The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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Knots found |
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sequence length |
468
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structure length |
468
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Chain Sequence |
VAAPVAFGFPALSTPGAGGLAVSISAGALSAAIADIMAALKGPFKFGLWGVALYGVLPSQIAKDDPNMMSKIVTSLPADDITESPVSSLPLDKATVNVNVRVVDDVKDERQNISVVSGVPMSVPVVDAKPTERPGVFTASIPGAPVLNISVNNSTPAVQTLSPGVTNNTDKDVRPAFGTQGGNTRDAVIRFPKDSGHNAVYVSVSDVLSPDQVKQRQDEENRRQQEWDATHPVEAAERNYERARAELNQANEDVARNQERQAKAVQVYNSRKSELDAANKTLADAIAEIKQFNRFAHDPMAGGHRMWQMAGLKAQRAQTDVNNKQAAFDAAAKEKSDADAALSSAMESRKKKEDKKRSAENNLNDEKNKPRKGFKDYGHDYHPAPKTENIKGLGDLKPGIPKTPKQNGGGKRKRWTGDKGRKIYEWDSQHGELEGYRASDGQHLGSFDPKTGNQLKGPDPKRNIKKYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of colicin E3: implications for cell entry and ribosome inactivation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
COLICIN E3
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| molecule tags |
Ribosome inhibitor, hydrolase
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| source organism |
Escherichia coli str. k12 substr.
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| total genus |
107
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| structure length |
468
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| sequence length |
468
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| chains with identical sequence |
C
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| other databases |
 KnotProt 2.0: S +31 +31 +31 +31
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| ec nomenclature |
ec
3.1.21.-: |
| pdb deposition date | 2001-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06958 | Pyocin_S | S-type Pyocin |
| A | PF09000 | Cytotoxic | Cytotoxic |
| A | PF11570 | E2R135 | Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Alpha Beta | Roll | Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551) | Colicin E3-like ribonuclease domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UJW B; 2B5U A; 2YSU B; 4UDM B; 1JCH A; 1E44 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3E83 A; 1AI5 A; 4QIW F; 2V4D A; 5CB4 B; 1KBH A; 3JAS A; 3DXR A; 1KMI Z; 1AI6 A; 5DED A; 1GK9 A; 1M90 W; 2AW9 A; 4AI8 A; 1HR0 B; 4O4I B; 4NXN B; 1CP9 A; 1Q82 W; 4K35 A; 1HR0 O; 3D3Q A; 4H13 B; 4NXN O; 3U11 A; 2N04 A; 1S5J A; 4BR6 A; 1NVP B; 3BA9 A; 3FB5 C; 4ZBM A; 4X62 B; 1SER A; 3JAR A; 2B1G A; 1XI1 A; 1H2L A; 4KFM A; 4X62 O; 5LHI A; 5LOV A; 2EIM B; 2ZCE A; 2Q9L A; 1QR8 A; 3NR7 A; 2AZ2 A; 2B9Z A; 2JS5 A; 3JSN A; 2GBO A; 1NT2 B; 3EFF K; 3AG2 C; 3T1H O; 2PUS A; 2QA4 V; 1FFT B; 1F7Y A; 3L73 H; 4O4H A; 2Y69 C; 2WLJ A; 1EZJ A; 2DWE C; 3OGI B; 3BFR A; 4LF5 B; 5JVD A; 3ASN B; 2YIA A; 1M93 A; 1GRJ A; 5BZB A; 1OCR C; 4LF5 O; 1KB9 F; 4YIO A; 1NR1 A; 1VQO V; 5LA6 A; 3DTU B; 4Z2W A; 3ZHS A; 3OD4 A; 1SC5 B; 4FM1 A; 3BY6 A; 5B1B B; 4JTC B; 4JZG A; 3T2M A; 1P49 A; 1HDJ A; 1LNQ A; 1H8E G; 1M56 B; 3I5D A; 4IT5 A; 2UUC B; 4KUM A; 4PDL A; 4O4J A; 3IAY A; 4BAY A; 2IJI A; 5IJ0 A; 5LGN A; 3E89 A; 1WJZ A; 2QM8 A; 5J9P C; 2CUG A; 3LDC A; 4NB5 A; 4HBN A; 4JAS A; 1YI2 V; 3K9A A; 2QE7 G; 2PI5 A; 1AJQ A; 3THO A; 4R8C A; 1FAF A; 4TV8 A; 4ABM A; 1XBL A; 2GSM B; 2PYL A; 3CCQ V; 3RYI A; 4TSF G; 2GTA A; 1OCC B; 3CS5 A; 2P06 A; 1BZK A; 3UM7 A; 4DO2 A; 4P30 A; 4OPH A; 1IVS A; 1I5Y A; 1Q86 W; 3RYC A; 1SKV A; 1XMQ B; 2LP7 A; 1H2N A; 1BHA A; 5DN6 G; 1XMQ O; 4N21 A; 4YXW G; 1HNW B; 4E2L A; 2DN9 A; 4I7Z B; 1M57 B; 1HNW O; 5JCO C; 1KKC A; 5C8Y A; 3OR7 C; 3FAV A; 1OCZ C; 2LFR A; 1X4T A; 3HPL C; 1TVK A; 3B8N A; 3HKC A; 4DV3 B; 2YEV B; 3X2Q B; 1YSC A; 3RVY A; 2XT9 A; 4DV3 O; 3ABT A; 4WFB V; 2WLL A; 2CTW A; 3HKB B; 2CK3 G; 4K0K B; 1V54 B; 1U96 A; 1H2G A; 3EHB B; 1NH2 B; 2KG7 B; 2AHY A; 4F6E A; 5F2V O; 2P22 C; 4DR6 O; 4K0K O; 3ABU A; 4DR3 B; 2OWO A; 1HP8 A; 4IYI A; 5AG2 A; 1W2B U; 1JPX A; 3TXS A; 4JAA A; 1W0K G; 1VEW A; 1ZL8 B; 4R50 A; 2WLK A; 1AP6 A; 1I5X A; 1SQV H; 4NXM B; 2OYQ A; 3AG1 B; 4MS2 A; 4LFB B; 2LO1 A; 5B3S B; 3JAT B; 1SZT A; 3CHX A; 2R72 A; 2LGQ A; 5L3E A; 4NXM O; 2EIM C; 4GKK B; 4LFB O; 1SQP H; 4O2A B; 2MW2 B; 4GKK O; 1XL6 A; 4JGS A; 3ZRV A; 2AZ0 A; 4JYA B; 2GHY A; 4CS3 A; 1PP9 H; 2IW5 A; 3HB3 B; 1VQN V; 2B1I A; 2YI8 A; 4JYA O; 3CEI A; 3SYQ A; 3HKD A; 5LGU A; 3ZMS A; 3UO3 A; 1XL4 A; 3ASN C; 3E35 A; 4FZ0 A; 3CCE V; 5D5Q A; 4YJ3 B; 3OGC C; 1NTK H; 4MVZ A; 1RSO B; 2F43 G; 4E4E A; 2C2A A; 5B1B C; 2QGN A; 1D5N A; 2GTS A; 2QKS A; 1SQF A; 4LH6 A; 1M56 C; 2PTM A; 4PDM A; 2CTP A; 1MNG A; 3K59 A; 1NTZ H; 1ZWI C; 1EZV H; 2E74 B; 4DRX B; 3U10 A; 4MTO A; 1N34 B; 1SRY A; 2EIN B; 2YC0 A; 3ZMT A; 3BRC A; 1DTO A; 1N34 O; 1V55 B; 1JJ2 U; 5GTI Z; 2B5U A; 3CRC A; 4GX0 A; 3P3N A; 2JRI A; 3ZCC A; 3RWR D; 4QPJ A; 5DM6 V; 1WAZ A; 4FFB A; 5IYC O; 2EZO A; 2WLH A; 4BIU A; 4UB8 Z; 3OMA B; 4U3J B; 1OCC C; 2A79 B; 2EJR A; 2Q7E A; 2GDS A; 2PF4 E; 3CJH B; 1RPR A; 2RNB A; 2UXN A; 4DUY B; 3JD4 A; 4FLZ A; 1NTM H; 5H6R A; 4DUY O; 1BS3 A; 1MSD A; 4NTY A; 2VWK A; 3CXH F; 1YTF D; 4HAM A; 1DF5 A; 3A8T A; 1AB3 A; 5FPR A; 5GON B; 1M57 C; 5JQG A; 2EIJ B; 1S0V A; 1VF6 C; 2K1E A; 4QPK A; 4U7N A; 1P4R A; 1LR1 A; 4I5S A; 1Y67 A; 1JFF B; 4IIJ A; 5CBG A; 1Y76 B; 2FKX A; 1AI4 A; 3RYH B; 3ICX A; 4UVB A; 1F4M A; 1FFX A; 3CPW U; 1E1Q G; 2BTO A; 3JAK B; 1WB8 A; 4LF9 B; 3CCS V; 3K03 A; 3SJB C; 1H2S B; 5L3B A; 2GUZ B; 3LUT B; 2PYJ A; 4LF9 O; 1R6N A; 1SQQ H; 1Z5V A; 1XOU A; 3FYI B; 2XUM A; 4NTX A; 3L71 H; 2HG5 C; 4F6R A; 4HNA A; 3QVN A; 1OZ0 A; 4JI1 B; 3AG1 C; 1R1B A; 4X1Y B; 5LMN B; 3R66 A; 4OPA A; 3KKY A; 1BGY H; 4LC1 A; 1XMO B; 4JI1 O; 3ZED A; 4IL6 Z; 2JDI G; 3UQ8 A; 3KZI Z; 5LMN O; 2YXH A; 1F4N A; 3VBB A; 1QQC A; 1AJN A; 1XMO O; 1Z2G A; 2ARH A; 3O65 A; 3ABM B; 2P90 A; 4JF3 A; 1MG1 A; 3DSQ A; 5LHG A; 3G6E V; 3N27 A; 1ROP A; 1DF4 A; 1NVP D; 2A3Q A; 2KSD A; 4PD4 F; 3HKE A; 1VF7 A; 3MDS A; 4PA4 A; 1B04 A; 3RBZ A; 1B06 A; 1Q5O A; 3WG7 B; 1FXV A; 5KHG A; 1O9H A; 2DE0 X; 2DQ0 A; 4H37 A; 4LH7 A; 3ASO B; 3SYC A; 2Q69 A; 4DR5 B; 4JYB A; 3CD6 V; 2O57 A; 4PHZ A; 1YZB A; 1R73 A; 1YJN V; 3APO A; 4OX9 B; 1Y66 A; 2JEU A; 5EK0 A; 4DR5 O; 1MMM A; 2IH1 C; 4DYL A; 4B7K A; 5IJ9 A; 2H8P C; 1F23 A; 1OV9 A; 4OX9 O; 4Q6G A; 2YUA A; 4RO2 A; 2F1M A; 4WBN A; 2DYR C; 2ZXW B; 1N0J A; 4JV5 B; 3LSU A; 4HZ3 A; 1H8H G; 1KKD A; 3Q4H A; 1FYJ A; 4X1I A; 5EC1 C; 3OE7 G; 4TQF A; 2PI4 A; 2QTS A; 3N2K A; 2EIN C; 4ZHQ B; 4X66 B; 2WA3 A; 2RN9 A; 4X66 O; 2D2C B; 1DLB A; 2EX3 A; 4YY3 B; 2P67 A; 3ABL B; 4W4L A; 3LDD A; 3D3I A; 5H2F Z; 4ZI7 B; 2R9R B; 4QE9 A; 5J2U A; 2CGN A; 4YY3 O; 4O4L A; 1UPG A; 2OCC B; 1I94 O; 5J2T A; 2X6A A; 2H94 A; 5LXT B; 1N36 B; 2WA4 A; 1GN4 A; 1XHZ A; 2YXY A; 2QM7 A; 5BXZ A; 1N36 O; 4O2B B; 4LF6 B; 3K5O A; 4JTA B; 3SPJ A; 1RFY A; 5LP6 B; 4LF6 O; 3BEH A; 1SET A; 3G6B A; 1TUB B; 2OT5 A; 3JAL B; 3JAM N; 1RPO A; 3RYF A; 2JGD B; 4I50 A; 2HEP A; 4LWS A; 3N2G A; 3SYO A; 2EZP A; 4X65 O; 4MW3 A; 3B09 A; 1SS3 A; 4OXS A; 4DUZ B; 3VQV A; 4J9Y B; 4DUZ O; 1FJG B; 1N33 B; 1DK1 A; 1QHT A; 3WB0 A; 2BSK A; 2UXD B; 4DV7 B; 1N33 O; 4DV2 B; 1FJG O; 1VMG A; 1URF A; 3D36 C; 1MSW D; 4X1K B; 4EB6 B; 4DV7 O; 2UXD O; 4DV2 O; 4BWA A; 3L75 H; 3ZRW B; 3BAA A; 4H33 A; 2EIK C; 1BHB A; 4W4K A; 3M8A A; 3QF7 A; 4TOI A; 2QJ1 A; 1VAR A; 3CYO A; 1L0L H; 2EUL A; 1CXZ B; 4UV8 A; 3ZHQ A; 4FLV A; 4TV9 B; 4X20 A; 1HW7 A; 2Y48 A; 1IBM O; 3K79 A; 2IJJ A; 2NN4 A; 4FIP C; 4LCU C; 1VQ9 V; 2E75 B; 4YIP A; 4JAU A; 1NJI W; 5KHH A; 3STZ C; 5JH7 B; 1D2D A; 2Q0A A; 1NKD A; 3FD9 A; 1R6T A; 3DGE A; 5JCO A; 4I55 B; 3S3X A; 1NH2 D; 4Z1M G; 1Q7Y W; 1KUQ A; 4B3M B; 4FM2 A; 5FL7 G; 2CE4 A; 4QE7 A; 4FVM A; 2NLJ C; 1VQ6 V; 4B3M O; 2ZT9 B; 3QO8 A; 3O9O A; 2Q67 A; 3GWO A; 3WG7 C; 4RUF A; 3ASO C; 5B1A B; 2CAZ C; 1COW G; 2ATK C; 4O4I A; 2KQX A; 1NR7 A; 2OTJ V; 1NQT A; 3E8F A; 4ICG A; 2ZXW C; 4QNH B; 1YXB A; 3K57 A; 1QLE B; 4EKW A; 2WAM A; 3JD1 A; 4NTW A; 3CE2 A; 2Q7G A; 3JSL A; 1CPY A; 3FKS G; 3S3W A; 2XAJ A; 2WSS G; 2BCC H; 3H1J H; 1FD9 A; 1N4C A; 2JK5 C; 3CCR V; 2QM4 A; 1JA8 A; 3ABL C; 4CS2 A; 2FL4 A; 1SZX A; 2V7Q G; 3J7A U; 2XAS A; 4JI5 B; 3R65 A; 4PI0 A; 2LJ2 A; 1GN3 A; 1W59 A; 1V9P A; 2ZM6 B; 3F5W C; 3WB2 A; 1PPJ H; 5LP6 C; 4UV9 A; 1GTO A; 2ZM6 O; 3K0G A; 2UUC O; 2JJ2 G; 3G4S V; 2W6I G; 2LW7 A; 3BHP A; 4NR1 A; 4J10 A; 2YS8 A; 1GH6 A; 1PM9 A; 1FKA O; 2X0L A; 3K58 A; 3ZX6 A; 2DMX A; 4LF7 B; 1Y74 B; 1YIJ V; 4K3A A; 3AG3 B; 1QBZ A; 3PN1 A; 4LF7 O; 4FLU A; 3JCU Z; 2RMK B; 2G38 A; 2Q4P A; 3AG4 B; 2ZE8 A; 1YCI A; 3T1C A; 5K1P A; 4PDV A; 5CA1 B; 4GZR B; 1EBO A; 3RYC B; 1K97 A; 4ZIB A; 5EZY B; 2JEX A; 1BQ0 A; 4P9O A; 4I4T A; 3T4D A; 1ZTE A; 3FB8 C; 4DV5 B; 1Q81 W; 4EFE A; 2F66 C; 3K08 A; 3UCS C; 5ITZ B; 4PI2 A; 4WFE A; 1N8R W; 1MZE A; 4ZOL B; 2BE3 A; 2F95 B; 3D8C A; 3H1L H; 1FXK B; 3GWK C; 4PA9 A; 4EEQ A; 4H0L B; 1VF6 A; 3CX5 F; 1QR9 A; 3OAA G; 3VQY A; 1GMG A; 4I0X B; 3ZIA G; 2IU0 A; 1BQZ A; 3SPI A; 4QJF B; 1VQP V; 2YEV A; 2YSU B; 3QO5 A; 1S72 V; 3CC7 V; 1PD3 A; 4DR3 O; 1JJO A; 3HKB A; 1SA0 B; 5GTH Z; 4KXR A; 2KG7 A; 1WP7 A; 3K5N A; 2E5L B; 4Q20 A; 5JWP A; 2E5L O; 1HNZ B; 2YIB D; 5IE9 A; 4UCV A; 4PV1 B; 5KUK A; 2XOK G; 2X7R B; 1QLE C; 1HNZ O; 3STL C; 4LR3 A; 2Q0O C; 4J9Z B; 2XAQ A; 3H9V A; 3JAT A; 3BA8 A; 4MVO A; 1UJW B; 1IXM A; 2FTK A; 4P2Z A; 1I08 A; 3TJT A; 1AR4 A; 1XDC A; 3CWB H; 4O2A A; 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