The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV2 O; 3M8A A; 1X59 A; 4JI0 O; 5A2Q N; 4LFB O; 5FLX N; 1IBM O; 5BXZ A; 1FJG O; 4DR7 O; 4NXN O; 4DR2 O; 2F4V O; 3T1H O; 3O65 A; 4LF6 O; 2UU9 O; 1J5E O; 4DUZ O; 1I94 O; 5IWA O; 4X66 O; 4DV6 O; 2JRI A; 4JV5 O; 4A5U B; 4JI3 O; 4JI4 O; 5LL6 Y; 4DUY O; 3J80 N; 2UXB O; 2FKX A; 4B3R O; 4DR6 O; 1R1B A; 2LW7 A; 2UUB O; 1F7Y A; 2UUC O; 4JI7 O; 4DV3 O; 1HR0 O; 4GKJ O; 4DV1 O; 5LMU O; 3OTO O; 1G1X B; 1HNW O; 1AB3 A; 4OX9 O; 4JI1 O; 1N32 O; 4B3M O; 5IT9 N; 4X62 O; 4DV5 O; 1IBL O; 4LF9 O; 1R6T A; 4DV4 O; 4DR3 O; 4LFA O; 4JI8 O; 4YY3 O; 4DR5 O; 1IBK O; 1XNR O; 4DV7 O; 1XNQ O; 2N74 A; 4B3S O; 5BR8 O; 4DV0 O; 5H5N A; 4YHH O; 4LF8 O; 2UXC O; 5BY1 A; 1N34 O; 1D2D A; 4LFC O; 4K0K O; 3SDL A; 2VQF O; 4X64 O; 1AIL A; 1N33 O; 4JI6 O; 4AQY O; 4NXM O; 1YZB A; 2HHH O; 4LF4 O; 2E5L O; 4LF5 O; 2Z0A A; 3J81 N; 2UUA O; 3F5T A; 4OPH A; 4DR4 O; 2UXD O; 1FKA O; 3R66 A; 1NS1 A; 3J7A U; 1XMQ O; 1XEQ A; 2DJV A; 1XMO O; 1DK1 A; 1HNZ O; 4DR1 O; 3RT3 C; 4LF7 O; 2AGA A; 2ZM6 O; 1KUQ A; 1A32 A; 4JYA O; 2VQE O; 4GKK O; 4KHP O; 1FYJ A; 1HNX O; 4OPA A; 1N36 O; 2ZKO A; 4JI5 O; 4X65 O; 3T1Y O; 5LMN O; 3JAM N; 4B3T O; 4JI2 O; 2DOS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XTA A; 1JJO A; 4J41 A; 5EYP A; 1S77 D; 3N2G A; 5KMG A; 4FLW A; 4K8X A; 1IBM O; 5BXZ A; 3WB0 A; 2F4V O; 4DR2 O; 1NTZ H; 4NXN B; 4F6R A; 4CBC A; 4TOI A; 1VIB A; 4D6T H; 5IWA B; 4DV6 B; 2UXB O; 2EJR A; 2LW1 A; 3A0R A; 5LHH A; 1F7Y A; 3VQX A; 1R3I C; 2KSD A; 4ZIB A; 2Q69 A; 4WF9 V; 4UXN A; 2IBZ H; 2F43 G; 1HR0 B; 3UO3 A; 3OTO O; 1YSC A; 2LGW A; 2ODM A; 1JA8 A; 4FM0 A; 3K0D A; 1SQQ H; 4WFA V; 1YI2 V; 4OX9 O; 1QU7 A; 4FLU A; 2BTQ A; 4JI1 O; 1S72 V; 4XDL A; 1RFY A; 2AW9 A; 5IY5 C; 2NLJ C; 3N27 A; 2XT9 A; 4NR1 A; 3ZRW B; 4MVQ A; 2UUA B; 2V1D A; 2V7Q G; 5BZB A; 2W0F C; 4DR4 B; 2VWK A; 5FPO A; 1EN5 A; 3W7T A; 3RW0 A; 3K5L A; 2YIA A; 4IL6 Z; 3ZRX A; 5DN6 G; 1RSO B; 3B2E E; 3SPH A; 3ABL B; 2EIL C; 4AQY O; 4I0X A; 2HJD A; 2PF4 E; 4JI6 B; 3T1Y B; 3OMI B; 4Z1V A; 1ENV A; 2X6A A; 3F5W C; 5B3S C; 4WBN B; 2QA4 V; 3CCS V; 2GBO A; 2Z3Y A; 1QHT A; 1OJH A; 4P9P A; 4X1K B; 2X7R B; 3O9O A; 1O9G A; 4YJ3 B; 1SER A; 2F4V B; 4DR2 B; 3P3P A; 1HNZ B; 1KUQ A; 2Q5Z A; 4ICG A; 1MZF A; 4LP8 A; 2JEX A; 2BTQ B; 4JZG A; 2UXB B; 1VP7 A; 5KUM A; 2CTP A; 2QWQ B; 1N8R W; 4JI2 O; 2A9H A; 1L1F A; 3ABK B; 1H38 A; 4I50 A; 3JAW A; 1B06 A; 1XBL A; 4BAY A; 2HVJ C; 1VQ4 V; 1PP9 H; 4U3J B; 5CN0 A; 2YDE A; 1XDC A; 2WLH A; 3JCZ A; 4DW0 A; 5FL7 G; 3BHP A; 4OX9 B; 4JI1 B; 5EIB C; 1NQT A; 2UXX A; 4O4I A; 3SYQ A; 1N0J A; 1XL4 A; 2UUB B; 4KUM A; 5CB4 B; 1IX9 A; 1URF A; 2IU3 A; 4C7U A; 3ABU A; 1K3E A; 2H3O A; 1G1X B; 3ICX A; 3U11 A; 1PD3 A; 5EZY B; 4X1Y A; 4P30 A; 3RVY A; 5IJ0 B; 3FB6 C; 4TSF G; 5KHG A; 4AQY B; 2ZCE A; 4CS2 A; 4YY3 O; 1YCI A; 4U3F H; 1Q8I A; 2KG7 A; 3OR6 C; 4O4J B; 4DV7 O; 3CYO A; 4J7K A; 3CMA V; 4E4E A; 4ZI7 B; 2XAG A; 5GW7 A; 3FKS G; 1OHH G; 3JAW B; 5H5N A; 4YHH O; 4BW9 A; 5BR8 B; 3ZHU A; 1BS3 A; 5BY1 A; 1N34 O; 5JJE B; 1MAB G; 3JD2 A; 3M99 B; 2VRZ A; 3SYO A; 1TUB B; 3ETD A; 2QWR B; 4UCR A; 4LF5 O; 4RAI A; 5B5E Z; 1S76 D; 1J95 A; 2QDO A; 1NH2 B; 4DO2 A; 4JAS A; 1HDJ A; 1HP8 A; 3RBZ A; 2ZM6 O; 1NT2 B; 4KHP O; 3N2K A; 1KMI Z; 4MS2 A; 2LGQ A; 3FAV B; 5EBM C; 2QM8 A; 1KD1 W; 3SYC A; 1BZK A; 3TK1 A; 5A2Q N; 2GTS A; 1ZTE A; 3RYF A; 4LF6 O; 2UU9 O; 1OCC C; 2DE0 X; 4X66 O; 1I94 B; 3ETE A; 2K9P A; 2E76 B; 1EZJ A; 1Y76 A; 1IVS A; 1KU9 A; 1K5Q A; 4DK1 A; 5GON A; 5B1A B; 4P9O A; 3X2Q B; 4YY3 B; 1KC8 W; 2YSU B; 2RJZ A; 1AR5 A; 3UKM A; 4DV7 B; 1FXK B; 2ITD C; 1NI8 A; 3AG3 C; 5LYJ B; 5IJ9 B; 2V4D A; 4YHH B; 4O4H A; 1GM8 A; 1SES A; 1OCZ B; 2ZT9 B; 1N34 B; 4X9Q A; 2IU0 A; 4D7S A; 2QJ1 A; 3IC9 A; 2WLL A; 1XIL A; 4DR3 O; 4R8C A; 4X89 A; 3N2K B; 1I5X A; 1IBK B; 1VQ7 V; 3LNM B; 4DRX B; 1XNR B; 2JGU A; 4ASU G; 1AI5 A; 2YXH A; 5KHI A; 1X4T A; 4HBN A; 4DV0 B; 4LF8 O; 4NTW A; 3ASN C; 2ZM6 B; 4QE7 A; 3TXQ A; 1ZUQ A; 4KHP B; 4TV9 A; 1M5I A; 4TT3 G; 1XQ8 A; 4NXM B; 1GN4 A; 4BIZ A; 2E5L O; 3LNN A; 2HHH B; 3KCY A; 1Z5W A; 1P84 F; 3QTC A; 3K03 A; 3WFV A; 4J9Z B; 3J7A U; 2Q6A A; 3EVK A; 2Y4T A; 2G38 A; 4LF6 B; 2UU9 B; 1ZX3 A; 4GYC B; 4FLV A; 1U97 A; 4X66 B; 1Z5V A; 2ZKO A; 1GRJ A; 2FML A; 4I7Z B; 4MVU A; 2A06 H; 2CAZ C; 3CD6 V; 3JAM N; 4NYK A; 4DV2 O; 4ZHQ A; 1X59 A; 2JIZ G; 1ROP A; 3HKC B; 3I5D A; 4FFB B; 1GMG A; 1NTK H; 1EM1 A; 2ZIN A; 5ITZ A; 4FVM A; 4JV5 O; 5IYZ A; 4I4T A; 1FFX A; 5TIS Z; 4IIJ B; 2EZO A; 4MVS A; 2VWJ A; 4DR3 B; 4I5S A; 1EFR G; 2BOC C; 5CMU A; 5HFL A; 2NR5 A; 4CZZ A; 4JPR A; 2E74 B; 3L71 H; 4MSW C; 5JCO A; 3ZHQ A; 1V9P A; 3B8N A; 3SJC C; 2JDI G; 3L74 H; 4GLX A; 2AHZ A; 3T2M A; 3BEH A; 3D8C A; 4DK0 A; 3FB5 C; 4LF8 B; 4D7T A; 4R6Z A; 4MVR A; 3C3T A; 3PJS K; 1R6T A; 3H1H H; 1NVP B; 3EHB B; 2EIJ B; 5JJN B; 5B66 Z; 2JK5 C; 2EBO A; 2R9A A; 1JCH A; 3K57 A; 1VQM V; 3LDE A; 3FX7 A; 1GK9 A; 1WB7 A; 5EC1 C; 2VQF O; 1SA0 A; 4J9Y B; 3L70 H; 5CA3 A; 3IJ4 A; 4DV2 B; 1IXM A; 2HJF C; 5B1N A; 2WLJ A; 1TAE A; 3R66 A; 1SRY A; 3L9D A; 5IYD O; 4PD4 F; 4J11 A; 4DR1 O; 1V55 C; 4LBE C; 5KHJ A; 1CP9 A; 4H44 B; 4TUY B; 4JV5 B; 3DTU B; 4JI5 O; 4MTX A; 4N21 A; 3ML0 A; 1FD9 A; 4R7C A; 2OCC B; 1DF4 A; 3GB7 C; 3CHX A; 3ZHR A; 5BMV A; 3TET A; 3K0G A; 5EIB D; 1BMF G; 4O2A B; 1SKV A; 2QE7 G; 3MD0 A; 5KAI Z; 3K06 A; 2EIK C; 1WA8 A; 4FZ1 A; 4DUY O; 4G28 B; 1H8E G; 1YJN V; 2Q7G A; 4FJC C; 3BA8 A; 3AK1 A; 4DV3 O; 4CC5 A; 1QCE A; 4JGS A; 3WB1 A; 5F2V O; 1B6Q A; 2LQT A; 1JX9 A; 1K4C C; 2ARH A; 3CC7 V; 4EB6 B; 2Q67 A; 5LGU A; 2VQF B; 1YTF D; 4GZR B; 1AVM A; 3CCU V; 4LH7 A; 4DV4 O; 1PV0 A; 3ZIA G; 2CH7 B; 2ZNI A; 3E8F A; 5K1P A; 1EZV H; 3JAK A; 1LR1 A; 4ABM A; 2RNB A; 2XAH A; 3C3S A; 5LHI A; 4GCZ A; 4DR1 B; 4TV8 B; 3OGI B; 1GH6 A; 3RYH B; 1WPX A; 5B1O A; 2O57 A; 4JI5 B; 3QG5 A; 5HFM A; 5EBL C; 2N04 A; 2JVD A; 4IGG A; 1V54 B; 3M7M X; 2ZE6 A; 3SJB C; 4GX5 A; 2ZNJ A; 1RM1 C; 3GWO A; 1PL0 A; 4PDR A; 1TGO A; 2LFR A; 4LCU C; 4LF7 O; 2AGA A; 3ABT A; 2UXN A; 1JQ0 A; 2HVK C; 3U10 A; 4DUY B; 4X20 B; 1Q81 W; 2KKW A; 2PUS A; 3HR0 A; 2Q73 A; 5GTH Z; 2BSK B; 3M8A A; 2QKC A; 1H2N A; 4DV3 B; 3R65 A; 4JI0 B; 5LA6 B; 2ZR2 A; 3RYC B; 4AHC A; 1F4N A; 1I7F A; 4JF3 A; 1VQO V; 3SYA A; 5KUK A; 3TXS A; 3ZHT A; 1VQ9 V; 1VEW A; 3ZRW A; 5FNV B; 4DV4 B; 4DR6 O; 4UVA A; 1GTO A; 4K3A A; 2UUC O; 2QEX V; 1OCC B; 4IHJ A; 3CSX A; 2Q68 A; 2DYR B; 2XOK G; 2QR4 A; 4PJ0 Z; 3CS5 A; 1RSO A; 2P22 C; 5C93 A; 1COW G; 4OGQ B; 3HKB B; 4FK5 C; 3AEI A; 3WB2 A; 1K92 A; 4GX0 A; 2YIB A; 3JAS A; 1KYO F; 4UV8 A; 1IBL O; 3ZS8 C; 2OIE A; 4QIW F; 1AJQ A; 2EIN B; 4PA6 A; 4WBN A; 4X1K A; 2AXT Z; 3ZMZ A; 1R3J C; 2YS8 A; 3BY6 A; 4YJ3 A; 2OTL V; 4BR6 A; 4JTC B; 2L6L A; 2CGN A; 4B7E A; 1NBM G; 2B5U A; 2EJ7 A; 1D2D A; 4LF7 B; 2A7W A; 5J2T A; 3D36 A; 3QO5 A; 1M1K W; 4DYL A; 3CCR V; 3JD3 A; 1CEZ A; 5IYB O; 1ORQ C; 2CK3 G; 4FLY A; 3QNE A; 3CCL V; 3U0Z A; 4IHJ B; 2Q4P A; 1XL6 A; 4U3J A; 1GN3 A; 3UCS C; 1R3K C; 1T5E A; 1A32 A; 2BTO A; 3CWB H; 2NN4 A; 4GKK B; 2Q0O C; 3D3I A; 3TCU A; 3K5N A; 3JAS B; 2WAM A; 1PNM A; 3AG1 B; 1AI4 A; 1N0N A; 1QLE C; 5CB4 A; 4FLZ A; 1KP2 A; 3MHS C; 4KFM A; 1QQC A; 1P7B A; 5EZY A; 3OR7 C; 1IBM B; 2FTK A; 3UQ8 A; 5JVD A; 3K08 A; 5IJ0 A; 4DUZ O; 3E35 A; 1YIT V; 1SQB H; 4JAV A; 5JCO C; 4O2B B; 1JPX A; 1M93 A; 5J2T B; 1YEW A; 4B3R O; 1R1B A; 1M57 C; 2F1M A; 1XOU A; 1KKC A; 4O4J A; 3SJA C; 2Y69 B; 4WFB V; 2P4V A; 4ZI7 A; 4E2L A; 4GKJ O; 1OCO B; 3BA9 A; 2GUZ B; 3OTO B; 1WNS A; 5J9P C; 1AB3 A; 1L8D A; 3A0B Z; 4B3M O; 3CC4 V; 3CCE V; 1BGY H; 1TUB A; 3E83 A; 3WG7 C; 3QO7 A; 1MZE A; 1MG1 A; 3A8T A; 2YC0 A; 1LUV A; 1U96 A; 4PA9 A; 5LP6 C; 2OYQ A; 2D2C B; 4TWK A; 3BAB A; 4HYO A; 5KX5 B; 3LUT B; 5K1X A; 1QBZ A; 2JEU A; 4LNU B; 3L73 H; 3L72 H; 3CRC A; 4H33 A; 1F4M A; 4PEL A; 4X64 O; 1XI1 A; 5JVD B; 2QWO B; 3ABM C; 3FAV A; 1YZB A; 2EIM C; 2F95 B; 1S5J A; 2RDC A; 4LWS B; 2MK3 A; 1I08 A; 1AP6 A; 1AR4 A; 3UT5 B; 2WA4 A; 2QWP B; 2CUG A; 2P67 A; 2YEV B; 1E1R G; 2IJK A; 3BRC A; 3APO A; 4CH3 A; 3JAT B; 1XHZ A; 2DYS B; 2A3Q A; 5LHG A; 4O4L A; 1VQK V; 4NB5 A; 3AG2 B; 1E1Q G; 5CA0 B; 3CXH F; 1FAF A; 3H1J H; 2IJJ A; 4B3R B; 2YXL A; 4HNA B; 1FXK A; 2AZ0 A; 4PV1 B; 1E79 G; 4JI2 B; 4WFH A; 2ZIM A; 4GKJ B; 5LYJ A; 5LOV B; 5A9G A; 5IJ9 A; 4I9Q A; 1IXB A; 1FJG O; 2B1G A; 2VS0 A; 1QVG U; 1MSD A; 4DR7 O; 1Q90 D; 1S5H C; 1YDX A; 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3ABL C; 2QWN B; 1Y74 B; 3IC7 A; 1G8M A; 1NR7 A; 2Q8V A; 3DXR B; 2ZIO A; 1KQS U; 2ZXW B; 1RPR A; 4J80 A; 2KB1 A; 4YJ2 B; 1N33 B; 1B3Q A; 2R9I A; 4LFA O; 2WSS G; 1SZX A; 1Q6I A; 4NVP A; 5JJJ B; 4WFG A; 1Q86 W; 1NTM H; 3D36 C; 3K58 A; 2Q7E A; 5L3B A; 4UB8 Z; 1VQN V; 3KZI Z; 4TUY A; 4YIP A; 2QSA A; 4K0K O; 3ABK C; 4JYA B; 2MW2 B; 1G6U A; 1DTO A; 2B1I A; 4UCO A; 1QNM A; 2E5L B; 3F5T A; 4O2A A; 3LSS A; 4RO2 A; 5IY5 B; 2CTW A; 2N05 A; 2ILM A; 3MDS A; 2F66 C; 2H8P C; 3C90 A; 4I55 A; 4JI4 B; 5CA1 B; 1Y67 A; 5LMN O; 2ATK C; 4B3T O; 4BWA A; 3OM3 B; 2XHB A; 1GM7 A; 4H37 A; 2EIL B; 4DXW A; 1DLB A; 4EB6 A; 3T1H O; 1VF6 A; 3OGC C; 3HKD B; 5JQG B; 1BE3 H; 3I55 V; 3QF7 A; 5B3S B; 4MT8 A; 4RQE A; 2CH7 A; 1HWY A; 4ZOL B; 1M4U A; 4KL1 A; 4U7O A; 3SPC A; 4JTD B; 2WLK A; 1P49 A; 3JD0 A; 4TV8 A; 3CCJ V; 3RYH A; 3JYC A; 1LNQ A; 2W6J G; 1VQP V; 4K0K B; 4PA4 A; 4LC1 A; 5IT9 N; 3SYP A; 3G6E V; 4K35 A; 2HG5 C; 1K9M W; 2Q9L A; 4I55 B; 3KKY A; 2Z5U A; 2ZDI A; 3CX5 F; 2QM4 A; 3OT7 A; 4P2Z A; 3P32 A; 1WB8 A; 4CH5 A; 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