The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
33
|
| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YY3 O; 1A32 A; 1XEQ A; 1N32 O; 4DV7 O; 4DR6 O; 1XMQ O; 4LF5 O; 4LF8 O; 1AB3 A; 2DOS A; 2UXC O; 1X59 A; 4LF4 O; 4LFC O; 4OPH A; 3SDL A; 5LMU O; 1F7Y A; 5H5N A; 4DV1 O; 4GKK O; 1NS1 A; 1N34 O; 4B3R O; 1N36 O; 2FKX A; 4LFA O; 4JI3 O; 1J5E O; 4AQY O; 4JI4 O; 2AGA A; 4OPA A; 3O65 A; 4DV5 O; 4KHP O; 4DR5 O; 1FYJ A; 2E5L O; 4DV6 O; 5IWA O; 4DR2 O; 5A2Q N; 2ZKO A; 4GKJ O; 1R6T A; 4DV2 O; 4X64 O; 2DJV A; 3RT3 C; 2VQE O; 4LF9 O; 4JI2 O; 1XNR O; 4JI5 O; 1KUQ A; 4DR7 O; 2N74 A; 3M8A A; 4A5U B; 1FKA O; 2VQF O; 4NXM O; 2UUA O; 1HR0 O; 1AIL A; 3T1Y O; 1FJG O; 1DK1 A; 4DR3 O; 1D2D A; 2Z0A A; 2UUC O; 1HNZ O; 4LF7 O; 1XMO O; 5BR8 O; 2HHH O; 2UU9 O; 1R1B A; 5FLX N; 4B3T O; 1I94 O; 4YHH O; 4DUZ O; 3T1H O; 4JI6 O; 4JI8 O; 4JV5 O; 1N33 O; 1YZB A; 2LW7 A; 4JI0 O; 3OTO O; 3J81 N; 1XNQ O; 4JI1 O; 3J80 N; 4JYA O; 3J7A U; 4B3S O; 1HNW O; 1IBM O; 4X62 O; 3F5T A; 4NXN O; 3R66 A; 2UUB O; 4DUY O; 1HNX O; 2UXB O; 5BY1 A; 4X66 O; 4DV0 O; 2ZM6 O; 5IT9 N; 2UXD O; 4K0K O; 5LMN O; 4DR1 O; 5LL6 Y; 1IBL O; 4JI7 O; 4LFB O; 4OX9 O; 4B3M O; 1G1X B; 5BXZ A; 3JAM N; 4LF6 O; 4DV4 O; 4X65 O; 4DR4 O; 1IBK O; 2F4V O; 2JRI A; 4DV3 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UKM A; 3CD6 V; 2QA4 V; 2RJZ A; 1EZJ A; 2XOK G; 4JI1 B; 5LHH A; 1E79 G; 1OCO B; 2OCH A; 2GUZ A; 3SPJ A; 3K9S A; 4GYC B; 1TUE B; 3ABT A; 5L3G A; 2YEV B; 1QU7 A; 1RM1 C; 2LW1 A; 1H2G A; 5IJ0 A; 1PV0 A; 1NS1 A; 3E35 A; 4JYB A; 3OGI B; 4X65 B; 2LGW A; 2ZCE A; 4HYO A; 4Z2W A; 4DR2 O; 1BHB A; 2EIN C; 3ZHR A; 3AG1 B; 2AHY A; 2ZXW C; 3RT3 C; 4MVQ A; 4Q6G A; 5IYB O; 4QNH B; 2Q0O C; 3CCE V; 3OMI B; 4U7O A; 4UVB A; 1B06 A; 4PA4 A; 1WN7 A; 3E8B A; 2L6L A; 2DQ3 A; 1YIT V; 4K8X A; 4IYH A; 2AW9 A; 4EFB A; 2X7R B; 4PI2 A; 4WFF A; 5LA6 A; 3WG7 C; 3CCU V; 1KU9 A; 2A06 H; 5IY5 C; 4LF9 B; 3J81 N; 4DR7 B; 4LWS A; 4FFK A; 2Q7H A; 4I55 A; 4H13 B; 2BOB C; 2WLM A; 4X62 O; 2PZS A; 4ZBM A; 3CCL V; 1FJG B; 2UUC B; 1JJ2 U; 5BR8 B; 2UXB O; 2ETN A; 1E1R G; 4UCR A; 5IT9 N; 4ZOL A; 5H6R A; 4QPK A; 2HEP A; 2Q69 A; 2KB1 A; 1P84 F; 2W0X A; 1R6K A; 1KQS U; 3ZMV A; 1T5E A; 4HNA A; 5B3S B; 4QIW F; 4K35 A; 4CS2 A; 1IBM B; 1Z5W A; 3A0H Z; 1ZL8 B; 2DOS A; 1AB3 A; 1LNQ A; 3DGE A; 4CH3 A; 1HNX B; 3PN1 A; 2JVD A; 3CWB H; 3QVN A; 5DM6 V; 1XDC A; 2UXC B; 4FMT A; 2UXD B; 3SJQ C; 3G6E V; 4TOI A; 2DN9 A; 1F4M A; 1RPO A; 1YDX A; 2FKX A; 4EFE A; 2NNU A; 4NB5 A; 4JF3 A; 3RWR D; 3JSL A; 2HFE C; 5EBL C; 4X64 O; 2XT9 A; 2QM8 A; 3D36 A; 1AI7 A; 3RN4 A; 2ITD C; 1KC8 W; 2N74 A; 4I0X B; 3W7W A; 1AIL A; 4FJC C; 4I9W A; 5CA1 A; 4UVA A; 3K04 A; 2QWQ B; 1R1B A; 3C3S A; 3DXR B; 2F93 B; 3IC9 A; 1K73 W; 4I4T B; 4B3R B; 3FKS G; 1N36 B; 3CRA A; 4O4H B; 4DR5 B; 2ZIN A; 4JI8 O; 3JAL B; 3BCC H; 3BA8 A; 4QPJ A; 1N33 O; 1YZB A; 1OCR B; 3GWK C; 1EBO A; 4NKG B; 1ZLZ A; 5KX5 B; 1UFI A; 1EN6 A; 2PI5 A; 4YIP A; 2ZM6 O; 4BAY A; 4FLX A; 1AP5 A; 5JVD A; 1SC5 B; 1R3K C; 5C8Y B; 4YHH B; 5JQG B; 2K1E A; 3G80 A; 1SQB H; 1KP3 A; 2FML A; 3AG4 B; 4JAV A; 2H8P C; 1M5I A; 1I7F A; 1GRJ A; 1ZX3 A; 4UCO A; 5KA6 A; 2IU0 A; 4TV8 B; 5JJE B; 1WP7 A; 2BTQ B; 1VF7 A; 3W7T A; 5H2F Z; 3L71 H; 4J80 A; 2EIJ B; 3LSQ A; 3OD4 A; 4LC1 A; 2Z5U A; 1YTF B; 3P3N A; 4LNU B; 3H1H H; 2DYS B; 1XBL A; 2R9A A; 1H38 A; 2IBZ H; 4UV8 A; 1BZK A; 2R70 A; 4ZHQ B; 1N34 B; 4KHP O; 5KMG A; 2ZKO A; 3CX5 F; 1JFF B; 4RAI A; 1PL0 A; 1NR7 A; 3H01 A; 5EBM C; 5L3F A; 2XAS A; 1Q6H A; 2Q6A A; 3CCM V; 1K9M W; 4LH7 A; 5KHK A; 3LDD A; 2OIG A; 3T1Y O; 3UO3 A; 1PNK A; 1W0J G; 1Q81 W; 3S3X A; 3ASO C; 1QQC A; 3KCY A; 4JI3 B; 4K8Z A; 3ZCC A; 5KUK A; 4AQY B; 5ITZ B; 4DV5 B; 2QE7 G; 5H6Q A; 1M90 W; 4DO2 A; 2CK3 G; 5D5P A; 4MTX A; 4NTY A; 3E8H A; 1QLE C; 1KB9 F; 1DLB A; 2EIL B; 2X0L A; 3LSU A; 1TGO A; 3PJS K; 3K59 A; 2GDS A; 4PDR A; 4LF7 B; 1ZWI C; 3KG2 A; 3FB5 C; 1D5A A; 3AK2 A; 4B3T B; 3RYC B; 1RFY A; 4WBN A; 2YC0 A; 3B40 A; 1SER A; 1W0K G; 1VQP V; 4PA6 A; 4DK0 A; 2JRI A; 1FPO A; 1EN5 A; 1RSO B; 3ZMS A; 1YJN V; 1WNS A; 1GKF A; 2CDY A; 4LF5 O; 2XAG A; 4LF8 O; 4X1K B; 2H94 A; 2WLJ A; 4JZ2 A; 4MT8 A; 4E2L A; 3JSN A; 4I50 A; 4MVZ A; 4X66 B; 4JTC B; 4NYK A; 3ZHS A; 2X6C A; 1XL6 A; 3HKE A; 3G71 V; 4XDK A; 4JI7 B; 5CA3 A; 2GUZ B; 3ASN B; 1THZ A; 2BSK B; 3U10 A; 3BFR A; 3VQV A; 1IZ3 A; 3OMN B; 4W4L A; 4J11 A; 5IJ0 B; 3APO A; 1L0N H; 2ITC C; 4IL6 Z; 2Y0P A; 2R72 A; 2WA3 A; 2VQE O; 5TIS Z; 3DC6 A; 2IJI A; 1Y66 A; 4DXW A; 4PA7 A; 2UUA O; 2ADP A; 3FD9 A; 3G4S V; 2XAJ A; 1M57 B; 3SPI A; 1K34 A; 2JGU A; 3ABU A; 1PNL A; 3AK3 A; 2ZNJ A; 4AIL C; 1VP7 A; 2HVJ C; 1YCI A; 4P2Z A; 2A9H A; 4U3J A; 2CTQ A; 1X4T A; 2QWP B; 3TK1 A; 2O57 A; 4ZIB A; 1VQ9 V; 3D3I A; 5IJ9 A; 1YI2 V; 1YTF D; 1QR8 A; 4YJ3 A; 3MD0 A; 4IGG A; 1XNQ O; 3AG7 A; 1KKD A; 4NXM B; 4B3S O; 1NTZ H; 1VF6 C; 2DMX A; 2Q7G A; 2V7Q G; 2UUB O; 5EK0 A; 2Q8V A; 2HHH B; 4LWS B; 1S0V A; 4ASU G; 2MW2 B; 1GH6 A; 4I55 B; 3RYH A; 5L3B A; 1MSW D; 2EJ7 A; 1IUR A; 4HAM A; 2V1D A; 3THO A; 3H1K H; 4AHC A; 3N2K A; 5L3C A; 4IIJ A; 1IBK O; 4OX9 B; 3SJC C; 2YSU B; 1QLN A; 2F4V O; 4H0L B; 3L75 H; 5KLV H; 4RUE A; 2IW5 A; 4DR6 O; 1XMQ O; 3K03 A; 3ETG A; 4D7T A; 3AG1 C; 5JH7 B; 4HNA B; 4CZZ A; 5LGT A; 4X88 A; 4LFC O; 2LQT A; 4DV1 O; 3A0B Z; 4UCU A; 1S76 D; 3GWO A; 2WAM A; 3NR7 A; 3CCJ V; 3CHX A; 1TVK A; 4G28 B; 4OPA A; 3O65 A; 1XOU A; 4DV6 O; 1ORQ C; 4DV3 B; 5IWA O; 2GSM B; 3CCQ V; 5EIB D; 4RO2 A; 4DV2 O; 2MK3 A; 5CMU A; 2NLJ C; 4MSW C; 3M8A A; 4IYI A; 2JJ2 G; 2P90 A; 4DR3 O; 1HNZ O; 3FYI B; 2OTL V; 3OR6 C; 3N27 A; 3W7U A; 1R3J C; 5CA1 B; 3K58 A; 4JI6 O; 1VQ8 V; 4JV5 O; 1OZ0 A; 4RQE A; 3U11 A; 1URF A; 2CAZ C; 4JI2 B; 1Y4M A; 1I08 A; 5BZB A; 2WLH A; 5KHG A; 2EIM B; 4JI1 O; 3JAR A; 3K79 A; 5B3S C; 1WA8 A; 1AJP A; 3AK1 A; 2XUM A; 1AI5 A; 2GTA A; 3HKC A; 5GW7 A; 4P9O A; 1NKD A; 3STL C; 3UO2 A; 2Q9L A; 5GTH Z; 1AJQ A; 3RGB A; 4X65 O; 3FB8 C; 3F5W C; 3JAW A; 5EBW C; 1BCC H; 1KYO F; 3RVZ A; 1GK9 A; 1V54 C; 1SES A; 1AJN A; 4OGQ B; 4U7N A; 5CBF A; 1FFT B; 3L70 H; 4KXR A; 1HNW B; 4AI8 A; 2Y69 B; 5HFM A; 1JPX A; 2X6A A; 3D3Q A; 4UV9 A; 5IDJ A; 1GM9 A; 4DK1 A; 5LOV A; 2HLD G; 4UUJ C; 4GLX A; 2ARH A; 1R73 A; 5CN0 A; 1UPG A; 3CXC U; 1L8D A; 3STZ C; 1Y74 B; 2HKO A; 3ZRW A; 4CC6 A; 2GTS A; 1IVS A; 2PYL A; 5KAI Z; 2ZDI C; 3OTF A; 5LXT B; 4DV4 B; 4DRX A; 4U3F H; 1LUV A; 3X2Q C; 2NN4 A; 4NTW A; 2E5L O; 3E22 A; 5A2Q N; 4YY3 B; 2HJF C; 3JAK A; 4FLV A; 4DV7 B; 4WFH A; 3JD2 A; 4LF9 O; 1DF4 A; 4DR7 O; 2E3C A; 3ZIA G; 4KL1 A; 1NH2 B; 4TT3 G; 2F23 A; 4BR6 A; 2AXT Z; 1AVM A; 5KMG B; 3E8F A; 1FKA O; 3UCS C; 4LF4 B; 2NR5 A; 3L72 H; 1FJG O; 3QO8 A; 1K5S A; 5A9G A; 4HZ3 A; 2UUC O; 5BR8 O; 4PV1 B; 4CBC A; 5CBH A; 5FLX N; 2IJK A; 2QWO B; 3MDS A; 2LP7 A; 4O2A B; 4TUY A; 4LFA B; 1YIJ V; 3CMA V; 1SZX A; 2BOC C; 3W7S A; 4JI4 B; 2P6J A; 3ZS8 C; 2YI8 A; 2OT5 A; 5EYP A; 5EC1 C; 4QE9 A; 2WPD G; 3AG4 C; 3ZHV A; 4DW1 A; 1IBM O; 4FFB A; 1W59 A; 2AHZ A; 4MVM A; 3R66 A; 3FAV A; 2UXN A; 1HNX O; 4NVP A; 1OCC C; 2EX3 A; 2UXD O; 1Q43 A; 1I94 B; 2EIJ C; 1WLE A; 2QEX V; 3IAY A; 1D5N A; 5LGU A; 1GN6 A; 2YXL A; 3AG2 B; 2YIB A; 3S3W A; 3OTO B; 4WBN B; 4FIP C; 2VRZ A; 1GO3 F; 3ABK C; 3UT5 A; 3RYI B; 1JCH A; 3OFN G; 2HJD A; 1QR9 A; 1AR5 A; 2QSA A; 5DED A; 2G38 A; 4X9Q A; 3KCX A; 2CE4 A; 2JJ1 G; 4DR1 B; 1F7Y A; 5L3D A; 4I7Z B; 3SR2 C; 2RQ6 A; 4B3R O; 3AG3 B; 1N36 O; 1YXB A; 4LF6 B; 2JEX A; 1M4U A; 2JDI G; 3SJB C; 1CPY A; 4DR5 O; 2Y48 A; 3BY6 A; 4QJF B; 1XQ8 A; 4FK5 C; 1OJH A; 3BEH A; 3CJH B; 3JCU Z; 3MAQ A; 1H2L A; 3ZJZ A; 2Q4P A; 2AZ0 A; 4A5U B; 1Y76 A; 1OCZ C; 2CH7 A; 4R8C A; 1SQF A; 4BIZ A; 4CH5 A; 3HKB A; 2DWD C; 2WA4 A; 4I9Q A; 4YHH O; 2JGD A; 3ZBH A; 4XBF A; 4ABM A; 5JJN B; 1DGS A; 3VQY A; 4GX2 A; 4FM1 A; 3CCR V; 2Q5Z A; 5CBG A; 4KP4 A; 4U3J B; 3P3P A; 1KBH A; 4C7U A; 5IJ9 B; 2ZR2 A; 3CB2 A; 5BY1 A; 4ICG A; 5B1A C; 3FX7 A; 2EIK C; 3I56 V; 1NH2 D; 2B5U A; 4F6R A; 4FLT A; 4MVU A; 1VQ4 V; 1GAX A; 1ZAU A; 4N23 A; 2YXY A; 2QKS A; 2CTR A; 4QE7 A; 5LP6 B; 1AI4 A; 3N2K B; 4RWU A; 4IIJ B; 2GBO A; 3OUS A; 2WLL A; 2W6J G; 3OUF A; 4W4K A; 2LFS A; 1RM1 B; 4UXN A; 4BWA A; 4JYC A; 5IYC O; 5IYZ B; 3HB3 B; 2ZNI A; 1MMM A; 5J2U A; 1MOF A; 1O9G A; 1SQP H; 2P22 C; 4P30 A; 3I55 V; 3SYA A; 3B09 A; 1BS3 A; 3LNM B; 4JI3 O; 4AQY O; 1K3E A; 1WPX A; 4DV5 O; 3WB2 A; 2EIN B; 4MTO A; 4QGP A; 2ZXW B; 3G6B A; 4CS3 A; 1N32 B; 4N21 A; 2N05 A; 3ABM C; 4X1I A; 4Z1M G; 1TVK B; 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3ZRW B; 3ABL B; 2EJR A; 3BAA A; 2KG7 A; 3TGU H; 4DRX B; 2Q67 A; 3CME V; 4TQD A; 4NXM O; 3UQ8 A; 3E22 B; 2XND G; 3JAK B; 1OV9 A; 4J7Z A; 2R9R B; 4JTA B; 1Q8I A; 4BW5 A; 4J7J A; 2EIM C; 1W2B U; 2HHH O; 3CP1 A; 3CYO A; 3T1Y B; 3O9O A; 2ATK C; 1LUW A; 2EBO A; 2YIA A; 2HVK C; 1VEW A; 4JZG A; 4TUY B; 4TV9 A; 3E86 A; 3ZRV A; 4JI5 B; 1HWY A; 1R6N A; 2E75 B; 3CCV V; 3FB6 C; 3SYQ A; 4O4J A; 1SA0 A; 5EYP B; 3ZHQ A; 1KMI Z; 2Y69 C; 4UVC A; 2DYR B; 3EVK A; 2KKW A; 1H8H G; 3CPW U; 1YJW V; 1BGY H; 1XIL A; 4O2B A; 3FAV B; 1JA8 A; 4DUZ B; 4FLW A; 5LGN A; 5F2V O; 2P5O A; 1BMF G; 2LFR A; 4DV3 O; 3TJT A; 4JI0 B; 5LA6 B; 2ZR3 A; 5LHG A; 4G2K A; 4I0X A; 4JYA B; 1NU1 H; 3LNN A; 1VMG A; 2ZDI A; 3HKD A; 1OCO C; 5B66 Z; 4DUY B; 1FS0 G; 3DXR A; 4DV0 B; 2BE3 A; 2ZE7 A; 1BL8 A; 3UT5 B; 4GKK O; 2UXX A; 5EC2 C; 4B3M B; 2JS3 A; 4ZOL B; 1ZUQ A; 1OHH G; 1N4C A; 3JAL A; 5IYD O; 2AGA A; 3RVY A; 4MVR A; 4BW9 A; 1M1K W; 2Y4T A; 1VAR A; 3TXS A; 3ZHT A; 1R6T A; 3JYC A; 3SYP A; 4UCT A; 4JI2 O; 3DC5 A; 1V9P A; 4Z1V A; 3CRR A; 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