The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| publication title |
Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| total genus |
24
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GTH Z; 5H2F Z; 5KAF Z; 3KZI Z; 2AXT Z; 5E79 Z; 3WU2 Z; 5KAI Z; 4UB6 Z; 5B5E Z; 1S5L Z; 4PJ0 Z; 3A0H Z; 3JCU Z; 4UB8 Z; 4IL6 Z; 5B66 Z; 3A0B Z; 5TIS Z; 5GTI Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCU V; 2CK3 G; 1VMG A; 1B6Q A; 3ETG A; 4EEQ A; 5LMU B; 3K59 A; 1Q81 W; 1FAF A; 1DGS A; 4FM1 A; 1Y67 A; 5JJE B; 2UXB O; 4YIO A; 4DR7 O; 2RJZ A; 4QIW F; 3E8B A; 5IYZ B; 4GX2 A; 3E86 A; 4EFE A; 4IYI A; 2FTK A; 5H2F Z; 5EIB C; 1BS3 A; 5JCO C; 3G71 V; 1GN3 A; 1JMK C; 1AR1 B; 2ZIO A; 4EFB A; 4LF6 O; 2UUB O; 1VQP V; 3AG1 C; 1MNG A; 2YS8 A; 4O2A B; 3VOU A; 2ZE7 A; 3ZN1 A; 4IL6 Z; 2CTR A; 5KMG B; 3JAL A; 4UVC A; 3QTC A; 2ZDI A; 1WB7 A; 4TQD A; 4DV6 O; 1OCR B; 2ZIM A; 3AG7 A; 1G1X B; 2IH1 C; 3RN4 A; 3T4D A; 3CHX A; 2GTS A; 2PTM A; 4U3F H; 3ETD A; 4KFM A; 1SC5 B; 1J5E O; 1I0H A; 3B4S A; 3BEH A; 1M57 C; 1VF5 B; 3AG4 C; 1H2K A; 4J7Z A; 2AHZ A; 3H1I H; 2F66 C; 3A2F A; 2UXN A; 2QM4 A; 4R8C A; 3U0Z A; 4LFA B; 5KA5 A; 4DR4 O; 4DV7 B; 3RBZ A; 3ABK C; 1MA1 A; 2F93 B; 4B3M B; 2V7Q G; 4FMT A; 2CH7 B; 4WF9 V; 1YF2 A; 1I7F A; 1N32 B; 4J10 A; 3E8H A; 1H8H G; 3SJC C; 3RYF B; 1JX9 A; 1QLE C; 3DSQ A; 1QVG U; 1YCI A; 3N27 A; 1R1B A; 2LP7 A; 3C3S A; 3C3T A; 1AP5 A; 1I5Y A; 4XDJ A; 4TUY B; 5C93 A; 1N36 O; 5LOV B; 3L75 H; 4O4L B; 4JI4 O; 1FKA O; 2ADP A; 4U3J A; 1YTF B; 2Q9L A; 4YJ2 A; 4JYA B; 1XRE A; 3BA9 A; 4FM0 A; 3RFR A; 2LFS A; 4JZ2 A; 4MSW C; 3THO A; 2UXD O; 2ZD9 A; 2GUZ B; 3IFX A; 3ABU A; 4OPA A; 4FM2 A; 1XI1 A; 2VS0 A; 3E89 A; 5IJ0 A; 3CE2 A; 1MZE A; 4JTD B; 3OFN G; 4JI5 B; 2GTA A; 2JVD A; 3N2K A; 1KKC A; 1DK1 A; 4X66 O; 3CRR A; 3CCR V; 2YIB A; 5GON A; 1BE3 H; 4H37 A; 5GTH Z; 1S72 V; 4W4K A; 5KAF Z; 4O4I B; 1S77 D; 1WAZ A; 1GH6 A; 3ASN C; 4Q6G A; 4YIP A; 2F1M A; 3K0G A; 4DK1 A; 5LMN O; 1SES A; 4B08 A; 4B3S B; 4TSF G; 2HJD A; 4CS4 A; 1XNR O; 3QO8 A; 2XT9 A; 2JJ1 G; 2V4D A; 4FLX A; 3WFV A; 2ZR3 A; 1M56 B; 2WA3 A; 3MD0 A; 3JAW A; 3D8C A; 1VQ6 V; 2HJF C; 5IT9 N; 4F6R B; 4FJC C; 4LWS A; 1L0N H; 3JAT A; 4GX0 A; 4OX9 B; 2W6I G; 1YTF D; 4KXR A; 1WB8 A; 2WLK A; 5B1A C; 3QVN A; 4PA7 A; 4DW0 A; 5D5Q A; 5KAI Z; 1VQO V; 2F23 A; 3SPH A; 3AK2 A; 1HDJ A; 1QHT A; 1SQF A; 4FIP C; 1FFX A; 1HNW B; 4LF8 O; 3JAR A; 4YHH O; 1K33 A; 3EHB B; 3OW2 U; 4I55 A; 2RMK B; 3CRA A; 1ORQ C; 4BW9 A; 2P67 A; 2EZP A; 4LP8 A; 3K57 A; 1IBL B; 2QTS A; 5IWA B; 3M8A A; 3CRM A; 3K5M A; 1NVP B; 2PGG A; 3OR7 C; 2RNB A; 2UUC O; 2B1G A; 3AK3 A; 3E35 A; 3VQV A; 4KL1 A; 3F5T A; 4QGP A; 3VQW A; 3LDD A; 4TV8 A; 4GKJ O; 4CS3 A; 3AK1 A; 5EYP A; 1QR8 A; 4J9Z B; 1SET A; 4FZ1 A; 3BCC H; 2D2C B; 1GAX A; 2ZE5 A; 4EB6 A; 4LH7 A; 4CH3 A; 4X20 A; 5JVD A; 1XMQ B; 1NBM G; 3E8F A; 1S5J A; 4MVO A; 3DC5 A; 4DR2 O; 3IAY A; 2B5U A; 3APO A; 1IBK O; 4D7T A; 4MT8 A; 1AR4 A; 5DM6 V; 1EZV H; 3LNN A; 3P30 A; 4YXW G; 3UQ8 A; 4DR1 O; 1GM8 A; 5J2T A; 3CX5 F; 1M5I A; 4DR5 O; 2ZCE A; 1X4T A; 3JD2 A; 1GM9 A; 1Y74 B; 2KG7 A; 2OWO A; 3ZRV A; 2Z5U A; 1VF6 A; 1D5A A; 3JAL B; 4JAU A; 4LF7 B; 1EN4 A; 3HKB A; 3JCU Z; 4K3A A; 1YHQ V; 2OIE A; 1KP3 A; 2Y4U A; 1F23 A; 3KG2 A; 3VQY A; 4Z1V A; 2GHY A; 4LH6 A; 4BWA A; 4GKK B; 2QWR B; 3B09 A; 3BA8 A; 1I94 O; 4J7K A; 1XNQ O; 1MSD A; 1B04 A; 1NTM H; 3K5L A; 2C2A A; 3NR7 A; 4GT1 A; 4PDL A; 3CJH A; 5EK0 A; 4JAS A; 3W7U A; 4CZZ A; 2EIL B; 1SQQ H; 3SJQ C; 3FYE B; 3DXR A; 3KZI Z; 4FPP A; 1ZX3 A; 3ABT A; 4UCV A; 5KMG A; 4H13 B; 4W4L A; 2DMX A; 1VP7 A; 4LF4 B; 1PM9 A; 5HFL A; 5LBQ A; 1RPO A; 4P9P A; 2WSS G; 1W59 A; 2AZ2 A; 4MTG A; 1JVM A; 1ZL8 A; 3CC2 V; 1RP3 B; 4PA6 A; 2ETN A; 2IJK A; 2FYU H; 4BW5 A; 2HVJ C; 3I5D A; 2ZQM A; 1JPX A; 1NH2 B; 4U7O A; 3ZIA G; 4X65 B; 3CSX A; 2EIJ C; 1PL0 A; 3H1J H; 5B3S C; 5IY5 C; 3CME V; 3CC7 V; 4GZR B; 4U3J B; 1W0K G; 4LF9 B; 4RAI A; 4LNU A; 4YJ2 B; 4JI3 B; 2HHH B; 1Y6X A; 2AGA A; 5JH7 B; 3O65 A; 1Q82 W; 3B2E E; 5LP6 A; 2EIN B; 3CP1 A; 5HFM A; 4PV1 B; 3K06 A; 4I5S A; 1HNZ B; 1EN5 A; 1B06 A; 5JQG B; 3OMA B; 3ZRW A; 5IJ0 B; 2DYR C; 2VQE B; 1HW7 A; 4NXM O; 2W0X A; 1TGO A; 1FXV A; 4MVU A; 5KA6 A; 2YEV B; 5GON B; 3QG5 A; 1H8E G; 1X59 A; 3X2Q C; 2ZXW B; 1G4Y B; 3ABM B; 5L3B A; 5L3F A; 1FJG B; 1MAB G; 2OTL V; 4MTF A; 4WBN B; 5LOV A; 1GN2 A; 3RWR D; 1HNX B; 2AXT Z; 2DN9 A; 3G80 A; 4MW8 A; 2L35 A; 1WPB A; 2CGO A; 2UUA B; 1VEW A; 5JCO A; 1NTZ H; 3JAW B; 1P84 F; 1VQ4 V; 4ZI7 B; 4ICG A; 1S5H C; 4LWS B; 4FLU A; 3VBB A; 2N04 A; 1OV9 A; 3JAT B; 4PI2 A; 2X0L A; 1K97 A; 4LBE C; 1RSO A; 4PDR A; 2QWP B; 4JI7 O; 2UXB B; 4DR7 B; 1R3K C; 4JI1 O; 1H2M A; 1FFX B; 4PA9 A; 3HKD A; 4QE9 A; 4GLX A; 2H3O A; 1XMO O; 3QO5 A; 4LFC O; 4I55 B; 1IXM A; 5H9C A; 3TK1 A; 1YXB A; 5D5P A; 1W2B U; 1OHH G; 2XAQ A; 5B1B B; 2Q6A A; 1NR1 A; 1V55 B; 4IIJ A; 5FL7 G; 3KKY A; 2KSD A; 4QPK A; 2WLM A; 1JA8 A; 4PEL A; 4LF6 B; 2UUB B; 4DUZ O; 3O9O A; 4DW1 A; 3QF7 A; 4KHP O; 1FXK C; 2UU9 O; 4TV8 B; 1BCC H; 5EYP B; 1SQP H; 2DWD C; 2HVK C; 2YSU B; 1AIL A; 1GM7 A; 1VQL V; 2CGN A; 2Z0A A; 2F95 B; 4DV6 B; 2QKA A; 1WNS A; 1ENV A; 2RQ6 A; 3SPG A; 2QKS A; 2EIM C; 1NKD A; 1OCC C; 3FX7 A; 2CTP A; 4P9O A; 4X1Y A; 2EIK C; 4LFB O; 1FD9 A; 2A9H A; 1PNK A; 2KB1 A; 1OCZ B; 1J5E B; 4MVM A; 4HNA A; 1LR1 A; 3JAK A; 2CE4 A; 3OMN B; 3MHH C; 1LUW A; 3BRC A; 1L1F A; 1YZB A; 1NT2 B; 1Q3E A; 1ZUQ A; 3JAS A; 3K9A A; 1RM1 B; 1AB3 A; 1SQG A; 1R3I C; 1AVM A; 2XAS A; 1Q6H A; 1KB9 F; 2RDC A; 3PJS K; 4JI0 O; 2KG7 B; 2Y0P A; 3OGC C; 2WLN A; 1OCO C; 4H0L B; 3HKB B; 2AW9 A; 4DV2 O; 2ILM A; 1M93 A; 2QWN B; 1K5Q A; 4JI4 B; 5LGT A; 2XOK G; 4DYL A; 4PHZ A; 1K7D A; 2H8P C; 3WG7 B; 3J81 N; 5LA6 B; 1KQS U; 2R9R B; 4O2B B; 2B1I A; 3HKE A; 2ARH A; 2QEX V; 3OEE G; 4IHJ B; 5EBW C; 3EVK A; 3JD3 A; 4YY3 O; 1HR0 O; 3HR0 A; 1I08 A; 2UXD B; 1SA0 A; 3CJH B; 2EX3 A; 3F7Y C; 1YEW A; 1FPO A; 1Y74 A; 4X66 B; 3DXR B; 4X1K A; 3ZMS A; 3GWO A; 3SYQ A; 4QNH B; 5JWP A; 1O9H A; 3SYP A; 1R3J C; 3P32 A; 2XAG A; 1COW G; 2DQ3 A; 5LMN B; 1XNR B; 4XBF A; 2PF4 E; 1ZL8 B; 2PUS A; 3JCZ A; 1E1R G; 3FAV A; 2YUA A; 2BOC C; 4FLT A; 4WFH A; 1VQ9 V; 4CS2 A; 5IJ9 A; 1KBH A; 5H6R A; 5K1X A; 1LNQ A; 3RYC B; 4LNU B; 4NTW A; 1K9M W; 1K34 A; 3JD4 A; 5FLX N; 4LF8 B; 5LP6 B; 1SS3 A; 2HEP A; 1U97 A; 2EJR A; 3R66 A; 3MAQ A; 1CEZ A; 4MTO A; 2L6L A; 2QM7 A; 3ZRW B; 4DV0 O; 2PYL A; 2W0F C; 5BR8 O; 3IJ4 A; 4XDK A; 3WB2 A; 2VWK A; 1VQ7 V; 1Q5O A; 2CTQ A; 3KCX A; 2ZR2 A; 3ZHU A; 3L9D A; 2N05 A; 2UXC O; 2XAJ A; 1XDC A; 2UUC B; 1QR9 A; 3FFQ A; 1E79 G; 4ZBM A; 5JJN B; 2YXL A; 4GKJ B; 3ZHT A; 4JZG A; 4QJF B; 1ROP A; 3RVZ A; 1N34 O; 1GO3 F; 5JH7 A; 3FB6 C; 4U7N A; 2IH3 C; 2E75 B; 5JQG A; 3AG1 B; 4IYH A; 1R6T A; 3E22 A; 1VIB A; 3AG3 C; 1JFF A; 4IT5 A; 3L71 H; 1QU7 A; 1P7B A; 3A0B Z; 1N0J A; 3CRC A; 1Q7Y W; 2YEV A; 3UT5 B; 1RSO B; 2YI8 A; 4DR2 B; 4LCU C; 1IBK B; 2YXH A; 3HKD B; 1YVW A; 3S3X A; 3K5O A; 3OD4 A; 5IYB O; 1YIT V; 1R6K A; 3TJT A; 4J11 A; 5CA1 A; 4WBN A; 2IJJ A; 1XOU A; 1XL4 A; 3G6B A; 5KHH A; 3CCM V; 2FML A; 4IIJ B; 4DR5 B; 2PZS A; 2P6J A; 4HAM A; 4K0K O; 1VF7 A; 3K5N A; 1M57 B; 3AG4 B; 4JYB A; 4ZI7 A; 1S0V A; 1URF A; 1BZK A; 3J80 N; 2Q8V A; 5KHI A; 1Y76 B; 3B77 A; 3FB5 C; 4JTA B; 1HP8 A; 3ABK B; 5J9P C; 3DC6 A; 4J41 A; 1S76 D; 3RT3 C; 2X6A A; 3FD9 A; 1N0N A; 2R72 A; 3RYH A; 1I94 B; 1KYO F; 1QLE B; 3LUT B; 4X1Y B; 1V54 C; 1H2N A; 3WU2 Z; 3ZHS A; 1XNQ B; 1YIJ V; 3CMA V; 5E1A C; 4XDL A; 3D36 C; 3QO7 A; 1RPR A; 3AG2 C; 1PNM A; 1Q6U A; 4JI8 O; 1D5N A; 4HNA B; 3JAK B; 4DV7 O; 3A0H Z; 2LFR A; 2AZ0 A; 1M1K W; 4B3M O; 2HFE C; 1JJ2 U; 5FPR A; 3T1Y O; 2JEX A; 3SJA C; 2D3O W; 3T1H B; 2DYS C; 3M7M X; 3G6E V; 3JAS B; 2N74 A; 4RUE A; 4D6T H; 2ZE6 A; 3EFF K; 5LHH A; 4R7C A; 2GSM B; 5EC2 C; 1YI2 V; 2OIG A; 1QNM A; 4E4E A; 2YC0 A; 1K3E A; 4J42 A; 4EKW A; 1M90 W; 1BT8 A; 4Z2W A; 3OM3 B; 3OEH G; 5KHJ A; 3ASN B; 5ITZ B; 4QPJ A; 2XUM A; 1D2D A; 4Z1M G; 5DN6 G; 2QGN A; 5LHG A; 1S5L Z; 1BSM A; 3A8T A; 3HKC A; 3BAA A; 3HKE B; 3CCE V; 4JI5 O; 3BHP A; 1JCH A; 5EBL C; 2JGD B; 2OTJ V; 1NVP D; 2PI4 A; 4D7S A; 2Y69 C; 1SA0 B; 4O4H A; 4JGS A; 4J80 A; 4NXM B; 3CCJ V; 1EM1 A; 5B1A B; 4NXN B; 4X1K B; 5K1P A; 3LDE A; 1N33 O; 1AP6 A; 3LNM B; 4X88 A; 3WB0 A; 1YSC A; 4OPH A; 1VQN V; 1TAE A; 4FFB A; 1G6U A; 1KD1 W; 2ZM6 O; 2DWE C; 4K8X A; 3CRQ A; 1G8M A; 5LA6 A; 3BAB A; 4O2B A; 1EZJ A; 4X64 O; 1CP9 A; 3ASO C; 3TET A; 2BOB C; 3FAV B; 3SYA A; 4IHJ A; 2Q7E A; 1TA8 A; 1IX9 A; 3ETQ A; 2ZE8 A; 3UO2 A; 5IJ9 B; 2QA4 V; 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5B1N A; 1UFI A; 2QKC A; 3MDS A; 4JI0 B; 1S3J A; 1PPJ H; 2Q7G A; 2LGW A; 5KLV H; 4N23 A; 3ZMZ A; 3U11 A; 3UT5 A; 4DV2 B; 4E2L A; 1YJN V; 4LF5 O; 1WLE A; 5LYJ A; 4HBN A; 2LJ2 A; 1Q86 W; 2VQF O; 4F6E A; 2X7R B; 2DE0 X; 2ATK C; 2ZIN A; 4DR3 O; 2YXY A; 3RYH B; 3HPL C; 1WA8 B; 1Z5V A; 3LSU A; 1Y66 A; 3B8N A; 2YI9 A; 2YIB D; 1VF6 C; 3UO3 A; 1IZ3 A; 1TVK B; 4YY3 B; 2HKO A; 1HR0 B; 1AR5 A; 1BQZ A; 3DGE A; 3ZBH A; 1AJQ A; 2EIJ B; 2B9Z A; 1E1Q G; 3JD0 A; 1SQV H; 1BHA A; 3CC4 V; 5B3S B; 5IY5 B; 4QE7 A; 1THZ A; 4UCR A; 1Y76 A; 4HZ3 A; 1EFR G; 4CH4 A; 4UCO A; 4DRX A; 2K1E A; 5LXT A; 4ZHQ A; 3Q4H A; 4OXS A; 3ZMU A; 4CBC A; 2DOS A; 4AIL C; 3ZHV A; 1F51 A; 1NS1 A; 2E5L O; 3ZED A; 4AI8 A; 4X65 O; 2Y48 A; 2DYR B; 4B3T O; 4JPR A; 2PI5 A; 2QTO A; 5DED A; 3SPJ A; 4I7Z B; 3SPI A; 4JI6 O; 1JJO A; 3CS5 A; 4JYY A; 3X2Q B; 1KKD A; 3FB7 C; 1QVF U; 4JYC A; 3C90 A; 2A06 H; 4DV5 O; 1KC8 W; 4DR6 O; 1Z5W A; 2HHH O; 2HLD G; 2BSK A; 1H38 A; 2NLJ C; 2PY5 A; 1OCR C; 1FFT B; 5CBH A; 4C7U A; 3W7S A; 2ADQ B; 5KUK A; 1SF9 A; 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