The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA O; 1N34 O; 1X59 A; 4KHP O; 1N32 O; 4X62 O; 4JI7 O; 1HNW O; 4YHH O; 4LF9 O; 4X64 O; 4DV3 O; 4DR4 O; 4JI1 O; 1I94 O; 4JI2 O; 1J5E O; 2HHH O; 4LF6 O; 2LW7 A; 4LFC O; 4GKK O; 5LMN O; 4LF8 O; 5LMU O; 2Z0A A; 1HNX O; 4DV2 O; 1NS1 A; 2DJV A; 1IBM O; 4DUY O; 1FYJ A; 2ZKO A; 4DR6 O; 1D2D A; 3SDL A; 4GKJ O; 4YY3 O; 1XNQ O; 5A2Q N; 3J80 N; 1XMQ O; 4DV7 O; 3F5T A; 4LF7 O; 4LF5 O; 4JI4 O; 4JI6 O; 1XEQ A; 4DV5 O; 2UUC O; 4NXM O; 3J7A U; 4JI8 O; 3T1H O; 2VQF O; 5IT9 N; 4JV5 O; 4X66 O; 1HNZ O; 2VQE O; 1DK1 A; 4JI0 O; 4LFB O; 4A5U B; 4DV4 O; 4AQY O; 4OPH A; 5BY1 A; 5LL6 Y; 4NXN O; 2ZM6 O; 1AIL A; 2UXD O; 4K0K O; 5H5N A; 4B3M O; 2N74 A; 4B3S O; 4DV1 O; 1IBL O; 3R66 A; 5FLX N; 4JI5 O; 1FKA O; 4DR1 O; 1F7Y A; 4LF4 O; 4JI3 O; 3RT3 C; 3O65 A; 4OPA A; 2AGA A; 5BR8 O; 3OTO O; 2UUB O; 1YZB A; 2UXC O; 1N33 O; 4B3R O; 2E5L O; 4DV0 O; 1HR0 O; 1N36 O; 2UU9 O; 2DOS A; 3J81 N; 4DR2 O; 1G1X B; 2F4V O; 3JAM N; 2UUA O; 4DV6 O; 1IBK O; 4LFA O; 4DR7 O; 1XNR O; 1AB3 A; 1XMO O; 4B3T O; 4X65 O; 1R6T A; 3T1Y O; 4OX9 O; 1A32 A; 4DR5 O; 2JRI A; 1KUQ A; 1FJG O; 4DR3 O; 2UXB O; 5BXZ A; 4DUZ O; 3M8A A; 4JYA O; 1R1B A; 2FKX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YC0 A; 4I0X B; 1Q86 W; 2AZ0 A; 1SKV A; 4JYA B; 1KBH A; 2P5O A; 3JAS A; 4U3J A; 3FB5 C; 3E2E A; 2CGN A; 1X59 A; 4X89 A; 3ZHQ A; 3RYC A; 3QO5 A; 4X62 O; 1N36 B; 2XAJ A; 1DTO A; 1KC8 W; 5C93 A; 1NKD A; 4JI2 O; 2KSD A; 1J5E O; 1XNR B; 1MZE A; 3ZRS A; 4FVM A; 3AK3 A; 2FB5 A; 2ILM A; 4DV2 O; 4DW1 A; 3FFQ A; 1YTF B; 2ADP A; 3ICX A; 5KHJ A; 3ABK C; 4C7U A; 3SDL A; 2X6C A; 1M93 A; 2RN9 A; 4HNA B; 1PPJ H; 3OFN G; 1XNQ O; 5KHH A; 3CYO A; 4BIU A; 2BSK A; 2P7T C; 3LSQ A; 1SQF A; 5LGU A; 1P7G A; 3LDD A; 1KD1 W; 1F4M A; 2Y4T A; 1RSO B; 5C8Y A; 5D5Q A; 2Q8V A; 3H01 A; 3JAT B; 4JGS A; 3SGI A; 4JAV A; 5IY5 C; 2BCC H; 4MT8 A; 1YJN V; 5JJJ B; 1OZ0 A; 3SJB C; 3G6B A; 2JEX A; 4X20 A; 3W7W A; 1ZSP A; 1NH2 B; 4ZI7 A; 1Z5V A; 2Y69 B; 5LHI A; 1PKX A; 3AG2 B; 1N33 O; 1IDS A; 2V4D A; 1ROP A; 3VOU A; 2VQE B; 4TSF G; 3AK1 A; 3Q4H B; 3SPC A; 1HWY A; 2ZIM A; 2WLI B; 5IJ9 B; 2X6B A; 2EIJ B; 2UXD B; 1YCI A; 1FFT B; 4UVB A; 2JRI A; 1K92 A; 5GON A; 1L0N H; 2YI9 A; 1JOY A; 1H2M A; 4ZHQ B; 3SYC A; 1TUE B; 2ZD9 A; 1NZ6 A; 1XL6 A; 3SPI A; 4B3R B; 1N34 O; 3FD9 A; 3W7X A; 4LH7 A; 1S0V A; 3AG1 B; 5FL7 G; 1RPO A; 4JI1 O; 4FLZ A; 3MDS A; 1V55 C; 2OCH A; 5H6R A; 2HHH B; 5LMU O; 2D3O W; 1NS1 A; 4O4I A; 3S3X A; 2FML A; 1PD3 A; 3OUS A; 3BVO A; 2ZXW C; 4YXW G; 1H38 A; 5A2Q N; 1K5Q A; 2G38 A; 1XMQ O; 1GN4 A; 3RYF A; 4LF5 O; 1BL8 A; 4FZ0 A; 4YHH B; 1KYO F; 4X64 B; 2XUM A; 1VQ7 V; 3EVK A; 2X6A A; 5B1N A; 3ZHS A; 1GTO A; 2XHB A; 4LWS A; 5BY1 A; 3N2K B; 4X9Q A; 1JX9 A; 4CS3 A; 2CH7 A; 4O2A A; 1S77 D; 2JK5 C; 1WPB A; 1SRY A; 1U96 A; 3H9V A; 5BR8 O; 4YJ3 B; 3CE2 A; 3HKE A; 2JGD A; 2GTS A; 1HP8 A; 1SA0 B; 2GHY A; 3D8C A; 2LO1 A; 2UXN A; 2GDS A; 1AR1 B; 2DOS A; 1Y4M A; 3J81 N; 2VWK A; 2YEV B; 5LP6 C; 1LNQ A; 4JTD B; 4D6T H; 2OCC B; 3RW0 A; 4Z1V A; 2YIC A; 3T1Y O; 4K0K B; 4OX9 O; 1ZWI C; 1TGO A; 1SC5 B; 3FB6 C; 4F6R A; 3SYP A; 2YIB A; 2H8P C; 2JIZ G; 3JAK B; 3ZMU A; 4DR3 B; 4UB8 Z; 3L71 H; 3JSN A; 3A2F A; 3ZHR A; 1XHX A; 3TJT A; 3ETG A; 2YID A; 5L3D A; 1WA8 A; 1ZLZ A; 1OCC C; 3GB7 C; 4PHZ A; 1US6 A; 1HNW O; 5EIB C; 1YIJ V; 1R3I C; 3A8T A; 1OCO B; 2LFS A; 1EBO A; 3WFV A; 5CA1 B; 5IE9 A; 4ZOL A; 1AI7 A; 1ORQ C; 5JH7 B; 5EC2 C; 2DYS C; 3STL C; 2ZDI A; 3JD0 A; 2DMX A; 5L3E A; 2PYL A; 4WFF A; 4YY3 O; 5D5P A; 2RQ6 A; 3IGA C; 3ZHV A; 5LXT B; 2YXL A; 2JGU A; 3WG7 C; 1XEQ A; 4LF9 B; 4EEQ A; 1K9M W; 4ASU G; 2JEU A; 3BA9 A; 1FD9 A; 4O4L B; 1YF2 A; 4D7S A; 4WBN B; 3MHH C; 3RBZ A; 4NXN B; 4DW0 A; 4DV1 O; 1M57 B; 2PY5 A; 3SYO A; 2ITC C; 1FKA O; 4B3S B; 4UVA A; 3K58 A; 3APQ A; 1PNM A; 4QPK A; 4BWA A; 3ZRV A; 3E89 A; 1GAX A; 3UO3 A; 1NU1 H; 1S5J A; 3F7V C; 4NXM B; 1MMM A; 3DSQ A; 1G1X B; 3OGI B; 1NTK H; 4DV6 O; 1IBK O; 3WB0 A; 3OMA B; 2P22 C; 4R50 A; 1R6T A; 1D5N A; 1TUB A; 2ZIO A; 3CRA A; 5JVD A; 4EB6 A; 5J2U A; 4LC1 A; 3DTU B; 3TET A; 3HKD B; 1KUQ A; 1EZJ A; 2ZT9 B; 4ABM A; 1ZL8 A; 2OWO A; 1QLE B; 4TWK A; 3QVN A; 2UUB B; 5KX5 A; 3D36 C; 1IZ3 A; 1XQ8 A; 4GZR B; 4TV9 B; 3ZRX A; 3B8M A; 3K0D A; 3LNM B; 4RWU A; 4JI7 B; 4LFC O; 4I5S A; 4J10 A; 3JAS B; 3DXR A; 4U3J B; 1VQM V; 2RCV A; 4LF8 O; 2A3Q A; 3RYC B; 5TIS Z; 1BMF G; 2ZE6 A; 2E74 B; 5B1A B; 3D3I A; 1QR8 A; 3OR7 C; 4AIL C; 4NR1 A; 4G27 B; 4JI6 O; 1Q8I A; 3RN4 A; 5GTI Z; 3RFR A; 2AHY A; 1YTF D; 1SQG A; 1WB7 A; 4JV5 O; 3CRR A; 1KP3 A; 4JI0 O; 4GKK B; 3EFF K; 2BSK B; 4PDL A; 3WB2 A; 3LUT B; 2Z5U A; 1OV9 A; 4EFB A; 2VS0 A; 3CSX A; 5B1B B; 5C8Y B; 4LF4 O; 1DLB A; 4FLU A; 4JI5 B; 1OCR C; 5E79 Z; 3CCS V; 3DGE A; 4MSW C; 2WA4 A; 4IL6 Z; 2QTS A; 2WA3 A; 4WCE V; 4FLX A; 4DV4 B; 1SET A; 4X20 B; 2EIK B; 4DR7 O; 3JD3 A; 4ZI7 B; 3CCU V; 4DR2 B; 3EHB B; 1NH2 D; 3JD1 A; 2GSM B; 3IAY A; 5BXZ A; 4X1K A; 2AZ2 A; 3CCJ V; 3ASO C; 3A0H Z; 1M4U A; 2IM9 A; 4PEL A; 1FXK A; 4DUZ B; 2WLN A; 4B7K A; 4I55 A; 5IWA O; 3E8F A; 5IJ0 A; 1H8H G; 1HR0 B; 4KHP O; 5K1X A; 4FJC C; 5GON B; 2XAS A; 4FMT A; 5HFL A; 3CC7 V; 4X62 B; 2ZR2 A; 5KHK A; 2CDY A; 4LF6 O; 2P90 A; 3C3S A; 4RQE A; 2LW7 A; 2ETN A; 1VAR A; 2QM4 A; 1WB8 A; 5EYP A; 3ETQ A; 4KUM A; 3NXS A; 1IX9 A; 3VQY A; 3ABM C; 1IBM O; 1AI4 A; 4DUY O; 1K8A W; 4DV2 B; 1K3E A; 3D36 A; 4PI2 A; 2ZE8 A; 4PJ0 Z; 2CTP A; 4NB5 A; 4RAI A; 2YS8 A; 3J80 N; 4FM0 A; 3P30 A; 3F5T A; 4IIJ A; 4O4I B; 4FFB A; 3HPL C; 4CC5 A; 5AG2 A; 2ZIN A; 4H37 A; 1Q6U A; 1Q3E A; 3BY6 A; 4P2Z A; 2IJI A; 3RYF B; 3UKM A; 3QF7 A; 2QDO A; 1P84 F; 5FPO A; 3B40 A; 1QQC A; 5FLX N; 1P49 A; 1MA1 A; 4PDM A; 4J11 A; 5ITZ A; 1PNK A; 4LWS B; 2HEP A; 4HAM A; 1NTZ H; 5B1O A; 1GM8 A; 4DV7 B; 3OTO O; 1IVS A; 4JI4 B; 5FPR A; 1B3Q A; 5LYJ A; 1SER A; 4WFH A; 2CH7 B; 4O2A B; 1Q6I A; 2ITD C; 3JAL B; 5JJE B; 4YJ2 A; 1U97 A; 4I9W A; 3E22 A; 4TQF A; 4XBF A; 1GMG A; 4B3T O; 3HKE B; 1R73 A; 1Y76 A; 2JGD B; 1TA8 A; 1S5H C; 2Q4P A; 1SES A; 4J9Y B; 4P9P A; 4W4L A; 4DR5 O; 2UXB O; 5HFM A; 3WU2 Z; 3RVY A; 3C3T A; 5DEC A; 1RM1 C; 3CCR V; 3JSL A; 2N05 A; 5DM6 V; 3L70 H; 4P9O A; 4F6R B; 1O9H A; 1CPY A; 1CEZ A; 4R8C A; 4UCR A; 1N34 B; 1AJQ A; 4K8Z A; 1SQX H; 2IU0 A; 3BAB A; 2HFE C; 1WA8 B; 1JR9 A; 4QGP A; 1S72 V; 1FAF A; 3ZED A; 1THZ A; 5LMU B; 2F95 B; 1Q43 A; 2DQ3 A; 4CBC A; 4ZOL B; 3ASN C; 3QTC A; 4TUY B; 2KG7 A; 3N2G A; 2PUS A; 4J9Z B; 1M56 C; 1G4Y B; 2QM7 A; 2P4V A; 3SYQ A; 3K08 A; 1HNZ O; 2KB1 A; 1HNX B; 3KKY A; 1XBL A; 3THO A; 1L0L H; 3TXQ A; 1P7B A; 5DN6 G; 4GKJ B; 4X88 A; 4PV1 B; 4JF3 A; 1VQK V; 4CH6 A; 4NTW A; 4OPA A; 1AJP A; 2M7W A; 4UB6 Z; 1K7D A; 1R3J C; 4MTF A; 3CXH F; 4UVC A; 2ZXW B; 2UUC B; 4GX1 A; 2GTA A; 2C2A A; 4H0L B; 5CMU A; 2PZS A; 1Y74 A; 5EBM C; 4X65 O; 4L87 A; 3I5D A; 2EUL A; 2PTM A; 3T1Y B; 2H94 A; 1IBL B; 3VQV A; 3TXS A; 1YJ9 V; 3ZRW A; 4Q6G A; 1OJH A; 3W7S A; 4WFE A; 1TUB B; 3CPW U; 5JVD B; 4EB6 B; 3H1L H; 5J2U B; 4FLY A; 1PM9 A; 1XHZ A; 2R9I A; 2HLD G; 4LNU A; 1ZL8 B; 4AI8 A; 1HNW B; 2DWD C; 4WFG A; 3OE7 G; 2CE4 A; 5KX5 B; 2R9R B; 4IT5 A; 1R3L C; 2CK3 G; 1ENV A; 3BHP A; 1VQ8 V; 5JCO C; 1Z5W A; 3FYE B; 3AEI A; 3K59 A; 3OMN B; 2QGN A; 1GN2 A; 1OHH G; 3N27 A; 4UFZ A; 3DXR B; 3HB3 B; 2MW2 B; 2EIM C; 3JD2 A; 1VQL V; 4YY3 B; 2Q73 A; 1Q5O A; 2EIL B; 4FM1 A; 3K5L A; 1K73 W; 4XDL A; 1MAB G; 4DK1 A; 4X66 O; 2Q0A A; 3RYI A; 1OCC B; 1YSC A; 4DRX B; 3OT7 A; 4KP4 A; 4RO2 A; 3ABL C; 3CCM V; 1LUW A; 3MHS C; 1EN5 A; 4OXS A; 4FK5 C; 2DYS B; 1WP7 A; 2BTQ A; 1YZB A; 4PA9 A; 3K79 A; 3RGB A; 4CH3 A; 4DV5 B; 2IJH A; 1N36 O; 3OTF A; 3CRQ A; 5CA3 A; 1YI2 V; 3P3N A; 2WLM A; 3WG7 B; 1BQ0 A; 2NNU A; 3ZMZ A; 1XNR O; 3CRM A; 1QHT A; 4DV6 B; 1IBK B; 4MS2 A; 3ZBH A; 1XIL A; 3K03 A; 5LOV A; 1N8R W; 2QWN B; 3JAL A; 2Q5Z A; 1A32 A; 3ETD A; 5L3G A; 1F4N A; 3K9S A; 1JJO A; 4JI3 B; 3SPG A; 3CCQ V; 1R1B A; 2W0X A; 2WPD G; 1WJZ A; 4LBE C; 2EIN B; 3SPJ A; 2PI4 A; 4X1K B; 4DR4 O; 2B9Z A; 1FXK B; 4NYK A; 3CWB H; 3CB2 A; 1R3K C; 4TQD A; 4I55 B; 1S3J A; 3OEH G; 2OT5 A; 5IJ0 B; 5LHH A; 4UCT A; 1E1Q G; 1FJG B; 3CCE V; 1VP7 A; 3E8B A; 4LF8 B; 3BCC H; 4O2B A; 5EBL C; 1Z2G A; 3UO2 A; 4HYO A; 1VQN V; 5EYP B; 5IYZ A; 1HW7 A; 4MTO A; 4DK0 A; 5K1P A; 3AG3 B; 3IFX A; 4JI6 B; 4FFK A; 2VQF O; 1VQP V; 4ZBM A; 5B5E Z; 4TUY A; 4W4K A; 2VQE O; 2KQX A; 4LFB O; 4F6E A; 3HKC A; 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2LQT A; 3RYH A; 2E75 B; 1E1R G; 3MD0 A; 2KG7 B; 3N2G B; 1NVP B; 5LA6 A; 4K0K O; 2JJ1 G; 5CN0 A; 4DRX A; 1FXH A; 3A0R A; 2DWE C; 3ABM B; 3STZ C; 4LF7 B; 4JAA A; 2K1E A; 3OTO B; 1NR7 A; 2W6J G; 3H1K H; 3FKS G; 2Q0O C; 2R72 A; 5JJN B; 3HR0 A; 1XMO O; 4HBN A; 1MNG A; 3ZS8 C; 1BQZ A; 3X2Q C; 4B3M B; 5KAI Z; 1QNM A; 3B2E E; 2X7R B; 4X1I A; 2QR4 A; 1K4D C; 1RP3 B; 3P3P A; 4BW9 A; 5CBG A; 1N0N A; 4IHJ A; 4DR5 B; 3CC4 V; 1AP5 A; 4ZKI A; 1Y74 B; 3JAR A; 2YXH A; 5LHG A; 3SYA A; 1WAZ A; 2E76 B; 4K8X A; 1WP8 A; 1N32 O; 3ZN0 A; 4LF9 O; 5JQG A; 3ZRW B; 2CTW A; 3K9A A; 2UUA B; 1I94 O; 1SQV H; 5A9G A; 3EXA A; 2PGG A; 4MW8 A; 1MSW D; 4Q20 A; 2AXT Z; 3OM3 B; 1K34 A; 2QM8 A; 4LNU B; 3JD4 A; 3QG5 A; 1Y6X A; 2L35 A; 4P30 A; 5CB4 A; 5KUK A; 1DF4 A; 3LNN A; 1ZTE A; 3GWO A; 3CJH A; 1VF6 C; 3SJC C; 1GM7 A; 1RM1 B; 2AHZ A; 3CCV V; 4RUF A; 4NXM O; 1O9G A; 4JI8 O; 4JI2 B; 1J5E B; 5CA0 A; 4J7Z A; 3UCS C; 1SQP H; 4DYL A; 1SQB H; 1HNZ B; 4PI0 A; 2ZM6 O; 2DYR B; 3LSU A; 3K57 A; 5KHI A; 2QKA A; 3RYI B; 1XNQ B; 2HVJ C; 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