The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
99
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structure length |
99
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Chain Sequence |
MAYQLYRNTTLGNSLQESLDELIQSQQITPQLALQVLLQFDKAINAALAQRVRNRVNFRGSLNTYRFCDNVWTFVLNDVEFREVTELIKVDKVKIVACD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Near-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription, transferase/dna
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
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| total genus |
27
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| structure length |
99
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| sequence length |
99
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF02268 | TFIIA_gamma_N | Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain |
| O | PF02751 | TFIIA_gamma_C | Transcription initiation factor IIA, gamma subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Beta | Roll | TATA box binding Protein, subunit D; domain 2 | Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NVP D; 5IYD O; 1YTF C; 1RM1 B; 5IYC O; 1YTF D; 1NH2 C; 5IYB O; 1NH2 D; 1NVP C; 1RM1 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I50 A; 1HDJ A; 2RDC A; 4LF9 B; 2UXD B; 4LF8 O; 5KAI Z; 4DR6 O; 3ZRV A; 3IFX A; 5B66 Z; 3K08 A; 4JV5 O; 4I55 B; 4RUF A; 3ZMV A; 2BCC H; 3EFF K; 2DWE C; 5JVD B; 2P06 A; 1Q8I A; 2WLH A; 3LDD A; 2YIC A; 1FKA O; 4HBN A; 1SC5 B; 3C90 A; 5LL6 Y; 4KHP O; 4H13 B; 4IYI A; 4TUY A; 1WPB A; 5ITZ B; 1PL0 A; 2IH1 C; 5L3D A; 2Z3Y A; 3LSU A; 2IJJ A; 1DK1 A; 4ZBM A; 1BQ0 A; 1NVP B; 1FXK A; 2HHH O; 2CTP A; 1LR1 A; 1XOU A; 3FFQ A; 3WU2 Z; 1QLE B; 4UCS A; 5J2U B; 2XHB A; 1X59 A; 1R3I C; 2QKC A; 1YVW A; 2VWJ A; 2D3O W; 5B1N A; 4DV3 O; 3HKE A; 3R66 A; 4B3S O; 1Q5O A; 4KFM A; 4PDM A; 3JSN A; 1XNQ O; 1OCZ B; 3CC4 V; 1M1K W; 2W6I G; 4WFA V; 1URF A; 4IYH A; 3IAY A; 4PA3 A; 4BWA A; 2WLK A; 3I5D A; 2QE7 G; 5CA1 B; 3MAQ A; 1S3J A; 2AZ0 A; 4H0L B; 4ZI7 B; 1N36 B; 4PDV A; 4X1I B; 4WFF A; 4ICG A; 2E5L O; 2GDS A; 2UXC O; 5BMV B; 4HYO A; 1BMF G; 1H2N A; 3HR0 A; 4DUY O; 1VQ4 V; 5B1B B; 2N05 A; 5IJ0 B; 1OHH G; 4JTD B; 3AK3 A; 4TV9 B; 4X1Y A; 3JCU Z; 1Q43 A; 1HNW B; 5LGN A; 2M6Y A; 2CH7 B; 3E35 A; 2VQF B; 4O2A A; 3L9D A; 3FB6 C; 1TUB A; 3P3P A; 5BR8 B; 1QVF U; 4TV8 B; 1PNL A; 2RNB A; 1P7G A; 5KLV H; 4X9Q A; 1IXB A; 1YCI A; 4DV1 O; 3AG3 B; 1K4D C; 1FXK C; 2HVK C; 1G8M A; 5J2T B; 4NXM B; 4BR6 A; 2B9Z A; 4X65 B; 1LUV A; 3E83 A; 3ZHS A; 4IHJ B; 2GSM B; 2CTQ A; 2ZR3 A; 2A0L A; 4PDR A; 1K3E A; 1GM9 A; 5B5E Z; 1Q6I A; 2YIA A; 2R9R B; 1DGS A; 1KP2 A; 2P7T C; 4ZHQ A; 4DR1 B; 1V55 B; 4MTG A; 3SJA C; 1WNS A; 1F51 A; 2ZIM A; 3UT5 A; 3CPW U; 2ZD9 A; 1NVP C; 4IT5 A; 2HJF C; 4RAI A; 2Z0A A; 2Q5Z A; 3S3X A; 2E75 B; 1JCH A; 1QLE C; 5LMN B; 5IYC O; 1K34 A; 3RW0 A; 2GTS A; 4QGP A; 2ZKO A; 2XND G; 4UCU A; 1E79 G; 2PTM A; 2D2C B; 2P4K A; 1VQP V; 3CXH F; 3OUF A; 1XBL A; 4FM1 A; 2A9H A; 3X2Q B; 2QR4 A; 4DV4 B; 2ZE5 A; 4MVU A; 4JI7 B; 1SQP H; 1OCZ C; 5IYZ B; 1KUQ A; 4NR1 A; 4UCV A; 1XHZ A; 1GM7 A; 4LFB B; 4TQF A; 3ZHR A; 1JVM A; 2UUC O; 3OEH G; 3ZJZ A; 1M93 A; 3ZMU A; 1VP7 A; 3K3W A; 3VBB A; 4X20 B; 4JTA B; 1FJG B; 4R6Z A; 3NR7 A; 2DQ0 A; 5KUM A; 4RWU A; 4G28 B; 4G27 B; 2F23 A; 5CB4 B; 3DXR A; 2Q73 A; 2ZNI A; 4PD4 F; 2JRI A; 1KEC A; 3HKC A; 3B4S A; 2GUZ B; 1GN2 A; 3ASO B; 1L8D A; 1PM9 A; 1HNZ O; 4LH7 A; 3AK2 A; 2XAQ A; 4PA6 A; 1S5H C; 3F5W C; 5H9C A; 5IT9 N; 1YI2 V; 2JJ2 G; 4J7Z A; 5JWP A; 2R70 A; 4LFC O; 5EIB C; 2LGQ A; 4I0X A; 1MSW D; 3CCJ V; 1S76 D; 1M4U A; 5LA6 B; 2WLI B; 3CWB H; 4LNU B; 3FAV B; 4YJ3 A; 4ZOL A; 2BSK B; 1H38 A; 2ZQM A; 4GX5 A; 1UPG A; 3CP1 A; 1WP7 A; 3P32 A; 1IBM O; 3UM7 A; 2JGD B; 3AG4 C; 1OCC B; 2DYR C; 3ABU A; 3AG3 C; 4DK0 A; 4GT1 A; 3GVM A; 2F95 B; 2JJ1 G; 4PA4 A; 1RPO A; 3QVN A; 4JAA A; 1HWY A; 2Q0A A; 4JI4 O; 3IC7 A; 4WFH A; 4LC1 A; 2QM7 A; 1BT8 A; 1VMG A; 2AW9 A; 4JI5 B; 3U0Z A; 1IBL B; 4BIZ A; 3GB7 C; 2YC0 A; 3CXC U; 1Q3E A; 1NR1 A; 1XIL A; 2OTL V; 4B3M B; 5B3S C; 1TA8 A; 4J80 A; 5GON A; 2Q67 A; 4H37 A; 4JYA O; 1PPJ H; 4CS2 A; 1XMQ O; 4JI1 B; 4L87 A; 1Y76 A; 4IL6 Z; 2CGO A; 1SKV A; 1K73 W; 4DUZ O; 4O4H B; 5FPO A; 2C2A A; 1N33 B; 2Y48 A; 2ATK C; 3JD4 A; 2DMX A; 4GX1 A; 3ZCC A; 4ASU G; 2ZE7 A; 3F7V C; 4YIO A; 5C8Y A; 4GCZ A; 2IH3 C; 2B1G A; 4F6R B; 5LP6 B; 4LF8 B; 3L75 H; 3LNM B; 1WAZ A; 5HFL A; 4RQE A; 3STL C; 4DR6 B; 3GWK C; 1J95 A; 3ABL C; 3D36 C; 3RBZ A; 4OPA A; 1B04 A; 3E2E A; 4WCE V; 1BGY H; 4JV5 B; 4QPK A; 1QR8 A; 1P4R A; 3IC9 A; 2OTJ V; 4JI3 O; 3OGI B; 3ML0 A; 3JAL B; 3HKB A; 1IUR A; 2FYU H; 3T1H O; 4KHP B; 1FAF A; 2BOC C; 4TWK A; 2H8P C; 3E22 B; 3OM3 B; 3CCV V; 1TVK A; 3RYC B; 3OMN B; 3CYO A; 3HPL C; 5CA0 A; 2KG7 B; 1FPO A; 1Y4M A; 5CBF A; 4DR5 O; 2JGU A; 4HNA A; 2IU0 A; 4DR7 O; 1AI7 A; 2K1E A; 2HHH B; 4K8X A; 3CX5 F; 3JD2 A; 5JQG A; 2R72 A; 4I4T A; 1MZF A; 1YXB A; 2ETN A; 1RP3 B; 4U3J B; 4K35 A; 1XMO O; 4N23 A; 1AR4 A; 2PGG A; 4FM0 A; 1OCO B; 4DV3 B; 2YIB A; 1K97 A; 1R6N A; 4B3S B; 4O4L A; 1RM1 C; 2CE4 A; 4MW3 A; 2RMK B; 1XNQ B; 3J80 N; 3JAK A; 3G67 A; 2QJ1 A; 1WB7 A; 4DV5 O; 3O65 A; 3P3N A; 4I9W A; 4CH6 A; 2KQX A; 4DRX B; 5BY1 A; 1RPR A; 1GN3 A; 4UV8 A; 1HNX O; 3LUT B; 3WG7 B; 3JAR A; 2Y69 B; 2AHZ A; 1EZV H; 3CCU V; 2IJK A; 3UO3 A; 3K5O A; 3ZED A; 1AR1 B; 2E5L B; 2UXC B; 1S77 D; 3BA9 A; 3E89 A; 2UUB O; 4DUY B; 3SPJ A; 1EN4 A; 4KP4 A; 3KG2 A; 1GM8 A; 3W7W A; 3N27 A; 4R50 A; 1COW G; 1OCR B; 3RYH B; 4FLX A; 2FB5 A; 4MVS A; 4LBE C; 2H3O A; 4X88 A; 2XAF A; 4BIU A; 2BTQ A; 1Y74 A; 1XI1 A; 4GKJ O; 2FKX A; 1E1R G; 5JH7 A; 4P9P A; 1S5J A; 4EEQ A; 1JX9 A; 3JSL A; 4BW9 A; 1VQL V; 1FYJ A; 5JCO C; 3AG2 B; 4YXW G; 2A3Q A; 3BRC A; 4DV1 B; 2Q69 A; 4LF5 O; 3ZMZ A; 1VQK V; 5GTH Z; 3I56 V; 4MW8 A; 4K3A A; 5JJN B; 3M8A A; 3K5N A; 2F1M A; 5KX5 A; 1GK9 A; 1L1F A; 3OTO O; 3RVZ A; 1VF7 A; 2Y0P A; 4GLX A; 1Y66 A; 2JEX A; 2O57 A; 5KHG A; 3MDS A; 5LGT A; 1S72 V; 4B3R O; 1WA8 A; 3SPG A; 2LJ2 A; 5LHI A; 1W59 A; 1YJW V; 5FL7 G; 4GX2 A; 3VOU A; 4DV2 O; 1P49 A; 1K92 A; 4JYC A; 1P84 F; 3ZHT A; 1FXH A; 1QNM A; 1I0H A; 3T1Y O; 3OMA B; 1N34 B; 3ASN C; 3BCC H; 3G6B A; 3TK1 A; 5L3C A; 1GMG A; 3I55 V; 1QHT A; 4I50 B; 1JMK C; 2EIL C; 2K9P A; 2PUS A; 4LCU C; 1JFF A; 1AP5 A; 4HAM A; 3B8N A; 5EYP A; 1PL4 A; 1CEZ A; 3ABK C; 4PI2 A; 5H6R A; 4O4I A; 2VQE O; 1ZL8 B; 2UUC B; 2G38 A; 3AG1 C; 4DV0 O; 2EIK B; 2EUL A; 4KL1 A; 1R3L C; 3JAT A; 1NT2 B; 4K8Z A; 1YTF D; 5LHG A; 2GV9 A; 3WG7 C; 1I5Y A; 4J9Y B; 2Y69 C; 5DEC A; 5B1A C; 4LFA O; 3UO2 A; 2ZIN A; 3WFV A; 4BAY A; 3BPZ A; 1HNZ B; 2X6C A; 4ZKI A; 2GHY A; 3G4S V; 3P30 A; 4FK5 C; 2WLJ A; 5EZY B; 1ZTE A; 2EIN C; 3ABT A; 1SES A; 3W7S A; 1FFX A; 3K06 A; 1K5Q A; 4LFC B; 1GN4 A; 5KA5 A; 4I55 A; 5LGU A; 1JA8 A; 1GO3 F; 4MVQ A; 3H1J H; 4IGG A; 1CPY A; 3SYQ A; 4DYL A; 3OMI B; 3CRR A; 4UUJ C; 2OIG A; 3H9V A; 2PI4 A; 2Q7G A; 3SPI A; 5KA6 A; 3L71 H; 4QNH B; 5ITZ A; 2WLM A; 1BHA A; 5IJ9 A; 1IBM B; 4UB6 Z; 3ZHV A; 3AG2 C; 1NJI W; 1QVG U; 1ORQ C; 3OGC C; 1KD1 W; 1SQV H; 4RQF A; 4JI4 B; 2CGN A; 4N21 A; 4LR3 A; 5J2U A; 3CJH B; 5JJJ B; 1XUQ A; 3TXS A; 1Q81 W; 2QGN A; 1THZ A; 2MW2 B; 1R3J C; 5EC1 C; 1AJP A; 2HEP A; 3ETG A; 1H2S B; 3T4D A; 3K59 A; 4K0K O; 2EIM B; 4NYK A; 4FLT A; 1VIB A; 4LH6 A; 1P7B A; 2DYS B; 3QO7 A; 2ZXW B; 4P30 A; 3CCM V; 4W4K A; 4JYA B; 3CC7 V; 5LOV B; 3N2G B; 2YSU B; 3KCY A; 5CA1 A; 4O2A B; 4J7K A; 4P9O A; 2OCC B; 1TUB B; 3MHH C; 4GZR B; 3L72 H; 4DUZ B; 4UXN A; 1BSM A; 3CRQ A; 1WJZ A; 3ZN1 A; 4ZI7 A; 1M90 W; 1Z5V A; 4JI2 O; 4FMT A; 3L73 H; 2M7W A; 1SER A; 2Y0I A; 3QG5 A; 2QWP B; 3TJT A; 2UU9 O; 3JAS A; 5IYD O; 2LW7 A; 1W0J G; 2PYL A; 3SDL A; 4UVC A; 2EIK C; 1IBK O; 1ROP A; 1LUW A; 4LP8 A; 2QA4 V; 1QLN A; 5IJ0 A; 4EFE A; 1DTO A; 4JYB A; 1Z5W A; 3AK1 A; 1YTF B; 4X64 O; 1BS3 A; 1HW7 A; 1I94 O; 3SPC A; 4FPP A; 2CH7 A; 2WWW A; 5IDJ A; 1ZLZ A; 2YI9 A; 3UT5 B; 1PNM A; 4JI3 B; 1KKD A; 4TV8 A; 2V7Q G; 1GRJ A; 4QJF B; 4JAV A; 3T1H B; 1NH2 D; 2X7R B; 2ITC C; 1H2L A; 3K58 A; 1ARO P; 1BCC H; 1R1B A; 4FFK A; 3JD0 A; 4R8C A; 5A9G A; 5J2T A; 4DR5 B; 4IHJ A; 3H1I H; 2BTO A; 4DR7 B; 5FNV B; 4JF3 A; 4F6E A; 4GX0 A; 1KMI Z; 4WBN A; 1YZB A; 3CRC A; 2F4V O; 5EK0 A; 3OEE G; 1EN6 A; 4IIJ B; 2QWR B; 1SQB H; 1XMO B; 2OT5 A; 3FYE B; 1PD3 A; 4Z1V A; 1SZT A; 2UXN A; 3RYI B; 1PNK A; 3OAA G; 3Q4H B; 1SRY A; 1AIL A; 1WLE A; 4F4L A; 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