The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
134
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sequence length |
383
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structure length |
376
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Chain Sequence |
TPRGFVVHTAPVGLADDGRDDFTVLASTAPATVSAVFTRSRFAGPSVVLCREAVADGQARGVVVLARNANVATGLEGEENAREVREAVARALGLPEGEMLIASTGVIGRQYPMESIREHLKTLEWPAGEGGFDRAARAIMTTDTRPKEVRVSVGGATLVGIAKGVGMLEPDMATLLTFFATDARLDPAEQDRLFRRVMDRTFNAVSIDTDTSTSDTAVLFANGLAGEVDAGEFEEALHTAALALVKDIASDGEGAAKLIEVQVTGARDDAQAKRVGKTVVNSPLVKTAVHGCDPNWGRVAMAIGKCSDDTDIDQERVTIRFGEVEVYPPDDALRAAVAEHLRGDEVVIGIDLAIADGAFTVYGCDLTEGYVRLNSE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-Ray Crystal Structure of Ornithine Acetyltransferase from the Clavulanic Acid Biosynthesis Gene Cluster.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Streptomyces clavuligerus
|
| molecule keywords |
ORNITHINE ACETYL-TRANSFERASE
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| total genus |
134
|
| structure length |
376
|
| sequence length |
383
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.1.35: Glutamate N-acetyltransferase. |
| pdb deposition date | 2004-05-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01960 | ArgJ | ArgJ family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase | L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YEP A; 1VZ6 A; 2DRH A; 3NDV A; 2YEP B; 2YEP F; 3TM2 A; 3IT4 A; 2VZK D; 1VRA A; 3AXG A; 3IT4 B; 1VZ7 A; 3N2W A; 4IHE A; 1VRA B; 2VZK A; 3N33 A; 2VZK B; 3IT6 A; 2V4I A; 4IHD A; 3IT6 B; 1VZ8 A; 1B65 A; 2V4I B; 3S3U A; 3NFB A; 3TM1 A; 3N5I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2G4D B; 3NS1 A; 4RGO S; 5JXV A; 1Q5W B; 2MBO A; 2JPH A; 4XDC A; 3OWE B; 1L7Y A; 1FNV A; 4YT0 B; 4ICV A; 4HKZ E; 3A9K A; 1B9R A; 2KFJ A; 2FAZ A; 3N30 A; 3P1M A; 2AL3 A; 2PKO A; 1WXQ A; 2X8X X; 3MFG A; 3ZJU A; 5GXG B; 1WGK A; 4WJP A; 2D2Q A; 2JRH A; 2LHD A; 3PRE A; 4F1S A; 4HRO A; 3PZ8 A; 5KHO A; 1SE9 A; 5AUK A; 4E71 A; 1QT9 A; 3QIJ A; 2VRR B; 1YQ3 B; 1D5M C; 2G1E A; 3VR8 B; 2M0X A; 1B65 A; 1C1Y B; 1EF5 A; 2ZZP B; 3DWM A; 4JE3 B; 4K3B A; 2DLB A; 4WAA A; 4C4V B; 2LUM A; 1VZ6 A; 1EO6 A; 4IM3 A; 2IPK D; 4C7Y A; 2UU7 A; 2M0A A; 2LEK A; 1I4X A; 1NDD A; 1C4C A; 4ZRJ A; 2HDE A; 5IAA C; 1B1Z A; 4LDT B; 4CHK A; 2BTE A; 5EE1 A; 1EM7 A; 1UEL A; 2EMS A; 4XGA B; 3OJ3 A; 4PS7 A; 3KVF B; 3OG5 A; 4MDK E; 1HE8 A; 2C60 A; 2AWT A; 1SJH D; 1QQR A; 3N32 A; 3OAW A; 1GJZ A; 5EE0 A; 4LJO B; 1P9D U; 1ZDX A; 4DHJ D; 4OVU A; 4HDO A; 2WDQ B; 2IDY A; 4JWU C; 4ZYN A; 2PE9 A; 1YN3 A; 2L8J A; 2LRU A; 2BGF A; 3AXC A; 1E7V A; 2MLB A; 3NG0 A; 1BXT A; 4A8X C; 1H8C A; 4YTP B; 3FKY A; 2RDG A; 3A4S C; 4II3 B; 2AQ1 B; 4I6N B; 3NFB A; 5E6P A; 2RDH A; 4C80 A; 5LLI A; 1TT5 B; 2D3C A; 2IGG A; 1C3T A; 3AEG B; 2MJD A; 2PVO D; 5AZH A; 3VFK A; 3C0R B; 5H92 C; 2RPV A; 4RH6 A; 4XC2 A; 3ZTD A; 1N62 A; 2KWU B; 3W5V B; 4TMA B; 3AN1 A; 3Q8F A; 3BK1 A; 2KHW B; 2QJL A; 3Q6B A; 2NPT A; 4R3D A; 5IKC M; 3I63 C; 2LGX A; 2VH2 A; 3HM6 X; 4NAW B; 4ICU A; 2GBJ A; 4W9I A; 4NJ6 A; 2KWC A; 2XN9 C; 4A3O A; 3ETR A; 3QJZ A; 2LHE A; 1V5O A; 4BBN F; 5H8Y E; 5AUI A; 4A55 A; 3NVZ A; 4JLC A; 3Q8A A; 4KIK B; 3SEB A; 2RGF A; 5EDS A; 2WU2 B; 1GPX A; 4FHJ A; 3Q69 A; 1XLQ A; 3R8B A; 2W54 A; 2Y5C A; 2WHI A; 1KH0 A; 1UWM A; 3Q3N C; 2KMC A; 3T3N A; 1T0R C; 1C4P A; 3SFE B; 3P4Q B; 2GBN A; 4HPL B; 3URY A; 3RT3 B; 3VDZ A; 4KGR A; 4WQM A; 2JZ3 B; 2XEW A; 3RNG C; 3PRZ A; 1I4P A; 4LNK A; 5G5H A; 3B2G A; 3W2D A; 4IG7 B; 1XQQ A; 2AEH A; 2PEA A; 2EKI A; 2KYW A; 2KQ4 X; 2QSD A; 2DBY A; 1DYQ A; 1XXG A; 3GP7 A; 1LXD A; 2DRH A; 2WXG A; 1DOY A; 2LAS A; 3WAP A; 2AQ3 B; 4MJS B; 3KUC B; 1D3Z A; 4A3P A; 3CWI A; 3ZNH B; 3VRB B; 4ZHO A; 1MPE A; 1PYW D; 2WXM A; 3BYY B; 1K53 A; 2LXA A; 3N1X C; 2L1A A; 3PZD A; 4C4V A; 4OZC A; 2KTR B; 1GNU A; 3AV8 A; 2KN4 A; 4L23 A; 4YXD B; 4HCN B; 3EA6 A; 3EGR A; 3GZN I; 4KKJ A; 2BWE S; 4BZA A; 2PJH A; 3IVF A; 2NTS A; 3S2A A; 3DOW A; 2VZK D; 3IXS A; 3Q3M C; 3AE1 B; 1I4G A; 4FHK A; 1WJU A; 4BKG A; 2PE6 B; 4AUQ C; 2KAJ A; 1L4D B; 4D2K A; 1WZ3 A; 3N20 C; 1FNW A; 3QX1 A; 3HHM A; 2MW5 A; 3MJ5 A; 1UH6 A; 1JWU D; 4B95 A; 4M02 A; 2WXK A; 4B9K A; 4HPM B; 4JL9 A; 4JWS C; 3VTV A; 1V97 A; 1VRA B; 1ROE A; 4N59 A; 5EE3 A; 4WWN A; 3PS6 A; 2PTL A; 2WX1 A; 3IT6 B; 1TY2 A; 2KLC A; 4HCP B; 1RM6 C; 2O2V B; 1WGD A; 3JW0 X; 2AL6 A; 1U4A A; 1V2Y A; 2KMM A; 4HEA 1; 2KC1 A; 4C56 C; 4XZ4 A; 1E0Z A; 1TKY A; 1MHX A; 2Z0E B; 4MAC A; 2WU5 B; 5FK9 C; 2JY6 A; 3C8Y A; 1WE6 A; 1P0R A; 4AOF A; 1PFD A; 5GMV A; 3VVW B; 2N9X A; 2IGH A; 3QK0 A; 2N7J A; 3AU4 A; 1E7P B; 3P4P B; 3Q8B A; 4DXF A; 1WJ4 A; 1L0Y B; 3NS8 A; 3TSS A; 3UIO B; 4HRS A; 3DPD A; 3MTN B; 2V3S A; 2GMI C; 5E6J A; 3U8Z A; 1WE7 A; 1I4H A; 1K50 A; 2QIE B; 4K7S A; 1N6Z A; 1WM2 A; 2ON8 A; 4QAY A; 1L6V A; 1P7E A; 2M8S A; 2O6V B; 4LK0 M; 4WUR A; 2L0F A; 2KC2 A; 1JWS D; 2DZK A; 5BYS A; 1WRD B; 3L4P A; 3VUY A; 1D4B A; 2XBB C; 3ZJT A; 2WWZ A; 3CST A; 2QDF A; 4NAW A; 4G3X B; 3AED B; 2LXC A; 3DVG X; 3DVG Y; 3Q3O C; 4MEL A; 2KTF A; 2NCN A; 3NVV A; 1RYJ A; 1QF6 A; 3IFW B; 4PS3 A; 2W3R A; 1GC7 A; 4IW0 A; 4ZYS A; 3RZW C; 1PUT A; 1E8Z A; 2RD0 A; 3N3K B; 3QAQ A; 3R3M A; 2ONQ A; 2BQQ A; 4KIK A; 4MEM A; 2LZ6 A; 3DHH C; 4LJP B; 4JPS A; 2D10 A; 4W9E A; 3L10 B; 2QCZ A; 2E6X A; 3PRP B; 1VD2 A; 4LNN A; 3NZU A; 1FXI A; 2IZV B; 3TM1 A; 4AJY B; 1SJE D; 1STE A; 4RM8 A; 4ZOH C; 1ZP0 B; 3A1Q B; 1XCT L; 4J6I A; 4M8N A; 1FMA D; 3E56 A; 4REZ A; 3AUL A; 2JF5 A; 1K51 A; 3IT4 B; 3QAR A; 2BWF A; 4FUL A; 3JSV B; 4XWW A; 1OEY A; 3DVN V; 1DOI A; 3Q3F A; 3HM3 A; 3D32 A; 3Q8E A; 3W1Y A; 2RR9 A; 2DYB A; 1ET6 A; 1R7S A; 1ESF A; 1Z2M A; 4RNA A; 4RMA A; 4JIO U; 1ISN A; 1YD8 U; 2BT6 A; 2INC C; 3KLS X; 3NVY A; 2KDM A; 3B1L X; 4HLE A; 4MJS A; 1K52 A; 4PYZ A; 2N9K A; 1DOX A; 2WXO A; 4II2 B; 3W1S C; 3H8H A; 1ZXI A; 1RRB A; 1ET9 A; 2ACZ B; 2KFK B; 1R4M B; 2NTT A; 4HK2 A; 2WYQ A; 4BKS D; 2WXJ A; 2TSS A; 4IKG A; 2ICI A; 3I3T B; 2KTR A; 2W55 A; 2L0T A; 3O13 A; 2KJH B; 1WM3 A; 3DBH I; 3W1S A; 4ANU A; 2V4L A; 3ZUN A; 2JVC A; 3MHZ A; 1WH3 A; 1OTR B; 1FCL A; 1WJ6 A; 1PQS A; 5C2T B; 1VZ8 A; 1FEH A; 4A20 A; 3HVD A; 2BS2 B; 3L17 A; 4LTU A; 1WXS A; 5D3D A; 4KVG B; 1WXM A; 1A5R A; 2MH7 A; 4NQK E; 2HD5 B; 3ZNI D; 1F9J A; 3TCA A; 1VRA A; 3AXG A; 1AWD A; 1K8R B; 4NJ7 A; 4HDQ A; 1SXT A; 2PPH A; 4GOC A; 2KN5 A; 5BO4 B; 3IHP C; 3IT6 A; 4BKT A; 4NY0 A; 2L7R A; 2JZP A; 2DYM A; 2O2V A; 2LUE A; 2DWQ A; 3K9P B; 3TBL D; 1J19 A; 4NJC A; 2KVZ A; 4P1B C; 1KFY B; 2IY0 B; 3X23 A; 2X38 A; 4DHZ E; 3GS2 A; 1NYR A; 2ZCB A; 1F0Z A; 1XLN A; 1PGB A; 2KDF B; 2I38 A; 1WJN A; 2D5G A; 1V80 A; 2FE8 A; 2INP E; 3VR9 B; 4C7Z A; 2BS4 B; 2MCN B; 2LWP A; 1TIF A; 5DPR A; 3NDV A; 1NI2 A; 4MSQ B; 5HFY A; 3SU8 X; 1XEE A; 1OQR A; 2G3Q B; 4G0N B; 1L5P A; 1LM8 B; 2V1Y A; 1JWB D; 2WXP A; 4FA6 A; 1V49 A; 2CU3 A; 2K9X A; 3BII D; 3RCZ A; 1IYF A; 3RNB C; 3Q3J A; 2CHZ A; 2FCM A; 1E8W A; 3GB1 A; 5DPT A; 2WLB A; 4O1N A; 1HTQ A; 2O6V A; 3RNA C; 4WQO B; 1XCQ L; 4DBG A; 4BOZ B; 4N6E B; 4M8M A; 4CO7 A; 1TS2 A; 1ZPS A; 3VRA B; 5TSS A; 3ZO5 B; 5IP4 D; 2AQ2 B; 2LGI A; 1SF0 A; 4CQN A; 2D3G A; 1SB3 C; 2L32 A; 2E3T A; 3H1U A; 1WZ0 A; 2J42 A; 4JGH B; 3HUI A; 4ZDV A; 1KLG D; 4YSZ B; 4ANW A; 2DYO A; 3PT2 B; 2JYT A; 1SGH A; 3ONS A; 1J7B A; 4YWG G; 3SHQ A; 3T9L A; 2HE7 A; 2K6D B; 4K1R B; 2BVC A; 2ZW0 A; 4OW0 A; 2OED A; 4YTN B; 5G2N A; 2BYV E; 2IO2 B; 2LVQ A; 3GOE A; 1CMX B; 1E7U A; 1V8C A; 3ZXV A; 4IUM B; 3RMK C; 3A1Q A; 1C79 A; 5JH5 C; 3H9D A; 3IT4 A; 4KV2 A; 3M95 A; 3JSV A; 4P1C C; 2FCN A; 4GDK B; 5G5G A; 1FO4 A; 1TKG A; 3MP9 A; 1T0Q C; 4W9D A; 3RNE C; 5HKH A; 4IWO A; 1R4N I; 3RFZ B; 1M94 A; 3PO0 A; 3P4S B; 4MGK E; 3DQV A; 4UDU C; 3L0W B; 2FUG 1; 3SD5 A; 2AYO B; 3NZS A; 4BAX A; 2AX5 A; 3HK0 A; 2KFK A; 4W9L A; 5E6O A; 2MBB B; 3ZW3 A; 2KJR A; 2BPS A; 2WXN A; 5D6J B; 2KNB A; 2BKF A; 1WXA A; 3RUI B; 3BIN A; 1FPY A; 2MQJ A; 3NZ3 A; 1C4A A; 2MHJ A; 2BYE A; 3PVL A; 1TYG B; 1VJK A; 2J52 A; 2OOB B; 4WIP A; 4LNO A; 5MPO A; 2N1V A; 2C7N B; 5IOI A; 2IO1 B; 1L6U A; 1ZKH A; 1WGR A; 2J7Q B; 1DGJ A; 2MBH A; 1WFY A; 3HIZ A; 4IM2 A; 5AZF A; 1L2N A; 2WP9 B; 2V3N A; 2YEP B; 1EWY C; 2BYT A; 3SFD B; 2K8C A; 3NHE B; 1LQB A; 3QCA A; 4BVU C; 2RPQ A; 3IBE A; 4E3C A; 2GBR A; 1UGJ A; 2MJE A; 1TGZ B; 1V86 A; 1QOG A; 4KGT A; 3FIL B; 5J17 A; 1I4R A; 4MH8 A; 1SE2 A; 2DZM A; 1YJJ A; 2JWU A; 3H7S A; 1TZ1 A; 3TEY A; 3P4R B; 1YX5 B; 4RF1 A; 1QOB A; 1VZ7 A; 3RPF C; 1E9M A; 1F1H A; 2K1F A; 1WGG A; 2L3Z A; 4HPP A; 4KZC A; 3DBL I; 4LCD E; 3I5J C; 3K9O B; 1HTO A; 2JU6 X; 5I4D A; 1GC6 A; 4MGY E; 3UGB B; 1YJ1 A; 3EHV A; 3L16 A; 3R2T A; 2N7E A; 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