The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
91
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structure length |
91
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Chain Sequence |
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTAFTVLNLAIGIIVDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ion transport protein
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Magnetococcus sp.
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| total genus |
35
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| structure length |
91
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| sequence length |
91
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-03-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EIL C; 4HZ3 A; 2JK5 C; 2P7T C; 4MW8 A; 4WFH A; 3RBZ A; 5EBW C; 1OCC C; 2DYR C; 2EIN C; 1M57 C; 2HVK C; 4PA3 A; 3VOU A; 4MVM A; 3UM7 A; 1V54 C; 2WLL A; 4R6Z A; 3RVZ A; 1R3I C; 3RVY A; 3HPL C; 1QLE C; 2EIM C; 5CBG A; 2BOC C; 2OCC C; 4PA9 A; 4MTF A; 2AHZ A; 1R3J C; 5CBH A; 4P9O A; 4JTD B; 1M56 C; 5KUK A; 3E83 A; 2IH1 C; 2ZXW C; 2BOB C; 2X6C A; 1V55 C; 5B1B C; 3SYQ A; 2NLJ C; 3LDE A; 2A79 B; 3AG2 C; 3AG3 C; 3FB6 C; 2A9H A; 3ASN C; 2Q6A A; 2Y69 C; 4MS2 A; 4P2Z A; 2WLL B; 3T4Z A; 4PA7 A; 1LNQ A; 3IGA C; 3LDD A; 3K0D A; 4MVO A; 4PDM A; 2EIK C; 1JVM A; 2X6A A; 3RW0 A; 4I9W A; 2WLI B; 1XL4 A; 4PA4 A; 4WFE A; 3E8H A; 1K4C C; 2HVJ C; 5J9P C; 2DYS C; 4MSW C; 5EC2 C; 1OCO C; 2H8P C; 3PJS K; 4MVU A; 5EK0 A; 3E86 A; 2WLJ A; 4GX1 A; 3SYC A; 4X8A A; 4CBC A; 2ATK C; 4R7C A; 3OUF A; 4GX0 A; 2DWE C; 2EIJ C; 3OR7 C; 3K08 A; 4H33 A; 4R50 A; 5EBL C; 3SPG A; 3LNM B; 3OR6 C; 4QE7 A; 3TET A; 2YEV A; 3F7Y C; 4JTC B; 3FB5 C; 2HFE C; 4RUE A; 5B3S C; 4G27 B; 2KB1 A; 3F5W C; 4X88 A; 4ZBM A; 3KG2 A; 5EBM C; 4GX5 A; 2QKS A; 2DWD C; 3AG4 C; 4PDL A; 4EKW A; 4MVZ A; 3STL C; 4J9Z B; 3E8F A; 4H37 A; 5B1A C; 3ABK C; 4F4L A; 2Q68 A; 5E1A C; 2Q67 A; 3ASO C; 1P7B A; 1BL8 A; 2WLM A; 2K1E A; 4PDV A; 3SPC A; 3T1C A; 3SPI A; 3EFF K; 3K03 A; 3SPH A; 2WLN A; 5EC1 C; 3FB8 C; 2HJF C; 5BZB A; 1ZWI C; 3K0G A; 3FB7 C; 4J9Y B; 4MTO A; 4RO2 A; 3SYA A; 2R9R B; 1R3L C; 3IFX A; 3K04 A; 4MVS A; 3ZJZ A; 1K4D C; 4XDL A; 2ZD9 A; 3WG7 C; 3E89 A; 2W0F C; 3ABL C; 4G28 B; 2X6B A; 3JYC A; 4OXS A; 5CBF A; 3X2Q C; 3E8G A; 4RAI A; 3TCU A; 4XDJ A; 5IY5 C; 4X89 A; 1XL6 A; 4MVR A; 2IH3 C; 4HYO A; 4QNH B; 4P30 A; 2ITD C; 3ABM C; 3SJQ C; 3GB7 C; 3R65 A; 3ZRS A; 4R8C A; 3SYO A; 2WLI A; 1ORQ C; 3BEH A; 4WFF A; 2A0L A; 4XDK A; 2WLK A; 3E8B A; 3F7V C; 3LUT B; 1R3K C; 4LCU C; 3UKM A; 4UUJ C; 4BW5 A; 3K06 A; 4MVQ A; 4LBE C; 4WFG A; 5KUM A; 4QE9 A; 3SPJ A; 2ITC C; 4MW3 A; 1OCR C; 3T4D A; 3OUS A; 1J95 A; 4GX2 A; 4KFM A; 4PDR A; 1G4Y B; 4RUF A; 4DXW A; 2HG5 C; 2Q69 A; 2AHY A; 3LDC A; 3OGC C; 4PA6 A; 2QTO A; 3SYP A; 1OCZ C; 4LP8 A; 3AG1 C; 4JTA B; 4MTG A; 3STZ C; 1S5H C; 2WLH A; 3T2M A; 4P9P A; 1KKD A; 4TWK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QJ1 A; 2ZE6 A; 1V54 B; 1VQ7 V; 3ZHS A; 2A3Q A; 5IWA B; 3ABM B; 3RVY A; 4JYA O; 2PF4 E; 1M4U A; 3JD4 A; 4X1Y A; 4J42 A; 2IJK A; 4JI4 O; 1T5E A; 4LC1 A; 3CSX A; 2A9H A; 3EHB B; 4B08 A; 2CH7 A; 5LMN O; 4LWS B; 1YIT V; 1P7G A; 2P4K A; 2DYS B; 3ZHT A; 3CCV V; 4DYL A; 2Q0A A; 5IJ9 A; 3SJB C; 1NR1 A; 1F4N A; 1Q3E A; 4B3R B; 3BVO A; 3CD6 V; 2HR3 A; 1EFR G; 3OR6 C; 5EIB C; 2Z5U A; 4X62 O; 4MTX A; 3ZN0 A; 1NQT A; 3WU2 Z; 2QM8 A; 4GX5 A; 5LA6 A; 4JGS A; 4K0K O; 3ABK C; 1QVF U; 2Q8V A; 3CCR V; 1Q82 W; 2WLM A; 2F93 B; 2V1D A; 4DR2 B; 1AI4 A; 5KMG A; 4O4J B; 3SPC A; 4YJ3 B; 4I4T A; 3SJA C; 4GCZ A; 1Y4M A; 2BTQ A; 2P06 A; 1URF A; 4UCT A; 1IBM O; 5IDJ A; 1ARO P; 1FFX B; 4RO2 A; 1GM7 A; 4DV7 B; 1NBM G; 1Q43 A; 1ZAU A; 2WPD G; 3ABL B; 3CP1 A; 1F4M A; 1SQB H; 1LR1 A; 4NB5 A; 5IY5 C; 3G71 V; 3TCU A; 1MOF A; 2OYQ A; 4JAU A; 3ZRS A; 1MSD A; 3ETG A; 3ML0 A; 4K35 A; 2ZM6 O; 1Y76 B; 3HKB A; 5BXZ A; 1Z5W A; 1PL0 A; 3MD0 A; 4WBN B; 3CYO A; 4MW3 A; 5C8Y A; 3AK3 A; 1VF7 A; 4PA6 A; 4D7T A; 2MW2 B; 3H1I H; 1P49 A; 2YIA A; 2AXT Z; 1YVW A; 1OCC B; 3CXH F; 1M57 C; 5CMU A; 2O57 A; 1M90 W; 1I0H A; 2CK3 G; 4JYY A; 1TA8 A; 1MZF A; 2LQT A; 1QLN A; 2AHZ A; 2GUZ A; 2C2A A; 2UU9 B; 4LF8 B; 1Q5O A; 3BCC H; 1PL4 A; 2W6J G; 1L1F A; 3THO A; 4DV4 O; 1N8R W; 4FZ1 A; 1E1R G; 1Q6I A; 5CB4 B; 2GTA A; 2EIL B; 1FXH A; 4GYC B; 5LOV B; 4BWA A; 1XRE A; 2DQ3 A; 1IX9 A; 3ICX A; 5GTH Z; 3CC4 V; 2EIJ B; 3OMI B; 3K08 A; 4I5S A; 3VQW A; 2R70 A; 4QIW F; 3JAR A; 1EZV H; 2HEP A; 5IE9 A; 1GTO A; 5IYZ B; 4IIJ A; 2FML A; 2GHY A; 5EBM C; 1GH6 A; 5AG2 A; 2ZIM A; 4N23 A; 1VQO V; 5B1A C; 5E1A C; 3ASO C; 1P7B A; 4GKJ B; 3TGU H; 2Q5Z A; 3T1C A; 5JWP A; 4IHJ A; 4LFB O; 1AR4 A; 1Z2G A; 3QO7 A; 4NR1 A; 2R9R B; 1R3L C; 2PYL A; 5B66 Z; 2NR5 A; 3S3W A; 1JJ2 U; 5LP6 A; 2XAF A; 2YC0 A; 5FNV B; 1WJZ A; 1TVK B; 1Y74 A; 1R6T A; 3WB2 A; 1DK1 A; 1EN4 A; 2DMX A; 3O65 A; 1EM1 A; 2Q0O C; 2CUG A; 5KUM A; 1SER A; 4JI2 B; 4I55 A; 3HKD A; 3BY6 A; 2LW1 A; 1QR8 A; 4DV1 O; 3JAK B; 2E75 B; 2OTL V; 1HNW O; 2F4V B; 2WLH A; 1U96 A; 4JAS A; 3STL C; 4N21 A; 4DR3 O; 4WFH A; 4JYB A; 1AR1 B; 3UT5 B; 4KP4 A; 3OAA G; 1H2M A; 1S5J A; 4JI5 O; 2EIM C; 2GDS A; 3JAT B; 5GON B; 1K5Q A; 3FYE B; 3M7M X; 1N0N A; 3ZHV A; 5FLX N; 3IGA C; 3HKC A; 5H6R A; 2EX3 A; 1KQS U; 3E8H A; 5KHG A; 5J9P C; 4CZZ A; 1JFF A; 5EC2 C; 5EK0 A; 1VMG A; 5KX5 B; 4J10 A; 1OJH A; 4UCR A; 2MK3 A; 3TET A; 2Y0I A; 1Q6U A; 4WFB V; 4J7J A; 1MG1 A; 3BA8 A; 1K5S A; 5J2T A; 3ZHR A; 3AG4 C; 4J9Z B; 4H0L B; 4H37 A; 2VQE B; 1S0V A; 3CME V; 3E35 A; 1DGS A; 4BIZ A; 5JVD B; 5JQG A; 1BSM A; 5BMV B; 3IC7 A; 2PZS A; 4I9Q A; 4ZHQ B; 4NTY A; 1ROP A; 1YEW A; 3AG7 A; 2X6B A; 5CA0 B; 4YHH B; 1FD9 A; 1JR9 A; 5LXT B; 2XUM A; 1CEZ A; 1UPG A; 5KLV H; 3B8N A; 1IBL O; 2A0L A; 3CRA A; 4HBN A; 5CA1 B; 1YI2 V; 1ZX3 A; 4BIO A; 3T4D A; 1IDS A; 4LFC B; 1UJW B; 1YSC A; 4JTA B; 1HDJ A; 3J80 N; 1VQ9 V; 3STZ C; 3H01 A; 5EBW C; 4O2A A; 5KAF Z; 3LSS A; 1KUQ A; 2EIN B; 1YDX A; 2UXN A; 1R3I C; 4UCO A; 1HWY A; 3P3N A; 5CBG A; 1FKA O; 1NTZ H; 1IXB A; 1R3J C; 3D3Q A; 1M56 C; 3E83 A; 3N27 A; 4BW9 A; 5IWA O; 2X6C A; 1L0L H; 5JH7 A; 3JD3 A; 4DW1 A; 2BCC H; 3AG2 B; 1AJP A; 3DSQ A; 2W0X A; 1AI6 A; 3TJT A; 4JF3 A; 2WLI B; 4LH6 A; 4PA4 A; 1EN6 A; 1K4C C; 3A0B Z; 4MSW C; 1XDC A; 2QWR B; 3FKS G; 1FYJ A; 1PNK A; 4GX0 A; 3CCJ V; 3A2F A; 4NTW A; 5DM6 V; 4LNU B; 4PI2 A; 2HP8 A; 4X1I B; 1AR5 A; 4B3R O; 4ZI7 B; 1FXV A; 1RPO A; 3UO2 A; 2WSS G; 4U3J A; 1NVP B; 2EBO A; 3F5T A; 3A0H Z; 1DTO A; 1L0N H; 3ETQ A; 4FM1 A; 4X66 O; 3M8A A; 4OGQ B; 3CE2 A; 3EFF K; 1HNX O; 5ITZ B; 1ZTE A; 2JS3 A; 2UUA B; 1YJN V; 2CGO A; 4JV5 O; 5BY1 A; 4DR2 O; 3BFR A; 4ZOL B; 5IYC O; 2ZD9 A; 3WG7 B; 3CS5 A; 4TV8 A; 1F51 A; 1NU1 H; 1IVS A; 3Q4H B; 1VQK V; 4DR6 B; 1NVP D; 4P30 A; 1AI7 A; 1OV9 A; 1IBK B; 4NXM B; 1K33 A; 2ZQM A; 1B04 A; 4IGG A; 4MVQ A; 2B1I A; 3H1K H; 2XAG A; 2D3O W; 4GUN A; 1U97 A; 4B3M B; 4DUY B; 2GSM B; 1KYO F; 3VOU A; 1WP7 A; 2EJ7 A; 1R73 A; 3MHS C; 4O4I A; 5DEC A; 2CGN A; 1NKD A; 2R9I A; 2DYR C; 1VEW A; 3OFN G; 1EN5 A; 4U3F H; 2PI5 A; 1W0K G; 1SQX H; 1O9H A; 2Q9L A; 4CC5 A; 3I56 V; 4QPK A; 2H3O A; 4LF7 O; 1TUB A; 5B1B B; 2YXY A; 5J2U A; 3AG3 C; 2P22 C; 2PTM A; 3JAL A; 3T4Z A; 1LNQ A; 3T1H O; 2YXH A; 3B4S A; 1NT2 B; 4BIU A; 4DV6 O; 3RW0 A; 1CXZ B; 1GM8 A; 3RYH B; 3CMA V; 1OCO B; 5LMU B; 3E86 A; 2P6J A; 4X8A A; 1PNM A; 4GKK B; 4KXR A; 4JPR A; 3RFR A; 4KUM A; 4RUE A; 2KSD A; 2IJJ A; 3NR7 A; 3ZCC A; 4I0X B; 4JI0 B; 3ZRW A; 1JQ0 A; 1MMM A; 2K9P A; 1QQC A; 1SA0 B; 1Y67 A; 1XBL A; 1K34 A; 4PDV A; 3ZN1 A; 4RQF A; 2N04 A; 2IJH A; 4JI3 B; 4JAA A; 3K03 A; 2WLN A; 1BHA A; 3JAS A; 4J7Z A; 2KG7 B; 3ETD A; 4GKJ O; 3P3P A; 4XDL A; 3JAM N; 2GV9 A; 4X20 A; 2G38 A; 1MNG A; 3H9V A; 3K3W A; 4I4T B; 1KB9 F; 2FYU H; 2XTA A; 3ABM C; 4DR1 O; 4YY3 B; 3M99 B; 5LHG A; 1N34 O; 3E8B A; 3ZBH A; 1GMG A; 1D2D A; 4JAV A; 4GT1 A; 1N0J A; 2HG5 C; 1S5H C; 4DV5 O; 3B2E E; 3K59 A; 3RBZ A; 2F1M A; 3RYC A; 1FXK A; 4WFA V; 2VRZ A; 1BCC H; 2F4V O; 1PNL A; 2ZE7 A; 2YID A; 1COW G; 2AZ2 A; 3G4S V; 1YIJ V; 4CH5 A; 4Z2W A; 2Y69 B; 4PA7 A; 3JSL A; 4EB6 A; 1SQV H; 1ZLZ A; 2WLJ A; 1WPB A; 3B77 A; 5EZY A; 1BMF G; 2ATK C; 2ODM A; 4AQY O; 1KMI Z; 3OR7 C; 1N33 O; 2BE3 A; 4DUZ B; 1NZ6 A; 5D5Q A; 3E2E A; 4DW0 A; 2X7R B; 1QHT A; 4F4L A; 1I94 B; 3KCX A; 1BL8 A; 3HKE A; 1CPY A; 5H9C A; 1VQL V; 2HKO A; 4DR5 O; 4YXW G; 2BSK A; 5LGU A; 3CJH A; 1RSO A; 2VQE O; 2L35 A; 4I50 B; 4RWU A; 3VQY A; 3OGI B; 3RYF B; 3SYA A; 4JI1 B; 1Q90 D; 4A5U B; 4DV2 O; 4HNA A; 2UXB O; 1N4C A; 1SET A; 5KAI Z; 4B3S B; 3X2Q B; 1HNZ B; 3E8G A; 1XHZ A; 3K57 A; 3K9A A; 1H8E G; 3VBB A; 1XMQ B; 4YHH O; 2YEV B; 4UUJ C; 4LF5 B; 5LP6 B; 2JGD A; 3BA9 A; 2AHY A; 3CXC U; 1B06 A; 3QO8 A; 3AG1 B; 1FS0 G; 3T2M A; 1I7F A; 4NTX A; 2KQX A; 2EIL C; 4PEL A; 2QWO B; 4EFE A; 4LF6 O; 4FFB B; 3K5N A; 1RFY A; 2RQ6 A; 4YIO A; 5KHJ A; 3OMN B; 1QLE C; 2OCC C; 5LHI A; 5CBH A; 2F23 A; 2ZXW C; 4UV8 A; 3JAW A; 4Q20 A; 1V55 C; 4DV3 B; 4LF9 B; 1ZL8 A; 1IZ3 A; 3NXS A; 3LSQ A; 3LDD A; 3GWK C; 3OTO B; 2EIK C; 3W7S A; 4WFE A; 4JI6 O; 2UXD B; 1ZUQ A; 2YS8 A; 1KU9 A; 3DXR B; 3I5D A; 2QM4 A; 1P4R A; 5B5E Z; 2IW5 A; 4FVM A; 1RP3 B; 3ABU A; 4F6E A; 3TK1 A; 4TV9 B; 3CCE V; 1BE3 H; 2XND G; 1VF5 B; 1EBO A; 2VQF O; 1X59 A; 4DRX B; 4CS2 A; 3ABK B; 3CC7 V; 2N05 A; 4UFZ A; 4X64 O; 1H2K A; 3P32 A; 1US6 A; 5J2T B; 1WB7 A; 2XAH A; 3APO A; 3WFV A; 4OPH A; 5CA3 A; 4YJ2 B; 5CN0 A; 4O4L A; 3GVM A; 4Q6G A; 4OXS A; 5CBF A; 1JPX A; 1H38 A; 5IY5 B; 4RAI A; 4XDJ A; 2DN9 A; 4HYO A; 3WB0 A; 4FK5 C; 4LFA O; 5JQG B; 2UXX A; 3CRR A; 5IJ0 B; 2XAQ A; 3FFQ A; 4FM0 A; 4DR6 O; 1YZB A; 4F6R B; 2E5L B; 4JI7 O; 4OX9 O; 1OCZ C; 1QVG U; 1M5I A; 1Q8I A; 3R66 A; 4JI8 O; 3JD2 A; 2UXC B; 4UVC A; 1M57 B; 2EZO A; 2Q7H A; 4DR4 B; 1N36 O; 3ZHU A; 4AIL C; 4TUY B; 2JS5 A; 3W7X A; 5B1N A; 1S3J A; 4YJ3 A; 4NXN O; 3O9O A; 2QKA A; 1N32 O; 1G6U A; 1FFX A; 4FLZ A; 1VQM V; 1K7D A; 1F23 A; 1JVM A; 3CX5 F; 4D6T H; 2LGQ A; 1GRJ A; 1S76 D; 2YI8 A; 2CTW A; 3L72 H; 1Q6H A; 1GN3 A; 2YI9 A; 1Y76 A; 4TT3 G; 5BR8 O; 3F7Y C; 5LMU O; 5K1P A; 2AW9 A; 2PI4 A; 3FAV B; 2LO1 A; 4GKK O; 2Q7E A; 4FLT A; 4WBN A; 3H1J H; 2A7W A; 1DF5 A; 3AK2 A; 1YCI A; 1AJQ A; 2Q67 A; 1SZT A; 1MAB G; 1VF6 A; 2QWN B; 4O2B B; 3W7U A; 3T1Y O; 1HR0 B; 1MZE A; 2WAM A; 4FLW A; 3MHH C; 4X65 O; 3CCM V; 1BS3 A; 2QEX V; 1DF4 A; 3K04 A; 2YIC A; 3ABT A; 5LYJ B; 1G8M A; 4JYA B; 3D3I A; 3CCS V; 1JOY A; 4FFK A; 2Q4P A; 4DV0 O; 3ZMV A; 2ZE5 A; 5CB4 A; 1BQZ A; 1AP6 A; 5DN6 G; 4WFG A; 4TV8 B; 1J95 A; 4YY3 O; 2GTS A; 2CTP A; 4ICG A; 1D5N A; 1K92 A; 3QVN A; 4G2K A; 2JEU A; 4IYH A; 2NN4 A; 1PV0 A; 5EYP B; 2FL4 A; 5B3S C; 4MVM A; 2WLL A; 3P30 A; 4X9Q A; 2EIM B; 2BOC C; 3L71 H; 2JRI A; 3ZED A; 5HFM A; 3N2G A; 4O4I B; 1KP2 A; 5LHH A; 1L8D A; 3ASN C; 3VQX A; 3HB3 B; 3CCU V; 3RYI A; 1H2N A; 4DO2 A; 4O4H B; 3TXS A; 4EEQ A; 5FNV A; 1SQF A; 1HW7 A; 1TUB B; 5B1O A; 3SR2 C; 1TVK A; 1KP3 A; 3SPG A; 3SJC C; 1F7Y A; 4JTC B; 3QO5 A; 2ZM6 B; 3ZRX A; 3L75 H; 2ILM A; 1XNR B; 1FXK C; 1XUQ A; 3JAK A; 1SES A; 3AG4 B; 1HP8 A; 2QTS A; 3G6B A; 2K1E A; 3RN4 A; 5LBQ A; 2H94 A; 1AB3 A; 1W2B U; 1WA8 B; 3APQ A; 3N2K B; 5L3G A; 4K8X A; 5EC1 C; 1I94 O; 5K1X A; 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