The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FYJ A; 2Z0A A; 4DR4 O; 3SDL A; 4YY3 O; 1N36 O; 2E5L O; 4LFA O; 1FKA O; 4JYA O; 1R6T A; 1YZB A; 1XMO O; 4DR1 O; 4YHH O; 3T1Y O; 1IBL O; 4X66 O; 3J80 N; 3OTO O; 5IT9 N; 5BR8 O; 4OPH A; 4DV2 O; 4GKK O; 5BXZ A; 4JI6 O; 5FLX N; 1N34 O; 4LF7 O; 2UXB O; 2ZM6 O; 1NS1 A; 1DK1 A; 4OX9 O; 1XNQ O; 2JRI A; 4LFC O; 5LMU O; 4KHP O; 4GKJ O; 1G1X B; 3J7A U; 4LF9 O; 2FKX A; 4X65 O; 5H5N A; 3M8A A; 1HNW O; 1XEQ A; 2ZKO A; 1N33 O; 4JI0 O; 4DV3 O; 5A2Q N; 4DR2 O; 4NXM O; 1N32 O; 2AGA A; 4DUY O; 4B3T O; 5LMN O; 2UUB O; 3R66 A; 5LL6 Y; 4JI8 O; 1XMQ O; 4X64 O; 4OPA A; 1AIL A; 4JV5 O; 1IBM O; 3RT3 C; 5IWA O; 1HNZ O; 3JAM N; 5BY1 A; 4DV4 O; 1HR0 O; 4DR3 O; 4JI3 O; 4JI4 O; 4DV7 O; 4B3R O; 1IBK O; 4JI5 O; 4JI1 O; 4DV5 O; 2N74 A; 4DV1 O; 2VQE O; 3F5T A; 4NXN O; 4LF4 O; 4LFB O; 2F4V O; 4B3M O; 1AB3 A; 3T1H O; 4DR5 O; 2UU9 O; 4X62 O; 2LW7 A; 2UUC O; 1FJG O; 2UUA O; 4AQY O; 2UXD O; 2UXC O; 4LF6 O; 1D2D A; 3O65 A; 2DJV A; 1HNX O; 1A32 A; 3J81 N; 1X59 A; 2HHH O; 4DV6 O; 4JI2 O; 4K0K O; 4B3S O; 4DR7 O; 4DR6 O; 1XNR O; 4A5U B; 2VQF O; 1J5E O; 4LF8 O; 4DV0 O; 1R1B A; 4LF5 O; 4DUZ O; 2DOS A; 1F7Y A; 4JI7 O; 1KUQ A; 1I94 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TUY A; 4MVQ A; 2Q4P A; 5FNV B; 2E5L O; 4XBF A; 3CCL V; 1VQ5 V; 4JI6 B; 3AG1 C; 4EFB A; 2UXB B; 1MOF A; 3SYC A; 1TA8 A; 5EBL C; 1SC5 B; 4QPJ A; 1SER A; 2YDE A; 3QO5 A; 4JI6 O; 2UXB O; 5E1A C; 4X65 B; 1DK1 A; 1JJO A; 3N2G B; 3OEH G; 1EZJ A; 1G1X B; 2FKX A; 4ICG A; 2GSM B; 4K8Z A; 4X65 O; 4NXM B; 2Y0I A; 3AG4 C; 1PP9 H; 2EUL A; 2WLJ A; 3SJB C; 5EK0 A; 1SF9 A; 4FFB A; 3L70 H; 4QGP A; 5LP6 C; 4NXM O; 1Q8I A; 4I50 B; 2ZCE A; 4Z1M G; 3ASN C; 3E86 A; 1FFX A; 2QR4 A; 2PUS A; 4F6R A; 2N04 A; 4EB6 B; 4LC1 A; 3JAL B; 2NLJ C; 2V7Q G; 3OMN B; 2XND G; 1S76 D; 3SJA C; 3ZIA G; 5EBW C; 4RUF A; 3JAS A; 3L72 H; 3ZS8 C; 1MZE A; 2Y48 A; 3JD3 A; 4ZOL A; 4J9Z B; 2IJI A; 1EN4 A; 1EN6 A; 2PY5 A; 1QLE B; 4LF6 B; 1GM8 A; 1UJW B; 4J80 A; 5KA5 A; 2YXY A; 3LNN A; 1IBL B; 1VQ4 V; 5JH7 A; 1YDX A; 4G27 B; 3H1I H; 4LF6 O; 1D2D A; 4WFB V; 1L0L H; 3ZHU A; 2PGG A; 3OGC C; 4DO2 A; 1VF6 A; 1P4R A; 4IIJ A; 3B4S A; 1NH2 B; 1Y74 A; 2DOS A; 2M7W A; 4PEL A; 1YXB A; 4X20 A; 3U11 A; 5JJE B; 5GTI Z; 5IYZ A; 2R72 A; 1IZ3 A; 1QVF U; 2CUG A; 1M57 B; 2ZQM A; 4HAM A; 4EKW A; 2BOC C; 1G8M A; 5EBM C; 4K8X A; 2YIB A; 4TV8 A; 3ZMS A; 1H2G A; 1NR1 A; 1YJ9 V; 5JWP A; 5D5Q A; 1WP8 A; 4NB5 A; 4G2K A; 3L71 H; 1Y66 A; 1WB7 A; 5H5N A; 1ZLZ A; 4BWA A; 3SYP A; 1W2B U; 3FYI B; 2WLI B; 3AG3 B; 4H0L B; 4MTF A; 1SZT A; 5JJJ B; 3OE7 G; 4MS2 A; 2K9P A; 1JQ0 A; 3IAY A; 4JI3 B; 4E4E A; 1YEW A; 2JGU A; 3ETG A; 3HPL C; 4YIP A; 1QLE C; 4JI3 O; 5CBG A; 3ZHR A; 5JQG A; 4CS3 A; 4TV9 B; 1E1Q G; 3U10 A; 4DR5 B; 3ZN0 A; 1ARO P; 3QTC A; 2WA3 A; 4DR5 O; 5DEC A; 5EZY B; 3E22 A; 1L8D A; 5KAI Z; 4JI2 B; 4H37 A; 5LGN A; 3K59 A; 4B3S B; 1MAB G; 1YF2 A; 3SPG A; 4X1I A; 4GKK B; 4L87 A; 2JGD B; 3RYC B; 4P30 A; 2D2C B; 4JI2 O; 1XDC A; 4B3S O; 4I9W A; 1VAR A; 3CE2 A; 5LHG A; 2JK5 C; 1M57 C; 4KFM A; 3UCS C; 1KUQ A; 1THZ A; 2PI5 A; 5CA3 A; 4X88 A; 3CC2 V; 5HFL A; 1P84 F; 2ZE6 A; 4P9P A; 4OXS A; 1N4C A; 3IC9 A; 1MSD A; 3SPJ A; 2P06 A; 2F43 G; 3CYO A; 3WB1 A; 2Q5Z A; 4QNH B; 4UXN A; 3B2E E; 4NTW A; 2Q9L A; 4FM2 A; 1GM7 A; 1AJQ A; 2E3C A; 4TOI A; 1JCH A; 2BE3 A; 3CRA A; 3AG3 C; 1AP5 A; 3Q4H A; 1PKX A; 3JYC A; 3M8A A; 4LH7 A; 2VRZ A; 4DUY B; 4IHJ A; 1XEQ A; 3ZMZ A; 5KA6 A; 3CSX A; 1Z5W A; 3CCR V; 3BFR A; 4DUY O; 1SQX H; 2YUA A; 1R6N A; 2XT9 A; 1ZTE A; 4B3R B; 1CXZ B; 5IWA O; 5KAF Z; 3K08 A; 2P90 A; 4PHZ A; 2EZO A; 1YHQ V; 4B3R O; 4LFB B; 5GW7 A; 5GTH Z; 3MHS C; 4PDM A; 1YJN V; 5E79 Z; 5IJ9 B; 4D7S A; 3CCV V; 4LFB O; 4UB8 Z; 1KU9 A; 4KUM A; 4W4L A; 4MTX A; 3LDE A; 3OEE G; 5J9P C; 2Z3Y A; 1NR7 A; 3P3N A; 3OAA G; 2ZR2 A; 2Q7H A; 4IT5 A; 1NZ6 A; 5KHJ A; 3CRC A; 2DQ0 A; 1GN3 A; 1FFT B; 2P6J A; 3JAW B; 3CRR A; 2E76 B; 1SKV A; 1XQ8 A; 4FFB B; 3FAV B; 5DED A; 5JCO C; 1VQ7 V; 3OMA B; 4NVP A; 3T2M A; 4PA6 A; 3CX5 F; 3WG7 B; 1TUB A; 1DGS A; 1LUV A; 4X1K A; 5B1B B; 2GBO A; 3OTO B; 1YTF B; 5KMG A; 1MMM A; 4YHH O; 5A9G A; 3P30 A; 5LA6 B; 3L74 H; 1M5I A; 4X66 O; 3JD4 A; 4JGS A; 3OTO O; 2OYQ A; 1GTO A; 2ZXW B; 3UKM A; 4LF9 B; 5DM6 V; 1ZL8 A; 3D3I A; 2IJJ A; 4YJ2 A; 3SPC A; 4LF9 O; 3CJH B; 3DXR B; 1YTF D; 2CH7 B; 3CME V; 4JI0 O; 3WU2 Z; 1AVM A; 2JJ1 G; 2PZS A; 2AGA A; 2AXT Z; 4LR3 A; 2NNU A; 4DV4 B; 2QWR B; 3A0R A; 5FPR A; 5J2U B; 3MAQ A; 2R9A A; 5H2F Z; 1JFF B; 4UVB A; 2OWO A; 3JAT B; 3JAM N; 4X89 A; 4DV4 O; 5DN6 G; 4RQE A; 2N05 A; 3E35 A; 2PI4 A; 1MNG A; 4OX9 B; 1WA8 A; 1P7G A; 3IC7 A; 1R3K C; 1YVW A; 1N0J A; 1WPB A; 1XL4 A; 4AI8 A; 2QWP B; 1F4N A; 3LSQ A; 3JAR B; 4ZIB A; 1PV0 A; 1JA8 A; 4O4L A; 2ZNI A; 2WSS G; 1ENV A; 4OGQ B; 3WG7 C; 4MW8 A; 3SPI A; 5B1B C; 4CZZ A; 1EM1 A; 4GKJ B; 1JJ2 U; 2ZDI A; 5CMU A; 2YIB D; 4FPP A; 1XMO B; 1YI2 V; 2ZXW C; 2YIA A; 2HG5 C; 3TGU H; 4PD4 F; 1YZB A; 1XMO O; 3TK1 A; 1VIB A; 1H2M A; 4FLY A; 3K06 A; 1AJN A; 4NTX A; 4B7K A; 3PN1 A; 1WPX A; 3K04 A; 4DV2 O; 2H3O A; 3EVK A; 5IJ0 A; 1FXK A; 1MSW D; 4PV1 B; 3QO7 A; 5JQG B; 4DW1 A; 3TXQ A; 2F66 C; 3CCU V; 4BW9 A; 1BHA A; 2FYU H; 3J7A U; 1V9P A; 3OW2 U; 2JS3 A; 4YJ3 A; 4X1Y B; 1Q3E A; 1SS3 A; 2F4V B; 1GRJ A; 5LXT A; 2Y4U A; 1F4M A; 3CEI A; 3F7V C; 4AIL C; 2BSK A; 2HLD G; 3UO3 A; 4P9O A; 3ZMT A; 2FB5 A; 4PA4 A; 4JV5 B; 1AR5 A; 3E83 A; 1FPO A; 5LYJ A; 4JI5 B; 2F1M A; 2AZ0 A; 1SES A; 4JV5 O; 1Q90 D; 2ADQ B; 3MDS A; 3OR6 C; 1SQB H; 3JAK B; 4JI5 O; 2XAQ A; 5K1P A; 3ABU A; 4B7E A; 4DR4 B; 4AQY B; 3B8N A; 3HKB A; 3JD2 A; 4O2B A; 1QQC A; 4J42 A; 4X62 O; 3AG4 B; 3AG2 B; 1FJG O; 4AQY O; 1ORQ C; 1B06 A; 3GWK C; 4MW3 A; 5BR8 B; 2ITD C; 2DW4 A; 2DYS B; 4H44 B; 3F7Y C; 4GLX A; 3H1J H; 1S72 V; 3TCU A; 1ZWI C; 3VQX A; 3SJC C; 1GAX A; 2OIG A; 1TVK A; 4I4T B; 3OUS A; 3O9O A; 5C8Y A; 2B5U A; 4YY3 O; 4LFA O; 1IX9 A; 2XAF A; 4HBN A; 1XOU A; 3T1Y O; 5EYP B; 1R6K A; 1P7B A; 3RWR D; 4JZ2 A; 5CBF A; 1IBM B; 1JMK C; 4FIP C; 1K97 A; 3ZCC A; 3K5L A; 1Q6I A; 3OMI B; 4UCT A; 1OCO B; 3L75 H; 4U3J B; 5BMV A; 2CK3 G; 4WFH A; 4BW5 A; 2P22 C; 3DC5 A; 3SJQ C; 4R6Z A; 4Q20 A; 2R70 A; 3E2E A; 3RW0 A; 2IM9 A; 4ABM A; 2B9Z A; 3TJT A; 2Q68 A; 1Q6H A; 4HNA A; 2BTQ B; 5JVD B; 2F95 B; 2DMX A; 1XBL A; 3R66 A; 5LL6 Y; 2IH3 C; 1F23 A; 3JCU Z; 2Z5U A; 4DV7 B; 3N2K B; 5B1N A; 4JI1 B; 5CA0 A; 3JD1 A; 1Q43 A; 2QWN B; 4DV5 B; 2JVD A; 2CAZ C; 5BY1 A; 2ILM A; 3CD6 V; 5CB4 B; 3AG2 C; 4JTA B; 4DV7 O; 1GKF A; 2YID A; 4JI1 O; 1WB8 A; 4DV5 O; 1I94 B; 4R8C A; 3EHB B; 4PA9 A; 2UUC B; 2WLL A; 5GON B; 3SPH A; 2DYS C; 3BA9 A; 1N36 B; 3A0B Z; 2CTR A; 4J7K A; 1K4C C; 2EIL B; 1VQ6 V; 4PI2 A; 1URF A; 2UUC O; 2A06 H; 1SA0 A; 1WN7 A; 5KLV H; 2NR5 A; 2GHY A; 4LF5 B; 3FB7 C; 2OIE A; 1NTZ H; 3HKC B; 3D36 A; 4KXR A; 4LF5 O; 2XAH A; 1AI6 A; 4O2A A; 3KG2 A; 3VBB A; 1EFR G; 2IJK A; 2ZT9 B; 3OFN G; 3ASO B; 4NYK A; 2ZM6 B; 3GVM A; 1IBL O; 1K5Q A; 1OCO C; 2DWD C; 2YC0 A; 1BMF G; 1HR0 B; 1ZUQ A; 2ZM6 O; 3ZRW A; 2Y4T A; 1QHT A; 1IBK B; 1HNW B; 2LQT A; 4JYY A; 2XHB A; 2KB1 A; 1AR1 B; 3C90 A; 4PDL A; 5L3B A; 1HNW O; 3APQ A; 1KP3 A; 1PNK A; 5LOV A; 3NXS A; 2KG7 B; 4Z1V A; 4X64 B; 5ITZ A; 1BQ0 A; 2E74 B; 4LNU B; 4UCR A; 1W0K G; 4HYO A; 1OCC B; 4UCV A; 1Q81 W; 3CC4 V; 1GH6 A; 4X64 O; 1GM9 A; 1VQN V; 4GYC B; 1ZAU A; 2EIL C; 4NXN B; 2LP7 A; 2Y69 B; 3W7S A; 2M6Y A; 2R9I A; 2IU3 A; 4JI7 B; 2GUZ B; 4UB6 Z; 4CH6 A; 1GMG A; 4NXN O; 4RUE A; 1LNQ A; 4J41 A; 5L3D A; 2X6B A; 1W59 A; 4IL6 Z; 3UT5 B; 4DV6 B; 5J2T B; 4JYB A; 5IJ0 B; 2NN4 A; 3O65 A; 2DJV A; 4UFZ A; 5IDJ A; 1KBH A; 1NI8 A; 4DV6 O; 3AK2 A; 1HWY A; 2QGN A; 4MVS A; 1JR9 A; 4A5U B; 3ASO C; 3DSQ A; 3A2F A; 3WFV A; 2QTO A; 5LXT B; 2IU0 A; 4W4K A; 2AHZ A; 5KHI A; 2ARH A; 2HP8 A; 1GK9 A; 4MTG A; 5LHI A; 2QM4 A; 2K1E A; 4WFA V; 4LFC B; 1B04 A; 4ZI7 A; 4GKK O; 3ABL B; 3T1C A; 1M1K W; 4GCZ A; 4LFC O; 4LWS A; 3S3X A; 2YEV A; 3E8G A; 3FKS G; 2X6A A; 4DK1 A; 1OCC C; 2G38 A; 1Z2G A; 5EC1 C; 1QR9 A; 1BT8 A; 4O2B B; 2LGW A; 4I55 A; 4H13 B; 5IE9 A; 3ZHT A; 4B3M B; 5KX5 A; 5A2Q N; 2RNB A; 1GN4 A; 4DRX A; 4FLZ A; 2ZDI C; 1COW G; 5L3F A; 4O4J A; 1KEC A; 2Y69 C; 3TET A; 3SYO A; 1RPO A; 1WLE A; 3HKD B; 5CA1 B; 2ATK C; 1TVK B; 4ZHQ B; 2XUM A; 1OHH G; 4I0X B; 4RWU A; 3OUF A; 5C8Y B; 4DUZ B; 2AW9 A; 3W7X A; 1ZX3 A; 1DF4 A; 3ETQ A; 5LP6 A; 3DC6 A; 1PL0 A; 1M90 W; 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3FFQ A; 4WFF A; 3KKY A; 2HHH B; 1S5L Z; 1V54 B; 2H8P C; 1R3L C; 4K0K B; 3K9A A; 2HVK C; 4IIJ B; 3J81 N; 3APO A; 1X59 A; 1KD1 W; 1D5N A; 2HHH O; 1Y74 B; 2B1I A; 2ZR3 A; 4K0K O; 2Q0O C; 2Y0P A; 3K3W A; 4X20 B; 1D5A A; 1OCR B; 3FD9 A; 3IGA C; 5IYZ B; 2X7R B; 1R1B A; 3ETD A; 4LP8 A; 4BIZ A; 1QR8 A; 1VQ8 V; 3MD0 A; 4OX9 O; 3G67 A; 3X2Q C; 4R7C A; 4TV8 B; 1H2K A; 2F23 A; 2MW2 B; 2XOK G; 3PJS K; 2QTS A; 5D5P A; 1NBM G; 1SQP H; 4O4I A; 3BAB A; 3FB6 C; 4XDL A; 3ZHS A; 1H8E G; 2P4V A; 2JJ2 G; 1UFI A; 2DYR C; 2R9R B; 1QLN A; 1BGY H; 3CXH F; 2MK3 A; 1H8H G; 1RM1 B; 2A7W A; 4QJF B; 3A0H Z; 1SQG A; 4GKJ O; 1QCE A; 1DTO A; 4DR2 B; 4U7N A; 1M56 B; 4JAS A; 1N32 B; 2LFR A; 3H1K H; 2ZE8 A; 2QKA A; 1H2S B; 3LDC A; 3RYF A; 4DR2 O; 1Y67 A; 1K5S A; 2UU9 B; 1N32 O; 1OJH A; 3W7W A; 5KUM A; 2ZIM A; 3STZ C; 3OM3 B; 2PYL A; 3H9V A; 2XAS A; 1HP8 A; 1VF5 B; 2WLI A; 1RFY A; 1CPY A; 1AIL A; 4GUN A; 1XUQ A; 3OT7 A; 1J5E B; 2XAJ A; 1M93 A; 4LF4 B; 4HZ3 A; 1V54 C; 3E22 B; 1VF6 C; 1VQK V; 3B8M A; 4LF4 O; 4FK5 C; 1XHZ A; 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