The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV3 O; 1FJG O; 4DV4 O; 3F5T A; 2UUB O; 4DV1 O; 1G1X B; 4OPH A; 4K0K O; 1R1B A; 3OTO O; 1HNZ O; 2DOS A; 1AB3 A; 1DK1 A; 5BY1 A; 4DR5 O; 4B3T O; 4LFB O; 5LMN O; 1I94 O; 4AQY O; 5IT9 N; 4YY3 O; 2FKX A; 3M8A A; 4LF8 O; 3T1Y O; 2LW7 A; 4DR6 O; 4GKK O; 4LF6 O; 1XMO O; 4JI7 O; 1FKA O; 1FYJ A; 4JI0 O; 2UXD O; 4LFC O; 4DR7 O; 3R66 A; 1XMQ O; 4JI1 O; 4JI4 O; 2ZKO A; 4OX9 O; 2F4V O; 4LF7 O; 2UXC O; 4LF9 O; 2UU9 O; 2E5L O; 5LL6 Y; 4LF5 O; 1A32 A; 4B3M O; 4NXN O; 4DV7 O; 4DV0 O; 1N32 O; 4A5U B; 2UUA O; 4GKJ O; 3JAM N; 4DV6 O; 1IBM O; 2ZM6 O; 2Z0A A; 5BXZ A; 1F7Y A; 4JI6 O; 5H5N A; 3J81 N; 4JI2 O; 4JI3 O; 1AIL A; 4OPA A; 1IBL O; 4KHP O; 1R6T A; 4DV2 O; 4DV5 O; 2JRI A; 1XEQ A; 1NS1 A; 4DR2 O; 2DJV A; 2UXB O; 2VQF O; 3RT3 C; 3SDL A; 1HNX O; 1IBK O; 1HNW O; 3J7A U; 1N33 O; 1N36 O; 4X65 O; 3O65 A; 4LFA O; 4LF4 O; 1XNQ O; 5LMU O; 4X66 O; 4B3S O; 4DUZ O; 3J80 N; 2AGA A; 2UUC O; 1N34 O; 4X64 O; 4DR1 O; 5FLX N; 4JYA O; 4B3R O; 4DR3 O; 4DR4 O; 1X59 A; 5BR8 O; 1XNR O; 4X62 O; 2HHH O; 4JV5 O; 1KUQ A; 5IWA O; 1HR0 O; 4NXM O; 1J5E O; 3T1H O; 4JI8 O; 1YZB A; 1D2D A; 5A2Q N; 2VQE O; 2N74 A; 4DUY O; 4YHH O; 4JI5 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4K8X A; 2PGG A; 1G1X B; 4YIO A; 2EIN B; 2ZIO A; 1YDX A; 2PI5 A; 1K3E A; 2QDO A; 4JGS A; 4DXW A; 4B3S B; 4ZI7 A; 3OMI B; 3LNN A; 1NZ6 A; 2WLK A; 4H13 B; 4MTX A; 2BCC H; 1QQC A; 2A0L A; 3K03 A; 4I55 A; 1UPG A; 3K9A A; 4B7K A; 4PHZ A; 2YEV B; 1VQ4 V; 4LF9 O; 1ENV A; 2X6A A; 3OD4 A; 1GAX A; 1ZLZ A; 1BMF G; 4UB8 Z; 2XAQ A; 4I4T A; 4JYY A; 2OCH A; 1EN5 A; 2RQ6 A; 2Z5U A; 4UVC A; 5H6R A; 5FNV A; 4LFB B; 3ZMU A; 1IDS A; 4Z1V A; 4X1Y B; 3FB5 C; 1XBL A; 1EZJ A; 4LF8 B; 3KCY A; 1PPJ H; 3OE7 G; 2IU3 A; 3H9V A; 4JI7 B; 2EJ7 A; 3CCE V; 1YJ9 V; 3JAT B; 3E22 A; 2EIM B; 1F4M A; 4DR7 B; 1HNW O; 4FLV A; 1XMQ B; 3OUS A; 1EBO A; 5KUM A; 3CE2 A; 3LUT B; 1RP3 B; 1VQO V; 2AZ2 A; 1QBZ A; 3ZHU A; 5L3D A; 2AGA A; 4NXN B; 2KG7 A; 3JSN A; 2UXN A; 1RSO A; 4MVU A; 2JGU A; 1XQ8 A; 3K08 A; 4MW8 A; 1QCE A; 3MHS C; 4TSF G; 4BW5 A; 3OM3 B; 4CS4 A; 1YZB A; 4EFE A; 5L3G A; 2DYR C; 1TGO A; 3SR2 C; 4YHH O; 3GB7 C; 2QGN A; 3AEI A; 4CH3 A; 2QM4 A; 4FZ1 A; 2C2A A; 1IXM A; 5BMV B; 4LFA B; 3E8F A; 2E74 B; 4PJ0 Z; 1VF6 A; 5B1O A; 1IBL B; 3AK1 A; 5CA0 A; 1KYO F; 4ZHQ B; 1W0K G; 2WLN A; 1LR1 A; 3ZMT A; 4I50 A; 2YIC A; 2O57 A; 3CCQ V; 5EK0 A; 1T5E A; 3F7V C; 4MVM A; 4RUE A; 1XI1 A; 4NXM B; 3RVZ A; 3K5O A; 3ZHV A; 5H2F Z; 3U0Z A; 1H2N A; 2DWE C; 2D2C B; 1SC5 B; 1BL8 A; 3ML0 A; 3ABM C; 2UUA O; 4LH6 A; 4DV6 O; 5LYJ B; 4TV8 B; 1H8H G; 4KHP O; 2DQ3 A; 3QVN A; 1YTF D; 3QG5 A; 1PD3 A; 3SPC A; 1VQN V; 3RYI A; 2NN4 A; 3K5N A; 2VQF O; 3EHB B; 4R8C A; 4OXS A; 3RYF A; 3SJQ C; 4OGQ B; 1N4C A; 2ZE6 A; 4KFM A; 4LF4 O; 4LF7 B; 3X2Q B; 2UXC B; 2DWD C; 3TET A; 4UCV A; 1COW G; 2AW9 A; 4BIU A; 3ETD A; 1OCR C; 1NJI W; 4DV0 B; 4DR1 O; 4PDR A; 3ABK B; 1FXK B; 4GKJ B; 5EBW C; 4DRX B; 3ZRW A; 4FLX A; 1DF5 A; 2M7W A; 3K3W A; 3ZIA G; 3B40 A; 5CB4 A; 5L3F A; 4P2Z A; 1TUB B; 4IHJ B; 1GRJ A; 1RM1 B; 3QO7 A; 3F5T A; 1YSC A; 2QWP B; 3R65 A; 4O2B B; 2WLH A; 3ETE A; 4NTX A; 2EIJ C; 5B66 Z; 4PA6 A; 4HBN A; 4DR6 O; 1JMK C; 1MNG A; 3ABT A; 2IJK A; 1ZUQ A; 3AK3 A; 2W6I G; 5LGN A; 2E75 B; 5CMU A; 4NKG B; 3CCV V; 2YDE A; 4LR3 A; 2E5L O; 3K59 A; 4TUY A; 3G6B A; 1WPX A; 3EXA A; 5JCO A; 4JAU A; 3M7M X; 3LSU A; 2XUM A; 4PV1 B; 2HEP A; 2ZIM A; 4QE9 A; 4G2K A; 3CEI A; 2QKS A; 3SGI A; 2QKC A; 4UCO A; 1W0J G; 3CCL V; 4TV9 B; 3HKE B; 2DMX A; 2UXD B; 2AHZ A; 1RFY A; 3MHH C; 4J9Y B; 2XT9 A; 1N33 O; 1Q6U A; 2HFE C; 1WA8 A; 5KLV H; 1XNQ O; 5LMU O; 3THO A; 4NB5 A; 3BAB A; 5FPO A; 5DN6 G; 2XAJ A; 2HVK C; 3AG4 C; 5B1A B; 4PA4 A; 4R6Z A; 5TIS Z; 3ETQ A; 4FPP A; 3CCM V; 2HLD G; 4N23 A; 2QWO B; 3N2K B; 1MMM A; 3CRR A; 3CCJ V; 1SQF A; 1FFT B; 2PUS A; 3MDS A; 4DUY O; 4HAM A; 3VQW A; 4DV4 O; 3ZRS A; 1AB3 A; 2H8P C; 1CEZ A; 5IYZ B; 1M93 A; 2ZIN A; 1H2K A; 3OAA G; 5KMG A; 4HNA B; 5D5Q A; 2CGN A; 2ETN A; 2HR3 A; 1U97 A; 4RQF A; 3QO8 A; 1H2S B; 2W6J G; 4B7E A; 5CBF A; 2Y69 B; 4HYO A; 3HKD B; 3ABM B; 1R3I C; 1QHT A; 1S76 D; 1J5E B; 2H3O A; 1NH2 D; 5IJ9 B; 1M4U A; 2VQE B; 1TVK B; 3FB6 C; 3G4S V; 1Q6I A; 4I9W A; 5KX5 A; 1JFF B; 4GX2 A; 4I0X A; 2YIB D; 1AI7 A; 4GCZ A; 3N27 A; 1Q43 A; 4UV9 A; 5GON A; 2P22 C; 4LWS B; 5BXZ A; 2FML A; 4DW0 A; 3A0H Z; 4AHC A; 1YCI A; 2LJ2 A; 1J95 A; 5IYB O; 2QWR B; 4DR2 O; 2OIE A; 1R6K A; 3AG3 B; 4L8J A; 4UCT A; 1KC8 W; 3CB2 A; 5LP6 A; 2IBZ H; 4J7Z A; 4WF9 V; 2YUA A; 5JJN B; 1XOU A; 3CX5 F; 5KAI Z; 1WB7 A; 1KQS U; 1XRE A; 2UUC O; 5LHI A; 3S3X A; 5BR8 O; 1WN7 A; 4MVS A; 2CTP A; 1VQ6 V; 4MTF A; 1H2G A; 5FNV B; 4PDL A; 1D2D A; 1ZL8 B; 1BHB A; 1K9M W; 2N04 A; 3UO3 A; 3NXS A; 4DV1 O; 5KHI A; 3E22 B; 1N36 B; 1TUE B; 2EIM C; 1XHZ A; 2L35 A; 1FXH A; 3RWR D; 1GN3 A; 4I5S A; 4XDL A; 2MK3 A; 2IM9 A; 5C8Y A; 5GW7 A; 3CMA V; 2Y4U A; 2Q0A A; 2FKX A; 5IYD O; 3WFV A; 1S72 V; 2LW7 A; 4GKK O; 5EYP A; 3K5L A; 3RYC A; 2KG7 B; 2WAM A; 3E8G A; 3FYI B; 1IZ3 A; 5IWA B; 5EIB C; 2ZNJ A; 1DGS A; 3K79 A; 3T1H B; 4JI4 O; 5LXT A; 2ZNI A; 2IU0 A; 1AI5 A; 3BAA A; 1VMG A; 3LDE A; 4U3J A; 3SJC C; 5LL6 Y; 4B3M O; 1QLE B; 1JQ0 A; 4J7J A; 1Q3E A; 4F6R B; 2EJR A; 3D3Q A; 4J7K A; 1I94 B; 3KKY A; 2JGD A; 4QJF B; 2RCV A; 2JRI A; 4EB6 B; 4LC1 A; 1P4R A; 1OCC C; 2OT5 A; 5J2T A; 4LF6 B; 2DJV A; 5CA0 B; 1W59 A; 4R7C A; 4UVA A; 2B1I A; 2JS3 A; 4ZIB A; 4I50 B; 5CBH A; 4K3A A; 1AVM A; 4JI1 B; 4AIL C; 3FAV A; 4XBF A; 4FZ0 A; 4MS2 A; 5J2U B; 1S0V A; 1GN2 A; 4QNH B; 4WBN A; 1VIB A; 4RQE A; 1RPR A; 4DUZ O; 1LUV A; 1YXB A; 4LF5 B; 1EZV H; 1ARO P; 2W0X A; 3G67 A; 3ZJZ A; 1QVF U; 4D7S A; 5CA3 A; 4I7Z B; 1MSD A; 3OMN B; 5D5P A; 1XNR O; 1BZK A; 2RNB A; 3ASO B; 2ZR2 A; 1VAR A; 3SYQ A; 1AP6 A; 4IYH A; 3EVK A; 2LW1 A; 1HNX B; 1ZTE A; 2JEX A; 3RYI B; 2IJJ A; 1YIT V; 3JD0 A; 3CC4 V; 4CH5 A; 3ABL C; 3BA9 A; 1JX9 A; 3RYF B; 1E79 G; 3ZCC A; 2WLI A; 4ZKI A; 5LMN O; 3CWB H; 4UV8 A; 2Q67 A; 4B3R B; 4KUM A; 3S3W A; 4X62 B; 4JV5 B; 1NTK H; 4KL1 A; 1F51 A; 2ZE7 A; 2LO1 A; 3WB1 A; 3ZRW B; 1S5J A; 3E8H A; 3D8C A; 2KKW A; 4CC6 A; 5CB4 B; 3BHP A; 4ABM A; 1RPO A; 1SQB H; 4L87 A; 4DV3 B; 3OW2 U; 1K34 A; 1RM1 C; 1SA0 A; 4EFB A; 1S5H C; 1Y67 A; 1Q81 W; 4ZBM A; 4YJ2 A; 3KCX A; 4JI6 O; 4B3T B; 1AIL A; 1IBL O; 1B04 A; 1EFR G; 1VQ7 V; 2DYS C; 4K8Z A; 1XEQ A; 2HJD A; 4FFK A; 2Q69 A; 4XDJ A; 3UO2 A; 4NVP A; 1IBK O; 2HKO A; 3E35 A; 1KEC A; 3JD4 A; 4FFB A; 4OX9 B; 3LDC A; 2WSS G; 1WP7 A; 2PF4 E; 1FPO A; 3STL C; 5FLX N; 3H1L H; 1PV0 A; 2G38 A; 4X1K A; 1GM9 A; 4TUY B; 5B1N A; 1SET A; 4JAA A; 1XHX A; 1BCC H; 3B2E E; 5H6Q A; 4DV5 B; 1Z5W A; 2YI9 A; 3W7T A; 1N0N A; 3ABU A; 4RUF A; 4JI5 O; 3DC6 A; 3VQY A; 3IC7 A; 3APO A; 3BVO A; 1MA1 A; 3DGE A; 1MZF A; 2GSM B; 4CS3 A; 3M99 B; 5FPR A; 5LGT A; 3ZHQ A; 4ASU G; 1Q5O A; 1WA8 B; 2LGW A; 1L8D A; 3L75 H; 4G28 B; 4MVO A; 3SPJ A; 3JD3 A; 3G71 V; 3JAS A; 3PN1 A; 1JJ2 U; 1OHH G; 3UT5 B; 4G27 B; 1UJW B; 1VQK V; 2HHH B; 2L6L A; 5B1A C; 1FKA O; 1AP5 A; 1HR0 B; 3U10 A; 4RAI A; 4KP4 A; 2FL4 A; 3JCZ A; 1PL4 A; 1Z2G A; 2BOC C; 4LFC O; 2X0L A; 3R66 A; 4JYC A; 4P30 A; 4X88 A; 2JJ2 G; 4FLY A; 4P9O A; 2WLJ A; 4LNU B; 2UU9 O; 1OCC B; 4ZOL A; 2AZ0 A; 5A9G A; 2N05 A; 3D3I A; 4JYA B; 4IIJ B; 1VQ8 V; 3WB0 A; 5KA6 A; 5L3B A; 1PM9 A; 2Z0A A; 4UVB A; 2ADQ B; 3CCR V; 1W2B U; 3RBZ A; 2A3Q A; 1Y74 A; 2LP7 A; 2QSA A; 4FMT A; 4JI3 O; 5BZB A; 1JOY A; 2Q7E A; 4B08 A; 1I0H A; 2CDY A; 2UXB O; 2CTW A; 2Y69 C; 1QU7 A; 5JQG A; 2GBO A; 4PA3 A; 5LOV A; 4X65 O; 2P4K A; 2UXX A; 4BR6 A; 2EUL A; 1Z5V A; 4GYC B; 4LF9 B; 4NYK A; 5KX5 B; 2YIB A; 5IJ0 A; 5F2V O; 4LBE C; 5GTI Z; 5GON B; 3ABL B; 4O2A A; 4UUJ C; 4I9Q A; 4X8A A; 2R9I A; 3BCC H; 1DF4 A; 1B3Q A; 1V9P A; 5JJJ B; 1URF A; 4H0L B; 3SPG A; 1HNW B; 3AG3 C; 5JH7 A; 3OTO O; 1G4Y B; 1SQX H; 3BY6 A; 1DK1 A; 1GM7 A; 1MG1 A; 1Y6X A; 4UFZ A; 5LP6 B; 2F95 B; 3T2M A; 1VEW A; 4HZ3 A; 3C90 A; 3QTC A; 3T1Y O; 1XL6 A; 4O4I B; 4TQF A; 1YEW A; 2PI4 A; 4UCS A; 5LA6 A; 3JYC A; 1ZSP A; 5EBM C; 1VQ5 V; 1KMI Z; 4PI2 A; 2LGQ A; 1P7B A; 4WFB V; 1WLE A; 1M57 B; 2PYJ A; 4YHH B; 2DYS B; 5IY5 B; 4FVM A; 4DV7 O; 1ROP A; 1GN6 A; 1F7Y A; 2KSD A; 4JI2 O; 1G8M A; 1K97 A; 4H33 A; 5JVD A; 2E3C A; 2WA3 A; 5EZY A; 4F6E A; 5C8Y B; 1SQQ H; 2CK3 G; 3CPW U; 3B8M A; 5EYP B; 3RYC B; 1FJG B; 2YEV A; 3FX7 A; 3LSS A; 2GUZ A; 5KHJ A; 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1SZT A; 1OCZ C; 2E5L B; 1VQL V; 2X7R B; 4XDK A; 3GWK C; 5LYJ A; 4TV8 A; 3ZX6 A; 4DR3 O; 4ZI7 B; 1SA0 B; 4IGG A; 5EC1 C; 4YJ2 B; 2BTO A; 3JAL A; 3Q4H A; 4JI8 O; 1BT8 A; 1SF9 A; 4H44 B; 2YSU B; 3OFN G; 4I55 B; 4J42 A; 5LHG A; 1N33 B; 1R1B A; 1V55 C; 2IH1 C; 1HNZ O; 5CA1 A; 4DW1 A; 5LMU B; 4FFB B; 4I4T B; 3TXQ A; 5LBQ A; 4YY3 O; 2Q0O C; 1AI4 A; 1QLN A; 1WP8 A; 4X20 A; 3H1I H; 4X1K B; 2XAS A; 1FYJ A; 5JCO C; 4QPK A; 4JI0 O; 1TUB A; 3I55 V; 5L3E A; 2CTQ A; 2CTR A; 3BEH A; 1Q82 W; 4DUY B; 2QEX V; 3CCU V; 4DV4 B; 1HW7 A; 1BQ0 A; 2ZCE A; 1NKD A; 3HPL C; 4DK0 A; 1IBM O; 2ZM6 O; 5LGU A; 1RSO B; 3ICX A; 1Y76 A; 4BAY A; 2LQT A; 2RJZ A; 4GLX A; 2NLJ C; 4MT8 A; 2QTS A; 3JAS B; 4PEL A; 4C7U A; 2XTA A; 2BOB C; 2DN9 A; 4QIW F; 4B3S O; 3ZHR A; 2EIL B; 3O9O A; 1FAF A; 2JK5 C; 5B3S C; 3G6E V; 4ZOL B; 1V54 C; 1XDC A; 3ZN1 A; 2ADP A; 3GWO A; 1WPB A; 3RYH A; 4DK1 A; 5ITZ A; 4U7N A; 4JTA B; 1Y74 B; 4DR2 B; 2DW4 A; 1KP2 A; 4YJ3 A; 5A2Q N; 5EIB D; 2K1E A; 3WU2 Z; 4FJC C; 2GHY A; 1SS3 A; 3N2G A; 1YVW A; 3KZI Z; 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