The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
|
structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DJV A; 4GKK O; 4A5U B; 2F4V O; 1IBK O; 1G1X B; 4DV3 O; 2N74 A; 4OPH A; 5LMN O; 2JRI A; 4DR3 O; 4AQY O; 4LF8 O; 1I94 O; 1D2D A; 2AGA A; 1YZB A; 2Z0A A; 5LMU O; 1AIL A; 1N34 O; 2ZKO A; 1FKA O; 1IBM O; 2VQF O; 1XMO O; 2UU9 O; 2UXB O; 1XMQ O; 4JI2 O; 5H5N A; 4B3T O; 4X65 O; 4DV6 O; 4JI7 O; 4LFA O; 3RT3 C; 4JYA O; 4LFB O; 3O65 A; 4JI6 O; 2LW7 A; 5BXZ A; 4DUZ O; 4JI4 O; 1XEQ A; 4LF7 O; 5A2Q N; 2HHH O; 4GKJ O; 3R66 A; 4K0K O; 4B3M O; 4DR2 O; 4DV4 O; 1X59 A; 4LF5 O; 2DOS A; 4LF6 O; 5IT9 N; 4OPA A; 4DR4 O; 4JI0 O; 1IBL O; 2ZM6 O; 4LF9 O; 4X64 O; 3J81 N; 4JV5 O; 1XNQ O; 3F5T A; 4X66 O; 1HNX O; 4DV7 O; 1XNR O; 1NS1 A; 4B3S O; 5LL6 Y; 3T1H O; 2FKX A; 2UUC O; 1HNW O; 1A32 A; 4YHH O; 1FJG O; 1F7Y A; 5IWA O; 5FLX N; 1J5E O; 1R1B A; 5BR8 O; 4JI5 O; 4LF4 O; 4NXM O; 4KHP O; 2VQE O; 4JI3 O; 1R6T A; 2UUB O; 4DR1 O; 4JI1 O; 3J7A U; 2UXC O; 4DV2 O; 3T1Y O; 3SDL A; 3OTO O; 2E5L O; 1N32 O; 4DV1 O; 2UUA O; 2UXD O; 4YY3 O; 4OX9 O; 3M8A A; 4DV5 O; 1KUQ A; 4X62 O; 1HR0 O; 4DUY O; 4DV0 O; 1AB3 A; 3J80 N; 1HNZ O; 5BY1 A; 4JI8 O; 4DR7 O; 1DK1 A; 1FYJ A; 3JAM N; 4B3R O; 4NXN O; 1N36 O; 4LFC O; 4DR6 O; 4DR5 O; 1N33 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JAR A; 4DV2 B; 2DQ0 A; 5B3S C; 5IYB O; 4ABM A; 3BHP A; 4DV3 O; 5LMN O; 3X2Q C; 2PTM A; 3LSQ A; 3AG2 B; 2CH7 A; 5LA6 B; 3THO A; 3QVN A; 1FXK B; 3ZIA G; 1H2S B; 1LUW A; 1QVF U; 2YDE A; 2H94 A; 2NR5 A; 3UT5 B; 5CBF A; 4BIU A; 2CTP A; 2IJI A; 1PL0 A; 2EIM B; 1QR8 A; 1WPX A; 3RT3 C; 3T1Y B; 3OTO B; 2MK3 A; 2IH1 C; 1KB9 F; 1XEQ A; 4GKK B; 4TV8 A; 4FM1 A; 2HJD A; 1QLE B; 4DV4 O; 1TUB B; 5LOV A; 3CCV V; 3WG7 C; 4LF9 O; 1KU9 A; 3ZHT A; 3SPI A; 4WF9 V; 5IJ0 A; 5B1A C; 3B77 A; 3U0Z A; 1L0L H; 5KHK A; 5CA1 B; 5KX5 A; 4LFC B; 2UUC O; 4MT8 A; 1SQF A; 4FMT A; 1FFT B; 4JI7 B; 5L3B A; 1ZAU A; 4JZ2 A; 5KUK A; 3GWK C; 3MHS C; 5FPR A; 1YTF B; 4NXM O; 3JAW A; 4PA9 A; 4H13 B; 1Q8I A; 1Y66 A; 1PNM A; 3ZHV A; 4RQF A; 1K34 A; 1VIB A; 5BZB A; 2OCH A; 3ZRW B; 2F43 G; 1KUQ A; 5KX5 B; 1ENV A; 3OMI B; 3G67 A; 5JQG B; 4BW5 A; 1Y74 B; 4GUN A; 4J7Z A; 2D3O W; 4BIO A; 3OMN B; 1SQP H; 2YC0 A; 1VF6 C; 3AEI A; 3ABT A; 2P5O A; 4NTY A; 1NT2 B; 4DR5 O; 1GM8 A; 2HVK C; 4NKG B; 1YF2 A; 1K3E A; 1I5X A; 1U96 A; 5CMU A; 3RGB A; 4A5U B; 4EB6 A; 2UUB B; 4X1K A; 4BAY A; 3HPL C; 1TUE B; 3SJB C; 5DED A; 2P7T C; 1NBM G; 1I94 O; 1D2D A; 2XUM A; 4ZIB A; 4O4I B; 1L0N H; 2P22 C; 3QTC A; 3OE7 G; 1BQ0 A; 3CCE V; 3OGC C; 3B2E E; 4I0X B; 2WLN A; 2YXH A; 1JR9 A; 1GTO A; 2UUA B; 3APO A; 2Q0A A; 4OX9 B; 3WFV A; 1SQX H; 4LF7 O; 1OCO B; 4K0K O; 4DR2 O; 2XAS A; 1KYO F; 5K1X A; 4JI0 O; 3F5W C; 1GN6 A; 4DW1 A; 1TGO A; 1NTM H; 4MW3 A; 2IM9 A; 4UVC A; 3APQ A; 1HNX O; 4IIJ A; 2V1D A; 4KUM A; 1VQ4 V; 3H01 A; 2VWK A; 5IDJ A; 3K5L A; 3W7U A; 4JYB A; 2F4V B; 4I50 A; 2JS5 A; 2X6B A; 3LSU A; 1AR5 A; 3JD2 A; 3ZS8 C; 3OM3 B; 3CYO A; 4D6T H; 4DO2 A; 1DLB A; 2O57 A; 1R6T A; 3W7X A; 2HKO A; 1N32 O; 4LH7 A; 3JYC A; 1JX9 A; 2ZDI C; 2JEU A; 4DV5 O; 1OHH G; 3JAS A; 1K5Q A; 4OXS A; 3S3X A; 3AG2 C; 3GWO A; 1FXK C; 3OAA G; 4JZG A; 1VF5 B; 2DWE C; 4H44 B; 2IW5 A; 3SPG A; 1WN7 A; 2PYJ A; 3K5O A; 1WA8 A; 3TXS A; 4X1I B; 4GZR B; 4W4K A; 4CS4 A; 3I5D A; 2R72 A; 4UB6 Z; 5B1B B; 3N2K B; 1QLE C; 1YSC A; 1QVG U; 3I56 V; 4X62 B; 2QKS A; 3LDE A; 4C7U A; 4HNA B; 4J7J A; 1OJH A; 1H2N A; 1S0V A; 1XIL A; 4B3T O; 2W0X A; 1WA8 B; 2ZR2 A; 1BHA A; 4K35 A; 3D3I A; 4MVS A; 4AHC A; 2KKW A; 2YSU B; 2X7R B; 3CJH A; 3BAA A; 5A2Q N; 3ABL C; 4B3M O; 5JCO A; 4DV3 B; 1QLN A; 3P30 A; 5LMN B; 3HKC A; 3A0B Z; 1TVK B; 4YJ2 B; 1YDX A; 1YXB A; 2ZNJ A; 3D36 C; 4MTF A; 1SRY A; 4CH6 A; 2IJK A; 2OTJ V; 4U7O A; 2A79 B; 1B3Q A; 4NXN B; 1TAE A; 1S5H C; 3DXR A; 1RFY A; 1Y4M A; 2E74 B; 1M4U A; 1CPY A; 1R1B A; 5KA5 A; 4PI0 A; 4KHP O; 2OT5 A; 1KBH A; 4GX1 A; 1R6N A; 4NTX A; 4NVP A; 3J7A U; 2EIN C; 4RUE A; 1K5S A; 3MDS A; 1G6U A; 1N0N A; 1ZLZ A; 4LP8 A; 4LF9 B; 2ZNI A; 1MZE A; 1VQM V; 3G80 A; 2RNB A; 5LGT A; 4ZOL B; 4QPJ A; 4LH6 A; 1K8A W; 2QM4 A; 3N2G A; 1SA0 B; 1ZX3 A; 3JAT B; 2XHB A; 1MOF A; 3JAM N; 3SPC A; 3ABK B; 1KMI Z; 4Z1M G; 5D5Q A; 2HHH B; 3JCZ A; 1O9G A; 5DN6 G; 3K58 A; 1OCZ C; 1MNG A; 3CCM V; 1IBL B; 5E1A C; 1G4Y B; 1XUQ A; 3ABU A; 3O9O A; 3CEI A; 3FYE B; 1OCO C; 1K4C C; 4E2L A; 3CME V; 1H2K A; 2GV9 A; 2Y48 A; 2Q73 A; 1EM1 A; 1YTF D; 1Y6X A; 2PGG A; 1GM9 A; 5FL7 G; 1EN4 A; 2QKC A; 4X20 B; 2OTL V; 3B09 A; 1QR9 A; 4DR5 B; 3WB2 A; 4FZ0 A; 4WFB V; 4G2K A; 4JI4 O; 3OR7 C; 4PA6 A; 2NLJ C; 3CRQ A; 4MTG A; 5IT9 N; 2JGD A; 2RCV A; 1XOU A; 5KUM A; 1I94 B; 3CRM A; 3JD4 A; 5A9G A; 1PKX A; 2F23 A; 2QGN A; 1XNQ O; 3ZX6 A; 4DW0 A; 4GCZ A; 1JA8 A; 2X6A A; 1Y76 A; 1A32 A; 2EJR A; 1UFI A; 3AK2 A; 4P30 A; 3E2E A; 3CXH F; 4UFZ A; 4F4L A; 3SYO A; 2GDS A; 1Q6H A; 2L35 A; 4PJ0 Z; 1Q6U A; 2FL4 A; 2CE4 A; 3CE2 A; 1JJ2 U; 1KD1 W; 2DYR C; 4JI3 O; 1Z5W A; 4JAS A; 4K0K B; 3RYF B; 4DR2 B; 2E5L O; 3OFN G; 1N4C A; 4JI0 B; 4JYY A; 1VF7 A; 5KLV H; 1IBM B; 5EYP A; 1NR1 A; 5B1B C; 4PA4 A; 4DUY O; 1HNX B; 4X65 B; 1AB3 A; 4YIP A; 1GAX A; 3ASO B; 2HVJ C; 4GX0 A; 2JS3 A; 4QE7 A; 1N36 O; 1P84 F; 1QCE A; 2RN9 A; 2OIE A; 5H2F Z; 1EBO A; 5LHH A; 2DJV A; 4ASU G; 1NH2 D; 5L3E A; 1RSO A; 3E8G A; 4Q20 A; 3LNM B; 1IX9 A; 3W7S A; 5LHG A; 2ZR3 A; 3ETD A; 1YZB A; 2Z0A A; 1HNW B; 3VQY A; 1KP3 A; 2CGO A; 4TUY A; 4WBN B; 2QEX V; 4O4H A; 4FVM A; 3L75 H; 3L70 H; 1WAZ A; 3Q4H A; 4DV6 O; 1H8E G; 1MSD A; 1GN3 A; 5F2V O; 4O2B A; 3ZRV A; 5FNV B; 5JH7 A; 1H2L A; 1E79 G; 2HLD G; 2ARH A; 3JCU Z; 1FS0 G; 4UV9 A; 1E1Q G; 1Q5O A; 3L71 H; 3ZED A; 2PI4 A; 3ZHR A; 5JCO C; 3AG7 A; 1YHQ V; 4MW8 A; 3IC7 A; 4TQD A; 2WLH A; 3CP1 A; 5HFL A; 5D5P A; 3UKM A; 3ML0 A; 1JMK C; 1MA1 A; 2AW9 A; 1FJG O; 4B3T B; 2CTQ A; 3ZHS A; 2ZIM A; 3AK3 A; 4HBN A; 4IHJ A; 2ITC C; 4MTO A; 5BR8 O; 1FD9 A; 2L6L A; 1K9M W; 1YJW V; 4JI5 O; 2LO1 A; 3ABK C; 3E8F A; 3G6E V; 3FB8 C; 1PV0 A; 4X1Y B; 3ZMT A; 2K1E A; 1H8H G; 3IC9 A; 3CCU V; 3FKS G; 4UCU A; 4YY3 O; 1AVM A; 2WLI A; 2WLL A; 3FD9 A; 3JD0 A; 1XMO B; 1KP2 A; 2DE0 X; 3ETQ A; 5J2U B; 1XHX A; 3QNE A; 4PD4 F; 3J80 N; 1JJO A; 3P32 A; 4J11 A; 2EZP A; 3K04 A; 2NN4 A; 5JJJ B; 3CC7 V; 2D2C B; 4DR7 O; 3OEE G; 4O4L B; 4RUF A; 3BVO A; 3AG1 B; 2FYU H; 5KAF Z; 3SYQ A; 2EUL A; 4GKJ B; 1N33 O; 1K33 A; 2ZDI A; 3PJS K; 2XAH A; 2Z3Y A; 5IYZ B; 3EFF K; 3K79 A; 5H9C A; 1CP9 A; 2B1I A; 4FZ1 A; 1P49 A; 1GMG A; 5LA6 A; 3BPZ A; 1DTO A; 1Q43 A; 2H3O A; 4B7K A; 5LP6 B; 1YEW A; 2XND G; 3CXC U; 4K3A A; 4PHZ A; 1ARO P; 2VQF O; 1S5L Z; 1XMQ O; 3UT5 A; 2YIC A; 5JVD B; 4QJF B; 4ZI7 A; 2JJ1 G; 2QTS A; 4JI6 O; 2LW7 A; 3FYI B; 2B5U A; 1OV9 A; 3QO5 A; 3F7V C; 1X59 A; 1M56 B; 1TUB A; 2F1M A; 2QA4 V; 4OGQ B; 2ZM6 O; 1GK9 A; 4FLY A; 4X64 O; 3J81 N; 3OEH G; 3VQV A; 2FB5 A; 4JYC A; 1Q90 D; 3H1K H; 5CA1 A; 4DV7 O; 2ATK C; 3K5M A; 1WB7 A; 4PDL A; 3BCC H; 3T1H O; 2ETN A; 1AR4 A; 1Q6I A; 4YJ3 B; 1OCC B; 4ZI7 B; 2P6J A; 3T2M A; 3ASO C; 3D3Q A; 4XDJ A; 2JJ2 G; 4JI4 B; 1B06 A; 4AQY B; 2EIK B; 4JI1 O; 3D36 A; 2ADQ B; 3ZRW A; 3EVK A; 1VQL V; 5JQG A; 1O9H A; 5FPO A; 1XNQ B; 1HR0 O; 1Y74 A; 4NB5 A; 1M5I A; 4X8A A; 4LWS B; 3BFR A; 3AG4 B; 1HNZ O; 2Y4U A; 1NQT A; 2QSA A; 2P4V A; 1QHT A; 1DK1 A; 4NR1 A; 1BT8 A; 1R73 A; 3H1H H; 3KZI Z; 3ZMS A; 1NVP B; 1LR1 A; 4KP4 A; 2E5L B; 3OGI B; 5J9P C; 2GTA A; 4OPH A; 4O4J B; 4DR3 O; 1IUR A; 4UCS A; 2QM8 A; 3G71 V; 4O4I A; 3CS5 A; 4PA3 A; 1AJN A; 1OCR B; 2VS0 A; 4I0X A; 1HW7 A; 4R50 A; 3RYH B; 3MHH C; 1N36 B; 5L3G A; 1WNS A; 3SR2 C; 3L9D A; 4J41 A; 1H2M A; 3O65 A; 4PDV A; 2Q7G A; 4DRX B; 3WB1 A; 1PL4 A; 2XAG A; 3CWB H; 4I55 B; 4Q6G A; 3K9S A; 4UCR A; 4LF6 O; 2P06 A; 5JJN B; 2Q67 A; 4DV0 B; 1JOY A; 2DW4 A; 5H6Q A; 5IE9 A; 4L8J A; 4JV5 O; 4RO2 A; 3H1J H; 1NS1 A; 4CS3 A; 5CA3 A; 1N8R W; 1EZV H; 2FKX A; 2B9Z A; 3CX5 F; 4YHH O; 1QU7 A; 5IY5 B; 5C93 A; 4DV6 B; 1R3I C; 3E83 A; 3QG5 A; 4EFB A; 5IWA O; 4CS2 A; 4LF4 O; 3AG1 C; 4JAU A; 5CN0 A; 4UVB A; 2WSS G; 4UXN A; 3RYI B; 1PNL A; 1NH2 B; 3SYP A; 5LMU B; 3LDC A; 1D5N A; 1NTK H; 1US6 A; 2R9I A; 3CRA A; 1FXV A; 1VQ8 V; 3AG3 C; 5LP6 C; 1FJG B; 5KHJ A; 1W2B U; 4WFE A; 4DUZ B; 5BR8 B; 4JI5 B; 1NR7 A; 4Z2W A; 4X1I A; 2JEX A; 3U10 A; 2C2A A; 3D8C A; 4CZZ A; 3K9A A; 1BHB A; 3N2K A; 4YY3 B; 1YIT V; 2ZD9 A; 4IT5 A; 3MAQ A; 1XNR B; 1M56 C; 3BA8 A; 3UCS C; 1UJW B; 1Y67 A; 3CD6 V; 5KHI A; 4HNA A; 3ZRS A; 1N34 O; 3LNN A; 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2ZE6 A; 2Z5U A; 2BTQ B; 2GHY A; 2ZT9 B; 5IY5 C; 1PD3 A; 1CEZ A; 3K08 A; 2FML A; 2LJ2 A; 4H0L B; 5EBM C; 2M6Y A; 2ZE8 A; 4DR3 B; 4PA7 A; 2DN9 A; 2QWP B; 3ZN1 A; 2BSK B; 1QNM A; 3TXQ A; 2VWJ A; 2CGN A; 4X66 O; 1ZTE A; 3F7Y C; 2Y4T A; 1ORQ C; 1EN6 A; 3CCJ V; 4L87 A; 5GTI Z; 4UUJ C; 3SYA A; 2GUZ A; 1F7Y A; 1NVP D; 3JAK B; 1P7G A; 4BIZ A; 4WFA V; 2VQE O; 1H38 A; 1S5J A; 1SZX A; 3RVZ A; 2Y0P A; 4MVZ A; 3RYF A; 3UO2 A; 3T1Y O; 3OTO O; 4LF6 B; 3VQX A; 1HWY A; 2LW1 A; 4MTX A; 4PV1 B; 4JV5 B; 1FAF A; 4X89 A; 2QWR B; 1XHZ A; 2GUZ B; 4J9Z B; 5KMG B; 3ZMU A; 3K57 A; 5B1O A; 4DXW A; 5IWA B; 3ZHQ A; 4LFC O; 4LF7 B; 1V55 B; 4LF4 B; 2XT9 A; 2IJJ A; 1RPO A; 4FM2 A; 1P4R A; 3HKB B; 3TCU A; 1IBK O; 1M90 W; 5B3S B; 2DYS B; 4FLU A; 3VBB A; 3KCY A; 5DM6 V; 3E89 A; 3OT7 A; 1ZUQ A; 2AZ0 A; 2QJ1 A; 4HAM A; 3ZMV A; 4PDM A; 4GLX A; 4WBN A; 2UXB O; 1SQQ H; 4U7N A; 2EIJ C; 5EIB D; 4ZBM A; 5FNV A; 4D7T A; 4P9P A; 4UCO A; 3SYC A; 1N32 B; 1FFX B; 3IGA C; 3CRR A; 1FPO A; 2FTK A; 1Q81 W; 4DV5 B; 2M7W A; 5C8Y B; 4LF5 O; 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