The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
130
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sequence length |
425
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structure length |
425
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Chain Sequence |
MFYKEENFKKTEIGEIPEDWEIVELKDVCKKIKAGGTPKTSVEEYYKNGTIPFVKIEDITNSNKYLTNTKIKITEEGLNNSNAWIVPKNSVLFAMYGSIGETAINKIEVATNQAILGIIPKDNILESEFLYYILAKNKNYYSKLGMQTTQKNLNAQIVKSFKIPLPPLEEQKQIAKILTKIDEGIEIIEKSINKLERIKKGLMHKLLTKGIGHSRFKKSEIGEIPEDWEVFEIKDIFEVKTGTTPSTKKSEYWENGEINWITPLDLSRLNEKIYIGSSERKVTKIALEKCNLNLIPKGSIIISTRAPVGYVAVLTVESTFNQGCKGLFQKNNDSVNTEFYAYYLKFKKNLLENLSGGSTFKELSKSMLENFKIPLPPLEEQKQIAKILSSVDKSIELKKQKKEKLQRMKKKIMELLLTGKVRVKT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of DNA sequence specificity subunit of a type I restriction-modification enzyme and its functional implications.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Type I restriction-modification enzyme, S subunit
|
| molecule tags |
Hydrolase regulator
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| total genus |
130
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| structure length |
425
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| sequence length |
425
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01420 | Methylase_S | Type I restriction modification DNA specificity domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Bipartite methylase S protein | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 | DNA methylase specificity domains | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 | DNA methylase specificity domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YDX A; 3OKG A; 1YF2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BY1 A; 1PL0 A; 2ZT9 B; 3B40 A; 3UO2 A; 5CA1 B; 1IBK B; 1DGS A; 4MW8 A; 2XUM A; 3T1H O; 2UXC O; 1OCC C; 1ZL8 A; 2FYU H; 2BE3 A; 4PV1 B; 3ZJZ A; 1NI8 A; 3CCS V; 2F23 A; 3RFR A; 5L3G A; 4JI4 O; 1YIT V; 2VQE O; 3L75 H; 1BQ0 A; 3CSX A; 2Q9L A; 5LA6 A; 1SC5 B; 3SYA A; 4LFB B; 3MHH C; 3WG7 C; 1CXZ B; 1K73 W; 3FX7 A; 5B3S B; 2QWO B; 2ADP A; 3ZHS A; 3JYC A; 3STL C; 2JK5 C; 4LH7 A; 5CB4 B; 3BPZ A; 1DF5 A; 3JAS A; 3AG3 C; 4LF9 B; 2Y0I A; 4JAA A; 4FFB A; 1K9M W; 1XL4 A; 1JQ0 A; 1BZK A; 4R6Z A; 2OTJ V; 2OYQ A; 4U3J B; 2EIL C; 3OMA B; 2QWP B; 4O4H B; 4UVB A; 1H8H G; 3U11 A; 3DTU B; 3CE2 A; 2ZM6 B; 3UCS C; 5LYJ B; 3ZIA G; 4DRX A; 2OCH A; 1I5X A; 3JAK B; 2YC0 A; 1BHB A; 2WLL B; 5ITZ A; 2EZO A; 3OTF A; 2XAJ A; 5DED A; 3OKG A; 4N21 A; 2UXB O; 1P4R A; 3L9D A; 4JI2 O; 1GTO A; 3CCJ V; 1F51 A; 2GSM B; 4HAM A; 1W0J G; 1VQO V; 3BEH A; 1WPB A; 4K8Z A; 2GV9 A; 1HR0 B; 1S3J A; 1N4C A; 1B04 A; 1M56 B; 4DR4 B; 2Y69 C; 2IJJ A; 2XHB A; 2EIN B; 3OW2 U; 1VEW A; 3L72 H; 3K5N A; 4AIL C; 4Q6G A; 2NP6 A; 5KHG A; 3J80 N; 2IH3 C; 4N23 A; 2AZ2 A; 4JI8 B; 5K1P A; 3OEH G; 4YHH B; 3OM3 B; 1SQF A; 5B66 Z; 4LFC B; 5KX5 B; 5KUM A; 4NXN B; 3BA8 A; 3THO A; 4CZZ A; 2HFE C; 2LGW A; 2PGG A; 1Z5V A; 4JPR A; 4UCV A; 5LP6 B; 1XRE A; 4W4L A; 2EIJ C; 4B3R O; 1WA8 B; 5C8Y B; 2CGN A; 5BMV B; 5CA0 A; 1D5A A; 1T5E A; 4EKW A; 2UXC B; 2W6J G; 2DQ3 A; 2RNB A; 4DV5 O; 2IBZ H; 1Y67 A; 5IJ9 A; 3ABL B; 4P2Z A; 4PI2 A; 4JI4 B; 2E75 B; 2VQE B; 5B1A B; 1MNG A; 3OMN B; 1VIB A; 1F4M A; 1O9G A; 1M57 C; 2NP7 A; 5BXZ A; 1AP5 A; 5JCO A; 4QPK A; 1NQT A; 4X1K A; 3D3I A; 1BL8 A; 3HPL C; 4UCT A; 3AK2 A; 5HFL A; 1S77 D; 3CRC A; 2Q73 A; 1AJQ A; 4JAU A; 4LCU C; 3EFF K; 2V1D A; 4MTO A; 1VQ7 V; 2KKW A; 4DW0 A; 5L3D A; 5J9P C; 2EJR A; 1JPX A; 3DC5 A; 1GN4 A; 4JTC B; 1N32 O; 3N27 A; 1VQ4 V; 5IYD O; 1JMK C; 3K0D A; 1KMI Z; 1K92 A; 1NH2 D; 2ZR3 A; 2R9A A; 2ZXW C; 5JH7 A; 5FPR A; 2UUC O; 4DV3 O; 3A0H Z; 4CH3 A; 5IYZ B; 3UT5 B; 5IY5 B; 4YXW G; 1PM9 A; 4B3T O; 5EC1 C; 2UXB B; 1N0J A; 4JYA O; 4JI2 B; 3CB2 A; 3G6E V; 4QE9 A; 3JCU Z; 1GM9 A; 1AR1 B; 4KP4 A; 3SYQ A; 4L87 A; 2JS5 A; 2ADQ B; 3RYH A; 1PL4 A; 2Q69 A; 1FFX B; 3CJH B; 3ZHT A; 2CTR A; 5LGT A; 4O2B A; 4MVZ A; 2HJF C; 2QWR B; 5IJ0 B; 1OCZ B; 4XDL A; 1FXK A; 4DV6 O; 5LGU A; 4U3F H; 1AJP A; 5JJN B; 3IC9 A; 1JA8 A; 2MW2 B; 5E1A C; 3ZHU A; 1B6Q A; 1MSW D; 3WB1 A; 1QVG U; 4H33 A; 1KBH A; 1V54 B; 2YDE A; 2FML A; 3BHP A; 3JAR A; 1IBM O; 1FXH A; 1M90 W; 2F95 B; 4YJ2 A; 1I5Y A; 3RYF B; 4GZR B; 2ZQM A; 2DOS A; 4WCE V; 4DV5 B; 2DJV A; 3N2K B; 3H1I H; 3AG7 A; 1GMG A; 4DO2 A; 2HP8 A; 2NLJ C; 2HHH O; 1Q5O A; 4X1Y B; 4AQY O; 4AI8 A; 2QE7 G; 3MDS A; 4LBE C; 4LNU B; 1KYO F; 5IWA O; 4Z1V A; 1AB3 A; 4NYK A; 2WLJ A; 1XMQ O; 4JI5 O; 3ZMT A; 2B9Z A; 3FAV B; 2WLM A; 2JJ2 G; 2C2A A; 1NKD A; 3Q4H B; 4JYC A; 4PA9 A; 4O4L B; 3AG1 B; 4B3M O; 4GKK O; 5KHK A; 4DV1 B; 1AI5 A; 2EZP A; 2A3Q A; 5A9G A; 4I0X B; 1P7G A; 2WAM A; 1N32 B; 4WBN A; 3JAL A; 3CC2 V; 1AP6 A; 4DYL A; 3ZMU A; 5LXT A; 5K1X A; 4CS3 A; 3PN1 A; 5CN0 A; 4MS2 A; 2UUC B; 4DV3 B; 4L8J A; 4TT3 G; 1QLE C; 1QU7 A; 2ZKO A; 2P67 A; 2E5L O; 1NS1 A; 3B09 A; 4MVM A; 4B3T B; 3RYI B; 4LF7 O; 4BIO A; 1TA8 A; 4JYA B; 4JI3 O; 5CBF A; 1OCC B; 2ATK C; 1ZAU A; 3VQV A; 1SRY A; 1COW G; 4LF5 O; 2YIA A; 3OE7 G; 1PNM A; 3G80 A; 3ETG A; 3UQ8 A; 5LGN A; 2P90 A; 4BR6 A; 1VQM V; 2ZIM A; 4DR1 B; 4G27 B; 5LBQ A; 4MVU A; 2R9R B; 2UXX A; 2WPD G; 4DV6 B; 1HNZ O; 1KU9 A; 2BSK A; 3CEI A; 1XEQ A; 4IYH A; 5EBM C; 3G6B A; 4DR3 O; 3K57 A; 3RYC B; 2HKO A; 1WN7 A; 3I56 V; 3AG3 B; 1QCE A; 1NJI W; 5KA6 A; 4X20 A; 3ZMV A; 1MAB G; 4J41 A; 1DTO A; 4JV5 B; 4RQE A; 1GO3 F; 1Y66 A; 3AK1 A; 1IBM B; 5FL7 G; 3LNM B; 3QO7 A; 3L74 H; 2GUZ B; 5DN6 G; 1XOU A; 4EB6 A; 5GTI Z; 2OIG A; 5J2T A; 4OGQ B; 3K59 A; 3CMA V; 1B3Q A; 4UXN A; 5KLV H; 2ARH A; 4FIP C; 3JAT A; 3K79 A; 1M1K W; 3X2Q C; 2E76 B; 2HHH B; 1SQQ H; 4KUM A; 4AQY B; 5JVD A; 3HKE A; 2DN9 A; 5IWA B; 4O2A A; 3T1C A; 1XMQ B; 1H2K A; 3J81 N; 2FTK A; 4JI5 B; 2K9P A; 2GTA A; 3T2M A; 4GX0 A; 5JWP A; 4I4T A; 5IYC O; 1H2M A; 3F5W C; 2AGA A; 4X88 A; 1ZUQ A; 1R3J C; 4PI0 A; 2YI8 A; 4LFA O; 4GKK B; 1US6 A; 4B3M B; 3SJC C; 3AG2 C; 2PF4 E; 5H5N A; 2A7W A; 2XOK G; 3N2G B; 2LQT A; 2N04 A; 1N34 O; 3MHS C; 1P49 A; 4YIP A; 1J5E O; 5LMU B; 1BMF G; 5B1B C; 1DK1 A; 2DWD C; 3CRQ A; 3W7X A; 5FLX N; 2ILM A; 4ZOL A; 3IC7 A; 3I55 V; 3NR7 A; 5EZY A; 2RDC A; 2E5L B; 1VQ6 V; 3E89 A; 1AR5 A; 1TUB A; 5CA3 A; 4LF7 B; 1JX9 A; 4JI3 B; 2ZD9 A; 1FS0 G; 1PD3 A; 2ZE5 A; 2JGD B; 1QNM A; 3CRM A; 3SPC A; 2DWE C; 2QSA A; 4LF5 B; 2KSD A; 4LF4 O; 2Q0A A; 2KB1 A; 3OD4 A; 1I0H A; 2BCC H; 4UB8 Z; 2D3O W; 4X89 A; 2EIM C; 2F1M A; 1M57 B; 3KKY A; 5B1N A; 2YEV B; 4F4L A; 1KEC A; 4IIJ B; 2AXT Z; 1M4U A; 3OAA G; 4DR3 B; 4LR3 A; 3FB6 C; 2Q4P A; 3E8F A; 2XAF A; 2JGU A; 1IBL O; 4I50 A; 4K3A A; 4HNA B; 1VF6 A; 4R7C A; 2ZNJ A; 1X59 A; 2AZ0 A; 2NR5 A; 5LOV A; 4KHP O; 4UFZ A; 3TXQ A; 3B77 A; 3UKM A; 1XHZ A; 2IM9 A; 2UU9 O; 2Z0A A; 3APO A; 4X1I A; 2FKX A; 1YHQ V; 4U7N A; 4YJ3 A; 1AQJ A; 2IBS A; 4P9O A; 3AK3 A; 3SPG A; 3KG2 A; 4TUY B; 1R3L C; 5CMU A; 3CC7 V; 3JD4 A; 1YCI A; 2YS8 A; 4O4J B; 4FM1 A; 4AHC A; 5CA1 A; 2NN4 A; 1Q6H A; 1SET A; 4EEQ A; 5KAF Z; 1K8A W; 2DYR B; 1MA1 A; 4NTW A; 2RJZ A; 2Q68 A; 4UB6 Z; 1EN6 A; 4LFA B; 3EVK A; 3W7S A; 1K5Q A; 1G38 A; 2AHY A; 3K0G A; 3LNN A; 4CBC A; 4CS4 A; 1E1Q G; 2CDY A; 1VP7 A; 1CP9 A; 2Q7E A; 1N34 B; 3M7M X; 4R50 A; 1B06 A; 1J5E B; 2WA4 A; 2ZNI A; 2IU3 A; 4X62 O; 5CB4 A; 3GWO A; 3R66 A; 5EBL C; 1YF2 A; 2Y48 A; 4P30 A; 1FAF A; 1J95 A; 4NR1 A; 2YIB D; 1HP8 A; 2DW4 A; 4ZI7 A; 1NR7 A; 5H6R A; 1NBM G; 2V7Q G; 4U3J A; 2X6C A; 4TV9 B; 5AG2 A; 5GTH Z; 4TOI A; 3CD6 V; 2F66 C; 4UCR A; 4JI7 O; 5LYJ A; 3P30 A; 3B8N A; 3CHX A; 3JAK A; 1PNK A; 1OZ0 A; 2YXH A; 1I7F A; 2WLL A; 2A06 H; 2H94 A; 3JSN A; 3BFR A; 5KAI Z; 1JJO A; 3TK1 A; 2IU0 A; 1SQB H; 2H8P C; 2W0X A; 5D5Q A; 3SJA C; 3E8B A; 3FFQ A; 2UXD O; 2YI9 A; 4WFG A; 1IBL B; 4FLW A; 5L3F A; 4W4K A; 1VQN V; 1SQP H; 3ABM B; 4NKG B; 5GON B; 1ORQ C; 4WFF A; 1GN6 A; 2IH5 A; 2YUA A; 2ZE7 A; 4FLZ A; 1Q82 W; 4OXS A; 1R3K C; 2P22 C; 2GTS A; 5JQG B; 4PA3 A; 2UU9 B; 2PY5 A; 5IE9 A; 2PYL A; 5KX5 A; 1VQ8 V; 1JOY A; 1BCC H; 2QM8 A; 3E22 B; 1NVP D; 5LP6 A; 4ZHQ B; 4YIO A; 3ZHQ A; 2OCC B; 4I7Z B; 1RM1 C; 4H37 A; 1U96 A; 1JFF B; 2Q8V A; 4IGG A; 4ZKI A; 1WA8 A; 2QA4 V; 5C8Y A; 4X66 O; 1G4Y B; 1JCH A; 5BMV A; 4EFB A; 3D36 A; 1VQ9 V; 4I5S A; 1QR9 A; 4MTX A; 2CE4 A; 3K3W A; 2ZCE A; 3T1H B; 1UPG A; 3ZS8 C; 4LF6 O; 1NU1 H; 2OT5 A; 1PV0 A; 1SA0 A; 4GUN A; 4GX2 A; 1LR1 A; 3M8A A; 2PZS A; 5L3C A; 3K5L A; 4CH6 A; 1OCO C; 2P6J A; 1WP7 A; 1XDC A; 3W7U A; 2CK3 G; 1KQS U; 4J7Z A; 4RQF A; 4X62 B; 1IXB A; 3MAQ A; 4WFH A; 4X9Q A; 1XBL A; 4E2L A; 1S5L Z; 2CH7 B; 4I55 B; 1XQ8 A; 3LDC A; 5IYB O; 1FPO A; 2Q5Z A; 4TV8 B; 1YIJ V; 1A32 A; 1ZTE A; 5BZB A; 2P06 A; 4RO2 A; 4JI7 B; 1GK9 A; 4PA6 A; 3WB2 A; 3OT7 A; 2V4D A; 2OWO A; 2WA3 A; 5EYP B; 5IYZ A; 3UT5 A; 5LHG A; 1SS3 A; 3G71 V; 4FJC C; 1TAE A; 2LFS A; 1R3I C; 4DUZ O; 1ZSP A; 3DXR B; 3JD3 A; 4UVA A; 2EIK C; 2LJ2 A; 1YTF D; 1EBO A; 3P32 A; 5IDJ A; 3ZRV A; 3GWK C; 4BIZ A; 2GBO A; 1VF6 C; 1AVM A; 2UXD B; 3ETQ A; 1QQC A; 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3RYI A; 2KQX A; 2R70 A; 3SPH A; 3WU2 Z; 2MK3 A; 3M99 B; 1HNX O; 4DR5 O; 1FD9 A; 1M56 C; 2ZDI A; 1DF4 A; 2GHY A; 1H8E G; 2EIN C; 4WBN B; 3JAL B; 1R6T A; 2PI4 A; 2XAH A; 4DV0 B; 4DR6 O; 4JI1 B; 1WB8 A; 4K35 A; 2RN9 A; 2CTP A; 2JRI A; 3BAA A; 3K06 A; 1FKA O; 5EIB C; 5FPO A; 3T4Z A; 4ICG A; 4DW1 A; 3WG7 B; 5LP6 C; 2ZIO A; 1TVK B; 3RYC A; 1BQZ A; 5J2U B; 4IHJ B; 3FKS G; 1CEZ A; 4EFE A; 3ZX6 A; 4BW9 A; 4JZ2 A; 2OTL V; 2WLI B; 2R9I A; 3P3P A; 4PHZ A; 4JTA B; 5D5P A; 2GUZ A; 2EX3 A; 3TCU A; 1Y4M A; 3CCM V; 1I94 O; 3ABL C; 4H44 B; 2VRZ A; 5FNV B; 1PNL A; 5B1A C; 4TQD A; 2EIL B; 1KD1 W; 1FFT B; 1K3E A; 2IJH A; 3CCR V; 3E86 A; 2G38 A; 1H38 A; 3ZED A; 4J7K A; 1V9P A; 2X7R B; 1AI6 A; 2JDI G; 1QHT A; 3OGC C; 1Q81 W; 4DUY O; 1W2B U; 5JCO C; 3A2F A; 3S3X A; 1PPJ H; 1KUQ A; 1VMG A; 4XDK A; 1YXB A; 2XND G; 1SF9 A; 3OTO B; 1OCR C; 3ABK C; 4PD4 F; 1IDS A; 5GW7 A; 4DV2 B; 3F7Y C; 2Y69 B; 3E35 A; 4J80 A; 3N2G A; 1S72 V; 2Z3Y A; 1Z2G A; 4E4E A; 2PUS A; 1BGY H; 1EFR G; 5EIB D; 1Y76 B; 1YSC A; 1KC8 W; 1OJH A; 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