The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
33
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KUQ A; 4DV4 O; 2HHH O; 1N33 O; 2AGA A; 4JI5 O; 2UXB O; 4X65 O; 5LMU O; 1XNQ O; 3J81 N; 4DR1 O; 2UUC O; 4LF7 O; 4K0K O; 2UUA O; 4LFC O; 2N74 A; 4NXM O; 1AB3 A; 1R1B A; 1HNX O; 4LF6 O; 5LL6 Y; 1D2D A; 1N34 O; 1R6T A; 5IWA O; 3R66 A; 4KHP O; 1IBK O; 1XMQ O; 3T1Y O; 4LF5 O; 4JYA O; 5FLX N; 1G1X B; 4DUY O; 2FKX A; 4X66 O; 4JI0 O; 1X59 A; 5LMN O; 4JI3 O; 1NS1 A; 4A5U B; 2Z0A A; 4JI8 O; 4OPH A; 2DJV A; 2UXC O; 3M8A A; 4LF8 O; 2E5L O; 3T1H O; 2DOS A; 4X62 O; 4LFB O; 4DR5 O; 5A2Q N; 4JI2 O; 2F4V O; 1FJG O; 4B3M O; 4DV1 O; 5H5N A; 1A32 A; 1XNR O; 2JRI A; 4OX9 O; 4DV3 O; 2UU9 O; 4JI1 O; 4X64 O; 2VQE O; 1I94 O; 4OPA A; 5IT9 N; 2ZKO A; 1FYJ A; 3SDL A; 4JV5 O; 1AIL A; 4LFA O; 4JI7 O; 1IBM O; 1HNZ O; 4DR7 O; 1IBL O; 3JAM N; 5BY1 A; 1XEQ A; 1FKA O; 1DK1 A; 4DR2 O; 3F5T A; 2VQF O; 4DR4 O; 5BR8 O; 4DV6 O; 4YY3 O; 4DR6 O; 3OTO O; 4B3R O; 4DR3 O; 4B3S O; 2LW7 A; 2ZM6 O; 4DV7 O; 1XMO O; 1HR0 O; 4GKK O; 5BXZ A; 4GKJ O; 1YZB A; 3RT3 C; 4NXN O; 1N32 O; 1F7Y A; 4LF4 O; 4AQY O; 1N36 O; 4DV2 O; 1J5E O; 2UUB O; 2UXD O; 4JI6 O; 3J80 N; 3J7A U; 4DUZ O; 4JI4 O; 4B3T O; 4LF9 O; 1HNW O; 3O65 A; 4YHH O; 4DV0 O; 4DV5 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q4H B; 2E74 B; 5JWP A; 4JAV A; 1WJZ A; 3C3S A; 2Q8V A; 2BSK A; 3UCS C; 2FML A; 1P7B A; 5LHI A; 4X65 B; 2CGN A; 1YTF D; 3AG4 B; 4WF9 V; 3WFV A; 1VQO V; 1XUQ A; 3AK2 A; 3CRR A; 3P32 A; 2X6C A; 1IBK O; 5EZY A; 3BA8 A; 2UUB B; 1H8E G; 3FAV B; 4MVM A; 5BMV A; 2OCH A; 4MVS A; 5JQG A; 5EIB C; 4B7K A; 5IDJ A; 3K5N A; 5LMN B; 2Z0A A; 1G6U A; 4OPH A; 4UCS A; 3SJA C; 2JGD B; 2WWW A; 3U0Z A; 2ADP A; 2QSA A; 3JCZ A; 1K34 A; 3JAW B; 4X89 A; 4EEQ A; 1K4D C; 4PJ0 Z; 4Z1M G; 1R73 A; 4OX9 O; 3AG3 B; 1FJG B; 5GTI Z; 5EC2 C; 4X9Q A; 2YEV B; 2YIA A; 4IIJ B; 4KUM A; 2WLL A; 3L75 H; 2DWD C; 4I0X B; 1V54 B; 4FMT A; 2YC0 A; 2DE0 X; 3JAM N; 4D7T A; 2QKS A; 4MTG A; 4AIL C; 5GW7 A; 1Y6X A; 3ZMS A; 5BY1 A; 5LXT A; 4LNU B; 1DGS A; 1GAX A; 4UCT A; 2ARH A; 1NU1 H; 2WLM A; 2F4V B; 1ARO P; 3IAY A; 3SPG A; 5BR8 B; 2A7W A; 1ZAU A; 4DR6 B; 3N2G B; 2WLJ A; 4W4L A; 2JJ2 G; 1RM1 B; 3EHB B; 2LO1 A; 3DC6 A; 3M99 B; 1QLE B; 1VQ6 V; 4Z2W A; 3STZ C; 3SYA A; 4F6E A; 1VQN V; 3Q4H A; 4MVU A; 3AG3 C; 2OWO A; 1NVP D; 3ASO B; 4DV2 B; 1VQ5 V; 3OGI B; 2OTJ V; 1HNW B; 1ZL8 B; 1KUQ A; 1Q86 W; 2B9Z A; 5J9P C; 1V54 C; 3ETE A; 1NH2 B; 2W0F C; 4DR1 O; 1YEW A; 1SER A; 1S5L Z; 2R9I A; 1R1B A; 2IJI A; 4RAI A; 3E2E A; 5DED A; 3R66 A; 3A8T A; 2OTL V; 3EXA A; 1K5Q A; 3WG7 B; 3LSQ A; 2FKX A; 2JS3 A; 3CRM A; 4CH5 A; 3A0R A; 3UKM A; 2Q7G A; 2DN9 A; 1AI4 A; 3KKY A; 4O4J A; 1RM1 C; 2ITD C; 3CCE V; 2F66 C; 4JI5 B; 5DEC A; 3B09 A; 5KMG B; 1BQ0 A; 1RSO A; 3NR7 A; 3ASO C; 1YIT V; 4IIJ A; 4DW1 A; 2JRI A; 3JAL B; 4BIZ A; 4B3M B; 2RMK B; 4DV1 B; 5FPR A; 1O9G A; 1XMQ B; 4MVO A; 4LCU C; 1KYO F; 4CH4 A; 1CEZ A; 4O2B A; 3C90 A; 5KLV H; 4FLV A; 3L9D A; 2EBO A; 4WFH A; 1ORQ C; 1V9P A; 1FKA O; 3OUS A; 1DK1 A; 3WG7 C; 3ZJZ A; 3N2G A; 3FYE B; 4FM2 A; 1Z5V A; 2QWN B; 2M6Y A; 1EBO A; 3A2F A; 3VQX A; 2Q9L A; 2UU9 B; 1SS3 A; 3OW2 U; 2HJD A; 4FLX A; 2CTP A; 3QTC A; 4PA9 A; 5K1X A; 5LGT A; 2Q0O C; 1N32 O; 1JR9 A; 5JCO A; 1ZL8 A; 2UUB O; 1HWY A; 2ILM A; 5CBG A; 4UB8 Z; 3UO2 A; 2JJ1 G; 5LOV A; 4AHC A; 3K58 A; 1M56 B; 3GB7 C; 4DXW A; 4U7O A; 5LGU A; 2PI4 A; 5JVD A; 2KB1 A; 4ZHQ A; 1R6N A; 4KP4 A; 1DLB A; 1Y76 A; 4J9Z B; 2ETN A; 2JK5 C; 5C8Y B; 2P5O A; 4FFB B; 2BTQ A; 1XNQ B; 3ZHQ A; 3FD9 A; 4MTO A; 4LF7 B; 5EC1 C; 2EZP A; 3H1L H; 5LGN A; 4YJ2 B; 2QEX V; 1N36 B; 4B3T B; 1YIJ V; 2F23 A; 4JI0 B; 4PI0 A; 3QO5 A; 4DV4 B; 3BFR A; 1JA8 A; 4X20 A; 1GN3 A; 1LNQ A; 3JSL A; 4MVQ A; 3RYC B; 3K5L A; 3RN4 A; 2F4V O; 2OCC B; 5J2T B; 4X62 B; 2BCC H; 2O57 A; 5EIB D; 1P7G A; 1HP8 A; 4DV3 O; 2MK3 A; 5IT9 N; 4UFZ A; 1WP8 A; 2Y4T A; 3ZRX A; 2FTK A; 1MZE A; 2EUL A; 4CZZ A; 3KCX A; 3ZRS A; 1SQG A; 1ZUQ A; 4DR7 B; 3CRQ A; 4K35 A; 1XEQ A; 3CCV V; 3CJH B; 3RYH A; 1IBL B; 4ZBM A; 2E3C A; 2QGN A; 2GSM B; 1GH6 A; 5LYJ A; 4GUN A; 2Y48 A; 2IH3 C; 3H1K H; 1XBL A; 2ZR3 A; 5IYZ B; 4BAY A; 1YTF B; 5L3E A; 2CTR A; 4GKJ O; 2ZE5 A; 2R9A A; 2ZM6 B; 2OCC C; 3ZHV A; 2NNU A; 2ZDI C; 1J5E O; 2UXD O; 3RGB A; 4H33 A; 1H38 A; 4FIP C; 1K5S A; 3JD4 A; 3CCQ V; 1AJQ A; 3ABK B; 1MSD A; 1YJW V; 1N33 O; 4JI5 O; 4JAA A; 1N8R W; 2L6L A; 1AI6 A; 2F93 B; 4YY3 B; 1S72 V; 1WA8 A; 4YJ2 A; 2UUA O; 4IHJ A; 4LWS B; 5KUM A; 2CH7 A; 4GT1 A; 2Q0A A; 2XT9 A; 5EYP B; 2E75 B; 4KHP O; 1Z5W A; 1XMQ O; 4BIO A; 3W7S A; 1NKD A; 4CBC A; 3D36 A; 3SJQ C; 2CK3 G; 2AZ2 A; 4X1Y A; 5CB4 B; 3F7V C; 5IJ0 B; 1VQ9 V; 4DV5 B; 2P06 A; 1BT8 A; 2ZDI A; 1Y66 A; 4JI8 B; 5H2F Z; 3E8B A; 4Q6G A; 3ABK C; 1SQF A; 1Q82 W; 3HKD A; 2YDE A; 2UU9 O; 3IJ4 A; 3BA9 A; 1IXM A; 1IZ3 A; 1XNR B; 5EK0 A; 3G6E V; 1WLE A; 2VQE B; 1FS0 G; 3FYI B; 2CE4 A; 2PTM A; 1NVP B; 3B8N A; 1HNZ B; 1F4N A; 3OMI B; 4QE9 A; 1QU7 A; 4MTX A; 3K9A A; 4DR4 O; 2HLD G; 1VF7 A; 2XHB A; 4JZG A; 3CXH F; 1AVM A; 4R6Z A; 5C93 A; 3OM3 B; 5GTH Z; 1COW G; 4ZI7 A; 5J2U A; 3CS5 A; 3OTO B; 1LR1 A; 4C7U A; 1UFI A; 1G4Y B; 4ASU G; 1N36 O; 4B3T O; 2QM4 A; 3E8H A; 3CHX A; 4DUZ B; 4J7J A; 4DV4 O; 2WSS G; 1OZ0 A; 4LWS A; 3ZRV A; 1W0K G; 5AG2 A; 1OCC B; 1FFX B; 4B08 A; 4F4L A; 4O2A B; 4CS3 A; 2BOB C; 5EYP A; 3APO A; 2N74 A; 4EKW A; 5CA0 B; 1BL8 A; 2NLJ C; 1FD9 A; 5HFM A; 5IYD O; 5CB4 A; 3DTU B; 3DXR A; 4LF5 O; 5FLX N; 1E1Q G; 5KHI A; 4TUY A; 4JYA B; 3L71 H; 4UCO A; 3RWR D; 3RYF A; 5FL7 G; 3KCY A; 1AR1 B; 2PYJ A; 2XUM A; 4U7N A; 2IBZ H; 3OEE G; 4DR5 B; 3G80 A; 4KFM A; 1GKF A; 4GYC B; 1KMI Z; 2DYS B; 5KA6 A; 1OCC C; 5H9C A; 2FB5 A; 5LBQ A; 3E86 A; 5EZY B; 4K8X A; 1VIB A; 2KG7 A; 4J7Z A; 4JV5 B; 4MW8 A; 5BMV B; 1TVK B; 4N21 A; 1GN2 A; 5JQG B; 2UXX A; 4EFB A; 3CCJ V; 4LP8 A; 3BAA A; 2XND G; 2P22 C; 3UQ8 A; 3SYQ A; 3GWK C; 4I9Q A; 4YY3 O; 2QKA A; 2F43 G; 1HR0 O; 3ZCC A; 2G38 A; 4B3R B; 3OR6 C; 3ZHU A; 2A06 H; 4DV7 B; 4PA7 A; 4WFF A; 2A79 B; 1NI8 A; 3VQY A; 1XIL A; 3J7A U; 3O9O A; 4O4L A; 3OMN B; 1NR1 A; 2DYS C; 3E8G A; 4TV8 A; 4DV5 O; 4O2A A; 4BW9 A; 5LXT B; 2EJ7 A; 3CC7 V; 1YJN V; 5CA0 A; 3CMA V; 5ITZ A; 2GV9 A; 3W7W A; 4RUF A; 5FNV B; 2AHY A; 3K59 A; 3UO3 A; 1IUR A; 3UT5 A; 4DK1 A; 1VEW A; 3K04 A; 1N34 B; 3TJT A; 1W59 A; 2LGQ A; 1NTZ H; 1H2G A; 2WA4 A; 3CD6 V; 1SKV A; 2UXN A; 4DUY B; 5LA6 A; 2GTS A; 2UXC O; 2Q7H A; 4LC1 A; 4LF8 O; 3K5O A; 3VQW A; 4ZOL B; 4WBN B; 1I5Y A; 2E5L B; 2Y4U A; 1NT2 B; 4J9Y B; 3OFN G; 4JI2 B; 4X64 O; 2YIC A; 4YIP A; 1TUB A; 1VQ4 V; 4QNH B; 1TVK A; 2P4K A; 2YID A; 4WFE A; 4E4E A; 1PKX A; 2WLN A; 1Y67 A; 4JI7 O; 4NKG B; 4UVB A; 2WA3 A; 3DSQ A; 4KXR A; 1EM1 A; 4L8J A; 2E76 B; 2R72 A; 1AJP A; 4JF3 A; 4B7E A; 4ICG A; 4O4J B; 2A0L A; 3AK1 A; 3H1I H; 4FLU A; 1RSO B; 1YI2 V; 2Y69 B; 4P9O A; 2FL4 A; 1BMF G; 3MDS A; 4NYK A; 2AXT Z; 1FXH A; 1YZB A; 4DR3 B; 2OIE A; 4LFA B; 3L74 H; 1SRY A; 5JH7 B; 3NXS A; 3A0H Z; 3J80 N; 4O2B B; 4TQD A; 4QPJ A; 1P84 F; 3CEI A; 3K08 A; 4AQY B; 4BR6 A; 4F6R B; 4MW3 A; 3RYI A; 4JI4 B; 3CRA A; 1KP2 A; 3S3W A; 2HHH O; 2RNB A; 3ETQ A; 4DV0 B; 1Q43 A; 3H9V A; 3STL C; 2JIZ G; 5LMU O; 1QR9 A; 5FNV A; 3CCS V; 2X7R B; 5JJE B; 1HNX O; 1H2N A; 2P6J A; 1M90 W; 4NXN B; 1KKC A; 3ZMZ A; 2Y69 C; 3LSU A; 1KEC A; 2GTA A; 3ZIA G; 3AEI A; 4ZOL A; 4WBN A; 4BIU A; 1M5I A; 5LOV B; 2B1I A; 3SR2 C; 2XTA A; 4DRX B; 4J11 A; 4LFB O; 3ZRW A; 2DW4 A; 5JVD B; 1GTO A; 1PV0 A; 5A2Q N; 4ZHQ B; 2UUC B; 1Y76 B; 2PI5 A; 1S3J A; 5H5N A; 2D2C B; 2DYR B; 4MVZ A; 1PPJ H; 3TCU A; 4RUE A; 2BTQ B; 4JI1 O; 1YHQ V; 5B3S B; 1I94 O; 1R3L C; 2RDC A; 1K92 A; 4P2Z A; 5IE9 A; 3UM7 A; 2PGG A; 2QKC A; 5L3F A; 3G71 V; 1IBM O; 4PA3 A; 2P90 A; 2PUS A; 2QR4 A; 1QNM A; 1LUW A; 2LQT A; 2XAG A; 1NTK H; 4LBE C; 3MD0 A; 1R6K A; 4X20 B; 2HJF C; 1S77 D; 3D3Q A; 1KB9 F; 4Z1V A; 5JCO C; 4DV6 O; 3FB8 C; 1K7D A; 4PI2 A; 2KQX A; 2WLH A; 3FKS G; 1YJ9 V; 1QVG U; 5JH7 A; 1XMO O; 1AP6 A; 5CA1 B; 4W4K A; 4GKK O; 1MOF A; 4RWU A; 5F2V O; 4U3F H; 2M7W A; 4F6R A; 4L87 A; 2JGU A; 1KBH A; 1EN5 A; 2DYR C; 4UVA A; 1SZX A; 3E35 A; 4RQE A; 5B3S C; 3JYC A; 5KHJ A; 3B4S A; 4EB6 A; 3K9S A; 2EIL C; 5L3B A; 1JOY A; 3X2Q B; 2OT5 A; 3RYH B; 3CX5 F; 4X65 O; 3T1C A; 1YCI A; 1QHT A; 5LYJ B; 2W0X A; 4WCE V; 4PV1 B; 3SPH A; 2GDS A; 2AHZ A; 1D2D A; 1MSW D; 2DMX A; 3SYO A; 4LF6 B; 4HZ3 A; 1MG1 A; 3ZMV A; 5IWA B; 1M93 A; 2B5U A; 5LMN O; 2CTQ A; 3BVO A; 1IVS A; 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2IH1 C; 1JFF A; 3MHH C; 4JI3 B; 4ZIB A; 1M57 C; 4FM0 A; 2UXB B; 4I5S A; 1AR5 A; 5CBF A; 2YS8 A; 3ABM C; 1G8M A; 1MAB G; 4DV1 O; 3ETG A; 4B3M O; 3HKB A; 1PNM A; 1SQQ H; 1T5E A; 2JEU A; 1V55 C; 2ZNJ A; 3DXR B; 4TSF G; 1HW7 A; 1SQB H; 3W7T A; 3EFF K; 3K79 A; 3L70 H; 4FK5 C; 2RN9 A; 4TUY B; 1S76 D; 3OAA G; 3R65 A; 1SQV H; 3VOU A; 3RYF B; 2BTO A; 1VF6 A; 1NQT A; 5HFL A; 2QE7 G; 1VQM V; 1CPY A; 5L3G A; 1UJW B; 4G28 B; 2QTO A; 2JEX A; 4TWK A; 1AI7 A; 5B1O A; 2ADQ B; 3QVN A; 1KQS U; 4CH6 A; 3RT3 C; 2H3O A; 2ZD9 A; 4B3S B; 2AW9 A; 3LUT B; 4X1I A; 2KG7 B; 2EIM B; 4D7S A; 1WPX A; 3B2E E; 2FYU H; 4LF9 B; 2YUA A; 4I55 B; 1JCH A; 3B77 A; 2C2A A; 3I5D A; 2EIN B; 4I50 A; 4GZR B; 1XNQ O; 1N0J A; 3QNE A; 1H8H G; 4LF7 O; 1CP9 A; 2H94 A; 3TET A; 1FXK A; 3T2M A; 3W7U A; 1W0J G; 4FZ1 A; 4TV9 A; 3AG1 B; 5LP6 A; 3BPZ A; 3CB2 A; 3F7Y C; 3LSS A; 2ZE6 A; 3VBB A; 4JI0 O; 3CE2 A; 1XDC A; 1E1R G; 4FZ0 A; 3H01 A; 1XI1 A; 1WPB A; 4FVM A; 4MTF A; 4WFA V; 4O4L B; 4CC5 A; 1VQK V; 1RPO A; 4U3J A; 4TV8 B; 3W7X A; 2LFR A; 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