The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| total genus |
24
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AXT Z; 3KZI Z; 1S5L Z; 5GTI Z; 5TIS Z; 3A0B Z; 5B5E Z; 5H2F Z; 4UB8 Z; 3A0H Z; 5E79 Z; 5B66 Z; 4IL6 Z; 4UB6 Z; 4PJ0 Z; 3JCU Z; 5KAI Z; 5GTH Z; 3WU2 Z; 5KAF Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IJ0 A; 5LL6 Y; 4JAS A; 2VQE O; 2PUS A; 4LWS B; 4D6T H; 1VQN V; 1FXK B; 4LR3 A; 4KHP O; 1OCC B; 3OR6 C; 1JJO A; 4K35 A; 5AG2 A; 2DE0 X; 1JJ2 U; 4ASU G; 4WBN A; 4CH3 A; 4YJ2 A; 4Z1M G; 3FB8 C; 4LNU B; 1SC5 B; 1MZF A; 4KXR A; 2UXD B; 4O4L A; 1E1R G; 4ZI7 B; 4DV5 B; 2P22 C; 1B3Q A; 4MW8 A; 2VWK A; 1NKD A; 4JI0 O; 1YTF B; 4GKK B; 1GTO A; 2KG7 A; 1AR5 A; 2UXC B; 3QNE A; 1T5E A; 3ZCC A; 3TGU H; 4DR3 B; 5E79 Z; 2OCC B; 2WLI A; 4QNH B; 5J2U A; 1PPJ H; 4FM2 A; 1YJW V; 1K5S A; 4MVM A; 3OEE G; 2Q67 A; 3OUF A; 4JV5 O; 1SQQ H; 3N2K A; 4EB6 A; 3K08 A; 2QM7 A; 5HFL A; 3CE2 A; 3P3P A; 2HP8 A; 2QM8 A; 1VIB A; 1RSO A; 3OGC C; 4Z2W A; 3RYC B; 5JQG B; 3TXS A; 2XTA A; 4PHZ A; 4P2Z A; 5ITZ B; 4JAV A; 4J7K A; 2QSA A; 1Y67 A; 1BCC H; 1EBO A; 1K4C C; 2RJZ A; 3G6E V; 2YIC A; 3ZBH A; 2WLN A; 2Y0P A; 4ZOL A; 3N27 A; 1S77 D; 1FJG B; 1MSW D; 4NYK A; 1H8E G; 3MAQ A; 4DR5 O; 4ZHQ A; 4LFC B; 1KD1 W; 4JI2 O; 4YHH B; 4X64 B; 2HVK C; 5C93 A; 2P5O A; 4NXN B; 2GSM B; 3JAK A; 4CC5 A; 1YVW A; 5KMG B; 3ZMT A; 3CXC U; 2RMK B; 3UKM A; 2Z3Y A; 1IXB A; 4FLT A; 3M8A A; 3T1Y O; 2XAQ A; 2M6Y A; 3X2Q C; 4X20 A; 5CBH A; 4GKJ O; 2HHH B; 3L71 H; 1K9M W; 4JI4 B; 4DV4 B; 3ZHQ A; 5C8Y A; 3AEI A; 1R6N A; 1QLE B; 3GWO A; 1F23 A; 3TET A; 2NN4 A; 3SYA A; 3UT5 A; 5JVD B; 1IZ3 A; 4OXS A; 1QLN A; 5FL7 G; 4LF4 B; 4KL1 A; 4LCU C; 1MOF A; 4JTD B; 4NVP A; 4K8Z A; 1OJH A; 2R9A A; 1HW7 A; 2WSS G; 2CTW A; 2K1E A; 5GON A; 3LDC A; 3CRA A; 2A7W A; 1BQ0 A; 1V55 B; 2P90 A; 3FD9 A; 3B4S A; 3B8M A; 3H01 A; 3FAV A; 1OCZ B; 2Q0A A; 3M7M X; 4L87 A; 2CH7 B; 1JMK C; 2E74 B; 2YXL A; 1PNK A; 4WFB V; 4YJ3 A; 4AQY B; 1K7D A; 1N4C A; 2UXB O; 1AI6 A; 2LFR A; 3MHS C; 4FMT A; 1Z5V A; 2JVD A; 4BIZ A; 1HDJ A; 2GUZ A; 2XAF A; 2QDO A; 4FIP C; 2RQ6 A; 1SQF A; 2E3C A; 2DN9 A; 4FPP A; 5LA6 B; 2UXN A; 3JD3 A; 4MTX A; 1J95 A; 1GN6 A; 5LHI A; 1UFI A; 4LF7 B; 3W7S A; 2VS0 A; 3JAL A; 4DV3 O; 4FFB B; 1N34 B; 3SPC A; 4DR6 O; 2QGN A; 1GH6 A; 3QF7 A; 4R7C A; 3K0D A; 1HNW B; 3UO3 A; 4GYC B; 1N32 B; 1SER A; 3J7A U; 2DW4 A; 1VQ7 V; 2K9P A; 4YXW G; 2X0L A; 2CGO A; 2Q9L A; 3BPZ A; 3HPL C; 4JI7 O; 3JAW A; 3IJ4 A; 4DR4 O; 2UUB B; 2N74 A; 2DQ3 A; 3K5N A; 3O65 A; 2IJJ A; 3E8G A; 5DED A; 2A3Q A; 1NBM G; 3K59 A; 1DK1 A; 3CJH B; 1CPY A; 2W6J G; 1GN2 A; 1WN7 A; 3PN1 A; 2WLL B; 1AR1 B; 3CRR A; 3BFR A; 1AR4 A; 3RN4 A; 3RFR A; 5EC2 C; 3RYI B; 2EIM C; 2QKC A; 5DM6 V; 4FZ1 A; 1CP9 A; 2BOC C; 1ZL8 A; 3TXQ A; 5EZY B; 3ABM B; 1KEC A; 5B1N A; 3CYO A; 1DF4 A; 5JH7 A; 3RVZ A; 4B3R O; 3CCQ V; 2UU9 O; 1BHB A; 2R9I A; 4KFM A; 3TJT A; 1BT8 A; 1FXH A; 1N0N A; 1L0N H; 2Q7H A; 5EBM C; 1OZ0 A; 2ZR3 A; 3HKE B; 3ZHS A; 1TUB A; 3ZRS A; 1S5H C; 1K3E A; 1M4U A; 3OTO B; 3APQ A; 2D2C B; 1VQM V; 1L8D A; 1VF5 B; 2XHB A; 3EVK A; 2VQE B; 1NS1 A; 4X8A A; 5L3E A; 4NKG B; 2Y69 C; 3SJB C; 3C3S A; 3MD0 A; 5CBG A; 4I0X A; 1AI4 A; 4FLX A; 5FPO A; 3D36 C; 3SGI A; 2WAM A; 1Y76 A; 4J9Z B; 4D7S A; 4NXM O; 1Q5O A; 2F1M A; 1BS3 A; 2HKO A; 4JI3 O; 2IJH A; 2ARH A; 1ZTE A; 2LQT A; 3AG2 C; 3HKD A; 4UXN A; 2PI5 A; 2F4V B; 1YCI A; 4Q6G A; 4ZKI A; 1WB8 A; 5BZB A; 1H2S B; 3KCX A; 1HR0 B; 4I50 A; 2Q0O C; 3ABL B; 4JV5 B; 1YDX A; 4MTG A; 5H6Q A; 2EBO A; 1P49 A; 2Q6A A; 1I5X A; 2OTJ V; 1G6U A; 3ZX6 A; 2OT5 A; 1AIL A; 3UCS C; 3CD6 V; 4JYA O; 2L35 A; 4O2A B; 1R73 A; 1OCC C; 2BSK A; 1UJW B; 3FB6 C; 4LH6 A; 5IWA O; 5FNV B; 5GTH Z; 4FLZ A; 4DR5 B; 1F4N A; 3JD4 A; 3BA9 A; 3L73 H; 2FTK A; 3QG5 A; 3VQW A; 1IX9 A; 4BWA A; 2GTA A; 3G71 V; 3OE7 G; 5GTI Z; 5LXT B; 3GVM A; 3CCM V; 4QIW F; 4GX0 A; 4CS2 A; 2BTQ B; 3OAA G; 3IFX A; 4O4H A; 1Y74 B; 2IU3 A; 3ZN0 A; 1EZV H; 2OCC C; 1PV0 A; 4H44 B; 4WFH A; 1Q3E A; 5BR8 O; 2C2A A; 2BE3 A; 2QWO B; 3MDS A; 5CBF A; 3H1J H; 4IYH A; 4DRX A; 4DK1 A; 1I5Y A; 1XDC A; 3BCC H; 4UV8 A; 1Q8I A; 2WLJ A; 3QTC A; 4PJ0 Z; 4X65 B; 1VQ8 V; 5KAF Z; 2WA3 A; 5CA0 B; 3P32 A; 3ZRV A; 3NR7 A; 5LP6 A; 3K5L A; 1IUR A; 1FFX B; 1MG1 A; 2CUG A; 2V7Q G; 3BHP A; 1WB7 A; 3ABT A; 3JAT B; 3RYH A; 2GV9 A; 1N36 O; 1JQ0 A; 3B77 A; 2NR5 A; 2P4K A; 2EIM B; 2P06 A; 4GCZ A; 3SDL A; 3DC5 A; 2QKA A; 3GB7 C; 4DV6 B; 4BIO A; 1HWY A; 1DTO A; 3T4Z A; 4I55 B; 3JAS B; 1JVM A; 3ZRW A; 5J2T B; 1M90 W; 1Q86 W; 2YSU B; 4FLW A; 4EFE A; 3SPJ A; 1QLE C; 2Y4U A; 3DTU B; 5B66 Z; 4LF8 O; 3I55 V; 4CBC A; 5LMN O; 5KA5 A; 1M1K W; 1THZ A; 4FLV A; 3WFV A; 2XT9 A; 1IBK O; 4ZBM A; 1Z2G A; 3A2F A; 1DLB A; 4JGS A; 4EKW A; 2EIJ C; 3ZHV A; 3ASN C; 2YIB D; 4X1I A; 2BOB C; 4RWU A; 4LF9 O; 2BTO A; 1WA8 A; 5CA1 A; 4JYY A; 3HKB B; 1BQZ A; 2A79 B; 2DWE C; 3ICX A; 1M9N A; 1V55 C; 4BR6 A; 4PA3 A; 2JDI G; 1IVS A; 4JI5 O; 5JJE B; 1OCZ C; 1FKA O; 3WU2 Z; 4MVZ A; 1AB3 A; 2O57 A; 2Y69 B; 1WPB A; 3CEI A; 3DXR B; 4J7Z A; 4UCR A; 4G28 B; 1M56 C; 3S3W A; 1NTZ H; 4X62 B; 2YIB A; 3L9D A; 4AI8 A; 3T2M A; 2ZE8 A; 3ZJZ A; 1XNR B; 3JD1 A; 3RWR D; 2GHY A; 5LMU O; 5JJN B; 2LGQ A; 1ZSP A; 1JOY A; 4L8J A; 4DV7 B; 2JGD A; 2AZ2 A; 3E2E A; 3D3Q A; 2XND G; 5IJ9 B; 3E22 B; 2EJR A; 3ZHU A; 3RYF B; 1WP7 A; 1VEW A; 2RN9 A; 4TUY A; 1EZJ A; 1K5Q A; 5KHH A; 4U3J B; 2P7T C; 3ZMV A; 5IDJ A; 4MW3 A; 4GLX A; 3KKY A; 1MMM A; 3F5W C; 4Z1V A; 4PDM A; 1E79 G; 3UQ8 A; 3JCZ A; 4J42 A; 3LDE A; 4UFZ A; 3WB2 A; 1QQC A; 1NR7 A; 1R3K C; 4B3R B; 1M57 B; 2XAH A; 2F23 A; 2WWW A; 3L72 H; 3EHB B; 2ITD C; 1B6Q A; 2IU0 A; 4O2B A; 1S76 D; 2A06 H; 1JFF B; 1ZAU A; 4BW5 A; 3Q4H A; 2YDE A; 3ASO C; 1S72 V; 2YI9 A; 3QO5 A; 4B3M O; 3RW0 A; 1RP3 B; 2DYS B; 2Q8V A; 4B3S O; 4B3T O; 4UCV A; 1VF6 C; 4WFG A; 2ZE5 A; 4H33 A; 3U11 A; 1DF5 A; 3OW2 U; 4LP8 A; 4G2K A; 1I0H A; 1OCR C; 2E76 B; 2N04 A; 3CRC A; 1OCO B; 1LR1 A; 1I94 O; 2H3O A; 1VAR A; 2ADQ B; 3K58 A; 4I4T A; 4TV9 B; 1V54 B; 4WFF A; 3JAR A; 3LDD A; 4DR2 B; 2OCH A; 4DV2 O; 3ABU A; 4JI3 B; 3BAB A; 1NVP B; 2L6L A; 1FAF A; 1EN5 A; 2CTQ A; 1E1Q G; 3ABM C; 4QPK A; 2JRI A; 4TQD A; 1JA8 A; 1XEQ A; 3LUT B; 1SQB H; 1TUE B; 4JZ2 A; 4DR7 O; 2H94 A; 4XDK A; 5IT9 N; 2VWJ A; 1D2D A; 1AI5 A; 4HZ3 A; 3W7X A; 2Q5Z A; 3CXH F; 2YUA A; 2JK5 C; 1WNS A; 2ZD9 A; 3BEH A; 2IW5 A; 5CMU A; 3C3T A; 1P4R A; 1Y6X A; 4UVC A; 2ZDI C; 3SPI A; 1XMO B; 1HP8 A; 4ABM A; 2YEV B; 3JSL A; 3IGA C; 2A9H A; 1Q43 A; 3VOU A; 3ZN1 A; 2IH3 C; 2YXH A; 4NTY A; 5D5Q A; 1WJZ A; 1YIJ V; 3CC2 V; 3CHX A; 3WB0 A; 4TV8 A; 2ZQM A; 4GT1 A; 3T1H B; 1FD9 A; 1KKC A; 3RT3 C; 3CRQ A; 1KP3 A; 5KHK A; 3ZMS A; 3K5O A; 3AG4 B; 4OPH A; 2E5L B; 1BSM A; 1KU9 A; 1H2N A; 2YI8 A; 1COW G; 5BMV B; 4AHC A; 4JI1 O; 2EIJ B; 4HAM A; 3ASN B; 4DV0 O; 1QR9 A; 4DYL A; 2HJD A; 2QE7 G; 3E86 A; 3W7W A; 1L1F A; 1GO3 F; 1QNM A; 3IC9 A; 5BR8 B; 3CC7 V; 3ABL C; 3ZIA G; 1W0J G; 3BAA A; 4HNA B; 5IYZ A; 5A9G A; 4X1K A; 5LHG A; 2PI4 A; 2F43 G; 1M56 B; 4LFB O; 5FPR A; 3UO2 A; 5B1A C; 5L3B A; 1XOU A; 4JYB A; 1XL4 A; 3FKS G; 1NH2 B; 1EN6 A; 3B2E E; 4IIJ A; 4PDR A; 5F2V O; 4CH4 A; 1IBM B; 2ZM6 O; 3L74 H; 4U7N A; 4O4H B; 5L3F A; 4JI8 O; 1AP5 A; 2UUA O; 3T4D A; 3ZMZ A; 4MVU A; 2LO1 A; 1XMQ O; 2CTR A; 2ODM A; 4DO2 A; 2PF4 E; 4O4I A; 3I5D A; 1XNQ O; 3D36 A; 4CS3 A; 3WG7 C; 3HKC A; 2FYU H; 5B1O A; 4LF8 B; 5B3S B; 5LMN B; 2EIN C; 1PNL A; 4R6Z A; 2X6A A; 5LYJ A; 4NB5 A; 2DYR C; 1ZUQ A; 1TAE A; 5LP6 B; 3P30 A; 5GW7 A; 5LOV A; 3ASO B; 3CCR V; 3JSN A; 4IGG A; 4JI6 O; 2LJ2 A; 3ETD A; 2JS3 A; 1VQ6 V; 2NNU A; 4G27 B; 2KSD A; 1VQ4 V; 4OX9 B; 3NXS A; 2YXY A; 2CAZ C; 4DUZ O; 5B1B B; 1BHA A; 1NT2 B; 2VQF O; 4DV1 O; 4O4J B; 1OCR B; 4BAY A; 5IY5 C; 2EZO A; 1SQG A; 4RUE A; 4IHJ A; 4J10 A; 1NQT A; 3ML0 A; 4LWS A; 1FXK A; 4MVR A; 4PDV A; 4WF9 V; 4X9Q A; 1M93 A; 5EYP B; 1A32 A; 1S5L Z; 3KZI Z; 1FS0 G; 1PL4 A; 4DR1 O; 3IC7 A; 3H1K H; 4QJF B; 2XAG A; 5B5E Z; 2UUC O; 2OTL V; 4LNU A; 2JS5 A; 3SJQ C; 1R3J C; 1PL0 A; 3J80 N; 3QO7 A; 3N2G B; 4FLU A; 4DXW A; 4UV9 A; 4P30 A; 1SQP H; 4TQF A; 4ZI7 A; 5DEC A; 2Y4T A; 1QR8 A; 5CB4 B; 3QO8 A; 2Q73 A; 1KC8 W; 3J81 N; 1BGY H; 1PD3 A; 1YXB A; 2R9R B; 3E8H A; 1ENV A; 1GK9 A; 1KBH A; 1QBZ A; 3GWK C; 5LGT A; 5JCO A; 1SA0 B; 1GM8 A; 3G4S V; 1PP9 H; 4Q20 A; 2JIZ G; 5K1X A; 4MT8 A; 4HBN A; 3QVN A; 4CS4 A; 3B8N A; 3U0Z A; 1PM9 A; 5EIB D; 3ZS8 C; 1GN4 A; 4KHP B; 5FLX N; 4YY3 O; 1YSC A; 2AHY A; 3RYC A; 1EFR G; 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2EIN B; 4J9Y B; 1RSO B; 1QHT A; 2DYR B; 3EXA A; 4JI1 B; 2XUM A; 5H5N A; 2QJ1 A; 4LF4 O; 2YS8 A; 5LA6 A; 1TGO A; 3T1C A; 4BIU A; 4ZOL B; 1XBL A; 1QCE A; 4ZHQ B; 4XBF A; 4GX5 A; 4FFB A; 3JAK B; 3K5M A; 1Q81 W; 5IY5 B; 2ZE7 A; 4AQY O; 3D3I A; 2UXB B; 4X20 B; 4LFB B; 3CCV V; 3F7V C; 1VQP V; 3STZ C; 1RM1 B; 4LH7 A; 5C8Y B; 3F7Y C; 4FK5 C; 4IYI A; 1WLE A; 4E2L A; 1WPX A; 2P4V A; 4UVA A; 1HNX O; 3DSQ A; 4IT5 A; 3UT5 B; 4XDJ A; 4N23 A; 3A0B Z; 3AG4 C; 3CJH A; 1CEZ A; 3R65 A; 3IAY A; 1VQL V; 1XMQ B; 2WLL A; 4FFK A; 5GON B; 3H9V A; 4DV3 B; 3RYI A; 1XNQ B; 1N34 O; 3FAV B; 3H1L H; 1KKD A; 4DR6 B; 2F66 C; 5EBW C; 4EEQ A; 4YJ3 B; 3E35 A; 3BA8 A; 1N32 O; 1N33 O; 4K0K O; 5EZY A; 3LSQ A; 4R8C A; 2B1G A; 2H8P C; 4JZG A; 3ETG A; 3G6B A; 4JI7 B; 2CTP A; 1AJN A; 4DR4 B; 2ADP A; 2UUB O; 2Q69 A; 1AJQ A; 2GUZ B; 2M7W A; 4MSW C; 2VRZ A; 4A5U B; 1NZ6 A; 3AG3 B; 1VMG A; 4JTA B; 5IYD O; 1KUQ A; 4B7E A; 1NTK H; 3E8F A; 3HKE A; 2ZCE A; 1YHQ V; 4QE7 A; 3SYP A; 3JAL B; 4X89 A; 3TCU A; 2DMX A; 2ZNJ A; 4NR1 A; 4H13 B; 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