The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
206
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structure length |
206
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Chain Sequence |
SSSEIKIVRDEYGMPHIYANDTWHLFYGYGYVVAQDRLFQMEMARRSTQGTVAEVLGKDFVKFDKDIRRNYWPDAIRAQIAALSPEDMSILQGYADGMNAWIDKVNTNPETLLPKQFNTFGFTPKRWEPFDVAMIFVGTMANRFSDSTSEIDNLALLTALKDKYGVSQGMAVFNQLKWLVNPSAPTTIAVQESNYPLKFNQQNSQT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and kinetic studies on ligand binding in wild-type and active-site mutants of penicillin acylase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Penicillin Acylase alpha subunit
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
65
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| structure length |
206
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature |
ec
3.5.1.11: Penicillin amidase. |
| pdb deposition date | 2001-10-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Penicillin Amidohydrolase; domain 1 | Penicillin Amidohydrolase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GHD A; 1PNK A; 4E56 A; 3L91 A; 3SRA A; 4BTH A; 4YFB A; 1GM9 A; 1JX9 A; 1GK0 A; 1FM2 A; 1KEC A; 2WYE A; 1AI6 A; 1AI5 A; 3SRC A; 4HSR A; 3SRB A; 1AJN A; 4WKU A; 4K2F A; 2ADV A; 1AJQ A; 4M1J A; 4HST A; 4E55 A; 1K7D A; 3JTQ A; 1GK1 A; 1JVZ A; 4K2G A; 1CP9 A; 1GKF A; 4WKS A; 1OR0 A; 4WKV A; 1GK9 A; 2AE5 A; 1H2G A; 2WYC A; 4PEM A; 1JW0 A; 4WKT A; 4YFA A; 3S8R A; 3L94 A; 1GM8 A; 1FXV A; 1GM7 A; 1K5S A; 2AE4 A; 1AJP A; 1FXH A; 4PEL A; 2WYD A; 1K5Q A; 1PNM A; 3K3W A; 3ML0 A; 1KEH A; 2WYB A; 4YF9 A; 1PNL A; 3JTR A; 1AI7 A; 1E3A A; 1AI4 A; 2AE3 A; 4E57 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RT3 C; 1IXB A; 5H6R A; 2Y4U A; 3UCS C; 1S0V A; 2Z5U A; 3HKB A; 2F93 B; 3C3T A; 4JYC A; 4NXM O; 1U97 A; 1SQB H; 5LOV B; 3EXA A; 2WPD G; 3W7W A; 4YIP A; 4GYC B; 4MVQ A; 3EFF K; 4DR7 O; 4UCR A; 4CS2 A; 1DGS A; 2KQX A; 1YVW A; 2HP8 A; 3C3S A; 3SYO A; 4CS3 A; 4IIJ B; 4OX9 O; 3IAY A; 2Z0A A; 5F2V O; 2KG7 A; 3ZHQ A; 1XNQ O; 2PZS A; 4DV2 B; 3OD4 A; 1BMF G; 2JS3 A; 4XBF A; 4I55 A; 1WLE A; 3Q4H B; 1TGO A; 4DV7 B; 1KUQ A; 1QLE C; 1K33 A; 2DQ3 A; 2FL4 A; 3CCL V; 3CB2 A; 2UXC B; 2DJV A; 3W7U A; 3CSX A; 1XRE A; 5L3D A; 2ZIN A; 1H2S B; 5FPR A; 4JGS A; 3D8C A; 3JAM N; 3CMA V; 2AE4 A; 4B3T O; 3VQY A; 4FLZ A; 5LXT B; 5KA6 A; 1XI1 A; 4C7U A; 4K3A A; 4LF6 B; 2EZO A; 2DYS C; 3G67 A; 2Q69 A; 1HNW B; 4DUY O; 4X66 O; 4F6R A; 1WNS A; 2UXB B; 3RBZ A; 3SRC A; 1BCC H; 1K97 A; 1M56 C; 4WFA V; 2Y69 B; 1IXM A; 1YF2 A; 5KAI Z; 3ETG A; 1XL6 A; 1IBK O; 4DR1 B; 2NLJ C; 3U11 A; 3RYI A; 4UCV A; 1OCC C; 3OMI B; 4JTD B; 5JWP A; 3BPZ A; 4MVR A; 4DXW A; 2L6L A; 1YTF B; 2ZR2 A; 2XTA A; 5FL7 G; 2NR5 A; 3ZED A; 1L0L H; 1GM8 A; 2P7T C; 2WYE A; 4DV5 O; 2UUB O; 3A0H Z; 3K9S A; 4UV8 A; 1W0K G; 1XMO B; 4LBE C; 2CGN A; 1QQC A; 3ASO C; 2ZDI C; 1WN7 A; 3JCU Z; 4X88 A; 1V55 C; 5FLX N; 3DXR B; 2X6A A; 5IYB O; 4EKW A; 5KHJ A; 1K73 W; 4M1J A; 3HR0 A; 1I08 A; 5KMG B; 4FK5 C; 1ZL8 A; 1MSW D; 4FM2 A; 5HFL A; 3LSS A; 2VWJ A; 3D3Q A; 4J7Z A; 5LHG A; 2HKO A; 1VQK V; 3RVZ A; 2QKS A; 3QNE A; 5EC2 C; 1KB9 F; 2JRI A; 3OR7 C; 1GN2 A; 4YIO A; 4GKJ B; 5B3S C; 5LP6 B; 4DV6 B; 3B8M A; 2IJI A; 4YF9 A; 4BIZ A; 3AK2 A; 1AP6 A; 4DK1 A; 3JAT B; 4GLX A; 3D36 C; 2P06 A; 4LF4 B; 4FLV A; 2QKC A; 3KCX A; 1ROP A; 5KUK A; 1V54 B; 3I55 V; 3WG7 B; 1GTO A; 4DW0 A; 4DR6 O; 2UU9 B; 1JMK C; 2WA4 A; 2FKX A; 1CXZ B; 4DV1 B; 1NI8 A; 1KQS U; 3U10 A; 1XNR O; 1K5S A; 5L3F A; 3ML0 A; 2JK5 C; 5FNV A; 1P84 F; 5CA1 A; 4FMT A; 4B7E A; 4KHP B; 1GM9 A; 2ZM6 B; 5EK0 A; 3T1C A; 1VF6 C; 5IJ9 B; 4PA4 A; 5J2U B; 2ZE5 A; 2WYC A; 4LC1 A; 4MSW C; 1I5Y A; 1XMQ B; 4UCO A; 3FKS G; 1I94 B; 4B3S O; 4RAI A; 4LFB B; 1RSO A; 5IDJ A; 3FB5 C; 1EN5 A; 4DUZ O; 4J11 A; 1SKV A; 2QEX V; 4JTC B; 1FFT B; 2YDE A; 2R9R B; 1FJG O; 3ZRS A; 4BW5 A; 4X64 O; 2E74 B; 3ICX A; 2F1M A; 1RP3 B; 1Q6I A; 2P6J A; 5L3C A; 4HNA A; 3G6B A; 3HPL C; 2P67 A; 2A0L A; 3IGA C; 3JAS B; 5AG2 A; 1ORQ C; 1PL4 A; 3ASO B; 1SRY A; 4D7T A; 4H13 B; 3BY6 A; 3HKC A; 2W6J G; 3GB7 C; 3L9D A; 2LFS A; 3UT5 B; 5C93 A; 1LUW A; 2CTP A; 3OUF A; 3NXS A; 3AK1 A; 4J80 A; 5J9P C; 3T4D A; 4JI2 B; 1KEH A; 2CTQ A; 1IVS A; 2EIL B; 4PDV A; 3K03 A; 3CXC U; 1NKD A; 1VIB A; 2WLJ A; 3JSN A; 4PA3 A; 3T1Y O; 2IU3 A; 2LGW A; 1E1Q G; 4W4L A; 2P5O A; 2OYQ A; 5KLV H; 2EUL A; 3WB2 A; 2YXL A; 2DQ0 A; 2CK3 G; 4BIO A; 3CPW U; 2Q4P A; 4LF8 B; 4JI5 B; 2WLL B; 1DF4 A; 3K04 A; 1LNQ A; 4QNH B; 1EBO A; 1P49 A; 4FZ1 A; 3D3I A; 2IBZ H; 3JAR A; 2QM4 A; 4OGQ B; 4IYH A; 2OTJ V; 3G6E V; 1K3E A; 1SZX A; 3MHS C; 2ITC C; 3BRC A; 3FD9 A; 2ATK C; 2YIB A; 3K59 A; 4X1I B; 2GUZ B; 3ZN1 A; 2QTO A; 2V4D A; 3T1H B; 1KKC A; 2NNU A; 4KUM A; 4QIW F; 2DW4 A; 4FM0 A; 1K9M W; 4HBN A; 3TGU H; 1VF7 A; 5IYD O; 3ABK B; 1OCR C; 3JAK A; 2BSK B; 5B1A C; 2UUA B; 2QR4 A; 2Q9L A; 5EZY A; 4K2F A; 4NTW A; 3ABU A; 1HR0 B; 4QJF B; 2OT5 A; 3AG2 C; 1OCZ C; 4PDR A; 5CMU A; 2F23 A; 5KX5 A; 4O2A B; 4NVP A; 1Q82 W; 3W7S A; 4O4I A; 3HKB B; 3SR2 C; 4ZBM A; 3QO7 A; 4MTO A; 2EZP A; 1R1B A; 2JGD B; 5LMN B; 2G38 A; 1EZJ A; 4MVS A; 3OE7 G; 3RFR A; 2W0X A; 4LNU A; 4PDM A; 1OCO C; 2CAZ C; 4RQF A; 2AZ2 A; 1N4C A; 1CP9 A; 2D2C B; 1L8D A; 2VWK A; 2IH3 C; 1H2G A; 1JW0 A; 4LF6 O; 1AVM A; 4AIL C; 4YY3 B; 5KHK A; 4PDL A; 4KXR A; 1P4R A; 2JIZ G; 3KZI Z; 2FTK A; 1TUB A; 5DN6 G; 1XEQ A; 2V7Q G; 4E56 A; 2Y0P A; 4I50 A; 3U0Z A; 4I9Q A; 4JI4 B; 1NH2 D; 3TK1 A; 1AI5 A; 3QTC A; 3SYA A; 4TV8 B; 1K92 A; 2B1G A; 4D6T H; 3I5D A; 4FLU A; 1B3Q A; 1BGY H; 2JEX A; 3QVN A; 5D5Q A; 3B8N A; 4X1K B; 5JJE B; 2H94 A; 1YTF D; 5KUM A; 3E89 A; 3LSQ A; 3ZHU A; 3RN4 A; 3JYC A; 3SRB A; 4BW9 A; 1XMO O; 3JTQ A; 3WU2 Z; 2E5L B; 2Z3Y A; 2OIE A; 5IYZ A; 4LP8 A; 3ABT A; 5ITZ A; 3BEH A; 1BHB A; 4TV9 A; 4MT8 A; 3RYI B; 1SZT A; 1YCI A; 1XDC A; 1R3L C; 4IHJ A; 3FGT A; 3ZMV A; 3F5W C; 5EBL C; 2YSU B; 1J5E B; 2X6B A; 3FAV A; 3OMA B; 2GTA A; 5CB4 A; 2ZKO A; 1SQV H; 4FLW A; 4UVC A; 3CCM V; 4GKJ O; 3N2G A; 1EZV H; 3QO5 A; 2WLI A; 4DR5 O; 1S5H C; 3UO3 A; 1RM1 C; 2EIK C; 4GZR B; 2C2A A; 5JJN B; 4J7K A; 3ABL C; 1M90 W; 3BAA A; 2DWD C; 2KSD A; 2GHY A; 3EVK A; 3RGB A; 2LGQ A; 3DC5 A; 5KHH A; 3H1J H; 4B3R B; 4DV1 O; 4UB6 Z; 1PPJ H; 1ZL8 B; 1AI6 A; 3JAL A; 1R3K C; 2AHZ A; 1SQF A; 5GW7 A; 2RDC A; 4JI0 B; 3E2E A; 4TQF A; 4AQY O; 2GV9 A; 2HVK C; 5BY1 A; 5JJJ B; 5KA5 A; 3SRA A; 1XBL A; 4LH7 A; 2CUG A; 1EN4 A; 4KHP O; 5IY5 C; 2ZM6 O; 4FFB A; 4DV0 O; 1P7B A; 1YJW V; 1I5X A; 5C8Y A; 2XAJ A; 2QJ1 A; 5KHI A; 2LFR A; 5B1O A; 2LP7 A; 4IL6 Z; 4LFC B; 1SQX H; 1XMQ O; 1Q8I A; 4X62 B; 3CCS V; 4LFB O; 3CWB H; 1JJO A; 3S3W A; 2GTS A; 5LGT A; 1QVG U; 4JI1 B; 3LUT B; 3ABM C; 1H2L A; 1VF6 A; 3MDS A; 4ICG A; 3THO A; 3VOU A; 2JVD A; 1YZB A; 1JCH A; 3SJC C; 1IBL O; 4YXW G; 4XDJ A; 4CZZ A; 3LNM B; 2UUC B; 1A32 A; 3AG3 C; 4BTH A; 5KAF Z; 1OJH A; 2YID A; 5FNV B; 3BHP A; 4O4L A; 1KD1 W; 3K58 A; 3JAW A; 4Z2W A; 1YI2 V; 5LA6 A; 3OGC C; 1TUE B; 2MW2 B; 4P9P A; 3A0B Z; 1WP7 A; 4JYA B; 4JI2 O; 3RWR D; 4CH5 A; 4E4E A; 4I0X A; 1VMG A; 2RN9 A; 3CXH F; 1YSC A; 1O9G A; 1Y76 B; 4LH6 A; 3G71 V; 3SPJ A; 3CS5 A; 1AIL A; 4FJC C; 1RSO B; 4JTA B; 3ZRV A; 4LF5 O; 2E3C A; 4MVU A; 5JQG A; 3BA8 A; 3E8G A; 5EIB C; 3WB1 A; 2AGA A; 3IC9 A; 4RQE A; 3CME V; 1R6K A; 3GWK C; 3E8H A; 4NTX A; 1B04 A; 1JX9 A; 2A9H A; 4JI5 O; 1WJZ A; 3APQ A; 4DRX A; 1M1K W; 1Q6H A; 3ZHV A; 4HNA B; 4FM1 A; 4NTY A; 1T5E A; 4LF7 O; 5KHG A; 1E79 G; 1AR4 A; 3HKC B; 2DYR C; 1X59 A; 4DV4 B; 1FAF A; 4TSF G; 3FB6 C; 3RYF A; 4HSR A; 3SYQ A; 2F4V B; 5B1B B; 4CS4 A; 4J9Z B; 3I56 V; 3AEI A; 4X1Y B; 1HNX B; 3L94 A; 4IYI A; 2YEV A; 4H44 B; 1G4Y B; 5H5N A; 4KFM A; 2VQE O; 4TOI A; 5EYP A; 2OCC C; 1GHD A; 2DWE C; 1HR0 O; 3CCR V; 1KC8 W; 4FLT A; 3JSL A; 5CN0 A; 4MTG A; 2YS8 A; 4ABM A; 4WFF A; 2ZXW C; 3ASN C; 2BTQ A; 4ZKI A; 3JAR B; 1ZWI C; 4OPA A; 4R7C A; 2CDY A; 4EFB A; 4DR2 B; 3S3X A; 1NTM H; 4F6E A; 1YDX A; 3DSQ A; 4LFA B; 4U3J A; 1JQ0 A; 4YHH B; 3L70 H; 4UFZ A; 4GCZ A; 1BS3 A; 2YXY A; 1AP5 A; 1WB7 A; 4RO2 A; 4UB8 Z; 3OMN B; 2RMK B; 3OAA G; 4RUE A; 1S77 D; 2EX3 A; 5BXZ A; 1R3J C; 3JAK B; 4N21 A; 2VQF B; 2B5U A; 4UCU A; 3B77 A; 1WP8 A; 3CCQ V; 2ZD9 A; 2LQT A; 4LWS A; 5EZY B; 1N33 B; 2ADP A; 2B1I A; 4QE9 A; 2JDI G; 5JH7 A; 2R70 A; 4XDK A; 3A8T A; 5KX5 B; 1MZE A; 1BQZ A; 3ZHT A; 1S5L Z; 4O4I B; 4B3M B; 3W7T A; 2WLH A; 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