The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X64 O; 4OX9 O; 5IT9 N; 4AQY O; 4LF7 O; 5FLX N; 1IBM O; 2HHH O; 4K0K O; 3F5T A; 4LF6 O; 1XNR O; 4A5U B; 1NS1 A; 4DR1 O; 2Z0A A; 3T1H O; 2UUC O; 4LF9 O; 4DV7 O; 4JI4 O; 4JI2 O; 1N32 O; 5LMN O; 4JI0 O; 4DR3 O; 3J7A U; 4JI8 O; 4B3M O; 4X65 O; 4DV1 O; 5H5N A; 2UXB O; 3M8A A; 4DV0 O; 4JYA O; 5A2Q N; 4JI7 O; 4JV5 O; 4JI1 O; 2DOS A; 1N33 O; 4DV2 O; 4GKJ O; 1XEQ A; 1F7Y A; 4DR7 O; 3SDL A; 4LFC O; 1J5E O; 4B3T O; 4JI5 O; 2UU9 O; 1DK1 A; 1AB3 A; 2VQE O; 4B3S O; 5BXZ A; 4LF5 O; 2N74 A; 5LL6 Y; 5BR8 O; 1AIL A; 4DR5 O; 1A32 A; 4YY3 O; 1IBL O; 4KHP O; 1IBK O; 1HNX O; 1FJG O; 4YHH O; 2E5L O; 2F4V O; 2FKX A; 4LF8 O; 3T1Y O; 4LFB O; 4DR2 O; 3J81 N; 2AGA A; 3JAM N; 4DV6 O; 1N34 O; 5LMU O; 4GKK O; 4NXN O; 4DUY O; 4DV4 O; 2UXD O; 1XMO O; 1XMQ O; 4NXM O; 1R6T A; 1N36 O; 4OPH A; 1FKA O; 1XNQ O; 1G1X B; 4DV5 O; 4DUZ O; 4OPA A; 5IWA O; 4X66 O; 4DV3 O; 4LFA O; 1HR0 O; 4JI6 O; 2JRI A; 4LF4 O; 1I94 O; 1HNW O; 1D2D A; 1YZB A; 3RT3 C; 4B3R O; 3J80 N; 4DR6 O; 4DR4 O; 2LW7 A; 1X59 A; 1FYJ A; 4X62 O; 3R66 A; 2UUA O; 2ZM6 O; 5BY1 A; 3OTO O; 1R1B A; 2UUB O; 1KUQ A; 4JI3 O; 2VQF O; 2UXC O; 3O65 A; 2ZKO A; 2DJV A; 1HNZ O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4X62 B; 1IXB A; 5FLX N; 3KG2 A; 1H38 A; 1XBL A; 4DXW A; 1PPJ H; 4PDM A; 3B40 A; 4A5U B; 4UCV A; 1NS1 A; 2WLN A; 2CTP A; 1I5Y A; 4EB6 A; 4K0K B; 3G80 A; 3DXR B; 2RJZ A; 5EZY B; 3ZHT A; 2FML A; 2QTS A; 5JQG A; 1HNW B; 5AG2 A; 3JAW B; 1B6Q A; 2QWP B; 2YIC A; 2Q8V A; 3A8T A; 1GK9 A; 2GHY A; 4GKJ O; 1XHX A; 5IYZ B; 1YTF D; 2ZT9 B; 4NVP A; 5KUM A; 2UXB B; 2XT9 A; 5IJ0 B; 1J5E O; 3ZHV A; 3WG7 B; 2Z3Y A; 5KAF Z; 4EKW A; 4PA7 A; 5KX5 B; 1M9N A; 1NT2 B; 4O4L B; 4TOI A; 2HKO A; 4L87 A; 2OTJ V; 4LNU A; 1Y76 A; 3JAR B; 4PA4 A; 4UCU A; 2X6B A; 1XNR B; 1COW G; 1M90 W; 4DR5 O; 1A32 A; 3P3P A; 3E86 A; 1UPG A; 5LMN B; 1K97 A; 4KXR A; 1WNS A; 3AG1 C; 5JVD A; 2XAJ A; 3SYA A; 1NVP D; 5EC1 C; 1GN6 A; 4DV2 B; 3RVY A; 4DR7 B; 2LO1 A; 1E1Q G; 2L35 A; 3ZHS A; 5IDJ A; 2IH3 C; 3ZMS A; 3LUT B; 3CC4 V; 1ZLZ A; 2DE0 X; 4LF4 O; 4R50 A; 4NR1 A; 2ZR2 A; 1RM1 C; 1R73 A; 3RYC A; 1IBK B; 2GDS A; 1IVS A; 3CCS V; 4B7K A; 2AHZ A; 2G38 A; 4X1K A; 4CH5 A; 3FAV B; 3K08 A; 2QGN A; 3D3Q A; 3TXS A; 5JJE B; 1BHA A; 4U3J B; 1VQ7 V; 1K33 A; 4P2Z A; 5IJ9 B; 3JD2 A; 4HNA B; 5LHG A; 1JFF A; 4RUF A; 2EIK C; 1QVG U; 3AEI A; 1FXH A; 4JI2 O; 5GTI Z; 4FM2 A; 4MTG A; 3BCC H; 2WA3 A; 1BGY H; 2MW2 B; 2BSK A; 1B3Q A; 2Q7G A; 2K9P A; 5J2T B; 4LF9 B; 1PKX A; 1VF6 A; 1N33 O; 4K35 A; 5FNV A; 2WLL A; 1Q90 D; 1ZSP A; 2LJ2 A; 1JOY A; 5DM6 V; 1KD1 W; 1RPR A; 1XUQ A; 5L3D A; 2QR4 A; 5EIB C; 2ZNI A; 2P4K A; 4YY3 O; 4J11 A; 4G28 B; 5ITZ A; 4TV9 A; 4K8Z A; 3N2G B; 2W0F C; 1EZJ A; 3IC7 A; 3JAK A; 3JAM N; 4DUY O; 5E79 Z; 1YJW V; 1VF5 B; 3F7V C; 5CA3 A; 2WPD G; 4TUY B; 1NTK H; 1HP8 A; 1WLE A; 1K5S A; 2QM7 A; 4DV5 O; 1JMK C; 3LSS A; 1S5H C; 2YIB D; 4YIO A; 3N2K A; 3Q4H A; 2X7R B; 1NTZ H; 2QA4 V; 2D3O W; 1OCR B; 1R3K C; 1RM1 B; 3KCY A; 1SQV H; 3H9V A; 5KMG A; 1BSM A; 1EZV H; 3CRQ A; 2CTQ A; 3K03 A; 5HFM A; 2RQ6 A; 3OTO O; 1BQZ A; 3D36 C; 2NLJ C; 4QPK A; 1ARO P; 1Z5W A; 1WP7 A; 1X4T A; 1Q6U A; 5C8Y B; 4QNH B; 1IBM O; 3E22 B; 3ETQ A; 1JJ2 U; 2UXD B; 5E1A C; 3GVM A; 4X1Y B; 1XI1 A; 4AQY B; 4X66 B; 2A3Q A; 2WLI A; 4DV3 B; 2JJ1 G; 4JAA A; 1WB8 A; 3F5W C; 1BMF G; 1FFX A; 1P49 A; 3P30 A; 4DR4 B; 3OT7 A; 3U10 A; 1PV0 A; 1XEQ A; 3FYI B; 1GAX A; 1KEC A; 2QM4 A; 3M99 B; 3CB2 A; 3SDL A; 4LFC O; 1XRE A; 4JV5 B; 2UU9 O; 1KKD A; 3ABK C; 4Z1M G; 1VEW A; 4WFA V; 1AP6 A; 4DR1 B; 3E8F A; 3K5O A; 5L3F A; 5DEC A; 3BHP A; 5JCO C; 2R70 A; 3ABM B; 4R8C A; 2RCV A; 4JF3 A; 4LF5 B; 4J10 A; 1QR9 A; 4R6Z A; 4DV1 B; 3U0Z A; 1FPO A; 1THZ A; 4GKK O; 5EIB D; 3BAB A; 3OFN G; 1TVK B; 2QWO B; 1G1X B; 3LSU A; 4OPA A; 3JD0 A; 1GTO A; 2LW1 A; 3E83 A; 4O2B B; 1XMO B; 3LDD A; 4H44 B; 1W0J G; 2P6J A; 1JQ0 A; 1X59 A; 2ZNJ A; 3JAT A; 5EYP A; 2DQ0 A; 1I94 B; 2H3O A; 2EIM C; 1P84 F; 2Q69 A; 2QEX V; 5B3S B; 2DYS B; 5GW7 A; 3OEE G; 3GWK C; 5KHJ A; 3LNN A; 4RO2 A; 3S3W A; 2ADP A; 3RYH B; 3HKE A; 4F4L A; 2YXL A; 1XHZ A; 4JI4 O; 2WLM A; 5CN0 A; 5GON B; 1N32 O; 2CTW A; 2LQT A; 1WA8 B; 4MTX A; 4O4I B; 4JI1 O; 5LA6 A; 4PA6 A; 5JWP A; 3WB2 A; 1R6K A; 1VQ4 V; 2UUB B; 4ABM A; 3QO7 A; 3QG5 A; 4JPR A; 4J7K A; 1F23 A; 5LBQ A; 1AI6 A; 2R9I A; 3SYP A; 4X64 B; 3ZN0 A; 4PA9 A; 1KB9 F; 3DC5 A; 2X6C A; 4JYC A; 3UCS C; 1R3J C; 4UV9 A; 4QE9 A; 1EBO A; 4MTF A; 4XBF A; 1FXK C; 3ZED A; 4J7Z A; 1ZX3 A; 4CC6 A; 4GCZ A; 4MVM A; 4E2L A; 4NTY A; 1IX9 A; 4EEQ A; 3ZCC A; 3UQ8 A; 1D5A A; 1Q82 W; 2XOK G; 4DR3 B; 2F93 B; 1KP2 A; 2FKX A; 2BTQ A; 2AGA A; 3ASO B; 1VF7 A; 3QF7 A; 4DV6 O; 5HFL A; 4U3F H; 3S3X A; 2CDY A; 2QWN B; 3BA9 A; 2P4V A; 4LF8 B; 1W2B U; 4NB5 A; 4LFA O; 2XAS A; 4UXN A; 4JI6 O; 2EIL C; 1GM9 A; 3L70 H; 5BR8 B; 2Y69 C; 1FYJ A; 4I9W A; 2UUA O; 1WB7 A; 3KCX A; 3LDE A; 1N4C A; 1R1B A; 1H2N A; 5L3E A; 1VQP V; 3G67 A; 2QM8 A; 5KHG A; 2E5L B; 2OIG A; 2ZDI A; 3B8M A; 4IHJ B; 4TV8 A; 3VQV A; 1QBZ A; 4CH4 A; 5H2F Z; 4O2A A; 5LOV B; 1WPX A; 4QIW F; 1HNZ B; 1GN2 A; 2ZIN A; 5IE9 A; 4K8X A; 1ZL8 A; 3CRM A; 4YJ2 A; 1ZUQ A; 1M57 C; 3B4S A; 2A0L A; 4Z2W A; 4B3M O; 1VAR A; 4LWS A; 3AG4 C; 4X65 O; 4UCT A; 4X1I A; 2Y0P A; 5LP6 C; 4ZI7 A; 1I5X A; 2VQF B; 2JEX A; 2HVK C; 3B77 A; 2KKW A; 3A2F A; 2ETN A; 4DO2 A; 2A06 H; 5F2V O; 4LF6 B; 3GWO A; 2ZIM A; 1BCC H; 3T1H B; 4KHP O; 3DXR A; 5EZY A; 4DV7 B; 3L71 H; 4GZR B; 3C3T A; 4WCE V; 1NI8 A; 4JI8 B; 2OT5 A; 5BMV A; 5LMU O; 4I50 B; 3U11 A; 5IYZ A; 2DN9 A; 3RBZ A; 5B66 Z; 5IJ0 A; 1S0V A; 2ILM A; 3OE7 G; 4YJ3 B; 5KX5 A; 1Q81 W; 1U97 A; 2XTA A; 4O4L A; 5TIS Z; 3MDS A; 2C2A A; 3JAR A; 5CA0 B; 1QLE B; 5CMU A; 1F4N A; 1Q43 A; 2WAM A; 1KQS U; 4Q6G A; 1XNQ B; 3GB7 C; 5IYC O; 2CK3 G; 2ZM6 O; 1SER A; 4YHH B; 2PY5 A; 3HKD B; 3ZMV A; 2UUC O; 3WB1 A; 1YXB A; 3ICX A; 2Q4P A; 3KZI Z; 4CS3 A; 2LGQ A; 4P9P A; 1LNQ A; 1QHT A; 5CBH A; 1M57 B; 2AHY A; 4OXS A; 3JD3 A; 1HR0 B; 2EIN B; 4DW0 A; 4ZHQ B; 1F4M A; 3K59 A; 4JYA O; 5K1P A; 5A2Q N; 3SPH A; 4DR6 B; 4O4H B; 1JR9 A; 4UB6 Z; 2CGN A; 3DC6 A; 4L8J A; 3ABT A; 3FAV A; 4Z1V A; 3SYO A; 1YTF B; 1RPO A; 1SQF A; 1Q3E A; 2OCC C; 1K5Q A; 3ZHU A; 1GKF A; 1K9M W; 1OCO B; 3HKC B; 5EK0 A; 1OCZ B; 4U3J A; 3MAQ A; 4LP8 A; 5BXZ A; 4GX5 A; 1G8M A; 1HDJ A; 1W59 A; 1OCC C; 5LYJ A; 3CCR V; 3SPI A; 1YI2 V; 1Y74 B; 1R3L C; 2EBO A; 2PGG A; 5JH7 B; 3B09 A; 5KA6 A; 3EHB B; 1NKD A; 1KP3 A; 2Y4T A; 4QPJ A; 4DK0 A; 4KL1 A; 3ZRX A; 1ZAU A; 1IDS A; 1NVP B; 4BAY A; 1SQP H; 3X2Q B; 3VQY A; 1V54 B; 2HLD G; 2X6A A; 5B5E Z; 4OPH A; 4IYI A; 2CH7 B; 2IJH A; 3AK2 A; 3CXH F; 2UXN A; 1VMG A; 1HNW O; 2ZXW B; 3AG7 A; 3RFR A; 3BY6 A; 1M4U A; 1US6 A; 4WBN B; 2YSU B; 2XHB A; 3K5L A; 3ETE A; 1YF2 A; 3N2G A; 2E76 B; 4F6R A; 2W6I G; 3O9O A; 1M93 A; 3FB7 C; 3OGC C; 1NTM H; 1H2K A; 2PTM A; 3JSN A; 3VQW A; 3CWB H; 1SKV A; 5H6Q A; 2W6J G; 1P4R A; 4TUY A; 3CJH B; 1XNR O; 1AJQ A; 1KMI Z; 4NXM B; 4MT8 A; 4NTX A; 3ETG A; 1K4C C; 4GX1 A; 2F1M A; 1S72 V; 1U96 A; 5LMN O; 2XAH A; 2YIA A; 3E89 A; 2LFR A; 4UVB A; 1XL6 A; 4EFE A; 4DV0 O; 3TGU H; 2DOS A; 1XDC A; 4DV2 O; 4JI2 B; 1M1K W; 1AI4 A; 4DR7 O; 1I08 A; 3QO5 A; 5C8Y A; 3SJC C; 2HFE C; 1P7G A; 2JS3 A; 4B3T O; 3E22 A; 2YI9 A; 3L75 H; 3E8G A; 2VQE O; 5L3C A; 4IIJ A; 1VQL V; 2HHH B; 1N33 B; 1CPY A; 4PD4 F; 3H1L H; 1YJ9 V; 4X1Y A; 5FPR A; 3ZS8 C; 2WSS G; 3BFR A; 2GUZ A; 1JX9 A; 3W7T A; 1K8A W; 2E74 B; 2JJ2 G; 4G2K A; 1UJW B; 4MW3 A; 1RSO A; 5KA5 A; 5EBL C; 4EB6 B; 1IBK O; 1BHB A; 2O57 A; 5C93 A; 1M56 C; 1DLB A; 2Q7E A; 1VQM V; 4PDV A; 2PI5 A; 2QJ1 A; 4B08 A; 2OTL V; 3CCJ V; 3KKY A; 2Q5Z A; 4U7N A; 3B8N A; 3E35 A; 1VF6 C; 1XMQ O; 2JEU A; 2QDO A; 5L3G A; 4MTO A; 2JDI G; 1VP7 A; 3AG2 C; 1SS3 A; 2YEV A; 2JRI A; 3LSQ A; 4MVR A; 1LUV A; 1SQG A; 2GTA A; 4FZ0 A; 3AG1 B; 4W4K A; 3UM7 A; 1SF9 A; 2N04 A; 3CC7 V; 1FFT B; 2YXY A; 2Q6A A; 4J7J A; 1GMG A; 1SQB H; 3BVO A; 3T2M A; 4I0X A; 2B9Z A; 1KUQ A; 4FJC C; 3W7W A; 1OHH G; 3SPJ A; 5IY5 C; 1YVW A; 2F4V B; 4I55 B; 1FD9 A; 1JJO A; 2HG5 C; 3IFX A; 1TVK A; 4NXN B; 4DRX B; 2FTK A; 4GX2 A; 1N0J A; 4CZZ A; 4BIZ A; 2QKC A; 3J7A U; 4B3R B; 3M8A A; 1S3J A; 1Q8I A; 3JSL A; 2KSD A; 3RYC B; 1F7Y A; 3OW2 U; 3NR7 A; 3LNM B; 3NXS A; 4I4T B; 1YHQ V; 2UXC B; 5H9C A; 2EIK B; 4WF9 V; 4WFB V; 4JGS A; 3TET A; 1K34 A; 1NZ6 A; 2KG7 B; 1H2M A; 3CEI A; 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2QKS A; 4UVA A; 3SR2 C; 3AG3 B; 3K5N A; 1N0N A; 1NR1 A; 4TQD A; 1BQ0 A; 2ZE7 A; 2MK3 A; 3ABK B; 3EFF K; 4FPP A; 4FFB A; 3H1K H; 3ZJZ A; 3L9D A; 2L6L A; 4JI5 B; 2RDC A; 1CXZ B; 3FFQ A; 3HKB B; 4JYB A; 5J9P C; 1FAF A; 1SA0 B; 3ABL C; 2DW4 A; 2UUB O; 5CA1 A; 4ZOL A; 2XAF A; 4BW5 A; 3OR7 C; 3SPG A; 4X64 O; 4UVC A; 3JCZ A; 4X20 B; 1MOF A; 4MS2 A; 4LF7 O; 5JJJ B; 4I50 A; 1XIL A; 1N34 B; 4DV4 B; 1JVM A; 3OR6 C; 4DUZ B; 5LGN A; 5CA0 A; 2EIM B; 4DR3 O; 2GV9 A; 3CCQ V; 3MHH C; 2CAZ C; 3UKM A; 2EIJ C; 3JAT B; 1VQN V; 2ADQ B; 5EYP B; 3IC9 A; 1VQ6 V; 2EZO A; 4JI3 B; 2EJ7 A; 1TGO A; 4WFH A; 4ZKI A; 4OX9 B; 1H2S B; 3SYC A; 2ZDI C; 2JVD A; 3D8C A; 1DTO A; 5BR8 O; 4P9O A; 4D7T A; 4CH3 A; 1MZE A; 1AR5 A; 4I7Z B; 3CC2 V; 5EC2 C; 2GTS A; 2EZP A; 1CP9 A; 3CS5 A; 4H33 A; 2E5L O; 4ZHQ A; 1TA8 A; 4MVS A; 1AI7 A; 2YUA A; 1KBH A; 4O4H A; 4JI7 B; 4IL6 Z; 3VQX A; 4PJ0 Z; 2ZIO A; 1FXK B; 1RFY A; 1FS0 G; 4UV8 A; 5D5P A; 1N36 O; 4H37 A; 1SQX H; 2YS8 A; 5KLV H; 1PNM A; 2RN9 A; 4RWU A; 5LXT B; 5IWA O; 3EVK A; 1MA1 A; 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