The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
211
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structure length |
211
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Chain Sequence |
SVTTKRYTLPPLPYAYNALEPYISAEIMQLHHQKHHQGYVNGANAALEKLEKFRKGEAQIDIRAVLRDLSFHLNGHILHSIFWPNMAPPGKGGGKPGGKIADLINKFFGSFEKFKEEFSQAAKNVEGVGWAILVYEPLEEQLLILQIEKHNLMHAADAQVLLALDVWEHAYYLQYKNDRGSYVDNWWNVVNWDDVERRLQKALNGQIALKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of superoxide dismutase from Pyrobaculum aerophilum presents a challenging case in molecular replacement with multiple molecules, pseudo-symmetry and twinning.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Pyrobaculum aerophilum
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| molecule keywords |
Superoxide dismutase
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| total genus |
72
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| structure length |
211
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| sequence length |
211
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X
|
| ec nomenclature |
ec
1.15.1.1: Superoxide dismutase. |
| pdb deposition date | 2003-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00081 | Sod_Fe_N | Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain |
| A | PF02777 | Sod_Fe_C | Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Upper collar protein gp10 (connector protein) fold | Upper collar protein gp10 (connector protein) fold |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TJT A; 1I08 A; 1AVM A; 3AK1 A; 1EN5 A; 3OT7 A; 1XIL A; 4BR6 A; 1BSM A; 2QKA A; 1IDS A; 1SZX A; 1B06 A; 3DC6 A; 1BT8 A; 1I0H A; 1ZSP A; 1P7G A; 4JZ2 A; 1AR4 A; 4YIP A; 1JR9 A; 1PL4 A; 1XUQ A; 4F6E A; 5A9G A; 2CE4 A; 1MNG A; 4X9Q A; 1GN3 A; 1KKC A; 2RCV A; 5AG2 A; 1GN4 A; 4YIO A; 1JA8 A; 1PM9 A; 3AK3 A; 4GUN A; 1MMM A; 2GDS A; 3KKY A; 4JZG A; 1EN4 A; 2ADP A; 1IX9 A; 1Y67 A; 1IXB A; 1AR5 A; 1ZLZ A; 3MDS A; 1WB7 A; 2AW9 A; 3QVN A; 1QNM A; 1EN6 A; 2QKC A; 3K9S A; 1ZUQ A; 4JYY A; 1AP5 A; 3BFR A; 1XDC A; 1BS3 A; 1XRE A; 2P4K A; 3DC5 A; 3C3T A; 1EM1 A; 1AP6 A; 3RN4 A; 1LUV A; 3IC9 A; 1D5N A; 3C3S A; 4E4E A; 1VEW A; 4C7U A; 4FFK A; 1VAR A; 3AK2 A; 1ZTE A; 1N0J A; 2CDY A; 1MA1 A; 1MSD A; 2ADQ B; 1N0N A; 1GN6 A; 3EVK A; 1GN2 A; 3CEI A; 1LUW A; 1WB8 A; 3LSU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IGA C; 5DM6 V; 3E22 B; 4EFE A; 3K59 A; 4GCZ A; 1VF6 A; 2ZQM A; 4I50 B; 4BR6 A; 3K58 A; 1AI6 A; 4WF9 V; 5LP6 B; 1WN7 A; 2BOB C; 1MAB G; 5HFL A; 4HNA B; 3CC7 V; 2OCC C; 1U97 A; 1XQ8 A; 2IBZ H; 4DV3 O; 4GUN A; 3G6E V; 3QO7 A; 1YDX A; 2BTQ A; 2R9A A; 2WSS G; 2ATK C; 3VQX A; 5LGU A; 4DR1 B; 2VRZ A; 5IWA B; 4EFB A; 2ADP A; 3TET A; 1CP9 A; 2L35 A; 2XTA A; 2CH7 B; 2F43 G; 2PYL A; 4JF3 A; 2H94 A; 4UCU A; 1K4C C; 3FYI B; 4DR7 B; 2DJV A; 1FS0 G; 3BVO A; 3JAT B; 1FKA O; 2Y0I A; 3K5M A; 3FFQ A; 1FXK B; 1XRE A; 2ZNI A; 1H2K A; 3CCM V; 3ETG A; 1TAE A; 2BTQ B; 3OGC C; 1Q43 A; 4MVU A; 4FLV A; 1JFF B; 2E3C A; 3QNE A; 4X20 A; 1VQ6 V; 4KUM A; 4O4J A; 5CBG A; 3K5L A; 1BCC H; 1BQZ A; 3ABM B; 2Q5Z A; 1M4U A; 1TA8 A; 3UT5 B; 3SDL A; 2DYR B; 3LSQ A; 4J42 A; 4MTO A; 4ABM A; 2JEU A; 1QLE B; 2ZE8 A; 3K04 A; 2JJ2 G; 4B3R B; 4N23 A; 2ITD C; 1K9M W; 1OZ0 A; 2QM8 A; 4IL6 Z; 1M93 A; 4J9Z B; 5IE9 A; 5K1X A; 1B04 A; 5LA6 A; 1R6N A; 5FNV A; 1X4T A; 3OR6 C; 3FAV B; 4MW8 A; 3HB3 B; 3K9A A; 2W0F C; 2WLM A; 2QJ1 A; 3ASN C; 1K34 A; 3AG2 C; 1XI1 A; 1K5Q A; 4OX9 B; 2P6J A; 5B1N A; 1D5A A; 1N34 O; 4IIJ A; 2LW1 A; 1M90 W; 1HW7 A; 1JVM A; 1MZE A; 5L3G A; 1N4C A; 2QKA A; 4CH4 A; 1ORQ C; 1Q82 W; 5FNV B; 4LF8 O; 3JAR B; 1KB9 F; 3ABT A; 3F7Y C; 2E5L B; 5IJ0 B; 2Y69 B; 2WA4 A; 2QM7 A; 2EBO A; 3TXS A; 3WU2 Z; 4FLY A; 2QTO A; 2VQF O; 1EN4 A; 4DR2 B; 3T1H B; 1IXB A; 4QE7 A; 4DV2 O; 1XNQ B; 2N05 A; 1GRJ A; 3JAS A; 3D8C A; 2DYS C; 4HZ3 A; 4D7T A; 2RQ6 A; 2UUB B; 3OEH G; 4WFH A; 4PDV A; 3ZHQ A; 3SPJ A; 4DYL A; 4P9O A; 1QHT A; 5IY5 C; 2EUL A; 1Q7Y W; 2BSK A; 1AP6 A; 2EIK C; 2VS0 A; 2DWE C; 3AG4 B; 4TWK A; 1MOF A; 1G6U A; 1KUQ A; 4UFZ A; 2Q0A A; 2OTJ V; 2QWR B; 1VQ9 V; 2A0L A; 2FML A; 2EIM B; 1H2L A; 1JX9 A; 3DXR B; 5EYP B; 2QGN A; 3SYC A; 4G27 B; 2A79 B; 2GBO A; 5LHH A; 2Q7H A; 1MA1 A; 3ABU A; 4X1I A; 1J5E B; 2ZXW B; 2KSD A; 1GKF A; 3BAA A; 1THZ A; 2PGG A; 1TUB B; 4DR4 O; 1BHA A; 1ZAU A; 3IC7 A; 3SYA A; 5LOV B; 3QTC A; 2UXD B; 3F7V C; 3TJT A; 3HKC A; 3JD2 A; 1NH2 D; 1P49 A; 1G4Y B; 1NTK H; 4IYH A; 3W7X A; 1Y4M A; 3J80 N; 1BSM A; 1SQV H; 4X62 O; 3WB0 A; 4YJ3 B; 1ZL8 A; 4FM2 A; 3CRQ A; 5KAF Z; 3LDD A; 2YXH A; 4GX0 A; 1Q81 W; 1PL4 A; 4JYA B; 1JNB A; 4MVZ A; 2PF4 E; 1ROP A; 4FLU A; 3RVY A; 5LYJ A; 2ZNJ A; 1FOU A; 1WP7 A; 4JAU A; 1Y67 A; 2P67 A; 2DYR C; 1YIT V; 3ASO B; 3WB2 A; 1L0L H; 2C2A A; 2F1M A; 1QLE C; 4TOI A; 1FYJ A; 5CA3 A; 4NTW A; 1EZJ A; 1XHZ A; 1AJP A; 1SA0 B; 2PTM A; 3B2E E; 4DW1 A; 3WG7 B; 3QO8 A; 1F7Y A; 1IXM A; 1HNW B; 2RJZ A; 3O65 A; 4IHJ B; 3KCY A; 4MVR A; 4O4I B; 2ZM6 B; 4LF7 B; 2F4V O; 1TVK A; 3TCU A; 4KXR A; 3BHP A; 3SR2 C; 3AK2 A; 4I4T A; 5GW7 A; 5KHH A; 2P90 A; 2X7R B; 5KX5 A; 2CGN A; 4FLX A; 1N0J A; 5DN6 G; 3K0G A; 4ZIB A; 4O4L A; 2Q6A A; 3SJB C; 4JTA B; 4B3T B; 4JTC B; 4JI7 B; 3H01 A; 4UB6 Z; 2Y69 C; 1H5W A; 1OCR B; 4ASU G; 5LHI A; 4KL1 A; 5JCO A; 2YI8 A; 4JI4 O; 3SPC A; 4O4L B; 4U3J A; 1VQP V; 1IBK B; 3A8T A; 2XAG A; 5LMU O; 5JJN B; 4K0K B; 3FKS G; 2AZ0 A; 1BT8 A; 5FL7 G; 3P3P A; 1I0H A; 1BGY H; 3L9D A; 3RYH B; 4LF4 O; 4LFC O; 2QE7 G; 2EIJ B; 3K03 A; 4Z1M G; 2LGQ A; 2XOK G; 4AHC A; 4TT3 G; 2EX3 A; 1VQ4 V; 1QNM A; 1EN6 A; 1Q6U A; 2V7Q G; 2QM4 A; 3JD3 A; 3VQV A; 5B1B B; 1GAX A; 5EIB D; 4TUY A; 3ICX A; 3CP1 A; 4MVQ A; 2E74 B; 3HKE A; 1VQM V; 1XMO O; 1KKD A; 5BY1 A; 1SQG A; 1DGS A; 1NR1 A; 1HR0 O; 3BCC H; 1Y74 B; 4B3M O; 2WAM A; 3MHH C; 4R50 A; 1KQS U; 1QBZ A; 1MG1 A; 2QTS A; 4X1K B; 3M7M X; 1HNZ B; 5CB4 A; 1R73 A; 4FM0 A; 2HHH O; 2HEP A; 4KHP O; 1MSD A; 1OCZ B; 2EJ7 A; 4J80 A; 1FJG B; 4PA4 A; 4DUY O; 3TK1 A; 1GM9 A; 3HKE B; 2F93 B; 3SYO A; 2UUC O; 2QEX V; 4JI5 O; 1QU7 A; 1IBL B; 5EC2 C; 4FVM A; 2WLK A; 4DV4 B; 3B40 A; 2UXC O; 2W6I G; 2E76 B; 2DW4 A; 4Q20 A; 3CC2 V; 1YEW A; 5LHG A; 1NH2 B; 3IFX A; 4KP4 A; 3OT7 A; 3ASO C; 3BEH A; 4AIL C; 4DV7 B; 4PV1 B; 4DR7 O; 3CJH A; 1N33 B; 3B8N A; 2NR5 A; 4RO2 A; 4ZBM A; 1SF9 A; 2RCV A; 3WG7 C; 1JA8 A; 3BPZ A; 2CGO A; 2GDS A; 1N32 B; 1JJO A; 2RMK B; 4JI1 B; 3OTO B; 4YHH B; 2VWJ A; 4YY3 O; 1M1K W; 5FPR A; 3K9S A; 1HNX O; 3A0H Z; 1S5J A; 4JI8 B; 3JAL B; 4FM1 A; 4FJC C; 4FFB A; 1JCH A; 2B1G A; 1OV9 A; 1K4D C; 4U7O A; 1W59 A; 4NVP A; 5B3S B; 4R8C A; 1OCR C; 2HVJ C; 4FFK A; 1R6K A; 4JTD B; 4TQD A; 2IU3 A; 3TXQ A; 4L87 A; 4OX9 O; 4D6T H; 3OTF A; 4AI8 A; 4NXM O; 3HKB A; 2GUZ B; 2PUS A; 2WLI B; 2RNB A; 3UKM A; 1NR7 A; 1WA8 B; 3M99 B; 4CH3 A; 2PI4 A; 5CA1 A; 1YVW A; 1N36 O; 4UB8 Z; 4DR3 B; 1IJG A; 3AG3 B; 5EBM C; 5JH7 B; 1I5X A; 3P32 A; 1PNL A; 5KUM A; 5LGN A; 2ZD9 A; 1IBM B; 4DR2 O; 3AK1 A; 1RPR A; 4O2B A; 5DEC A; 2HJF C; 5CA1 B; 1B06 A; 3MD0 A; 3OD4 A; 3E89 A; 3D3Q A; 4NR1 A; 5B1B C; 1ZSP A; 3S3X A; 4JZ2 A; 4ZI7 A; 3D36 C; 5LMN B; 4X1Y A; 2CE4 A; 5AG2 A; 3UCS C; 1Q90 D; 3I55 V; 2AHY A; 3JAK B; 2EJR A; 5BMV A; 2FKX A; 5B1A B; 3G6B A; 4WFE A; 4JGS A; 5LXT B; 4PA9 A; 3CCS V; 2AW9 A; 4F4L A; 1K8A W; 1XMQ B; 3KCX A; 2ODM A; 3ABL B; 4X1Y B; 2BTO A; 2P4V A; 5KAI Z; 2YC0 A; 3MHS C; 3CB2 A; 4DRX B; 2BOC C; 5F2V O; 1QQC A; 1NVP B; 1BZK A; 1F51 A; 3OEE G; 4B3S O; 4NXN O; 3IC9 A; 1M56 B; 1S5L Z; 4LH7 A; 4X64 O; 2QWN B; 5KLV H; 2EIL C; 3ZCC A; 3AG7 A; 4X65 B; 4UCO A; 3ETD A; 4TV9 A; 3OMI B; 4JI3 B; 1I7F A; 2P5O A; 3LSS A; 2QSA A; 3SJC C; 2DE0 X; 5KA5 A; 1SQP H; 3ZHR A; 2K9P A; 1R3K C; 2LO1 A; 4I7Z B; 4L8J A; 5EK0 A; 4I55 A; 2ZKO A; 2CDY A; 3KG2 A; 3L75 H; 3SJQ C; 3J7A U; 1N0N A; 2YIA A; 3CCR V; 1O9H A; 3SPH A; 2IJH A; 1P84 F; 3EVK A; 2CAZ C; 4D7S A; 4DR6 O; 2QWQ B; 5H9C A; 3U11 A; 4WFG A; 3CXC U; 3FB8 C; 4E4E A; 3HKD A; 3FYE B; 2ZE5 A; 2Z3Y A; 4I55 B; 1IZ3 A; 3O9O A; 3U10 A; 1UPG A; 4PI2 A; 2DWD C; 1FPO A; 5JJJ B; 4UV8 A; 1MSW D; 4X20 B; 3DC6 A; 1SER A; 4O4J B; 4DV0 B; 2HG5 C; 4U7N A; 4LFA O; 4H33 A; 4CH5 A; 4F6E A; 2RDC A; 1L1F A; 1RM1 B; 5B3S C; 2YDE A; 4JI6 B; 5EBL C; 3CRM A; 1PNM A; 2GTA A; 4DO2 A; 5BXZ A; 1O9G A; 4WFF A; 2OTL V; 4FPP A; 2JGU A; 2UUA B; 2HVK C; 4P9P A; 1AI4 A; 2Q67 A; 4ICG A; 1NKD A; 1AR5 A; 5LA6 B; 1B6Q A; 4MT8 A; 1SC5 B; 3RYF A; 4DV6 O; 1NS1 A; 1AI7 A; 1BMF G; 3FB5 C; 4G28 B; 5J2T A; 2AHZ A; 2GHY A; 3SPI A; 3CS5 A; 4B3T O; 4JI7 O; 4IIJ B; 2XND G; 4I9Q A; 3E86 A; 5CMU A; 1V54 C; 2CK3 G; 3JAM N; 3AG3 C; 4FLT A; 1V55 B; 1FAF A; 3OAA G; 3TGU H; 3RGB A; 5BR8 O; 4DV5 O; 2AZ2 A; 2LGW A; 1IUR A; 2YI9 A; 4CC5 A; 2K1E A; 1DTO A; 3RFR A; 1R1B A; 3ZED A; 1NQT A; 4K0K O; 4PDL A; 4UVB A; 3SYP A; 1EFR G; 3K0D A; 4LFB B; 2QR4 A; 2XT9 A; 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