The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
232
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structure length |
232
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Chain Sequence |
SGMEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLDNLLRPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLLHMKDLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of human XLF/Cernunnos reveals unexpected differences from XRCC4 with implications for NHEJ.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Non-homologous end-joining factor 1
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| molecule tags |
Recombination
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
59
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| structure length |
232
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| sequence length |
232
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09302 | XLF | XLF-Cernunnos, XRcc4-like factor, NHEJ component |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
| Mainly Beta | Beta Complex | Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 | DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M5I A; 1IK9 A; 3RWR D; 3MUD A; 3RWR A; 5CJ4 A; 1FU1 A; 4XA4 A; 3SR2 A; 3SR2 C; 2QM4 A; 3II6 A; 5CJ0 A; 5CHX A; 1KU9 A; 2R9A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PV0 A; 2E76 B; 5KUM A; 1MSW D; 1VQN V; 4LP8 A; 3VQY A; 4TT3 G; 1OCO C; 2LW1 A; 2H94 A; 5KAF Z; 2RMK B; 4X1I A; 4DUY O; 4J42 A; 3ABK B; 3SPJ A; 5LOV A; 1FS0 G; 2YXY A; 4FVM A; 4DUY B; 2EIN B; 1PPJ H; 4LFC O; 5B1O A; 2E3C A; 2QTS A; 3CJH A; 5DM6 V; 1BHA A; 3LUT B; 2Q73 A; 4J10 A; 4DV3 B; 4JYA B; 4PA6 A; 1XOU A; 4GFA A; 1SA0 A; 4F4L A; 2GDS A; 4X1Y B; 1GK9 A; 2EIJ C; 3K0G A; 3L72 H; 2JS3 A; 4CKM A; 2LO1 A; 5CMU A; 2M7W A; 2BTQ A; 4LNU A; 3ABM B; 3CPW U; 3SYP A; 5BY1 A; 3VBB A; 4MVO A; 3FB6 C; 1WA8 B; 4XDL A; 4X1I B; 1GM7 A; 2UUC B; 3H01 A; 3HPL C; 2HJD A; 4MTX A; 4PI2 A; 4U3F H; 5DEC A; 4U7N A; 3ZRS A; 3II6 A; 4LF6 O; 2BE3 A; 2WLK A; 3DSQ A; 2UUB O; 3C90 A; 3CS5 A; 1KQS U; 4LF6 B; 4GEX A; 2YUA A; 2V1D A; 3H1I H; 3HB3 B; 2DE0 X; 3DXR A; 2ITD C; 3W7U A; 1ZLZ A; 2UUB B; 4RO2 A; 2F95 B; 3CME V; 4DUZ B; 1NU1 H; 1YVW A; 4ZKI A; 3CEI A; 1SA0 B; 1JOY A; 1IK9 A; 3P32 A; 1K92 A; 2CTW A; 3E8B A; 4DR1 B; 3KZI Z; 5CBH A; 5IE9 A; 2QM7 A; 2ZE8 A; 1WPX A; 4QE7 A; 3AK3 A; 1Q43 A; 2LW7 A; 5B66 Z; 4CH4 A; 2BTQ B; 3AK1 A; 4LNU B; 3F5T A; 1QNM A; 4NTX A; 3Q0X A; 5IY5 B; 2EIK C; 1R73 A; 4DV4 O; 1K5S A; 3BEH A; 3FKS G; 4DR3 O; 5EC2 C; 1VQ8 V; 5HFM A; 4JI7 O; 1M56 C; 4EEQ A; 3G71 V; 4DR4 O; 3SYC A; 2P06 A; 3JD2 A; 4DR3 B; 5C93 A; 1I5Y A; 5KAI Z; 4JI7 B; 4DR4 B; 2DQ3 A; 5E1A C; 1SF9 A; 4GZR B; 1AP5 A; 3LNM B; 1EFR G; 5CA0 B; 4RUF A; 5J2T A; 4OPH A; 2QE7 G; 2ZM6 B; 2X6A A; 4EB6 A; 3AG4 C; 4ZOL B; 1VQ6 V; 1QBZ A; 5KA6 A; 3N2K B; 4TV8 A; 4KUM A; 4LF9 B; 4GKJ O; 1WN7 A; 2PF4 E; 3IC9 A; 3QVN A; 3N27 A; 4FIP C; 2UXD O; 1XL6 A; 5FNV A; 1PNK A; 4UUJ C; 1F7Y A; 1JA8 A; 3K5O A; 3K57 A; 1TVK A; 3L75 H; 1H2L A; 1RP3 B; 1Q86 W; 1S5L Z; 4K8X A; 1W59 A; 3JSL A; 2AW9 A; 1H2K A; 4J80 A; 1MA1 A; 1ZSP A; 3TJT A; 1KBH A; 2PUS A; 1JPX A; 3UKM A; 1AR5 A; 3C3S A; 1QLE B; 1PNM A; 2F4V O; 3F7V C; 1FAF A; 1G8M A; 4JYC A; 2LJ2 A; 4DV1 B; 3B8M A; 2F4V B; 4QGP A; 4BW9 A; 5J2T B; 3VQX A; 4CH5 A; 4LF8 B; 2Q0A A; 3FFQ A; 3KCY A; 5LGN A; 2YIC A; 4DR5 O; 1FD9 A; 2PI4 A; 3RWR D; 1AR1 B; 1OCZ B; 2YI8 A; 1KD1 W; 4NKG B; 2MK3 A; 1KP2 A; 1V55 B; 3ZMV A; 1F4M A; 1UPG A; 4JI2 O; 3AG1 C; 4DR2 B; 3T1H O; 5CB4 A; 4H37 A; 1FJG O; 5L3E A; 4JI2 B; 2L6L A; 2KSD A; 1TVK B; 3E83 A; 1NS1 A; 1VEW A; 3HKB A; 3T1H B; 1MG1 A; 1FJG B; 2DYR B; 3SPI A; 3B2E E; 2UXC O; 1N36 O; 2P22 C; 3K06 A; 4UVB A; 2Y3V A; 4JV5 O; 2QTO A; 1KYO F; 2FML A; 1I7F A; 1WPB A; 2OCH A; 1N36 B; 2XAS A; 5IJ9 A; 1YTF B; 4JV5 B; 3I56 V; 3RYI A; 1YI2 V; 4O4J B; 1X4T A; 4MW3 A; 2LGQ A; 1W0J G; 1DLB A; 2Z3Y A; 4X62 O; 2EUL A; 1NH2 D; 3ZRW A; 4FM0 A; 3LNN A; 4J7J A; 3CC7 V; 2B9Z A; 1W0K G; 2X7R B; 1IBM O; 3MDS A; 3SJA C; 1Q6I A; 1B04 A; 2P4V A; 2RCV A; 5LBQ A; 3WG7 C; 4UCV A; 1IVS A; 3T2M A; 3CCV V; 5BMV A; 1Q7Y W; 1NJI W; 4DW1 A; 4J7Z A; 2JEX A; 3OTO B; 4L8J A; 4E2L A; 4X89 A; 4QE9 A; 1JVM A; 2YEV A; 3ASO C; 1SES A; 4JTA B; 4U7O A; 3HKD A; 3JD4 A; 3G80 A; 5CB4 B; 1MZE A; 4KHP B; 2PTM A; 2JK5 C; 4MW8 A; 3R66 A; 2QGN A; 4DR6 O; 4GLX A; 4R8C A; 2DYS C; 4I0X A; 4DO2 A; 1MZF A; 1L0N H; 3D36 A; 2LFR A; 4LBE C; 4DR6 B; 1U96 A; 4N21 A; 3RYH A; 1S0V A; 5IWA B; 3RYI B; 2JDI G; 3OGI B; 4FLY A; 5H6Q A; 2VQE O; 1Q6H A; 3JAS A; 3KG2 A; 2CTP A; 5H6R A; 2Y69 B; 3HKE A; 1BMF G; 3ZRW B; 1SQX H; 5KHG A; 4IHJ A; 2VQE B; 5IYD O; 3CX5 F; 1NZ6 A; 4LC1 A; 4LH6 A; 1AP6 A; 2ZR2 A; 1MMM A; 3DTU B; 1Y6X A; 5BMV B; 2UUA O; 2C2A A; 2XAQ A; 1ZAU A; 3PN1 A; 4GUN A; 3ZMS A; 1N32 O; 4UXN A; 3J80 N; 2YI9 A; 1HDJ A; 2UUA B; 2UXN A; 3LSU A; 2EIM C; 4HYO A; 2V4D A; 1S76 D; 3O65 A; 2YEV B; 4QPJ A; 4BAY A; 3T4D A; 1YXB A; 1NTM H; 1Q3E A; 2QWO B; 2IW5 A; 4FZ1 A; 2BSK B; 1R3J C; 3JAM N; 4FFB A; 2P6J A; 4HBN A; 1B6Q A; 2WA3 A; 4I55 B; 3FAV A; 2KG7 B; 3T4Z A; 3JAL A; 3RYH B; 2Q7G A; 1XMQ O; 2HEP A; 2NN4 A; 2WLL A; 2Q7H A; 2JIZ G; 5D5Q A; 2F66 C; 4Z2W A; 2WLH A; 2LGW A; 1SKV A; 1XMQ B; 2HP8 A; 5BZB A; 5LP6 A; 1Y66 A; 3HKE B; 3JAR A; 4I4T A; 3OD4 A; 4O4L B; 1G1X B; 4W4L A; 3K9A A; 4GEU A; 1BS3 A; 1PNL A; 1H2S B; 4CC5 A; 1AI7 A; 3ZHQ A; 1K33 A; 3LDE A; 4OGQ B; 3BFR A; 1L1F A; 1HW7 A; 1AI4 A; 1GN6 A; 1NQT A; 1N33 O; 3RW0 A; 2FL4 A; 4P9P A; 1SRY A; 3E89 A; 1N33 B; 3BPZ A; 2B5U A; 4LCU C; 1ARO P; 4Z1V A; 4D7S A; 1MNG A; 3E86 A; 4CBC A; 1YJ9 V; 4B3R B; 2ZT9 B; 1NT2 B; 3K5N A; 1Y76 A; 1BGY H; 4Q20 A; 4EKW A; 2WLL B; 2CE4 A; 4LWS B; 4P30 A; 3CXC U; 1FXV A; 2CUG A; 2P67 A; 2LP7 A; 5EYP A; 5LP6 B; 3JAW A; 3JAR B; 1ZTE A; 4XA4 A; 1P84 F; 4WBN B; 3APO A; 1WP8 A; 2N04 A; 2W6J G; 5B1A C; 3AG7 A; 1RM1 C; 1DGS A; 2D3O W; 4P9O A; 1XL4 A; 4X9Q A; 3TXQ A; 1K4D C; 2K9P A; 3RBZ A; 2E5L O; 1I0H A; 3D3I A; 4UCR A; 2EX3 A; 1VAR A; 4DXW A; 4UCO A; 3ABU A; 3CRM A; 2E5L B; 3LDD A; 3OMA B; 4JYB A; 4X1K A; 3L74 H; 3AG2 B; 3TGU H; 4FJC C; 3STL C; 3X2Q B; 4JI3 O; 2QKS A; 3Q4H A; 4H33 A; 4DV7 O; 3SGI A; 4FLX A; 1XMO O; 2EIL C; 2OCC B; 3J7A U; 4JI3 B; 4JTD B; 4XDK A; 4B3S O; 4O2B A; 1XMO B; 4X66 O; 3A0R A; 1KKC A; 1YJW V; 1EBO A; 4K35 A; 5KUK A; 3M7M X; 1M1K W; 3BA9 A; 1VF7 A; 1NI8 A; 2Y0P A; 5B1B B; 1SQB H; 1DF5 A; 2VRZ A; 4Z1M G; 3E8F A; 3FYI B; 1Q82 W; 3G67 A; 2Z0A A; 1KUQ A; 1IZ3 A; 1Q5O A; 1FKA O; 3ABK C; 5LYJ A; 3CCE V; 1YHQ V; 4JI8 O; 1PD3 A; 4GCZ A; 3OR6 C; 5J2U A; 4DV2 O; 4JI8 B; 1H8E G; 2YXH A; 3DGE A; 3Q4H B; 1L8D A; 3JSN A; 1B06 A; 1H8H G; 3U10 A; 3QF7 A; 3K04 A; 1ZX3 A; 3CE2 A; 3ZX6 A; 4FLT A; 3THO A; 2XTA A; 5FL7 G; 1WLE A; 2HFE C; 5GTI Z; 5L3F A; 3SJC C; 4DV6 O; 4X88 A; 4GKK O; 3UM7 A; 1JX9 A; 4I5S A; 3EVK A; 3CD6 V; 2F23 A; 1TUB A; 2H3O A; 5JCO C; 1ZL8 A; 2VS0 A; 2PY5 A; 5A2Q N; 2QWP B; 4F6R B; 2P5O A; 1R6T A; 4J9Z B; 2WLI A; 3I5D A; 1JMK C; 2XND G; 5LA6 B; 4LFC B; 1AJP A; 3M8A A; 3S3W A; 3JD3 A; 1M5I A; 1ROP A; 4AIL C; 3K9S A; 1WAZ A; 2UXB O; 1VIB A; 3NXS A; 3CYO A; 4CH6 A; 3GVM A; 2JJ1 G; 1N34 O; 4KFM A; 3IAY A; 1VF6 A; 1I08 A; 3TET A; 3NR7 A; 4R50 A; 1RSO A; 5IYZ A; 4UCS A; 1N34 B; 4DV0 O; 3CSX A; 5H9C A; 4MTO A; 3ZS8 C; 4BW5 A; 5BR8 O; 3ETD A; 2FKX A; 2Q5Z A; 1F23 A; 4B08 A; 4DV0 B; 1NTZ H; 1VQL V; 1N4C A; 3TXS A; 5BR8 B; 1I94 O; 1VQM V; 3BAA A; 5LOV B; 1IXB A; 2BCC H; 4AHC A; 1I94 B; 5DED A; 5LMU O; 2WLI B; 3OFN G; 2DW4 A; 2XAG A; 3B8N A; 3ZRV A; 3CJH B; 5IY5 C; 5LMU B; 4JI4 O; 1YTF D; 2HR3 A; 2P4K A; 5CN0 A; 4JI4 B; 1HNW O; 3WB1 A; 2GUZ A; 5BXZ A; 2EIJ B; 3IJ4 A; 5JH7 A; 1XQ8 A; 1PL4 A; 2QJ1 A; 2ZKO A; 3SDL A; 3APQ A; 4YIO A; 3SPG A; 5IJ0 A; 1RSO B; 5IYZ B; 2NR5 A; 1D2D A; 2ZIM A; 1M57 C; 4DW0 A; 1GMG A; 1R3I C; 4ZI7 A; 4PDM A; 2R9I A; 2JRI A; 1Y74 A; 1TGO A; 2YSU B; 2EBO A; 5K1P A; 1FXK C; 2GSM B; 4DV4 B; 2WLM A; 2WA4 A; 1XNR O; 1Z5V A; 4BR6 A; 4LH7 A; 3ZED A; 1TA8 A; 3CRR A; 2RDC A; 3SYQ A; 1XNR B; 1SS3 A; 3MHH C; 3H9V A; 2OTL V; 3GB7 C; 3DXR B; 4IGG A; 4AI8 A; 4TV9 A; 4LF7 O; 1R1B A; 2ZIN A; 4P2Z A; 1S77 D; 2N05 A; 4GX1 A; 2PI5 A; 1NR1 A; 4GX5 A; 4LF7 B; 4HAM A; 3RVZ A; 3SYA A; 5JH7 B; 1JJ2 U; 4NXM O; 1JCH A; 2JS5 A; 4GKJ B; 3ZMZ A; 3C3T A; 3WB0 A; 2Q0O C; 4R6Z A; 5CBF A; 1KEC A; 3JCZ A; 4C7U A; 2UXD B; 1BT8 A; 1GN3 A; 2BOB C; 4J41 A; 2CGO A; 4UCU A; 2Q4P A; 2AZ2 A; 1FFX A; 5KX5 A; 2EIK B; 4B7E A; 3L70 H; 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