The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XMQ O; 2ZKO A; 1N34 O; 4DUZ O; 1HR0 O; 3M8A A; 1N36 O; 4GKJ O; 4DR3 O; 4LF7 O; 1FYJ A; 4DV0 O; 1A32 A; 1HNW O; 2UU9 O; 4A5U B; 4AQY O; 1IBM O; 1IBL O; 4LF5 O; 4DR6 O; 4NXM O; 1N32 O; 4JI6 O; 4X62 O; 3SDL A; 4B3T O; 2UXC O; 2ZM6 O; 5LL6 Y; 3T1H O; 4K0K O; 4DV6 O; 1X59 A; 4JV5 O; 4YHH O; 5H5N A; 1R6T A; 5FLX N; 2UXB O; 3F5T A; 5LMU O; 4YY3 O; 4LF4 O; 4JI5 O; 2UUA O; 1NS1 A; 5BY1 A; 4DV3 O; 4B3M O; 1N33 O; 1D2D A; 1XMO O; 4JI4 O; 1HNZ O; 4JI8 O; 3RT3 C; 4LF9 O; 5A2Q N; 2UXD O; 4DV1 O; 2Z0A A; 1XEQ A; 4LF6 O; 1KUQ A; 4LFA O; 4DV7 O; 3R66 A; 4KHP O; 4DR4 O; 4OPH A; 2LW7 A; 4JI2 O; 5IT9 N; 3T1Y O; 4DV5 O; 1XNR O; 4DR1 O; 4JI3 O; 5BXZ A; 3J7A U; 2VQF O; 5LMN O; 3J81 N; 1HNX O; 4B3R O; 4NXN O; 4LF8 O; 1R1B A; 2E5L O; 2F4V O; 2DOS A; 4DR7 O; 2AGA A; 4JI0 O; 1I94 O; 3J80 N; 4JI1 O; 4DV2 O; 1DK1 A; 4DV4 O; 2DJV A; 4GKK O; 2N74 A; 1F7Y A; 2UUB O; 4JI7 O; 4JYA O; 4OX9 O; 1IBK O; 4DR5 O; 1YZB A; 4X64 O; 4OPA A; 1FJG O; 4LFC O; 4X66 O; 4DR2 O; 1G1X B; 2UUC O; 1XNQ O; 5BR8 O; 2FKX A; 1FKA O; 1J5E O; 3O65 A; 4DUY O; 3JAM N; 3OTO O; 2JRI A; 4X65 O; 4LFB O; 5IWA O; 2VQE O; 1AIL A; 2HHH O; 4B3S O; 1AB3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LF5 B; 2Y0P A; 3TET A; 1Z5W A; 4CH3 A; 1PPJ H; 1EM1 A; 5H9C A; 1H2L A; 3BAB A; 4B08 A; 3RYF B; 1R3J C; 1MAB G; 5EBM C; 2ZIO A; 1CPY A; 3W7W A; 2GHY A; 5JVD A; 1K97 A; 3RYI A; 3AG4 C; 5CA1 A; 3K59 A; 3K5O A; 4F6R B; 1YIT V; 5IJ0 B; 3JAW A; 1JJ2 U; 1EBO A; 4JI8 B; 4UCV A; 1XOU A; 4RO2 A; 3OD4 A; 3STZ C; 1WA8 A; 3ZBH A; 1FD9 A; 3A0R A; 1KUQ A; 3OGI B; 3ZJZ A; 1K9M W; 4JZG A; 1VF6 A; 2IU0 A; 1W2B U; 5IT9 N; 3K57 A; 1Q8I A; 3K9S A; 1PNL A; 1NJI W; 2OTJ V; 2DQ3 A; 2B9Z A; 1OCO B; 2JS3 A; 2QM8 A; 5BXZ A; 2NN4 A; 5KUM A; 4DRX A; 4X20 A; 3CRQ A; 4DR3 B; 4NTW A; 2DYS B; 2Q0O C; 4MVQ A; 4HBN A; 2BSK A; 2QKA A; 2N74 A; 1MZF A; 1WPX A; 2P4V A; 3UT5 A; 4HAM A; 3JAL B; 3CMA V; 1IBK O; 4DR2 O; 1BZK A; 1FXH A; 4ABM A; 4YHH B; 1NQT A; 2YXH A; 1FKA O; 5KHG A; 5LP6 C; 4DUY O; 3CP1 A; 1SER A; 3K5M A; 3H1I H; 2GUZ B; 4CH6 A; 2KQX A; 1N4C A; 2LP7 A; 1Y76 B; 4H13 B; 3ABL C; 4EEQ A; 1XHZ A; 4MVZ A; 1QVF U; 4B3T B; 4GCZ A; 2ZM6 B; 1IBL O; 1SS3 A; 1US6 A; 4X1I B; 3OEE G; 2F66 C; 2JJ2 G; 2FTK A; 2VQF B; 5LL6 Y; 3FFQ A; 1FAF A; 1ARO P; 4NR1 A; 1SRY A; 4CZZ A; 1ENV A; 3PN1 A; 1HNZ B; 2YIB D; 4LF9 B; 1NTK H; 4PJ0 Z; 5LMU O; 3P30 A; 4MVU A; 5EBL C; 5KX5 A; 4MSW C; 1OJH A; 4ICG A; 2P5O A; 2UUA O; 3D8C A; 2ZE7 A; 1HW7 A; 4LF6 O; 2DN9 A; 3TXS A; 4DV7 O; 2CGN A; 2EIM B; 3R66 A; 1S5H C; 5JQG A; 4JI2 O; 3EXA A; 1MA1 A; 3RYF A; 3VQV A; 4RUE A; 4DV5 O; 2XT9 A; 3STL C; 5L3D A; 4GYC B; 3CS5 A; 3J7A U; 3H9V A; 5HFM A; 3ZX6 A; 3J81 N; 2HR3 A; 4QE7 A; 4F6R A; 2EJ7 A; 1R1B A; 1XL4 A; 5BZB A; 5IJ0 A; 3PJS K; 1K5Q A; 1GM9 A; 2Q68 A; 2RDC A; 4FMT A; 5FPO A; 1NZ6 A; 3CCS V; 4CH5 A; 1M1K W; 1JVM A; 3SYC A; 2VWJ A; 1WLE A; 2CH7 A; 4LFB B; 4BIO A; 1QHT A; 3ETG A; 3RWR D; 3RGB A; 3E86 A; 3ABU A; 5LXT A; 4FVM A; 1JOY A; 3CCM V; 3OEH G; 3ASO B; 3H1K H; 3WG7 C; 2JRI A; 3ZRW B; 1UPG A; 1XMQ O; 5LHH A; 4NXM B; 3ZS8 C; 2Q9L A; 1VQ7 V; 5LHG A; 3BY6 A; 1NR7 A; 4TT3 G; 4DV6 B; 4NTX A; 1H2M A; 3GVM A; 1BGY H; 4ZHQ B; 3JAL A; 4H0L B; 4LC1 A; 2YIB A; 5IDJ A; 5D5P A; 2YUA A; 2ZE5 A; 1GMG A; 3ZHQ A; 2UXD B; 1RP3 B; 3QF7 A; 4QE9 A; 5J2T B; 1Q82 W; 3O9O A; 1Q86 W; 3AK3 A; 3T2M A; 5FNV A; 3VBB A; 2GUZ A; 4U3J B; 1YF2 A; 1G6U A; 1Y76 A; 3APO A; 5IYD O; 2W0F C; 3CCV V; 3ZN1 A; 4RQE A; 3ZRS A; 2BOB C; 3BEH A; 4EB6 A; 5B1B C; 3IAY A; 2LW7 A; 4PA4 A; 2JGD B; 2XAG A; 4PI2 A; 4UV8 A; 1VQN V; 1W0K G; 4X1I A; 4DR1 O; 2E3C A; 2LFR A; 4UVA A; 3JCZ A; 1VQL V; 2F43 G; 4TSF G; 4E2L A; 3CE2 A; 1E79 G; 4LCU C; 3TGU H; 4UCO A; 1LUV A; 4FFB A; 4RWU A; 2WA3 A; 5LOV A; 2P67 A; 2AGA A; 2DJV A; 2Y0I A; 4CS3 A; 1K4C C; 1QVG U; 1MG1 A; 5A9G A; 4FM2 A; 4JF3 A; 2H94 A; 3CJH B; 5IWA B; 2KKW A; 3CCU V; 2VQE B; 4UB8 Z; 3AEI A; 4F6E A; 3M7M X; 3NR7 A; 4MVO A; 4WCE V; 2UXB B; 4JAV A; 4FM1 A; 1HR0 B; 4FLZ A; 2F23 A; 3CC7 V; 4OXS A; 3MAQ A; 1W59 A; 4LR3 A; 3RN4 A; 3RVZ A; 4QJF B; 3CSX A; 3ETD A; 3M8A A; 1FS0 G; 5IYZ A; 2A0L A; 4DR4 B; 2WLH A; 1VQO V; 4P9P A; 4NKG B; 4RQF A; 2XAQ A; 1R73 A; 2F95 B; 2R70 A; 2PI5 A; 3ABL B; 4LP8 A; 5CBH A; 1QLE C; 3UCS C; 2ZE6 A; 2X6B A; 5C8Y B; 3ZMS A; 2CAZ C; 3BHP A; 4CC5 A; 2DWD C; 4UCT A; 2PYJ A; 4TV9 B; 3SGI A; 4LF8 B; 1X59 A; 5IJ9 B; 2Y69 B; 5JH7 B; 4I7Z B; 1Q6H A; 1N33 O; 2DQ0 A; 4X1Y B; 3GWO A; 1VIB A; 2X7R B; 2ZXW C; 2QA4 V; 3FD9 A; 5LMN B; 1YVW A; 1M5I A; 4PI0 A; 1S0V A; 1B3Q A; 4DXW A; 4JI0 B; 4YJ3 B; 1I94 B; 2Q6A A; 2ILM A; 3BFR A; 1OCZ C; 1KP2 A; 1SA0 B; 1M57 B; 3DC6 A; 4X88 A; 1BE3 H; 1M93 A; 4JYA B; 3KCX A; 4HNA B; 5KHJ A; 2WLJ A; 2ODM A; 2UUB O; 4GX0 A; 4I9W A; 5EIB C; 3RW0 A; 3CC4 V; 1K7D A; 4K3A A; 5KAI Z; 3LDE A; 1L0L H; 2JGD A; 4EKW A; 3JAK A; 3LSS A; 1J5E O; 2Q67 A; 3ICX A; 1R3L C; 1KKD A; 4JYB A; 2WAM A; 4JZ2 A; 4QIW F; 1GM8 A; 4WBN A; 1HDJ A; 4DR6 B; 4ZI7 B; 2CGO A; 4I55 B; 3E83 A; 1XI1 A; 3LDD A; 3HR0 A; 2UU9 O; 3BA8 A; 2OCH A; 1G4Y B; 4LF5 O; 3T1H B; 4J11 A; 1JPX A; 4ZKI A; 1IZ3 A; 3OR6 C; 3CRC A; 2YID A; 1KU9 A; 2QDO A; 3L75 H; 3CJH A; 4U7O A; 1SET A; 4FLW A; 5H5N A; 2QSA A; 3P3N A; 3OUF A; 1QBZ A; 4FLX A; 2AHY A; 3T4Z A; 3DGE A; 4JI8 O; 1XHX A; 2K1E A; 3ZIA G; 4O4L B; 4DR5 B; 2Q0A A; 1D5N A; 2OYQ A; 4D7T A; 3Q4H B; 2QE7 G; 1GN3 A; 2CUG A; 1FXK C; 5C8Y A; 3QNE A; 5B1B B; 5B1A C; 3CWB H; 2E75 B; 5IYB O; 2VS0 A; 1AI7 A; 3OMA B; 4GZR B; 3ZHR A; 5IE9 A; 5JH7 A; 3ZRV A; 2AZ2 A; 1Q5O A; 3K0D A; 4ZIB A; 5CA3 A; 5JCO A; 3TK1 A; 2EUL A; 2IU3 A; 1LUW A; 5JJE B; 5B3S C; 3OFN G; 4QPK A; 3GB7 C; 3W7U A; 2ZDI A; 2E76 B; 1FFT B; 2EIK C; 2PI4 A; 2P4K A; 3BA9 A; 4DW1 A; 1DF5 A; 3AK2 A; 1V55 C; 1N36 B; 4FM0 A; 1CXZ B; 3E22 A; 4D6T H; 1NVP B; 2WLM A; 5HFL A; 3JAT A; 3ABM C; 5CN0 A; 1AB3 A; 1ZAU A; 3U11 A; 2HEP A; 1SA0 A; 5CMU A; 4DV0 O; 3B40 A; 1JQ0 A; 3SPH A; 4W4K A; 1IXM A; 2CTQ A; 2CTP A; 5LA6 B; 1RSO B; 1GKF A; 5AG2 A; 4I4T A; 2AW9 A; 2B5U A; 5EYP B; 3CD6 V; 3FB5 C; 5KLV H; 4B3T O; 5KMG B; 4MVR A; 3G67 A; 2ZM6 O; 5EC1 C; 4WFG A; 2IW5 A; 4FIP C; 4NYK A; 1I5X A; 2FYU H; 2DYR C; 4FK5 C; 2V4D A; 5FLX N; 1XMO B; 1K34 A; 1QNM A; 1QLE B; 3AG7 A; 4UUJ C; 3SJC C; 3DXR A; 2QGN A; 2IJI A; 5J9P C; 1HWY A; 3N2K B; 2Z5U A; 1NVP D; 1HNZ O; 4LF9 O; 1ZSP A; 4XDK A; 4ZI7 A; 3CXC U; 1GRJ A; 3M99 B; 3JAS A; 4YIP A; 1HNX B; 4TUY B; 4GX1 A; 3RVY A; 2CE4 A; 3ABT A; 5DM6 V; 3CXH F; 2ZD9 A; 1R3I C; 3S3X A; 3VQX A; 1KB9 F; 3ETE A; 3TJT A; 3A8T A; 2EIJ B; 4GKK B; 5L3C A; 1SQP H; 1OCR B; 1PD3 A; 1ZX3 A; 3CCE V; 4X64 B; 1DK1 A; 1SC5 B; 3KZI Z; 5BR8 B; 2ZIN A; 4UCS A; 1SZX A; 1RPR A; 4O4L A; 4XBF A; 2PF4 E; 1R3K C; 4PDR A; 2A3Q A; 2P7T C; 5KAF Z; 3CPW U; 4R6Z A; 2Q4P A; 4GT1 A; 1PL4 A; 1FFX B; 1YDX A; 1SZT A; 2M6Y A; 1CEZ A; 4X65 O; 4LFB O; 3Q4H A; 2KSD A; 1NTZ H; 1Q43 A; 2QWN B; 2JS5 A; 2YI9 A; 4I9Q A; 4WFA V; 5LBQ A; 1IBM B; 4NTY A; 4J7Z A; 1ORQ C; 4QGP A; 3EHB B; 2RJZ A; 3A0B Z; 1VMG A; 1FPO A; 1F4N A; 4R7C A; 1K33 A; 4NXM O; 2DWE C; 1N32 O; 2ADP A; 1SKV A; 4B7K A; 3K79 A; 4UCR A; 2UXC O; 3G6B A; 1TUB A; 1H2N A; 4AHC A; 1M56 B; 5CB4 B; 4DV6 O; 4JV5 O; 3CC2 V; 2EIN B; 1MSW D; 3X2Q B; 5GON A; 1THZ A; 2W0X A; 1BHB A; 2P90 A; 4BW9 A; 1FXV A; 3K3W A; 4KHP B; 1XL6 A; 2P06 A; 2XND G; 1BS3 A; 4H33 A; 4BR6 A; 3E2E A; 1M9N A; 3K9A A; 3OUS A; 4GUN A; 2UXD O; 2YSU B; 1U97 A; 2E74 B; 4OPH A; 4LFC B; 5LA6 A; 2JJ1 G; 2ITC C; 4IIJ A; 1H2G A; 2KG7 B; 2EIL B; 1AJN A; 2RMK B; 3F7Y C; 5IY5 B; 4BW5 A; 5JWP A; 3FB8 C; 3E8H A; 3OGC C; 4JTD B; 4PHZ A; 1IDS A; 1TUE B; 4JAS A; 3C90 A; 1FXK B; 3D36 C; 5CA0 B; 5B1A B; 3BAA A; 5K1P A; 1F4M A; 3ABK B; 3QO5 A; 5B66 Z; 2GBO A; 4JYC A; 1JFF B; 2C2A A; 4JI7 O; 2GDS A; 1YZB A; 1K73 W; 4EFB A; 1OCC C; 5B3S B; 5LGU A; 3OT7 A; 3L9D A; 4TUY A; 1N34 B; 2F93 B; 1AVM A; 1Y6X A; 3AG1 B; 4IT5 A; 5IWA O; 2VQE O; 2EIK B; 3IFX A; 2QTS A; 2CDY A; 2ZR3 A; 4UVC A; 4FLV A; 1HR0 O; 2EZO A; 2JGU A; 2ZT9 B; 3CRM A; 4X62 B; 3ABM B; 3B09 A; 2OIE A; 5KA6 A; 2ZE8 A; 4YJ2 B; 1S76 D; 2QM4 A; 1IUR A; 2D3O W; 1COW G; 4J7K A; 1YEW A; 4Z1M G; 2JEU A; 2Q7E A; 4YY3 B; 4IL6 Z; 2XAH A; 4MW8 A; 1Y67 A; 4L87 A; 4O4H B; 2L6L A; 3F5T A; 2OIG A; 2IJJ A; 4LF4 O; 1VQP V; 1TA8 A; 4H37 A; 2QWQ B; 2WSS G; 4JGS A; 3RYH B; 3CCR V; 5KA5 A; 2P22 C; 2JVD A; 3A2F A; 4NXN B; 1Y74 B; 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4PD4 F; 5FL7 G; 3ZHS A; 1N0J A; 3OMI B; 4Z1V A; 3ZRW A; 1QR8 A; 1U96 A; 3JAR B; 4O4H A; 4D7S A; 2WLN A; 2O57 A; 1H38 A; 4G28 B; 4P9O A; 3VQY A; 5JJN B; 5ITZ B; 5LGT A; 4WFE A; 3FYE B; 4B7E A; 1VQ6 V; 3C3T A; 3RYH A; 3RFR A; 4ZHQ A; 1LR1 A; 2FML A; 4MTO A; 3OMN B; 1W0J G; 2HHH B; 3D3I A; 2WLI B; 5DEC A; 1NH2 B; 1Q7Y W; 2EJR A; 2A79 B; 2D2C B; 1QLN A; 4YXW G; 5J2T A; 1H2S B; 3T4D A; 4JYY A; 2OWO A; 1ZTE A; 1N36 O; 1PKX A; 3SYA A; 4H44 B; 1HNW O; 4U3J A; 3I5D A; 4FZ0 A; 3QVN A; 3A0H Z; 4LH6 A; 1DTO A; 4KUM A; 3HKC B; 3MHS C; 1DF4 A; 1OCO C; 1ZUQ A; 4BWA A; 1VQ5 V; 1Z5V A; 1WB7 A; 2YIC A; 4JI5 B; 1WN7 A; 1GN6 A; 4B3M B; 4JTC B; 2DYS C; 3WG7 B; 4LFA B; 1K8A W; 1YJW V; 3BCC H; 3K58 A; 4U3F H; 1B06 A; 1VQK V; 3T1Y B; 2PZS A; 4PA9 A; 1XMO O; 4LWS B; 3L70 H; 3SR2 C; 5DED A; 1M4U A; 4UB6 Z; 1GM7 A; 4C7U A; 3FAV B; 2Q7H A; 4PA3 A; 1NI8 A; 5J2U A; 3OE7 G; 2HJF C; 4B3R B; 2R9A A; 3R65 A; 1QQC A; 3QO8 A; 3RYI B; 3UM7 A; 2X6A A; 2GSM B; 4LH7 A; 1SQQ H; 5CA1 B; 2HLD G; 1P7G A; 1HNX O; 1BMF G; 4DV2 B; 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