The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5BXZ A; 4JI0 O; 2UU9 O; 1XMO O; 4JI3 O; 4JI8 O; 4OPA A; 1N34 O; 2E5L O; 2N74 A; 3R66 A; 4YHH O; 1HNZ O; 1R6T A; 4OX9 O; 1G1X B; 2UXC O; 4DV1 O; 1HNX O; 1N32 O; 1AIL A; 1IBK O; 2DOS A; 4DV6 O; 4NXN O; 1AB3 A; 4LF9 O; 1IBL O; 2LW7 A; 1A32 A; 3J80 N; 4DR7 O; 5IT9 N; 4JI5 O; 5LL6 Y; 4LFA O; 3J81 N; 5H5N A; 2VQF O; 4DUY O; 4AQY O; 4JI1 O; 4LF6 O; 1DK1 A; 3O65 A; 4LF5 O; 4JV5 O; 4B3T O; 4DV7 O; 4KHP O; 3T1H O; 3M8A A; 4DR2 O; 2JRI A; 4B3M O; 4JI7 O; 4K0K O; 5IWA O; 4B3R O; 5BY1 A; 4GKJ O; 4JYA O; 5A2Q N; 4JI4 O; 3SDL A; 2FKX A; 4DV2 O; 4DR5 O; 3T1Y O; 4B3S O; 1I94 O; 3F5T A; 4GKK O; 1HR0 O; 4A5U B; 4NXM O; 4DV5 O; 2F4V O; 4JI2 O; 2HHH O; 4DV4 O; 4OPH A; 5LMN O; 4DV0 O; 5FLX N; 2DJV A; 1D2D A; 2AGA A; 1XNQ O; 1FJG O; 2ZM6 O; 4LF8 O; 3OTO O; 1NS1 A; 3RT3 C; 2UUA O; 2UUC O; 4X64 O; 4DR6 O; 1N36 O; 1YZB A; 4LF7 O; 4X66 O; 4DR1 O; 3J7A U; 1X59 A; 2UUB O; 1XMQ O; 4X65 O; 1XEQ A; 4X62 O; 1KUQ A; 2UXB O; 4DR3 O; 1FKA O; 1J5E O; 4YY3 O; 4DV3 O; 4LFC O; 4LF4 O; 2ZKO A; 4LFB O; 2UXD O; 1N33 O; 4DR4 O; 1R1B A; 4JI6 O; 1FYJ A; 3JAM N; 5BR8 O; 5LMU O; 4DUZ O; 1HNW O; 2Z0A A; 1IBM O; 1F7Y A; 1XNR O; 2VQE O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZHQ A; 3JAT A; 3L75 H; 4RQF A; 3OTF A; 4RO2 A; 3WB2 A; 4IGG A; 1RSO B; 1COW G; 4X88 A; 3ZJZ A; 3OT7 A; 4GX2 A; 2QKA A; 1AIL A; 3UM7 A; 2RQ6 A; 3C90 A; 1KBH A; 1D5N A; 3T4Z A; 3CRA A; 1I94 B; 3AG4 C; 5AG2 A; 2VQF O; 1YCI A; 3ABM B; 5J9P C; 4UB8 Z; 3BAA A; 3HKC A; 2WLM A; 4FM1 A; 4DW0 A; 4ZHQ A; 1XOU A; 1L1F A; 1XBL A; 4TV8 B; 3LNM B; 4UCR A; 4LH6 A; 3LUT B; 2F1M A; 2Y0P A; 3AG2 B; 3MD0 A; 1R3L C; 4DV5 O; 3OM3 B; 1O9G A; 4LR3 A; 3ZHV A; 4DV0 O; 1RP3 B; 5L3F A; 3CJH A; 3SJC C; 1FJG O; 3H1H H; 4UVA A; 2EIL B; 3OAA G; 3OTO O; 3N27 A; 3LNN A; 3ETQ A; 2UUA O; 1IX9 A; 5KLV H; 5IYZ B; 4U7N A; 2YC0 A; 2IJI A; 2XAH A; 2UXC B; 2Q0O C; 3CX5 F; 2QKC A; 5IDJ A; 2ITC C; 1URF A; 4RAI A; 1K5S A; 2CGO A; 5B3S C; 1N33 O; 1XDC A; 2WLK A; 5LYJ B; 1G8M A; 3E22 B; 1B3Q A; 1T5E A; 4PI2 A; 1R73 A; 1OV9 A; 4P9O A; 3JAS B; 1M5I A; 1PNL A; 1AJQ A; 1FS0 G; 1R6T A; 4FLX A; 1JX9 A; 5BMV B; 1WN7 A; 1DGS A; 3OEH G; 4LF9 O; 3ML0 A; 3UO2 A; 4I9W A; 3J80 N; 3RYI A; 5L3C A; 4Q6G A; 3JAR B; 1IVS A; 1F51 A; 1M57 B; 3JAS A; 2HFE C; 4BWA A; 1NBM G; 4YXW G; 1TGO A; 1MZE A; 3I55 V; 2RCV A; 2AHZ A; 1M56 B; 2AW9 A; 4I7Z B; 4DO2 A; 2YDE A; 2ARH A; 2BSK B; 4K0K B; 4GX5 A; 2X0L A; 4XBF A; 3TGU H; 4JAU A; 2OCH A; 4X1I B; 4JYA O; 5IJ9 A; 5D5P A; 2Q0A A; 4I4T A; 3UCS C; 2GSM B; 1OZ0 A; 3IC9 A; 3HR0 A; 1L8D A; 3ZMV A; 4YY3 B; 1VQ6 V; 1SQQ H; 1FD9 A; 3DTU B; 4LF4 B; 1I08 A; 4LFB B; 2GTA A; 5IE9 A; 3AK1 A; 4IYH A; 5CB4 B; 4JI6 B; 3BRC A; 1XNQ O; 1JFF B; 1SA0 A; 1VP7 A; 1XNR B; 1I0H A; 1SF9 A; 1NQT A; 2EZP A; 3GWK C; 4PD4 F; 2UU9 B; 3LDE A; 4K8X A; 1N34 B; 2Q9L A; 1E1R G; 3EHB B; 4ZI7 B; 5JCO A; 2ZE8 A; 3D36 A; 4LNU A; 4X62 O; 3CE2 A; 3K03 A; 1TUB A; 3OGC C; 4OXS A; 3CCL V; 1IBL B; 3JAL B; 3BAB A; 1JFF A; 1VIB A; 4MTO A; 2OWO A; 2Y48 A; 3VQV A; 1IBM B; 4AIL C; 1ROP A; 1AI7 A; 2LFS A; 3K0G A; 4OPA A; 1JA8 A; 3OMN B; 5LXT B; 2PY5 A; 4BIU A; 1V9P A; 5IWA B; 4NXN O; 1VQ7 V; 1QBZ A; 2LW7 A; 1A32 A; 2CDY A; 3ABK B; 1Y76 A; 3T1Y B; 3S3X A; 1R6K A; 1ZL8 A; 1PPJ H; 2DWD C; 3K79 A; 3RVZ A; 5LXT A; 2HHH B; 2QWP B; 4LF5 B; 1U96 A; 4DV4 B; 1AR1 B; 1SRY A; 3JCZ A; 2P06 A; 4WFF A; 1JMK C; 4HBN A; 2Y4U A; 3AEI A; 2Q68 A; 1YHQ V; 2CH7 B; 1VQK V; 1NVP D; 3ZMT A; 5CMU A; 4LWS A; 1Z2G A; 4K0K O; 2ODM A; 3KZI Z; 1WLE A; 3Q4H B; 1YJ9 V; 2NLJ C; 4D7T A; 4ZIB A; 2EIM B; 2ADQ B; 4MVR A; 3JD0 A; 2HEP A; 1QR8 A; 3TJT A; 2BCC H; 2F4V O; 4FLU A; 1L0N H; 5JH7 B; 2CH7 A; 4DR4 B; 3FX7 A; 5KX5 A; 1PKX A; 1M1K W; 3BA8 A; 4G2K A; 1Q6I A; 4XDJ A; 3U0Z A; 4LF7 B; 3OR6 C; 3RYF A; 1N36 O; 3KCY A; 3UQ8 A; 1PL0 A; 4X66 O; 4PDV A; 4DK0 A; 2YID A; 3T1C A; 1XMQ O; 2ZDI A; 1J5E O; 3BA9 A; 4UXN A; 1VAR A; 1SES A; 2HJF C; 5EYP B; 4F6R B; 1QQC A; 5J2T A; 4O4H B; 5LOV A; 2W0X A; 3F7V C; 1B06 A; 4C7U A; 1IBM O; 2ZQM A; 1V55 C; 2ZIO A; 3L9D A; 1SQP H; 1TVK A; 2N74 A; 3GB7 C; 3H1I H; 4R7C A; 1PNM A; 3CP1 A; 1Q7Y W; 2E74 B; 1F4M A; 3FAV A; 1K97 A; 1Z5W A; 5HFM A; 5IT9 N; 4DR5 B; 3THO A; 2RJZ A; 4GLX A; 3CEI A; 4DUY O; 5GTH Z; 3CCV V; 3OFN G; 3ASO B; 2IM9 A; 5GTI Z; 4LF5 O; 3QTC A; 2WA4 A; 4JV5 O; 2JGD B; 1NH2 D; 3K59 A; 1S5H C; 2OTL V; 2FML A; 3H9V A; 4X20 A; 3FB7 C; 4CS2 A; 2WLL A; 2WLI A; 2DQ0 A; 4J42 A; 1M57 C; 4EB6 B; 4J80 A; 1OCZ B; 1R3K C; 1GN3 A; 3K3W A; 3UKM A; 2UUB B; 4CBC A; 3C3T A; 4WBN A; 1YIT V; 1K73 W; 2DYS C; 5KHI A; 3UT5 A; 2F43 G; 1VQ5 V; 2YIB A; 1H2G A; 1HNW B; 4L8J A; 2OIE A; 2LO1 A; 1WPB A; 1K3E A; 2FYU H; 4DR6 O; 2YEV A; 3CCR V; 1TA8 A; 4FLV A; 4J41 A; 4LF7 O; 1UJW B; 4Z1V A; 4X65 B; 1XHZ A; 4JTD B; 1X59 A; 4BR6 A; 4CH5 A; 4JF3 A; 1H2K A; 2ZXW C; 5H6R A; 2KKW A; 4GYC B; 2D3O W; 1CXZ B; 3MDS A; 5LMU B; 1QLE B; 2EX3 A; 2HVJ C; 4DUZ O; 1NI8 A; 2QM4 A; 4GUN A; 4KL1 A; 2HJD A; 2YXH A; 3P32 A; 5IYB O; 2E5L B; 4I50 B; 2Q69 A; 4I55 A; 2P5O A; 1EN6 A; 1VF6 C; 4N23 A; 1YVW A; 4OX9 O; 1GM7 A; 2A9H A; 4JYY A; 2P4V A; 4LCU C; 2F23 A; 4O4L B; 4PV1 B; 3CWB H; 3JAW A; 1Q5O A; 3K5N A; 4BW5 A; 1GMG A; 4FLZ A; 1HR0 B; 4NXM B; 3E8G A; 1WP8 A; 5CA1 B; 1SKV A; 2QWQ B; 2QA4 V; 1VF5 B; 3JSL A; 3N2G A; 5JQG A; 4R6Z A; 1P4R A; 3TCU A; 1AJP A; 4GKJ O; 3ABK C; 1OCR B; 1VQN V; 1QR9 A; 2YIA A; 3K0D A; 4GKK B; 1OHH G; 2OYQ A; 2A0L A; 3ABT A; 2JS3 A; 1Q3E A; 1SQX H; 4ZOL A; 3H1J H; 5FLX N; 1F4N A; 3TK1 A; 4CC5 A; 4W4K A; 4YJ2 B; 1VQ4 V; 3JCU Z; 1S5L Z; 2ZM6 O; 4FVM A; 5LGN A; 4JAS A; 2DYR B; 2IU3 A; 2EIM C; 4LBE C; 1KEC A; 1YI2 V; 1WB8 A; 3ZN0 A; 2YI8 A; 2PZS A; 1HNZ B; 2Q67 A; 1OCO B; 1HNX B; 1ENV A; 2K9P A; 1TUE B; 2C2A A; 2EUL A; 4X65 O; 4DV6 B; 4KUM A; 5GON B; 4UVC A; 1BS3 A; 2XAF A; 4XDK A; 4L87 A; 1XQ8 A; 2VWK A; 3RYC A; 4LFA B; 4O2B A; 1YEW A; 4CS4 A; 5LMU O; 3K5O A; 2CTW A; 1GAX A; 3CD6 V; 4JI8 B; 3AG1 B; 4BW9 A; 5GON A; 2E5L O; 4YHH O; 3JAT B; 4GX0 A; 4FFK A; 5KHK A; 4NTW A; 1XRE A; 1VQL V; 1FFX A; 4B3M B; 4JTC B; 2P67 A; 3SPC A; 4TV9 B; 2NN4 A; 3FB5 C; 4WFH A; 2M6Y A; 1H2L A; 4J7Z A; 3RBZ A; 1JOY A; 1SQG A; 1U97 A; 2CUG A; 4DK1 A; 1Q8I A; 4ZKI A; 2Q8V A; 5IJ0 A; 3HKC B; 3WG7 C; 1IZ3 A; 4DV7 O; 2QWR B; 4ZHQ B; 4TV9 A; 1PNK A; 1MSW D; 4B3R B; 2JRI A; 4I0X A; 3K9S A; 4JAA A; 1EN4 A; 1L0L H; 5C8Y A; 4WCE V; 5L3D A; 4KP4 A; 1VMG A; 4JI4 O; 4B3S B; 2XT9 A; 4JYB A; 1H8H G; 4J7J A; 1Y4M A; 1HP8 A; 4PDM A; 2QJ1 A; 4GKK O; 3L72 H; 5EBM C; 2EIJ B; 4OPH A; 4B08 A; 1B04 A; 2A7W A; 2Y0I A; 2UXD B; 3LSU A; 3W7X A; 2QGN A; 2X7R B; 2JGU A; 4MTX A; 4H44 B; 1BQZ A; 4LF8 O; 2VQE B; 3CJH B; 3RT3 C; 4NB5 A; 1GO3 F; 1DLB A; 1K4D C; 1K4C C; 3N2K A; 1Y74 A; 2X6B A; 3J7A U; 1ZLZ A; 1DTO A; 1NZ6 A; 4FLT A; 2UXB O; 2YS8 A; 2LGQ A; 5CA0 B; 1ZAU A; 1MOF A; 1V54 C; 1GK9 A; 2XAG A; 2CK3 G; 5JJN B; 3WU2 Z; 2DQ3 A; 1K5Q A; 3ZN1 A; 1P49 A; 4B3T B; 4JI8 O; 3B4S A; 4D7S A; 5CA0 A; 3EFF K; 4IHJ B; 3CB2 A; 1N32 O; 5GW7 A; 2JJ2 G; 2JJ1 G; 1VQM V; 1ZSP A; 1S77 D; 3A2F A; 1QLE C; 5LL6 Y; 1LR1 A; 3RYI B; 4O4I A; 3OUS A; 3CHX A; 4JTA B; 3IFX A; 3D8C A; 3ZHR A; 1YDX A; 5LMN B; 3M7M X; 4DXW A; 4IHJ A; 4U7O A; 4U3J A; 1FXV A; 1CEZ A; 2DMX A; 1WAZ A; 2CTQ A; 4B3R O; 3ABL B; 3I56 V; 1VQP V; 5IYD O; 3SDL A; 2FKX A; 2Y69 C; 2V4D A; 3SPG A; 5IJ9 B; 4B3S O; 1I94 O; 2IW5 A; 4I4T B; 2BTQ A; 3ZRV A; 4ASU G; 2F93 B; 2ILM A; 2QE7 G; 3L70 H; 2AGA A; 5K1X A; 4X1K A; 5FPR A; 1P84 F; 3O9O A; 1M4U A; 2XAS A; 3LSQ A; 4IL6 Z; 4WFE A; 1VQ9 V; 1SA0 B; 3FFQ A; 1KU9 A; 3ZHT A; 2JVD A; 1GKF A; 2V1D A; 2RDC A; 1IDS A; 1IBK B; 5B1B C; 4WF9 V; 2R9A A; 3JD4 A; 2BE3 A; 4LNU B; 3QG5 A; 2WA3 A; 5KAF Z; 4JI5 B; 3CXH F; 1TUB B; 1S0V A; 2ZNI A; 2EIN C; 2V7Q G; 1KC8 W; 3BHP A; 5JJJ B; 5BZB A; 2ITD C; 3JAK A; 4MVQ A; 4J9Y B; 1B6Q A; 1N0N A; 2QR4 A; 3E8H A; 4U3F H; 3R66 A; 3T1H B; 1KKC A; 2UXC O; 2GDS A; 3A0H Z; 2PYJ A; 1YSC A; 3DGE A; 2P90 A; 3ETD A; 4B7E A; 2BTO A; 5ITZ B; 2QWO B; 2DE0 X; 4PA6 A; 1NR1 A; 2YI9 A; 3SYQ A; 1Y76 B; 2A79 B; 2YXL A; 1FXK A; 1ZL8 B; 2HKO A; 3AG1 C; 3ZMZ A; 1NU1 H; 2XAJ A; 3M99 B; 2WWW A; 2ZR2 A; 4P30 A; 2BOB C; 1VQO V; 1KB9 F; 4P9P A; 2CE4 A; 3U10 A; 5JVD A; 3W7T A; 3M8A A; 4FMT A; 1GN6 A; 3PN1 A; 1K34 A; 2YXY A; 5ITZ A; 4E4E A; 4MW8 A; 4FZ0 A; 2H8P C; 3K9A A; 4LWS B; 1VF6 A; 3CSX A; 2HLD G; 3S3W A; 1YTF B; 2JEX A; 2R9I A; 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2HHH O; 4GT1 A; 4DV4 O; 1GN4 A; 1R3I C; 4WBN B; 2XTA A; 1GM9 A; 3B40 A; 1G6U A; 1H2N A; 4K35 A; 3UT5 B; 3ABL C; 3AG4 B; 3ABU A; 1UPG A; 2EZO A; 1DF5 A; 1KP3 A; 3HKD B; 2WAM A; 4PA9 A; 2YEV B; 1M56 C; 4HNA B; 1XIL A; 4K8Z A; 4WFA V; 4UCV A; 1HW7 A; 1EZJ A; 4JGS A; 4DR4 O; 3HKE A; 4ZBM A; 4AQY B; 4MSW C; 2OT5 A; 1N0J A; 1MNG A; 3HKD A; 5LA6 A; 4HNA A; 1K92 A; 1KQS U; 4DV1 B; 4I55 B; 5JCO C; 3KCX A; 3RN4 A; 3FYI B; 3RYH A; 3D36 C; 4DR7 B; 3OMI B; 2L6L A; 4BIO A; 4MVO A; 3LDD A; 4FZ1 A; 3CC4 V; 1PP9 H; 5H5N A; 5KAI Z; 3JAW B; 4X89 A; 4TOI A; 1ZX3 A; 3OW2 U; 4JI2 B; 2W6J G; 3ZMU A; 4RUF A; 1GTO A; 1DK1 A; 5FL7 G; 1QLN A; 2ZR3 A; 2X6C A; 4J10 A; 3R65 A; 4MTF A; 1X4T A; 3N2G B; 3ZHS A; 2IU0 A; 2PUS A; 1MAB G; 2WPD G; 5JQG B; 5TIS Z; 3P30 A; 2UUC B; 4DYL A; 4O4J B; 4X64 B; 3MHH C; 1Y67 A; 3SR2 C; 1KKD A; 4QPK A; 4QNH B; 3P3N A; 4DR5 O; 5KUM A; 4K3A A; 3A8T A; 4FIP C; 4Q20 A; 4DR3 B; 3FB6 C; 2Q5Z A; 4DV3 B; 3I5D A; 5EIB D; 3JYC A; 4JZ2 A; 5D5Q A; 3K04 A; 3L73 H; 3RWR D; 4O4J A; 4ZOL B; 2LP7 A; 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