The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
92
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structure length |
92
|
Chain Sequence |
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular basis of ion permeability in a voltage-gated sodium channel.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ion transport protein
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Magnetococcus marinus mc-1
|
| total genus |
36
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MVO A; 4RAI A; 3ABK C; 2Y69 C; 3T2M A; 5BZB A; 5EBW C; 2W0F C; 2HVJ C; 3R65 A; 2DWE C; 2WLI B; 3WG7 C; 4XDJ A; 3K04 A; 1R3J C; 4WFG A; 3PJS K; 4PDM A; 4PA7 A; 2K1E A; 1R3L C; 1ORQ C; 3E8B A; 3LUT B; 3ABM C; 4J9Z B; 3RVZ A; 2WLM A; 3ASO C; 4MTG A; 3UM7 A; 1S5H C; 3K0D A; 2HFE C; 4PDL A; 2BOB C; 4PA9 A; 1OCO C; 2EIL C; 2OCC C; 3IGA C; 3HPL C; 1OCC C; 1QLE C; 2AHZ A; 4MS2 A; 1V55 C; 3E89 A; 2H8P C; 5KUM A; 3SPC A; 1R3K C; 2ATK C; 3KG2 A; 3AG1 C; 4RO2 A; 4XDK A; 4F4L A; 2ITD C; 2WLJ A; 1G4Y B; 4GX1 A; 3UKM A; 3FB7 C; 5J9P C; 5EC2 C; 4J9Y B; 3F7Y C; 4R50 A; 4DXW A; 2BOC C; 2HG5 C; 4R8C A; 4GX2 A; 2JK5 C; 4CBC A; 1J95 A; 3E8H A; 4PA3 A; 1M57 C; 2HJF C; 3RVY A; 3VOU A; 3EFF K; 1V54 C; 4RUE A; 4R6Z A; 1BL8 A; 3ZJZ A; 4MW3 A; 4QE7 A; 5EBM C; 5KUK A; 4PA4 A; 1R3I C; 3LNM B; 4QNH B; 3SPG A; 3TET A; 4MVZ A; 2HVK C; 4JTD B; 3F7V C; 4LBE C; 4RUF A; 2R9R B; 3ASN C; 3STL C; 4MVS A; 3SJQ C; 3LDE A; 5EC1 C; 3JYC A; 5E1A C; 3SPJ A; 1ZWI C; 2WLL B; 4BW5 A; 4WFE A; 3E8F A; 2A79 B; 3IFX A; 2DWD C; 4QE9 A; 4P9O A; 3STZ C; 2DYS C; 4KFM A; 4MVR A; 2EIN C; 3AG4 C; 4GX0 A; 2WLI A; 1LNQ A; 4HZ3 A; 4WFH A; 2WLK A; 4MW8 A; 4MVU A; 5B1A C; 3SYQ A; 5B3S C; 4LP8 A; 4OXS A; 2A0L A; 2QKS A; 3E8G A; 3OR6 C; 4R7C A; 3RBZ A; 4X89 A; 2Q69 A; 2AHY A; 2A9H A; 2X6C A; 3F5W C; 2NLJ C; 2Q67 A; 3K06 A; 4XDL A; 2X6B A; 3OR7 C; 4UUJ C; 3ZRS A; 1K4D C; 3T1C A; 1OCZ C; 4PA6 A; 3E83 A; 5IY5 C; 5CBF A; 2Q6A A; 4I9W A; 4X8A A; 3GB7 C; 3SYO A; 3LDC A; 3SPI A; 3E86 A; 2KB1 A; 2P7T C; 2IH1 C; 3K03 A; 4MTO A; 3K08 A; 5CBG A; 4JTA B; 4WFF A; 5EBL C; 3K0G A; 3OGC C; 4G28 B; 4JTC B; 2EIK C; 4MTF A; 1XL4 A; 4MVM A; 2ZD9 A; 3FB8 C; 4EKW A; 1M56 C; 2WLN A; 4P9P A; 3AG2 C; 3RW0 A; 4GX5 A; 3AG3 C; 4PDR A; 5B1B C; 1JVM A; 2EIJ C; 3OUS A; 4H37 A; 1K4C C; 3FB6 C; 5EK0 A; 4X88 A; 3SYC A; 2X6A A; 3SPH A; 2ZXW C; 3LDD A; 2WLH A; 1KKD A; 3ABL C; 4LCU C; 2WLL A; 4P30 A; 3T4D A; 4H33 A; 3T4Z A; 4G27 B; 3SYA A; 1P7B A; 5CBH A; 3FB5 C; 2ITC C; 3X2Q C; 2Q68 A; 4P2Z A; 4TWK A; 3SYP A; 2QTO A; 2IH3 C; 3TCU A; 2DYR C; 4HYO A; 4ZBM A; 1XL6 A; 2EIM C; 3BEH A; 4MVQ A; 2YEV A; 4MSW C; 1OCR C; 3OUF A; 4PDV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IU0 A; 1RSO B; 2NNU A; 1TA8 A; 1YZB A; 1JQ0 A; 4JV5 B; 1FFX A; 1E79 G; 5LA6 B; 1R3L C; 1R73 A; 3LUT B; 1COW G; 2ZQM A; 1FJG O; 3JAR B; 2JJ1 G; 3CCV V; 3ZS8 C; 5A9G A; 1OCO C; 1M1K W; 1S5J A; 1NT2 B; 4JYC A; 3DC5 A; 3H01 A; 5TIS Z; 3QG5 A; 5DM6 V; 3CS5 A; 3EXA A; 1MSD A; 4DR6 O; 3ZN1 A; 3ZJZ A; 1FPO A; 4RQE A; 1Q7Y W; 2CAZ C; 1X59 A; 2DW4 A; 2BTQ B; 2IU3 A; 2ETN A; 3J80 N; 1I5Y A; 4LFA B; 1FYJ A; 1YTF D; 2WLI A; 4LC1 A; 3KCY A; 2A0L A; 3VQX A; 2VS0 A; 3SJC C; 2Q67 A; 4JI4 B; 5BY1 A; 3B09 A; 4LFB B; 1K92 A; 2AGA A; 4JI7 B; 4LF7 B; 3JSL A; 4WFF A; 5JVD A; 4DR3 O; 3CCE V; 4UFZ A; 4FZ1 A; 1WPX A; 3ABU A; 3FB8 C; 1OZ0 A; 1THZ A; 1NR7 A; 1XHZ A; 3H1H H; 4GX5 A; 3FKS G; 3UO2 A; 4H37 A; 4JI0 O; 5LMU B; 3ICX A; 5EZY A; 3SDL A; 4Z2W A; 3VQY A; 4H33 A; 4DV2 B; 4FLZ A; 2VQF B; 3SYP A; 1G1X B; 4ZBM A; 4UCO A; 3OUF A; 2XHB A; 1QQC A; 2Y69 C; 2YDE A; 1H38 A; 1TVK B; 2ZCE A; 4UCV A; 3RN4 A; 5HFL A; 2E3C A; 1DTO A; 4X66 B; 3RYI B; 2N74 A; 1AJQ A; 1ZAU A; 2IBZ H; 2UXN A; 3JAL A; 2V1D A; 1GM8 A; 5JCO C; 2PY5 A; 3E22 A; 1BQ0 A; 1H2L A; 2PYJ A; 1PP9 H; 3TXQ A; 1M57 C; 4FLV A; 1VQ9 V; 1V54 C; 2ZR2 A; 2CE4 A; 5KUK A; 2BSK B; 4FM0 A; 1S5L Z; 1OCO B; 1GKF A; 3O9O A; 3SPG A; 5LOV A; 5GTH Z; 2JDI G; 3ZMS A; 4WFA V; 1OCR B; 3BA8 A; 5KX5 A; 3ABK B; 4P9O A; 1SQQ H; 1MNG A; 4WFH A; 1O9H A; 1IZ3 A; 4BWA A; 1EM1 A; 1MZE A; 1M9N A; 3K3W A; 4DXW A; 2QKA A; 2X6B A; 4GYC B; 5J2U B; 4F6R A; 2PZS A; 1H2K A; 2DE0 X; 1P49 A; 5LP6 A; 1VQ7 V; 1AP6 A; 2UUB O; 2Y4U A; 4U7O A; 4OPA A; 2CUG A; 3W7U A; 1N36 B; 2XAF A; 1OCC B; 2F4V O; 4WCE V; 4TUY A; 4LFC O; 1FS0 G; 3OW2 U; 3ZN0 A; 3JAM N; 2WLH A; 3ABL C; 4FIP C; 4I50 A; 2EZO A; 1SA0 B; 1YIT V; 3AK2 A; 2XAS A; 3DGE A; 2Q68 A; 1SZX A; 4UB6 Z; 1L1F A; 4CH6 A; 1XQ8 A; 1M5I A; 4K8Z A; 1Y76 B; 2DYR C; 4HYO A; 3BPZ A; 3RYH A; 3GVM A; 1GO3 F; 4B3S O; 4FK5 C; 4UB8 Z; 4PDV A; 3ZRV A; 2QWR B; 3OEE G; 1ARO P; 1NTM H; 3WG7 C; 3GWK C; 5ITZ A; 1EFR G; 4DUZ B; 1XI1 A; 4HAM A; 1R3J C; 1ZUQ A; 1NS1 A; 1YCI A; 2H94 A; 1VQ8 V; 3BRC A; 2ZNI A; 1BQZ A; 4EB6 A; 4LWS A; 1M4U A; 2WLM A; 1PL0 A; 3W7X A; 3N2G A; 4H44 B; 3HKD A; 2W6I G; 1L8D A; 1Q43 A; 3G6E V; 3FAV B; 1VF7 A; 1VEW A; 1BSM A; 3RT3 C; 4FLT A; 1RM1 C; 4NXN B; 1KUQ A; 1G4Y B; 1F4N A; 1NU1 H; 5H5N A; 1HR0 B; 2Q4P A; 1YXB A; 2DMX A; 3JAK B; 4JF3 A; 2HJF C; 4I55 A; 4LF8 O; 2PUS A; 3CB2 A; 4H0L B; 1R3I C; 1MAB G; 2R72 A; 2E76 B; 4Q20 A; 5IJ0 B; 4X65 O; 2RN9 A; 3SGI A; 3ASN C; 1DK1 A; 4TV8 A; 3CCL V; 3JYC A; 4JZ2 A; 1K33 A; 2GSM B; 4GT1 A; 2DQ3 A; 1RSO A; 2A06 H; 1GK9 A; 1M57 B; 4JI1 O; 1W59 A; 4JAA A; 3A0H Z; 2GBO A; 4J11 A; 3K06 A; 3JAR A; 4QGP A; 1HW7 A; 4DV3 B; 3CXC U; 3L74 H; 1FXK C; 2P4V A; 2R70 A; 4XBF A; 4CS2 A; 5KHJ A; 4B3R B; 1H8E G; 4IT5 A; 3ZRX A; 1QVG U; 3LSS A; 5H6Q A; 5L3E A; 1UPG A; 3AG2 C; 2IJI A; 4CH3 A; 4X20 B; 2UXX A; 2BTQ A; 3ZMV A; 4CZZ A; 1QNM A; 3DC6 A; 5DED A; 3CP1 A; 2ODM A; 1GM7 A; 4NTX A; 5LHI A; 5DN6 G; 5LGU A; 5BR8 O; 1B04 A; 2CDY A; 1VQN V; 2MK3 A; 1M90 W; 1H2S B; 1KD1 W; 3D3Q A; 2QA4 V; 3LNN A; 1BS3 A; 2PF4 E; 2ZKO A; 2EIK B; 2NN4 A; 3ABM C; 3LSU A; 2DYR B; 4IHJ A; 3AK3 A; 1QLE C; 1XMO O; 1RPR A; 3AG1 C; 3K5M A; 3N27 A; 1QCE A; 2PI4 A; 4CBC A; 5FPR A; 1JCH A; 5KHK A; 3VOU A; 4R6Z A; 1N4C A; 1AI4 A; 1B6Q A; 4NR1 A; 2PI5 A; 4LF4 B; 3UCS C; 3OMN B; 4WF9 V; 1RM1 B; 3VQW A; 1PNK A; 5EC1 C; 2FB5 A; 2UXD O; 3W7S A; 2VQE B; 4X1I A; 2DYS C; 5KAF Z; 1HP8 A; 3RYI A; 4DRX B; 1BMF G; 1SQG A; 5JH7 A; 3JD2 A; 4JYA B; 4R7C A; 1AB3 A; 2WWW A; 3GWO A; 4DUY O; 5IY5 C; 1NTK H; 2WAM A; 2Q0O C; 2P7T C; 1KMI Z; 4G2K A; 3K5O A; 4O2A B; 1FAF A; 4O4I B; 2M6Y A; 2QEX V; 4IIJ A; 1BZK A; 2BSK A; 1VQ5 V; 1JVM A; 4GCZ A; 5FPO A; 5FLX N; 2Y4T A; 2YI9 A; 2RQ6 A; 3HKE A; 4LCU C; 5BMV B; 1BT8 A; 2ADP A; 2YC0 A; 1JFF B; 2LW7 A; 1DF4 A; 2HJD A; 3JD1 A; 5JQG B; 4JI5 O; 1HDJ A; 3OMI B; 5H2F Z; 2W0X A; 4QJF B; 2LFS A; 3UO3 A; 4IYI A; 3U11 A; 5EBW C; 1N32 O; 2ZIM A; 3CHX A; 1BE3 H; 1XHX A; 3A0B Z; 4WFG A; 3H1J H; 4FMT A; 1Q6H A; 4PA9 A; 1YJN V; 1PNM A; 1PKX A; 2ZE7 A; 4AHC A; 4D7S A; 1N0J A; 1IBK O; 2CK3 G; 1GMG A; 1XNR B; 1GN3 A; 1SA0 A; 1SS3 A; 5K1P A; 2JK5 C; 3CRR A; 4O4L A; 3RYC B; 3NR7 A; 1Q82 W; 4MW3 A; 1GN4 A; 1Y76 A; 4FFB B; 3G80 A; 4MTX A; 2PTM A; 4N23 A; 3F7V C; 2EIM B; 1QR9 A; 1VQ4 V; 3PN1 A; 5E1A C; 1NVP D; 4DR4 B; 3AG7 A; 2FTK A; 1YI2 V; 1AI7 A; 3STZ C; 4FM1 A; 4GX0 A; 1YDX A; 1H2N A; 4FVM A; 5B3S C; 1I94 B; 4C7U A; 3ZRS A; 2OT5 A; 4DV4 B; 1XNQ O; 3FYE B; 5LGN A; 1CP9 A; 3M8A A; 4NKG B; 3CD6 V; 2JJ2 G; 1I7F A; 4L8J A; 4DR5 B; 4ZHQ B; 3H1L H; 4FJC C; 1V55 B; 1WPB A; 4JI0 B; 1BHA A; 4CS4 A; 2Q73 A; 1OJH A; 1U97 A; 3JAK A; 2ZDI C; 3L70 H; 2CGN A; 1KQS U; 5IJ0 A; 5IY5 B; 1HNZ B; 4X64 B; 3BAB A; 3SYC A; 4QPK A; 1NZ6 A; 1IVS A; 2LQT A; 4P30 A; 1SQF A; 2UUC B; 3MAQ A; 5GW7 A; 5C8Y A; 4E4E A; 5LGT A; 2EIN B; 1K5S A; 2OTJ V; 2FL4 A; 2Z0A A; 5L3B A; 5KA6 A; 4GLX A; 4X62 O; 2ZIN A; 1FFT B; 3CJH B; 1QU7 A; 2ILM A; 1ENV A; 1VF5 B; 1ORQ C; 2QWQ B; 4J9Z B; 2ZIO A; 4J7Z A; 1S5H C; 1AR4 A; 3FD9 A; 4O4H B; 4K0K B; 1KBH A; 3OGI B; 2BTO A; 3AG3 B; 5J2T A; 4X20 A; 4ZOL A; 4DYL A; 3CRM A; 1DF5 A; 1KEC A; 4PA3 A; 2KG7 B; 3BVO A; 2QM7 A; 3CCS V; 4FM2 A; 4F6E A; 4YIP A; 1D5N A; 4TT3 G; 3OD4 A; 3WB0 A; 4UV9 A; 3TET A; 3K9A A; 1GH6 A; 4BW5 A; 2XAQ A; 1GTO A; 5IYZ A; 2YUA A; 4LF6 B; 4EEQ A; 4LF5 B; 4X89 A; 2E5L O; 1Y6X A; 3SYO A; 5KMG B; 3AEI A; 4LF9 O; 4IL6 Z; 3CSX A; 4LNU A; 3T1Y O; 1N33 O; 1YEW A; 3FB6 C; 4X88 A; 1KU9 A; 4B3S B; 4DV1 O; 1CPY A; 1SZT A; 3X2Q C; 3JAW A; 3ZIA G; 4CH4 A; 5L3G A; 4K8X A; 2QWP B; 4DRX A; 1DGS A; 3I56 V; 3P3P A; 2F93 B; 1PL4 A; 4DV0 O; 1T5E A; 2B1I A; 1F51 A; 4RAI A; 3T2M A; 2XT9 A; 1GRJ A; 2LJ2 A; 2W0F C; 2ZE8 A; 2DWE C; 4Z1M G; 4KP4 A; 3BHP A; 4O4I A; 2Z5U A; 3ASO C; 3UM7 A; 4RQF A; 2UU9 B; 2JRI A; 4JGS A; 4DV7 B; 3ZHV A; 3CYO A; 4F4L A; 1NR1 A; 1QBZ A; 5CA0 B; 1XUQ A; 3B8N A; 5EC2 C; 1S77 D; 1M93 A; 2ZXW B; 4R8C A; 5F2V O; 2KSD A; 4DR1 B; 1R6T A; 2GTS A; 4B3T O; 5D5Q A; 3OAA G; 1JFF A; 4QNH B; 1LR1 A; 2JS5 A; 5JQG A; 5JJN B; 5IT9 N; 1Q8I A; 2R9R B; 2WLL B; 1HNX O; 3E8F A; 2OCH A; 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4JI7 O; 4LF7 O; 4LP8 A; 3JSN A; 2P90 A; 1VQ6 V; 4OX9 B; 2KKW A; 2YEV B; 1YSC A; 1OCZ C; 5A2Q N; 3ETG A; 1X4T A; 1E1Q G; 3WU2 Z; 4BW9 A; 5CB4 A; 1YVW A; 5IYB O; 1RP3 B; 4CS3 A; 1SF9 A; 4NTW A; 5LMU O; 2ZM6 O; 3ABT A; 4MVM A; 5L3C A; 1J5E B; 4I4T B; 4DV2 O; 1V54 B; 5LA6 A; 2VQF O; 2VWK A; 3OUS A; 4JI8 B; 3RGB A; 1P4R A; 1P7G A; 4G27 B; 2HKO A; 4DR7 B; 4X66 O; 2UUA B; 4JI2 O; 5K1X A; 3OFN G; 4MVO A; 2EJR A; 3B77 A; 3THO A; 2N05 A; 2B9Z A; 2RJZ A; 2HVJ C; 4AQY B; 5KMG A; 4B7E A; 3O65 A; 4JI3 O; 2WA3 A; 2WPD G; 2JGD B; 1Q86 W; 2IJJ A; 5LMN B; 5KHH A; 1IDS A; 2HFE C; 1YHQ V; 2JVD A; 2OCC C; 1URF A; 5JWP A; 4XDK A; 1AI6 A; 1K73 W; 2WLJ A; 2Z3Y A; 3UKM A; 2XOK G; 1KKC A; 1J95 A; 3ABL B; 3CME V; 2CTR A; 4D6T H; 2UXB O; 4ABM A; 3LNM B; 1IXB A; 1Q3E A; 4MT8 A; 2V4D A; 1R6K A; 2YSU B; 3EVK A; 3CXH F; 3WFV A; 3K5N A; 3IFX A; 4EFE A; 2GUZ B; 1XMQ O; 5B1A C; 5IWA B; 3D8C A; 1VF6 A; 1N36 O; 3RWR D; 3WG7 B; 4DO2 A; 1H2M A; 2YXL A; 3FFQ A; 3F5W C; 3JD0 A; 1VIB A; 1FD9 A; 3P30 A; 1YJW V; 3TXS A; 1CEZ A; 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