The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
35
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AGA A; 1R1B A; 1YZB A; 4JI6 O; 5LMU O; 4DR6 O; 2UXC O; 5BXZ A; 4KHP O; 1X59 A; 1HR0 O; 2N74 A; 3J81 N; 4X64 O; 4DV7 O; 1HNW O; 2UXB O; 4NXM O; 1N33 O; 4LF6 O; 1D2D A; 2E5L O; 2JRI A; 2UU9 O; 2UUC O; 3T1H O; 4DV2 O; 1G1X B; 5A2Q N; 2DJV A; 4JI4 O; 4B3T O; 1N36 O; 4JYA O; 1IBM O; 1A32 A; 3R66 A; 4JI8 O; 3O65 A; 4JI5 O; 3F5T A; 2ZKO A; 4DV6 O; 3OTO O; 4YY3 O; 1R6T A; 1NS1 A; 1HNX O; 4OPH A; 4JI2 O; 1FJG O; 1I94 O; 4LF8 O; 4LFA O; 3RT3 C; 1XNQ O; 3SDL A; 1F7Y A; 5LMN O; 4LF5 O; 1FYJ A; 5BY1 A; 4DV3 O; 2FKX A; 4LFB O; 3J80 N; 1AIL A; 4JI3 O; 4B3M O; 1N32 O; 4OPA A; 2Z0A A; 4LF7 O; 4DR1 O; 4AQY O; 4LF4 O; 4DR7 O; 2LW7 A; 1XEQ A; 4DV4 O; 4LFC O; 4K0K O; 3JAM N; 5BR8 O; 1IBK O; 4DV5 O; 5IT9 N; 4X62 O; 1DK1 A; 2UXD O; 3T1Y O; 5H5N A; 1FKA O; 2DOS A; 4DR4 O; 4B3R O; 4X66 O; 4A5U B; 4NXN O; 4OX9 O; 4YHH O; 4GKK O; 2VQF O; 4JI1 O; 4GKJ O; 4X65 O; 1HNZ O; 3M8A A; 4DR5 O; 4B3S O; 4DV1 O; 2HHH O; 4LF9 O; 3J7A U; 5LL6 Y; 2ZM6 O; 1KUQ A; 4DUY O; 2F4V O; 5FLX N; 1XNR O; 4DR2 O; 4JI0 O; 2UUB O; 1AB3 A; 4DR3 O; 2UUA O; 1XMQ O; 2VQE O; 4JI7 O; 4JV5 O; 4DV0 O; 1J5E O; 5IWA O; 1IBL O; 1N34 O; 4DUZ O; 1XMO O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A0R A; 1BS3 A; 1S5H C; 4DR6 O; 4PDR A; 5JCO C; 4TV9 A; 1AI6 A; 4K35 A; 3LSU A; 2QJ1 A; 3OEH G; 3OMN B; 2QWQ B; 2WLI A; 4TV9 B; 2F4V B; 4R7C A; 2E5L B; 4IYI A; 4JI4 O; 2WLI B; 3AG2 B; 1S3J A; 2B1G A; 4ZBM A; 2ZXW C; 1QLE B; 3OTO O; 5GW7 A; 4D7T A; 4XDJ A; 1XDC A; 1YXB A; 4OPH A; 4YJ3 A; 4AHC A; 3CCR V; 1H2S B; 3U11 A; 2QM4 A; 4J42 A; 4DV7 B; 2HVK C; 4LF5 O; 2WA3 A; 4IT5 A; 5DEC A; 4YJ3 B; 3IFX A; 1KQS U; 3WU2 Z; 1Y67 A; 1K9M W; 1VQL V; 3N2G A; 4BAY A; 3FD9 A; 1D5A A; 5JJN B; 4PJ0 Z; 3N2G B; 3B40 A; 3ETQ A; 1PD3 A; 1Q43 A; 2G38 A; 1B6Q A; 3ASO C; 3CB2 A; 2QE7 G; 4J7Z A; 5JVD A; 1AP5 A; 1EN6 A; 5B1A C; 2JGU A; 2GV9 A; 3NXS A; 4WF9 V; 1GN4 A; 2A79 B; 1SC5 B; 2R9I A; 5JVD B; 5KX5 A; 4GLX A; 3K58 A; 1VQP V; 1VQ8 V; 3APQ A; 3OAA G; 3M8A A; 2CK3 G; 2B5U A; 4LF9 O; 3CWB H; 4JAV A; 5KX5 B; 1BQZ A; 3CRQ A; 2ZM6 O; 1OJH A; 5KHJ A; 3T4Z A; 1FXK C; 4PD4 F; 1JPX A; 4DR2 O; 1RSO A; 1WLE A; 4JI0 B; 4UCU A; 2R72 A; 1SQG A; 2YUA A; 1TVK A; 3DSQ A; 5TIS Z; 5J2T A; 4FLX A; 1RSO B; 1N0J A; 2ZIM A; 1YHQ V; 5CA0 A; 2QSA A; 1TVK B; 5J2T B; 1VAR A; 1GMG A; 5CA0 B; 1FAF A; 3G4S V; 4UUJ C; 1WPX A; 2EIK C; 1LUV A; 2JRI A; 4U7N A; 4DV2 O; 3JCZ A; 4DR3 B; 4CH4 A; 4CH5 A; 1B04 A; 3RYC A; 4N21 A; 2PZS A; 1JVM A; 4H37 A; 2CTR A; 4JI5 B; 1UPG A; 3K5N A; 1KYO F; 3RYC B; 1KP2 A; 1X4T A; 4P2Z A; 2HFE C; 4MW8 A; 5LP6 A; 4GZR B; 4PA4 A; 5L3D A; 1R3I C; 4LF8 B; 3A8T A; 5LP6 B; 2YIB A; 4LFB O; 1M93 A; 1GH6 A; 4K3A A; 3H1H H; 3QO5 A; 5KMG A; 4PDM A; 2V4D A; 4UCS A; 4BIZ A; 2FB5 A; 1ZX3 A; 3ABM C; 3X2Q C; 3CC4 V; 2PY5 A; 1Z5W A; 4AI8 A; 2ATK C; 5KMG B; 3I56 V; 4K0K B; 1SQX H; 5H5N A; 2GTA A; 4J80 A; 4CC6 A; 2YS8 A; 3JAR A; 4NTW A; 5LYJ A; 3CD6 V; 4B3R O; 4A5U B; 1NKD A; 4YHH O; 1ZSP A; 2Q6A A; 3JAR B; 5LYJ B; 3E35 A; 3FB6 C; 4JPR A; 1BSM A; 2BOC C; 3A0H Z; 1TA8 A; 4B3S B; 3DC5 A; 1F4M A; 4ZHQ A; 1AI4 A; 3SYC A; 2FTK A; 2H8P C; 4MVZ A; 4PA7 A; 1V54 B; 5F2V O; 2QKS A; 4DUY B; 1BL8 A; 4XDK A; 2PYJ A; 4B7E A; 2WA4 A; 4ZHQ B; 3DTU B; 2FML A; 4DV0 O; 2ZDI A; 4ZI7 A; 5KA6 A; 3AG4 C; 1N34 O; 3ICX A; 1NR7 A; 1YF2 A; 4ZI7 B; 2JDI G; 3C3T A; 4LH7 A; 1SQV H; 3B8N A; 1HR0 B; 3BA8 A; 1SQF A; 5JQG A; 3SPJ A; 2UU9 B; 1H8E G; 4UB8 Z; 1VF7 A; 4JGS A; 2JJ2 G; 1PKX A; 2F66 C; 5JQG B; 3RVY A; 1NZ6 A; 4MVO A; 4FPP A; 2OYQ A; 2EBO A; 4J9Y B; 4I5S A; 3LNM B; 3E22 A; 1BHA A; 5GTI Z; 2AHY A; 4JI2 B; 1I94 O; 3WB0 A; 4WFB V; 3E22 B; 5LMN O; 1N33 B; 1Q90 D; 2ODM A; 2Q69 A; 1WP7 A; 2QKA A; 4JI3 B; 3K5L A; 4LF7 O; 5DED A; 1P7B A; 4AQY O; 3CCM V; 5CBH A; 4F6R A; 4LF4 O; 1AJQ A; 4UFZ A; 1L0L H; 4G28 B; 1YI2 V; 1IBK O; 4DV5 O; 1ARO P; 4X62 O; 2UXD O; 2CGO A; 1WN7 A; 2KSD A; 4F6R B; 3T1Y B; 3KCY A; 1Q6H A; 1NVP D; 1M90 W; 1VQ7 V; 4I4T A; 4X89 A; 4GX2 A; 2YDE A; 3ABK C; 2PF4 E; 2Q7G A; 2BE3 A; 3CCQ V; 1I5X A; 2IBZ H; 3H9V A; 3CSX A; 1NBM G; 4TT3 G; 3A0B Z; 2ZR2 A; 4L87 A; 1JFF A; 4CH6 A; 5L3E A; 1J95 A; 3D3I A; 3OW2 U; 3BVO A; 5LXT A; 5KA5 A; 4WFE A; 3VQV A; 4MVU A; 4DR4 B; 1GTO A; 2Q7H A; 1OCC B; 2EIN C; 2QWR B; 1J5E O; 1SET A; 3QG5 A; 5LXT B; 4W4K A; 4GKJ B; 2XAH A; 4DUZ O; 3CRM A; 4E4E A; 4X20 A; 4X1I A; 2LP7 A; 5LMU O; 2Q0O C; 4QGP A; 1WAZ A; 4X20 B; 4X64 O; 4X1I B; 3RWR D; 3JD0 A; 2DWD C; 4UV9 A; 4RUF A; 5EBM C; 4EB6 A; 1N36 B; 4JYA B; 4JV5 B; 1DF4 A; 3BCC H; 2CH7 A; 4F4L A; 3F5T A; 1KB9 F; 4EB6 B; 2IW5 A; 2CH7 B; 3U10 A; 4P9P A; 4MSW C; 4RO2 A; 1HDJ A; 2WLL A; 5B3S C; 1DLB A; 4LF6 B; 1N4C A; 1WNS A; 4BWA A; 2P90 A; 2F23 A; 5D5P A; 2WLL B; 5LOV B; 4O4L A; 1FFT B; 1KD1 W; 1AJP A; 2UXX A; 1PV0 A; 1JCH A; 3HKD A; 5CA3 A; 3W7T A; 1QQC A; 3AG7 A; 3HKD B; 2ZD9 A; 4FLV A; 1YIT V; 2IM9 A; 5K1P A; 1WA8 B; 4O2B B; 1SQP H; 4CC5 A; 3K59 A; 2ZIN A; 5IDJ A; 2DYR C; 4LFC B; 4YJ2 A; 3THO A; 3AEI A; 2VQE O; 1PNK A; 4J11 A; 4YJ2 B; 2WAM A; 3B4S A; 3E8B A; 5EYP A; 1IBL B; 1H38 A; 1XMO O; 2ZNJ A; 1QVG U; 1LUW A; 3ETG A; 4DR6 B; 2RQ6 A; 1ZWI C; 5EYP B; 2N04 A; 2GTS A; 3J81 N; 3SYP A; 2Q4P A; 3CRR A; 1Y66 A; 1RPR A; 3OD4 A; 1GM9 A; 2AHZ A; 4LBE C; 3K79 A; 4JI4 B; 1H2K A; 1EN4 A; 1QVF U; 1Z2G A; 4JI8 O; 3TET A; 2W6J G; 3BPZ A; 4YY3 O; 1OHH G; 1JJ2 U; 2XAG A; 4J10 A; 3ASO B; 4IIJ A; 1Q7Y W; 5KHI A; 3CE2 A; 1L8D A; 1YSC A; 4B08 A; 4IIJ B; 2EX3 A; 1L1F A; 2X6C A; 4U3J A; 4CH3 A; 3OFN G; 2XAS A; 3E86 A; 1GK9 A; 1XL6 A; 2E76 B; 2AZ2 A; 4DR1 O; 3ZS8 C; 4U3J B; 1JX9 A; 3JAL A; 4DR7 O; 3R65 A; 4DV6 B; 2VWJ A; 5IYD O; 3JAM N; 1MSD A; 3CS5 A; 4DXW A; 5KUM A; 3ZRV A; 3LUT B; 3JAL B; 4JF3 A; 1NQT A; 1FKA O; 1VQ5 V; 1KU9 A; 3QTC A; 2YXH A; 5LHI A; 5B1B B; 1XQ8 A; 2X6B A; 4J9Z B; 1SA0 B; 1P4R A; 2YC0 A; 1VQ4 V; 4BW5 A; 4UB6 Z; 2EIK B; 4NYK A; 2HHH O; 4TQF A; 4LF9 B; 1ZL8 A; 1W0J G; 4DV4 B; 4ICG A; 3WB1 A; 1MOF A; 2ZM6 B; 1S5J A; 1XNR O; 1OV9 A; 1ZL8 B; 4DR2 B; 4ZIB A; 1H2M A; 2A06 H; 1XMQ O; 1M56 C; 3ETE A; 1AI5 A; 2QKC A; 4Z2W A; 5IWA O; 3MD0 A; 4JI1 B; 2IJI A; 3ASN C; 2VRZ A; 3VBB A; 4FZ0 A; 5JWP A; 2UXC O; 2QEX V; 1HNW O; 3OGI B; 1UFI A; 3OUS A; 2RDC A; 2QWP B; 3EHB B; 2P7T C; 2ZE8 A; 3CRC A; 2OIG A; 3JCU Z; 4R50 A; 1K33 A; 3CMA V; 4DV2 B; 1E1R G; 4QNH B; 3ABM B; 2HP8 A; 2ITC C; 1ENV A; 3MHH C; 1HW7 A; 3TGU H; 4UV8 A; 4JAU A; 4HNA A; 1K8A W; 2EJR A; 4GT1 A; 1FJG O; 3ZRW A; 3BFR A; 4FLY A; 1I0H A; 1G6U A; 3FB5 C; 4X1Y A; 4K8X A; 1WJZ A; 4HNA B; 3F7Y C; 5CMU A; 3UO2 A; 1CXZ B; 2FKX A; 3EFF K; 3ZRW B; 3J80 N; 4LFB B; 2FYU H; 1IVS A; 4X1Y B; 1N32 O; 1MZE A; 3SPH A; 4GX0 A; 4MW3 A; 2PTM A; 3I55 V; 1BMF G; 1O9H A; 1R3J C; 2PGG A; 4KXR A; 5BZB A; 3STL C; 4E2L A; 3TXS A; 2MK3 A; 2LW7 A; 3ZN0 A; 1AR4 A; 5BR8 O; 2WLN A; 1WP8 A; 3IAY A; 1OCZ B; 2ADQ B; 4X1K A; 5LGN A; 1K5Q A; 4GYC B; 3QVN A; 4B3R B; 4WFA V; 4YHH B; 3DGE A; 1PNM A; 2YSU B; 2QWN B; 2OTL V; 2HEP A; 4X1K B; 3HPL C; 3JD1 A; 2PI4 A; 1FFX B; 3LSS A; 5E79 Z; 3JAW A; 2Y69 C; 1WB8 A; 5H9C A; 3DC6 A; 4UCO A; 1SES A; 1VF6 A; 4NTY A; 3SJB C; 2P6J A; 3JAW B; 3QNE A; 2W6I G; 3F5W C; 3HKB A; 1YJN V; 3B77 A; 3OR7 C; 3T2M A; 1VMG A; 3VQX A; 3ZHV A; 3CCU V; 4X66 B; 4NXN B; 3L9D A; 3HKB B; 4DV0 B; 5C8Y B; 4MT8 A; 3JYC A; 1N34 B; 1VQM V; 4EFB A; 3ZMV A; 2LFS A; 3B8M A; 1IZ3 A; 3CCV V; 1COW G; 1JR9 A; 2EIL B; 3L74 H; 4FLZ A; 1G1X B; 5H6Q A; 1OCR C; 1P49 A; 1SQB H; 4EKW A; 1CEZ A; 2X6A A; 2DYS C; 3JSN A; 1I5Y A; 3S3X A; 3G6E V; 1EN5 A; 4O2A A; 4U3F H; 2EJ7 A; 1R3L C; 2XTA A; 5DM6 V; 4O2A B; 5DN6 G; 1XNQ O; 3ABK B; 2WWW A; 1V55 C; 5LMN B; 2Y4T A; 2YIA A; 5AG2 A; 2F95 B; 3TK1 A; 1JJO A; 2ZCE A; 3LDC A; 3SJQ C; 3G71 V; 1T5E A; 1EZV H; 4LF7 B; 3K0D A; 1NTK H; 2IJK A; 3W7X A; 3ZMS A; 3W7S A; 4LF4 B; 2HKO A; 4YIP A; 4H44 B; 4CZZ A; 1IBK B; 4DV5 B; 1DK1 A; 1Q5O A; 2UXD B; 3B2E E; 1VQN V; 1PPJ H; 2EIN B; 2OCC C; 3E8F A; 4Q20 A; 4GKK O; 1U96 A; 2XAQ A; 1PP9 H; 1U97 A; 4I50 B; 1VIB A; 2E75 B; 4WFF A; 1HNZ O; 5JJJ B; 5KAI Z; 4QE9 A; 1JMK C; 3WG7 C; 2GDS A; 2Q8V A; 3LDD A; 3P32 A; 3IGA C; 1EM1 A; 2F4V O; 5FLX N; 1NTM H; 3ZMZ A; 2GHY A; 4XBF A; 3M7M X; 4JZG A; 3OUF A; 1J5E B; 3SPI A; 2YIC A; 4N23 A; 3JAS A; 4DUZ B; 5IYC O; 4JI6 O; 2B9Z A; 5CN0 A; 3WFV A; 1QR9 A; 2A7W A; 3JAS B; 3ZN1 A; 1FS0 G; 4DV7 O; 4WFG A; 4X64 B; 2HG5 C; 2ILM A; 2JK5 C; 3H1L H; 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5KHG A; 1MSW D; 4P9O A; 3CX5 F; 4YY3 B; 4I7Z B; 1G8M A; 3OE7 G; 3E8H A; 1N0N A; 4EFE A; 4LWS B; 1KC8 W; 2OTJ V; 3K06 A; 2JJ1 G; 4D7S A; 3ZMT A; 2X7R B; 3VQW A; 3SDL A; 3LNN A; 3SPC A; 4J41 A; 2LO1 A; 5L3B A; 5IJ9 A; 4DV3 O; 3FYI B; 2M6Y A; 3TCU A; 5IYB O; 5LP6 C; 5IJ9 B; 2JS3 A; 2GSM B; 3TJT A; 3CJH A; 4DR1 B; 1YTF B; 4DR7 B; 4FM1 A; 3AG3 C; 1QHT A; 2YID A; 4ZOL A; 4RWU A; 4IYH A; 3CJH B; 3SYO A; 3ZJZ A; 1RP3 B; 1M56 B; 4ZOL B; 5LOV A; 1M1K W; 1LNQ A; 3EXA A; 1R6N A; 1VF5 B; 2IH3 C; 3L75 H; 2CE4 A; 4X65 O; 5HFM A; 2Q73 A; 4DR5 O; 3K57 A; 5KUK A; 3AK3 A; 1GAX A; 2KG7 A; 2K9P A; 3HB3 B; 1BCC H; 1KP3 A; 4Q6G A; 3OT7 A; 1XNR B; 1V54 C; 5JCO A; 2DW4 A; 3FKS G; 2KG7 B; 2UUA O; 2XT9 A; 2F93 B; 5LHG A; 3RYI A; 1Y76 A; 1WA8 A; 4O2B A; 5IWA B; 1PM9 A; 3CRA A; 2ZE5 A; 1BT8 A; 3K0G A; 3RYI B; 1Y76 B; 3Q4H B; 2UXC B; 3GWK C; 4KHP O; 2YI9 A; 1BHB A; 4JYC A; 1HNW B; 4PDL A; 1N33 O; 1XOU A; 2W0X A; 2XOK G; 1HWY A; 2BSK B; 5FL7 G; 1SZT A; 4RUE A; 3FB8 C; 2ZXW B; 2R70 A; 5EIB D; 3W7U A; 4JI7 B; 1GRJ A; 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