The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Two Different Structures of the Oxygen-Evolving Complex in the Same Polypeptide Frameworks of Photosystem II
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1
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| molecule tags |
Electron transport, photosynthesis
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| total genus |
24
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-05-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A0B Z; 5E79 Z; 4UB8 Z; 5B5E Z; 5H2F Z; 4PJ0 Z; 5KAI Z; 4UB6 Z; 2AXT Z; 3WU2 Z; 5B66 Z; 5GTH Z; 3KZI Z; 5TIS Z; 3JCU Z; 3A0H Z; 5GTI Z; 5KAF Z; 1S5L Z; 4IL6 Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Z2G A; 4XDK A; 5F2V O; 4UB8 Z; 2UUB O; 1XMQ B; 1SQV H; 1M1K W; 2ZR3 A; 3BAB A; 1FXK A; 4LF8 O; 1XEQ A; 1N34 O; 1AR4 A; 5B1N A; 2B5U A; 4GLX A; 1JJ2 U; 3CP1 A; 4FM1 A; 3ZMT A; 1KMI Z; 3QTC A; 2QTO A; 2ETN A; 1V54 C; 1WP8 A; 5EBM C; 2QA4 V; 2CUG A; 4LF9 O; 1HR0 O; 2UXD B; 3E86 A; 4XBF A; 3JSN A; 2Q7G A; 3T1C A; 1SC5 B; 2Q6A A; 3RYI B; 1BE3 H; 2Y0I A; 5A2Q N; 1GM7 A; 4BIO A; 5JJN B; 1FFX A; 4JI2 B; 1R3J C; 3W7T A; 1S76 D; 3RYH A; 2IJK A; 3ABK B; 3ASN B; 5LP6 A; 1H2N A; 3W7U A; 4JAU A; 4NKG B; 4NXN O; 1PP9 H; 1TUE B; 2BE3 A; 4PI2 A; 2X7R B; 1NT2 B; 5LGU A; 1Y76 B; 2H3O A; 2N04 A; 5E1A C; 2OYQ A; 1LR1 A; 3JCZ A; 1EN5 A; 4TUY A; 1FXH A; 3PN1 A; 2VWK A; 4I4T B; 1GN4 A; 2Q9L A; 3CPW U; 2K1E A; 3M8A A; 4LBE C; 4MVS A; 1N8R W; 3A8T A; 5CN0 A; 4IIJ A; 1P49 A; 4NXM O; 2W6J G; 3L70 H; 1WPB A; 5FNV B; 2D2C B; 3B4S A; 3K5N A; 4MVQ A; 3WU2 Z; 3JAR B; 3EXA A; 1WA8 B; 4I4T A; 2ZDI A; 2WLL B; 1PNL A; 3ZHR A; 4F6E A; 3CRM A; 2R70 A; 2Y69 B; 3TGU H; 2P06 A; 3SYC A; 1Q6H A; 2F43 G; 3ZX6 A; 2Q7E A; 2YC0 A; 3K04 A; 4D7S A; 4OPA A; 4RWU A; 5LXT A; 3PJS K; 3JAR A; 1VF6 C; 2CTR A; 3C3S A; 4KL1 A; 2WLL A; 4PDR A; 5A9G A; 5IYC O; 3H9V A; 4PDM A; 1EN6 A; 1XHZ A; 4JYA O; 1PV0 A; 3DC5 A; 1WB7 A; 2FML A; 1NU1 H; 1HNZ B; 1WNS A; 4X1I B; 2XAH A; 1Q90 D; 3FFQ A; 3ASO C; 3AG3 B; 4JGS A; 2LFR A; 4FJC C; 1NR1 A; 1J95 A; 2KG7 B; 3SPG A; 2IBZ H; 3OM3 B; 3SYP A; 5J2T B; 1XNQ B; 3CWB H; 1M90 W; 3B77 A; 3Q4H B; 5EZY A; 4Z1M G; 3THO A; 2RNB A; 5LGT A; 4B3S B; 2IH1 C; 4RQF A; 2AHZ A; 2ILM A; 4GZR B; 1HWY A; 5H2F Z; 3BAA A; 4B7K A; 2OCC C; 2CTW A; 4N21 A; 2ZIO A; 1VQ4 V; 5BXZ A; 3ZED A; 4LNU B; 2XAS A; 1BS3 A; 1K5Q A; 2Q69 A; 4LFB B; 1YJ9 V; 2IJH A; 2A9H A; 5C8Y B; 1AJP A; 2L6L A; 1P7B A; 4RUE A; 3CD6 V; 1FXV A; 2GBO A; 2ITC C; 3GWO A; 1YHQ V; 2YXL A; 2DW4 A; 3JAS A; 4TV9 B; 4FFB B; 4CS3 A; 1YXB A; 2HR3 A; 1I7F A; 4LNU A; 2WWW A; 5B3S C; 4JAV A; 5KAF Z; 1OCR C; 4L8J A; 3TXQ A; 1K4D C; 3FB6 C; 4DYL A; 1I0H A; 2BTQ B; 3K0G A; 3L74 H; 4J7K A; 4X88 A; 1JX9 A; 2HJD A; 2XHB A; 1MSW D; 2QWN B; 4Z1V A; 2QWO B; 2JS3 A; 4TSF G; 2ZE5 A; 4J80 A; 1EZV H; 2A06 H; 1YF2 A; 4I5S A; 4MVR A; 1EM1 A; 4JI2 O; 1OCZ C; 2YSU B; 1XMO O; 4DV6 B; 3E2E A; 4B3T B; 3FX7 A; 2F4V B; 4O4H A; 4AIL C; 1KBH A; 5LL6 Y; 2EZP A; 1IBM O; 2JRI A; 2YIC A; 4E2L A; 5EC2 C; 3WFV A; 2D3O W; 2YI8 A; 4FPP A; 2JGD B; 1IXM A; 4JZ2 A; 4U3J B; 1VF6 A; 4ZBM A; 1VQ8 V; 3K59 A; 2QM8 A; 1AIL A; 1L8D A; 4DR3 B; 3G71 V; 1VQK V; 4ZKI A; 4X8A A; 3ML0 A; 5JJJ B; 4B7E A; 1ORQ C; 5CMU A; 2JGD A; 2ZCE A; 5JH7 A; 2FKX A; 4U3J A; 2ZNJ A; 3L72 H; 4JI0 B; 1KKD A; 1YVW A; 4JYY A; 1K33 A; 1Q81 W; 2V7Q G; 1R1B A; 1BQ0 A; 4UCO A; 3EVK A; 3D36 C; 4DR4 B; 3OMA B; 4OGQ B; 5DM6 V; 1W0K G; 2KQX A; 3CB2 A; 3AK2 A; 5IT9 N; 3TET A; 4UCU A; 2NN4 A; 4PHZ A; 4LF5 B; 1E79 G; 1G4Y B; 3ETD A; 3FYE B; 1N32 O; 1PNK A; 4DV5 O; 3WG7 C; 2JVD A; 2LO1 A; 3UCS C; 4RAI A; 3N2G B; 4NR1 A; 4DR7 B; 2IU0 A; 4GX1 A; 1WAZ A; 2R72 A; 3MD0 A; 2PUS A; 2MW2 B; 1HNZ O; 1I5X A; 3HKE A; 2ZIM A; 3OE7 G; 3OGC C; 5EC1 C; 1YI2 V; 3W7X A; 1QU7 A; 3A0R A; 1VIB A; 3N2G A; 3QG5 A; 2P4K A; 2Z0A A; 3KCY A; 3CE2 A; 2Z3Y A; 4LFC O; 1VQ9 V; 3HB3 B; 3F5W C; 2Q68 A; 3GWK C; 2F66 C; 3OGI B; 3CC2 V; 1Y6X A; 4UUJ C; 1PL0 A; 3RGB A; 1HNX O; 2QM7 A; 4JV5 B; 4MSW C; 5JCO C; 1W0J G; 4QNH B; 3MAQ A; 4MTO A; 2WLJ A; 4DK0 A; 1RPR A; 3B8M A; 4WFF A; 2NNU A; 5LHH A; 1UPG A; 3CRA A; 1IBK O; 3QVN A; 3AG1 B; 1NJI W; 2Q67 A; 3P3P A; 3ZN0 A; 1JCH A; 2AGA A; 2UUC B; 3J7A U; 1GTO A; 1SET A; 3D3I A; 2VWJ A; 3H1J H; 1H8H G; 2W6I G; 4NTY A; 5J2U A; 1GRJ A; 2VQE O; 3FAV B; 5IYB O; 4PA4 A; 2EIL C; 1JVM A; 3KCX A; 4I50 B; 4CH4 A; 1OCC C; 1S5J A; 3ETQ A; 5IWA O; 5J9P C; 1R6N A; 4X64 B; 1N0N A; 3FAV A; 4O2B B; 2Q0O C; 2KKW A; 3APO A; 3CCS V; 4JTC B; 4I50 A; 3CMA V; 1M56 C; 4CC6 A; 2UU9 O; 1VQM V; 2DWD C; 2QKS A; 4K8X A; 3CCL V; 1Y74 B; 2G38 A; 1RM1 C; 1GM9 A; 4O2B A; 4B3M O; 4JI6 O; 5KHK A; 5L3G A; 2ZXW B; 4X9Q A; 1TAE A; 1VAR A; 1FS0 G; 2EIM B; 3ZRW B; 5JWP A; 3X2Q B; 2PYL A; 3L73 H; 4GUN A; 2FYU H; 2LP7 A; 1S5H C; 3IFX A; 4DV6 O; 2DQ3 A; 3DTU B; 4B3T O; 2ZE8 A; 1TUB B; 4PI0 A; 4H0L B; 3AEI A; 4FLX A; 2Q4P A; 3ZRW A; 2HFE C; 1YJN V; 4DV0 B; 3HKB A; 3UO2 A; 2Q8V A; 4UVC A; 1ZL8 B; 1R6T A; 4GT1 A; 3H1L H; 3CS5 A; 2O57 A; 2EIK C; 4QPJ A; 1NTZ H; 2B9Z A; 4KXR A; 3JCU Z; 4FZ1 A; 5IDJ A; 3OEH G; 2YIB D; 1IVS A; 4KP4 A; 4BW5 A; 1ARO P; 1URF A; 1M57 B; 3CCQ V; 4BW9 A; 3SPI A; 2AXT Z; 3ZRV A; 2WA3 A; 1PD3 A; 4MW8 A; 2YUA A; 3ABL C; 5H5N A; 4DR4 O; 1ROP A; 3GVM A; 4DR5 B; 1GN3 A; 1DF5 A; 2Y48 A; 3VQY A; 3ZMS A; 4R6Z A; 2Y4T A; 1EN4 A; 4LF5 O; 1R3K C; 4PD4 F; 5CA1 B; 3SPC A; 1K4C C; 1RP3 B; 3B8N A; 1ZUQ A; 3I5D A; 3ZMU A; 1XIL A; 3O9O A; 4DW0 A; 1IXB A; 1XNR B; 1XBL A; 2RJZ A; 4H37 A; 2E3C A; 4UCV A; 3E35 A; 3FB8 C; 4H13 B; 2XAG A; 4LR3 A; 4NB5 A; 1QR8 A; 4QE9 A; 4C7U A; 1KUQ A; 4GKJ O; 1ZWI C; 3BVO A; 1AP5 A; 1QHT A; 3BA9 A; 5B1A B; 3ZHV A; 2N74 A; 1FYJ A; 4BAY A; 4FMT A; 2QSA A; 3ABM C; 4ABM A; 3QF7 A; 4DO2 A; 1BSM A; 4OPH A; 1YIJ V; 1FFT B; 1M56 B; 4KUM A; 3K9A A; 4I55 A; 4B3R B; 3AG4 B; 1JR9 A; 1MG1 A; 2PF4 E; 1VQN V; 1WB8 A; 2JJ1 G; 4JYB A; 4TWK A; 1AR5 A; 4DR1 B; 1KB9 F; 1ZSP A; 4FLW A; 3UT5 B; 4J42 A; 4JI1 O; 2P5O A; 2HHH O; 4UCS A; 3CJH A; 1NTM H; 2DMX A; 1AI6 A; 3WB1 A; 3UT5 A; 3E8B A; 1FFX B; 3L71 H; 3BPZ A; 1F51 A; 1MZE A; 2JDI G; 3A2F A; 3RYH B; 1YTF D; 2KB1 A; 4UV8 A; 2CDY A; 2WLM A; 5LP6 B; 4EEQ A; 4AQY B; 4DUZ B; 3F5T A; 1IBL B; 1N36 O; 4G27 B; 1SA0 B; 4LFA B; 3FKS G; 2VQF O; 4X62 B; 3SDL A; 4JI7 O; 5BR8 B; 4DR2 B; 2P22 C; 4TUY B; 3JAT B; 2B1G A; 1SQX H; 5H9C A; 1MMM A; 4ZHQ B; 1RSO A; 4IIJ B; 1OZ0 A; 1BZK A; 1VMG A; 1SA0 A; 1IUR A; 4X1K B; 5AG2 A; 1VEW A; 4FLV A; 2F23 A; 3JAT A; 5D5P A; 4UV9 A; 1VQ7 V; 1OCO C; 3U10 A; 4ZHQ A; 2DYS C; 3LNM B; 3RW0 A; 3JAK A; 1R3I C; 4O2A B; 4X1K A; 4FLU A; 1GK9 A; 5LXT B; 4XDL A; 3JAW B; 1JPX A; 4HYO A; 2PZS A; 1QR9 A; 2C2A A; 1V55 B; 2UUA O; 1F4M A; 5LMN B; 5CBH A; 3OTO B; 3ZCC A; 4O2A A; 2ODM A; 3P3N A; 2YEV A; 2EX3 A; 3RN4 A; 3AG2 B; 4CBC A; 5H6R A; 4DV1 O; 3JAW A; 3QO7 A; 4LF7 B; 3QO5 A; 1TA8 A; 1L0N H; 1K9M W; 3ZJZ A; 3JYC A; 3SJC C; 2PYJ A; 2DJV A; 4OX9 B; 4DUY B; 4UXN A; 1CPY A; 5B1B C; 4LF6 O; 2CAZ C; 5GON B; 5EZY B; 2EIJ B; 4IYI A; 1SQF A; 1S0V A; 4WFB V; 2GHY A; 2FL4 A; 2CGN A; 2E5L O; 4MVO A; 3JD1 A; 4J10 A; 4TT3 G; 4ICG A; 5FPR A; 2ZR2 A; 4JI3 O; 3W7S A; 5GON A; 2W0X A; 1DTO A; 3JD2 A; 1IX9 A; 3ZS8 C; 2IU3 A; 2OCH A; 3C90 A; 1OJH A; 1R6K A; 2M6Y A; 5ITZ A; 2V4D A; 1V54 B; 4CH5 A; 2WLN A; 3JAS B; 5B66 Z; 3NXS A; 5KHH A; 4HNA A; 3RYC A; 3TK1 A; 4MTF A; 4KHP B; 1BL8 A; 3LDD A; 4DV7 O; 4D7T A; 4K3A A; 4QJF B; 5GTI Z; 4BWA A; 1US6 A; 1SQB H; 2A7W A; 5K1X A; 3OUS A; 1S3J A; 3K9S A; 1LUW A; 3K0D A; 4B3R O; 2BSK B; 3ZRS A; 3CCM V; 4MS2 A; 2CK3 G; 1G1X B; 5B1O A; 3F7Y C; 4JI4 B; 4QIW F; 1LNQ A; 4Q6G A; 2QTS A; 3SR2 C; 4LF4 B; 1XMQ O; 1F4N A; 1AP6 A; 5GW7 A; 2KSD A; 5FL7 G; 5JQG A; 4RO2 A; 3SGI A; 2BSK A; 2EJ7 A; 3OEE G; 3CRQ A; 1UJW B; 1H2M A; 4GX0 A; 1KC8 W; 5CA3 A; 4NTW A; 2JEU A; 4JAS A; 2IW5 A; 2UXD O; 3SYQ A; 1LUV A; 1SRY A; 2X6A A; 3BA8 A; 4O4H B; 2V1D A; 1XUQ A; 2EJR A; 1QLE C; 4W4L A; 4DUZ O; 3JAM N; 2UXC B; 4NYK A; 1AR1 B; 4DRX A; 5IE9 A; 1JOY A; 5IJ9 A; 1ENV A; 2QWP B; 5KAI Z; 3CME V; 5EIB C; 4X89 A; 2XND G; 4PDL A; 1Q6U A; 3FB7 C; 4FLT A; 1TGO A; 3VOU A; 1H2G A; 1ZLZ A; 3BFR A; 1P7G A; 1K3E A; 4UVA A; 1A32 A; 1R3L C; 3T1Y B; 4YXW G; 1XL4 A; 4WFH A; 3IJ4 A; 3LSQ A; 2QJ1 A; 4N23 A; 3CCV V; 3CXH F; 5EBL C; 4P9P A; 1JJO A; 5EBW C; 3T4D A; 1KQS U; 2YS8 A; 4J41 A; 3UQ8 A; 1VQP V; 5JH7 B; 1X4T A; 2XOK G; 4WFG A; 4FM2 A; 4ASU G; 1FPO A; 2F93 B; 1K8A W; 4CH6 A; 1I08 A; 2AZ2 A; 3ASO B; 5C93 A; 1NR7 A; 4IGG A; 4X65 B; 5LMU B; 2DWE C; 1H2S B; 3AG7 A; 1VQO V; 1JA8 A; 4ZI7 A; 1BHA A; 3JD3 A; 2OIE A; 2QE7 G; 4YHH B; 1F7Y A; 3MDS A; 2ZE7 A; 3LUT B; 2HEP A; 4JAA A; 5LOV A; 5KX5 B; 5LMN O; 4CS4 A; 4QPK A; 3OT7 A; 2H94 A; 3IAY A; 3RBZ A; 3OR7 C; 3P30 A; 5JJE B; 4EFE A; 2OCC B; 3B2E E; 4RQE A; 4YIO A; 3HKE B; 1VQ6 V; 2HP8 A; 5KX5 A; 4O4I A; 2ZM6 B; 1J5E B; 1GKF A; 2OT5 A; 4DUY O; 3FD9 A; 4R8C A; 3C3T A; 2QR4 A; 4UFZ A; 2QDO A; 1EFR G; 1Q82 W; 1N0J A; 5LA6 A; 3K5M A; 5KA6 A; 4GKK B; 2YIA A; 3S3W A; 3P32 A; 5B3S B; 4K0K B; 1XNQ O; 2QWQ B; 1MNG A; 4YJ3 A; 3ZN1 A; 4GX5 A; 4PV1 B; 2WLI A; 3ETG A; 4B3S O; 2CE4 A; 1OCR B; 4QE7 A; 3T4Z A; 3M99 B; 3TCU A; 2LW1 A; 2JK5 C; 1PM9 A; 2W0F C; 4DV4 B; 2QEX V; 1YIT V; 1BT8 A; 1D5N A; 5J2U B; 3GB7 C; 3RVZ A; 2HLD G; 1KP3 A; 5IY5 C; 1H2K A; 5LGN A; 4LFB O; 2OIG A; 3N2K B; 3SJA C; 3LDE A; 2AW9 A; 5L3D A; 3E22 A; 4ZOL B; 3BCC H; 4FK5 C; 3I56 V; 1NVP D; 1OCZ B; 4JI4 O; 3HKC A; 3G6B A; 5IJ0 A; 2UUB B; 5DEC A; 3A0H Z; 5IYZ A; 3N2K A; 3B09 A; 1HNW B; 4LF8 B; 2XT9 A; 2RMK B; 4I0X A; 5L3C A; 4ZOL A; 1SQP H; 2CTP A; 1O9G A; 3H01 A; 5KMG B; 2ZE6 A; 2LW7 A; 3H1H H; 5EIB D; 2R9I A; 3L9D A; 5KHG A; 4TV8 B; 2XUM A; 2ADP A; 1HR0 B; 2QM4 A; 2X6C A; 2DYR C; 4DW1 A; 1MAB G; 2CH7 B; 3VQX A; 3RVY A; 3G4S V; 5KMG A; 2GUZ B; 1FXK C; 5KUM A; 1G8M A; 1BQZ A; 4TV8 A; 5DN6 G; 2Y4U A; 3DC6 A; 5KHJ A; 3STL C; 4G2K A; 3HKB B; 1DGS A; 2CH7 A; 4U3F H; 1VQ5 V; 2F4V O; 2Q5Z A; 3T1Y O; 3STZ C; 2GUZ A; 4NXN B; 2XAJ A; 3I55 V; 3WG7 B; 1CP9 A; 2GDS A; 4YY3 B; 3D36 A; 5FLX N; 4H33 A; 1Q3E A; 4MVU A; 3S3X A; 5L3B A; 1NH2 D; 1K73 W; 1W59 A; 3G80 A; 1PPJ H; 2YIB A; 4R50 A; 4DR3 O; 4RUF A; 5BMV A; 3J81 N; 4X65 O; 3FB5 C; 5LMU O; 4FLY A; 1I94 B; 3DXR B; 2DOS A; 1X59 A; 4JI0 O; 4YHH O; 3K5L A; 2ZQM A; 1QBZ A; 3ICX A; 1GM8 A; 4WF9 V; 2LQT A; 5EK0 A; 1JFF B; 3K06 A; 2JGU A; 1OHH G; 5CBG A; 3U0Z A; 1M5I A; 3BRC A; 3ABK C; 3ASN C; 1K34 A; 4Q20 A; 1EZJ A; 2P90 A; 4KFM A; 1S5L Z; 3DXR A; 3K58 A; 5HFM A; 2PGG A; 3SPH A; 4G28 B; 4JYA B; 5JVD A; 5LBQ A; 1R73 A; 4I7Z B; 1JFF A; 1D2D A; 5JCO A; 1SF9 A; 1WJZ A; 3AK1 A; 4DR7 O; 3NR7 A; 4GYC B; 4GCZ A; 4PA9 A; 3SJQ C; 1RPO A; 3DSQ A; 2UXX A; 4EFB A; 4YJ2 B; 1YJW V; 2EIL B; 3RWR D; 4GKK O; 3RYF B; 4I55 B; 4DR6 B; 2QKC A; 1OCC B; 3MHS C; 4JI8 B; 3ZMZ A; 2E76 B; 4FIP C; 4HAM A; 2Y69 C; 1VF7 A; 3T2M A; 3CCE V; 1WN7 A; 2ZIN A; 4JV5 O; 1KP2 A; 3RFR A; 4YJ2 A; 1L1F A; 3RYF A; 4DV4 O; 3K79 A; 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