The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
234
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structure length |
234
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Chain Sequence |
QGMVTIYLPGEQQTLSVGPVENVAQLVTQPQLRDRLWWPGALLTDSAAKAKALKDYQHVMAQLASWEAEADDDVAATIKSVRQQLLNLNITGRLPVKLDPDFVRVDENSNPPLVGDYTLYTVQRPVTITLLGAVSGAGQLPWLAGRSVTDYLQDHPRLAGADKNNVMVITPEGETVVAPVALWNKRHVEPPPGSQLWLGFSAHVLPEKYADLNDQIVSVLTQRVPELEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of Escherichia coli Group 4 Capsule Protein GfcC Reveals a Domain Organization Resembling That of Wza.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Predicted protein
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| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Escherichia coli o127:h6
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| total genus |
56
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| structure length |
234
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| sequence length |
234
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
| Alpha Beta | Roll | Outer membrane lipoprotein wza fold like | Outer membrane lipoprotein wza domain like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2W8I A; 2W8H A; 2J58 A; 3P42 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DBH B; 2M0X A; 2KLC A; 4BZA A; 1F2R I; 4YSY B; 1WGY A; 1FMA D; 1AWD A; 2JZP A; 3DBS A; 1D3Z A; 2DYB A; 3BII D; 2M1M A; 1KM7 A; 3CWI A; 3BK2 A; 4LLG M; 1ZKH A; 4DBG A; 3RUL A; 3VRA B; 4G50 A; 3MTN B; 2WWZ A; 2YLM A; 3TEW A; 1WE7 A; 1QF6 A; 2K8C A; 1JW9 D; 1NBF C; 5AZG A; 1SE3 A; 3L10 B; 1UGJ A; 1FCC C; 1I7H A; 3I5J C; 3AE2 B; 1C1Y B; 2PTL A; 1UNS A; 1QT9 A; 4FJY A; 4LDT B; 1MI0 A; 4MEM A; 3BIN A; 5DPW A; 4MM3 B; 3KW5 B; 2XK5 B; 2BS3 B; 2LJ5 A; 2Z0D B; 2INP E; 1D5X C; 4NNJ B; 2ICI A; 2QHO A; 1RWS A; 3RYT A; 1NYQ A; 3ZJT A; 2GBM A; 4ICU A; 3VRB B; 1C76 A; 3DHG C; 1MHX A; 3O13 A; 1UGM A; 2ZPY A; 5G55 A; 1A70 A; 3LDZ E; 3SFE B; 2ZEQ A; 4KGR A; 3RPF C; 4AOF A; 3KYC D; 2JSV X; 5AEK B; 1ZPS A; 3N9Y C; 3RCZ A; 2C7N B; 2FBW B; 2LGI A; 2M0A A; 4EFO A; 2A4Z A; 1YN5 A; 4DDG D; 1V2Y A; 4W9C A; 1WJ4 A; 2OOB B; 2K25 A; 1MVK A; 4HDQ A; 2M19 A; 4GDK B; 2MCN B; 1E8Y A; 1FEH A; 1JRU A; 2LGS A; 1ET9 A; 3KVF B; 4W9G A; 3VUW A; 1E8Z A; 4GLS C; 1MPE A; 3VQI A; 3DBL B; 3WAL A; 5MPO A; 4BOS C; 2K39 A; 2JWZ A; 2MJD A; 2N1W A; 3RNB C; 5LXI B; 3B2F A; 3BVM A; 2WGS A; 2GB1 A; 4I6N B; 1GUA B; 2CR5 A; 3PS6 A; 1WFY A; 3MC8 A; 1SEB D; 4XYC A; 4XX5 A; 4XZ4 A; 3I3T B; 1WX7 A; 5E6O A; 3IFW B; 3A33 B; 2B76 B; 2N9E B; 2I1J A; 5FKA C; 3VVW B; 1HE8 A; 5E6J A; 2Q5W D; 4ZRI A; 2MLB A; 3Q8B A; 3RD2 A; 4N6E B; 2N7E A; 2J0M A; 3URY A; 2KX3 A; 3VAW A; 3N1Z C; 2E3T A; 3U7Z A; 4MSQ B; 2L76 A; 3ZTC A; 5HKH A; 4E71 A; 1OQR A; 4BKT A; 5IP4 D; 3ZNZ B; 4K3B A; 2BW2 A; 4HJK A; 3ZXR A; 4FN2 A; 4JGH B; 4M02 A; 4BKS D; 3LYY A; 1ACC A; 3MP9 A; 2RDB C; 2K3U A; 4OW0 A; 1WF9 A; 3QX1 A; 4RGM A; 3NS1 A; 1WSP A; 1E7V A; 2WX0 A; 2JPH A; 5CHW A; 4FXC A; 2N1V A; 2FCN A; 2G3Q B; 2RGF A; 1F52 A; 3DHI C; 4ZRK A; 3C8Y A; 1FNV A; 4HJG E; 4N9F 4; 4DHJ B; 5AZH A; 1S3S G; 2SAK A; 4L1B A; 4JX1 C; 5D6J B; 2IYD B; 1XD3 B; 3VR9 B; 4DHZ B; 4HPM B; 3SDL C; 1HZ6 A; 3BYT B; 3M95 A; 1UBI A; 2KJR A; 3EEC A; 4EZK A; 2WU2 B; 1XF5 L; 2KNB A; 4M8N A; 1P3Q U; 3U30 A; 3W1S A; 3ZXV A; 3Q3J A; 4HVB A; 2LEK A; 2LGY A; 1RYJ A; 3S2A A; 2DBY A; 3L4P A; 4MGI E; 2IO0 B; 1QKZ A; 4RMA A; 2R61 A; 4LNO A; 2C7M B; 1B1Z A; 2BPS A; 3RNE C; 2KWV B; 2N9P C; 4ZOH C; 4ZYN A; 3GE3 C; 4RH6 A; 4DDI D; 1LFD A; 5H92 C; 4ANX A; 3BK1 A; 1LQB A; 1RLF A; 1FNW A; 2TSS A; 4MJS A; 2KQ7 A; 2AQ3 B; 2WU5 B; 3MHS D; 4MH8 A; 2DZI A; 1EU4 A; 1EWC A; 2M8S A; 1ZXH A; 1MG8 A; 4HK2 A; 4IWO A; 4FLH A; 4MGY E; 2W8H A; 1U4A A; 3JW0 X; 1ZDV A; 1N63 A; 4IOI E; 2Y5C A; 2MBE A; 4OHJ A; 3GE8 C; 3TIX A; 3JSV A; 3H7P B; 4UDU C; 4XE0 A; 4LDT D; 4WQO B; 3SU8 X; 2OJR A; 4X57 B; 4B95 A; 1NI3 A; 2V3N A; 4MJS B; 1XQQ A; 2EMT A; 2M4N A; 1MG4 A; 1TT5 B; 1YOV B; 2KTR B; 2JWU A; 3MJW A; 2ZJD A; 4KGS A; 3DDC B; 3PHX B; 1T0Y A; 3PRZ A; 1IUE A; 5C3J B; 1OTR B; 4F1S A; 2M56 B; 4P16 A; 3IVF A; 2SEB D; 1PGA A; 4NZL B; 3E9S A; 2NVU I; 2ZPN A; 4XDD A; 3JSV B; 3ZW3 A; 2J52 A; 3KLS X; 2JYT A; 5KHQ A; 1E10 A; 2L0T A; 4P1C C; 1N5W A; 1WXV A; 4C4V A; 4WJQ A; 2DX5 B; 1F77 A; 3AEG B; 4W9D A; 2QJL A; 2JRH A; 4II3 B; 1PQS A; 1WRI A; 1V5O A; 3FC4 A; 3PZ7 A; 4RGO S; 4ZRQ A; 5J2R A; 1MJD A; 1GOZ A; 1JWA D; 1YIW A; 3TEZ A; 3DWM A; 3W5U B; 1ROE A; 2KLG A; 4REZ A; 5G5G A; 2BTE A; 4W9K A; 3WA0 A; 2KDI A; 4C4V B; 2L3Z A; 2YEP F; 3OJ4 B; 4YWG G; 4NAW A; 2H89 B; 1D4B A; 4AJW A; 3KUD B; 4DK5 A; 1TTN A; 4C00 A; 3MC9 A; 1HZ5 A; 1L2N A; 2L0F A; 3CIR B; 2VH1 A; 3GOE A; 2G4S A; 2KAC A; 1ISN A; 1SE9 A; 2HTH A; 2K6D B; 2KN5 A; 3AE1 B; 4ARI A; 5HHD G; 1D5M C; 2LMC A; 2IND C; 3M3J A; 2WS3 B; 3RFZ B; 5IAA C; 1EF1 A; 4JE3 B; 4ZHP A; 2LHE A; 4IM0 A; 2VZK B; 1V1O A; 4KSL C; 3PHW B; 5EE9 A; 3ZDT A; 1ZUD 2; 4PS8 A; 3L0W B; 5EE3 A; 3Q2A C; 1HA5 A; 1SGH A; 3EUB 2; 1UD7 A; 1P9D U; 4A9A A; 2FID A; 1CK1 A; 1PGB A; 4RF1 A; 2H88 B; 1FCL A; 1QIL A; 3HUI A; 2WXL A; 2LRU A; 1YN3 A; 3EC8 A; 1KLV A; 3TEX A; 2RPQ A; 2WXM A; 3I57 A; 3D32 A; 3V62 A; 3QQ8 B; 3VXW A; 5C1Z A; 2GBJ A; 3UIP B; 3VUX A; 1UWM A; 3HK0 A; 2KX0 A; 3NVY A; 3AI5 A; 2AEH A; 4K7S A; 4LCD E; 4CYE A; 1TS5 A; 4GDL B; 1TS2 A; 3H9D A; 2JT4 B; 5BMH A; 3P4Q B; 4DHJ D; 4BOZ B; 2KK8 A; 3EHV A; 4G0N B; 4M8M A; 3PGE A; 2LZ6 A; 1PYW D; 3AED B; 1DYQ A; 3ALB A; 1DGJ A; 1L7Y A; 1TY0 A; 5TSS A; 2X8X X; 2FNJ B; 3QAR A; 4EZJ A; 1RM6 C; 4C7Z A; 1UH6 A; 2KQ4 X; 2OED A; 3AM9 A; 4WWN A; 3HRD D; 4US8 A; 4MDK E; 1V49 A; 2JZZ A; 2MX2 A; 2JU6 X; 4WJN A; 1FXA A; 3Q14 C; 3U7D A; 3ZLZ A; 1R4M B; 1VR9 A; 2O6V A; 3IAM 1; 3AN1 A; 3NS8 A; 4ANU A; 4YXD B; 1UBQ A; 1C4P A; 3ECI A; 1ZP0 B; 3BY4 B; 2KFJ A; 3KQ4 A; 1SSN A; 1DOX A; 2PJH A; 1WR6 E; 5FK9 C; 2HJ8 A; 1OQQ A; 2I1K A; 1IGC A; 3WAN A; 4KDL B; 5JHA A; 5J18 A; 1HXY D; 3NJT A; 1NEK B; 4HPP A; 4TKN A; 3AE3 B; 4EEW A; 1GC6 A; 3H1U A; 3ZQ4 A; 1DOI A; 2O6V B; 1J0G A; 4ZDV A; 4OZA A; 2AQ1 B; 3ZKJ C; 2K8H A; 2DWQ A; 2RD0 A; 4NAM A; 4LNF A; 4WJP A; 3GB1 A; 3A9K A; 1WGK A; 3PLV A; 4N59 A; 1C77 A; 1CMX B; 1HTQ A; 3E56 A; 5JZE B; 4BKG A; 2D2Q A; 2BS4 B; 1C78 A; 4BBN F; 1WXQ A; 1PGX A; 4AQ7 A; 3AE7 B; 1H4R A; 2CHX A; 2WXH A; 2AL6 A; 2W82 A; 3QK0 A; 3AE9 B; 4A3O A; 2JQR B; 4KX6 B; 2N9X A; 1FXT B; 3I63 C; 4A90 A; 1I4Q A; 1L0X B; 3UF8 A; 1WMH A; 1QOA A; 2WDQ B; 3ZRC A; 3NG0 A; 3A9K B; 2W8I A; 1GB1 A; 2R2O A; 4MH0 E; 1I35 A; 2MBO A; 2YEP B; 3TUO A; 2PPH A; 2NBU A; 4EUT A; 3TMP B; 4MM3 A; 2XK5 A; 2WDT B; 3V6C B; 4LK0 M; 2KXJ A; 1AYF A; 4ZRP A; 3AEE B; 1ZDX A; 5IO9 A; 3QHT A; 2WDR B; 3K9P B; 1WMH B; 1NYR A; 5AUI A; 2MJ3 A; 1CQV A; 3OAW A; 3VH4 B; 2ZNV C; 2KD0 A; 2JZ3 B; 2KJH B; 2JVC A; 4XGA B; 2C60 A; 3Q8C A; 3P42 A; 1SIF A; 2NBW B; 3BZD B; 4BAX A; 2M17 A; 4LJP B; 2FUG 1; 2ZW1 A; 1TKE A; 2GI9 A; 3WAP A; 5AZF A; 2EEL A; 1OEY J; 1VLB A; 4GDK A; 2WNM A; 4YT0 B; 1L4D B; 2G45 B; 3WAM A; 4I6L B; 1WGH A; 1T5X D; 3SFD B; 1EF5 A; 4AJY B; 3GZN I; 4HCP B; 2VZK D; 1QLB B; 5BMG A; 4FJV B; 3NVW A; 1I4H A; 3NZ3 A; 4KIK A; 3RN9 C; 4XDC A; 5GMV A; 4E3C A; 1LO5 D; 4B0E A; 2KMC A; 1IP9 A; 4G11 A; 2ZNV B; 2DAF A; 4Q2J A; 3PRE A; 1VDV A; 3DOW A; 2JXT A; 1J7B A; 4ITK A; 3APD A; 4A6Q A; 1XCT L; 4W9L A; 5BYS A; 2ZVN A; 3P4S B; 4KIK B; 3DBR B; 2BF8 B; 1VZ8 A; 2LUE A; 4BBN C; 1CJE A; 2EMS A; 3A1Q A; 2AWT A; 2WXF A; 1I4P A; 2QIE B; 4DWF A; 2C5L C; 1WYG A; 1NVI D; 4WWO A; 2GOW A; 4WIP A; 2VRR B; 2LVQ A; 1FPY A; 2RDG A; 3W9C B; 3KYD D; 4GOC A; 3L13 A; 2QMT A; 3UGB B; 3NOB A; 1BML C; 3RNF C; 2MSE D; 3IHP C; 1I42 A; 2CJO A; 4EZL A; 5D7G A; 1VCB A; 3ZTD A; 1WGG A; 4YSZ B; 4KZC A; 4PYZ A; 2PVO D; 3A1Q B; 3MFG A; 3MC0 B; 1D5Z C; 3DHH C; 2IJ0 A; 1WX8 A; 2MBB B; 2W54 A; 1TS3 A; 2L00 B; 1GB4 A; 1GG3 A; 1EM7 A; 2Z59 B; 1A5R A; 5LNK 1; 4PS7 A; 2NCN A; 3N3K B; 2BYE A; 4NPN A; 4ICV A; 1ET6 A; 4HXD A; 5CHV C; 1PUT A; 3DBL I; 4IWP A; 5D3I B; 2O6V D; 4OVV A; 2I2Y A; 2NPT B; 2JYE A; 2K8B A; 4AUQ C; 3TBL D; 2KDB A; 2PEA A; 3Q8A A; 5C2T B; 2WXI A; 2G9H D; 2KDE B; 1FFV A; 3NY5 A; 2BWE S; 2AYO B; 1KF6 B; 1FO4 A; 4WH4 A; 3RZF A; 4IWQ A; 4J6I A; 4P6V F; 1JQ4 A; 1XO3 A; 1E8X A; 1SIJ A; 1L6U A; 2BGF A; 2CU1 A; 1NI2 A; 4K7W A; 4W9J A; 2V9H A; 5CHF A; 2K9X A; 2PVG C; 5KHO A; 3HM6 X; 3PRM B; 5BYR A; 2BWF A; 4IM3 A; 2FAZ A; 4HLE A; 3U52 E; 4IM2 A; 1JCK B; 5DPT A; 4MGZ E; 3H7P A; 2LGX A; 2FUH B; 1T0S C; 4WAA A; 2ZW0 A; 1WE6 A; 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3X23 A; 1QOF A; 2KDF B; 1WYW B; 5CTR C; 3AU4 A; 1E6E B; 4A55 A; 4LJO B; 3PTF C; 2GRI A; 5BO4 B; 3ZO5 B; 3PZ8 A; 1XT9 B; 2PLP A; 2UU7 A; 2LVO A; 1GPX A; 4HRS A; 4HKQ A; 4DXF A; 2R2Q A; 2IGG A; 3RMK C; 1Y56 A; 2K5P A; 1R7S A; 5EE0 A; 1V80 A; 2IO3 B; 2FCS A; 1YX5 B; 3AV8 A; 3U8Z A; 1UF0 A; 2HD5 B; 3Q3F A; 2KC1 A; 2KFK A; 3W1Y A; 3M62 B; 3RNA C; 3IBE A; 2UWQ A; 3JVZ X; 5GXG B; 1UUP A; 4GDL A; 2KO3 A; 3MHZ A; 2YVC A; 1SXT A; 3R2I A; 2MA9 B; 4YTM B; 2J42 A; 5HI1 A; 2BYV E; 4KVG B; 3T3O A; 4RNA A; 4TV3 A; 2MW5 A; 4B6W A; 1NDD A; 3FAH A; 4ARC A; 3AEC B; 1KFY B; 2EKE C; 3ABV B; 3V6E B; 4RCO A; 2KFK B; 2NS5 A; 2DEN B; 4FJZ A; 3PSE B; 4P1B C; 3AE8 B; 3TEY A; 2GBN A; 2D5G A; 2WXJ A; 1WRD B; 3SR6 A; 2GLS A; 3A4S C; 3P2B A; 1F2R C; 1WXA A; 5H8Y E; 3SEB A; 2D07 B; 4N58 A; 2MHJ A; 3R66 C; 1YQ3 B; 3T9L A; 5HFY A; 2MH7 A; 4HCN B; 4USA A; 2FIF A; 4M0W A; 1K53 A; 4GB9 A; 3U4E G; 4K3C A; 5D3D A; 2L1A A; 3A9J A; 1TIF A; 4EOY A; 2MJE A; 3LB8 C; 2QSD A; 2MBH A; 2DZK A; 4GSW A; 5DPS A; 2RSU A; 3UQA A; 5L95 C; 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