The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQE O; 3SDL A; 5LL6 Y; 1XNQ O; 1NS1 A; 2HHH O; 1XMQ O; 4DR7 O; 1IBM O; 4LF9 O; 1HNZ O; 2E5L O; 2VQF O; 4OPA A; 4K0K O; 3J7A U; 5IT9 N; 4X62 O; 4DR6 O; 1AIL A; 4DV3 O; 1N36 O; 5IWA O; 4JI5 O; 1F7Y A; 2N74 A; 2UXD O; 4B3S O; 1IBK O; 2UUC O; 2AGA A; 4DV7 O; 4OX9 O; 4JI8 O; 4DR2 O; 4YHH O; 2UUA O; 5BY1 A; 4LF7 O; 4JI4 O; 4DV4 O; 4KHP O; 4JYA O; 1AB3 A; 4JI2 O; 1I94 O; 4A5U B; 4LF5 O; 3O65 A; 2UUB O; 4DV2 O; 4DR4 O; 3T1H O; 5H5N A; 3JAM N; 4LF8 O; 2UXB O; 4NXN O; 4DUZ O; 4DV1 O; 4X65 O; 1FYJ A; 2FKX A; 2UU9 O; 1J5E O; 1R1B A; 3J80 N; 4YY3 O; 4JI3 O; 1DK1 A; 1FKA O; 1YZB A; 5BXZ A; 4DR5 O; 4X64 O; 2ZKO A; 4X66 O; 4LF6 O; 1IBL O; 4B3T O; 4DV5 O; 1N32 O; 5BR8 O; 1A32 A; 4DR1 O; 1G1X B; 4LFC O; 1XMO O; 1N33 O; 2DJV A; 4JI6 O; 4DUY O; 4JI1 O; 1N34 O; 4JI0 O; 5FLX N; 5LMN O; 1R6T A; 3RT3 C; 2DOS A; 2Z0A A; 3OTO O; 2ZM6 O; 4LF4 O; 4AQY O; 1HR0 O; 4DV6 O; 4DR3 O; 4GKK O; 4GKJ O; 4JI7 O; 4LFA O; 1FJG O; 2JRI A; 5LMU O; 4NXM O; 4OPH A; 3T1Y O; 3R66 A; 2LW7 A; 2F4V O; 4B3M O; 4LFB O; 1D2D A; 4DV0 O; 5A2Q N; 3J81 N; 1X59 A; 3F5T A; 3M8A A; 1HNW O; 2UXC O; 1KUQ A; 1XNR O; 4JV5 O; 4B3R O; 1XEQ A; 1HNX O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JJ2 U; 1WN7 A; 3K0G A; 2IU0 A; 1AR5 A; 2Q67 A; 1QLE B; 4FLU A; 1NU1 H; 2ZE5 A; 1IBM B; 5KHI A; 3O9O A; 4ZOL A; 1V54 B; 1WPX A; 4JTD B; 2OIE A; 1YVW A; 3LDC A; 4K8Z A; 1DF4 A; 3U10 A; 3SYA A; 4UCV A; 4NTX A; 1BCC H; 1PL4 A; 1AI7 A; 1NZ6 A; 3CSX A; 4XDK A; 2Q9L A; 3SYC A; 2YSU B; 1G4Y B; 2F43 G; 1I94 O; 1BHA A; 3AG1 B; 1KD1 W; 3HKD B; 3O65 A; 4X64 B; 1Y6X A; 2V4D A; 1N32 B; 3VBB A; 3SR2 C; 4AIL C; 3H01 A; 5JJE B; 1GAX A; 1H2K A; 1PM9 A; 4I0X A; 4JI6 B; 3E89 A; 5GTH Z; 4JI3 O; 4DK0 A; 4P30 A; 1YIT V; 1NBM G; 1K9M W; 4BIZ A; 1YCI A; 2KG7 A; 4RAI A; 1F4N A; 4X66 O; 1JX9 A; 3U0Z A; 1AR1 B; 3JD3 A; 1GN2 A; 2N05 A; 4U7O A; 1HW7 A; 2ADQ B; 1XNR B; 1HNX B; 5LMN B; 4DRX A; 3ASO B; 1HP8 A; 1HR0 O; 3KG2 A; 3WB2 A; 2VQF B; 5H2F Z; 3E83 A; 1IUR A; 2GUZ B; 5DM6 V; 2NLJ C; 2H8P C; 2Y0P A; 2ZIM A; 2BTQ B; 3L72 H; 3EHB B; 4O2A A; 5DEC A; 1GH6 A; 3E22 A; 4GLX A; 3H1I H; 2WAM A; 1NQT A; 1NH2 D; 5JH7 A; 4PI2 A; 3D8C A; 4TSF G; 3BAB A; 2PF4 E; 2ZE7 A; 3HB3 B; 3QVN A; 2OYQ A; 3A2F A; 3TET A; 2XAJ A; 3I56 V; 5E79 Z; 1YTF D; 4YHH O; 4FFB A; 5JCO C; 1YF2 A; 4LH7 A; 4LF7 O; 4YY3 B; 2Y4T A; 3ICX A; 1KBH A; 4WFB V; 5J2T A; 3N2K B; 2YEV B; 1QHT A; 3BAA A; 1O9G A; 5HFM A; 2CTQ A; 5JCO A; 4ASU G; 2JJ1 G; 1NVP B; 1GM9 A; 2L35 A; 1N8R W; 3LSQ A; 1J5E O; 4HZ3 A; 2P6J A; 4X20 A; 2LJ2 A; 5KMG B; 1Q81 W; 1FXK A; 4UVA A; 4JI3 B; 4ZI7 A; 3L74 H; 4EB6 B; 2R70 A; 4PI0 A; 1THZ A; 2GTA A; 4CH3 A; 2GTS A; 1VF7 A; 2W0X A; 1VQ7 V; 1IXB A; 1MSW D; 4B7E A; 2QWN B; 1S5H C; 1BMF G; 2QTO A; 4IHJ A; 4B3R B; 1G6U A; 1VQ6 V; 2OCC B; 3AG4 C; 3OAA G; 3OTO O; 2ZM6 O; 3CS5 A; 3JAS A; 1KB9 F; 1L1F A; 4K0K B; 3LNM B; 5C8Y A; 1S0V A; 4GKJ O; 4TQF A; 4DR6 B; 2WLJ A; 4NB5 A; 3WG7 B; 1MA1 A; 1XUQ A; 4GZR B; 3CPW U; 2DYS C; 1YHQ V; 3OEH G; 5KAI Z; 4F6R A; 1X59 A; 2UXC O; 3JD1 A; 3FB7 C; 1PNM A; 1XOU A; 1Y76 A; 4QGP A; 4RQE A; 3FAV A; 4I4T A; 5FPR A; 3RN4 A; 2XOK G; 1AP6 A; 2QWQ B; 1M56 B; 2DWD C; 3B8M A; 1QBZ A; 3MAQ A; 2JGD A; 3UO3 A; 5L3F A; 1K7D A; 4LR3 A; 2F1M A; 2V7Q G; 2WSS G; 5EBM C; 3HPL C; 2Y69 B; 4KL1 A; 5LXT B; 3CC4 V; 4JI4 O; 4YHH B; 5CB4 A; 2PYL A; 4EKW A; 3JAW B; 1M4U A; 4FIP C; 2UUB O; 3ETE A; 4Q6G A; 2IJK A; 3ZIA G; 3K5M A; 3SYP A; 3HKE A; 2CK3 G; 4X1K A; 2YIC A; 1WNS A; 1VIB A; 3SPI A; 4DRX B; 1WA8 A; 2Q5Z A; 2Q8V A; 2AZ2 A; 3G67 A; 5EZY A; 3QF7 A; 4FPP A; 4LC1 A; 4R7C A; 2WLI A; 3WU2 Z; 3ZS8 C; 2LFR A; 2IU3 A; 3A0R A; 5GTI Z; 5IE9 A; 2KB1 A; 3L70 H; 4UB6 Z; 1OCC B; 1ENV A; 3LDD A; 4R8C A; 1BHB A; 4PHZ A; 4JZ2 A; 1SET A; 4PA9 A; 1R6T A; 3RT3 C; 5FL7 G; 1SF9 A; 2M6Y A; 3FYE B; 1AP5 A; 2BE3 A; 2LFS A; 2WLL B; 1EZV H; 4D7T A; 3N2G A; 3BA8 A; 2PI4 A; 4ZIB A; 3G6B A; 1FJG O; 3OTF A; 1JPX A; 5A9G A; 4NXM O; 4JI5 B; 3K9S A; 1VP7 A; 3ASN B; 3E8F A; 4G28 B; 2VWK A; 3J81 N; 4WFH A; 3CCM V; 4G2K A; 3ABM C; 1AJN A; 2UXC B; 2Q73 A; 1YJW V; 2XUM A; 4PDM A; 1NR1 A; 1NS1 A; 2HJF C; 4FVM A; 3NXS A; 3DC5 A; 3QG5 A; 2UXN A; 1V55 B; 1R3J C; 4X20 B; 3OUS A; 5GW7 A; 4TT3 G; 3UT5 A; 1L0N H; 4B3S O; 4O4J A; 4MVO A; 2D3O W; 4ZI7 B; 2X7R B; 4X65 B; 1IDS A; 2UU9 B; 3JD2 A; 3SPJ A; 3BHP A; 1VQN V; 2E75 B; 1N0J A; 3OGI B; 2IH1 C; 1QR9 A; 5EYP B; 3RYI A; 1MNG A; 1K97 A; 4DV2 O; 2JK5 C; 5GON A; 3ZHU A; 2W6I G; 3JSN A; 3K03 A; 4IHJ B; 2G38 A; 5IDJ A; 3F7V C; 1XMO B; 1I5Y A; 3JAS B; 4CC5 A; 4Z1V A; 1H8E G; 1NTZ H; 4J10 A; 4LWS A; 3X2Q B; 1K5Q A; 4FK5 C; 3CRA A; 1G8M A; 4EFB A; 1VEW A; 3FB5 C; 4F6R B; 1NTM H; 1YI2 V; 2W6J G; 1YEW A; 5KHJ A; 3R65 A; 2WLM A; 4LFB B; 4DV0 B; 4I4T B; 3OMI B; 4IIJ A; 5L3G A; 4J9Z B; 3SJB C; 4JV5 B; 1QLE C; 4JGS A; 3BA9 A; 4JTA B; 3E8B A; 3GVM A; 4KXR A; 1QVF U; 3CC2 V; 2YI8 A; 5B1A C; 3ZMS A; 4LNU A; 5IYD O; 3CE2 A; 2FYU H; 1VQO V; 1AI4 A; 1FFT B; 2BCC H; 5LA6 B; 4LFA O; 3K0D A; 5HFL A; 3JAL A; 1FJG B; 4UV8 A; 3ZRX A; 3F5T A; 3M8A A; 4CH6 A; 1HNW O; 1WLE A; 1FPO A; 1JVM A; 2QM4 A; 4XDJ A; 2YC0 A; 1XEQ A; 1VF6 C; 2FL4 A; 2YI9 A; 3AG1 C; 4NTW A; 2VRZ A; 4X1K B; 1HNZ O; 4DXW A; 1RFY A; 4OPA A; 3M7M X; 5CBH A; 4TV8 A; 3OT7 A; 3WFV A; 3ZHS A; 3Q4H A; 1J95 A; 5IWA O; 4AI8 A; 1OCZ B; 4H37 A; 4B3S B; 1JFF B; 4HNA B; 1R73 A; 2AW9 A; 2DWE C; 1R6N A; 1PPJ H; 3DGE A; 5DN6 G; 1B3Q A; 2WLI B; 1NTK H; 2ZDI A; 1B06 A; 2EIM C; 2P5O A; 3CXH F; 5EK0 A; 1OZ0 A; 4DR5 B; 1K34 A; 4YIP A; 1S5J A; 3JAK B; 1VAR A; 1AI6 A; 5CA3 A; 2DYR C; 3CRQ A; 1H38 A; 1SES A; 4QE9 A; 1ZSP A; 5EC2 C; 3RYC B; 3ZMZ A; 3DXR A; 1YZB A; 4X64 O; 4BIO A; 1N32 O; 2GSM B; 3QTC A; 4C7U A; 4K35 A; 2CE4 A; 3CP1 A; 4CH4 A; 2QKA A; 5IYZ A; 1JA8 A; 2AHZ A; 1ZLZ A; 2CAZ C; 1Z5V A; 1Q7Y W; 2QR4 A; 2Q0A A; 4JI6 O; 3IGA C; 4JI1 O; 1FFX A; 4Z1M G; 2YIB D; 3B8N A; 5EIB C; 1ZL8 B; 4O4J B; 2GV9 A; 4DR3 O; 1BT8 A; 2ILM A; 3TGU H; 3JAT A; 5JQG A; 2JRI A; 4LFA B; 1WP8 A; 1N0N A; 5EIB D; 3ABK B; 3RYI B; 2OIG A; 4U3J A; 1KP3 A; 1AR4 A; 5AG2 A; 2ZCE A; 1XNR O; 2JEX A; 4JI8 B; 3D3Q A; 1HNW B; 1BL8 A; 4EFE A; 3AEI A; 1V9P A; 1HNX O; 1AJQ A; 1RM1 C; 2VQF O; 2Z3Y A; 1OCO B; 2ARH A; 1VQ8 V; 1QCE A; 5EBL C; 1KC8 W; 1WPB A; 5L3C A; 2NN4 A; 1IXM A; 4DV1 B; 3BVO A; 2JVD A; 3NR7 A; 1NVP D; 1NKD A; 4JAU A; 1D5A A; 1Y4M A; 1SKV A; 4RWU A; 1ROP A; 3KZI Z; 4IIJ B; 2QKC A; 1JOY A; 4UCR A; 2FB5 A; 3CHX A; 1P7G A; 2DQ3 A; 1MG1 A; 4LNU B; 1FAF A; 1P4R A; 2DQ0 A; 1TUE B; 1Q82 W; 3UKM A; 1EM1 A; 2OCC C; 4YY3 O; 1QNM A; 1M90 W; 1E79 G; 2JJ2 G; 4JAV A; 5CA1 B; 4MW3 A; 5ITZ A; 4R6Z A; 3KCX A; 3JD0 A; 3K5O A; 5LGN A; 4MTX A; 1K33 A; 5IY5 B; 1A32 A; 2EJ7 A; 1QQC A; 1PNK A; 3AG3 C; 3IJ4 A; 4DUY O; 3FB6 C; 3B77 A; 4JI1 B; 4MS2 A; 4DW1 A; 2MW2 B; 1W0J G; 2KKW A; 3K59 A; 1XNQ B; 3MHH C; 4HYO A; 2XND G; 3CCU V; 2L6L A; 4GKK O; 3S3W A; 4X62 B; 4DK1 A; 4DR3 B; 4H0L B; 3RWR D; 4U3F H; 4FLZ A; 4JF3 A; 4DV7 B; 3AG2 B; 2X6A A; 1MMM A; 2RQ6 A; 4DR2 B; 4B3R O; 1EBO A; 1KYO F; 3C90 A; 5KUK A; 3B4S A; 2WA4 A; 2RCV A; 3ZN1 A; 4K0K O; 1S76 D; 4DR6 O; 2IH3 C; 5IJ9 B; 3ETG A; 3S3X A; 3I5D A; 3FX7 A; 1M9N A; 4LF8 B; 2UXB B; 1L8D A; 3DXR B; 4ZHQ B; 3PJS K; 1WB8 A; 2QKS A; 2H94 A; 2Q7H A; 4XBF A; 2IW5 A; 2FTK A; 1H2N A; 3F7Y C; 2F95 B; 5LYJ A; 3T4D A; 3ZCC A; 2EZP A; 5B1N A; 1NI8 A; 1VQM V; 3K08 A; 1SQX H; 4B3T B; 1LUV A; 1RSO A; 1FFX B; 1JQ0 A; 1YDX A; 1DLB A; 1GK9 A; 2ODM A; 2LO1 A; 1TA8 A; 4WFG A; 1R1B A; 1IVS A; 2CH7 B; 2VWJ A; 1SA0 B; 3CC7 V; 3P30 A; 4ABM A; 5JQG B; 4GX5 A; 1K5S A; 2QM8 A; 3RYH A; 1BQ0 A; 4CC6 A; 5KLV H; 3RYF B; 1IX9 A; 1M1K W; 5LMU B; 5CMU A; 3GB7 C; 3CCR V; 3RW0 A; 4E4E A; 2WLH A; 4OGQ B; 3APO A; 2YID A; 4NKG B; 4PA6 A; 4DUY B; 4FM0 A; 3MD0 A; 2ZE6 A; 5JVD B; 3OR7 C; 5D5Q A; 4LF9 B; 1V55 C; 4DW0 A; 4DV3 B; 3ZMT A; 4GKK B; 4GT1 A; 2VS0 A; 1M57 C; 2EIL B; 5KHH A; 3CXC U; 2W0F C; 1OCR B; 5LOV A; 1JJO A; 2YIA A; 1H2S B; 5CA0 A; 2JDI G; 1BS3 A; 2JIZ G; 2ZT9 B; 3LDE A; 4ZOL B; 2UUA B; 4KHP B; 4JYA B; 2HHH O; 2P67 A; 3JAR A; 4J80 A; 2JGU A; 2P7T C; 4PJ0 Z; 1F4M A; 1Q6I A; 3TXS A; 1Y66 A; 3AK1 A; 5DED A; 3T1H B; 4QPK A; 4W4L A; 4JI5 O; 3CRC A; 2UXD O; 3N27 A; 2WA3 A; 5ITZ B; 1XL4 A; 5B3S C; 4MW8 A; 2A9H A; 1K4C C; 2DW4 A; 4L87 A; 2X6B A; 1AB3 A; 5IYC O; 2P4K A; 3STZ C; 3CCS V; 1S3J A; 4A5U B; 4H33 A; 4I9Q A; 5KX5 A; 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3RYH B; 3WB1 A; 5J2T B; 3JD4 A; 1EN6 A; 4J11 A; 3CB2 A; 2A06 H; 5IYB O; 4LF5 O; 4LBE C; 2PTM A; 1IBL B; 4DR4 O; 1Y74 A; 2BSK A; 1SQQ H; 3ZJZ A; 2PGG A; 5BMV A; 1FXK B; 4TV9 A; 3OE7 G; 1I7F A; 1N33 B; 4IGG A; 1PL0 A; 4F6E A; 4B08 A; 3TK1 A; 5L3B A; 3SPH A; 4DR5 O; 4LF4 B; 2XAG A; 1F51 A; 4AHC A; 4JI7 B; 4H44 B; 3BPZ A; 4CS3 A; 3ZHQ A; 2F4V B; 3HKC A; 2HKO A; 3JAR B; 4L8J A; 4CS4 A; 3STL C; 3UM7 A; 5FLX N; 2ZNI A; 5CBG A; 2ITC C; 5C8Y B; 5E1A C; 5LHH A; 4MTO A; 1XMQ B; 3AG4 B; 1HWY A; 3H1K H; 2ZIO A; 3CMA V; 2XT9 A; 2YUA A; 3ZBH A; 2EIJ C; 3G80 A; 4QIW F; 1N36 B; 3DTU B; 1EN5 A; 3T1Y O; 2WPD G; 1Y76 B; 2DYS B; 1I5X A; 4WBN A; 3FAV B; 4CZZ A; 5KX5 B; 3WB0 A; 2PYJ A; 4UUJ C; 3CJH B; 3E8G A; 3H1J H; 2EX3 A; 2A3Q A; 2PI5 A; 2JGD B; 1V54 C; 2QSA A; 2CTP A; 1TUB A; 3ABL B; 3ZHV A; 3ZRW A; 2YXH A; 1Q6H A; 3K06 A; 3IC7 A; 3OGC C; 4J7K A; 4MVU A; 5CB4 B; 2UUC B; 3SJQ C; 5KHG A; 4JI8 O; 1BSM A; 5B66 Z; 4IYH A; 2GBO A; 1GKF A; 3HKE B; 1QLN A; 2QE7 G; 4O4L A; 4GYC B; 1WA8 B; 2CUG A; 1Z2G A; 1T5E A; 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