The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DOS A; 4LFB O; 2LW7 A; 1NS1 A; 2UXB O; 1AB3 A; 4LF5 O; 2E5L O; 1IBL O; 4DV2 O; 4JI7 O; 4JI3 O; 4LF8 O; 1HNX O; 2JRI A; 4DUZ O; 1FYJ A; 4GKJ O; 3RT3 C; 1IBM O; 4JV5 O; 1XMO O; 1HNZ O; 4JI1 O; 3SDL A; 4LFA O; 1XMQ O; 1FJG O; 4GKK O; 1A32 A; 4OPH A; 4DV1 O; 1HR0 O; 4JI6 O; 3F5T A; 4DR4 O; 4JI8 O; 1D2D A; 5IWA O; 1AIL A; 2UU9 O; 4X64 O; 2ZM6 O; 2VQE O; 4LF6 O; 4KHP O; 4DV4 O; 2DJV A; 4DR2 O; 4JI5 O; 2F4V O; 4OX9 O; 1KUQ A; 1N34 O; 5LMU O; 5LL6 Y; 4NXN O; 4AQY O; 3O65 A; 1XEQ A; 4DR5 O; 1HNW O; 1IBK O; 4X65 O; 1N32 O; 1G1X B; 5FLX N; 4LF7 O; 1R6T A; 5H5N A; 4B3S O; 2ZKO A; 4A5U B; 3R66 A; 4JI0 O; 4K0K O; 2VQF O; 5LMN O; 4JI4 O; 4B3R O; 1XNR O; 2UUA O; 3J81 N; 4DV6 O; 4NXM O; 4DR7 O; 1J5E O; 4DR6 O; 4DV0 O; 4DV3 O; 4DV7 O; 1DK1 A; 4DUY O; 2Z0A A; 2FKX A; 2UXC O; 1X59 A; 2N74 A; 5A2Q N; 4JYA O; 2UXD O; 5BR8 O; 4LFC O; 4DV5 O; 3M8A A; 4JI2 O; 5IT9 N; 1R1B A; 4LF4 O; 1N36 O; 3T1H O; 4DR3 O; 1XNQ O; 5BY1 A; 4DR1 O; 4X62 O; 1YZB A; 4B3T O; 2UUB O; 2UUC O; 5BXZ A; 1F7Y A; 4X66 O; 4OPA A; 3OTO O; 1N33 O; 1FKA O; 2AGA A; 2HHH O; 4YY3 O; 3J7A U; 3JAM N; 4YHH O; 3J80 N; 1I94 O; 4LF9 O; 4B3M O; 3T1Y O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5B1A B; 4JI6 B; 1L0L H; 1XDC A; 4JI8 B; 1V55 B; 4I9Q A; 4IHJ A; 1JCH A; 2ZM6 B; 3H1J H; 5TIS Z; 2JGD B; 4GKJ O; 1MA1 A; 2JK5 C; 2PY5 A; 2XAG A; 2QM7 A; 4JYB A; 3RYC B; 3OW2 U; 5EBW C; 3P3P A; 3K9S A; 3CC2 V; 1NZ6 A; 3TGU H; 4JI0 B; 2A79 B; 3AK1 A; 4KP4 A; 2JS5 A; 4DR7 B; 4CS3 A; 4YXW G; 1PM9 A; 2LQT A; 3KG2 A; 2DYR C; 3CX5 F; 2IJJ A; 4UVA A; 3CJH B; 3QO5 A; 3I56 V; 4X1K B; 3O9O A; 4JAU A; 1BGY H; 3BFR A; 2QWQ B; 3K9A A; 1IBK O; 3L74 H; 3NXS A; 2FYU H; 4LFC B; 4K0K O; 5KMG B; 5LMN O; 2YC0 A; 3MDS A; 3SJC C; 4JGS A; 4DR3 B; 1M57 C; 3JD1 A; 1WB8 A; 3CCR V; 1AR1 B; 1WPX A; 1R3J C; 4FLY A; 5JJJ B; 3SGI A; 4JTD B; 1AI7 A; 1YTF B; 3STL C; 4YY3 B; 2ZDI A; 5IJ0 A; 4JTC B; 3ABM B; 5C8Y B; 3NR7 A; 1QVG U; 3SPH A; 1XNQ O; 1EBO A; 4X62 O; 4PDR A; 3SYO A; 4H0L B; 2HLD G; 1YJW V; 4JV5 B; 2F43 G; 4NR1 A; 2BE3 A; 4JI1 B; 5ITZ A; 1JFF B; 1K34 A; 1KMI Z; 4L87 A; 3T4Z A; 4I0X A; 1H2G A; 4B7K A; 4LFB O; 3CME V; 1L8D A; 1S77 D; 3E35 A; 3ABL C; 1EZV H; 3ABK B; 4DV2 O; 1M90 W; 1BT8 A; 2Q68 A; 1IBM O; 3LDC A; 2WAM A; 4C7U A; 1VQN V; 3WU2 Z; 3K5L A; 2GUZ A; 1M4U A; 3JAT A; 3HKB A; 4X65 B; 5LGU A; 2YEV B; 2QTS A; 2OTJ V; 3JAR B; 5CB4 A; 3ZHV A; 2HVK C; 1K33 A; 4I55 A; 2CGN A; 3N2G A; 2UU9 O; 2JEU A; 1GH6 A; 4X64 O; 4LF6 O; 4WFF A; 2ZE6 A; 4IHJ B; 2QKA A; 3WB1 A; 2GV9 A; 4CBC A; 1QNM A; 3LSQ A; 3ZMZ A; 5C93 A; 3H1L H; 1R6K A; 2ZE8 A; 1R6T A; 2Q0O C; 2H94 A; 1XRE A; 1V9P A; 1WP8 A; 1KQS U; 2OCC C; 1GRJ A; 1Q6H A; 1O9G A; 3OGI B; 3VQW A; 1WN7 A; 1JMK C; 4WCE V; 5J2U B; 5GON A; 4PD4 F; 5KX5 A; 1GK9 A; 4CH6 A; 4PA6 A; 1OCZ C; 5L3B A; 2PF4 E; 3JAK B; 4CH5 A; 3F7Y C; 4X1Y A; 1URF A; 3AG3 C; 2ARH A; 1NH2 D; 1RM1 C; 2EIN B; 4D7T A; 4PDV A; 4MW3 A; 1G4Y B; 1FKA O; 1RP3 B; 4LNU B; 3S3X A; 2AZ0 A; 3FB8 C; 1Y76 A; 2YIA A; 5IJ0 B; 3G6B A; 3L73 H; 4DV4 B; 1JX9 A; 1HNX O; 1TGO A; 1FAF A; 2IJK A; 1HNZ O; 3C3T A; 3ZN1 A; 1FJG O; 1JOY A; 1FXH A; 4QJF B; 3G6E V; 4O4L B; 4GKK O; 1NT2 B; 3ZHS A; 3AK2 A; 3QO8 A; 1GO3 F; 3CCU V; 2WLH A; 4O4I A; 4E4E A; 4TUY A; 2MW2 B; 4NVP A; 4DR4 O; 2VQF B; 3AG4 C; 4I0X B; 1XNR B; 4K35 A; 5JQG A; 2EIL C; 1JPX A; 5EBM C; 2EJR A; 5E1A C; 3JD2 A; 1P7G A; 4WFA V; 4TT3 G; 5D5P A; 1VQ6 V; 1IXB A; 2GUZ B; 3JAT B; 3HKB B; 1LNQ A; 3L70 H; 4YJ3 B; 2UUA O; 2DYR B; 4GX0 A; 4FK5 C; 5CB4 B; 1YEW A; 3OE7 G; 2QWR B; 1NH2 B; 3N2G B; 4DR1 B; 1VQP V; 3SJB C; 4TV8 A; 1VF6 C; 2UXC O; 4R7C A; 5B1B B; 5AG2 A; 1AI6 A; 2GSM B; 1M57 B; 1SET A; 1P4R A; 1K9M W; 2R9R B; 4EB6 A; 1QU7 A; 3UM7 A; 1N36 O; 1AI5 A; 1IDS A; 5KA6 A; 3OGC C; 2QE7 G; 1Q81 W; 4JI3 B; 4AIL C; 4FZ0 A; 3D3I A; 1F7Y A; 1ROP A; 4GCZ A; 2EIM B; 4B08 A; 4OPA A; 2Q5Z A; 5GON B; 1SRY A; 4LF9 O; 3L75 H; 1YF2 A; 3KCX A; 5CA1 A; 5KX5 B; 2LW7 A; 1N0N A; 3KCY A; 2ZT9 B; 3AEI A; 5IYD O; 3H1I H; 2P22 C; 3AG1 B; 4TQF A; 1QLN A; 2CH7 A; 3E22 A; 4X1Y B; 2ODM A; 5LHI A; 5B1A C; 4OXS A; 1V55 C; 3CCS V; 4OX9 B; 4MT8 A; 5LMU B; 2YUA A; 2DWD C; 3CRC A; 4NXN B; 1SZX A; 3ABL B; 1VP7 A; 2W0F C; 3U0Z A; 4UCT A; 1XL6 A; 3FAV B; 5IWA O; 1FPO A; 2ZIO A; 2BCC H; 3SYQ A; 2PZS A; 5CBF A; 3RN4 A; 1AP6 A; 4O2A A; 2P4V A; 1W59 A; 5K1P A; 1M9N A; 1N34 O; 3X2Q C; 3K08 A; 1U96 A; 2V4D A; 1VF6 A; 5KHH A; 1XUQ A; 3K03 A; 4J11 A; 5B1O A; 1BHB A; 3J81 N; 4O4I B; 5GTI Z; 4TUY B; 5EYP A; 3CRA A; 3HKE A; 3K58 A; 5JQG B; 4O2B B; 1BCC H; 3UO2 A; 4WFB V; 2GBO A; 3F5W C; 2YXH A; 2UUB B; 5LYJ A; 3EVK A; 3KKY A; 4ICG A; 4I4T A; 2WLN A; 3IC7 A; 1AJQ A; 3THO A; 2Y69 B; 2IJH A; 3TET A; 3UT5 A; 1S76 D; 5BY1 A; 1NR1 A; 4RO2 A; 5CA3 A; 3JYC A; 1WPB A; 4F6R B; 2Y0I A; 4GX2 A; 2HHH O; 4TV8 B; 1T5E A; 4MSW C; 5LP6 B; 3J80 N; 1I94 O; 4W4L A; 3LDD A; 3AG3 B; 4Z2W A; 2RN9 A; 1Q43 A; 1Q7Y W; 2UXB O; 1P49 A; 1RM1 B; 3E83 A; 4EB6 B; 4FLV A; 4EFE A; 5JWP A; 1XL4 A; 4G2K A; 3B77 A; 1Y74 A; 1FYJ A; 2WSS G; 2KQX A; 3CSX A; 2RJZ A; 4JI5 B; 3ZRX A; 4N23 A; 3ABK C; 3RYC A; 4LFA O; 1Z2G A; 3UCS C; 3UO3 A; 2Q6A A; 1H38 A; 2QSA A; 4GLX A; 2Z5U A; 4MTX A; 4D7S A; 1KYO F; 4DV6 B; 1PD3 A; 3A8T A; 1MOF A; 1V54 B; 3MHH C; 4DV7 B; 3CC7 V; 1GAX A; 2XOK G; 4JYY A; 1MSW D; 2F66 C; 3QO7 A; 4JYC A; 4ZIB A; 3E22 B; 1OCC B; 3G71 V; 3AG4 B; 2PI4 A; 1ZSP A; 1L0N H; 4AQY O; 2R72 A; 2UXD B; 5EK0 A; 2ITC C; 4Z1M G; 1FS0 G; 4DV5 B; 4UXN A; 5H2F Z; 4HAM A; 4NXM O; 4UB8 Z; 4DV0 O; 3ZMV A; 3ABT A; 3ASO B; 3WFV A; 3ETE A; 2PYJ A; 1GKF A; 1SZT A; 1DTO A; 4P2Z A; 3C3S A; 1WP7 A; 1FFX B; 2QWO B; 4O2A B; 1I5X A; 4JYA O; 3K3W A; 3OTO B; 1NR7 A; 1HW7 A; 3JAW B; 1B3Q A; 2EJ7 A; 1VQ7 V; 4FFK A; 4LF4 O; 3UQ8 A; 1YCI A; 2IU3 A; 2JVD A; 4JTA B; 5LHH A; 2AXT Z; 1IZ3 A; 4MTF A; 4X9Q A; 4B3T O; 1EN5 A; 3TCU A; 3SPG A; 3HKE B; 4GKJ B; 1MAB G; 4ASU G; 1N4C A; 2GTS A; 2NNU A; 3B40 A; 3LSU A; 4PJ0 Z; 1BQZ A; 2QKS A; 1R73 A; 2WLL A; 1XBL A; 4JAS A; 4YHH O; 4B3M O; 4ZKI A; 1H8H G; 3A2F A; 1MNG A; 1NS1 A; 2V7Q G; 4KXR A; 3CRM A; 1CP9 A; 1R6N A; 3JAS B; 4FM1 A; 4I4T B; 4IT5 A; 1JJO A; 3ZN0 A; 4JI7 O; 2YDE A; 4QNH B; 3UT5 B; 3CD6 V; 2F23 A; 2QKC A; 3ZX6 A; 2X6C A; 4Q6G A; 3HR0 A; 2YEV A; 1IBK B; 2ZNI A; 2QEX V; 1LR1 A; 5FPO A; 5GTH Z; 4K0K B; 4CS2 A; 5LMN B; 3ZBH A; 1HWY A; 2BTO A; 4YIP A; 2FB5 A; 4ZI7 B; 4J7J A; 4BW5 A; 2EUL A; 3GWO A; 1HDJ A; 3HB3 B; 1OCR B; 1Y74 B; 1OCO B; 3OEH G; 3SPI A; 3LNM B; 1HNW O; 1N32 O; 1FFT B; 4Z1V A; 3QG5 A; 1GN2 A; 2OIE A; 1VQ5 V; 4B3S O; 5EC1 C; 1SA0 A; 3APO A; 1Y66 A; 4FPP A; 1PPJ H; 2Q4P A; 3IC9 A; 1XNQ B; 3X2Q B; 4X62 B; 5J2U A; 4CH3 A; 1P7B A; 3D3Q A; 1ZL8 B; 1VQL V; 5BMV A; 5CMU A; 5KHK A; 2XAQ A; 3E86 A; 3E8G A; 2R9A A; 2HJD A; 3JAK A; 1K73 W; 3G4S V; 4LFB B; 3IFX A; 2ZR2 A; 2WLI B; 5B1B C; 4GYC B; 3AG7 A; 4DV2 B; 3VBB A; 1Q86 W; 1VMG A; 1OV9 A; 5A9G A; 2CAZ C; 3DGE A; 4N21 A; 1IBM B; 4X66 O; 1WAZ A; 4LNU A; 4MW8 A; 2E74 B; 4AHC A; 1KP3 A; 1BHA A; 1S5J A; 2RDC A; 5JJN B; 3K0D A; 2EIM C; 4U7O A; 2W0X A; 1VIB A; 2UU9 B; 2Q7G A; 3FKS G; 4X64 B; 2BSK B; 4LF6 B; 2CTP A; 3CCV V; 4IL6 Z; 4DUZ O; 5JVD A; 4J9Z B; 3AG1 C; 4O4L A; 4R8C A; 1B04 A; 1PL4 A; 4ZHQ A; 1OJH A; 3W7T A; 3OM3 B; 4PI0 A; 1NVP B; 2IH1 C; 2WLL B; 3AK3 A; 1BQ0 A; 2HVJ C; 3JSL A; 4JPR A; 1XI1 A; 4P30 A; 3ZHU A; 2BTQ A; 2O57 A; 1MMM A; 1W0J G; 2F4V O; 1ZAU A; 1Q90 D; 3LNN A; 2DW4 A; 4U3F H; 1THZ A; 1SER A; 3HPL C; 2CTR A; 2NN4 A; 1SKV A; 3O65 A; 2YIC A; 5DEC A; 4BAY A; 1VQ4 V; 4YJ3 A; 4PEL A; 1R3I C; 3HKC A; 3UKM A; 2WLM A; 3K06 A; 3FB5 C; 5DED A; 2LJ2 A; 3GB7 C; 4DR6 O; 4LBE C; 2N04 A; 2VRZ A; 2G38 A; 4K3A A; 2A0L A; 2F93 B; 3OAA G; 4UCR A; 3ABU A; 1XQ8 A; 3H9V A; 1J95 A; 2DE0 X; 2EBO A; 3JCU Z; 4IYI A; 3ZMU A; 4TSF G; 5IYB O; 3JD4 A; 5GW7 A; 3ZRV A; 2DQ3 A; 1SA0 B; 2A7W A; 3S3W A; 4PDM A; 4CH4 A; 2QJ1 A; 1HNX B; 3K57 A; 1BL8 A; 1HNZ B; 1N33 O; 2Y69 C; 3OEE G; 3J7A U; 1FJG B; 4GKK B; 5BMV B; 3E8H A; 4GUN A; 1WB7 A; 2CTW A; 4DR4 B; 1AB3 A; 4EKW A; 1H8E G; 2GTA A; 2JGU A; 4GZR B; 1EFR G; 2PYL A; 5LP6 C; 4UUJ C; 2K9P A; 1TVK B; 4G28 B; 4I50 B; 3N27 A; 2YS8 A; 3BA8 A; 2P90 A; 4OPH A; 2ADP A; 4DV1 O; 1EN4 A; 4I5S A; 4UCO A; 3FAV A; 1Y67 A; 3ML0 A; 1G8M A; 2UUA B; 2HEP A; 2HJF C; 2ILM A; 3BCC H; 3CC4 V; 5K1X A; 3I55 V; 1F4M A; 5J2T B; 1YIJ V; 2UXC B; 1AR4 A; 5JVD B; 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2PUS A; 3BHP A; 3DC6 A; 3CCE V; 3OD4 A; 1FFX A; 1Q6I A; 4DUY O; 2Z0A A; 2YXL A; 3P32 A; 1H2N A; 2Z3Y A; 3W7U A; 2C2A A; 2HHH B; 3FB6 C; 3ASN C; 2P06 A; 3JAW A; 3H01 A; 1I94 B; 4DK1 A; 3M8A A; 2OIG A; 3D8C A; 2DN9 A; 3P30 A; 1UJW B; 2DMX A; 5KAF Z; 2UXB B; 1MSD A; 5L3D A; 2D3O W; 4R50 A; 4MVQ A; 1EM1 A; 2ZIN A; 4ZOL A; 1ZX3 A; 4PI2 A; 4J7K A; 5KAI Z; 2LO1 A; 3APQ A; 2P67 A; 4B7E A; 4FFB B; 1AJP A; 2XT9 A; 4H33 A; 4WFE A; 5FPR A; 1KU9 A; 4LFA B; 2L35 A; 1SQQ H; 4XDK A; 2YI9 A; 2DOS A; 1BMF G; 4L8J A; 3JAS A; 4LF5 O; 2E5L O; 1IBL O; 1VAR A; 4U7N A; 3RYI B; 1TAE A; 2Q0A A; 2D2C B; 4TV9 A; 1LUV A; 3SJQ C; 3RT3 C; 2CTQ A; 1ZTE A; 1XMO O; 2JDI G; 1XMQ O; 4AQY B; 3CEI A; 2A9H A; 2B1G A; 2W6J G; 2V1D A; 4ZI7 A; 5KA5 A; 4DW1 A; 5LGN A; 4NXM B; 4TQD A; 4DV0 B; 5FL7 G; 1SF9 A; 1DGS A; 2NLJ C; 3CS5 A; 5IYZ A; 1RPR A; 3BA9 A; 4JYA B; 4MTG A; 3CE2 A; 1RFY A; 4WBN B; 1RSO A; 1US6 A; 4J7Z A; 4LR3 A; 3RYF B; 5FLX N; 2JJ1 G; 1ZLZ A; 1QVF U; 2QTO A; 4LF4 B; 3QVN A; 1WA8 B; 1VQO V; 4DV3 O; 4X89 A; 5H6R A; 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