The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
88
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structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
34
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N36 O; 1HR0 O; 4A5U B; 1XMO O; 5H5N A; 1AIL A; 3T1Y O; 4LF9 O; 4JI8 O; 1A32 A; 5FLX N; 2AGA A; 1XEQ A; 5BR8 O; 4DV1 O; 4JI4 O; 3JAM N; 1X59 A; 3OTO O; 1XNQ O; 2UXB O; 5A2Q N; 2UUA O; 3RT3 C; 4JV5 O; 4K0K O; 4X65 O; 4DUZ O; 2FKX A; 4NXN O; 2UXC O; 1IBL O; 4DV4 O; 2DOS A; 4LFC O; 3J80 N; 4DR5 O; 4YY3 O; 4LFB O; 4DV5 O; 4LF6 O; 4X62 O; 4LFA O; 1G1X B; 1NS1 A; 5BY1 A; 5IWA O; 4DV7 O; 1DK1 A; 3J81 N; 4B3T O; 2UU9 O; 4DR2 O; 4JI7 O; 4DV2 O; 5BXZ A; 4B3M O; 3J7A U; 1D2D A; 1AB3 A; 3M8A A; 2E5L O; 1IBK O; 1HNX O; 1FJG O; 1R6T A; 4OPA A; 2ZM6 O; 4LF7 O; 4DR3 O; 4OPH A; 5IT9 N; 3T1H O; 4DR6 O; 1F7Y A; 1IBM O; 4JI1 O; 2F4V O; 1YZB A; 4JI2 O; 4DR1 O; 4B3S O; 4JI6 O; 3SDL A; 4DV6 O; 4OX9 O; 2VQE O; 2HHH O; 3R66 A; 2N74 A; 4NXM O; 1J5E O; 1N34 O; 5LL6 Y; 1HNZ O; 5LMN O; 3O65 A; 2VQF O; 4JI5 O; 5LMU O; 1I94 O; 2Z0A A; 1HNW O; 1R1B A; 4GKJ O; 4DUY O; 4DV0 O; 1N32 O; 2LW7 A; 4X64 O; 4LF5 O; 2UUB O; 4JYA O; 1KUQ A; 3F5T A; 1FKA O; 4DR4 O; 2JRI A; 4YHH O; 2ZKO A; 4JI3 O; 4X66 O; 4LF4 O; 4DR7 O; 4KHP O; 4DV3 O; 2DJV A; 1XNR O; 4GKK O; 4LF8 O; 2UXD O; 4AQY O; 1XMQ O; 1FYJ A; 4B3R O; 1N33 O; 4JI0 O; 2UUC O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F66 C; 4X62 B; 2P7T C; 4CH5 A; 2ZT9 B; 3OD4 A; 2XOK G; 4R50 A; 3CC7 V; 3BVO A; 2OTJ V; 4RO2 A; 2XT9 A; 1BQZ A; 1IBL O; 4FLW A; 3JAW B; 4LFB O; 3DC6 A; 2LFR A; 1YIJ V; 4YJ3 A; 1WB7 A; 3ASN B; 2GUZ B; 2D3O W; 1DK1 A; 3JAR A; 4QPJ A; 2F4V B; 2AHY A; 2QWO B; 2PY5 A; 3SYA A; 2O57 A; 2Q4P A; 1W0K G; 1ZTE A; 3HKD B; 2N04 A; 4LF7 O; 3K04 A; 3S3X A; 1Q43 A; 3CRM A; 2P90 A; 1Q6I A; 3SYP A; 3G6E V; 5TIS Z; 4FVM A; 4I4T B; 4ICG A; 4B3S O; 4O4L A; 3JAK A; 5B1A C; 5EC2 C; 3KCY A; 2H94 A; 4I7Z B; 2P4V A; 2HHH O; 2CDY A; 3TGU H; 2F23 A; 1VIB A; 1E1Q G; 1I94 O; 1OJH A; 4IIJ A; 1BZK A; 2CGN A; 2WWW A; 4PI2 A; 2QTS A; 3JCU Z; 4GKK B; 1SA0 B; 2QWQ B; 3H1J H; 4DRX B; 1FXK A; 4LR3 A; 1PNK A; 5EYP A; 4IL6 Z; 4H37 A; 4F6E A; 1F23 A; 5LYJ B; 3OEE G; 5CB4 B; 2ZXW C; 3GWK C; 2B9Z A; 1JPX A; 2RMK B; 4O4I A; 3VQY A; 1WAZ A; 4UVA A; 1PL4 A; 3VOU A; 2GHY A; 1S5L Z; 3ABK C; 4PEL A; 2JVD A; 4JTA B; 4X65 B; 4DUZ B; 5IYC O; 1VQK V; 2AZ2 A; 2RJZ A; 1PV0 A; 1YI2 V; 1HR0 O; 4LF6 B; 4I0X B; 5H5N A; 1H2K A; 4X1K B; 3JSN A; 5LBQ A; 4DV1 O; 2HVK C; 4JI4 O; 5EZY B; 2PYJ A; 3JAS A; 4B3T B; 2KSD A; 4JI7 B; 5K1P A; 3CCE V; 3UM7 A; 1FXK C; 4FFB A; 3CPW U; 3FB6 C; 2WSS G; 5KMG B; 2FYU H; 2Q7H A; 4DR6 B; 4X1I A; 4O2A B; 1AJP A; 5EBM C; 3P3P A; 1MOF A; 2JK5 C; 4WFF A; 5KHG A; 2QEX V; 5IJ0 A; 1R6T A; 1QLN A; 4DR3 O; 2BSK A; 2OIE A; 2QDO A; 2WLM A; 1XL6 A; 5ITZ B; 5LXT A; 1IBM O; 1RPR A; 2DWE C; 3FYI B; 2LQT A; 3E8B A; 2EX3 A; 2X6A A; 1NU1 H; 4GUN A; 5HFL A; 2ETN A; 3SDL A; 4D7T A; 4DV6 O; 2HG5 C; 1Q3E A; 4UVC A; 4RUF A; 1YVW A; 2HVJ C; 1B04 A; 2RNB A; 3OEH G; 3F7Y C; 4X20 A; 1HNW O; 5KX5 B; 5GON B; 3ZMT A; 4DV0 O; 3CRA A; 3A0B Z; 5B3S B; 2XAF A; 1N33 B; 4MTF A; 1ZL8 A; 4RAI A; 1EN5 A; 4QNH B; 1V9P A; 5CMU A; 1SQB H; 4PA3 A; 2LP7 A; 3ETG A; 1GAX A; 2DJV A; 2CE4 A; 4ZOL A; 5L3F A; 4H44 B; 4X1Y B; 1YZB A; 2HLD G; 5D5Q A; 1QU7 A; 1H8H G; 1TVK A; 2YXL A; 3FB7 C; 1XMO O; 4PDV A; 3E35 A; 2ZR3 A; 4AHC A; 2CAZ C; 1X59 A; 4DV7 B; 2UXB O; 3T1C A; 2ZE8 A; 2BCC H; 4XDJ A; 4K0K O; 1MSW D; 2UXC O; 3JD1 A; 3ZBH A; 3I56 V; 4CS4 A; 3H9V A; 1FJG B; 4TV9 B; 3AEI A; 2EIK B; 1M93 A; 3JYC A; 3AG2 C; 5H9C A; 3KG2 A; 2OT5 A; 2ZNJ A; 3A8T A; 2OCC C; 2ZIO A; 2AXT Z; 1KP2 A; 2JGD A; 3LSQ A; 2N05 A; 3AK3 A; 4B3M O; 1GN4 A; 1NTZ H; 4MTG A; 3OAA G; 4UUJ C; 1XQ8 A; 2EZP A; 4MT8 A; 2LW1 A; 4K8Z A; 2DYR B; 3ZHV A; 1GN3 A; 4NXM B; 1N34 B; 2EIM B; 1V55 B; 4J9Y B; 3I5D A; 1IDS A; 5DM6 V; 4JI2 O; 3HKE A; 4BR6 A; 4D7S A; 4NVP A; 4Q6G A; 2UUC B; 2X6B A; 1Q81 W; 2Z3Y A; 3ABL C; 1H38 A; 4FJC C; 3STL C; 1KBH A; 4X64 B; 4PA6 A; 5L3B A; 2DQ0 A; 3E8G A; 1S77 D; 3L73 H; 1NR7 A; 3CCM V; 4GX2 A; 1YSC A; 1DF5 A; 1ZUQ A; 2UXN A; 1BGY H; 4DV3 B; 5CBG A; 3QG5 A; 4NTX A; 1M1K W; 3AG1 B; 2OWO A; 1FAF A; 1MAB G; 3RYI B; 1N36 B; 2R9R B; 3W7X A; 3KKY A; 1R3I C; 3OUS A; 1YHQ V; 2RQ6 A; 2R9I A; 4YHH O; 4N23 A; 1XNQ B; 1HWY A; 3N2K B; 4DR7 O; 1Z2G A; 1N4C A; 2G38 A; 3OR7 C; 4NXN B; 2HFE C; 2P67 A; 2MK3 A; 3JD3 A; 1H2S B; 4ZHQ A; 2UUC O; 1DTO A; 2LO1 A; 4A5U B; 1F4N A; 4JI8 O; 1RSO B; 1A32 A; 2ZCE A; 4TOI A; 4BW9 A; 5CA0 B; 2DWD C; 1KKD A; 4J7K A; 5HFM A; 4DR2 B; 1L1F A; 5EIB C; 5A2Q N; 5C8Y A; 2WAM A; 4I50 A; 4FLV A; 4JPR A; 3H1L H; 4MS2 A; 2RDC A; 4BW5 A; 2XAS A; 1MSD A; 1NQT A; 2QWN B; 4KXR A; 2FL4 A; 4ZI7 B; 1DF4 A; 3CCV V; 4TQF A; 4G2K A; 2A7W A; 3HKC B; 3CWB H; 1D2D A; 1SQG A; 2F43 G; 4OX9 B; 2WLL A; 4TV8 B; 5CA3 A; 5B1A B; 2XAQ A; 2YIB A; 5LMN B; 1ZSP A; 3OMA B; 1QBZ A; 3K9A A; 4GKJ B; 4ZKI A; 3WB2 A; 1N32 B; 1Y67 A; 4LNU A; 2WLN A; 1WN7 A; 1SQF A; 2JEU A; 2VWJ A; 2QKC A; 2YIC A; 2DE0 X; 3NR7 A; 3ASO C; 1PD3 A; 1SQP H; 5J2U A; 3BAA A; 3BY6 A; 4HNA A; 3ETE A; 3TET A; 3LNM B; 4X66 B; 4LF4 B; 4KHP B; 4UB6 Z; 3FB5 C; 1XMQ B; 4WFB V; 2Q68 A; 2ZXW B; 1SQV H; 4LF5 O; 1HDJ A; 3BRC A; 4IYH A; 3ABK B; 2MW2 B; 4J7J A; 2IJH A; 3K5L A; 2Q69 A; 3KCX A; 4O4L B; 1PKX A; 1XL4 A; 4L8J A; 1QNM A; 4DR4 O; 1SC5 B; 2R70 A; 3T4Z A; 4G28 B; 2DW4 A; 4LF8 O; 2UXD O; 1KKC A; 2CTR A; 4AQY O; 1SRY A; 5B1N A; 3RVY A; 4IIJ B; 4J10 A; 4LWS A; 3IFX A; 1PM9 A; 4X88 A; 1FXK B; 2QA4 V; 2IH3 C; 4FK5 C; 5CA1 A; 1OCC C; 1G6U A; 1EM1 A; 5FLX N; 4BIZ A; 4MW8 A; 2AGA A; 5EYP B; 5LHH A; 1YJN V; 3UQ8 A; 2XAG A; 2YUA A; 4BAY A; 2UUA O; 3ZS8 C; 4JV5 O; 3CCU V; 1HNX B; 1XOU A; 1F51 A; 1NR1 A; 3VBB A; 3SPC A; 4LFA O; 2ZNI A; 3N2G A; 3T1H B; 4NTW A; 4NR1 A; 1COW G; 4QIW F; 5J2T A; 1QVG U; 2DYS C; 2ATK C; 5IJ9 A; 1IBK O; 1VAR A; 1SF9 A; 3JAS B; 4FLX A; 2RCV A; 4OPH A; 5IYZ A; 4UCU A; 2UXX A; 4FFB B; 2B1I A; 5C93 A; 1PNL A; 4TSF G; 1W59 A; 2A3Q A; 1FFX B; 3ZHS A; 1GM9 A; 4X1I B; 5JVD B; 5IE9 A; 4W4L A; 4AIL C; 4YJ2 A; 3Q4H B; 5B1B B; 3ZMV A; 2YDE A; 3CCL V; 1CXZ B; 1J5E O; 1JX9 A; 1HNZ O; 5JQG A; 3H01 A; 4JI5 O; 1I5Y A; 4HAM A; 1Q6U A; 4O4H A; 5LGT A; 1XNR B; 4FIP C; 5LXT B; 2E75 B; 4CH3 A; 2QR4 A; 1SZX A; 1JFF A; 4P30 A; 3OE7 G; 2JS5 A; 3G71 V; 3P3N A; 4B08 A; 1AI6 A; 3AG4 C; 4ASU G; 2W6J G; 4FM0 A; 5B66 Z; 1IBL B; 3B8M A; 3OFN G; 2L6L A; 1ZAU A; 3OW2 U; 4LFB B; 4UCV A; 1R73 A; 1P49 A; 3APO A; 3D36 A; 5BR8 O; 1VMG A; 3ML0 A; 1ZL8 B; 2X0L A; 3AG2 B; 5JH7 A; 4GLX A; 2CUG A; 2OCC B; 3A0R A; 3CJH A; 1BMF G; 2F95 B; 2Q6A A; 4UXN A; 3ZRW B; 5GTH Z; 4L87 A; 1TA8 A; 4LF7 B; 4KUM A; 3CEI A; 1H2N A; 4GX1 A; 4I9Q A; 3E89 A; 4ZOL B; 4Z1M G; 4RUE A; 2ADQ B; 2XTA A; 1TVK B; 2X6C A; 3K03 A; 4B3S B; 1TUB B; 1M5I A; 2P22 C; 3STZ C; 2HHH B; 4CBC A; 4DK1 A; 3ABL B; 1OV9 A; 2EZO A; 3OMN B; 2M7W A; 3D36 C; 1YTF D; 4U7N A; 2ZE5 A; 1I94 B; 4AI8 A; 3BHP A; 4IT5 A; 4P9O A; 4H33 A; 1ORQ C; 3U10 A; 3RYF A; 2VRZ A; 4UCR A; 2VQE O; 2JGD B; 3SPG A; 4MW3 A; 1GK9 A; 3WG7 C; 2CTP A; 1WA8 B; 1HP8 A; 2IU3 A; 2CH7 B; 4ABM A; 1GN6 A; 2EIN C; 1TGO A; 1I5X A; 1AJN A; 4BIO A; 2F1M A; 3B77 A; 4PA7 A; 3JD0 A; 3HKE B; 1YXB A; 3CCQ V; 1HR0 B; 3RFR A; 4JYA O; 2V7Q G; 3G4S V; 1IUR A; 1M4U A; 3LDD A; 3FKS G; 3NXS A; 1AI4 A; 4DV1 B; 4EB6 A; 4JI4 B; 1BT8 A; 1IVS A; 3A0H Z; 1AR4 A; 2WPD G; 1FFT B; 5DN6 G; 3DXR B; 4Q20 A; 3P30 A; 1DLB A; 3UCS C; 2LGW A; 1UJW B; 5LP6 A; 1KP3 A; 2ITC C; 3MHS C; 3OT7 A; 1RM1 C; 2GSM B; 4CS3 A; 2FML A; 2GV9 A; 1BHA A; 3F7V C; 4DK0 A; 1WB8 A; 4U3F H; 1O9G A; 4X9Q A; 1TAE A; 4DR3 B; 4DV5 O; 2FB5 A; 1Q90 D; 4J41 A; 4P2Z A; 5IWA O; 3O9O A; 1K4C C; 4LCU C; 1IBM B; 1WPX A; 3CP1 A; 1XIL A; 3J81 N; 3C3T A; 1EN6 A; 4PDR A; 1T5E A; 5LHI A; 4YIO A; 4DV6 B; 5EC1 C; 3L74 H; 4OPA A; 5KA5 A; 1VQN V; 2ZM6 O; 1E79 G; 2ZIM A; 4DW1 A; 4U3J B; 5LP6 C; 4JGS A; 4K35 A; 5BMV B; 3ASO B; 1EZJ A; 1HNW B; 3OTF A; 4DV0 B; 1URF A; 1YCI A; 1H8E G; 5AG2 A; 1H2M A; 3CD6 V; 4Z2W A; 1Y66 A; 4HYO A; 4LP8 A; 4H0L B; 2QJ1 A; 4X89 A; 1KC8 W; 5JJN B; 2Y48 A; 2AHZ A; 4J11 A; 3AG3 C; 3CX5 F; 3B4S A; 2EBO A; 1XMO B; 2WLI A; 1KUQ A; 4IHJ A; 1FKA O; 1K5S A; 4FPP A; 1JVM A; 4FFK A; 4JI3 O; 2UXB B; 5LGU A; 5J2U B; 1VQ8 V; 1M56 C; 1Q5O A; 3K9S A; 4HNA B; 4K0K B; 4I55 B; 4IGG A; 2UXC B; 1CPY A; 4B3R O; 2HR3 A; 3ETQ A; 4JI0 O; 3U11 A; 1PNM A; 4JI1 B; 3K5N A; 2YXH A; 3RYH A; 3QO8 A; 3OTO O; 1EFR G; 3E8H A; 4O2B B; 2LGQ A; 1V54 C; 5IDJ A; 4B3M B; 2Y4U A; 4QE7 A; 4LFC O; 4PDM A; 3W7W A; 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1MZE A; 2PYL A; 5JH7 B; 1SQX H; 5DED A; 3N27 A; 4GX0 A; 5GW7 A; 4TUY A; 4WBN B; 4RWU A; 1VF6 C; 2Q7G A; 1QR9 A; 3ZN1 A; 3IAY A; 4F4L A; 4X1K A; 2BTO A; 2EIN B; 3U0Z A; 2CTQ A; 3CC4 V; 4PI0 A; 1SZT A; 5EZY A; 3B2E E; 4LF5 B; 4FZ0 A; 1P4R A; 2ZIN A; 1FS0 G; 2Q0O C; 3ZJZ A; 4PD4 F; 4DR4 B; 4X8A A; 2EUL A; 2ARH A; 3WU2 Z; 5KA6 A; 3C90 A; 4LF8 B; 4MVS A; 4O2A A; 1VQ5 V; 1VP7 A; 4AQY B; 2UXD B; 3MD0 A; 3ZMS A; 4YJ3 B; 3L70 H; 1CP9 A; 1D5A A; 3RYF B; 3JAR B; 2CK3 G; 4JAU A; 2VS0 A; 2Q5Z A; 4LC1 A; 1PPJ H; 2KQX A; 3K59 A; 1JJ2 U; 1M57 C; 3IJ4 A; 3ZRX A; 2UUA B; 4QJF B; 3K58 A; 1AR5 A; 4JV5 B; 1P7B A; 2RN9 A; 1WNS A; 3SYQ A; 1GM8 A; 2EIL C; 4LFA B; 1WP7 A; 1EN4 A; 1SER A; 1K97 A; 4LF9 O; 2HKO A; 3CME V; 1MG1 A; 2GTS A; 3JAK B; 5FL7 G; 3JAL A; 3IGA C; 4O4J A; 3SGI A; 2PZS A; 1NTK H; 5LHG A; 1IBK B; 1AP6 A; 2DOS A; 5GON A; 1L0N H; 1K8A W; 4YY3 O; 2PI5 A; 3R65 A; 3CHX A; 1FPO A; 3A2F A; 3TJT A; 3UT5 A; 2CGO A; 3QNE A; 1S0V A; 1M90 W; 3L71 H; 3QTC A; 1K7D A; 4OXS A; 2KKW A; 3T2M A; 1VQO V; 4X1Y A; 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