The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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Knots found |
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sequence length |
259
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structure length |
248
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Chain Sequence |
KWKTVVAIFVVVVVYLVTGGLVFRALEQPFESSQKNTIALEKAEFLRDHVCVSPQELETLIQHALDADNAGVSPIGNSSHWDLGSAFFFAGTVITTIGYGNIAPSTEGGKIFCILYAIFGIPLFGFLLAGIGDQLGTIFGKSIARVEKVFRKIRVISTILFILAGCIVFVTIPAVIFKYIEGWTALESIYFVVVTLTTVGFGDFVAGGNAGINYREWYKPLVWFWILVGLAYFAAVLSMIGDWLRVLS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
K2P Channel Gating Mechanisms Revealed by Structures of Trek-2 and a Complex with Prozac
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
POTASSIUM CHANNEL SUBFAMILY K MEMBER 10
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| molecule tags |
Transport protein
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
85
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| structure length |
248
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| sequence length |
259
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07885 | Ion_trans_2 | Ion channel |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XL4 A; 3FB5 C; 5BZB A; 3LNM B; 1JVM A; 4MVR A; 3T4D A; 1G4Y B; 2ITC C; 1P7B A; 3OUF A; 4RO2 A; 4X88 A; 2DWD C; 5EC2 C; 3ZRS A; 4PDR A; 4P30 A; 1QLE C; 5EK0 A; 3UM7 A; 3RVZ A; 4ZBM A; 3FB8 C; 2X6A A; 3VOU A; 2ZXW C; 2EIL C; 4GX2 A; 4G28 B; 3SYO A; 3X2Q C; 2HVJ C; 3STL C; 2HVK C; 2P7T C; 4LCU C; 4MVZ A; 3SPG A; 1M56 C; 3SYC A; 3E89 A; 2EIJ C; 5J9P C; 4XDJ A; 1K4D C; 3IFX A; 4MW8 A; 4XDL A; 2YEV A; 1OCZ C; 3K04 A; 4MVU A; 3FB7 C; 1BL8 A; 1S5H C; 3SPI A; 2H8P C; 2HJF C; 3K0D A; 4HYO A; 5KUK A; 4G27 B; 3OGC C; 1ZWI C; 3SPJ A; 2ITD C; 3SYP A; 5B3S C; 1LNQ A; 5EBL C; 3WG7 C; 4GX5 A; 4TWK A; 2BOB C; 1M57 C; 4PA9 A; 2WLM A; 4R7C A; 3RW0 A; 2K1E A; 4PA7 A; 4XDK A; 3T4Z A; 4PDM A; 2Y69 C; 4QE7 A; 5B1B C; 4PA3 A; 4R6Z A; 4R8C A; 2IH1 C; 2OCC C; 3HPL C; 3F5W C; 1XL6 A; 3GB7 C; 2X6B A; 1OCR C; 4MVM A; 3K08 A; 3TET A; 2WLH A; 3SPC A; 5IY5 C; 5EBM C; 4I9W A; 4X8A A; 2ZD9 A; 2KB1 A; 2WLI B; 4GX1 A; 4PDL A; 4P2Z A; 5B1A C; 3ABM C; 4MVS A; 3ASN C; 3OR6 C; 2A0L A; 3K03 A; 4PA4 A; 3E8F A; 2WLI A; 3TCU A; 4JTA B; 4HZ3 A; 4WFE A; 3SPH A; 3OR7 C; 3E8G A; 4MS2 A; 4X89 A; 2R9R B; 4H33 A; 4LP8 A; 2X6C A; 5CBH A; 4RAI A; 3JYC A; 2Q68 A; 4MTO A; 3AG4 C; 3LDD A; 4GX0 A; 2ATK C; 4R50 A; 2NLJ C; 2WLL B; 3AG3 C; 4BW5 A; 3AG1 C; 1J95 A; 2Q69 A; 3F7V C; 3STZ C; 2DYS C; 3SYQ A; 4J9Y B; 2DYR C; 3ASO C; 2AHY A; 3E86 A; 4MW3 A; 4PDV A; 3UKM A; 3LUT B; 2WLL A; 3ABK C; 4EKW A; 4JTD B; 5EC1 C; 2A79 B; 2QTO A; 3BEH A; 3ABL C; 3RVY A; 3IGA C; 4WFF A; 4WFH A; 1OCO C; 5CBF A; 1K4C C; 3LDE A; 4JTC B; 4H37 A; 2EIN C; 1V54 C; 2Q6A A; 1ORQ C; 2W0F C; 2WLN A; 2WLK A; 4WFG A; 1OCC C; 3LDC A; 2HG5 C; 1R3J C; 1R3K C; 3AG2 C; 3FB6 C; 4RUF A; 3T1C A; 4MTG A; 4P9P A; 5CBG A; 4MSW C; 2A9H A; 4MVO A; 4MTF A; 3OUS A; 1R3I C; 4OXS A; 3KG2 A; 3RBZ A; 4P9O A; 4PA6 A; 5KUM A; 2DWE C; 3PJS K; 3F7Y C; 2EIK C; 1R3L C; 4KFM A; 2AHZ A; 4QNH B; 2WLJ A; 2BOC C; 3K06 A; 2HFE C; 5E1A C; 3SJQ C; 2Q67 A; 3SYA A; 3E8B A; 3T2M A; 4CBC A; 4MVQ A; 4LBE C; 4DXW A; 2JK5 C; 5EBW C; 1V55 C; 2EIM C; 3EFF K; 3R65 A; 2IH3 C; 4F4L A; 1KKD A; 3E8H A; 3E83 A; 4J9Z B; 3K0G A; 3ZJZ A; 4QE9 A; 4RUE A; 2QKS A; 4UUJ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QG5 A; 4WFA V; 1M56 B; 4IL6 Z; 2F95 B; 1EN5 A; 1YI2 V; 3BAB A; 1AI6 A; 1SA0 A; 2QSA A; 2F1M A; 2DQ3 A; 1VQ7 V; 2X6A A; 4YIO A; 4TQF A; 3M7M X; 5KX5 A; 4FLT A; 4DV3 B; 2CTR A; 3F5T A; 2FB5 A; 2H94 A; 4LFB B; 4YHH O; 3OM3 B; 3K04 A; 2F4V B; 1DGS A; 4YJ3 B; 2Y69 B; 4WF9 V; 1MG1 A; 4X20 B; 4HNA A; 4GCZ A; 5EIB C; 2LFR A; 4WFB V; 3CC2 V; 1RPO A; 3CPW U; 1IUR A; 1M9N A; 1SQV H; 5IJ9 A; 1U97 A; 2ADQ B; 4UB8 Z; 4G2K A; 2KB1 A; 4MT8 A; 1SQG A; 1TUE B; 3ABT A; 5CB4 A; 3CCQ V; 1WB7 A; 1K34 A; 1UFI A; 2A06 H; 1WNS A; 1P49 A; 4PI0 A; 5LMU O; 1AI5 A; 2X6C A; 4RAI A; 5JJJ B; 2UU9 O; 2BTO A; 4CC6 A; 4MW3 A; 3H01 A; 2OYQ A; 2CH7 B; 3HR0 A; 4UXN A; 1JMK C; 4Q6G A; 4NXN B; 3ZRX A; 2R70 A; 4B3M O; 4RQE A; 2KG7 B; 2ZXW B; 1FXK C; 3L75 H; 2XHB A; 3CCL V; 1N32 B; 4E2L A; 3JAR B; 5BMV B; 1M4U A; 1ENV A; 1MSD A; 1AB3 A; 2YS8 A; 4O4L A; 3H9V A; 4WBN A; 3J7A U; 3T1H B; 4ZHQ B; 4JZ2 A; 4ASU G; 1L8D A; 4FM1 A; 4O4H A; 2UXD O; 3J80 N; 3TCU A; 4BWA A; 4QPK A; 3K9A A; 2LGQ A; 5H6R A; 3H1I H; 1S72 V; 2EIJ B; 4JI6 O; 2HJD A; 1GKF A; 4NXN O; 1HR0 B; 3SPG A; 5JQG B; 4DV1 O; 1IBL B; 2HR3 A; 1K4D C; 4DV4 O; 3CME V; 1AJN A; 4B7E A; 4B3S B; 1M90 W; 4FVM A; 5LHI A; 1WA8 B; 4DR1 O; 1HNX B; 2ITD C; 2Y0P A; 5JJE B; 4UCS A; 5H9C A; 3GWO A; 4TWK A; 4PA9 A; 1SQF A; 2Q7H A; 5KAF Z; 2ILM A; 2OCC C; 3HPL C; 1FXH A; 5LA6 B; 5J2U B; 5IJ0 A; 1GAX A; 4OGQ B; 5B1A C; 2UUB B; 3ABM C; 4MVS A; 4X65 B; 1VF5 B; 1GO3 F; 3C3S A; 5DN6 G; 3ABU A; 5LYJ A; 2R9R B; 5J2T A; 3LDD A; 3TJT A; 2ATK C; 2BTQ B; 2X7R B; 3AG3 C; 4XBF A; 2EIN B; 4YJ2 A; 1N33 O; 2AHY A; 1T5E A; 4EKW A; 2P90 A; 2RMK B; 4B3R B; 1JCH A; 4K8X A; 1RM1 C; 3QO8 A; 2YDE A; 1H2K A; 1B04 A; 2CGO A; 1VMG A; 5KUM A; 2DWE C; 2IJJ A; 1R3L C; 4DR5 B; 2WLJ A; 4X64 O; 2UXX A; 4CBC A; 1CPY A; 4X65 O; 2UUC O; 4DV6 B; 5LOV B; 1KKD A; 4DUY B; 2JVD A; 1SA0 B; 5L3D A; 2YIB D; 4X88 A; 1CXZ B; 3CCR V; 2LFS A; 5IT9 N; 5KX5 B; 5BY1 A; 3VOU A; 2ZXW C; 3JAT A; 1PNM A; 4I5S A; 2E76 B; 1N4C A; 4HNA B; 3ZMS A; 3K0D A; 1MSW D; 5E79 Z; 3ABK B; 4JZG A; 4DR5 O; 5TIS Z; 5GON A; 4GX5 A; 2K9P A; 5KHJ A; 3BY6 A; 1FS0 G; 1Y67 A; 4LF9 B; 5CB4 B; 3D3Q A; 1NH2 B; 3P3N A; 1VQK V; 5IY5 C; 5IWA B; 3CB2 A; 4GZR B; 3FX7 A; 4FK5 C; 1DF5 A; 4WFE A; 4HZ3 A; 1PM9 A; 2DYR B; 3E8G A; 3QF7 A; 1U96 A; 3AK1 A; 1MOF A; 2AZ0 A; 5L3G A; 3STZ C; 4F6R A; 3RYC A; 3WB0 A; 1KUQ A; 2ZKO A; 3BEH A; 4Z2W A; 2QR4 A; 1KEC A; 1OCC C; 3ZS8 C; 2XND G; 3KZI Z; 1Y76 A; 3OUS A; 2CK3 G; 4PA6 A; 1E1R G; 2ZR2 A; 1KP3 A; 2XOK G; 4HAM A; 4WBN B; 3T1Y O; 4N21 A; 2LJ2 A; 3TK1 A; 1ZLZ A; 5IWA O; 3T2M A; 4O4H B; 4JI7 O; 1GN6 A; 1IBM B; 3EFF K; 2UXB B; 5LMN O; 3OMA B; 4UUJ C; 1XEQ A; 4FM0 A; 3K9S A; 4P30 A; 2E3C A; 1V9P A; 5B66 Z; 2P7T C; 2ZR3 A; 1H2N A; 1TUB A; 1Z2G A; 3IFX A; 4AHC A; 4DV0 B; 2HKO A; 1PD3 A; 4JI5 O; 3G6B A; 4U7O A; 1RPR A; 1KQS U; 5L3E A; 3CCU V; 3OGC C; 1WAZ A; 1QHT A; 2N04 A; 1XUQ A; 5J9P C; 2Q8V A; 3D8C A; 3RW0 A; 2K1E A; 4PA7 A; 3HKC A; 4LF5 B; 1R1B A; 4U3F H; 3CC7 V; 1L0L H; 5IJ0 B; 3F5W C; 1BS3 A; 3MHS C; 5EYP A; 2F43 G; 5LHH A; 2HHH O; 3SPC A; 2X0L A; 1YXB A; 2IM9 A; 1SQX H; 2DQ0 A; 2QGN A; 5FPO A; 2YXY A; 5LYJ B; 3OT7 A; 2DYS B; 5J2T B; 4JI2 B; 5JVD A; 5LBQ A; 3CXC U; 1KMI Z; 1NH2 D; 3M99 B; 4YJ2 B; 3JYC A; 3K5N A; 3AG4 C; 1MMM A; 1B6Q A; 1E79 G; 1NTM H; 4DUZ B; 3ABK C; 1URF A; 4C7U A; 1OCO C; 4H37 A; 1WP8 A; 1QLE B; 2WLK A; 1FFX A; 1E1Q G; 2CGN A; 2ZE5 A; 4KP4 A; 4JYY A; 3ZHU A; 4MVO A; 2PTM A; 1J5E O; 3MDS A; 3BRC A; 5A2Q N; 2VQE B; 1I5Y A; 4KFM A; 1Y74 A; 1PPJ H; 1EN4 A; 2Q67 A; 3E8B A; 2DE0 X; 2QWR B; 3L72 H; 3MHH C; 2BSK A; 5IE9 A; 4IHJ A; 4JI2 O; 2IH3 C; 4I50 A; 3SDL A; 2YID A; 1VQ4 V; 1SQB H; 1BCC H; 4U7N A; 3JAT B; 2XTA A; 1OV9 A; 1W2B U; 4PEL A; 2C2A A; 2P6J A; 2L35 A; 1MZF A; 3K58 A; 4UV9 A; 1SQP H; 4FM2 A; 5GON B; 3S3X A; 2VQE O; 2ARH A; 4JAA A; 3ZHV A; 4K0K B; 3OAA G; 4H13 B; 4I7Z B; 4I55 B; 2YIA A; 3ZHR A; 4DR6 B; 1M57 C; 4PDM A; 3CYO A; 4Z1V A; 5GTH Z; 4DO2 A; 1QBZ A; 3JCZ A; 4OPA A; 1JX9 A; 5H2F Z; 5LHG A; 2IJI A; 3HKB A; 2GUZ A; 2FML A; 1KP2 A; 2GTS A; 3JD4 A; 4EFB A; 2Q68 A; 1VQO V; 1XNQ O; 2N74 A; 3RYC B; 1KD1 W; 1VQ8 V; 4DK0 A; 3SYQ A; 4NXM O; 4DR4 O; 1PNK A; 2Y0I A; 3ETD A; 1FAF A; 1Y4M A; 3RT3 C; 3IC9 A; 4DR3 O; 1G6U A; 3IGA C; 4KXR A; 5CN0 A; 4UV8 A; 1Y76 B; 3ETQ A; 1SER A; 1N36 O; 1IBK O; 4H44 B; 4TUY A; 1NBM G; 1RP3 B; 4CC5 A; 4B08 A; 2D2C B; 5KMG A; 1VAR A; 2EBO A; 5BXZ A; 4QNH B; 3SYA A; 2HFE C; 1JPX A; 2LW1 A; 1WJZ A; 2YI9 A; 1EBO A; 2AW9 A; 3B4S A; 1FPO A; 3RYH A; 3DXR A; 2GSM B; 1S5J A; 4YHH B; 2ODM A; 1CP9 A; 1K92 A; 2WSS G; 1JR9 A; 2OIG A; 3ICX A; 1QLE C; 1XBL A; 1TUB B; 4PV1 B; 2RN9 A; 3OTO B; 1DLB A; 2HVK C; 2JS5 A; 4MVZ A; 1R6T A; 4W4K A; 2EUL A; 1I0H A; 1JJ2 U; 5L3F A; 2LP7 A; 4U3J A; 4DV7 B; 1NVP B; 2IW5 A; 2EJR A; 4DV2 B; 5KLV H; 1Q81 W; 2OCC B; 1ZWI C; 2NR5 A; 3HKC B; 2F23 A; 4DRX A; 1N0J A; 2QJ1 A; 5EIB D; 4R7C A; 3T4Z A; 2WLM A; 3OMN B; 2Z3Y A; 5IYC O; 5EYP B; 4QE7 A; 5B1A B; 5LMU B; 3ABM B; 1QQC A; 3THO A; 4QJF B; 3ZED A; 3W7W A; 1RSO A; 1WB8 A; 5EBM C; 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