The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
24
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5TIS Z; 5KAF Z; 4UB6 Z; 3A0H Z; 3KZI Z; 4UB8 Z; 4IL6 Z; 1S5L Z; 3A0B Z; 5H2F Z; 2AXT Z; 5KAI Z; 3JCU Z; 3WU2 Z; 5GTI Z; 4PJ0 Z; 5E79 Z; 5GTH Z; 5B66 Z; 5B5E Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H9V A; 1FXV A; 1JQ0 A; 2WLL A; 3JD0 A; 5IWA O; 3CHX A; 4FFB B; 2QKC A; 4W4L A; 1TVK A; 3A0B Z; 4WFF A; 2OCC B; 1M90 W; 1WP7 A; 3N2K B; 4FLY A; 5B1O A; 2XAJ A; 3ZX6 A; 3SYA A; 2VS0 A; 3BY6 A; 4YJ3 A; 2YXH A; 4CH6 A; 3T2M A; 1GO3 F; 2F23 A; 4NTW A; 4UVB A; 4QPK A; 2A9H A; 2FTK A; 2IH3 C; 3UO2 A; 1QLE B; 2ZXW C; 2ADP A; 4R6Z A; 4X1Y B; 1XBL A; 1VF7 A; 1U97 A; 2YDE A; 2G38 A; 1N0N A; 5KA6 A; 3CPW U; 3CB2 A; 3ZHS A; 1R6K A; 1EZJ A; 1H2K A; 1VF6 A; 3TXS A; 1Y74 B; 4RWU A; 2XAG A; 3CXH F; 3K03 A; 5B66 Z; 4FLW A; 2A3Q A; 4JYC A; 1KYO F; 1CEZ A; 2WLH A; 2EBO A; 2P4K A; 4I50 B; 3LSU A; 4J41 A; 2VQE O; 1DTO A; 1J5E O; 2WLM A; 3RVZ A; 4PDV A; 1JR9 A; 2Z0A A; 3ABK B; 4UFZ A; 4WFH A; 1V54 C; 2YUA A; 4U7O A; 3K9S A; 3FYE B; 4H33 A; 1WNS A; 3ZMT A; 5FLX N; 4P9O A; 2FKX A; 4BR6 A; 1RPR A; 3JAL A; 3VQV A; 1WJZ A; 1FPO A; 4KP4 A; 1QHT A; 1DF4 A; 3KG2 A; 4QJF B; 4LF9 B; 2NNU A; 4Q20 A; 4B7E A; 4WFA V; 1NH2 D; 1GN6 A; 4JI5 O; 2CDY A; 3SGI A; 1ZWI C; 1GH6 A; 1GRJ A; 1YJ9 V; 2AGA A; 2ZE6 A; 1CP9 A; 3CRC A; 2PGG A; 2XAH A; 4DR6 O; 2CGN A; 3H1K H; 1S77 D; 4DUZ O; 1G4Y B; 3K06 A; 4N23 A; 1UJW B; 4PDL A; 3DXR B; 2F4V B; 4JI8 B; 1FFX B; 1TA8 A; 4O4H A; 4XBF A; 3U10 A; 2GDS A; 1FXK B; 2UXC O; 2FB5 A; 1AI5 A; 1YIJ V; 1HNZ O; 4HNA B; 4X1I B; 3NXS A; 5JQG A; 4JI1 B; 3S3X A; 3G80 A; 1J95 A; 2R70 A; 4JV5 B; 3A0H Z; 3JSN A; 2WA4 A; 1H2L A; 1JX9 A; 1HP8 A; 3AG2 C; 4O4I A; 3VQY A; 2R9R B; 2XUM A; 3CYO A; 4FFB A; 4N21 A; 3IC7 A; 4PI0 A; 1DLB A; 1ROP A; 1ZUQ A; 3N2K A; 2JIZ G; 2KG7 A; 4IIJ A; 5KAF Z; 1FD9 A; 3AG4 B; 3HB3 B; 4AQY B; 2E5L B; 2WSS G; 4JI0 O; 4X1Y A; 5K1X A; 5KHH A; 5L3E A; 5GW7 A; 4LNU B; 4BW5 A; 2KKW A; 4PEL A; 1D5N A; 5L3D A; 1Y74 A; 2HVJ C; 2NLJ C; 3BAA A; 3BFR A; 1VQP V; 1IBK O; 2JJ2 G; 2KB1 A; 1R73 A; 2W6J G; 4ZI7 B; 1YF2 A; 1AP5 A; 1GM7 A; 2DWD C; 2HKO A; 2UXD B; 1XHZ A; 1I94 B; 2LJ2 A; 2Q67 A; 1Q82 W; 3A8T A; 3OFN G; 1D2D A; 4LP8 A; 5HFL A; 4MW3 A; 3ZRV A; 2A0L A; 1JFF B; 3LUT B; 1N34 O; 4JI7 B; 4DV1 B; 3OMN B; 2WLJ A; 4DR7 O; 2EIK B; 1Q6I A; 1K92 A; 4B08 A; 4LFA O; 3E86 A; 4F6E A; 4KUM A; 1N36 B; 1P7G A; 4TSF G; 2Y4T A; 4L87 A; 3WB2 A; 1AI7 A; 3ICX A; 5HFM A; 3B4S A; 1SA0 B; 3C3T A; 2MK3 A; 2IJI A; 1WPB A; 4DYL A; 1NTZ H; 2X6B A; 1N32 B; 4JAA A; 4UCU A; 4D7S A; 2AXT Z; 3U0Z A; 4NYK A; 1HNW B; 4GKK B; 4ZOL B; 1VEW A; 1AJN A; 1V9P A; 1WLE A; 2Q4P A; 5ITZ A; 2RNB A; 1IZ3 A; 5LGU A; 4OX9 B; 4YHH O; 4C7U A; 4MTG A; 4A5U B; 1W59 A; 5E1A C; 1NS1 A; 2F43 G; 1FFX A; 3AG7 A; 2P90 A; 3GWO A; 1SQQ H; 5IJ0 B; 3CX5 F; 1FXK A; 5DM6 V; 4HZ3 A; 5KHJ A; 1M93 A; 2ODM A; 5J2T A; 4E2L A; 4IT5 A; 4DV4 B; 5JH7 B; 5CBH A; 4HNA A; 4X1I A; 1OCO C; 1US6 A; 5CMU A; 2WAM A; 2DYR B; 2QWQ B; 4TQD A; 3ASN B; 1KKD A; 3SPC A; 2YXY A; 1I5Y A; 1W0K G; 2LO1 A; 3AK1 A; 2JVD A; 2UUC O; 3N2G A; 4DRX B; 1FXH A; 3W7X A; 3SYO A; 4O2A B; 3RW0 A; 1MNG A; 1BZK A; 4FJC C; 1KQS U; 2Y69 C; 1BT8 A; 3OMI B; 2ZE8 A; 3E8H A; 4B3M B; 2WA3 A; 4WFG A; 2E76 B; 3UKM A; 2P7T C; 2VQF B; 4H0L B; 1I08 A; 1YTF B; 3VBB A; 2KSD A; 3EHB B; 2PUS A; 2K9P A; 2P06 A; 3RFR A; 2CTW A; 4GX1 A; 4ZKI A; 2HP8 A; 1K3E A; 3L71 H; 4D7T A; 1IBL B; 4LNU A; 4QNH B; 4U3J A; 2QE7 G; 1H2S B; 2L35 A; 4FLT A; 4IL6 Z; 5B3S B; 3OUF A; 4GLX A; 4B3R O; 1I7F A; 3HPL C; 2IW5 A; 4Q6G A; 2Q7E A; 2BOB C; 3QO5 A; 3K3W A; 1XHX A; 4RAI A; 1TAE A; 3W7S A; 4DV3 O; 1O9H A; 2RJZ A; 4KFM A; 3CRR A; 1QLN A; 1B06 A; 3SDL A; 4GUN A; 3L72 H; 4DV0 O; 3TXQ A; 3OTO B; 4PA4 A; 2P4V A; 4JYB A; 4MVM A; 4LF8 O; 1OCC B; 2UUA B; 2CAZ C; 3N27 A; 3S3W A; 1JFF A; 5J2U A; 5JJE B; 3AG3 C; 4J80 A; 2OYQ A; 3CMA V; 4JPR A; 1XL4 A; 4I7Z B; 1ZL8 B; 1AJQ A; 3CD6 V; 3H1I H; 3IJ4 A; 2ZXW B; 4MVS A; 2X0L A; 4LFC B; 1DGS A; 1FYJ A; 4FZ0 A; 2Q7G A; 1OZ0 A; 3D36 C; 2B9Z A; 3FB7 C; 1S76 D; 2Q73 A; 3MD0 A; 5IYZ B; 1SA0 A; 1RPO A; 4DXW A; 4NXM B; 2GTS A; 3ML0 A; 4UUJ C; 5JWP A; 3CCM V; 4LF5 B; 2CTR A; 1KEC A; 4ZOL A; 5LMN B; 3ABL B; 4DUY B; 2EX3 A; 4UVA A; 2QWO B; 1OCR C; 1B6Q A; 1W0J G; 5K1P A; 1G1X B; 2E74 B; 4DV2 O; 4EKW A; 3KKY A; 1V54 B; 3SJC C; 4JI6 B; 3OEH G; 3RWR D; 1IBM B; 1VQ5 V; 3T1Y B; 3CXC U; 1WN7 A; 5FL7 G; 1CPY A; 3DC5 A; 3TCU A; 4B7K A; 1NTM H; 2ZM6 B; 2IJK A; 2DN9 A; 5JH7 A; 1G6U A; 3CJH B; 2M7W A; 1N4C A; 1QR9 A; 2X6A A; 5H2F Z; 3KCX A; 2EIL C; 5LP6 B; 3FD9 A; 2ZQM A; 3GB7 C; 3SYQ A; 3HKC B; 3M99 B; 3ABM C; 4DV6 B; 4YIO A; 4TV8 B; 2AHZ A; 3F7Y C; 1L1F A; 2QTS A; 3H1H H; 3R66 A; 4DK1 A; 5L3F A; 1SKV A; 3CC7 V; 3ZRS A; 4JTC B; 4O2A A; 3ZJZ A; 3J80 N; 3JAK B; 2ZIO A; 4MT8 A; 3UO3 A; 1RM1 C; 5DN6 G; 2BTQ A; 3PN1 A; 3E35 A; 5D5P A; 3QNE A; 3JD4 A; 5KX5 B; 1YEW A; 2IU3 A; 5BR8 B; 1B04 A; 1XL6 A; 4GKJ B; 1AJP A; 1BGY H; 3E8G A; 4QGP A; 1O9G A; 1MZF A; 4J42 A; 2LFS A; 3TJT A; 4YY3 O; 3SPI A; 1EFR G; 4LCU C; 4RQE A; 1MG1 A; 4LF9 O; 2JRI A; 4ZBM A; 1GN2 A; 1Q7Y W; 1E1R G; 1GM9 A; 4X66 B; 2DQ0 A; 1JVM A; 5LYJ A; 2BSK B; 2QM8 A; 1MZE A; 1B3Q A; 3APQ A; 4KL1 A; 3BA9 A; 1XNQ B; 1KD1 W; 5B1B B; 1YXB A; 3E8F A; 3HKD A; 3CCE V; 4K8Z A; 4QE9 A; 1AR5 A; 1YVW A; 1S5L Z; 3LSQ A; 4J11 A; 3AG2 B; 4NVP A; 4JI8 O; 2F4V O; 3OMA B; 3OAA G; 3J7A U; 2HG5 C; 1SET A; 2XHB A; 3K58 A; 2XAQ A; 1KU9 A; 2DYS C; 2H3O A; 3O65 A; 1ZL8 A; 3DSQ A; 4X1K B; 3WG7 C; 1AI6 A; 4WFE A; 1G8M A; 4PV1 B; 2QM4 A; 1VP7 A; 2Y0P A; 1PV0 A; 2ZNI A; 4JI1 O; 3AK2 A; 2F1M A; 3EFF K; 4CH3 A; 1GMG A; 4B3S B; 2NN4 A; 5IYZ A; 4JV5 O; 1PL0 A; 2JEX A; 2LFR A; 2QWR B; 3ETD A; 3QF7 A; 5KUM A; 3P30 A; 3ZN0 A; 2CTP A; 3AK3 A; 1VQ7 V; 3HKE B; 1VF6 C; 4U7N A; 3CCR V; 2EIJ B; 1S72 V; 2UXB B; 4LR3 A; 1MMM A; 1R6N A; 2N04 A; 5EIB D; 4UCR A; 5LHI A; 4NR1 A; 1S3J A; 2B1G A; 2IJH A; 1MOF A; 1RFY A; 3I55 V; 2A06 H; 4AQY O; 3E89 A; 2Q9L A; 2DOS A; 4ICG A; 1NKD A; 2E5L O; 2R9I A; 3MDS A; 3FB8 C; 4PA3 A; 1I0H A; 3CJH A; 3G67 A; 3T1H B; 1QBZ A; 1JMK C; 5JCO A; 4DR3 B; 3ZHT A; 2WPD G; 1KP2 A; 1MAB G; 5LA6 A; 5LP6 A; 1CXZ B; 1WP8 A; 2OTJ V; 1R3I C; 4XDJ A; 3ZHQ A; 4F4L A; 3HKC A; 4I5S A; 2QWP B; 1BE3 H; 2EIN C; 3OGC C; 4TV8 A; 3K5L A; 2UXD O; 4JI2 B; 3K79 A; 5JJJ B; 1DF5 A; 1I94 O; 2HHH O; 1R3J C; 2GUZ B; 4OPH A; 5EYP B; 4MVR A; 1HW7 A; 1EN5 A; 4BIO A; 4LWS A; 5IYD O; 3P3N A; 4LF4 B; 3JAK A; 4NKG B; 1EZV H; 4B3T B; 3EXA A; 1NVP D; 4JI7 O; 4G2K A; 4DV1 O; 4BWA A; 2YXL A; 3CRM A; 3B8N A; 4EEQ A; 2E75 B; 3SJA C; 1KB9 F; 5KX5 A; 2ETN A; 5DED A; 3RT3 C; 1Q3E A; 1Q43 A; 1N36 O; 4GT1 A; 5IWA B; 1OCZ B; 2Z5U A; 1F23 A; 2Q0A A; 4UV8 A; 4H37 A; 1GTO A; 4DR2 B; 5CB4 B; 1VQ8 V; 1OCO B; 2YEV B; 2OWO A; 2EJR A; 4GCZ A; 3QO8 A; 1N32 O; 3OD4 A; 3B40 A; 4GKK O; 4O4J B; 2QJ1 A; 3NR7 A; 2BE3 A; 1Y6X A; 2OTL V; 1BS3 A; 3B09 A; 1F51 A; 3HR0 A; 1NZ6 A; 1PNL A; 1M56 C; 4OX9 O; 3PJS K; 2W0F C; 4YXW G; 1Q90 D; 2ZIM A; 3JYC A; 3H1L H; 1E1Q G; 1PP9 H; 2Y69 B; 2F95 B; 3GWK C; 3LDE A; 1QCE A; 3X2Q B; 3JAR B; 3BEH A; 3H01 A; 3CE2 A; 1R3K C; 2V7Q G; 1WPX A; 1J5E B; 3D8C A; 1N8R W; 4FMT A; 4X1K A; 4DV4 O; 3UT5 B; 4FLZ A; 4Z1M G; 1EBO A; 2X6C A; 5KHI A; 3OT7 A; 1IUR A; 1QLE C; 3K04 A; 4K8X A; 1ORQ C; 3R65 A; 4IYI A; 2H94 A; 3M7M X; 1H2N A; 2ZNJ A; 1JCH A; 1XUQ A; 1E79 G; 2ARH A; 4DO2 A; 3BPZ A; 4I50 A; 3ZRW B; 4ASU G; 3JD3 A; 2ITC C; 3HKE A; 3ZMZ A; 1XNR B; 2UUB B; 3CCU V; 2OT5 A; 4J9Y B; 2LW7 A; 5CA1 B; 4B3M O; 3SJB C; 4BW9 A; 1JJO A; 2FYU H; 2VQF O; 3SPG A; 3FAV B; 3P32 A; 4GYC B; 4QIW F; 2AZ0 A; 3ZMV A; 2IM9 A; 1QU7 A; 5H5N A; 2P22 C; 1R3L C; 4PHZ A; 3CWB H; 2BTO A; 2Q5Z A; 4NXN O; 4EB6 B; 4DUZ B; 1WAZ A; 1IBL O; 1VQK V; 4CC5 A; 1L0L H; 1SQF A; 1ZTE A; 2UU9 B; 4PI2 A; 4J7K A; 1N33 B; 3ZHV A; 2P67 A; 3ETE A; 1KKC A; 1M9N A; 3TGU H; 4ABM A; 4MVO A; 4CBC A; 2JS3 A; 5IYB O; 5GON B; 3M8A A; 4TWK A; 3OTO O; 1XEQ A; 2C2A A; 4WBN B; 3ZHU A; 5EYP A; 1XI1 A; 4E4E A; 3GVM A; 2YI9 A; 4YJ2 B; 3KZI Z; 4X65 B; 3DXR A; 1VAR A; 3OTF A; 1YCI A; 2M6Y A; 2ZKO A; 3MHS C; 3RYF B; 1FKA O; 1AP6 A; 5CA3 A; 4NTX A; 2AHY A; 4DR4 B; 1RSO B; 4LFC O; 4X62 B; 1BQZ A; 3L9D A; 5KUK A; 1HNX B; 1R1B A; 3EVK A; 2XOK G; 1QR8 A; 3CEI A; 1QVG U; 3C3S A; 1Q6H A; 5CB4 A; 3SJQ C; 2WLN A; 1K34 A; 3CCQ V; 4X64 B; 3QG5 A; 5A2Q N; 2EIL B; 4NXM O; 2R9A A; 1YIT V; 4LF5 O; 5H9C A; 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4X66 O; 3D36 A; 1XNQ O; 1GK9 A; 3L73 H; 2HEP A; 5GON A; 3D3I A; 1F4M A; 3J81 N; 1U96 A; 1XQ8 A; 2KQX A; 1WB7 A; 2EZP A; 3DC6 A; 5JJN B; 4WBN A; 1GKF A; 2RQ6 A; 1TGO A; 2DWE C; 3A2F A; 1TUE B; 4YJ2 A; 4KHP B; 3FB5 C; 3ZN1 A; 3SPH A; 5LXT B; 3WB1 A; 4AI8 A; 2VRZ A; 5IJ0 A; 4FM1 A; 3ZCC A; 1PL4 A; 2V1D A; 2R72 A; 3QVN A; 4MVU A; 1YZB A; 4B3S O; 3QTC A; 3JAL B; 2E3C A; 3W7W A; 1BQ0 A; 3JD2 A; 1SER A; 1KMI Z; 3IGA C; 1X4T A; 1YJN V; 2JGD B; 2QKA A; 1BMF G; 2EIM C; 2UXB O; 2EIN B; 3ASN C; 4DRX A; 5LHH A; 1OJH A; 4FLU A; 4JGS A; 4O4L A; 2CH7 B; 3SYC A; 4RQF A; 2AW9 A; 1VQN V; 1VMG A; 2QWN B; 1MSD A; 1K5S A; 4CS2 A; 3JAW B; 2ZCE A; 4TV9 A; 4U3F H; 4ZHQ A; 2YIB A; 4AIL C; 2Z3Y A; 5FNV A; 1ZLZ A; 3RBZ A; 1H2M A; 4DR3 O; 1YSC A; 4J10 A; 1FJG B; 5EIB C; 2EZO A; 1EN4 A; 4DR5 B; 5EC1 C; 2WLK A; 3L70 H; 3BHP A; 3RYI A; 3ASO C; 3OM3 B; 1HDJ A; 4JI2 O; 1K9M W; 1XMQ B; 1RP3 B; 3LNN A; 3O9O A; 4JI3 B; 2JGU A; 5B3S C; 4OXS A; 3T4Z A; 4LF4 O; 4JF3 A; 1M56 B; 4B3T O; 3JAS B; 5LOV A; 1M5I A; 5IY5 C; 5E79 Z; 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