The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
|
structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AIL A; 4OPA A; 4LF7 O; 4LFA O; 4DR2 O; 3J81 N; 5BY1 A; 4DV1 O; 4KHP O; 4X66 O; 5LMN O; 1N36 O; 4DR7 O; 4OPH A; 2UXD O; 4B3M O; 1R6T A; 4OX9 O; 1N33 O; 4LFC O; 4DV5 O; 1G1X B; 2DJV A; 4JI2 O; 4DUY O; 1X59 A; 3M8A A; 2VQF O; 5LL6 Y; 5BXZ A; 4JYA O; 4DR4 O; 2LW7 A; 4DV7 O; 1N32 O; 2UXC O; 4JV5 O; 3T1Y O; 4DR3 O; 4DR5 O; 4K0K O; 1NS1 A; 4DUZ O; 3RT3 C; 1XMO O; 1HNW O; 4YHH O; 4YY3 O; 2HHH O; 4LF9 O; 2UU9 O; 1HNZ O; 1A32 A; 4DV0 O; 1AB3 A; 3T1H O; 4DR1 O; 4JI8 O; 1FJG O; 2UXB O; 2UUC O; 4JI4 O; 3O65 A; 4DV6 O; 1I94 O; 1D2D A; 4LFB O; 1J5E O; 2F4V O; 1FKA O; 1XMQ O; 1F7Y A; 4JI7 O; 5BR8 O; 1IBK O; 4GKK O; 4JI0 O; 1XEQ A; 4X64 O; 1YZB A; 4B3S O; 5LMU O; 4JI5 O; 4JI1 O; 2JRI A; 2AGA A; 1N34 O; 2UUB O; 2ZKO A; 2DOS A; 4B3T O; 5A2Q N; 2ZM6 O; 2UUA O; 3F5T A; 4GKJ O; 2VQE O; 2Z0A A; 1R1B A; 2FKX A; 3JAM N; 3J7A U; 1IBL O; 5IWA O; 4JI3 O; 3OTO O; 4DV3 O; 4LF8 O; 3R66 A; 4AQY O; 1KUQ A; 5H5N A; 4JI6 O; 4B3R O; 4DR6 O; 1IBM O; 4X65 O; 1FYJ A; 1XNR O; 1DK1 A; 3J80 N; 5IT9 N; 4DV2 O; 1HNX O; 4LF5 O; 4NXM O; 4A5U B; 5FLX N; 4LF6 O; 4DV4 O; 4LF4 O; 4NXN O; 4X62 O; 1HR0 O; 1XNQ O; 3SDL A; 2E5L O; 2N74 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OPA A; 1WNS A; 1TVK A; 5J2U A; 4H0L B; 4DV1 O; 2BE3 A; 1M5I A; 3E22 A; 1FXH A; 4LF8 B; 2EZP A; 3K08 A; 3TCU A; 4B7K A; 1EN6 A; 2EIN B; 2Y69 C; 4J80 A; 2OCC B; 2X6C A; 3CCS V; 4TOI A; 1AJQ A; 5EC2 C; 2LW7 A; 1NR7 A; 1LR1 A; 5LXT A; 1WAZ A; 1MMM A; 4TQF A; 4DR7 B; 2F93 B; 3SJC C; 3JAK B; 4P2Z A; 3B8M A; 2FTK A; 1YDX A; 2CH7 A; 1NJI W; 4QNH B; 3L71 H; 1XHZ A; 5FPR A; 3CJH A; 4X1I B; 3JD4 A; 1D2D A; 4TV8 A; 2EJ7 A; 4QPJ A; 3K5N A; 1FPO A; 3BA8 A; 2CTW A; 2WLI B; 2PF4 E; 4MVM A; 3T4D A; 4DUZ B; 2DMX A; 2HJD A; 1UPG A; 4GT1 A; 4CC5 A; 1DGS A; 4RO2 A; 4GKK O; 4X64 B; 2HG5 C; 2WSS G; 3DGE A; 5LMU O; 3ABM C; 4AIL C; 4PDV A; 3HKC A; 4JI1 O; 1GK9 A; 3LDD A; 2UUB B; 2JRI A; 2GUZ A; 1TUB B; 2JK5 C; 4UCS A; 2ZR2 A; 2CUG A; 1L0N H; 4QGP A; 4CS4 A; 1B04 A; 3M7M X; 2ZNI A; 1YHQ V; 4WFH A; 4LF8 O; 1KBH A; 3R66 A; 3AEI A; 5EBW C; 4CH6 A; 2UXN A; 4J42 A; 4FLW A; 3H1K H; 1AR5 A; 2F43 G; 2ZDI C; 2A9H A; 2Q73 A; 3KCX A; 4XDJ A; 1BCC H; 3RVY A; 3ETD A; 1KP3 A; 4O4H A; 3SYQ A; 3CCL V; 3UM7 A; 1NTZ H; 1VQO V; 4MTG A; 4Z1M G; 1AIL A; 3B09 A; 4K8Z A; 1MZE A; 5BY1 A; 2ZD9 A; 5C8Y A; 2XAF A; 2ATK C; 2ADQ B; 3W7S A; 4MVQ A; 4DR7 O; 5LP6 C; 4AQY B; 1FXV A; 4PV1 B; 2IH1 C; 1SES A; 1AI4 A; 4DUY O; 4X1Y A; 2Q9L A; 1QLN A; 4FFK A; 3HKD A; 4LF6 B; 4I7Z B; 1Q82 W; 1ZTE A; 3WU2 Z; 4DUZ O; 1F51 A; 1YI2 V; 4MSW C; 3ZRV A; 3LUT B; 1JX9 A; 1SKV A; 3SJA C; 4ZI7 B; 3AG4 C; 1YF2 A; 4LFC B; 3JD0 A; 4U7O A; 5B1B C; 2RNB A; 2RMK B; 4Z2W A; 1QQC A; 4PA7 A; 4LH7 A; 1J5E B; 4F4L A; 1FXK B; 3CS5 A; 5IE9 A; 4HZ3 A; 3X2Q B; 1R3K C; 3RBZ A; 5DEC A; 5LOV B; 3K57 A; 1CXZ B; 3DC6 A; 4FMT A; 2YI8 A; 2UU9 B; 3K06 A; 1YZB A; 2P06 A; 1M9N A; 2F95 B; 3CYO A; 4X9Q A; 2CE4 A; 3IAY A; 5KA5 A; 1Y74 B; 2AGA A; 1BGY H; 4DV6 B; 1S3J A; 2ZE6 A; 1NVP B; 4DK1 A; 4MW3 A; 4B08 A; 2EIK B; 4CS3 A; 4U7N A; 3ABL B; 2IJJ A; 4AQY O; 5L3C A; 2LGW A; 2A7W A; 4N21 A; 5H5N A; 5GW7 A; 3UO2 A; 4UXN A; 4PI0 A; 4X65 B; 2Q68 A; 1PL0 A; 2DYS C; 5C93 A; 4R8C A; 2GV9 A; 5LGU A; 4U3J A; 4DO2 A; 2DYR B; 2M6Y A; 3G4S V; 4LF6 O; 3AG2 C; 1Q7Y W; 2LO1 A; 4MTF A; 3RYI B; 1JJ2 U; 3G6E V; 1XQ8 A; 4PDL A; 2DWE C; 5GON B; 2QKA A; 1I5X A; 1SQV H; 3OAA G; 5KLV H; 2HR3 A; 5LBQ A; 3H01 A; 5H9C A; 4DR6 B; 1XL4 A; 5BMV A; 4LFC O; 3C3T A; 3SYO A; 2FB5 A; 1BE3 H; 1RPR A; 3K5L A; 5CA1 A; 4EB6 A; 2NNU A; 3JD2 A; 1SA0 A; 2YXH A; 1BQ0 A; 5CA0 B; 3ZHR A; 2H3O A; 1HWY A; 1R73 A; 2WLK A; 1H2M A; 1PNM A; 3AK3 A; 2UU9 O; 4I55 B; 4CZZ A; 4B3M B; 4DV0 O; 5IJ9 B; 1AR1 B; 3APQ A; 3WB1 A; 4B7E A; 2P5O A; 4FFB B; 1XUQ A; 4DV6 O; 5LA6 A; 2W6I G; 2KG7 B; 2R70 A; 2Q6A A; 5H2F Z; 1DLB A; 3CEI A; 2YUA A; 1G4Y B; 2LFR A; 2NLJ C; 2Y0I A; 3CB2 A; 3KZI Z; 4YJ3 A; 1I94 B; 1MNG A; 3AK2 A; 4I0X A; 3SYA A; 3W7T A; 1TA8 A; 2MK3 A; 3DXR B; 3JAW B; 2ZM6 O; 3A0B Z; 1EZJ A; 4H13 B; 1JMK C; 2RJZ A; 2WA3 A; 2RCV A; 4JI0 B; 1GRJ A; 4DR6 O; 1VIB A; 1WP7 A; 3AG3 C; 4JAU A; 5KMG A; 1H8E G; 3LDC A; 1PPJ H; 3K3W A; 1QNM A; 2UXX A; 3TGU H; 2YIA A; 3ZN1 A; 1HR0 O; 4I50 A; 2QKC A; 3ZHS A; 1S5J A; 2N74 A; 1WLE A; 1NI8 A; 4X20 A; 2R9A A; 4KHP B; 1QLE B; 2P67 A; 4UUJ C; 3SJB C; 4ZKI A; 3QO7 A; 1OCZ C; 4OPH A; 5JQG B; 1XBL A; 4B3M O; 4XBF A; 5JCO A; 3SR2 C; 2LQT A; 1KKD A; 5IDJ A; 2BOB C; 2E75 B; 2QR4 A; 3JAR A; 5GTH Z; 1W59 A; 4NXN B; 3RYF A; 2EUL A; 1EN5 A; 2Q69 A; 3BFR A; 3TXS A; 2PYL A; 1OCC B; 1FD9 A; 1ZL8 A; 3SPC A; 4XDK A; 4X66 B; 3B77 A; 2Z3Y A; 1NH2 B; 3G67 A; 2XUM A; 5B5E Z; 2DWD C; 2Q0A A; 4IHJ B; 2UXB B; 1G8M A; 1YCI A; 3SYC A; 2WWW A; 1I94 O; 1K4D C; 4L8J A; 1ZSP A; 4KFM A; 3CCU V; 2IW5 A; 3JYC A; 1PD3 A; 4D7S A; 2ILM A; 4DR3 B; 3E86 A; 3ZX6 A; 1DTO A; 1M1K W; 1Y66 A; 5DM6 V; 4Z1V A; 2EIM C; 4JI0 O; 1JVM A; 2ZIN A; 4Q20 A; 5D5P A; 4DR1 B; 1O9G A; 2QWP B; 4FM0 A; 3AG1 B; 3SPI A; 3ZMU A; 5JJE B; 3OMA B; 4GX2 A; 1Y4M A; 2XAS A; 4YXW G; 3CRM A; 5LYJ A; 1QR8 A; 4BWA A; 1QHT A; 1AJN A; 1GM7 A; 3OFN G; 3HR0 A; 1L1F A; 5EBM C; 1Y76 B; 2JEX A; 2DE0 X; 3WB0 A; 2QEX V; 3E2E A; 3OMI B; 4NXN O; 5IJ0 B; 3K04 A; 2WLH A; 4B3T B; 1SQF A; 1WA8 A; 4FLU A; 3OM3 B; 2VQE B; 5KA6 A; 1LUW A; 4X66 O; 4O2A B; 1RPO A; 1GKF A; 3RWR D; 1Q6U A; 2Q0O C; 2VWJ A; 4J7J A; 1NVP D; 5IYZ A; 1N0J A; 1H2K A; 2ZNJ A; 2QSA A; 1M4U A; 3LSQ A; 4ZHQ B; 1R3L C; 3P30 A; 4DR3 O; 3JAL B; 1F23 A; 4PA6 A; 3RT3 C; 3OMN B; 4LF9 B; 5AG2 A; 4ICG A; 1H8H G; 1BZK A; 4ZOL B; 2EIL B; 2F23 A; 1G6U A; 1GM8 A; 4DR1 O; 2P4K A; 5IYD O; 1BS3 A; 2EIJ C; 2BTQ B; 1IDS A; 4EEQ A; 3M99 B; 4TUY A; 4FLV A; 3IJ4 A; 3F7Y C; 4X1K B; 4NVP A; 1P7B A; 3STZ C; 4BIO A; 2YID A; 5JH7 A; 1HNZ B; 1V55 C; 5LGT A; 4PA4 A; 5L3E A; 2EBO A; 3BAA A; 4JI4 B; 1SQQ H; 4BW9 A; 4B3T O; 5KUK A; 4XDL A; 2VQE O; 2JS5 A; 1U96 A; 4IIJ B; 4OXS A; 5TIS Z; 5IWA O; 2H94 A; 2ITC C; 4I4T B; 1S5L Z; 1VMG A; 1D5N A; 3E83 A; 1HNX B; 2P7T C; 3ASN C; 2CGO A; 4H33 A; 1K3E A; 3UQ8 A; 3K03 A; 1AI7 A; 2OYQ A; 4NTX A; 3KKY A; 4G2K A; 2D3O W; 1GH6 A; 5FNV B; 3CE2 A; 3TJT A; 4J9Y B; 3JAT B; 4JZ2 A; 2Q4P A; 1VQP V; 1AP5 A; 1H2L A; 1G1X B; 4DR4 B; 3JAK A; 5B1A C; 1Y67 A; 3GWO A; 4ABM A; 1XNQ B; 3P32 A; 1H2G A; 3AK1 A; 4DR2 B; 4EKW A; 4X1I A; 3HKB B; 1GM9 A; 5LHG A; 1JCH A; 4FIP C; 5CB4 B; 2VS0 A; 2GTS A; 1HNZ O; 2Q7G A; 2WLI A; 3N2G B; 3P3P A; 3ML0 A; 1U97 A; 1M57 C; 5B1O A; 5LHI A; 3RYH B; 2IU3 A; 2VQF B; 4JI4 O; 5JVD B; 4D7T A; 4DYL A; 2FL4 A; 1FKA O; 1URF A; 2QWQ B; 4NB5 A; 1TUB A; 3UCS C; 3BEH A; 4QE9 A; 2Q7E A; 3BY6 A; 1NR1 A; 2KSD A; 2CK3 G; 1OCO C; 3QF7 A; 1KKC A; 3N2K B; 1NH2 D; 3QO5 A; 3CCJ V; 4FVM A; 3ETQ A; 4MVZ A; 1VQ7 V; 2A06 H; 4LCU C; 4X89 A; 1WPB A; 5KHI A; 4WFF A; 5IT9 N; 4UFZ A; 3K9A A; 1JA8 A; 2QWR B; 5JCO C; 3ETG A; 1SQG A; 3IC9 A; 3ZIA G; 1SQB H; 1Q5O A; 1XNQ O; 1SQP H; 2P4V A; 3OEE G; 4KXR A; 3ZHQ A; 4FM1 A; 4ZBM A; 4DR2 O; 3IFX A; 4DW0 A; 2Q67 A; 3ABK B; 2LFS A; 1Q86 W; 1XL6 A; 3B2E E; 5L3G A; 4LF5 B; 1MSW D; 2VQF O; 1H2N A; 3FAV B; 1GTO A; 4ZI7 A; 3RYC B; 5EBL C; 3BVO A; 4UCT A; 4GLX A; 1K4C C; 4PDM A; 3BAB A; 1KD1 W; 4KUM A; 5LMN B; 3L74 H; 4EFB A; 1PNK A; 1FXK A; 3CRR A; 4WF9 V; 3T1H B; 4JI2 B; 2IJH A; 5LOV A; 2YEV B; 4MVO A; 1ROP A; 3VQW A; 3T4Z A; 4JYA B; 1E1R G; 4MVR A; 1K34 A; 3H1I H; 1QR9 A; 4FLZ A; 3HPL C; 1XHX A; 3TK1 A; 3EVK A; 2XAG A; 1RM1 C; 1VQ9 V; 1HNW B; 3AG7 A; 5E1A C; 1Y74 A; 1E79 G; 4TT3 G; 4AI8 A; 2KB1 A; 3GWK C; 4X64 O; 3FKS G; 3ASO C; 3LSU A; 2E3C A; 4MT8 A; 4JI8 B; 1FJG B; 2UUB O; 1B3Q A; 5BZB A; 3T2M A; 4GUN A; 2W6J G; 1SS3 A; 2XTA A; 2Z0A A; 1AJP A; 1YIJ V; 3FB5 C; 3RYI A; 1BSM A; 1J95 A; 3L9D A; 4PI2 A; 2AZ0 A; 4JTC B; 4FZ0 A; 5GON A; 5KAF Z; 2YIB A; 3UT5 B; 4LF5 O; 3W7X A; 2ZE5 A; 4P9O A; 3BHP A; 5B66 Z; 3IC7 A; 1Q81 W; 3CD6 V; 2KKW A; 4RAI A; 4WFE A; 3ZHV A; 2XAQ A; 3OUF A; 5KHJ A; 1P7G A; 5IY5 C; 5LMN O; 2XND G; 3RGB A; 2PZS A; 4DV3 B; 4UVC A; 1FFT B; 3CWB H; 1R6T A; 5CA0 A; 1CEZ A; 1V54 C; 3R65 A; 4JI2 O; 1EBO A; 2ZT9 B; 2ZCE A; 3FB6 C; 1KMI Z; 4JYA O; 1K5Q A; 3K0D A; 4I55 A; 3CMA V; 1M56 C; 2UXC B; 1S76 D; 5IJ9 A; 3K58 A; 1P4R A; 2AHY A; 4LFA B; 1HNW O; 1JQ0 A; 3LNM B; 4FFB A; 3MDS A; 4IGG A; 1OCR B; 4HYO A; 2BCC H; 5KX5 B; 2KG7 A; 3WG7 B; 3CCR V; 1GAX A; 4JI8 O; 2V4D A; 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2PI4 A; 4JAA A; 3K59 A; 3CXC U; 1Y76 A; 4TQD A; 2X6A A; 4CH4 A; 3W7W A; 1R1B A; 2LP7 A; 3B4S A; 2PY5 A; 3CHX A; 1DF4 A; 1WP8 A; 2QKS A; 5IJ0 A; 2CTP A; 2QM4 A; 2X0L A; 5B1N A; 1YTF D; 2R9R B; 4JI5 B; 4O2A A; 2CGN A; 3ABU A; 4DV4 O; 3RVZ A; 1JFF B; 5KHK A; 3SYP A; 1NU1 H; 1EM1 A; 4GKJ B; 2HFE C; 3ABM B; 4CC6 A; 2FML A; 4LBE C; 1PNL A; 4KHP O; 2IH3 C; 1IBL B; 3GVM A; 3K5O A; 4ZHQ A; 2L6L A; 2WPD G; 2M7W A; 4GYC B; 2E74 B; 4O4J B; 5J2T B; 3JAL A; 4DV2 B; 1FXK C; 4NXM B; 3X2Q C; 5CBG A; 3QO8 A; 1XIL A; 1FS0 G; 4ZOL A; 4DV7 O; 4JV5 B; 4DR5 B; 1XMO O; 1BL8 A; 1K33 A; 4QIW F; 4YY3 O; 1R3J C; 4IT5 A; 2BTQ A; 4LNU B; 3VQX A; 3E8B A; 4NKG B; 4JAV A; 4JPR A; 1O9H A; 4X1K A; 4JF3 A; 4YJ2 B; 3OGI B; 5LP6 B; 2UXB O; 3VQY A; 1NBM G; 2EIK C; 2RN9 A; 3VBB A; 2XOK G; 3ABL C; 3A0H Z; 5LHH A; 1KEC A; 3Q4H B; 4UCV A; 4RUF A; 3QTC A; 2DYR C; 4JGS A; 5EIB D; 4IIJ A; 4KP4 A; 1I7F A; 4JI5 O; 3D36 A; 4I4T A; 5EC1 C; 3AG4 B; 5EZY B; 4GKJ O; 5B1B B; 4RQE A; 1IBL O; 4JTA B; 4YIO A; 1COW G; 1KYO F; 4IL6 Z; 1M90 W; 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