The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
93
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sequence length |
640
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structure length |
494
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Chain Sequence |
EIQQINIVGNHAFTTDELISHFQLRDEQKQKLAGDLETLRSYYLDRGYARFNIDSTQVSLTPDKKGIYVTVNITEGDQYKLSGVEVSGNLAGHSAEIEQELYNGTKVTKMEDDIKKLLGRYGYAYPRVQSMPEINDADKTVKLRVNVDAGNRMSPLPTVENQFTPTTAWSTSVGSGIGNFYSNLHPALADNVVYAADRAGLVKALNADDGKEIWSVSLAEPALLSGGVTVSGGHVYIGSEKAQVYALNTSDGTVAWQTKVAGEALSRPVVSDGLVLIHTSNGQLQALNEADGAVKWTVNLDMPSLSLRGESAPTTAFGAAVVGGDNGRVSAVLMEQGQMIWQQRISSDVDTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQSDLLHRLLTSPVLYNGNLVVGDSEGYLHWINVEDGRFVAQQKVDSSGFQTEPVAADGKLLIQAKDGTVYSITR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of BamB Bound to a Periplasmic Domain Fragment of BamA, the Central Component of the beta-Barrel Assembly Machine.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Chimera protein of Outer membrane protein assembly factors B
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| total genus |
93
|
| structure length |
494
|
| sequence length |
640
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-05-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07244 | POTRA | Surface antigen variable number repeat |
| A | PF01011 | PQQ | PQQ enzyme repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | membrane protein fhac | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | membrane protein fhac |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K3B A; 4C4V A; 2QCZ A; 2QDF A; 2MHJ A; 3OG5 A; 4PK1 A; 3MC8 A; 3MC9 A; 4C00 A; 4XGA B; 2V9H A; 2VH2 A; 3EFC A; 2X8X X; 4K3C A; 4C4V B; 4BZA A; 3Q6B A; 3NJT A; 2VH1 A; 4QAY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I4P A; 4BOS C; 1JML A; 2ONQ A; 2QDF A; 3VDZ A; 3V62 A; 4BOZ B; 4F8C B; 1FEH A; 2PLP A; 3J9C A; 1WGK A; 2KZR A; 1YJJ A; 1N63 A; 1D5X C; 3CMM B; 1KOT A; 3WAL A; 2VZK D; 2NR2 A; 3TEW A; 2BVC A; 1KH0 A; 5AZG A; 2BWE S; 3AEE B; 4IWQ A; 1ZXI A; 2K8H A; 4HKZ E; 2RMM A; 2OJR A; 4JX1 C; 3APF A; 1IPG A; 5TSS A; 2LGY A; 2PMV A; 3W1Y A; 3T3O A; 3ZJT A; 3QIJ A; 1RAX A; 4LNF A; 1OQQ A; 2CHZ A; 4A90 A; 3DHG C; 1Q1O A; 2AEH A; 2GI9 A; 1GOZ A; 2KKC A; 2RR9 A; 1JRO A; 3HIZ A; 4BBN F; 3V60 A; 2NBW B; 1I35 A; 1SE2 A; 3NS8 A; 4F7Z A; 5EE0 A; 4DXG A; 1WGH A; 2LUM A; 1C4A A; 5D3D A; 1BT0 A; 3PS6 A; 2KQS A; 4WWM A; 4RFB A; 1TZ1 A; 4KZC A; 2K1F A; 3DWM A; 2L1A A; 3RN9 C; 1EF5 A; 1FFU A; 4HJG E; 3Q8F A; 1NYR A; 1PDX A; 4LJO B; 5MPO A; 1ESF A; 1WR1 A; 2BS4 B; 3AMZ A; 2NVU I; 2Z8L A; 1EU4 A; 1MG4 A; 1PGA A; 4M02 A; 1YJ1 A; 2MQJ A; 4FXC A; 1J8C A; 4GXB A; 3AUL A; 1SBB B; 3R3M A; 2L00 B; 2AWT A; 4RNA A; 3Q8B A; 2D07 B; 3BYY B; 5D6J B; 1LGR A; 1WX9 A; 3A9K B; 3Q3M C; 2KNB A; 2Z0D B; 4ICV A; 4KIK B; 2WU2 B; 1GC7 A; 3K9P B; 3NRZ A; 3U30 A; 5J18 A; 4OVZ A; 2IND C; 1YN3 A; 1WXQ A; 1RWS A; 1NEK B; 2K6D B; 4CQN A; 3OJ4 B; 2BKF A; 5IA7 A; 4E74 A; 2I1K A; 4AQ7 A; 1D5M C; 2ZW1 A; 1WM3 A; 5D3I B; 4ARC A; 4MM3 A; 3NS1 A; 4LK0 M; 4OZB A; 2LEK A; 4IW0 A; 2D3A A; 1F2R I; 1TS5 A; 2KMA A; 2MBH A; 1WGG A; 3AU5 A; 1A70 A; 3JVZ X; 1XQQ A; 5LXH A; 3NVZ A; 2KXJ A; 3CSF A; 2VH2 A; 2GB1 A; 4G0N B; 3V3X A; 4ITK A; 2K5P A; 1IGC A; 5JHA A; 4ZDV A; 4USA A; 3P63 A; 2DNF A; 1GAQ B; 5HI1 A; 2FCN A; 3RNB C; 2JZZ A; 1VJK A; 2WXR A; 5FR3 A; 5BYS A; 1N61 A; 3TEY A; 1AAR A; 4RGO S; 3Q3O C; 2BYV E; 3AE1 B; 3WAN A; 1UEL A; 3SR6 A; 5BMI A; 1TZO A; 1GJZ A; 2AYO B; 2N1V A; 3O65 B; 2RGF A; 1V5O A; 1CQV A; 3KLS X; 4KZ0 A; 3QAR A; 2FBW B; 1VZ7 A; 4UDU C; 1WZ0 A; 1HE8 A; 4ZHO A; 4DXA B; 2M0A A; 1J7C A; 4L2Y A; 3UF8 A; 2HJ1 A; 3PGE A; 4K7W A; 2LUE A; 1QF6 A; 2KAN A; 5CHW A; 4W9E A; 4PYU A; 3KYC D; 3PVL A; 2BT6 A; 2HE7 A; 2AL6 A; 1UWM A; 2IYD B; 4LCD E; 3BY4 B; 3PRE A; 2JSV X; 3NZ3 A; 1ZKH A; 1AWD A; 1ROE A; 2RDB C; 4IOI E; 3T3N A; 3TL5 A; 5E6J A; 2W55 A; 2OHF A; 4TV3 A; 4URK A; 3BVZ A; 4LTU A; 5GMV A; 5E6N A; 3AED B; 2LVQ A; 2NS5 A; 3PRM B; 2BPS A; 3DVN U; 1B1Z A; 2LI5 A; 3PO0 A; 3IHP C; 1C76 A; 3VFK A; 1FMA D; 3A9J B; 2MJ3 A; 5D7G A; 2N9P C; 3RZW C; 2C9W B; 1I4X A; 2AL3 A; 1FXA A; 3W5V B; 1SE4 A; 3RUI B; 4KDL B; 1MJD A; 1WJU A; 4MDK E; 2NBV B; 2I1J A; 1ZOY B; 4JQW C; 4IG7 B; 4WAF A; 4RM9 A; 1JWM D; 2KTR A; 2O6V D; 1V1P B; 4CHK A; 2QCZ A; 2KWU B; 3OG5 A; 2WP9 B; 2YLM A; 1V8C A; 1J7B A; 3IVF A; 1A5R A; 1M94 A; 4LJP B; 4YSX B; 3BVM A; 1XCQ L; 3JYU A; 4ANV A; 3I9V 1; 1WH3 A; 3BII D; 1GG3 A; 3RNF C; 3CIR B; 2RPV A; 4ZOH C; 1GPX A; 1E5W A; 1TGZ B; 3L08 A; 1LFD A; 3QQ8 B; 5LNK 1; 1WGY A; 1E0Z A; 1K53 A; 5FR6 A; 2DAJ A; 2KWV B; 3AEG B; 3ZIM A; 4D2K A; 4FHK A; 2WGS A; 4MGI E; 2XK5 A; 1L2N A; 2C7N B; 2RDG A; 1L6U A; 2LVP A; 4LNI A; 3IG3 A; 5E6O A; 5BYQ A; 1P98 A; 1HXY D; 3ZQ4 A; 1TJE A; 2MBB B; 4MEL A; 4B95 A; 3VRB B; 2R61 A; 2QSD A; 2KVR A; 3CST A; 2LGS A; 5DPR A; 1V2Y A; 3DHI C; 5TR5 A; 3PHX B; 1HTQ A; 2DHZ A; 1UWX A; 4IC7 B; 4YSY B; 1CJE A; 2KQ7 A; 2N9L A; 2L0F A; 3QA8 A; 1SXT A; 3ETR A; 2QC8 A; 3FIL B; 5LXI B; 5G55 A; 2IO2 B; 2IO1 B; 5BYR A; 3VH3 B; 5JZE B; 4NY0 A; 1EU3 A; 4HRO A; 1F0Z A; 1WY8 A; 3RUL A; 3N32 A; 1NBF C; 3H7P B; 3E9S A; 1WE6 A; 4KGT A; 4WQM A; 2PW9 A; 1PGB A; 2CJO A; 3H9D A; 4KGR A; 4QAY A; 3TEX A; 1UF0 A; 2KHW B; 4G3X B; 2PTL A; 2D5G A; 4US9 A; 3QX1 A; 4AUQ C; 3EC8 A; 4XWT A; 2ZEQ A; 3PRZ A; 2DZK A; 4MEM A; 3N1Z C; 4KX6 B; 2WYQ A; 2WXM A; 2R2O A; 4RF0 A; 1IBX B; 2MJD A; 1L4D B; 2C60 A; 2J0K A; 4JWS C; 2JU6 X; 1PUT A; 1SIJ A; 4P16 A; 5EE9 A; 4I6L B; 1I4R A; 2YVC A; 4EE2 A; 5I4D A; 1C4C A; 4DK5 A; 3VUX A; 3PT2 B; 5G2N A; 4YXD B; 4WWO A; 4ZRI A; 3PHW B; 4FLH A; 1PGX A; 4OHJ A; 3LXF A; 2TSS A; 2QIL A; 5IP4 D; 4C56 C; 2W3S A; 3NVW A; 2JPH A; 3PPA A; 2MBO A; 3ABV B; 3P42 A; 4HVB A; 4BKS A; 1F1H A; 1NI3 A; 3L13 A; 4Q2J A; 3PZ7 A; 4WIP A; 3L4P A; 2KYW A; 3S2A A; 4XE0 A; 3PSE B; 2HTM E; 1KM7 A; 4GDK B; 4YWG G; 3OLM D; 5IN7 A; 2KWC A; 2KX3 A; 4A9A A; 2CU3 A; 2MBE A; 2WHI A; 1WMH B; 3AEC B; 2AX5 A; 3AEA B; 3R2I A; 4MJS B; 2HTH A; 2JWU A; 2K8B A; 2EMT A; 3DVN V; 2ASQ A; 2IPK D; 4ACF A; 3DQV A; 5JH5 C; 2IO0 B; 3HHM A; 4FHJ A; 3KVF B; 1MPE A; 2D3G A; 3KWL A; 3N20 C; 4EZJ A; 4ANW A; 4M0W B; 3M95 A; 4FA6 A; 1JWS D; 1VR9 A; 2A5U A; 4HWI B; 4TQ1 A; 4AS1 A; 4DQO C; 1C1Y B; 1R4M B; 4WJP A; 1T3Q A; 4G50 A; 3EGR A; 3ZDT A; 3L17 A; 2M4N A; 4W9K A; 3OJ3 A; 2KK8 A; 1R4M I; 3EEC A; 1NI2 A; 4K1R B; 5DPS A; 2KN5 A; 1QOF A; 4RCO A; 4BKG A; 3N1Y C; 4G11 A; 1TKG A; 3IBE A; 2VH1 A; 4W9L A; 3P4P B; 3MTN B; 3ZNZ B; 3BZD B; 2KJR A; 1VZ8 A; 5LLI A; 3MC9 A; 3DCG A; 4EFO A; 3VTU A; 4RGT A; 2JVC A; 1VD2 A; 3N1X C; 4II2 B; 3V6E B; 4AOF A; 4MT5 A; 4FJZ A; 1WXA A; 3NJT A; 4OW0 A; 5EE1 A; 3AE8 B; 2FIF A; 1TY2 A; 2CU1 A; 3H7P A; 5IAA C; 1T5X D; 1EWY C; 3MC8 A; 4ZRJ A; 5AZH A; 2V3N A; 1SF0 A; 1L0X B; 3OWE B; 1YX6 B; 3TMP B; 2K9X A; 2A4Z A; 1G6J A; 3H8H A; 2PKO A; 1HZ6 A; 4KSL C; 2D10 A; 3V61 A; 2GBR A; 1KF6 B; 2D3B A; 4GB9 A; 4N6E B; 5AUI A; 3M3J A; 4HEA 1; 4W9D A; 4JWU C; 3Q8A A; 3PLU A; 1LXD A; 3ZJU A; 1BUI C; 2WU5 B; 1ISN A; 2MJE A; 2INN E; 2GBN A; 2UYZ B; 2WS3 B; 3RNC C; 4W9G A; 4P6V F; 3UGB B; 1HEZ E; 4EKU A; 3SFE B; 1OFF A; 2O2V B; 3NY5 A; 2LJ5 A; 3ECI A; 4GDL A; 3ZW3 A; 4HCP B; 2WXO A; 2GRI A; 2NPT A; 4C4V A; 3DVG Y; 3ZUN A; 3VRA B; 3VQI A; 4KDI C; 1WZ3 A; 2WX0 A; 3QWZ B; 3HM3 A; 3TJP A; 2FUH B; 4KKJ A; 2WDQ B; 4GDK A; 1WSP A; 1JQ4 A; 2K8C A; 2LGD A; 1V81 A; 2J7Q B; 1TS2 A; 1RFK A; 2G9H D; 2REX A; 1VZ6 A; 1WJ6 A; 3FC4 A; 2W9N A; 4P1C C; 3IT4 B; 2G1E A; 5IKC M; 2KX0 A; 3IT6 B; 1WFY A; 2D3C A; 3DBS A; 4XYC A; 1YIW A; 4JIO U; 3AU4 A; 2VRR B; 1YQ4 B; 1Q0W B; 2KFJ A; 2MA9 B; 4FBJ B; 1V80 A; 4K3B A; 1T0R C; 4TSS A; 2LAS A; 4TMA B; 2BS3 B; 1ACC A; 2CR5 A; 4M8M A; 4ASW C; 1ZPS A; 3W5U B; 4XDD A; 4HPL B; 2N1W A; 1KFY B; 1WIA A; 1QOB A; 2J0J A; 2Y5B B; 4W9C A; 4XZ4 A; 2B76 B; 3QAQ A; 1FM0 D; 2WXQ A; 1C78 A; 3HVD A; 3AXC A; 2MX2 A; 1AN8 A; 3NG0 A; 2DWQ A; 4WJQ A; 2Q5W D; 2C5L C; 5C23 A; 2JZ3 B; 3PZ8 A; 1QKZ A; 2L8J A; 4MH8 A; 2N9E B; 3TSS A; 3DBH B; 2IZV B; 1C77 A; 2X38 A; 3W2D A; 4OZC A; 1L0Y B; 3DBH I; 1DOY A; 1E7U A; 2FAZ A; 2KDF B; 3W1S C; 3KWV A; 3VR8 B; 2KN4 A; 3TCA A; 4FJV B; 3ZTC A; 4L23 A; 3VH4 B; 4MH0 E; 2Z59 B; 4ICU A; 4I6P A; 1M4V A; 3A33 B; 2G3Q B; 3UI3 A; 2WXH A; 3HRD D; 4WQO B; 2BYF A; 1YOV B; 3A1Q B; 5CHV C; 3JSV B; 1K8R B; 4HDO A; 3P1M A; 1ZE3 D; 1TTN A; 1P7F A; 1ZP0 B; 3B2F A; 2G45 B; 1N5X A; 3D32 A; 3MHZ A; 5CX3 A; 4MSQ B; 1ET9 A; 3VUY A; 1V9J A; 2KFK B; 2NTT A; 2W82 A; 2RPQ A; 3APD A; 2M8S A; 4DDI D; 4HKQ A; 3KW5 B; 1P9D U; 3PZD A; 2IJ0 A; 3B0A A; 2KDB A; 2QMT A; 1KRH A; 3KUZ A; 1L7Y A; 2BBC A; 1I7H A; 1TKY A; 1N6Z A; 5J2R A; 1IUE A; 2IGD A; 4P7I A; 4A8X C; 3B1L X; 4NQL B; 2L52 A; 2KOX A; 2KC1 A; 1D5Z C; 1FXT B; 1IGD A; 2INC C; 5JHB A; 2HD5 B; 2EKE C; 2PPH A; 3C0R B; 4REZ A; 5H8Y E; 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2KD0 A; 2CKH B; 3MHS D; 5JXV A; 1T0Y A; 3CF6 E; 5BO4 B; 2QEJ C; 1EUV B; 2KWD A; 4PK1 A; 1E8Y A; 3P4Q B; 1IP9 A; 2C7M B; 2GOW A; 1UNS A; 3SU8 X; 3ZLZ A; 1HTO A; 3EUB 2; 3DVG X; 2IGG A; 1ZXH A; 4I6N B; 5CTR C; 2E3T A; 3GZN B; 4YTP B; 1SJH D; 2Y5C A; 4RF1 A; 1SJE D; 1JAL A; 3GZN I; 2L83 A; 4S0R A; 1WM2 A; 1XO3 A; 4TKN A; 1WXM A; 4HK2 A; 2WWZ A; 2DBY A; 1J0G A; 4PS8 A; 4BBN C; 1I4Q A; 2ICI A; 3ML9 A; 4CO7 A; 2V3S A; 3WAO A; 3ZNI D; 3GB1 A; 4IWP A; 1Y56 A; 2M19 A; 2N9K A; 4ZRQ A; 3FKY A; 2K6Q A; 1P1A A; 1RYJ A; 5L95 C; 1WXS A; 1QIL A; 3A9J A; 4ANU A; 4OVV A; 4X57 B; 1RRB A; 3VTW A; 3SD5 A; 4TQ0 A; 3DBL B; 3L54 A; 1YJI A; 2OED A; 3BYT B; 4WWP A; 1YNT E; 2IDY A; 4LLG M; 2L3Z A; 1P3Q U; 3DBL I; 4DWF A; 1LQB A; 1V1P A; 2EMS A; 4DHZ B; 3HVZ A; 4EOY A; 3B08 A; 2CHX A; 2KO3 A; 3IAM 1; 3IFW B; 3U2S C; 1N5W A; 1SGH A; 2RD0 A; 2KDM A; 2CJN A; 1XLN A; 4WH4 A; 2K0P A; 3VAW A; 4KV2 A; 4DXF A; 3FAH A; 5D94 A; 2BF8 B; 2AQ2 B; 2GMI C; 3N3K B; 4RH6 A; 1E7P B; 2J4X A; 1E9M A; 2N0S B; 1TYG B; 3LYY A; 1ZDV A; 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