The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI3 O; 4DV5 O; 4DV3 O; 4LF8 O; 1IBK O; 5LMU O; 4B3T O; 1N32 O; 2ZKO A; 5BXZ A; 4GKJ O; 4LF9 O; 1FYJ A; 3M8A A; 4JI8 O; 4JI0 O; 5FLX N; 2DOS A; 4DV4 O; 2HHH O; 4DR5 O; 2UUB O; 1R6T A; 4NXN O; 2UU9 O; 1HNX O; 3T1Y O; 1YZB A; 4JI2 O; 4DR1 O; 4OX9 O; 4DV6 O; 4X66 O; 1F7Y A; 2Z0A A; 4LFB O; 1HR0 O; 2UUC O; 1IBL O; 4B3S O; 5IWA O; 5LL6 Y; 3RT3 C; 3J80 N; 3JAM N; 2UXC O; 4GKK O; 1N34 O; 4DR7 O; 3O65 A; 4JI6 O; 1XNQ O; 4DV1 O; 1HNW O; 4LF5 O; 4JI1 O; 1N33 O; 2VQE O; 4DV7 O; 2UXD O; 4OPA A; 1A32 A; 4JYA O; 2LW7 A; 3SDL A; 2VQF O; 4DV2 O; 4B3M O; 5IT9 N; 2DJV A; 1AB3 A; 1AIL A; 4DUY O; 2N74 A; 4JV5 O; 1X59 A; 2UXB O; 4DR4 O; 2UUA O; 4K0K O; 1HNZ O; 4JI5 O; 1FKA O; 4DR3 O; 1XNR O; 4LFA O; 1FJG O; 2AGA A; 5LMN O; 1D2D A; 1NS1 A; 1I94 O; 1XEQ A; 1DK1 A; 5H5N A; 4X65 O; 4A5U B; 3R66 A; 5BY1 A; 4KHP O; 4DR6 O; 4DR2 O; 5A2Q N; 4X64 O; 3J7A U; 3J81 N; 1R1B A; 4DUZ O; 4OPH A; 3T1H O; 1J5E O; 2F4V O; 1KUQ A; 3OTO O; 4LFC O; 4LF4 O; 1XMQ O; 1IBM O; 4LF6 O; 4JI4 O; 4YHH O; 2FKX A; 4YY3 O; 1XMO O; 1G1X B; 4AQY O; 4DV0 O; 2JRI A; 2ZM6 O; 2E5L O; 4B3R O; 3F5T A; 5BR8 O; 4LF7 O; 4NXM O; 1N36 O; 4JI7 O; 4X62 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1H2M A; 2EIJ C; 1KQS U; 1XQ8 A; 2DYS B; 4KFM A; 1JMK C; 1SQB H; 3K08 A; 3ASN B; 5DN6 G; 1FYJ A; 2P4V A; 1LUW A; 2JGD B; 4O2B A; 2XAF A; 1VQM V; 2WLI A; 3GWK C; 2UXX A; 4I4T A; 1M1K W; 1F23 A; 1R6T A; 3WB0 A; 1GH6 A; 3VQY A; 3CE2 A; 3WB2 A; 1MSW D; 1NZ6 A; 2ADP A; 3S3W A; 2XT9 A; 2YI8 A; 2BTQ A; 2DWD C; 1FAF A; 2R72 A; 1N33 B; 3OGC C; 4CZZ A; 1WNS A; 3JSN A; 3D3I A; 2VQF B; 4DV2 B; 2R9R B; 4MT8 A; 1WPX A; 3S3X A; 1PKX A; 1THZ A; 2CH7 B; 3JCZ A; 4O4L B; 3SJQ C; 1XNR B; 3IC7 A; 2A7W A; 2QEX V; 1GTO A; 4GT1 A; 4I55 B; 5L3B A; 5FL7 G; 3ASO B; 5KHJ A; 3T4Z A; 1RSO A; 1FKA O; 1U96 A; 2N05 A; 3CJH A; 2N04 A; 1FJG O; 4WFB V; 3FB8 C; 3UT5 A; 3DTU B; 1R3L C; 4U3J B; 2QM8 A; 3I5D A; 4YJ2 B; 4O4I B; 1N4C A; 3A0B Z; 1KB9 F; 5H2F Z; 1JX9 A; 3W7U A; 2Q69 A; 2GTS A; 1OCZ C; 3I56 V; 3AG2 B; 2F1M A; 1MNG A; 2P22 C; 2DYR C; 5H6R A; 1Q86 W; 5BR8 B; 3JD0 A; 2B9Z A; 4JAU A; 2JRI A; 2HKO A; 1P7B A; 3D8C A; 4B3T B; 2R70 A; 3EFF K; 2GUZ B; 3F5T A; 4DXW A; 2M7W A; 1N36 O; 4LF9 B; 4PA6 A; 1VQ5 V; 3CRQ A; 3SPC A; 4DV3 O; 1H38 A; 3WB1 A; 2OIE A; 2PYL A; 2EIM C; 3ZIA G; 1F4N A; 1QCE A; 4UB8 Z; 4MVO A; 3ZHQ A; 3R65 A; 3CRR A; 3TET A; 2XAJ A; 2LP7 A; 2AXT Z; 5FNV B; 3JCU Z; 1GM8 A; 2H94 A; 5CA0 A; 4QPJ A; 4D6T H; 3HKC A; 4DV6 O; 1YJW V; 5B1B C; 4J7J A; 4O4J B; 2ZNI A; 3AG3 C; 1ZAU A; 2WLI B; 3FYI B; 4GYC B; 1HWY A; 1QNM A; 2V7Q G; 4JYA B; 3OW2 U; 4I4T B; 4TSF G; 4JI1 O; 2NR5 A; 5JJE B; 1Y74 A; 4HNA A; 1LR1 A; 4I9W A; 4DRX A; 4DR3 B; 4B7K A; 3E83 A; 2BTQ B; 3ABU A; 1AR5 A; 3T2M A; 5JQG A; 2A06 H; 2F93 B; 2LGW A; 4HZ3 A; 4DV7 B; 1IDS A; 4Z1V A; 5H6Q A; 1K5S A; 2ZCE A; 3ABK B; 4CS2 A; 3OD4 A; 4A5U B; 1HNZ B; 1DTO A; 2W6I G; 2W6J G; 1X4T A; 4KHP O; 1RSO B; 2AHY A; 4TWK A; 1PNK A; 1QLE B; 1SQX H; 3CJH B; 3LDC A; 1VQK V; 1NVP B; 3UT5 B; 4X88 A; 1EZJ A; 4YY3 O; 5IYC O; 2EIK C; 1H2K A; 4IYH A; 2AZ0 A; 5IY5 B; 2ZM6 O; 1OV9 A; 5GON A; 2DMX A; 5B1N A; 3AG1 C; 1VQ6 V; 3KZI Z; 3CS5 A; 3OT7 A; 1M57 C; 2Q7H A; 1YIT V; 1GKF A; 2DE0 X; 2YIC A; 4NXN B; 1V54 C; 4JI0 O; 3P3P A; 3RYF B; 3CCE V; 4ZIB A; 1I08 A; 1FXK B; 2GHY A; 3HB3 B; 2AHZ A; 4JZ2 A; 3BVO A; 4MVZ A; 4P2Z A; 4H33 A; 3E8B A; 1JOY A; 2QTO A; 3K58 A; 3CC7 V; 1L0N H; 5LP6 C; 4OXS A; 2YXL A; 4RUF A; 3CEI A; 4JAA A; 1DGS A; 3F7Y C; 2CUG A; 3RVY A; 1RFY A; 2WLJ A; 1YIJ V; 5BZB A; 5B3S B; 3MHH C; 2UUB B; 3ZRS A; 3K59 A; 1NVP D; 1YCI A; 1XUQ A; 3OEH G; 3B40 A; 2Q8V A; 2XTA A; 4D7S A; 5CB4 A; 4OPA A; 1ENV A; 5IT9 N; 2YSU B; 2ITC C; 2XAH A; 3AG7 A; 2EJR A; 4K3A A; 4FVM A; 2VWK A; 1Q6U A; 3ZRV A; 4MVU A; 4P30 A; 1IUR A; 5ITZ A; 1GM9 A; 2Z5U A; 2OIG A; 1D2D A; 1ARO P; 1M93 A; 1NS1 A; 2BE3 A; 1S5J A; 1Y74 B; 4EFE A; 1VEW A; 1FXV A; 4KXR A; 4LNU A; 1DLB A; 3K0G A; 4X20 A; 1XMQ B; 4DR6 O; 2YI9 A; 3CME V; 4C7U A; 2RJZ A; 3OM3 B; 2DN9 A; 5KA6 A; 4H0L B; 4LFC O; 1NI8 A; 2EIJ B; 3ZHV A; 5J2T A; 4IIJ A; 5JJN B; 3L71 H; 2JEU A; 2QWP B; 1YVW A; 4QGP A; 3CCV V; 4P9P A; 4LF7 B; 3CCR V; 5BMV A; 2R9I A; 3N2K B; 3TJT A; 2A3Q A; 1VQ8 V; 2D2C B; 4RQF A; 4I50 B; 4QIW F; 1R3K C; 5J2U B; 4WCE V; 4ZI7 A; 2FML A; 4UV8 A; 5JCO A; 4GKJ O; 1UFI A; 3TK1 A; 5L3E A; 3T4D A; 2PUS A; 1K97 A; 5GON B; 4GX5 A; 3N2G A; 4WFA V; 4UUJ C; 4FPP A; 3MDS A; 5K1P A; 2ZE7 A; 3PN1 A; 1K4D C; 3RVZ A; 3TGU H; 3MAQ A; 1F7Y A; 4X1K B; 1HR0 O; 4KL1 A; 5IWA O; 3ZX6 A; 2ZDI A; 3BEH A; 4GX2 A; 4XDL A; 4FLW A; 2DQ3 A; 1R6K A; 3E22 A; 3C3S A; 3K0D A; 4QPK A; 2ADQ B; 5KA5 A; 4F6E A; 2RDC A; 5F2V O; 2FYU H; 3I55 V; 4X1I A; 1AB3 A; 3IFX A; 1BHA A; 4IL6 Z; 2N74 A; 4LBE C; 1NBM G; 5TIS Z; 3FB7 C; 2HR3 A; 3ZMZ A; 3CC4 V; 5CN0 A; 2UUA O; 3ZRX A; 3U10 A; 1F51 A; 5CB4 B; 2CDY A; 4NR1 A; 4N23 A; 4H13 B; 3THO A; 4DUY B; 3E2E A; 3CWB H; 3LDE A; 5EC2 C; 2G38 A; 4JTA B; 3A8T A; 4H44 B; 3CRA A; 2JS5 A; 1BHB A; 2K1E A; 3R66 A; 1FPO A; 4PJ0 Z; 3L73 H; 5B66 Z; 4U3F H; 2QTS A; 4KP4 A; 1YTF B; 5IJ9 A; 1VMG A; 1EBO A; 5GW7 A; 3ZJZ A; 1NU1 H; 4EKW A; 1NJI W; 1N36 B; 2E3C A; 2YIA A; 1Y76 A; 3L74 H; 4FLT A; 4DV3 B; 1N8R W; 4X20 B; 2WLN A; 2UXB O; 2QWR B; 1SQV H; 5B1A C; 4B7E A; 3F5W C; 3TCU A; 3CXC U; 3E8G A; 5LOV A; 4U7O A; 4UFZ A; 2A79 B; 1Q90 D; 5BMV B; 2QWN B; 3HKD B; 4DV4 O; 2HHH O; 4IT5 A; 5B1B B; 4F4L A; 3CSX A; 4DV6 B; 3AG3 B; 4E4E A; 4DV5 B; 1RP3 B; 2QWO B; 4CS3 A; 2IU3 A; 2BOC C; 2GBO A; 4DR5 B; 5IYB O; 3UQ8 A; 1KEC A; 4MVS A; 5L3D A; 4JI1 B; 1EZV H; 3JD3 A; 3J80 N; 3EVK A; 2YIB A; 4I5S A; 2EUL A; 3ICX A; 2P7T C; 3QO8 A; 1YJ9 V; 4DV1 O; 3CCL V; 3N2G B; 1EN4 A; 1Z5W A; 3K79 A; 4GZR B; 5FPR A; 3FB5 C; 4J41 A; 2CH7 A; 5EBL C; 4JV5 O; 2Y0I A; 2OTL V; 4YXW G; 4O4L A; 3B8M A; 3TXQ A; 1S5L Z; 4PA9 A; 1XNQ B; 4I55 A; 1M4U A; 4UCR A; 3E22 B; 4WBN B; 3CRC A; 5LMN O; 1WP8 A; 4EEQ A; 1OHH G; 2ZR2 A; 3TXS A; 2VS0 A; 4KHP B; 4TV9 B; 2K9P A; 1I5Y A; 4X65 O; 4U3J A; 4BW9 A; 2EIK B; 4FFK A; 1VF6 A; 3ABM C; 4UCS A; 4O4I A; 2P06 A; 3JYC A; 4YY3 B; 2ODM A; 4PHZ A; 3B4S A; 3SJA C; 3AG1 B; 2ZM6 B; 5LGU A; 2M6Y A; 1M57 B; 4UV9 A; 4YHH O; 4DV0 O; 1JFF A; 4L8J A; 1NKD A; 2E5L O; 5LA6 A; 1V54 B; 4BIU A; 1NTM H; 4DK1 A; 2ZXW C; 3K5N A; 2GV9 A; 4JI0 B; 2GUZ A; 2JJ1 G; 5IJ9 B; 2ZKO A; 2EIL B; 5LP6 B; 2WSS G; 1YJN V; 3A0H Z; 2X7R B; 1MA1 A; 3IJ4 A; 1QU7 A; 3W7X A; 4WF9 V; 2ZE8 A; 2UU9 O; 3LUT B; 3HKE B; 1BMF G; 3CXH F; 3B77 A; 1J95 A; 3LDD A; 5FPO A; 4B3S O; 1V9P A; 1ROP A; 3FX7 A; 1COW G; 4H37 A; 3JAM N; 2QJ1 A; 1JQ0 A; 4GKK O; 2KG7 A; 1AI6 A; 4O4J A; 5JVD A; 3FB6 C; 1LNQ A; 4DO2 A; 3OMA B; 3H1I H; 3QTC A; 4I7Z B; 3QO5 A; 1E1R G; 1K8A W; 4BIO A; 3FYE B; 4JI5 O; 1K34 A; 3VQX A; 2V1D A; 2BOB C; 2GSM B; 1AVM A; 1I94 O; 3CCQ V; 1XEQ A; 4DR6 B; 3E86 A; 3ZS8 C; 1HW7 A; 3SPH A; 1SS3 A; 1IVS A; 3STL C; 2CTQ A; 4LFC B; 4E2L A; 3K5L A; 4AI8 A; 4DR2 O; 1SF9 A; 2QGN A; 1VIB A; 3M7M X; 2NLJ C; 1DF5 A; 3JAT B; 4TOI A; 3BHP A; 1NQT A; 5IE9 A; 1IBM O; 2X0L A; 1FS0 G; 1PV0 A; 1H2N A; 4G28 B; 3RGB A; 2PTM A; 1AP6 A; 4LC1 A; 3LSU A; 2PGG A; 4DUZ B; 2KKW A; 5C93 A; 1W2B U; 1S3J A; 3IGA C; 3NXS A; 1IBK O; 1KC8 W; 4JYC A; 3EHB B; 2CTR A; 2OCC C; 5H9C A; 4U7N A; 1I5X A; 3JD2 A; 1Q6I A; 5FLX N; 1JFF B; 1R3J C; 2YIB D; 3SPJ A; 3APQ A; 5LA6 B; 1NR7 A; 4WFE A; 3RYF A; 1M90 W; 1YEW A; 2JEX A; 1HR0 B; 1D5N A; 1YZB A; 1FXK A; 3D36 C; 4LCU C; 5IWA B; 2QKA A; 2X6C A; 4MVR A; 1M5I A; 3U11 A; 5GTH Z; 4CS4 A; 2Q4P A; 3CCM V; 5AG2 A; 5JJJ B; 1IBL O; 4CH5 A; 5B1O A; 3RT3 C; 1QBZ A; 3KKY A; 4DR7 O; 4CC6 A; 3IAY A; 2X6A A; 1OCC B; 4JI6 O; 2YXY A; 4LF5 O; 2EBO A; 3CCJ V; 4PDR A; 1AR1 B; 2UUA B; 1BL8 A; 3AK1 A; 1EM1 A; 3K9A A; 1N0N A; 2UXC B; 4MSW C; 4MW3 A; 3RBZ A; 2KG7 B; 3EXA A; 2XAG A; 5JVD B; 1I0H A; 4R8C A; 2P90 A; 1QR8 A; 4ZHQ B; 3Q4H A; 3CPW U; 4ZKI A; 3ZBH A; 3G4S V; 5EIB C; 1PPJ H; 1KKC A; 2VWJ A; 1K9M W; 5EZY B; 4DW1 A; 5DEC A; 1ZLZ A; 1Z2G A; 4JF3 A; 1QVF U; 1MOF A; 4OPH A; 3T1H O; 1G8M A; 4LH6 A; 3ZHT A; 1JPX A; 3M99 B; 5B1A B; 1MSD A; 2WA3 A; 2JJ2 G; 4LF6 O; 1S0V A; 2H3O A; 4JI4 O; 2FKX A; 2UXB B; 3ZMS A; 3ETD A; 1WPB A; 4J80 A; 4W4L A; 4HYO A; 2CTP A; 1GK9 A; 1CP9 A; 2LFS A; 3N2K A; 2Y4U A; 3JAL B; 4UVA A; 3SPG A; 3OTO B; 2NN4 A; 2HHH B; 4I50 A; 2HJD A; 4YJ3 A; 2Q0A A; 5J2U A; 1BZK A; 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3OR7 C; 5KHI A; 3CRM A; 3K57 A; 2UXD O; 3AK2 A; 4JI5 B; 5LYJ B; 1AIL A; 1WA8 B; 2YS8 A; 3OE7 G; 4FLY A; 2YUA A; 1VF7 A; 3K03 A; 4YIO A; 3CMA V; 1I94 B; 2BSK A; 3B8N A; 1RM1 C; 3LSS A; 1M56 C; 1W0K G; 1GRJ A; 5EYP B; 1Y6X A; 4HAM A; 4WBN A; 4DR2 B; 4UB6 Z; 1VAR A; 2HP8 A; 5LHH A; 5KX5 B; 1FD9 A; 4JYY A; 4TV9 A; 1Y67 A; 2WLM A; 4UXN A; 1IBM B; 4G27 B; 2HFE C; 2QR4 A; 1FJG B; 1K5Q A; 4RO2 A; 3SYC A; 1MZF A; 1KU9 A; 1MAB G; 4DYL A; 4D7T A; 5EBM C; 4LF4 O; 1K7D A; 1OCO C; 3H1K H; 3FKS G; 1OCZ B; 1OJH A; 2Y48 A; 3ZRW B; 4CH3 A; 2OCC B; 3H9V A; 3L72 H; 4JGS A; 3BAB A; 5IYZ A; 2DYR B; 3GB7 C; 2WPD G; 4JI7 O; 2RMK B; 2QE7 G; 5HFL A; 3D3Q A; 2JS3 A; 1EFR G; 3SJC C; 5LP6 A; 1QQC A; 3B2E E; 3A0R A; 1S72 V; 5K1X A; 2EIM B; 3T1Y O; 1IBL B; 1SQG A; 4FLX A; 4DR1 O; 1AJN A; 4DR7 B; 1VQ4 V; 4ZOL B; 2IBZ H; 5KUM A; 4LFB O; 3HKE A; 2HVJ C; 2E75 B; 4JI6 B; 3F7V C; 2EZO A; 1CEZ A; 1MG1 A; 3DXR B; 3OGI B; 1N34 O; 5CA1 B; 4F6R B; 2DW4 A; 3CX5 F; 1AR4 A; 3T1C A; 3O9O A; 4R7C A; 4DV7 O; 4J7Z A; 1A32 A; 4Z1M G; 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