Z B; 4DV4 O; 2WA3 A; 3ABM C; 1ZLZ A; 2ZE6 A; 4IIJ A; 3J80 N; 1NBM G; 1OCZ C; 2N04 A; 4IGG A; 5LMU B; 2PI5 A; 3D36 A; 2ZDI A; 2LFS A; 1R3I C; 2YIB D; 3OM3 B; 4YXW G; 4CC5 A; 4FIP C; 3BPZ A; 2OT5 A; 2UXD B; 3MHS C; 3UM7 A; 1IBL O; 4HNA B; 1N33 B; 4I4T A; 1Q6H A; 1SQV H; 2ZNI A; 2JIZ G; 4H44 B; 1SQB H; 4K3A A; 4FPP A; 2UUB O; 2YDE A; 2Q8V A; 1L0N H; 1XEQ A; 1VQN V; 2GTS A; 2IJK A; 2N05 A; 4U3J A; 3MHH C; 3CCJ V; 2NNU A; 1K8A W; 4X1I A; 3I5D A; 2QGN A; 4LNU B; 4OPH A; 4LF6 O; 2VWJ A; 1BE3 H; 2R9R B; 1NTZ H; 4MSW C; 2DYR B; 1AB3 A; 4DUZ B; 1QVG U; 4I55 A; 3ZIA G; 4E4E A; 1NI8 A; 5CB4 B; 2WLL B; 4DV5 O; 2LGQ A; 4JI7 O; 1X4T A; 3ZRW B; 1PNL A; 2LGW A; 2UUC O; 1WAZ A; 2ZCE A; 3BA8 A; 3UCS C; 1M1K W; 4QPK A; 4LF4 O; 1EBO A; 4LFB O; 1FXK A; 1Q6U A; 2H8P C; 3ABK C; 2BTQ A; 1N34 O; 1K5Q A; 1K5S A; 4K35 A; 1VMG A; 5KX5 A; 2R9A A; 2DQ3 A; 1LUW A; 1OJH A; 3OTF A; 1XMQ B; 1O9G A; 5HFM A; 4DV7 O; 1ZX3 A; 3BEH A; 4I50 B; 3ZHR A; 3RYF A; 1TVK B; 4MVS A; 5KUM A; 4WCE V; 5CB4 A; 3CRR A; 1ZSP A; 3RWR D; 2ETN A; 3AG2 B; 2X7R B; 3JCZ A; 5DN6 G; 3O65 A; 1YEW A; 4XDK A; 1F4N A; 3X2Q B; 1AI6 A; 2B5U A; 5TIS Z; 3CPW U; 5IWA B; 2EIJ B; 2HHH B; 2D2C B; 3CE2 A; 4AIL C; 2DE0 X; 5J2T A; 2RNB A; 1YJW V; 4NYK A; 3UT5 B; 3K0D A; 4LH7 A; 4EKW A; 3UQ8 A; 3CME V; 3BFR A; 2R9I A; 2B9Z A; 3KKY A; 4BR6 A; 4PA6 A; 3JCU Z; 4QNH B; 3BRC A; 4MW8 A; 4L87 A; 4J7K A; 1AJP A; 5KHK A; 3ZMV A; 5C8Y A; 2KB1 A; 1I7F A; 4PDR A; 1T5E A; 3ZHT A; 1M93 A; 4NB5 A; 1H38 A; 5JH7 A; 1BZK A; 3A0R A; 4GX1 A; 4HYO A; 2DOS A; 3OE7 G; 4MVO A; 1EFR G; 2RCV A; 4N23 A; 4UCU A; 3CMA V; 2YS8 A; 4OXS A; 3JD0 A; 2F23 A; 5IY5 B; 3JAK B; 4KHP O; 4JYA B; 1V54 B; 4OGQ B; 4UVA A; 4JI1 B; 1RM1 B; 3E2E A; 2P90 A; 3WB2 A; 1KMI Z; 1E79 G; 2AHY A; 3HKE B; 4O4L A; 3A0H Z; 3U11 A; 2YIC A; 4B3S O; 4X62 O; 1Q3E A; 3E8F A; 2XTA A; 1IBK B; 3UO3 A; 1WB8 A; 3BAB A; 4RO2 A; 4LWS A; 5JQG B; 2JDI G; 2DJV A; 4GKJ O; 4OX9 O; 1RP3 B; 4Z2W A; 2C2A A; 5LYJ A; 3TGU H; 3MDS A; 3OGC C; 1KBH A; 2GUZ B; 1WNS A; 2Y69 C; 4DXW A; 4DV0 O; 2ZD9 A; 2UXB O; 2P4K A; 4CC6 A; 2ZIO A; 3H01 A; 4O4I B; 4JV5 B; 4D7T A; 2DWE C; 4MT8 A; 1ZTE A; 1S5J A; 4ZI7 B; 4CH4 A; 2YXL A; 3K9A A; 1AI4 A; 2EZO A; 2F1M A; 1B04 A; 2JRI A; 2XAF A; 2CTR A; 4UUJ C; 2Y4T A; 1EM1 A; 2Q69 A; 3SR2 C; 1S0V A; 1COW G; 3W7T A; 2NR5 A; 3E8B A; 4Q20 A; 1WN7 A; 4W4K A; 4FM1 A; 3OFN G; 1YZB A; 4UCR A; 1SKV A; 1L0L H; 3R66 A; 5LMU O; 2EIN B; 4D6T H; 1HNX B; 3OTO B; 1RFY A; 2QTO A; 5B1N A; 1OCO C; 1P84 F; 2GUZ A; 3OMI B; 3GWO A; 3G80 A; 1GN3 A; 1XDC A; 1IVS A; 1FYJ A; 1M57 B; 1V9P A; 1SES A; 1P7G A; 2P22 C; 1BCC H; 4ZI7 A; 4JI6 O; 2OCH A; 2OIG A; 4DK0 A; 3CWB H; 1ZL8 A; 4DUZ O; 4O2A B; 2DW4 A; 4X1Y B; 3QO8 A; 5GW7 A; 4NXN O; 4PA3 A; 3BA9 A; 1VQ9 V; 3HKD B; 4O4J B; 1VQO V; 4UVC A; 2CE4 A; 5EYP A; 1GO3 F; 4B7K A; 4NVP A; 1XMO B; 2PTM A; 2UXN A; 1OCZ B; 1PKX A; 2D3O W; 3WFV A; 1R3L C; 2YSU B; 5BMV A; 1E1Q G; 2WLI B; 4NR1 A; 2PYJ A; 4E2L A; 5IYC O; 3QO5 A; 1IBL B; 2Q73 A; 2DYS C; 4X66 B; 5E1A C; 1R6N A; 1V55 C; 3P32 A; 3H1J H; 1AP6 A; 3T1Y O; 1Q82 W; 3F7Y C; 3RGB A; 1XMQ O; 2A06 H; 5LP6 A; 2EIK C; 5J2U B; 3N2G B; 3OUS A; 4N21 A; 3ZHQ A; 4X1Y A; 4PEL A; 4W4L A; 4P9O A; 4JI2 O; 4O2B B; 2V1D A; 1Y66 A; 2P67 A; 1W2B U; 1Q81 W; 1K3E A; 3RBZ A; 3ZS8 C; 1M4U A; 1WB7 A; 4UB8 Z; 1S5L Z; 3WU2 Z; 1Q43 A; 5CMU A; 2WWW A; 5BY1 A; 5LBQ A; 3L9D A; 3ETE A; 4I9W A; 1AR1 B; 1IXM A; 2CH7 B; 1XNQ O; 2VQE B; 4LF4 B; 2XAG A; 4LFB B; 4I5S A; 2LP7 A; 2XAQ A; 1TGO A; 4JI0 B; 3B2E E; 3W7X A; 5B3S C; 2DWD C; 3AK3 A; 4J41 A; 2YUA A; 1KEC A; 4X64 B; 2P7T C; 3L71 H; 1JVM A; 1WLE A; 4TV8 B; 3OEH G; 5K1X A; 3K0G A; 1P49 A; 2JGD B; 2ZE7 A; 1YHQ V; 1VEW A; 4ZBM A; 2AW9 A; 4JYC A; 4DK1 A; 1LR1 A; 1YTF B; 3ZBH A; 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2OWO A; 1LUV A; 1QQC A; 5EK0 A; 1VQK V; 3SPH A; 1THZ A; 4NTY A; 3J7A U; 1XNR O; 1D5N A; 2CGN A; 4JAA A; 5JJJ B; 3BHP A; 5DM6 V; 2Q0A A; 3CYO A; 3ZMT A; 4PA4 A; 4K8Z A; 1EZV H; 4CS2 A; 4UB6 Z; 5KHI A; 2EJ7 A; 1XMO O; 2HP8 A; 3RYC B; 2PI4 A; 2BSK A; 3WG7 C; 2PF4 E; 1CEZ A; 4IYH A; 1AVM A; 1G6U A; 1Y76 A; 5LXT B; 4FFB B; 1OCO B; 4K0K B; 2WLJ A; 4R8C A; 1TAE A; 4JI4 O; 4X66 O; 2JS5 A; 2ZXW C; 3K3W A; 3EFF K; 1NKD A; 4B3M O; 2OCC C; 1YTF D; 2ZM6 B; 1N36 B; 2JGU A; 4LFC B; 4JYB A; 4JI6 B; 2DQ0 A; 3CC4 V; 2LW7 A; 1QLE B; 3AG3 C; 3JAS B; 5CA0 B; 3F5T A; 1N8R W; 2AGA A; 1K9M W; 1I5Y A; 3P3P A; 3FAV B; 3VQW A; 4GX0 A; 5D5P A; 2QR4 A; 4XDL A; 4BIU A; 1QU7 A; 3CCU V; 1FKA O; 4NXN B; 1GM9 A; 3AG4 C; 3W7U A; 3RYC A; 4MVU A; 5KHG A; 3IAY A; 2WLK A; 4LBE C; 2Q9L A; 3ETQ A; 2ZIM A; 2IH1 C; 2VQE O; 1Q6I A; 4HNA A; 1R73 A; 4NXM B; 3R65 A; 3CCL V; 2ZKO A; 4F4L A; 2XAS A; 3DTU B; 4NTX A; 3H9V A; 4JI0 O; 1S76 D; 4U7O A; 4JZG A; 4DYL A; 1V55 B; 4LR3 A; 3AG1 B; 4LNU A; 3T1Y B; 3K5L A; 2LQT A; 4X64 O; 4H37 A; 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