The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
24
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
|
| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PJ0 Z; 3JCU Z; 3A0H Z; 3WU2 Z; 4UB8 Z; 5B66 Z; 5GTH Z; 5GTI Z; 4IL6 Z; 5B5E Z; 3KZI Z; 5H2F Z; 2AXT Z; 5TIS Z; 3A0B Z; 1S5L Z; 5E79 Z; 4UB6 Z; 5KAI Z; 5KAF Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AG2 B; 1HNZ B; 2QEX V; 2N74 A; 3M8A A; 4JAA A; 2QTS A; 1ZLZ A; 4BR6 A; 5CA1 A; 4MTX A; 1WNS A; 1T5E A; 2AZ2 A; 2PYJ A; 1I5Y A; 1VQ5 V; 3CCJ V; 3K5N A; 2UUC B; 4RO2 A; 3VQV A; 1XNQ B; 4IYH A; 1IDS A; 1OCZ B; 2GHY A; 2Y0I A; 4JI3 B; 3M7M X; 3CX5 F; 2QDO A; 2Y69 B; 2Y0P A; 3QO5 A; 2XAQ A; 5LHH A; 2DN9 A; 4GLX A; 4I55 B; 1SS3 A; 1G8M A; 2KQX A; 2IH3 C; 5J2U A; 5LXT B; 1BHB A; 4X20 B; 3W7S A; 4KHP O; 1N32 O; 3N2G A; 3FB5 C; 2KKW A; 1B06 A; 1GN6 A; 4XBF A; 2EZP A; 4RUF A; 4JI7 B; 3RT3 C; 5IYC O; 1Y67 A; 4LF6 B; 2HG5 C; 3H01 A; 1YDX A; 4JYY A; 3WB2 A; 3CCL V; 4OPA A; 5CBG A; 1I08 A; 1K5S A; 1MZE A; 4ABM A; 4DRX A; 4TT3 G; 2EJR A; 4TV9 B; 3RBZ A; 5LYJ B; 1M56 B; 4PJ0 Z; 1VF7 A; 1ZSP A; 1S77 D; 3DGE A; 1KU9 A; 4CC6 A; 1F4N A; 1VF6 C; 3UT5 B; 1SQP H; 3ZMZ A; 5H6Q A; 3ZCC A; 1JCH A; 1DLB A; 3K04 A; 4P9O A; 2ZD9 A; 1H2L A; 3L71 H; 4K3A A; 5LHG A; 3JAK B; 4I9W A; 4O4I A; 3TJT A; 4UXN A; 3ICX A; 3HKC B; 4J9Y B; 4DR6 O; 3B8M A; 5KA6 A; 1G1X B; 4PEL A; 4JI0 B; 1PKX A; 3HKD B; 4JPR A; 3OMI B; 4RWU A; 1QBZ A; 4DR4 O; 1R3I C; 4J9Z B; 3RYI B; 1H38 A; 1N0J A; 4JI2 O; 1OCC C; 2N05 A; 1H2M A; 2HP8 A; 3E8H A; 3P32 A; 3ZRW B; 5BXZ A; 3ZHS A; 1FS0 G; 2GUZ A; 1B04 A; 1OCR B; 4MVZ A; 2Q69 A; 3ETD A; 1IBL B; 2OCC B; 2VWK A; 4UCO A; 4LFB B; 3G80 A; 4DV3 O; 3ETG A; 3D36 C; 4DV7 O; 2R9A A; 3CHX A; 1N36 O; 3K9A A; 2IU3 A; 4K8Z A; 2WLH A; 3CRC A; 4NTX A; 3IFX A; 1F7Y A; 3CCU V; 5JCO C; 2EIJ C; 1BQ0 A; 2Y48 A; 4ZOL A; 1NVP B; 3R65 A; 1K34 A; 4GX1 A; 4LFC B; 1XEQ A; 3FB6 C; 4LH6 A; 2JGD B; 2ZR3 A; 4PV1 B; 3THO A; 4U3J B; 1A32 A; 5IE9 A; 4CC5 A; 1FXH A; 4BIU A; 2PGG A; 2ZNI A; 3LDC A; 4X1Y B; 4LWS B; 3JAT B; 4UCT A; 1NTM H; 5IJ9 A; 5LGN A; 2YC0 A; 4JTA B; 2E3C A; 2Q67 A; 5LMN O; 1GMG A; 2UUB O; 1JVM A; 4FZ1 A; 2IJH A; 2XT9 A; 2A0L A; 1JJO A; 4O2A B; 4O4J B; 4CH4 A; 2JK5 C; 3O65 A; 2IM9 A; 1R6K A; 1V55 B; 5JJN B; 2LO1 A; 3OUF A; 3WB1 A; 5IYB O; 1YIJ V; 3Q4H A; 3ZS8 C; 1Q90 D; 4JAU A; 5KHJ A; 3ZN1 A; 1K5Q A; 4K8X A; 4JYA O; 5KHI A; 2QJ1 A; 2AZ0 A; 4MVU A; 2LW1 A; 1VQL V; 4MVS A; 1OCO C; 2XTA A; 1D5N A; 2L6L A; 4GT1 A; 4K35 A; 4FM2 A; 3VBB A; 1VQO V; 4B7E A; 4JGS A; 4FFB B; 2LGQ A; 2OTJ V; 4JTD B; 1QQC A; 4DV6 B; 3UM7 A; 3W7T A; 2DW4 A; 2E5L O; 3ASN B; 5IJ0 B; 4WFB V; 1K73 W; 2ZNJ A; 1H2K A; 2EIK C; 1QLE B; 2LQT A; 3RVY A; 3SYC A; 3BA8 A; 3LSU A; 3AEI A; 2IBZ H; 2AHY A; 4RUE A; 1ZTE A; 5EZY A; 3MAQ A; 2K9P A; 3JSN A; 3SGI A; 5H5N A; 4NTW A; 2UXX A; 3ZRX A; 3M99 B; 2R9I A; 1QHT A; 2F66 C; 4GCZ A; 3RWR D; 1F4M A; 4O4L A; 3WU2 Z; 1AI6 A; 3RYC A; 1QVF U; 3LSQ A; 4ZIB A; 2Q68 A; 2EX3 A; 4K0K B; 1L8D A; 4E2L A; 4JV5 O; 3OUS A; 2UXB B; 3DXR A; 5KX5 B; 4UVB A; 3JAS A; 3TGU H; 3OTO B; 3FB7 C; 2BOC C; 5B1A B; 2HHH O; 3OTF A; 3TCU A; 1H8H G; 2A06 H; 1AI4 A; 2Q5Z A; 3T2M A; 1GN2 A; 3AG7 A; 4AIL C; 3SJB C; 4FLV A; 1VAR A; 2ZXW B; 3RYH B; 3AG2 C; 4L87 A; 4CBC A; 2ZIN A; 3JAR B; 3H9V A; 2R70 A; 3B2E E; 1R3K C; 2QWP B; 4X88 A; 4G28 B; 4PA7 A; 3GWO A; 1Q3E A; 1OCZ C; 1EFR G; 1FFX A; 4PA9 A; 4YHH B; 5EBW C; 1MSD A; 2E75 B; 2P06 A; 2ODM A; 2Y69 C; 1KP2 A; 2QGN A; 1R3L C; 3SJA C; 3P3N A; 4JI4 B; 5J9P C; 3KCY A; 2P6J A; 5EYP B; 4LF9 B; 1D5A A; 2ZE6 A; 3BAB A; 4BWA A; 2UXD O; 1M1K W; 4GYC B; 1KD1 W; 1TVK A; 3K79 A; 3JCU Z; 2IH1 C; 2UXC B; 4AHC A; 2K1E A; 4X65 O; 3SDL A; 1IXB A; 3N2K B; 1W2B U; 2P4V A; 1NJI W; 1HDJ A; 5EK0 A; 2DE0 X; 1LNQ A; 4YJ3 A; 3CS5 A; 1NTZ H; 1RPO A; 3K08 A; 3NXS A; 5KUM A; 3TET A; 1VQN V; 2MW2 B; 5DN6 G; 3OGC C; 4TV8 B; 4X9Q A; 2VQE O; 4X66 B; 1R6T A; 2CGN A; 4JI5 B; 4CH3 A; 4B3S B; 1PV0 A; 2KG7 B; 1Y76 A; 5B1O A; 4B3T B; 4TUY B; 5CB4 A; 1R3J C; 4OX9 B; 4J42 A; 4I4T B; 3C90 A; 3JD3 A; 4Z1V A; 5KAI Z; 4X64 O; 1SA0 B; 1TUB A; 5HFL A; 3CXC U; 1IVS A; 1RP3 B; 3CRQ A; 2V4D A; 1AR5 A; 3AG1 B; 2FYU H; 3BEH A; 4DR7 O; 4Z2W A; 2V1D A; 4DK0 A; 1S0V A; 2PYL A; 1JFF B; 1GTO A; 2R72 A; 1R73 A; 4PA6 A; 5FPO A; 4BW5 A; 3QVN A; 3RGB A; 3LNM B; 1ZAU A; 4JYC A; 5BMV A; 2A9H A; 4XDL A; 3KKY A; 3W7U A; 4E4E A; 4UV8 A; 4HNA A; 3BCC H; 4DYL A; 3CWB H; 3OEE G; 4DV4 B; 3VQX A; 5EC1 C; 3OGI B; 1SES A; 1WPB A; 1OCR C; 4PA4 A; 4JI8 O; 3I56 V; 4O4H A; 1QCE A; 2YUA A; 5B1N A; 2OCC C; 3VQW A; 1X59 A; 1YIT V; 1Y74 B; 4IIJ A; 3JAM N; 2N04 A; 2VQF B; 2NR5 A; 1EZJ A; 1IBK B; 4DR5 B; 1KKC A; 1PL0 A; 1ZL8 A; 5J2T B; 1SF9 A; 5CBH A; 1SER A; 3SJQ C; 1K8A W; 4R50 A; 4LNU B; 3JD1 A; 2O57 A; 3OE7 G; 4O2B B; 2E76 B; 3ZRS A; 3ZED A; 1AJQ A; 1GH6 A; 3E89 A; 3FAV B; 5JVD A; 2ITC C; 5EIB D; 5ITZ A; 1Q6U A; 5JQG B; 1FXK A; 3P30 A; 3CJH A; 3G6B A; 4I5S A; 2X0L A; 3WG7 B; 2CH7 B; 1GN3 A; 1L1F A; 3LNN A; 4IT5 A; 3ZMT A; 5CA0 A; 3RW0 A; 1MAB G; 4DV0 O; 2W0F C; 4FM0 A; 4FLU A; 2DOS A; 2BSK B; 4ZKI A; 3T1H B; 1HNX O; 5DEC A; 4FLY A; 4GKJ B; 3OAA G; 4DUY B; 5LOV A; 1M90 W; 5FPR A; 2AGA A; 1J5E B; 2ZE5 A; 2H3O A; 4B3R B; 2B5U A; 1V55 C; 3ABK C; 2ZR2 A; 1DTO A; 3BPZ A; 2RQ6 A; 4BAY A; 1O9G A; 1XMQ B; 5FL7 G; 4B3M O; 4YY3 B; 4X1K A; 4DR3 O; 4FM1 A; 1ZWI C; 3FFQ A; 4JZG A; 1N33 O; 4X1I A; 1I94 O; 1MZF A; 2WA3 A; 5KLV H; 3H1I H; 2JGU A; 1HNZ O; 4WFG A; 1I5X A; 5IWA B; 1Q7Y W; 3RYF A; 4LH7 A; 2QR4 A; 3SPJ A; 2IJK A; 1SZT A; 1NI8 A; 5FNV A; 3ZX6 A; 4LF5 B; 3G67 A; 2UUC O; 5C8Y A; 3FB8 C; 1XNQ O; 3OT7 A; 3DC5 A; 4JI3 O; 1I7F A; 2XAJ A; 3ASN C; 3JD4 A; 3N2G B; 1N8R W; 3ZHR A; 3A0R A; 3ZBH A; 1AB3 A; 3AG3 B; 5A9G A; 5LL6 Y; 3T1Y B; 3ASO B; 1HNW B; 1QLE C; 1ZX3 A; 2PF4 E; 5LA6 A; 1YTF B; 2ADP A; 2JIZ G; 3QO8 A; 2E74 B; 2LW7 A; 4J80 A; 3U10 A; 3D3I A; 2CTP A; 1GKF A; 4DRX B; 3NR7 A; 4Q6G A; 3EVK A; 3L70 H; 3CCV V; 1H2S B; 1XOU A; 3FKS G; 1NS1 A; 3IGA C; 1JPX A; 3G4S V; 1S72 V; 2B1G A; 2G38 A; 1ROP A; 3JAW A; 1YVW A; 3SPI A; 4GUN A; 5H6R A; 4JI7 O; 4DR1 B; 1FJG B; 1FFT B; 2Z5U A; 4YIO A; 4B08 A; 4ZHQ A; 4LF6 O; 3B09 A; 4GKK B; 2QWO B; 1XI1 A; 3EFF K; 2DYS B; 4DW1 A; 2YXL A; 1P49 A; 1HWY A; 2ZDI C; 1MMM A; 4W4K A; 5B1A C; 1ARO P; 4UVC A; 2CE4 A; 2UUA B; 3T4Z A; 3UT5 A; 2M6Y A; 3A0H Z; 2YEV A; 5GON A; 5LGU A; 1KP3 A; 3SYO A; 4HZ3 A; 2B9Z A; 1VQK V; 1P84 F; 3CSX A; 2ZXW C; 1YZB A; 3JAK A; 1KKD A; 2DMX A; 2YIB A; 3HKC A; 2GUZ B; 2YI8 A; 5F2V O; 5BR8 B; 2AHZ A; 4JI0 O; 3WB0 A; 4JI6 B; 4KUM A; 1SQG A; 3RYI A; 4YJ2 A; 1KQS U; 4J10 A; 1US6 A; 5KMG B; 4R7C A; 1WB8 A; 2X6B A; 4PA3 A; 1NH2 D; 2GTA A; 2OYQ A; 3ZRW A; 1Q86 W; 1SQQ H; 3N27 A; 2Q73 A; 1EN6 A; 2WWW A; 4UFZ A; 2R9R B; 4ZOL B; 3SPG A; 2QM8 A; 3SPC A; 5JH7 A; 3E8F A; 2WLM A; 2ZCE A; 1IBL O; 2JDI G; 4LFB O; 1E1Q G; 4TQD A; 4WFE A; 4LFA B; 4HAM A; 4LCU C; 2RMK B; 4I7Z B; 1NR7 A; 5D5Q A; 1KEC A; 1S5L Z; 3HKB A; 1SRY A; 5CN0 A; 2LFS A; 1CXZ B; 5L3E A; 1K33 A; 4BIZ A; 3U0Z A; 3LSS A; 3B8N A; 1ENV A; 3K06 A; 1EN4 A; 3BHP A; 2EZO A; 5IJ9 B; 4NXN B; 5L3B A; 2XAF A; 1BHA A; 2IJI A; 4LFC O; 4PI2 A; 3QG5 A; 4U3J A; 4P2Z A; 2VWJ A; 3BRC A; 3ZRV A; 3W7W A; 3JYC A; 2QWR B; 4TSF G; 1B3Q A; 4DV1 B; 2WLK A; 5L3G A; 3ZHT A; 4DV5 B; 3AG1 C; 1NBM G; 1S3J A; 5KHG A; 4UV9 A; 1NQT A; 2UU9 B; 1K3E A; 4D7S A; 3K5O A; 3CEI A; 4XDK A; 3CCS V; 2DWD C; 1DK1 A; 3FX7 A; 3E8B A; 1COW G; 3STL C; 3Q4H B; 2A79 B; 1XUQ A; 2W6I G; 1RFY A; 4UCV A; 2X6C A; 2NN4 A; 1VP7 A; 2H94 A; 3K03 A; 2NNU A; 5AG2 A; 4DUZ B; 1IBM B; 1OZ0 A; 2GV9 A; 4YIP A; 3E22 A; 1YJW V; 3ZIA G; 4LF8 B; 4QNH B; 2GBO A; 4U7O A; 4W4L A; 2EBO A; 1BGY H; 3JD2 A; 1GAX A; 4LBE C; 3ZN0 A; 3CCM V; 2QSA A; 1XHZ A; 1RM1 B; 3K0D A; 2WSS G; 4NVP A; 2P4K A; 2XOK G; 4WBN A; 3H1L H; 1YTF D; 3K58 A; 4DO2 A; 2X6A A; 5IYD O; 1WJZ A; 1IBM O; 1YEW A; 3C3S A; 4RQE A; 5B66 Z; 2Q7G A; 2P90 A; 3DSQ A; 5CMU A; 5EZY B; 2CDY A; 1JJ2 U; 1R6N A; 1RSO A; 4NYK A; 1XNR B; 1XMO B; 3E2E A; 4DV6 O; 1WB7 A; 4LF4 B; 1IX9 A; 3SYQ A; 2CGO A; 2BTQ A; 3HKE A; 4X89 A; 3CME V; 5H9C A; 1BMF G; 4O4L B; 3RYC B; 1U97 A; 2RCV A; 1Z5W A; 4ZI7 A; 1TUE B; 2F1M A; 2JS5 A; 2LFR A; 5IT9 N; 2Q6A A; 1Y66 A; 4EFB A; 3DXR B; 3WG7 C; 3JAS B; 4A5U B; 3FD9 A; 1AJP A; 5EBL C; 4J11 A; 3TK1 A; 1TGO A; 2RN9 A; 1VF6 A; 1AI7 A; 4EEQ A; 1SQF A; 1BZK A; 1Z2G A; 4K0K O; 2F4V B; 2YIB D; 3EHB B; 3R66 A; 2UXB O; 4QPK A; 2ZDI A; 4D7T A; 3OTO O; 4MS2 A; 1MG1 A; 4F6R A; 1AR1 B; 4ICG A; 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1PPJ H; 1AVM A; 3DC6 A; 1QNM A; 2QKA A; 4HNA B; 4MTF A; 1BL8 A; 2X7R B; 4LF7 B; 2EIM B; 4FLZ A; 1SQX H; 1JMK C; 4H33 A; 2P22 C; 3E35 A; 2AW9 A; 1JR9 A; 2JEU A; 2YS8 A; 1HP8 A; 1AJN A; 4O4H B; 1BE3 H; 4N21 A; 4IIJ B; 3RN4 A; 1Y6X A; 4X8A A; 2H8P C; 4C7U A; 3CC7 V; 4GX2 A; 2LGW A; 4CS2 A; 1XL6 A; 5EBM C; 4AI8 A; 4P30 A; 3K57 A; 1NH2 B; 3OMA B; 2Q7E A; 4GZR B; 4DV4 O; 2EIL B; 4I0X A; 3OM3 B; 2CUG A; 3IC9 A; 3G71 V; 2EIK B; 2XAG A; 3FYI B; 2Q4P A; 1VMG A; 2QTO A; 2VQF O; 2FTK A; 2WLL A; 1IBK O; 5ITZ B; 4DR5 O; 1S5H C; 1FXK B; 4UUJ C; 1K9M W; 4KFM A; 2NLJ C; 3UQ8 A; 4X62 B; 1R1B A; 1WPX A; 2RDC A; 5B3S B; 2HVK C; 3L74 H; 4MW3 A; 5D5P A; 2DWE C; 2L35 A; 1SQV H; 5CA0 B; 3SJC C; 1FKA O; 1TAE A; 3FAV A; 1WAZ A; 4EB6 A; 2A7W A; 5IDJ A; 3ETE A; 5KA5 A; 4FJC C; 1UFI A; 3ABL B; 3ZHV A; 3BAA A; 1VQ4 V; 3J81 N; 3E8G A; 5LOV B; 3SYA A; 3OR7 C; 2F43 G; 3H1H H; 1DGS A; 1CEZ A; 2WLJ A; 5CA1 B; 5B1B B; 2WLN A; 2D2C B; 1D2D A; 4JI1 B; 3CCE V; 1YI2 V; 2CK3 G; 1JQ0 A; 1GM8 A; 3T1H O; 1PNM A; 4OPH A; 1AI5 A; 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