The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
92
|
structure length |
92
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Chain Sequence |
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular basis of ion permeability in a voltage-gated sodium channel.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Magnetococcus marinus mc-1
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| molecule keywords |
Ion transport protein
|
| total genus |
36
|
| structure length |
92
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| sequence length |
92
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DYR C; 3FB5 C; 3F7Y C; 4P9O A; 4XDJ A; 2ITD C; 3E8G A; 5EC1 C; 3SYO A; 3TCU A; 4J9Y B; 3WG7 C; 4LCU C; 4QE7 A; 3X2Q C; 4R6Z A; 5B1A C; 4QNH B; 1J95 A; 3R65 A; 3F5W C; 3UKM A; 1M57 C; 4BW5 A; 5CBG A; 3ZRS A; 3F7V C; 2A0L A; 3IGA C; 4EKW A; 1K4C C; 5J9P C; 2Q6A A; 5EBW C; 4P9P A; 2W0F C; 4GX5 A; 4JTC B; 2DWD C; 2NLJ C; 5B3S C; 3E8F A; 1JVM A; 4MTO A; 4MW8 A; 4RUE A; 3UM7 A; 4PA4 A; 4PA9 A; 3FB8 C; 1K4D C; 2WLI A; 4GX1 A; 3K0G A; 1LNQ A; 3HPL C; 3ABK C; 4P2Z A; 2HVJ C; 2ZXW C; 4MTG A; 4PA3 A; 4PDV A; 3ASO C; 3E86 A; 4LBE C; 3PJS K; 4WFE A; 3RVZ A; 4H33 A; 3K03 A; 3GB7 C; 2A79 B; 2DWE C; 3ABL C; 3RVY A; 4J9Z B; 3SYA A; 4GX0 A; 2QTO A; 3SPG A; 3K08 A; 3LUT B; 5EBM C; 4DXW A; 2OCC C; 1R3L C; 1M56 C; 2AHZ A; 2WLN A; 2WLL B; 3LNM B; 1ZWI C; 4PDR A; 4PA6 A; 4R50 A; 3K04 A; 3OGC C; 4MVS A; 4MVM A; 2BOB C; 1KKD A; 2HG5 C; 2X6B A; 2ZD9 A; 2X6C A; 4H37 A; 3LDE A; 4MTF A; 3SPC A; 4R7C A; 5IY5 C; 2BOC C; 2X6A A; 4RUF A; 2EIL C; 2KB1 A; 5CBH A; 4G28 B; 1OCC C; 3VOU A; 2A9H A; 4CBC A; 4MVO A; 4F4L A; 2Q68 A; 4X8A A; 3SYC A; 4MW3 A; 1P7B A; 2H8P C; 4OXS A; 4MS2 A; 2EIJ C; 3T4Z A; 3ASN C; 3OR7 C; 3SJQ C; 2HFE C; 5KUM A; 4LP8 A; 4MVU A; 1G4Y B; 2WLK A; 3AG1 C; 3SPJ A; 3E89 A; 4WFF A; 3RW0 A; 3OUF A; 3LDC A; 3SYQ A; 1OCR C; 4I9W A; 3OR6 C; 2Q69 A; 4JTA B; 5EK0 A; 4PDM A; 5KUK A; 2AHY A; 1BL8 A; 3E83 A; 4QE9 A; 4UUJ C; 2IH1 C; 4XDK A; 4PA7 A; 2Q67 A; 4HYO A; 4JTD B; 2EIM C; 1V54 C; 3OUS A; 3STZ C; 3EFF K; 4RAI A; 5E1A C; 2EIK C; 3JYC A; 3T4D A; 3AG4 C; 5CBF A; 3K0D A; 4ZBM A; 3BEH A; 4PDL A; 1R3I C; 1OCO C; 1S5H C; 3ZJZ A; 3STL C; 3K06 A; 2WLI B; 3SPH A; 2P7T C; 3KG2 A; 4GX2 A; 4G27 B; 1R3K C; 3E8B A; 3FB7 C; 2WLL A; 3ABM C; 3FB6 C; 4HZ3 A; 3T2M A; 2WLJ A; 3T1C A; 2Y69 C; 2DYS C; 2YEV A; 4TWK A; 2JK5 C; 1XL6 A; 2WLM A; 1QLE C; 4P30 A; 4MVQ A; 1XL4 A; 4RO2 A; 4X89 A; 3SYP A; 1V55 C; 4MSW C; 3RBZ A; 2ATK C; 2ITC C; 4R8C A; 1R3J C; 5EBL C; 5EC2 C; 3SPI A; 3TET A; 2WLH A; 2HJF C; 4X88 A; 3E8H A; 5BZB A; 3LDD A; 1ORQ C; 2K1E A; 2R9R B; 1OCZ C; 2HVK C; 4WFH A; 5B1B C; 4WFG A; 3AG3 C; 3IFX A; 4XDL A; 4MVZ A; 2EIN C; 2QKS A; 4KFM A; 4MVR A; 3AG2 C; 2IH3 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3F7Y C; 3JCU Z; 1YVW A; 3RYF B; 4IHJ A; 2GHY A; 3F7V C; 1K4C C; 2E5L B; 1NH2 B; 2UXD B; 1IDS A; 4LH7 A; 4EFE A; 2CGO A; 1M1K W; 2HHH O; 3I56 V; 4ZHQ A; 4MTG A; 4WFE A; 5FPO A; 2VWJ A; 3RVY A; 1FPO A; 4X20 B; 2QTO A; 3GWO A; 4B3M O; 1M56 C; 3CCQ V; 2QEX V; 2EZP A; 2CDY A; 3OGC C; 2OYQ A; 2BOB C; 4H37 A; 3ZED A; 2PY5 A; 5BMV B; 5IYZ A; 2XND G; 2ZKO A; 1Q6U A; 4X64 B; 1GH6 A; 2IJH A; 1Y76 A; 4BW9 A; 4DR1 B; 2QM8 A; 4JI3 O; 3W7U A; 5LP6 A; 3ZN0 A; 4FLT A; 3LDC A; 1RM1 C; 1SET A; 1OCR C; 4I9W A; 2DMX A; 2JGU A; 3ZHS A; 3SJA C; 4DK1 A; 4PA7 A; 2A06 H; 4TT3 G; 2MW2 B; 4IHJ B; 4AHC A; 4RAI A; 3CRA A; 1H38 A; 5H9C A; 4ZBM A; 1G6U A; 4JPR A; 4WBN A; 3OTO O; 4ABM A; 2HKO A; 4ZHQ B; 3KG2 A; 4GX2 A; 2H94 A; 4G27 B; 1AI7 A; 3FB6 C; 4DV2 B; 3ZMT A; 2OTL V; 2JK5 C; 4H44 B; 4O4L A; 3ZN1 A; 4MVQ A; 2X7R B; 3N2G A; 3RBZ A; 4U3F H; 5EC2 C; 5JJJ B; 1VQP V; 1Y74 A; 4GKJ O; 2Q5Z A; 1IBM B; 2EIM B; 2GUZ A; 4MVZ A; 5IYZ B; 2QKS A; 3UO3 A; 1JJ2 U; 4X1I A; 1Y76 B; 5GW7 A; 4U7O A; 3K5L A; 1N32 O; 1VAR A; 1ZUQ A; 1F51 A; 3X2Q C; 4O4J A; 1X4T A; 4PJ0 Z; 5LP6 B; 4N23 A; 1AB3 A; 2Y69 B; 3HB3 B; 1KB9 F; 1TVK B; 4LF7 O; 2NLJ C; 3ZHT A; 1YF2 A; 4CH3 A; 3RYI A; 4NTY A; 1ARO P; 3OMI B; 3HR0 A; 3E86 A; 2YSU B; 5KA6 A; 4WBN B; 2A79 B; 1U97 A; 2ODM A; 1PNM A; 3QO8 A; 2OCC C; 1ZLZ A; 1MAB G; 2OT5 A; 4PD4 F; 1NBM G; 2ZCE A; 2IJJ A; 2ADQ B; 2ZE8 A; 4ZOL A; 3ZRW A; 3N2G B; 2B5U A; 5CBH A; 5CB4 A; 1Y74 B; 2OWO A; 4F4L A; 1GN2 A; 5LBQ A; 1GTO A; 2UXN A; 2GUZ B; 4X66 B; 2YUA A; 3OR7 C; 4UVA A; 1URF A; 1H2K A; 3ABL B; 4X62 O; 2YS8 A; 4X1I B; 1NQT A; 5IWA B; 5L3B A; 1O9G A; 3QG5 A; 4PDM A; 5KUK A; 2UUC O; 1BL8 A; 3CS5 A; 4O4J B; 5KAI Z; 4I4T A; 5E1A C; 2L35 A; 5CBF A; 4MT8 A; 2EIL B; 4EB6 A; 4Q20 A; 1R3I C; 3CP1 A; 4JAV A; 4TV9 A; 3RYI B; 4UCO A; 5B66 Z; 4GCZ A; 1J5E B; 3OEE G; 2D2C B; 2GDS A; 2FTK A; 2RDC A; 1WJZ A; 3WU2 Z; 2DYS C; 2YEV A; 5EIB C; 4Z1V A; 3CCV V; 2CUG A; 3RT3 C; 5EBL C; 3CWB H; 2HJF C; 2P4V A; 3G71 V; 5LMN B; 4JI1 O; 1EM1 A; 4ZOL B; 4JV5 O; 1BE3 H; 3ZRW B; 3CCM V; 2OIE A; 1GN6 A; 4K3A A; 5CB4 B; 1XIL A; 1I0H A; 3OMN B; 1EN5 A; 3I55 V; 1YCI A; 4XDJ A; 1A32 A; 4I50 A; 3TCU A; 1XNR O; 4FZ1 A; 5HFL A; 4I0X A; 2BTQ A; 3CSX A; 4JI0 B; 3E8F A; 1DLB A; 3VQX A; 4X9Q A; 4I4T B; 1M93 A; 4EB6 B; 3JAM N; 4DR7 O; 4TV9 B; 3SPG A; 3J7A U; 2YI9 A; 3H1I H; 1VQM V; 2WSS G; 3AEI A; 2YEV B; 1M57 B; 4O4I A; 4FM2 A; 2P67 A; 3ZRX A; 4MVO A; 2BCC H; 5B3S B; 4UVC A; 3CEI A; 1P7B A; 1VQ8 V; 1BT8 A; 2EIJ C; 3T1Y O; 4IYH A; 5KUM A; 4LF4 B; 2DJV A; 1FFT B; 2BTO A; 1XMQ B; 5LMU B; 4I50 B; 5FLX N; 3CRC A; 4LF6 B; 4QE9 A; 4UUJ C; 4I0X B; 2ZR2 A; 2BTQ B; 2XT9 A; 4RQF A; 3AG4 C; 2JRI A; 4FLY A; 3QO5 A; 4FPP A; 4Z2W A; 2UUA O; 3EXA A; 4PV1 B; 1S76 D; 1KU9 A; 1RP3 B; 1HNX B; 4LF8 O; 1SQG A; 4YHH O; 3IAY A; 2ZT9 B; 1XUQ A; 5D5Q A; 4ZKI A; 2CK3 G; 3T1H B; 1AI5 A; 1F4M A; 3SPI A; 3RN4 A; 4KUM A; 3ZMV A; 4O4I B; 1CP9 A; 4QJF B; 1VF7 A; 4DYL A; 4KFM A; 3BFR A; 3W7S A; 5GTH Z; 4LF9 B; 3TXS A; 3CRM A; 1H2N A; 1ZTE A; 3G6B A; 2E3C A; 4QE7 A; 3J81 N; 4DUY B; 1AJP A; 3THO A; 3UKM A; 5KX5 A; 4DR6 O; 3BCC H; 3BVO A; 4EKW A; 5EYP A; 4GX5 A; 1IXB A; 1YJW V; 3ZBH A; 2DW4 A; 2VS0 A; 3CHX A; 2P90 A; 4BR6 A; 2HR3 A; 1K97 A; 3HKC A; 2Y48 A; 1WPB A; 2O57 A; 5IYD O; 2F43 G; 1Y66 A; 2Q7G A; 4JZG A; 2AHZ A; 1Y67 A; 3K5O A; 2N74 A; 3MAQ A; 5DED A; 2R72 A; 1Z5V A; 5J2T A; 4MVM A; 4YIO A; 5LYJ A; 1VQ6 V; 2AW9 A; 4J41 A; 1FYJ A; 1COW G; 1XRE A; 4PI2 A; 4H13 B; 4JAU A; 3LSQ A; 4DR2 B; 1SQP H; 4NKG B; 2Q7E A; 4WFF A; 2YIA A; 2Q69 A; 2C2A A; 2ZE5 A; 3G4S V; 1PNK A; 5CMU A; 3U10 A; 5KX5 B; 4O4H A; 4NTW A; 3DGE A; 5IY5 B; 4K8Z A; 5EYP B; 1DF5 A; 1WPX A; 1PL0 A; 4JI5 B; 3ETQ A; 4UFZ A; 3ZMS A; 1U96 A; 3SPH A; 1B04 A; 4ASU G; 2YIB A; 1S72 V; 1IBL O; 2JS3 A; 2E5L O; 3HKC B; 3T1C A; 2UXD O; 1XL6 A; 4B3T B; 1GAX A; 1LUV A; 3DSQ A; 4R8C A; 5AG2 A; 4JI6 B; 3TET A; 2PI4 A; 4NXM B; 5KHG A; 4TV8 A; 5J2T B; 1G1X B; 4AI8 A; 4DV1 B; 1HW7 A; 3FX7 A; 2PTM A; 4J11 A; 1EN4 A; 3ZRV A; 3E8G A; 4LCU C; 1BMF G; 1MMM A; 3DC6 A; 3ABM B; 3ZS8 C; 4FLV A; 5CBG A; 3DTU B; 4DV6 B; 1XMO O; 3SDL A; 4UV9 A; 1YIJ V; 3KKY A; 2M7W A; 3TJT A; 4P9P A; 4X64 O; 4DR1 O; 1H2L A; 1YI2 V; 1Q82 W; 3KCX A; 4O4H B; 4B3R B; 3AG2 B; 1Q86 W; 3K57 A; 3RYH A; 4BAY A; 1PPJ H; 2DQ0 A; 2QWQ B; 2F4V O; 3WFV A; 1VEW A; 1YTF B; 3CC4 V; 4L87 A; 3E35 A; 5FL7 G; 1I08 A; 5EIB D; 4LC1 A; 4FLW A; 4TV8 B; 1IUR A; 4W4L A; 4NYK A; 3SYC A; 4DV2 O; 1BHB A; 2R70 A; 3A8T A; 4DW1 A; 4JTA B; 1IBM O; 1SQB H; 2ZR3 A; 3VQW A; 1RSO A; 4YJ2 A; 2EIM C; 1YDX A; 5BR8 B; 2LGW A; 4UV8 A; 5HFM A; 3VBB A; 1XNQ B; 1LUW A; 1PV0 A; 1I5X A; 1R3K C; 2XAS A; 2WLL A; 4HZ3 A; 4N21 A; 2Y69 C; 3RYH B; 2WLM A; 5EZY A; 5E79 Z; 1Z5W A; 3ETE A; 2HP8 A; 4DV5 B; 1XHX A; 3OE7 G; 1VQK V; 4I5S A; 3OAA G; 2RN9 A; 1SQX H; 4I7Z B; 3JD1 A; 4X20 A; 2DYR C; 2LQT A; 4YXW G; 3W7T A; 3CB2 A; 1AR1 B; 1FFX A; 1BSM A; 4FLX A; 1Q3E A; 1WB8 A; 3H01 A; 2VWK A; 4J7K A; 1N0N A; 4X66 O; 1I7F A; 1RSO B; 4YJ2 B; 3RFR A; 2W0X A; 3ABK C; 3JAR A; 2EIN B; 1EBO A; 5IWA O; 3ABL C; 4OPH A; 4DV4 B; 4FLU A; 2CTP A; 2WLL B; 2YIB D; 2UXB B; 1NVP B; 4Z1M G; 5EZY B; 1ENV A; 2FML A; 2HEP A; 1S5L Z; 2EIL C; 2KB1 A; 1J5E O; 4X8A A; 3L74 H; 1AJN A; 2ZXW B; 4HNA A; 3ASO B; 1OV9 A; 2UUB B; 2G38 A; 2WLK A; 3SPJ A; 1L8D A; 1H2M A; 5LMN O; 1NJI W; 4OX9 B; 1JJO A; 1K5S A; 1PD3 A; 1TA8 A; 1FFX B; 4NTX A; 2QWO B; 3A0R A; 2ZDI A; 5DN6 G; 1US6 A; 4FFK A; 3O9O A; 1IVS A; 2GTA A; 3SGI A; 4IGG A; 3W7W A; 3E8B A; 3VQV A; 1SF9 A; 3JAR B; 1W59 A; 5L3E A; 3K59 A; 1TVK A; 1IBK B; 2ITC C; 2RQ6 A; 3CYO A; 5L3G A; 1SZX A; 3TGU H; 5CA1 A; 4WFH A; 1D2D A; 2EBO A; 4J7Z A; 1PNL A; 2CTQ A; 2JVD A; 1K3E A; 2WWW A; 2XAQ A; 2RNB A; 1K33 A; 4HNA B; 3M8A A; 3ETG A; 3F5W C; 1M57 C; 5IYC O; 2FKX A; 1VQ7 V; 4FVM A; 2Q0O C; 1FAF A; 3GVM A; 5B3S C; 1FJG B; 3PN1 A; 3D36 A; 4LF4 O; 1KEC A; 3HPL C; 5KHI A; 3PJS K; 1XMQ O; 5LMU O; 1S0V A; 3IJ4 A; 2ZQM A; 3JD4 A; 1YJN V; 4LF6 O; 1FXK A; 1SES A; 4DR5 O; 3OEH G; 4K0K B; 1B06 A; 1N8R W; 2AZ2 A; 1L1F A; 1R6N A; 2X6C A; 1FS0 G; 2Y0I A; 4O2A A; 1HNX O; 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2JJ1 G; 2Q68 A; 1R6K A; 5JQG A; 2H8P C; 3NR7 A; 1DGS A; 3SJQ C; 3CME V; 4B3T O; 3L9D A; 3HKD A; 1VQL V; 4JI6 O; 1N33 B; 4OGQ B; 4F6E A; 4NXM O; 1GM7 A; 1E1Q G; 2Q8V A; 2KQX A; 2PZS A; 1XBL A; 2P6J A; 1VP7 A; 2Q7H A; 2IU3 A; 2JIZ G; 1VF6 A; 2QKC A; 4DV6 O; 2F93 B; 3N2K A; 1SQF A; 3ABM C; 3OTO B; 2JDI G; 2WLJ A; 4RO2 A; 5LHG A; 1XL4 A; 5A9G A; 4LWS B; 2OCH A; 3MHH C; 2Y0P A; 5IJ0 A; 4B3R O; 4L8J A; 2JGD A; 1VMG A; 4MVR A; 3AG2 C; 2LJ2 A; 5H6R A; 1F4N A; 4GZR B; 1HNZ B; 5JQG B; 3ABT A; 2NR5 A; 2BSK A; 3A0B Z; 2Q73 A; 3NXS A; 4KP4 A; 3QO7 A; 1NI8 A; 3HKD B; 3D3Q A; 5DM6 V; 2A0L A; 3G80 A; 2N04 A; 4DR4 B; 3RGB A; 1JVM A; 3OFN G; 5LHI A; 3OW2 U; 2FYU H; 1LNQ A; 2QWR B; 1ZAU A; 5KAF Z; 4LF7 B; 3FKS G; 3AG3 B; 4H33 A; 1E79 G; 3JAL A; 1DTO A; 2EJ7 A; 2FL4 A; 5EBM C; 3N2K B; 3H1K H; 1W0K G; 2WLN A; 5BR8 O; 2VQE B; 4ZI7 A; 5B1A B; 4DUZ B; 1XNQ O; 4TOI A; 2EZO A; 1AR5 A; 1WAZ A; 5IJ0 B; 1R6T A; 2JGD B; 3T4Z A; 1G4Y B; 1VQN V; 3CXH F; 4DV5 O; 3RW0 A; 5J2U A; 2BSK B; 3OMA B; 1IZ3 A; 2N05 A; 1KYO F; 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