The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
88
|
structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
29
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5H5N A; 4DR7 O; 4KHP O; 2VQE O; 4A5U B; 3J80 N; 1XEQ A; 4DV2 O; 5FLX N; 2DOS A; 1IBK O; 4X62 O; 5LMU O; 4X66 O; 4DR6 O; 2UUB O; 1J5E O; 4JI3 O; 4JYA O; 2N74 A; 4LFC O; 3M8A A; 2UU9 O; 2FKX A; 1XMQ O; 2UXD O; 1N36 O; 4LF7 O; 5BXZ A; 2E5L O; 1FJG O; 3SDL A; 5LMN O; 5A2Q N; 4DV3 O; 3J81 N; 1F7Y A; 4LF5 O; 2ZKO A; 1IBM O; 3JAM N; 1XNQ O; 4JI4 O; 4DV1 O; 4LFA O; 4JI7 O; 4LF8 O; 3T1H O; 1HNW O; 3RT3 C; 2ZM6 O; 2UUA O; 4DV4 O; 1FYJ A; 4OPA A; 2UUC O; 4JI8 O; 2F4V O; 4DV0 O; 1KUQ A; 4DUZ O; 3O65 A; 4B3M O; 4DV6 O; 4OX9 O; 4JI2 O; 4B3R O; 1HNX O; 4JI6 O; 2LW7 A; 1G1X B; 3R66 A; 2Z0A A; 1DK1 A; 4YY3 O; 2UXB O; 1AIL A; 5BY1 A; 3OTO O; 1HNZ O; 4YHH O; 3T1Y O; 4OPH A; 1N32 O; 3F5T A; 4DUY O; 4JI5 O; 4AQY O; 1N33 O; 2DJV A; 1XNR O; 4NXM O; 4LF9 O; 4JV5 O; 5IWA O; 4LFB O; 1D2D A; 5IT9 N; 4JI0 O; 5LL6 Y; 3J7A U; 4LF6 O; 4DV5 O; 4K0K O; 4DR1 O; 4LF4 O; 1X59 A; 1R6T A; 1R1B A; 1NS1 A; 4B3S O; 4X65 O; 4NXN O; 1FKA O; 4GKJ O; 4DR2 O; 1HR0 O; 4B3T O; 4DV7 O; 1YZB A; 2JRI A; 1XMO O; 2AGA A; 4GKK O; 1I94 O; 1A32 A; 1IBL O; 4X64 O; 4DR5 O; 5BR8 O; 1N34 O; 4DR3 O; 1AB3 A; 4JI1 O; 2VQF O; 2UXC O; 2HHH O; 4DR4 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RYH B; 4FM1 A; 4KHP O; 4MW3 A; 1IBM B; 3J80 N; 1SA0 B; 4O4H B; 5J9P C; 1WPX A; 3HKD A; 3B8N A; 1BSM A; 2QGN A; 3IC7 A; 3BCC H; 5K1P A; 4X66 O; 4WF9 V; 4DUY B; 2H8P C; 2ZDI C; 5IYB O; 1RSO B; 2IJH A; 1S77 D; 3M8A A; 3K03 A; 4KP4 A; 1PNK A; 3BAB A; 1OCZ B; 3RYI A; 1N8R W; 2AW9 A; 4J41 A; 4D7S A; 1IBM O; 4PA4 A; 3NR7 A; 3GWK C; 4AHC A; 3UKM A; 1KKD A; 1H2K A; 3SPJ A; 2ARH A; 5CA0 A; 3CWB H; 2YEV B; 5IYD O; 5KX5 A; 3O65 A; 1OCC C; 3ZBH A; 1H2N A; 2EZP A; 4X8A A; 4O4I A; 3I56 V; 2QA4 V; 1PPJ H; 1VP7 A; 2CGN A; 5LP6 A; 1K92 A; 2RNB A; 3ABK C; 5EBM C; 3HB3 B; 4PDV A; 5CB4 B; 1AJN A; 4GYC B; 3F5T A; 3WG7 C; 4I50 A; 3AG1 C; 1P7B A; 2XTA A; 5JJJ B; 3AK3 A; 2HVJ C; 2DJV A; 4I55 A; 2IW5 A; 1B06 A; 3LSQ A; 4HYO A; 4FIP C; 3GVM A; 4MTF A; 5A9G A; 2UUA B; 4IL6 Z; 4GKJ O; 3EHB B; 4CS2 A; 2NR5 A; 1YDX A; 2H3O A; 1I5X A; 1FFX A; 2N04 A; 1XMQ B; 3K58 A; 5GW7 A; 2PI5 A; 1FJG B; 1Z5V A; 3OGI B; 3ZMS A; 2RN9 A; 2DW4 A; 1Y4M A; 2JS3 A; 4X9Q A; 5L3G A; 3OTO B; 4UFZ A; 4A5U B; 2HJD A; 2QE7 G; 2PZS A; 1VQ5 V; 1VQL V; 4CC6 A; 1SC5 B; 1V9P A; 1Y76 A; 1V54 C; 1V55 B; 2EX3 A; 4R7C A; 1MOF A; 4NXM B; 3FKS G; 2YI8 A; 1TA8 A; 3K0G A; 4Z1V A; 4X1Y A; 1M56 C; 1XMQ O; 4DO2 A; 1NVP D; 4P9O A; 2CDY A; 1FJG O; 1FXK A; 5L3C A; 4MTG A; 3JAL A; 2HVK C; 3HKC B; 5IJ9 A; 2P5O A; 3E22 B; 1ZLZ A; 3DC6 A; 2PTM A; 5CBF A; 4D7T A; 3ABL B; 1KMI Z; 3THO A; 3DXR A; 3JAT A; 5F2V O; 2OCC B; 4BW5 A; 3B09 A; 4QJF B; 5FNV B; 1LUW A; 4DV6 O; 1I0H A; 1Q6I A; 4LF4 B; 1IBK B; 5IJ0 B; 1HW7 A; 4W4L A; 4Q20 A; 1HDJ A; 1OCZ C; 4WFG A; 3K59 A; 1UJW B; 2YIB A; 1HNZ O; 1H2L A; 1IUR A; 3SYA A; 1I94 B; 5B3S B; 5JQG B; 4TV9 A; 3FB5 C; 4DRX B; 4DR3 B; 3TCU A; 1EZV H; 4UUJ C; 4EEQ A; 5EZY A; 5CMU A; 4UCU A; 1R6K A; 2EJ7 A; 3KCX A; 4LF4 O; 3CRA A; 2UXN A; 2UUB B; 2XAS A; 5CBH A; 3W7X A; 3WB0 A; 2QKC A; 1DLB A; 3HKB B; 4LP8 A; 2AGA A; 2WLL B; 4G27 B; 5B1O A; 1AI4 A; 1I94 O; 1IBL O; 5IE9 A; 1COW G; 2F1M A; 3ZHU A; 4DR3 O; 4PJ0 Z; 4I9W A; 4MVU A; 3JCZ A; 5H5N A; 3F7Y C; 2EIM B; 4JZ2 A; 3TJT A; 4JI4 B; 2AZ0 A; 4FLX A; 4LNU B; 1G6U A; 4ZIB A; 3JSL A; 5LMU O; 3ZMV A; 2UUB O; 4ZOL A; 3TET A; 1DF4 A; 3QNE A; 3MDS A; 3OFN G; 4BIZ A; 3ZHS A; 1NH2 B; 2N74 A; 2F66 C; 4TV8 B; 2A0L A; 1KBH A; 1YVW A; 3G80 A; 1SQP H; 4B3S B; 1KQS U; 4BW9 A; 4PA7 A; 4NVP A; 2YC0 A; 3ZRW B; 2CH7 A; 3JAM N; 1N32 B; 4JI4 O; 3P32 A; 4QIW F; 1WA8 B; 3ETD A; 3SPC A; 2VQF B; 3RYC A; 5J2U A; 3ASO B; 1V55 C; 2R9I A; 1PP9 H; 1H2S B; 2ILM A; 5TIS Z; 4TUY B; 2Q69 A; 3SYO A; 2QSA A; 4N21 A; 3ZX6 A; 1SES A; 1WAZ A; 1N32 O; 1OJH A; 3WU2 Z; 4KL1 A; 3ABL C; 1L1F A; 4GCZ A; 1D2D A; 2OCC C; 2Y4U A; 1KEC A; 2P67 A; 4FK5 C; 4U7O A; 1J95 A; 4FM0 A; 3T1H B; 2BCC H; 4DK0 A; 4LH7 A; 1TVK B; 1Y66 A; 2ZE5 A; 4JI3 B; 3L73 H; 5GTI Z; 3CC2 V; 4JAA A; 3CD6 V; 4JTA B; 5JVD A; 5B3S C; 2KG7 B; 5KUK A; 1N36 B; 3TK1 A; 4LF7 B; 5FL7 G; 1P84 F; 2JGD B; 4WFA V; 4DV3 B; 5KLV H; 1SF9 A; 2DYS B; 4L87 A; 2V1D A; 4JI7 B; 4CC5 A; 5ITZ B; 1JCH A; 1JMK C; 2ZM6 B; 2Q6A A; 5GON B; 4X1K A; 2Y4T A; 1SZX A; 4CH6 A; 1VQN V; 4CH3 A; 4DW0 A; 4DV0 B; 1BMF G; 5B5E Z; 4J7K A; 4JI3 O; 3E86 A; 3EFF K; 2GUZ B; 4WFF A; 3SGI A; 1MSD A; 3CCJ V; 4UCV A; 2P7T C; 1N36 O; 4LF7 O; 4IIJ A; 1KP2 A; 3MHH C; 4RQF A; 2CK3 G; 4DV3 O; 5LGU A; 5JH7 A; 1H38 A; 2WPD G; 4B7K A; 4JI7 O; 2ZM6 O; 3UM7 A; 1Q81 W; 2C2A A; 2ADP A; 2LO1 A; 4U7N A; 2QWQ B; 2QJ1 A; 2YDE A; 2QM7 A; 4LFB B; 4DV0 O; 3N27 A; 3BA8 A; 1PL4 A; 4NTX A; 5LBQ A; 4RO2 A; 1QLE B; 5H6R A; 1JX9 A; 4H44 B; 3ABT A; 4GX1 A; 4DV7 B; 4ZKI A; 3UQ8 A; 3ZHV A; 1S5J A; 3R65 A; 3G4S V; 4X64 B; 2CTW A; 3AG4 B; 1NT2 B; 1ZL8 A; 4ABM A; 5LA6 A; 3AK2 A; 5LYJ A; 1GTO A; 1W2B U; 3ASO C; 4LFB O; 1K3E A; 3LDD A; 1HWY A; 2XT9 A; 5IDJ A; 4G28 B; 3UT5 A; 1ARO P; 1R3K C; 4UV8 A; 4DV7 O; 1YJ9 V; 2EIJ B; 2YXL A; 3AEI A; 4O2B A; 4X64 O; 4XDJ A; 5H6Q A; 2HLD G; 2UXD B; 2Q73 A; 1AJQ A; 1R3J C; 2GTS A; 1OCO C; 5LMN B; 2QKA A; 4RWU A; 3OR6 C; 1F4N A; 1L0L H; 3HKD B; 2P4V A; 3ML0 A; 2FTK A; 2PY5 A; 1XOU A; 2GBO A; 3IFX A; 1HNW B; 1GAX A; 2YIA A; 3D36 C; 2HG5 C; 5EC1 C; 2YSU B; 2JDI G; 3AG3 B; 1VF6 A; 1K5S A; 1BQZ A; 1LR1 A; 4I7Z B; 1VEW A; 3L74 H; 2WLM A; 1AP6 A; 3C90 A; 2MK3 A; 2BOB C; 2B5U A; 3SPG A; 3E8G A; 2UXD O; 1FXH A; 4YY3 B; 5LMN O; 1MMM A; 1S3J A; 2W6I G; 1WB7 A; 2JGU A; 1AJP A; 2X6C A; 2DYS C; 2DYR B; 2ZNJ A; 3UO3 A; 1HNW O; 3CHX A; 3T4D A; 4RQE A; 3JAR A; 3IJ4 A; 4O4I B; 2ADQ B; 1EN4 A; 2QDO A; 4GX2 A; 2LGQ A; 1GN4 A; 2FB5 A; 5LP6 B; 1IXB A; 2Q0A A; 4X65 B; 3GWO A; 4LBE C; 3R66 A; 5H2F Z; 3ABK B; 3LSS A; 4YY3 O; 1JOY A; 1ZX3 A; 3SYQ A; 4YIO A; 1RM1 C; 2XAJ A; 5EYP A; 1GN3 A; 4OPH A; 4I50 B; 1N34 B; 3K08 A; 4I55 B; 3AG1 B; 4X1I A; 1NU1 H; 1QHT A; 1IXM A; 1QR9 A; 1WN7 A; 1AI7 A; 2R70 A; 4DV2 B; 3CJH A; 1DGS A; 2WAM A; 3OD4 A; 2DE0 X; 4OXS A; 1QLE C; 4X65 O; 3LSU A; 1KP3 A; 1TUE B; 1K8A W; 4O4L A; 1SET A; 1K4C C; 4JGS A; 2OIG A; 2ZE8 A; 4MT8 A; 3GB7 C; 1SQV H; 1N34 O; 3AG4 C; 2AXT Z; 3CC4 V; 3E89 A; 1S5H C; 4X88 A; 4DV2 O; 1Y76 B; 4H33 A; 1JJO A; 4NTW A; 2QKS A; 4NYK A; 1Z5W A; 1I5Y A; 3MHS C; 1YXB A; 2AHY A; 3QO5 A; 1S72 V; 1K5Q A; 2EIJ C; 1HNX B; 1FXK B; 1VQ9 V; 3OMN B; 2QM4 A; 3JAL B; 1KD1 W; 2Y0I A; 5IJ9 B; 4F6E A; 3ABU A; 3T1Y B; 1K4D C; 5CA3 A; 3OUF A; 3RVY A; 2DMX A; 3DXR B; 2X6B A; 3L71 H; 1XBL A; 3BAA A; 3AG3 C; 2A7W A; 1SS3 A; 4PV1 B; 3U10 A; 3K5O A; 2JK5 C; 2RQ6 A; 1HNX O; 1AVM A; 1YTF B; 2N05 A; 4BIU A; 3K5M A; 3OTF A; 1MZF A; 1M4U A; 5LOV A; 2GSM B; 3ICX A; 2GTA A; 4TV9 B; 5CA1 A; 5B1A B; 3OAA G; 4J9Y B; 5BY1 A; 3T1Y O; 4DR5 B; 4JYA B; 5IYZ A; 4MTX A; 2RJZ A; 2DYR C; 3CCR V; 4DUY O; 4AIL C; 1D5N A; 1FPO A; 1B04 A; 3APO A; 4DR7 B; 1XRE A; 1FS0 G; 1TUB B; 2VWJ A; 4D6T H; 4Z2W A; 4X62 B; 2QWR B; 3QF7 A; 1X59 A; 3B40 A; 5LP6 C; 3STZ C; 2LW1 A; 2ZR2 A; 2Q7E A; 1AP5 A; 2CE4 A; 4GUN A; 3FYE B; 2FML A; 4DR5 O; 2X6A A; 3RW0 A; 2E5L B; 5D5Q A; 2PGG A; 3OGC C; 4JYY A; 4P30 A; 5K1X A; 4DR7 O; 1K9M W; 2FL4 A; 3UO2 A; 4DV1 B; 4ZOL B; 4P2Z A; 4F6R A; 4X62 O; 1Q43 A; 3H1J H; 4JYC A; 2UUC B; 2A3Q A; 4JI8 B; 1I7F A; 3SJC C; 4OX9 B; 4JTD B; 4JI6 B; 1EBO A; 1WPB A; 3H1I H; 2E75 B; 4MVR A; 4DV5 B; 4DR1 B; 3P3N A; 4FLW A; 2QTO A; 3F5W C; 2CH7 B; 2E5L O; 4UVC A; 1JJ2 U; 3K79 A; 3H1L H; 4Q6G A; 2JEX A; 3RYC B; 4DV1 O; 1XL4 A; 4WBN A; 1NBM G; 2OTJ V; 2UUA O; 2DWD C; 2UUC O; 4JI8 O; 1QBZ A; 1RPO A; 2ITC C; 1R73 A; 4OX9 O; 3L75 H; 1US6 A; 1BS3 A; 1M9N A; 4JI6 O; 1FXK C; 2BTQ A; 2Z0A A; 2WLJ A; 1DK1 A; 3E8B A; 3RN4 A; 2P6J A; 5KAI Z; 3OTO O; 1CXZ B; 2V7Q G; 4FZ1 A; 2L35 A; 4YJ3 A; 1BQ0 A; 4CBC A; 1AI5 A; 4TWK A; 2HHH B; 1YJW V; 1H8H G; 2LGW A; 3ZIA G; 4YJ2 A; 4O4J B; 4NXM O; 1DTO A; 4BAY A; 3I5D A; 3CE2 A; 4B7E A; 3RYH A; 1PD3 A; 2D2C B; 4J9Z B; 4R6Z A; 2O57 A; 2AZ2 A; 1B3Q A; 4O4H A; 3C3T A; 1QNM A; 5B1A C; 1YIT V; 1NI8 A; 4WFB V; 2M6Y A; 3BA9 A; 1PNM A; 2Z5U A; 2H94 A; 2HHH O; 1E1Q G; 2QM8 A; 3HKE A; 1GM8 A; 1VQM V; 1Y74 A; 3A8T A; 1KU9 A; 1IBK O; 3L70 H; 3HPL C; 3AG7 A; 4XBF A; 4JYB A; 3STL C; 4CS4 A; 5CN0 A; 2EZO A; 1AI6 A; 4JI2 B; 1GRJ A; 4KFM A; 3AG2 B; 3FX7 A; 5LHG A; 4C7U A; 5E1A C; 3TXQ A; 4UB8 Z; 4MVO A; 5JH7 B; 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5BR8 B; 3T1H O; 4JI5 B; 2E76 B; 1BCC H; 4JAV A; 2WSS G; 1DF5 A; 2QR4 A; 3Q4H A; 1Q3E A; 3BFR A; 2Y0P A; 4FFK A; 4LF6 B; 3AG2 C; 4BIO A; 2ZE6 A; 5EYP B; 1K73 W; 3I55 V; 1RM1 B; 1BHA A; 3H1H H; 4WFH A; 3N2K A; 4X1I B; 3QVN A; 1NTZ H; 1Q8I A; 3ZRS A; 2XAH A; 3W7U A; 2OCH A; 3CJH B; 4JI5 O; 3A2F A; 3LUT B; 3DSQ A; 4UV9 A; 4BWA A; 3OE7 G; 3AK1 A; 4LF6 O; 1VMG A; 1YI2 V; 4O4L B; 1Q7Y W; 2PYL A; 5DEC A; 3ZMU A; 1R6T A; 1MSW D; 1P7G A; 2NLJ C; 4U3J A; 3JD4 A; 3A0B Z; 4LNU A; 1FXV A; 1Q82 W; 2HJF C; 3RYF A; 4FFB A; 3SJB C; 1ZTE A; 1AB3 A; 4LH6 A; 1PKX A; 3SR2 C; 4F4L A; 5D5P A; 4TV8 A; 2IU0 A; 1GMG A; 3E8H A; 1XQ8 A; 1GH6 A; 4JZG A; 5J2T A; 4ICG A; 1ZUQ A; 2DOS A; 3N2G A; 3G67 A; 2A06 H; 3CCV V; 3U0Z A; 4FLZ A; 1BE3 H; 4PA9 A; 4DUZ B; 3WB2 A; 2CUG A; 2F93 B; 1S5L Z; 3E83 A; 3K04 A; 2FKX A; 3SJA C; 2WA4 A; 4AI8 A; 3SDL A; 5EC2 C; 3CS5 A; 5KHH A; 2LFR A; 3ZRV A; 1XMO B; 1OV9 A; 1FD9 A; 2ZKO A; 3FD9 A; 3ZHR A; 1XI1 A; 1VF6 C; 2RDC A; 2P22 C; 3FAV A; 1EZJ A; 2HP8 A; 2MW2 B; 1SQG A; 5KA5 A; 2F43 G; 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