The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
35
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I94 O; 4K0K O; 5FLX N; 5IWA O; 1HNX O; 2F4V O; 1IBM O; 1XNR O; 4GKJ O; 5IT9 N; 5BY1 A; 1IBL O; 1HNW O; 2AGA A; 3SDL A; 4JI2 O; 4DR6 O; 2ZM6 O; 2UXC O; 1KUQ A; 5LL6 Y; 4LF7 O; 4NXN O; 4DV7 O; 4B3S O; 4KHP O; 4LF9 O; 4DUY O; 3T1Y O; 5BR8 O; 1YZB A; 4X64 O; 4JI4 O; 3OTO O; 4DV2 O; 1DK1 A; 4JV5 O; 4A5U B; 1G1X B; 1N33 O; 4B3R O; 4DR3 O; 3F5T A; 4OPA A; 1R6T A; 4B3M O; 2ZKO A; 4YY3 O; 1X59 A; 5LMU O; 2Z0A A; 1XNQ O; 2UU9 O; 3T1H O; 2UUB O; 1HR0 O; 2FKX A; 1F7Y A; 4YHH O; 4GKK O; 4LF6 O; 4OX9 O; 1XEQ A; 4DUZ O; 2N74 A; 4X66 O; 2VQE O; 2DOS A; 4AQY O; 4X62 O; 4DV1 O; 4B3T O; 1J5E O; 3J81 N; 4DV5 O; 4JI8 O; 2JRI A; 3J7A U; 2HHH O; 1AIL A; 3JAM N; 4LF8 O; 4JI7 O; 1FKA O; 1D2D A; 1FJG O; 4LFC O; 1N32 O; 5BXZ A; 4JI1 O; 2LW7 A; 1AB3 A; 4DV4 O; 4JI5 O; 5A2Q N; 4DR4 O; 3M8A A; 1A32 A; 2UXD O; 3J80 N; 4DV6 O; 3R66 A; 2DJV A; 4DV3 O; 4LF4 O; 1N34 O; 2E5L O; 4DR5 O; 4NXM O; 4JYA O; 5H5N A; 2UUA O; 2VQF O; 4JI6 O; 4OPH A; 4DV0 O; 1XMO O; 1HNZ O; 1FYJ A; 4DR7 O; 3RT3 C; 4DR2 O; 1N36 O; 1XMQ O; 4LFB O; 1NS1 A; 3O65 A; 4JI0 O; 4JI3 O; 5LMN O; 2UXB O; 1IBK O; 4LF5 O; 4X65 O; 4LFA O; 4DR1 O; 2UUC O; 1R1B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F4V B; 4GKJ O; 2VRZ A; 2YDE A; 4LF7 B; 3BPZ A; 3OM3 B; 4KL1 A; 1R3I C; 1N8R W; 4DW0 A; 4O4L A; 4QJF B; 4G28 B; 3SPH A; 4UCR A; 5BR8 B; 3G4S V; 4TV9 A; 1QR8 A; 5JJJ B; 4JV5 B; 1AI7 A; 4N21 A; 3CC4 V; 1N33 O; 2PZS A; 1AJN A; 4DXW A; 2WPD G; 2DYS C; 4TWK A; 1UPG A; 4G2K A; 4KUM A; 2UUB O; 3ASO C; 3JCU Z; 4ABM A; 3ZHQ A; 1DF5 A; 3ZMZ A; 1M5I A; 1Y4M A; 2IJI A; 2PY5 A; 3JAR A; 2DYS B; 3ZMU A; 5BMV A; 4BR6 A; 3ASO B; 2YXH A; 4BIZ A; 2RQ6 A; 2H3O A; 4WCE V; 1V54 C; 2XAF A; 4QPJ A; 2YIB A; 1JJ2 U; 1FJG O; 4JAV A; 4O2B A; 3SJA C; 2QM7 A; 1BE3 H; 4I55 A; 2Y48 A; 3ZRW B; 1V54 B; 4X8A A; 4WBN B; 3R66 A; 5CA1 B; 3CRQ A; 3K59 A; 1VQ5 V; 3STL C; 2YEV A; 1BGY H; 4JI8 B; 2WLL A; 3U11 A; 3MAQ A; 4GLX A; 1H2N A; 3LDD A; 4OPH A; 3X2Q C; 3N2K B; 1YHQ V; 3OMI B; 3WG7 B; 4CBC A; 1BT8 A; 2CTQ A; 5EZY B; 1JJO A; 3OUF A; 5KHK A; 4JI5 B; 1WB8 A; 4LFB B; 2KG7 B; 2Q8V A; 4R6Z A; 1LUV A; 1SQP H; 3X2Q B; 1IBK B; 5KHJ A; 1AP5 A; 1PL4 A; 5KAI Z; 4TQF A; 3VQW A; 1AJP A; 3ZRX A; 1IXB A; 4E2L A; 1IBL O; 1EZV H; 3E8B A; 2ZM6 O; 3ASN C; 3A0R A; 5DN6 G; 5CA3 A; 2JVD A; 3JYC A; 2AZ2 A; 2Q69 A; 3ZHS A; 3B8N A; 1R6N A; 4NTY A; 1G6U A; 2F1M A; 4I50 B; 4TV8 A; 2A0L A; 1NR7 A; 4B3R O; 1BL8 A; 3RYC B; 2ITD C; 5EIB D; 3JCZ A; 2UU9 O; 1HR0 O; 4HNA A; 3OD4 A; 4OX9 O; 2WLK A; 4PA4 A; 2W0F C; 1VQO V; 1PD3 A; 3E83 A; 2EUL A; 1XHZ A; 1W0J G; 2ZE5 A; 2P90 A; 4NTX A; 1PNM A; 2OT5 A; 3J7A U; 5EBL C; 1E79 G; 4X1I B; 2LP7 A; 3C90 A; 4JI1 B; 3CHX A; 4LNU A; 5DED A; 3RFR A; 4CC6 A; 2UXD B; 1K33 A; 5IYC O; 4NB5 A; 3JAL B; 5BZB A; 4DV3 O; 2JEU A; 1QNM A; 4IYI A; 4HBN A; 3QNE A; 4JI6 B; 4UV9 A; 3OAA G; 5JH7 A; 4R50 A; 2E3C A; 2Q0O C; 5ITZ A; 3ZRV A; 1Q3E A; 1TA8 A; 4TSF G; 2YIB D; 3IGA C; 5KLV H; 4UUJ C; 1NBM G; 3JSL A; 4P30 A; 3SJC C; 3G67 A; 2OIE A; 1AR5 A; 4FFB B; 3ZMV A; 2EIL C; 3MDS A; 1VEW A; 5IWA B; 1EN6 A; 2PI5 A; 1MZE A; 4TUY B; 1IDS A; 4XDK A; 4DR6 O; 5IJ0 B; 2QGN A; 1TUB A; 1BS3 A; 1OCR C; 4B3S B; 2R9A A; 4X1K A; 4J9Y B; 1T5E A; 3OMN B; 1NR1 A; 1GM8 A; 1FD9 A; 1OCR B; 5IJ9 A; 1R6T A; 2CDY A; 1JVM A; 2XAH A; 3ZED A; 2A79 B; 4YHH O; 1G4Y B; 4GKK O; 4U3J B; 4DUZ B; 4IHJ B; 4I9Q A; 2HKO A; 1YIT V; 4X66 O; 1ZUQ A; 4X62 B; 2JGU A; 4DV1 O; 4X64 B; 2YC0 A; 1JA8 A; 4IT5 A; 2YXY A; 3HPL C; 3ICX A; 4HAM A; 2OIG A; 5KUM A; 1K8A W; 4TQD A; 4CC5 A; 2RJZ A; 3JAM N; 2IU0 A; 5AG2 A; 5FL7 G; 2H8P C; 5JJE B; 2EIK B; 1YJW V; 1KP2 A; 5JQG A; 4PV1 B; 1S5H C; 1FFT B; 3HKD A; 1IZ3 A; 5H2F Z; 4AIL C; 2QWQ B; 1FXK C; 4DV6 B; 1YXB A; 1P7B A; 5LGU A; 3PJS K; 3TGU H; 3IJ4 A; 3OR6 C; 1M4U A; 1H38 A; 1FXK B; 4O4I A; 1I5X A; 2CTP A; 5LBQ A; 3M99 B; 4P9P A; 2CAZ C; 1XMO O; 3QO7 A; 3RT3 C; 2LGW A; 1K5S A; 2P6J A; 2AHZ A; 2QWO B; 4LF5 O; 2WLM A; 2QTS A; 4WFA V; 1GAX A; 1KB9 F; 1XIL A; 4F6R A; 2N05 A; 4LC1 A; 3ZIA G; 1SQQ H; 1M56 C; 5IY5 C; 4JI2 O; 3H1H H; 2QA4 V; 1SF9 A; 1EZJ A; 4LP8 A; 1L1F A; 4KHP O; 3I5D A; 2OTJ V; 4QPK A; 1M56 B; 3OTO O; 5IY5 B; 4PA6 A; 4B3M B; 1Q43 A; 4KXR A; 3DTU B; 2R70 A; 3LSS A; 4RQF A; 4OGQ B; 1AVM A; 2QDO A; 3BA9 A; 3DXR A; 3JAW B; 3G6E V; 4LF6 B; 2D2C B; 4UVC A; 1VQL V; 4NKG B; 5B1A C; 5JVD B; 2N74 A; 2AHY A; 2QJ1 A; 3K08 A; 2IBZ H; 4DK1 A; 1SES A; 1OCO C; 4I4T A; 2O57 A; 4FMT A; 3LDC A; 4DV5 O; 4PA3 A; 2BTQ B; 1LR1 A; 4DR3 B; 1R6K A; 3TET A; 2FYU H; 5CBF A; 2ZDI C; 1AR1 B; 2Q5Z A; 4J41 A; 4YY3 B; 2HJF C; 3ETQ A; 4P2Z A; 3L73 H; 1OCO B; 2ITC C; 1Y76 A; 4IIJ A; 4HYO A; 2OYQ A; 5E79 Z; 3JD1 A; 1H8E G; 2EZO A; 2QKS A; 3K3W A; 1K34 A; 3M8A A; 1MAB G; 3UCS C; 3J80 N; 2ZT9 B; 3K04 A; 2E5L O; 2Z3Y A; 4NXM O; 2YIC A; 3ZCC A; 1YEW A; 1PV0 A; 1P4R A; 4GX0 A; 1ZX3 A; 3CCE V; 3FX7 A; 4U7O A; 4DV0 O; 4U7N A; 1US6 A; 1N32 B; 3ABK C; 1XUQ A; 2JK5 C; 1NH2 D; 1MG1 A; 1PL0 A; 2JGD A; 3GVM A; 1EFR G; 1YTF D; 3K03 A; 2UUC O; 3B8M A; 3RYI B; 4K0K O; 1ARO P; 2BSK B; 4L87 A; 4EFB A; 4O2A B; 3E86 A; 5FPR A; 2PI4 A; 1KP3 A; 4ZHQ B; 1SER A; 1R3J C; 3N2G A; 3E8H A; 3CXC U; 3W7U A; 2Y0P A; 4JI4 O; 4DYL A; 3GWK C; 3CS5 A; 3P30 A; 2L35 A; 5LA6 A; 3CCM V; 2B1G A; 3ZX6 A; 4RO2 A; 4FLV A; 2P67 A; 1GN6 A; 4ZBM A; 5LMU B; 4EB6 B; 1XNQ B; 1MSW D; 3WB0 A; 3FB5 C; 2FKX A; 4E4E A; 3CB2 A; 5LOV A; 2CH7 B; 3SR2 C; 1VF7 A; 2IH3 C; 3JD4 A; 4LCU C; 4O4H B; 5H9C A; 4AQY O; 1F4N A; 1X4T A; 4YJ2 B; 3CX5 F; 3ZMT A; 3OEH G; 3JAS A; 5L3D A; 1D2D A; 2XHB A; 2PYL A; 4DO2 A; 4Z1M G; 2IM9 A; 2V7Q G; 4WFF A; 1S5J A; 4ZI7 B; 4O4J A; 3G71 V; 4FLT A; 1ZLZ A; 3H01 A; 1SQG A; 2V1D A; 1R3L C; 1OZ0 A; 2M7W A; 3EHB B; 5HFM A; 1N34 B; 4J9Z B; 2FL4 A; 4GCZ A; 1Y67 A; 3RWR D; 5IYZ A; 1KQS U; 1VF6 C; 1NI8 A; 2WA3 A; 3AG2 B; 5LYJ A; 3H1J H; 1EN5 A; 3NR7 A; 1NS1 A; 3O65 A; 4JI0 B; 2UXB B; 2EZP A; 5J2T B; 1R3K C; 1I7F A; 4FZ0 A; 3FB6 C; 3APO A; 3S3W A; 3LSQ A; 1SA0 B; 4GKJ B; 1VP7 A; 3U0Z A; 5BY1 A; 5GW7 A; 1ORQ C; 3UQ8 A; 4BWA A; 1K4C C; 5EC2 C; 5J9P C; 4J7J A; 3FAV B; 1VQP V; 1NJI W; 4FIP C; 4PJ0 Z; 1HNZ B; 1SZX A; 1RSO B; 2DMX A; 1B6Q A; 3BEH A; 1JPX A; 1YZB A; 1JFF B; 4MTX A; 2EJ7 A; 4A5U B; 3HKC A; 1N33 B; 4UCS A; 2KB1 A; 1QQC A; 3JAT A; 2B9Z A; 2YI8 A; 2HR3 A; 1GKF A; 2UUB B; 4PDM A; 3UM7 A; 3E8G A; 2LW1 A; 4IL6 Z; 2DN9 A; 3AG3 C; 1FXV A; 5C93 A; 5L3C A; 1K3E A; 4NXN B; 1IX9 A; 5B3S C; 1BQ0 A; 2FB5 A; 2Z5U A; 4PDR A; 5LXT A; 4B3T O; 2BCC H; 4MVM A; 2GTA A; 1U97 A; 1V9P A; 3ZHT A; 4J80 A; 3WU2 Z; 1Y74 A; 1VQ9 V; 2HVK C; 4WFE A; 4LF8 O; 1RPR A; 1EM1 A; 1P49 A; 1GN3 A; 3E22 A; 4FFK A; 2KSD A; 1VQ7 V; 2GV9 A; 4JZ2 A; 3OT7 A; 2Q7E A; 4MVO A; 1B04 A; 3JD0 A; 4DR4 O; 1XL4 A; 5B1B C; 4QE7 A; 2DJV A; 1YI2 V; 3SPG A; 5E1A C; 5TIS Z; 1XL6 A; 1ENV A; 3ETE A; 2VQF O; 5K1X A; 1YSC A; 3FYE B; 2ZE7 A; 4LWS B; 4J11 A; 5B1B B; 3JD2 A; 4MW3 A; 1FYJ A; 4K8Z A; 1KKC A; 5IDJ A; 4MS2 A; 2ATK C; 4IGG A; 1VQN V; 4GYC B; 2JEX A; 2WA4 A; 5LMN O; 4JYB A; 1KMI Z; 4PD4 F; 2QWR B; 3WB1 A; 1HW7 A; 1Y66 A; 1R1B A; 2MW2 B; 3JD3 A; 4FK5 C; 1Q86 W; 1XNR O; 1TVK A; 1SZT A; 4ZOL B; 1XBL A; 2W0X A; 3EFF K; 2ZM6 B; 1R73 A; 1M90 W; 2A3Q A; 5LL6 Y; 3G80 A; 2X0L A; 3SPJ A; 5C8Y B; 1I08 A; 4QE9 A; 1JOY A; 1L0L H; 3CYO A; 1W0K G; 1QR9 A; 2Y4T A; 3FB7 C; 2WLH A; 3DC5 A; 2QSA A; 4DV2 O; 1FAF A; 2ZIO A; 4B3R B; 3QO5 A; 1L0N H; 3ZHR A; 5LP6 C; 3M7M X; 2X6C A; 1QHT A; 1IBM B; 2RN9 A; 1X59 A; 2UU9 B; 3OFN G; 4I0X B; 1J95 A; 3CCS V; 1HR0 B; 4QIW F; 3CEI A; 1WP7 A; 4GZR B; 5KMG B; 4OX9 B; 2DQ3 A; 2ZCE A; 2RCV A; 2CTR A; 1AI6 A; 3H1L H; 5LP6 B; 2IH1 C; 1ZWI C; 3RYH B; 1FFX A; 1J5E O; 3CC2 V; 3J81 N; 3HKE B; 2IJK A; 5LGT A; 4JI8 O; 3ASN B; 2XND G; 4RWU A; 2EIJ C; 3R65 A; 1MA1 A; 1XHX A; 2P5O A; 1HWY A; 2BOB C; 2GUZ B; 5D5P A; 4Z2W A; 4X1Y A; 1KU9 A; 3ZJZ A; 4DV4 O; 4JI5 O; 2XAS A; 5LGN A; 2ILM A; 2EIJ B; 3CJH B; 2DWE C; 4X20 B; 5LHG A; 4DV3 B; 5IYD O; 1H2M A; 2ARH A; 4BW9 A; 1HDJ A; 4DRX A; 3Q4H A; 4MTG A; 2Q67 A; 1B3Q A; 4DR5 O; 1KC8 W; 4FLU A; 1O9G A; 4LH6 A; 1S3J A; 2Q9L A; 3QTC A; 1DTO A; 3BY6 A; 4DR7 O; 2QWN B; 1Q81 W; 3RVY A; 3OEE G; 2FTK A; 4FM0 A; 1E1Q G; 4JI3 O; 3E2E A; 5EIB C; 3OMA B; 5KX5 B; 4JYY A; 2VWJ A; 2GHY A; 1RFY A; 4KP4 A; 4DK0 A; 2ETN A; 3FD9 A; 1THZ A; 2E74 B; 4DR6 B; 1F23 A; 2YS8 A; 1FS0 G; 2V4D A; 4YJ3 A; 1VQ8 V; 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1SRY A; 4CS3 A; 1MZF A; 4DUY O; 1WN7 A; 4X64 O; 5KHI A; 2HFE C; 1NTK H; 5EYP A; 3W7S A; 2EIM B; 1K92 A; 2PYJ A; 3MHH C; 3IFX A; 1F7Y A; 1OJH A; 3S3X A; 1QVG U; 4TV8 B; 5FNV A; 3RBZ A; 3BAB A; 4DV5 B; 2UXN A; 4HNA B; 1MSD A; 1VQM V; 4KFM A; 1F51 A; 1BHB A; 1KKD A; 4JI7 O; 4H37 A; 5KA6 A; 4LFC O; 2IJH A; 3E89 A; 5J2U A; 4IYH A; 2LW7 A; 3D3Q A; 4PHZ A; 1XI1 A; 2NNU A; 1UFI A; 3MHS C; 5LHI A; 3THO A; 3P32 A; 2QM8 A; 1IVS A; 3FYI B; 2E5L B; 1K7D A; 2PTM A; 1YCI A; 4LNU B; 2WLJ A; 4DV0 B; 5B1A B; 1K5Q A; 3AK3 A; 2PGG A; 5JH7 B; 3VOU A; 3VBB A; 5ITZ B; 3NXS A; 1NU1 H; 3AEI A; 4K0K B; 5L3B A; 4W4K A; 2EX3 A; 4ASU G; 1COW G; 3UO2 A; 1H2L A; 2GSM B; 4U3F H; 5L3G A; 4UFZ A; 4FM2 A; 3B77 A; 2XTA A; 3IC9 A; 3TJT A; 2L6L A; 4J7Z A; 4H44 B; 2B1I A; 2CTW A; 2UXX A; 1PKX A; 3ABK B; 1TUB B; 4DR3 O; 3OW2 U; 1BMF G; 2XUM A; 3GWO A; 3WB2 A; 4YY3 O; 4X1K B; 3RN4 A; 2UXC B; 1DF4 A; 4NTW A; 1TGO A; 2Q0A A; 5KHH A; 1WB7 A; 3QVN A; 5IJ9 B; 3SYC A; 2R72 A; 3T1Y B; 1VQK V; 2IW5 A; 3ZRW A; 1LNQ A; 4RUF A; 3SGI A; 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