The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
33
|
| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XMQ O; 1A32 A; 4JI2 O; 3F5T A; 3R66 A; 1FJG O; 4NXN O; 3T1H O; 3T1Y O; 2AGA A; 4DV6 O; 1D2D A; 4DR7 O; 3J7A U; 2LW7 A; 1HR0 O; 4DV1 O; 2ZM6 O; 4DR3 O; 5A2Q N; 3JAM N; 1F7Y A; 4JYA O; 3OTO O; 4DR2 O; 1XMO O; 4JI4 O; 4LF6 O; 4LFA O; 5H5N A; 2UXC O; 4GKJ O; 4OPH A; 4LF8 O; 4LF4 O; 4LF5 O; 2UU9 O; 4DUZ O; 2DOS A; 1N34 O; 1HNX O; 4DV5 O; 4JI5 O; 2HHH O; 5BR8 O; 2JRI A; 1J5E O; 4GKK O; 4DR4 O; 2VQE O; 4JI8 O; 4YY3 O; 1AB3 A; 4DV2 O; 4LF9 O; 1G1X B; 4JI7 O; 4AQY O; 4DV3 O; 4LFC O; 1NS1 A; 1KUQ A; 5BXZ A; 2UXD O; 4JI1 O; 1YZB A; 5LMN O; 4K0K O; 5IT9 N; 4DV7 O; 1R1B A; 4DV0 O; 4JI3 O; 4KHP O; 3M8A A; 2UUB O; 4DR5 O; 2Z0A A; 4DUY O; 2ZKO A; 1I94 O; 1FKA O; 4A5U B; 1AIL A; 1HNZ O; 4X66 O; 1XNQ O; 5BY1 A; 2UXB O; 3O65 A; 1N36 O; 1IBK O; 4B3T O; 1IBL O; 3RT3 C; 2N74 A; 4JI0 O; 3J80 N; 4OPA A; 1X59 A; 2UUA O; 4LFB O; 2VQF O; 4YHH O; 2UUC O; 4LF7 O; 1XEQ A; 5LL6 Y; 1FYJ A; 2DJV A; 2FKX A; 4X62 O; 4X64 O; 4JI6 O; 5IWA O; 5FLX N; 4DV4 O; 2E5L O; 4DR6 O; 1HNW O; 3J81 N; 4B3S O; 1DK1 A; 4DR1 O; 1R6T A; 3SDL A; 4NXM O; 5LMU O; 4B3R O; 1N33 O; 4B3M O; 1N32 O; 4OX9 O; 1XNR O; 1IBM O; 4JV5 O; 2F4V O; 4X65 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CBH A; 4W4K A; 3DXR B; 4MW3 A; 2OCC C; 3E8G A; 4IIJ A; 3G4S V; 2QSA A; 4WCE V; 1GAX A; 3CE2 A; 4MT8 A; 1YXB A; 1HWY A; 2K1E A; 1NQT A; 1GO3 F; 4JI1 B; 3P30 A; 3W7U A; 2LW7 A; 2HLD G; 4PI0 A; 4JI3 B; 2WA3 A; 3K08 A; 3ETG A; 1V9P A; 4X20 A; 2VWJ A; 1L1F A; 4JI4 O; 2LP7 A; 1I0H A; 3VQY A; 1K73 W; 5KX5 B; 1B6Q A; 2UXC O; 2W6I G; 1IXB A; 4LWS A; 2LJ2 A; 1ZSP A; 2WLI B; 1UJW B; 3IFX A; 4QPK A; 4B08 A; 1GM9 A; 3K57 A; 3KKY A; 5B1N A; 2V1D A; 2Y0P A; 2XAG A; 3ZJZ A; 1FXK B; 3JAW B; 4TSF G; 1YF2 A; 2A7W A; 4J7J A; 2HP8 A; 3OW2 U; 5B1O A; 4JI4 B; 2OCC B; 4X65 B; 1BE3 H; 2Q9L A; 5LP6 A; 1QR8 A; 4TUY B; 2DMX A; 2LQT A; 4X1Y B; 4CC5 A; 3CC2 V; 1E79 G; 2P06 A; 3CCL V; 2ITD C; 2OWO A; 2HG5 C; 1XNQ O; 2YXL A; 3O65 A; 1CPY A; 3WB1 A; 4DR3 B; 1I5X A; 1Q81 W; 3CRA A; 3UT5 B; 1MG1 A; 5L3E A; 1ZUQ A; 2YXH A; 4I5S A; 1XEQ A; 3SJA C; 2LW1 A; 5IWA O; 3A2F A; 1NZ6 A; 1KD1 W; 4O4L A; 2WA4 A; 4LR3 A; 1ARO P; 2YIB A; 1RSO B; 4IHJ B; 1N8R W; 1DLB A; 3SPH A; 5LGT A; 4I0X A; 4PV1 B; 4GX2 A; 3S3X A; 3E2E A; 1OCC C; 2WWW A; 4UCU A; 3R65 A; 4NXN O; 4MVS A; 3ABU A; 3GB7 C; 3CJH A; 5L3F A; 1BHA A; 1HW7 A; 1TGO A; 2HVK C; 4DR5 B; 4H44 B; 4TWK A; 2R9R B; 4BW5 A; 1WN7 A; 4PHZ A; 4GX5 A; 5GTI Z; 3ZRS A; 1GM7 A; 4ABM A; 1OZ0 A; 3JAT A; 2UU9 O; 3OUS A; 1HDJ A; 4X64 B; 3VQV A; 4O4J B; 4D6T H; 1QLE C; 1J5E O; 1K4D C; 4GYC B; 1X4T A; 4MVM A; 5LHG A; 4O4I A; 3ZRX A; 5B1A C; 4DR1 B; 3G67 A; 5B66 Z; 1IUR A; 3BAB A; 1EM1 A; 1VF5 B; 1AI7 A; 2AXT Z; 4TV9 A; 3OM3 B; 4F6E A; 3CP1 A; 3TET A; 1VQ8 V; 1FJG B; 3N2K A; 2UU9 B; 2B9Z A; 3ETD A; 1SQG A; 1AJN A; 2EZP A; 4DV1 B; 2YIA A; 4JTD B; 1QCE A; 2EIM C; 3KCY A; 1FFX B; 2UUA O; 2OIE A; 3E8F A; 5LL6 Y; 1GTO A; 1JMK C; 1H2L A; 3IGA C; 5J2U B; 5HFM A; 1URF A; 1QLE B; 1W0K G; 3W7W A; 1N32 O; 5B1A B; 3G80 A; 1PD3 A; 5LXT A; 1DGS A; 4X1K B; 2RCV A; 4FVM A; 4J41 A; 4KUM A; 4AQY B; 4LFC B; 1EFR G; 5IY5 C; 4RUF A; 3TJT A; 1JX9 A; 4DV7 B; 4MVU A; 3HKC A; 2CUG A; 5D5P A; 1PL0 A; 1K8A W; 2EIN C; 1N32 B; 2EIM B; 4LFA O; 1N36 B; 5GON A; 1FPO A; 4JTC B; 4TV8 B; 4LF4 O; 4JAV A; 4XDK A; 3SPG A; 3CMA V; 4GX1 A; 4LF7 B; 1Q3E A; 5D5Q A; 1AP6 A; 2HEP A; 3M99 B; 4EFB A; 2XAJ A; 2JS5 A; 2P6J A; 5EC2 C; 2ZXW C; 4H37 A; 2WLL A; 1W59 A; 2YSU B; 3OFN G; 3ASO C; 1QQC A; 1F4M A; 2CH7 B; 5LGU A; 1BS3 A; 4LFA B; 3UQ8 A; 4R50 A; 3JCU Z; 2B5U A; 3TXS A; 5IY5 B; 2BOC C; 4LF4 B; 4KHP O; 3TGU H; 2G38 A; 3RYC A; 4ZI7 A; 4DUY O; 2QGN A; 1XBL A; 2ZE5 A; 3APQ A; 1FKA O; 1AIL A; 3G6B A; 1YDX A; 2A0L A; 3K5O A; 4AI8 A; 1IX9 A; 1PNK A; 4UV9 A; 4B3T O; 1F51 A; 1M56 C; 4CS2 A; 2EIN B; 1E1R G; 1VIB A; 4CH5 A; 3OTO B; 2BCC H; 1ORQ C; 1MSW D; 2D3O W; 5JQG A; 3QTC A; 3K5M A; 3F5W C; 3JAS A; 1G6U A; 4FMT A; 4FJC C; 3TXQ A; 3ZRW B; 2ZXW B; 1SET A; 2PUS A; 3CCJ V; 5FPR A; 4CH4 A; 4DXW A; 1A32 A; 5LYJ A; 3RYI A; 4J11 A; 4P30 A; 3BA9 A; 1D2D A; 1NI8 A; 1SQF A; 1WB7 A; 2ZIN A; 3SPC A; 1AR5 A; 1GRJ A; 3SYQ A; 5A2Q N; 1JJO A; 4EB6 B; 4JYA O; 2BTQ A; 2QE7 G; 5LHI A; 1M56 B; 3BY6 A; 4Z1V A; 2GTA A; 4DRX A; 1L0L H; 4LF5 O; 4RQE A; 1HNX O; 3TK1 A; 1M93 A; 2Q68 A; 3N2G A; 4CS3 A; 2Y0I A; 1VP7 A; 1GK9 A; 2YID A; 1N0J A; 4DR4 O; 3CCE V; 5TIS Z; 3ETE A; 4DV2 O; 4K8Z A; 3QO7 A; 4NXM B; 1NVP D; 2VWK A; 3OAA G; 4OX9 B; 1FD9 A; 3GWK C; 2OCH A; 3QF7 A; 4R8C A; 4I4T A; 4UCS A; 2UUB O; 1H2K A; 3K03 A; 3AG7 A; 3JD2 A; 1AR1 B; 1VQK V; 4DR4 B; 1SA0 B; 5CA0 B; 3ZX6 A; 3QVN A; 4YXW G; 5IYB O; 3RT3 C; 2DYR B; 3W7S A; 2BE3 A; 2XTA A; 3SPI A; 3J80 N; 4O2A A; 5H6R A; 1BQZ A; 1XUQ A; 4LF6 B; 1M57 C; 3EHB B; 3OE7 G; 3VQX A; 4OXS A; 1K4C C; 4DR6 O; 1JQ0 A; 3CRM A; 1Q7Y W; 3AK2 A; 3ZMS A; 4F4L A; 3S3W A; 3GVM A; 1WAZ A; 5IE9 A; 3F7V C; 2A06 H; 1XNR O; 1IBM O; 2Z5U A; 4L8J A; 1Q43 A; 3C3T A; 1VAR A; 1CP9 A; 2ZDI C; 4WF9 V; 2ZD9 A; 4K35 A; 2UXD B; 1KC8 W; 2FYU H; 3FB6 C; 1H8H G; 1U96 A; 1YIJ V; 2PY5 A; 3H1I H; 3JAM N; 2ADQ B; 1P7B A; 2CDY A; 3F7Y C; 4UVB A; 2RN9 A; 1TA8 A; 1M57 B; 5A9G A; 1KKD A; 5EK0 A; 3CCR V; 4X62 B; 5LA6 B; 5ITZ B; 2Y4T A; 1GM8 A; 3ZBH A; 2IBZ H; 4CZZ A; 3LSS A; 2H8P C; 5EZY A; 2X6B A; 1R73 A; 4JI7 O; 1FS0 G; 3B8N A; 2AHZ A; 2QA4 V; 1XMQ B; 2LGW A; 2ZT9 B; 4YJ3 B; 3CRQ A; 3K9S A; 1GMG A; 4PD4 F; 4I50 A; 3E22 B; 2FB5 A; 2CTR A; 4WFB V; 4UCR A; 3ZIA G; 5CB4 B; 1QHT A; 1VQ7 V; 2P4K A; 3SPJ A; 4FM2 A; 1AVM A; 2PTM A; 1NTZ H; 1NH2 D; 5IJ0 B; 2QWN B; 4LFB O; 3ABM C; 4JI7 B; 1ZWI C; 1YJ9 V; 2VS0 A; 3A8T A; 1B04 A; 4UUJ C; 4GT1 A; 5EBL C; 4WBN B; 3D36 A; 2JJ1 G; 4GX0 A; 2DWD C; 2QM8 A; 3OD4 A; 4FLY A; 3SDL A; 2HKO A; 3ABL C; 4FZ0 A; 2VQE B; 2F4V O; 2PYJ A; 5KX5 A; 3K0D A; 2YIC A; 4JI8 B; 2AZ2 A; 4PDR A; 1S0V A; 1N4C A; 3JAR B; 2BTO A; 2QKA A; 2X7R B; 2KG7 B; 1VQO V; 1Q6I A; 3C3S A; 2UXN A; 5FNV B; 2P4V A; 2DQ3 A; 4PI2 A; 1BL8 A; 4WFF A; 2GBO A; 3MHS C; 3JAW A; 2YI8 A; 1S76 D; 3ZHV A; 2N04 A; 3RVZ A; 4LF8 O; 1JPX A; 3ABM B; 1JR9 A; 4JI0 B; 4MVR A; 4TUY A; 4H0L B; 5DEC A; 2XAQ A; 4X1Y A; 5BR8 O; 1YCI A; 1H8E G; 5EIB D; 5JJE B; 1K7D A; 3C90 A; 3N27 A; 5H9C A; 2D2C B; 5EYP B; 3WG7 B; 4B3R B; 2EX3 A; 3UT5 A; 4FLT A; 4LF9 O; 1KKC A; 4J7Z A; 1D5N A; 1NS1 A; 3JAK B; 1VQL V; 1SER A; 1BT8 A; 4MTO A; 1S77 D; 1VF6 A; 2RMK B; 4K0K O; 3EVK A; 4YIP A; 1WJZ A; 1RSO A; 4U3J A; 4O2B A; 4IHJ A; 5CA1 A; 4FLW A; 4HBN A; 4K8X A; 3BFR A; 3AG4 C; 2CK3 G; 1IBL O; 1QVG U; 1M4U A; 1NTM H; 1P84 F; 2WLM A; 1JA8 A; 2UUC O; 2XT9 A; 2ITC C; 2UXC B; 2E5L O; 2Z3Y A; 2IU0 A; 4K0K B; 1US6 A; 4H33 A; 1Q8I A; 2GTS A; 4IGG A; 1V55 C; 3FD9 A; 3LDC A; 3ZN0 A; 4I7Z B; 1WP8 A; 3LSQ A; 4QIW F; 4QPJ A; 1XHX A; 3ZN1 A; 2CGO A; 2GUZ B; 1OCZ C; 3T1Y O; 4O4J A; 4WFH A; 4DK0 A; 1YIT V; 3O9O A; 3E8B A; 4F6R A; 1XMO O; 3AG4 B; 2GDS A; 2WLN A; 1QNM A; 5LOV B; 1XNQ B; 1K5Q A; 5BZB A; 1P49 A; 2E76 B; 1I5Y A; 3I55 V; 3ZMZ A; 2FTK A; 3HKD A; 3LNM B; 2ZIM A; 1M9N A; 3JCZ A; 3IC9 A; 1MNG A; 5IWA B; 3ZCC A; 4IYH A; 1WNS A; 3FFQ A; 4BAY A; 3IC7 A; 1SZX A; 4R7C A; 1V55 B; 4YY3 O; 3RYF B; 1FFX A; 2LGQ A; 1TUE B; 2YXY A; 3U11 A; 3HKE B; 5LMN O; 1OCZ B; 3ZHQ A; 1S5J A; 5J2U A; 4NXN B; 1OCO C; 4K3A A; 1ZX3 A; 2Z0A A; 1W0J G; 2CE4 A; 2IJK A; 2KB1 A; 2P7T C; 1SQP H; 1Y74 B; 2UXB O; 1JVM A; 3SYO A; 2F66 C; 5CMU A; 1S5L Z; 4XDJ A; 2EIK C; 1IBK O; 4H13 B; 3OEE G; 4U7N A; 4X1K A; 2QR4 A; 2B1I A; 3T4D A; 5IJ9 B; 1OCC B; 4AIL C; 1HNW O; 2HR3 A; 2XND G; 3THO A; 3RYH B; 5BMV A; 1K97 A; 4JZ2 A; 4BR6 A; 3ZRV A; 5GTH Z; 4DW0 A; 1J5E B; 2JJ2 G; 4RAI A; 5CBF A; 4I0X B; 3MAQ A; 2UXB B; 4L87 A; 1B3Q A; 2F23 A; 3F5T A; 3SJQ C; 3A0B Z; 3JAL B; 4QE9 A; 4TV8 A; 4PA9 A; 2Q5Z A; 1R3I C; 1VQ9 V; 3T1H O; 3UO2 A; 5K1P A; 3FX7 A; 4LNU B; 4DK1 A; 2PZS A; 4FLU A; 5JVD A; 4I55 B; 3CB2 A; 1OCO B; 2ZM6 O; 3MDS A; 1MZF A; 4FFB B; 3BAA A; 3E35 A; 1F7Y A; 4JF3 A; 2KKW A; 1R3K C; 2YEV B; 4X88 A; 4J42 A; 3AG2 C; 2EIK B; 3E83 A; 2EIJ C; 1AJQ A; 2CH7 A; 5H5N A; 1TVK A; 4CC6 A; 2UUA B; 4HAM A; 4PA6 A; 1N34 O; 3JYC A; 1S3J A; 4DV5 O; 1EZJ A; 1XIL A; 1MSD A; 2V4D A; 5L3D A; 1Q5O A; 3T1H B; 5JCO A; 4GKK O; 4Q6G A; 3JD3 A; 5C93 A; 1ZLZ A; 3WFV A; 1K9M W; 1GH6 A; 1RPO A; 2JS3 A; 1SQB H; 3OUF A; 1LNQ A; 1EN5 A; 4NTW A; 2HJD A; 1MAB G; 4UV8 A; 2PI4 A; 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2ATK C; 1KMI Z; 3WB0 A; 4ZOL B; 1R6K A; 4JAU A; 3U0Z A; 5F2V O; 4JYA B; 1MA1 A; 3GWO A; 2NR5 A; 4KL1 A; 3RWR D; 5JQG B; 5DM6 V; 1COW G; 2FKX A; 5FL7 G; 4MTX A; 3WB2 A; 2AHY A; 4LF5 B; 5H2F Z; 2DE0 X; 3Q4H B; 1DK1 A; 1HNX B; 1VMG A; 4RO2 A; 3CS5 A; 5LMU O; 1N33 O; 2EBO A; 4JV5 O; 3UKM A; 1OJH A; 1NT2 B; 3AG3 B; 2QKS A; 4TT3 G; 3K59 A; 1O9G A; 4DV2 B; 3SJB C; 3RYI B; 3RGB A; 4TQF A; 1H38 A; 1TUB B; 1XDC A; 2XAH A; 3KZI Z; 5IYC O; 3QO8 A; 4X1I B; 3B8M A; 3X2Q B; 5LA6 A; 2UUB B; 4DR2 O; 4PDM A; 5LMU B; 2FL4 A; 3STZ C; 4GUN A; 3G6E V; 3B40 A; 4YJ3 A; 2IM9 A; 1OCR C; 2ZDI A; 3E22 A; 3AG1 C; 3FAV B; 1SES A; 1MZE A; 4DR6 B; 3SR2 C; 2JGD A; 5CB4 A; 1K34 A; 3E89 A; 3CME V; 1H2S B; 1HP8 A; 3MD0 A; 5IJ0 A; 1XNR B; 3CEI A; 1IBM B; 3BEH A; 1MMM A; 3FB5 C; 1Q6U A; 1UFI A; 3NR7 A; 1KUQ A; 2QDO A; 4I4T B; 1R1B A; 4WBN A; 1H2N A; 2CAZ C; 3K58 A; 2YUA A; 3CSX A; 1H2M A; 1JFF B; 2ZE6 A; 4A5U B; 1HNZ O; 2ZE8 A; 4X66 O; 2A9H A; 2EIL C; 4ZBM A; 1V54 C; 4FIP C; 1PKX A; 4MTF A; 2N74 A; 1X59 A; 2QKC A; 3JAR A; 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