The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
31
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZM6 O; 1IBM O; 4B3M O; 1XMQ O; 4JI5 O; 4LF5 O; 4NXM O; 1NS1 A; 4JI0 O; 3M8A A; 2UXD O; 4DR4 O; 5FLX N; 5BR8 O; 4DUZ O; 4JI7 O; 4DV7 O; 2HHH O; 2UXB O; 2DJV A; 3F5T A; 4LFC O; 5IWA O; 4LF9 O; 4DR1 O; 4LF8 O; 5LMU O; 2UU9 O; 2ZKO A; 4DV4 O; 4X62 O; 2VQF O; 4AQY O; 4JI4 O; 5BXZ A; 2Z0A A; 4JI8 O; 4JV5 O; 4B3T O; 1N36 O; 4YY3 O; 5IT9 N; 5BY1 A; 2UUB O; 4DV6 O; 4GKJ O; 1F7Y A; 2JRI A; 1N32 O; 1FKA O; 4B3S O; 3JAM N; 4DUY O; 4JI1 O; 1IBL O; 4X65 O; 2DOS A; 4X64 O; 3J80 N; 4DV1 O; 4KHP O; 1XNQ O; 4B3R O; 3SDL A; 4OPH A; 4DR3 O; 1IBK O; 4YHH O; 4JI3 O; 1YZB A; 3J7A U; 4DR6 O; 1XEQ A; 1HNW O; 5LL6 Y; 5A2Q N; 3R66 A; 1FYJ A; 1HR0 O; 3RT3 C; 4NXN O; 3O65 A; 3OTO O; 1G1X B; 1FJG O; 1D2D A; 1HNZ O; 4LF6 O; 4DV2 O; 1J5E O; 4DV5 O; 4DR7 O; 4DV3 O; 4JI2 O; 5LMN O; 2N74 A; 4OX9 O; 4JYA O; 4DR5 O; 2UUA O; 4LF4 O; 1AIL A; 2LW7 A; 2UXC O; 1N34 O; 1I94 O; 4JI6 O; 2VQE O; 1DK1 A; 4A5U B; 1AB3 A; 3T1H O; 3J81 N; 3T1Y O; 4LF7 O; 5H5N A; 4OPA A; 2F4V O; 1A32 A; 4LFB O; 4DV0 O; 1XMO O; 2E5L O; 1KUQ A; 4GKK O; 4X66 O; 2FKX A; 1N33 O; 1XNR O; 1R6T A; 4LFA O; 2AGA A; 4K0K O; 1HNX O; 1R1B A; 4DR2 O; 1X59 A; 2UUC O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DW0 A; 3K5N A; 1BCC H; 3RGB A; 3EVK A; 5B1O A; 3AG1 B; 4JAU A; 5JH7 B; 4FLZ A; 2QTO A; 1PNL A; 4DV7 O; 4LF9 O; 5IJ9 B; 2UUB B; 2V7Q G; 1SQQ H; 4QPJ A; 2AZ0 A; 4UCO A; 2QM8 A; 2UXX A; 4XDJ A; 1WPB A; 3AK1 A; 3VOU A; 2Q69 A; 2JEU A; 1AI4 A; 1S5J A; 4WBN B; 5AG2 A; 1K3E A; 3ZCC A; 5EBM C; 1M93 A; 1JJ2 U; 2XAQ A; 3DC6 A; 1RPO A; 2XT9 A; 2OIE A; 3SPG A; 1AJP A; 4X65 O; 2OTJ V; 2VRZ A; 3SYQ A; 3QO7 A; 2B1G A; 3HKE B; 1Q8I A; 4MVZ A; 1ZL8 A; 3AG4 C; 4ZI7 A; 2Q0A A; 4B7K A; 5CMU A; 2EIJ B; 3CD6 V; 1NVP D; 1HNX B; 4G2K A; 1H2N A; 5B1N A; 3DSQ A; 1I94 B; 4JI6 B; 2JEX A; 3W7X A; 4O4H A; 1W2B U; 1VAR A; 2EBO A; 1KP2 A; 3G67 A; 1WNS A; 3FKS G; 2F95 B; 1QR9 A; 5LMU B; 2DW4 A; 5B3S C; 4XDL A; 1Y6X A; 3C90 A; 4PA7 A; 4X62 B; 2PY5 A; 4UV9 A; 3ZRW A; 1WP7 A; 2IBZ H; 3JYC A; 2X7R B; 5K1X A; 1OCR B; 1NT2 B; 4TQF A; 3H01 A; 1GN6 A; 1M56 B; 3GB7 C; 4PDL A; 1S3J A; 3SJQ C; 3H9V A; 2DMX A; 4ZKI A; 3DXR A; 1WLE A; 2W0F C; 2HHH B; 2AGA A; 4J7J A; 5IWA B; 4LH6 A; 3D3Q A; 4UV8 A; 5CBH A; 2ZM6 O; 1CXZ B; 2P6J A; 3W7U A; 1AVM A; 5DN6 G; 4JI8 B; 3U11 A; 3SJB C; 1GMG A; 1RM1 B; 4LH7 A; 5KA6 A; 1FXV A; 4YY3 B; 4DR1 O; 1B6Q A; 2ZKO A; 2YI9 A; 1HDJ A; 2DYR C; 2YXY A; 1K5Q A; 2Z0A A; 1IXB A; 4KFM A; 2K1E A; 1IBL B; 3CCL V; 3QO8 A; 1LNQ A; 4MVO A; 3LUT B; 4R7C A; 2ARH A; 1QNM A; 4JTD B; 4DYL A; 4IYI A; 3UM7 A; 3F7Y C; 3IC9 A; 1QVG U; 5KHJ A; 2D3O W; 4ZIB A; 4ZOL B; 1F23 A; 4MSW C; 4B3S O; 4TSF G; 5KHK A; 3RYF A; 4MVS A; 1KD1 W; 2Q7H A; 3OTO B; 4DR3 O; 4DO2 A; 5B1A C; 3CEI A; 1QLN A; 4GX1 A; 1M57 B; 2E5L B; 1FFX A; 4DR6 O; 2KG7 A; 5CA0 B; 1YI2 V; 1QHT A; 3FAV A; 1SS3 A; 4JAA A; 4HAM A; 2KSD A; 3ASO B; 1IDS A; 2Q0O C; 1VQ6 V; 3E8G A; 1AP6 A; 1WB8 A; 2WLI B; 1JR9 A; 3KKY A; 3B40 A; 5EC1 C; 3JD2 A; 2LJ2 A; 1XMO B; 3BAB A; 2VQE O; 5KA5 A; 1SQB H; 2EIK C; 1KC8 W; 4I9Q A; 3N2K B; 2Y0P A; 1AJQ A; 5IJ0 B; 3T1Y O; 1JFF A; 2F4V O; 3MD0 A; 3ABL C; 3ZHR A; 1Y67 A; 3BEH A; 3OE7 G; 4RQE A; 3ZMV A; 3L9D A; 3WB0 A; 2KKW A; 2UXB B; 4LFA O; 1G8M A; 5CA1 B; 5KHG A; 4BAY A; 5IYC O; 3CCU V; 2LGW A; 1E1Q G; 2HJD A; 3CRM A; 2X0L A; 3ETD A; 4B3M O; 3FB8 C; 4NB5 A; 5KX5 B; 2QWQ B; 5CB4 A; 1I08 A; 2ZIN A; 2CTR A; 5JCO C; 2EIL B; 1Y66 A; 1THZ A; 2R72 A; 3L72 H; 4DK1 A; 4B3T B; 4JPR A; 1N36 B; 2WLM A; 4LWS B; 4UVC A; 5JVD B; 3CRC A; 3FX7 A; 3B8N A; 3JAK B; 1YIJ V; 3CC7 V; 1PKX A; 3JD1 A; 1G6U A; 4MTG A; 1JX9 A; 3STL C; 5EBL C; 3OR7 C; 2ITD C; 1S76 D; 2UUB O; 4Z1M G; 1W59 A; 5H6R A; 3RYI A; 3G4S V; 2H94 A; 1Q81 W; 1FKA O; 2JGD A; 3T1H B; 3CJH A; 1B04 A; 4NTY A; 3QO5 A; 2BTQ B; 1OCZ C; 1IZ3 A; 5L3G A; 5LXT A; 1E79 G; 5LOV B; 2HEP A; 5JQG A; 4GX0 A; 4OX9 B; 3NXS A; 1R6K A; 2EX3 A; 1N34 B; 1QQC A; 4LNU B; 1HP8 A; 2F43 G; 3ASN B; 2ZDI C; 5H9C A; 5IYD O; 2Q8V A; 1B3Q A; 2BSK B; 4PA3 A; 4I5S A; 3K59 A; 3IFX A; 4JI2 O; 1MAB G; 4ZHQ B; 5IYZ B; 5H6Q A; 1I94 O; 4GKK B; 1MOF A; 2JJ1 G; 1KYO F; 2WLJ A; 4JI6 O; 1H8H G; 4HYO A; 3G6B A; 4FPP A; 2HFE C; 2XAF A; 4WFB V; 4LF7 O; 4OPA A; 1Y74 B; 2CTP A; 5D5P A; 1BMF G; 2YEV B; 3CSX A; 3F5W C; 2GDS A; 2FML A; 5BR8 B; 3PJS K; 4P9P A; 2CTW A; 1PP9 H; 1Q7Y W; 4NTW A; 1VQN V; 3ZMU A; 2OYQ A; 4WFF A; 2VS0 A; 1YEW A; 1OZ0 A; 2BE3 A; 3AEI A; 4I9W A; 4K3A A; 4E4E A; 1SET A; 2HHH O; 5IWA O; 1HR0 B; 4PI2 A; 1XQ8 A; 3VQX A; 5J9P C; 3P3N A; 2YSU B; 3W7S A; 1NTZ H; 1FPO A; 4JI8 O; 4UVA A; 1MG1 A; 1VF6 C; 4YY3 O; 3E8F A; 1XDC A; 1TGO A; 4RO2 A; 2Y4U A; 1GM8 A; 1PL4 A; 2XAG A; 3A8T A; 3K9S A; 4YIP A; 4FLX A; 4H44 B; 4O4L A; 2QTS A; 4BIZ A; 2Q73 A; 1IBL O; 1SKV A; 1K73 W; 1V9P A; 1XL6 A; 1SQX H; 3JAL A; 4TUY B; 1VMG A; 4O4J A; 3K04 A; 3BA9 A; 4IIJ A; 1JJO A; 2EZP A; 1YXB A; 4EFB A; 2LFS A; 1GM7 A; 5LMN B; 1OCC B; 1Q3E A; 4K0K B; 4EKW A; 3JCZ A; 3OMN B; 3RVZ A; 3OTO O; 3L73 H; 3S3X A; 3ZJZ A; 4P30 A; 3PN1 A; 3ZX6 A; 4X20 A; 2DN9 A; 3OM3 B; 4YJ3 B; 5KLV H; 1BQ0 A; 3JD4 A; 4D6T H; 1F4N A; 3CP1 A; 1H2K A; 4I4T B; 2GSM B; 2DWD C; 1TA8 A; 5GTH Z; 2A06 H; 1XMO O; 5FPO A; 4UVB A; 3RBZ A; 4JI1 B; 1YSC A; 1QBZ A; 2UU9 B; 1SZX A; 2RNB A; 3IGA C; 4TOI A; 3B8M A; 2B9Z A; 1KEC A; 4YIO A; 3CMA V; 1FXK B; 3JAS A; 2HVJ C; 4FM2 A; 2UXB O; 3CC2 V; 2CGO A; 2ZXW C; 4DV6 B; 5BMV B; 3L74 H; 1S5H C; 4I7Z B; 2E3C A; 3N2G B; 1Y4M A; 4UXN A; 4J10 A; 4H13 B; 3FB6 C; 2L35 A; 2BOC C; 3M99 B; 2XOK G; 3OT7 A; 4B3T O; 1N36 O; 3EFF K; 2HJF C; 3W7T A; 4CS3 A; 2PI4 A; 3E2E A; 4TV9 A; 4UCR A; 1ZWI C; 2R9R B; 3SYP A; 4XDK A; 4J9Z B; 2Y0I A; 3RYH B; 3TCU A; 5EZY A; 3OAA G; 4WFH A; 2IW5 A; 5DED A; 2ZE5 A; 2YIC A; 2AHZ A; 3J80 N; 2ZE8 A; 1AI7 A; 1PD3 A; 4J80 A; 5K1P A; 1AR5 A; 3QVN A; 3J7A U; 3I5D A; 1CPY A; 4X88 A; 3K5O A; 4UB8 Z; 4CBC A; 4U3J A; 1MZF A; 1W0K G; 1OHH G; 4NXM B; 2CUG A; 2YIB D; 3EHB B; 1YJN V; 2FYU H; 5JCO A; 1Q86 W; 2YIB A; 1AI6 A; 1K97 A; 3ABK B; 1MSD A; 1US6 A; 4OX9 O; 3CCM V; 4W4K A; 5L3B A; 1N34 O; 1PV0 A; 2JS3 A; 4X66 B; 3ML0 A; 3BFR A; 2Y48 A; 3ZED A; 5B5E Z; 1A32 A; 1IBM B; 4BW9 A; 5J2T A; 4OGQ B; 3CPW U; 3VBB A; 4GKK O; 1SQG A; 4MW3 A; 2P4V A; 1TAE A; 4NKG B; 1YTF B; 5KMG A; 5KHI A; 4O2B A; 2GTS A; 3K0G A; 3BA8 A; 2B5U A; 4J7K A; 4QGP A; 1V54 B; 4O4H B; 1L0L H; 5LYJ A; 3ZRS A; 3FB7 C; 3U0Z A; 5BR8 O; 3C3S A; 3L71 H; 1WPX A; 5FNV A; 3VQY A; 2E75 B; 4I55 A; 3JAW A; 3RFR A; 3AG2 C; 5IDJ A; 3UT5 A; 4FZ0 A; 2ZCE A; 3ZRW B; 1URF A; 4DUY B; 3BY6 A; 4X1I A; 2R70 A; 3TET A; 3WB1 A; 3SPI A; 4KHP B; 5BY1 A; 1OV9 A; 3JAR A; 4MT8 A; 3VQV A; 3OUS A; 2B1I A; 2VWK A; 3HKB A; 3D3I A; 1JQ0 A; 1L8D A; 4X64 O; 4MTO A; 5LA6 A; 4Z2W A; 1XNQ O; 4PI0 A; 1XEQ A; 1Q43 A; 2JGU A; 1K9M W; 5B1B C; 1BGY H; 4JYA B; 4DR5 B; 2EIN B; 4I0X A; 2ZNI A; 1JMK C; 1RSO A; 1FJG O; 4WFA V; 4AI8 A; 2RMK B; 2ZIO A; 3THO A; 5LMN O; 4MS2 A; 3O9O A; 2IJH A; 3QF7 A; 4CZZ A; 1Z2G A; 1QVF U; 4LF4 O; 3AG3 C; 2LW7 A; 3IC7 A; 1OCO C; 2D2C B; 3Q4H A; 2X6B A; 4IHJ A; 4LBE C; 2DQ0 A; 1KQS U; 3BCC H; 3RYF B; 2YC0 A; 1VF6 A; 3WU2 Z; 1NI8 A; 3LDC A; 1XMQ B; 4QPK A; 2UXD B; 1ROP A; 3ZHT A; 1NR7 A; 2FKX A; 4DUZ B; 3SPC A; 2KG7 B; 1VIB A; 1H8E G; 1LR1 A; 3SYC A; 3FAV B; 1Q6I A; 4LF8 B; 1XBL A; 5DM6 V; 5IY5 B; 3S3W A; 2JVD A; 1FS0 G; 2LO1 A; 3ZHU A; 2GUZ A; 2AW9 A; 4JI3 B; 3RVY A; 1RPR A; 1ARO P; 3TXS A; 4TV8 B; 1QLE B; 4FLV A; 1AP5 A; 1M9N A; 1VQ9 V; 2RDC A; 2UU9 O; 2LGQ A; 5JWP A; 2P90 A; 1JFF B; 3BHP A; 1VQK V; 4PJ0 Z; 4I50 A; 3I55 V; 4B3R B; 1R6N A; 2QWP B; 4DV6 O; 1KKD A; 1BHB A; 3CXC U; 2JRI A; 5C93 A; 3EXA A; 2HLD G; 3ASN C; 3A0H Z; 2IH3 C; 4DK0 A; 1GO3 F; 1TUB A; 2F66 C; 2W0X A; 3T1C A; 1WA8 B; 2IJK A; 1JVM A; 3SDL A; 1RP3 B; 3IJ4 A; 1YZB A; 4P9O A; 4CS4 A; 1N33 B; 1L0N H; 4DV3 B; 5LL6 Y; 5A2Q N; 3TK1 A; 2Q7E A; 2YI8 A; 4WBN A; 4HZ3 A; 4X89 A; 2ODM A; 2UXC B; 2KQX A; 1P7B A; 2BTO A; 2EIM B; 4LC1 A; 4JAV A; 4RUF A; 5L3E A; 2E74 B; 4PEL A; 4CH4 A; 3CME V; 3JAT B; 1NTM H; 1IVS A; 3HKD A; 3GWK C; 3RYI B; 1PNK A; 5HFM A; 2EJR A; 3HKC A; 3K08 A; 5LGN A; 4HBN A; 4R8C A; 2JGD B; 2ZNJ A; 3CJH B; 4N23 A; 2Y69 B; 3E8B A; 3UKM A; 1NU1 H; 4LF5 B; 4GYC B; 4Q20 A; 3FFQ A; 3F7V C; 4DR4 B; 3CX5 F; 1VEW A; 4J9Y B; 4MVQ A; 4X66 O; 5JQG B; 5ITZ A; 4WF9 V; 4D7T A; 4GT1 A; 3X2Q C; 1SA0 A; 5TIS Z; 1IBM O; 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2JIZ G; 1BZK A; 2YS8 A; 5LMU O; 4J41 A; 2DYR B; 1ZLZ A; 2X6C A; 1M1K W; 4X62 O; 4CH6 A; 2BOB C; 2CH7 B; 2HVK C; 1QU7 A; 2ZT9 B; 4N21 A; 4DV1 B; 4QNH B; 4QE7 A; 2DYS C; 4JF3 A; 1R3L C; 1LUV A; 5L3D A; 2LW1 A; 3SGI A; 4TWK A; 1BS3 A; 2R9I A; 3DC5 A; 4B3R O; 2Q4P A; 5B1A B; 1EBO A; 2BCC H; 3CS5 A; 3RWR D; 5J2U A; 2R9A A; 4D7S A; 4X1Y B; 2ITC C; 2DE0 X; 3JAK A; 3K0D A; 1KP3 A; 2P7T C; 1Q5O A; 1JPX A; 1GH6 A; 3O65 A; 1YF2 A; 2PYL A; 1K8A W; 4DV3 O; 3ABM C; 2OCC C; 4QJF B; 2XTA A; 1F51 A; 4RAI A; 4TV9 B; 3M7M X; 2UXC O; 2LFR A; 2EIK B; 5EZY B; 2BTQ A; 1GRJ A; 2WLL B; 2F23 A; 3ABU A; 4Q6G A; 5LP6 C; 1Q6U A; 2ETN A; 2OCH A; 5GON A; 4GX5 A; 3ABL B; 4LCU C; 4X1K A; 1WN7 A; 3APO A; 2E5L O; 2H8P C; 3ZHS A; 3D36 C; 5L3C A; 3K5L A; 4U3J B; 3K79 A; 1R1B A; 4JYC A; 3H1K H; 4LF5 O; 3CB2 A; 1S77 D; 1R3J C; 4DR4 O; 1ZSP A; 4BR6 A; 2OIG A; 4F6R B; 3AG1 C; 3ZS8 C; 4PA4 A; 3KG2 A; 3A2F A; 3STZ C; 2DJV A; 4UUJ C; 3CC4 V; 5LHH A; 2LP7 A; 3CCV V; 1H2M A; 3JCU Z; 1XHZ A; 1Y74 A; 4DV4 O; 2QE7 G; 1K5S A; 1N0N A; 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