The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
88
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structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1G1X B; 2ZM6 O; 3T1Y O; 1N33 O; 3RT3 C; 1I94 O; 4JI2 O; 4OPH A; 1N32 O; 1FJG O; 2LW7 A; 1N34 O; 4AQY O; 4LFC O; 1HR0 O; 1R6T A; 1IBK O; 4JV5 O; 4LFB O; 1XEQ A; 4OX9 O; 2UUB O; 4X64 O; 1HNX O; 4JI3 O; 4YY3 O; 2AGA A; 4LFA O; 2HHH O; 4DV4 O; 4GKK O; 4JYA O; 4KHP O; 4DUZ O; 2ZKO A; 1F7Y A; 4B3T O; 2JRI A; 2F4V O; 4JI7 O; 4LF7 O; 4DV7 O; 4OPA A; 1HNW O; 4DR6 O; 4DR2 O; 4X62 O; 5A2Q N; 4X65 O; 1A32 A; 4DUY O; 2VQE O; 1XNQ O; 4K0K O; 1AB3 A; 5BR8 O; 4DR1 O; 3M8A A; 5LMU O; 1X59 A; 1IBM O; 1R1B A; 4B3R O; 5H5N A; 4LF6 O; 1XMQ O; 3OTO O; 4B3M O; 2DJV A; 1YZB A; 3O65 A; 1FYJ A; 2UXC O; 2DOS A; 2N74 A; 4DV1 O; 4DV3 O; 2UXD O; 4NXM O; 4DV0 O; 2Z0A A; 4DR5 O; 4JI4 O; 4A5U B; 1XNR O; 5IT9 N; 1HNZ O; 1DK1 A; 4JI5 O; 5BY1 A; 4LF8 O; 5FLX N; 4DV6 O; 4DV5 O; 2FKX A; 5IWA O; 4X66 O; 3R66 A; 4JI6 O; 3JAM N; 4GKJ O; 4B3S O; 5LMN O; 5LL6 Y; 3SDL A; 1FKA O; 2UUA O; 3J7A U; 4DR7 O; 2VQF O; 4LF5 O; 1N36 O; 4DR3 O; 1D2D A; 3J80 N; 1XMO O; 4LF9 O; 4JI0 O; 3T1H O; 2UU9 O; 4YHH O; 1AIL A; 4DR4 O; 2UXB O; 2E5L O; 4JI1 O; 4DV2 O; 4LF4 O; 1NS1 A; 5BXZ A; 4NXN O; 3J81 N; 3F5T A; 1KUQ A; 1IBL O; 4JI8 O; 1J5E O; 2UUC O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O4H A; 1SA0 B; 1CPY A; 3JAS A; 3UO3 A; 1BHB A; 1N33 O; 3K5O A; 4IYI A; 2Q7G A; 4MTG A; 1MMM A; 1P4R A; 1JJ2 U; 1R6T A; 1FXK C; 5JQG A; 2KB1 A; 1ZX3 A; 1ORQ C; 3A0R A; 2IU3 A; 3R65 A; 1BMF G; 5J2U A; 3AG3 C; 1WAZ A; 2IJI A; 3AEI A; 1JCH A; 4BAY A; 1XUQ A; 3BA8 A; 4P9P A; 1Q6U A; 5KX5 B; 2WAM A; 5EBL C; 1A32 A; 1XBL A; 2L35 A; 4DUY O; 1UJW B; 1VF7 A; 3RYI B; 2VWK A; 1B3Q A; 2GHY A; 5IYC O; 3SYQ A; 3FKS G; 3JAT A; 2QWR B; 4NVP A; 1AJN A; 3LSS A; 1BZK A; 2ETN A; 4MVQ A; 3CCQ V; 4B3M O; 3ZN1 A; 2Q9L A; 2JEX A; 2YI8 A; 1YZB A; 2XAQ A; 3CXC U; 4X88 A; 2HHH B; 2EJR A; 4O4I A; 5EYP B; 2QA4 V; 2AZ2 A; 1KU9 A; 2DQ3 A; 5KHJ A; 5EK0 A; 2R9I A; 4UCO A; 2WLH A; 4X62 B; 4ZI7 B; 5H2F Z; 2A06 H; 4PDM A; 1OCZ C; 1ZL8 A; 2OIE A; 3CP1 A; 3HKC A; 2QEX V; 1O9H A; 1YIJ V; 3FD9 A; 2P5O A; 4X64 B; 2GTS A; 4DV4 B; 2FTK A; 4I50 B; 2PI4 A; 1D2D A; 4K3A A; 2MK3 A; 1RSO A; 4JI0 O; 2OCC C; 1PNM A; 4DV7 B; 4DV1 B; 3DC5 A; 1U96 A; 1VP7 A; 1LNQ A; 2Y0P A; 4DV0 B; 3OEH G; 5KHK A; 4JZ2 A; 4BW9 A; 3FB8 C; 4GUN A; 1HNZ B; 4JI1 O; 3ZHS A; 3P3P A; 4TV9 A; 2QTS A; 2HVK C; 1I5Y A; 4UB8 Z; 2ZE6 A; 2Q0O C; 1S5H C; 3E22 B; 4YJ3 A; 1P84 F; 4GCZ A; 4TSF G; 5LP6 A; 2X0L A; 3RVZ A; 3T1H B; 4NR1 A; 1HNX O; 3JSN A; 4JI3 O; 2LQT A; 3HKB A; 3K03 A; 3M7M X; 1CXZ B; 4J9Y B; 4EB6 B; 2ZD9 A; 3KCY A; 4X1I B; 1ENV A; 1H2M A; 4DW0 A; 1M93 A; 3AG2 B; 1DGS A; 1MNG A; 2YID A; 1MOF A; 1YIT V; 1NKD A; 3T4Z A; 1M57 C; 2HG5 C; 1FJG B; 2AXT Z; 1YTF D; 4KXR A; 3OD4 A; 4NTY A; 3TET A; 2Q0A A; 4J7J A; 1K7D A; 4K0K O; 4Z2W A; 4MVR A; 1X59 A; 1GK9 A; 1XMQ O; 4LFB B; 4PD4 F; 1BT8 A; 1OCC C; 1M57 B; 2YIC A; 3OGI B; 3FX7 A; 4UCR A; 4B3T B; 5IE9 A; 1QLN A; 2KKW A; 2QWQ B; 1PL4 A; 1ZTE A; 1BE3 H; 5D5Q A; 3DXR A; 4DR6 B; 3GWO A; 2CH7 B; 1NTK H; 1AI7 A; 3JCZ A; 4FK5 C; 2FKX A; 2XUM A; 4TUY A; 1NZ6 A; 3L73 H; 5LBQ A; 3OTO B; 5DED A; 1OJH A; 1HW7 A; 2QM8 A; 2WLI B; 2P4K A; 1BL8 A; 1B04 A; 2AHZ A; 4DV3 B; 1SKV A; 4FFK A; 3JAL A; 2PYJ A; 2HLD G; 4IL6 Z; 1GMG A; 4RO2 A; 3BY6 A; 2BOC C; 1VF6 C; 2DWD C; 4JPR A; 1MA1 A; 1K4C C; 5JCO C; 1K9M W; 4DR7 B; 2UXC B; 5BZB A; 3I55 V; 3ZMZ A; 5B1N A; 4IYH A; 2DWE C; 2CUG A; 3UCS C; 1W0K G; 2HHH O; 3DSQ A; 2LP7 A; 2ZE5 A; 3SYC A; 5IJ9 A; 3U0Z A; 2WLN A; 1GN3 A; 4U7N A; 2XAS A; 4DV5 B; 2QKS A; 4LH7 A; 2PYL A; 1IBL B; 4TQF A; 2K9P A; 3JSL A; 3KZI Z; 3SYP A; 3K9A A; 4X62 O; 4WFG A; 1UFI A; 1WJZ A; 2LGQ A; 3GVM A; 4PDL A; 1ARO P; 1AVM A; 1WA8 A; 4JTC B; 1IXB A; 3B8M A; 3L70 H; 1TGO A; 1Y67 A; 1I08 A; 4AI8 A; 2F1M A; 3OMI B; 2HVJ C; 4GX2 A; 2WPD G; 1XHZ A; 1Q3E A; 4DXW A; 4DUZ B; 4DV1 O; 2YDE A; 4DV0 O; 4LF7 B; 3K9S A; 2ADP A; 3CME V; 4H0L B; 5KUM A; 3CMA V; 1HNZ O; 4UVC A; 1YJ9 V; 1YJN V; 1FXV A; 4LCU C; 5CA0 A; 4YIO A; 3HPL C; 5BR8 B; 1M1K W; 4DR1 B; 3APO A; 3QO8 A; 1H2S B; 1SQV H; 2OWO A; 1JFF A; 1H2N A; 2IJH A; 4AHC A; 2VS0 A; 2ZCE A; 5BMV A; 3W7S A; 4GX1 A; 3OT7 A; 1L8D A; 3CYO A; 1GRJ A; 4PA7 A; 2YIB A; 4O4L B; 3T1H O; 1NQT A; 1KB9 F; 3QVN A; 5B3S C; 1VQO V; 1PV0 A; 4X20 B; 3N2G A; 3HKD B; 2WA3 A; 4O2B B; 2ZIN A; 3A2F A; 3JAW B; 3E8G A; 3ABK B; 1FXH A; 3HKE B; 1NVP B; 2QTO A; 2LFS A; 1Y76 B; 2NLJ C; 3RYC B; 5B3S B; 3RYF B; 4FLT A; 2M7W A; 2EIL B; 4Q20 A; 4D6T H; 1XRE A; 2RJZ A; 1IZ3 A; 1P49 A; 3P32 A; 1FJG O; 2VQF B; 3OUS A; 1NBM G; 5H9C A; 5JJE B; 4LF5 B; 3W7X A; 4JYC A; 3ZCC A; 1T5E A; 4NB5 A; 3Q4H B; 3ZIA G; 3FB6 C; 1OV9 A; 4PA3 A; 4LFB O; 2RQ6 A; 1QCE A; 2JK5 C; 2QM7 A; 3RYH B; 4CC5 A; 1NI8 A; 4B3T O; 3IGA C; 4FM2 A; 1N0N A; 4LF4 B; 1I7F A; 3QO7 A; 3W7T A; 4DR6 O; 5A2Q N; 2QR4 A; 3D3I A; 1F23 A; 3E2E A; 3QTC A; 2PGG A; 3ETD A; 3OTO O; 2P90 A; 3ETG A; 3K3W A; 2DN9 A; 4PA4 A; 2DYR C; 5KMG B; 2HP8 A; 2UXX A; 3SJQ C; 4FFB A; 4DV3 O; 2EIM C; 1EN5 A; 2DMX A; 3CCV V; 2Z0A A; 3D36 C; 5JWP A; 3F7Y C; 4HYO A; 4DR2 B; 4N21 A; 2DYR B; 4JI5 O; 2ITC C; 1O9G A; 2NNU A; 3K59 A; 2EIM B; 1I0H A; 2NN4 A; 1S76 D; 2Q7H A; 2EZP A; 1PKX A; 2F43 G; 3B77 A; 3SDL A; 4DR7 O; 4H44 B; 2LGW A; 2Q73 A; 5E1A C; 2RNB A; 3ZMV A; 4O4J A; 5LYJ B; 3QG5 A; 1WP7 A; 4WBN B; 2ZR3 A; 5JJN B; 4I0X A; 5CB4 A; 4YIP A; 2Z3Y A; 2B1G A; 3AG4 C; 3VQX A; 4TT3 G; 4B7K A; 4DUY B; 4BWA A; 2C2A A; 3CC2 V; 2KSD A; 3I5D A; 2EZO A; 2F23 A; 1IBL O; 1G4Y B; 2Q7E A; 2WLM A; 3AG4 B; 2QKC A; 5EBW C; 2IW5 A; 1VF5 B; 2JDI G; 3LDD A; 4P9O A; 1F51 A; 2W0X A; 5CMU A; 1XEQ A; 3ZS8 C; 1VQL V; 1XI1 A; 3RGB A; 2QE7 G; 4FJC C; 4OXS A; 3TGU H; 1SA0 A; 2UXB B; 4DUZ O; 2ZKO A; 3ABM C; 4LF7 O; 2V1D A; 1S5J A; 4X65 O; 1GM9 A; 2Q69 A; 4JI2 B; 2W0F C; 3LSQ A; 3IC7 A; 3VQY A; 3UT5 A; 5BR8 O; 4DR1 O; 3G6B A; 5EBM C; 1B06 A; 1FXK A; 4CS2 A; 4R50 A; 1FFX A; 1S5L Z; 4PV1 B; 4LWS A; 4YY3 B; 3WFV A; 2W6I G; 2BTQ B; 5HFM A; 2EIN B; 1U97 A; 2A0L A; 4FPP A; 1TAE A; 2JJ2 G; 1YF2 A; 1Z2G A; 1YJW V; 1EM1 A; 2HEP A; 2OT5 A; 1DK1 A; 1YTF B; 1XHX A; 5KA6 A; 4CH4 A; 2VQE B; 5IWA O; 4PI2 A; 4U7O A; 1EN4 A; 2QJ1 A; 3CEI A; 4J41 A; 5D5P A; 3CC4 V; 3JD0 A; 1QHT A; 4QIW F; 1RP3 B; 3G71 V; 4GZR B; 2WLK A; 5LHG A; 2VQF O; 4LF5 O; 2QWO B; 2CTW A; 3OMA B; 1GN2 A; 1YVW A; 4J11 A; 4JI4 B; 1DLB A; 3G4S V; 2DYS C; 1GAX A; 1LUV A; 4LF4 O; 1LR1 A; 2P4V A; 2D2C B; 3EVK A; 3F5T A; 4I50 A; 3ZRX A; 5KAF Z; 5CA1 B; 5EC2 C; 3ZRW B; 5TIS Z; 3BFR A; 4TV8 B; 1YSC A; 3AG1 C; 1AR1 B; 4FLZ A; 1NT2 B; 2AGA A; 3P3N A; 4BIU A; 5JH7 B; 3LDE A; 4H13 B; 5LOV A; 1MSW D; 1TUB A; 1VMG A; 5LA6 B; 4DR2 O; 1J5E B; 3K57 A; 3T1Y B; 5AG2 A; 4ABM A; 4LFC B; 1AB3 A; 2JGD B; 2YXY A; 4QPJ A; 1WN7 A; 1EFR G; 2BTO A; 4O2A B; 3M8A A; 1S72 V; 4B3R O; 4WFF A; 3O65 A; 1KP3 A; 5L3C A; 1KKC A; 5IYD O; 1R6K A; 4BIO A; 4GX5 A; 3L72 H; 5KHH A; 2A9H A; 1Y66 A; 1YEW A; 4KUM A; 4MVU A; 3CCJ V; 4TWK A; 1RFY A; 1Y4M A; 4JGS A; 1VQN V; 4XBF A; 3CWB H; 3OTF A; 2Q68 A; 4K8Z A; 5EZY A; 2Q4P A; 1THZ A; 4ZOL B; 3CHX A; 2CH7 A; 3A8T A; 2QDO A; 3RWR D; 2ZDI C; 3IJ4 A; 3SPH A; 4RWU A; 2BSK B; 1SF9 A; 2CE4 A; 3U11 A; 1IXM A; 2UXB O; 5LGN A; 2WWW A; 1Q86 W; 2FYU H; 4LC1 A; 3FB5 C; 4IT5 A; 2P7T C; 2WLI A; 4L8J A; 3ZHQ A; 3TJT A; 1VQK V; 4MT8 A; 3CRM A; 2EUL A; 4JI2 O; 1QNM A; 4IIJ A; 1YHQ V; 3G80 A; 1QQC A; 2Q5Z A; 4FMT A; 4JAA A; 1QU7 A; 4G27 B; 4YY3 O; 1M4U A; 4HBN A; 4X1Y A; 1Q90 D; 3BVO A; 1KMI Z; 2E5L B; 1BS3 A; 2P67 A; 4QE7 A; 1VF6 A; 4JI8 B; 1JQ0 A; 3CJH A; 4J42 A; 2ZNJ A; 1VQ9 V; 1SZT A; 2GV9 A; 3S3X A; 1KQS U; 1RPR A; 3SYO A; 3TXS A; 1M56 C; 5JCO A; 2R70 A; 4GYC B; 2VQE O; 1R6N A; 3AG2 C; 1Y74 B; 1NU1 H; 2WLL A; 2H94 A; 5H6R A; 1M56 B; 4JYB A; 2P06 A; 2Y4T A; 1TVK B; 1KC8 W; 4FLW A; 3ML0 A; 3CCR V; 4O4H B; 3JD3 A; 3JAS B; 4EFE A; 4JI4 O; 3KG2 A; 1IX9 A; 1N0J A; 3T1C A; 3ZMU A; 5JQG B; 1ZAU A; 1AR5 A; 1Y6X A; 1DF4 A; 2GTA A; 3CB2 A; 3JAM N; 5LGT A; 1QVF U; 1V9P A; 3ZHU A; 5CBF A; 3FYI B; 3CPW U; 2E75 B; 5L3G A; 5IJ0 B; 3FB7 C; 1SRY A; 3B4S A; 4MVS A; 2CAZ C; 4FZ1 A; 4J7K A; 4DV2 O; 2E76 B; 3JAT B; 4WF9 V; 1N8R W; 1QLE B; 5J2T A; 5FNV A; 2CGN A; 5GON A; 4DV6 B; 4NTW A; 4WFB V; 1J5E O; 3UQ8 A; 1G1X B; 3T1Y O; 4B3S B; 3FYE B; 2IM9 A; 3KKY A; 4O4I B; 1FS0 G; 2MW2 B; 4LFC O; 1VAR A; 4UVA A; 3JAW A; 4I4T A; 3H9V A; 5CN0 A; 2JGU A; 3RYC A; 4JI5 B; 3RYF A; 4MS2 A; 2IH1 C; 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3P30 A; 1ROP A; 5C93 A; 1R3L C; 3ZED A; 1HWY A; 3K79 A; 3QNE A; 2UUC B; 1GTO A; 1ZSP A; 3RW0 A; 2W6J G; 4PDV A; 1S3J A; 4AQY B; 4MVZ A; 2G38 A; 3WB1 A; 2GUZ A; 1VQ7 V; 3K06 A; 1RPO A; 1P7G A; 2XAG A; 1Q43 A; 3OUF A; 3LUT B; 1JOY A; 1FYJ A; 4JAU A; 1JR9 A; 4EKW A; 4FZ0 A; 5KUK A; 2YI9 A; 3FAV B; 2YXL A; 4CS4 A; 1HNW B; 3H1J H; 4DK0 A; 4RUE A; 3ABU A; 4HZ3 A; 4FVM A; 4DW1 A; 1VQ4 V; 2KQX A; 3MAQ A; 3K0G A; 4DV6 O; 2BTQ A; 4JI6 O; 3APQ A; 4ASU G; 4B3S O; 4ZHQ A; 2JS5 A; 5IJ9 B; 4JTD B; 4KP4 A; 1HDJ A; 5EC1 C; 1V54 C; 4WFA V; 1GKF A; 2LW1 A; 3W7W A; 3CRR A; 4NXM B; 2QKA A; 3K04 A; 4FM1 A; 1Q82 W; 5DM6 V; 1V54 B; 5DEC A; 1CP9 A; 3TCU A; 1GN6 A; 5JJJ B; 4AIL C; 4B3R B; 1E1Q G; 3SPI A; 3ZHV A; 2N05 A; 3ASO C; 1ZWI C; 1DTO A; 1FFT B; 3ASN B; 2F93 B; 4U3J B; 4WFE A; 1HR0 O; 1W2B U; 1KD1 W; 4U3F H; 3ASO B; 3SR2 C; 1PM9 A; 1ZUQ A; 3ZRW A; 4HNA A; 1F7Y A; 3X2Q B; 4I9Q A; 4N23 A; 5LXT A; 2QWP B; 1JFF B; 1FPO A; 2ZE8 A; 4IGG A; 5BMV B; 4X1K A; 4E4E A; 3E8F A; 3N2K B; 1I94 B; 2LO1 A; 1K73 W; 1N34 B; 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