The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
21
|
| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WU2 Z; 5KAI Z; 4UB8 Z; 3KZI Z; 4PJ0 Z; 3A0B Z; 5GTI Z; 4UB6 Z; 3JCU Z; 2AXT Z; 5GTH Z; 3A0H Z; 4IL6 Z; 5B66 Z; 5H2F Z; 5KAF Z; 5E79 Z; 5B5E Z; 5TIS Z; 1S5L Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YI9 A; 3ZMS A; 2HVK C; 2E76 B; 4I5S A; 2M7W A; 4G2K A; 3W7U A; 2WLI A; 5JVD A; 4R50 A; 1Q81 W; 1URF A; 4YIP A; 4JAU A; 1G1X B; 3MAQ A; 3UT5 A; 2ZM6 B; 4NKG B; 4GX1 A; 3U11 A; 4DV7 O; 2DYS C; 3OR6 C; 3BEH A; 3R65 A; 1H2S B; 4DR4 B; 4LF4 O; 1WA8 B; 4LF8 B; 5JH7 B; 4X20 A; 2LGQ A; 4MVU A; 2ZIN A; 3OEH G; 1R6K A; 1BHB A; 3B77 A; 3H1I H; 2XAG A; 3TK1 A; 1Q3E A; 4LFC O; 4ZIB A; 4LH7 A; 3ZRW A; 2IU0 A; 1YSC A; 3APO A; 1S0V A; 2RDC A; 2Q7H A; 2PTM A; 3K3W A; 1D5N A; 4DV2 B; 1B6Q A; 1PNL A; 3CB2 A; 2VQF O; 4KXR A; 3DGE A; 1AR1 B; 2JIZ G; 2AHZ A; 2LJ2 A; 1XIL A; 3JYC A; 3CEI A; 2F1M A; 3ABK C; 5EK0 A; 1KUQ A; 4PA7 A; 4O4I A; 1FS0 G; 5IYZ B; 4DRX B; 2EIN C; 1JJ2 U; 3AG1 C; 3KKY A; 2UXB O; 2DOS A; 1JJO A; 3JD0 A; 4JI6 B; 3QNE A; 1K8A W; 3AG2 B; 3LSQ A; 3W7T A; 4HNA A; 4FPP A; 1E79 G; 4GX0 A; 1KBH A; 1RFY A; 1Z5W A; 5B1B B; 2NNU A; 4DK1 A; 4G27 B; 4HZ3 A; 3CCE V; 4B3T O; 5L3G A; 2ZXW B; 2UXD O; 1BQZ A; 4I50 A; 2ODM A; 3EVK A; 2QEX V; 5JCO C; 4F4L A; 2CGN A; 1KYO F; 5L3C A; 1F51 A; 1ROP A; 1M57 B; 1NBM G; 3OMA B; 5BR8 O; 1OV9 A; 1P7G A; 2HJF C; 4B08 A; 4IGG A; 3JAK B; 4DR2 O; 3AK1 A; 1KB9 F; 1NVP D; 1DF5 A; 3ABL B; 1SA0 A; 4FM0 A; 3E2E A; 3RYH B; 4IHJ A; 5JJN B; 2QM4 A; 1M1K W; 4O4L A; 4MTX A; 3JAL B; 1MMM A; 1SQX H; 4X66 B; 1DK1 A; 4JI3 B; 3A8T A; 2QWO B; 4OXS A; 5GON B; 2GUZ B; 1NH2 D; 4PDL A; 1H2G A; 4QPK A; 1VIB A; 1RPO A; 3SYP A; 1NQT A; 2ETN A; 3DTU B; 3JCU Z; 4KUM A; 4QNH B; 4U3J A; 3K0G A; 5KX5 A; 5LP6 B; 2DW4 A; 4AHC A; 1Z5V A; 3OM3 B; 4JV5 O; 1IXB A; 3HKB B; 1QBZ A; 2L6L A; 1THZ A; 1W59 A; 4BIZ A; 4RQF A; 2W0X A; 5LMU B; 1BSM A; 4WFB V; 3S3W A; 1TVK A; 3OAA G; 4YHH B; 2IJI A; 2Q67 A; 4I55 A; 1SRY A; 5C8Y B; 3E8H A; 1GTO A; 2N05 A; 1EBO A; 1FJG B; 3BAB A; 2QJ1 A; 3CYO A; 1F4M A; 2EJ7 A; 2WLH A; 4JI4 B; 3N2G B; 3H01 A; 1U97 A; 1VQL V; 3RYF B; 2F4V O; 2HEP A; 2P7T C; 4FFB B; 2FYU H; 4A5U B; 4FM2 A; 1XMQ B; 1WPX A; 1XHZ A; 1OCZ B; 4D7S A; 2HHH B; 4L87 A; 2P67 A; 2Q7G A; 2ZE6 A; 1SC5 B; 4CS3 A; 4TQD A; 1Q6H A; 3RYI A; 3UT5 B; 1COW G; 2XOK G; 2CH7 A; 3IC7 A; 1LR1 A; 3NR7 A; 2Z3Y A; 4FZ1 A; 3UO2 A; 1Q7Y W; 2JS3 A; 4YJ3 A; 4LR3 A; 3FB6 C; 4UB6 Z; 1FFX B; 3ICX A; 2DQ3 A; 4LH6 A; 1OCR C; 2ADP A; 1EN4 A; 1QLN A; 4NTX A; 1VQM V; 1Q43 A; 5JWP A; 2ILM A; 3PJS K; 1OCO B; 2CAZ C; 4RUE A; 4ABM A; 4F6R A; 1Q6I A; 2Q7E A; 4GX5 A; 2QE7 G; 1WLE A; 1M93 A; 5KUK A; 2Y69 C; 1ARO P; 1N0N A; 1OHH G; 2YIB A; 3C3S A; 2LFS A; 4JTD B; 2AZ2 A; 3P30 A; 3OFN G; 4AIL C; 3BCC H; 3RGB A; 1FFT B; 3CME V; 4H0L B; 4O2B A; 5B5E Z; 3T1H O; 1WNS A; 2OCH A; 2QGN A; 2WAM A; 2EX3 A; 1WP7 A; 4DV1 B; 1ZWI C; 4ZOL A; 4LF7 O; 3N2K A; 5CA1 A; 2AZ0 A; 2WA4 A; 2DJV A; 1E1R G; 5IYC O; 2DWD C; 2PUS A; 5KA6 A; 1VQO V; 2ZDI C; 4UUJ C; 3K04 A; 1I5X A; 1K9M W; 1M5I A; 4Z2W A; 5D5P A; 1GO3 F; 5BZB A; 4JI1 O; 3T4Z A; 2IBZ H; 2E74 B; 4KHP B; 3WU2 Z; 5LL6 Y; 1SET A; 2BSK B; 2C2A A; 2LGW A; 2ZXW C; 4NXN B; 3MHS C; 2A7W A; 1HR0 O; 2O57 A; 5AG2 A; 1S3J A; 3OEE G; 1K4C C; 2CTW A; 1Y74 A; 4I4T A; 4DUZ O; 4X62 O; 4LF6 B; 1XUQ A; 2KG7 B; 4DR5 O; 4I0X B; 1VMG A; 4JI2 O; 4IYI A; 4TUY B; 4CS2 A; 2A0L A; 4WFF A; 2GHY A; 4WFG A; 1D5A A; 4FLY A; 2JS5 A; 1TUE B; 2LP7 A; 4FMT A; 3BA9 A; 2PZS A; 3JD1 A; 1YTF B; 3JD3 A; 2X0L A; 5BMV A; 1XRE A; 1AIL A; 1GM7 A; 4QJF B; 2EIN B; 5KAI Z; 5H6Q A; 4DK0 A; 2WLL A; 3KZI Z; 3KG2 A; 1F4N A; 5CB4 A; 4X1Y B; 1KEC A; 1G6U A; 3WB2 A; 1FKA O; 2JRI A; 5CBF A; 5LP6 C; 2GDS A; 4RUF A; 4B3R O; 1AR5 A; 1SES A; 1XMO B; 5KHJ A; 5IJ0 A; 4LWS A; 3E83 A; 4DV6 O; 1Q86 W; 1PNK A; 2F66 C; 4GUN A; 5FLX N; 1XL6 A; 1NTM H; 1S77 D; 4N21 A; 4I55 B; 1YIT V; 4J11 A; 2ZE5 A; 4JI7 B; 4ICG A; 3JAR B; 3ZMV A; 4X64 B; 1H2L A; 3AK2 A; 1VQN V; 1ZLZ A; 2YIA A; 3OTO B; 2GSM B; 3CJH A; 3RVZ A; 4CC5 A; 1JVM A; 3GWO A; 1XBL A; 2UXN A; 2OCC C; 1XNR B; 2Y0P A; 5IE9 A; 4FFK A; 2F95 B; 2ZM6 O; 4ZI7 A; 3GVM A; 1TUB B; 4P30 A; 1OCZ C; 4H37 A; 2ZNJ A; 4FLV A; 2XND G; 5LA6 B; 5BY1 A; 1BL8 A; 1YZB A; 1BHA A; 1DGS A; 3HKE B; 4LF8 O; 3F5T A; 1GM8 A; 3T2M A; 3HKD A; 5B1O A; 3FB8 C; 1NH2 B; 4R8C A; 3TET A; 1L0L H; 3OD4 A; 5L3F A; 2BTQ B; 4WBN B; 2QDO A; 3IC9 A; 1P4R A; 1KC8 W; 2YS8 A; 2G38 A; 3AG4 C; 3DXR A; 3R66 A; 3OT7 A; 5KUM A; 3ZHQ A; 4DR1 B; 4DV2 O; 2OT5 A; 3O65 A; 2QWR B; 1PL4 A; 3JSL A; 3SJC C; 2Y48 A; 2YC0 A; 5EC1 C; 3STZ C; 1MG1 A; 4U3F H; 2PYJ A; 5FPO A; 5L3E A; 2YEV B; 3CE2 A; 1FXK A; 4JYA B; 4UXN A; 3G67 A; 1OCO C; 1P7B A; 1WJZ A; 1NS1 A; 1R1B A; 2K9P A; 4K3A A; 4PDR A; 4MVZ A; 2RJZ A; 4LNU A; 3ZHV A; 4JI6 O; 2XHB A; 4W4L A; 3CHX A; 4BW9 A; 2ZQM A; 3T4D A; 4UCV A; 2Z0A A; 2XT9 A; 3RYC B; 3ASO B; 3ML0 A; 2QWQ B; 1YIJ V; 4GKJ O; 2EBO A; 1GN6 A; 4N23 A; 4DV4 O; 1YCI A; 2BOB C; 2VQE O; 3RFR A; 3G71 V; 4NTY A; 5KMG B; 1BT8 A; 3ZJZ A; 4DR7 O; 3BAA A; 1HNZ B; 1VQ5 V; 3IAY A; 2JGD B; 1BGY H; 2DQ0 A; 1N32 B; 4NXM B; 1J5E B; 4K8X A; 4IIJ A; 3TXS A; 3K58 A; 3LNN A; 1DF4 A; 5C93 A; 5K1X A; 3EXA A; 1DTO A; 3TJT A; 1JFF A; 4DW0 A; 1K33 A; 3C90 A; 1LNQ A; 4KP4 A; 5IWA O; 2DN9 A; 5J2U A; 3FAV A; 4NR1 A; 4X66 O; 1OCR B; 1YVW A; 3JAT B; 3SR2 C; 2IU3 A; 5KAF Z; 3CPW U; 4GKK O; 1JPX A; 3RVY A; 5CBH A; 2AW9 A; 1H8E G; 1JQ0 A; 2YXL A; 4LFA B; 4WF9 V; 1Q90 D; 4XDL A; 2Y69 B; 3L71 H; 4X89 A; 1YTF D; 2RMK B; 4K8Z A; 4J42 A; 2ARH A; 4J80 A; 1D2D A; 2ITD C; 3G80 A; 1GRJ A; 4KFM A; 1MZE A; 3EHB B; 1AP5 A; 1PV0 A; 3VQW A; 4PI2 A; 5LMU O; 3LDC A; 4PJ0 Z; 2P90 A; 1YF2 A; 4OPA A; 4HBN A; 4UV8 A; 3E35 A; 2Q6A A; 5LXT B; 2E75 B; 3U0Z A; 3SYC A; 1OJH A; 2A06 H; 4FM1 A; 2UUA B; 2R9A A; 3U10 A; 4D6T H; 3QG5 A; 4JI4 O; 1QVF U; 4U7N A; 1QR9 A; 1K92 A; 5J2T A; 3M99 B; 1K97 A; 1JCH A; 1W0J G; 3RWR D; 1S72 V; 2ZE8 A; 1SF9 A; 3VOU A; 3WFV A; 3K5N A; 2P4V A; 2JJ1 G; 4DV5 B; 5EYP A; 4JYC A; 1I94 O; 1TA8 A; 3PN1 A; 4UVB A; 5ITZ B; 2LO1 A; 3E22 A; 1IZ3 A; 5K1P A; 1VQK V; 2CTR A; 3EFF K; 2LFR A; 2Q0O C; 1GN4 A; 2GTA A; 2HHH O; 1MOF A; 3B4S A; 5EC2 C; 3K06 A; 4K35 A; 2N04 A; 5EZY B; 2UU9 O; 4PA9 A; 4YXW G; 3J81 N; 3CJH B; 3AG7 A; 2Q73 A; 3SYQ A; 4X1K A; 4IT5 A; 5FNV A; 4DV3 B; 2QM7 A; 1SZX A; 5CA0 A; 1EN6 A; 1H38 A; 2Y4U A; 5H5N A; 2FML A; 4H33 A; 4O2A B; 4JAS A; 1R3L C; 3DC5 A; 3IJ4 A; 4ZHQ B; 3W7S A; 2V1D A; 4UVA A; 4EB6 A; 3DSQ A; 3CCS V; 4FLZ A; 4UCS A; 2ZIO A; 4DR3 B; 5LYJ B; 5LOV A; 3N27 A; 4LF4 B; 4JYB A; 2DYR C; 1VF7 A; 3GB7 C; 2RNB A; 4BIU A; 3ZRS A; 1M9N A; 2WLJ A; 4J41 A; 4B3M O; 1SZT A; 5IT9 N; 4J10 A; 2BCC H; 1HP8 A; 3WG7 B; 1MAB G; 3ASN B; 1ZAU A; 2V7Q G; 2XAH A; 1S5J A; 3QO7 A; 1Y76 A; 1MA1 A; 2D3O W; 4UFZ A; 4ZKI A; 2WWW A; 4DV0 B; 1PKX A; 3JCZ A; 3WB0 A; 5DN6 G; 1I5Y A; 2UXC O; 2GV9 A; 1JX9 A; 3D3Q A; 2EUL A; 4XDJ A; 1HW7 A; 4LNU B; 2YIB D; 4MW3 A; 3NXS A; 5LGT A; 1VQ4 V; 2B1G A; 4F6E A; 3B2E E; 3FX7 A; 1RSO A; 2OCC B; 1WB7 A; 2QKC A; 3ZN0 A; 4YJ2 A; 3Q4H B; 3ASO C; 3QVN A; 2UUB B; 1S5H C; 3VQV A; 1GH6 A; 2YXH A; 5LBQ A; 2ATK C; 4KHP O; 2H8P C; 1NKD A; 2A9H A; 5L3B A; 4O4J A; 4ZBM A; 4NXN O; 1JOY A; 1SQP H; 2H3O A; 4JYY A; 4BW5 A; 4FIP C; 3ETQ A; 2WLI B; 5JVD B; 1K5Q A; 1KKC A; 4LP8 A; 4B3T B; 3H1H H; 3APQ A; 2UXD B; 4LF6 O; 4PDV A; 1W2B U; 1SKV A; 1QLE B; 2DE0 X; 4FVM A; 4MT8 A; 1MSW D; 3AG4 B; 4TOI A; 2F23 A; 3ZS8 C; 3P32 A; 4D7T A; 3H1K H; 4X20 B; 4X88 A; 4MTG A; 3I5D A; 1WB8 A; 3E89 A; 4YY3 B; 2EZO A; 1N34 O; 3CCR V; 2XAF A; 3ZRW B; 1VF5 B; 1HNW O; 3K79 A; 1AI6 A; 2JEX A; 4R7C A; 1AVM A; 2WA3 A; 1JR9 A; 2D2C B; 1AP6 A; 1IBM O; 2ZCE A; 3W7W A; 1FXH A; 2PI4 A; 2R9I A; 2ZD9 A; 4QGP A; 1Z2G A; 3K08 A; 3JAW A; 2R9R B; 4O4H A; 1NZ6 A; 1ZX3 A; 4DW1 A; 2ZE7 A; 5J9P C; 5LHI A; 1KKD A; 4TV8 A; 3LUT B; 2K1E A; 4PV1 B; 1XNQ O; 4O4I B; 2M6Y A; 5CBG A; 2ADQ B; 3C3T A; 4EKW A; 2DMX A; 1O9H A; 1VEW A; 2XAS A; 1QQC A; 4JV5 B; 2QTO A; 1XL4 A; 1KQS U; 3OGI B; 4K0K O; 2VWJ A; 2ZIM A; 5JJE B; 4JI7 O; 1Q6U A; 1T5E A; 5D5Q A; 4HNA B; 2W6I G; 4AI8 A; 3SGI A; 3W7X A; 2BTO A; 1RPR A; 4PA6 A; 3OTO O; 2OWO A; 1NU1 H; 5HFL A; 3T1Y O; 4LFB B; 4I50 B; 1XNR O; 3BVO A; 2LW1 A; 3UM7 A; 2Q8V A; 3CRM A; 2ZR3 A; 1N33 B; 3BHP A; 3CC4 V; 3SYO A; 5EBL C; 4PDM A; 3BPZ A; 2F4V B; 3BFR A; 3SJA C; 4DUY B; 4DO2 A; 4OPH A; 4ASU G; 4X1K B; 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1B04 A; 1CP9 A; 1YXB A; 2CTQ A; 4X9Q A; 3K5O A; 1K7D A; 3CCU V; 2QA4 V; 3RYH A; 3RYI B; 2DYR B; 2XUM A; 3K5L A; 2N74 A; 3ZBH A; 1PP9 H; 2CH7 B; 1QLE C; 2JEU A; 2WLK A; 4QE7 A; 5B3S C; 4DUZ B; 3JAL A; 3ZMZ A; 2NN4 A; 1NTK H; 5EBW C; 5GON A; 4JI2 B; 3MDS A; 1YEW A; 1UPG A; 4AQY B; 4CS4 A; 3ABU A; 4YJ3 B; 2JJ2 G; 1NJI W; 3GWK C; 2YIC A; 2HR3 A; 3OUF A; 4EFE A; 2AXT Z; 3SYA A; 1FD9 A; 3CP1 A; 1EFR G; 3BA8 A; 5KHG A; 5LP6 A; 3A0R A; 5DEC A; 5HFM A; 4H44 B; 1IVS A; 4F6R B; 1H2K A; 3FB5 C; 2EJR A; 2X6A A; 2KKW A; 3HKB A; 1AJQ A; 4LBE C; 2Q9L A; 1Q5O A; 2Q68 A; 1SQV H; 2EIJ B; 4PEL A; 5H6R A; 1V55 C; 4QIW F; 4TV8 B; 4QPJ A; 2L35 A; 5KHK A; 5BXZ A; 4O2B B; 2IJJ A; 5C8Y A; 2W0F C; 1IDS A; 4P2Z A; 5IJ9 A; 5KHI A; 1I08 A; 4ZOL B; 3N2K B; 2RN9 A; 2A79 B; 5CA1 B; 5GW7 A; 1MNG A; 1H2M A; 2E5L B; 1XI1 A; 3RYF A; 2YDE A; 1VF6 A; 1SQQ H; 1VP7 A; 3CRC A; 2P22 C; 4UCR A; 5B66 Z; 1HNX B; 2P06 A; 4DV3 O; 3X2Q C; 2XAQ A; 1S5L Z; 1VQ6 V; 4MS2 A; 3CCM V; 4OGQ B; 3JAS A; 1Y67 A; 3L73 H; 1PNM A; 1R6N A; 1Y74 B; 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