The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
101
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sequence length |
369
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structure length |
369
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Chain Sequence |
GSHMMFVHIADNHLGYRQYNLDDREKDIYDSFKLCIKKILEIKPDVVLHSGDLFNDLRPPVKALRIAMQAFKKLHENNIKVYIVAGNHEMPRRLGEESPLALLKDYVKILDGKDVINVNGEEIFICGTYYHKKSKREEMLDKLKNFESEAKNYKKKILMLHQGINPYIPLDYELEHFDLPKFSYYALGHIHKRILERFNDGILAYSGSTEIIYRNEYEDYKKEGKGFYLVDFSGNDLDISDIEKIDIECREFVEVNIKDKKSFNEAVNKIERCKNKPVVFGKIKREFKPWFDTLKDKILINKAIIVDDEFIDMPDNVDIESLNIKELLVDYANRQGIDGDLVLSLYKALLNNENWKELLDEYYNTKFRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Mre11-Rad50-ATP S Complex: Understanding the Interplay between Mre11 and Rad50
rcsb |
| molecule tags |
Recombination
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule keywords |
DNA double-strand break repair protein mre11
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| total genus |
101
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| structure length |
369
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| sequence length |
369
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-02-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00149 | Metallophos | Calcineurin-like phosphoesterase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H67 A; 4OR9 A; 3KBP A; 4ORC A; 2XMO A; 2HYO A; 3IB7 A; 4O43 A; 3E7B A; 4UWQ A; 1M63 A; 2WDD A; 3CK2 A; 2HYP A; 3H68 A; 4TUG A; 4H2I A; 4ZVZ A; 4ORB A; 4V0X A; 2IAE C; 4J6O A; 4LTY A; 3V4Y A; 1IT6 A; 3EGH A; 4IL1 A; 4MOY A; 3H61 A; 1S8E A; 3HVQ A; 3DSC A; 4LU9 A; 3H66 A; 1S3N A; 2P6B A; 1Z2W A; 4JA9 A; 1OIE A; 2BDX A; 3AUZ A; 1S95 A; 3ZTV A; 2YVT A; 2BQ8 X; 1AUI A; 3QFN A; 2Z72 A; 1W24 A; 1S70 A; 1MF8 A; 4ORA A; 4MP0 A; 2ZBM A; 2IE3 C; 1OI8 A; 1T71 A; 5IOH A; 3FGA C; 5F3W A; 1KBP A; 2Z06 A; 1JK7 A; 2CV9 A; 3C9F A; 3K7W C; 4DHL A; 4Q7F A; 4UT3 A; 3DSD A; 4H2F A; 5GTU A; 4I5N C; 1SU1 A; 4H2B A; 4MOV A; 5INB A; 2NYM C; 3AV0 A; 1NNW A; 4JA7 A; 3DW8 C; 5EQV A; 3RL5 A; 4DT2 A; 1II7 A; 1WAO 1; 4O5G A; 5JPF A; 4WWL A; 4M0V A; 1USH A; 2GJU A; 2WDE A; 2IE4 C; 5C1V A; 1HO5 A; 4H1Y P; 2A22 A; 2DFJ A; 1T70 A; 4H1S A; 3N5U A; 3LL8 A; 3H60 A; 3QFK A; 3THN A; 1HPU A; 4FBQ A; 2HY1 A; 1S3M A; 4DSY A; 1HP1 A; 1FJM A; 3QG5 C; 4UT2 A; 2KKN A; 2Z1A A; 5JJT A; 3K7V C; 4O4K A; 1XM7 A; 3IVE A; 4V0V A; 1UTE A; 5HPE A; 2O8G A; 5B8I A; 4FBK A; 4G9J A; 2NXF A; 4HD0 A; 4O24 A; 1Z2X A; 2NPP C; 3RL4 A; 3IVD A; 2R17 A; 3EGG A; 3QFM A; 1TCO A; 2QJC A; 5JPE A; 4F0Z A; 3T1I A; 5J28 A; 2AHD A; 2NYL C; 1QFC A; 5DNY A; 1V73 A; 3H63 A; 1UF3 A; 2QFR A; 4H2G A; 1OID A; 2QFP A; 1U32 A; 3RL3 A; 2O8A A; 1S3L A; 4UT3 B; 3QFO A; 4LAC C; 4IYP C; 1QHW A; 3H69 A; 3IB8 A; 3JYF A; 3E7A A; 4KBP A; 2WDF A; 3H64 A; 2BCD A; 4ZX2 A; 3P71 C; 4NZV A; 2JOG A; 2Q8U A; 3ICF A; 4FCX A; 1G5B A; 3PSN A; 4XPN A; 4YKE A; 3THO B; 3GVE A; 4I5L C; 4V0W A; 3RQZ A; 3TGH A; 1WAR A; 2USH A; 3H62 B; 3C5W C; 1XZW A; 3PSO A; 2WDC A; 4B2O A; 3ZU0 A; 4FBW A; 4TUI A; 4KKZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K9D A; 3KBP A; 2DVW B; 4KHP M; 2B7T A; 4TUG A; 3U6P A; 1GLN A; 1PJT A; 1RU3 A; 2MDG A; 5EP3 A; 2D9H A; 1VDD A; 4MGY E; 1DQ3 A; 3AL0 C; 2LBC A; 1RC7 A; 3D8B A; 2DAG A; 3AFH A; 2EOE A; 4R2S A; 2EMH A; 3JAM C; 2GHF A; 1A1L A; 4R71 A; 4DUY E; 3E4R A; 2KHH A; 3FGA C; 4F54 A; 5F3W A; 5IT9 C; 4Q7F A; 1YE9 A; 3AOG A; 5LMN E; 1K3W A; 2NYM C; 4K0K M; 1XXH B; 2OOB A; 3V76 A; 1HR0 E; 1MGT A; 1GJS A; 5KQ8 A; 4UN2 B; 1C1K A; 2V1C A; 3AOE A; 2IE4 C; 1J5E M; 1IMU A; 2P5T A; 2DWZ B; 2MGW A; 1A1I A; 2EN8 A; 2YU5 A; 3H60 A; 1W5T A; 4F2L A; 1WGN A; 4DV4 E; 2YZT A; 2RGO A; 2EMC A; 2EPZ A; 2VQE E; 4DV7 M; 4LF6 E; 1R6B X; 3IWD A; 1IBK M; 5A2Q S; 1JR3 D; 4X66 E; 3IVD A; 3EGG A; 4NC6 A; 1FJG E; 4NXN E; 4JV5 E; 3K6Q A; 1G41 A; 4LFA M; 5A6K A; 2B3T B; 2KZS A; 1SG9 A; 1DGH B; 3OTO M; 2DRP A; 1XNQ E; 2EO2 A; 1XHB A; 2CHQ A; 1X6E A; 2UU9 M; 4ANR A; 1VG5 A; 3BF2 A; 4IBI A; 1IN5 A; 3PSO A; 1XNR E; 4FBW A; 2EL5 A; 2LWX A; 2Y0Q A; 2ZM6 M; 3VDP A; 2YEQ A; 4FW9 A; 5KPT A; 3H68 A; 2RGH A; 2EZ6 A; 2X49 A; 3F92 A; 2KXE A; 1IBM M; 1S8E A; 1N34 E; 2NQ8 C; 1SXJ B; 4P16 A; 2ODR D; 2VF7 A; 2EOF A; 4LF7 M; 4LFC M; 2O01 F; 4F9B B; 4IBF A; 4B3M M; 4CJ6 A; 1S70 A; 1NHG C; 3MHH C; 2N3G A; 2ZBM A; 2QBY B; 4YY3 E; 3DZD A; 3K9O A; 3KW6 A; 2DKL A; 2LUP B; 2KHX A; 3TQM A; 1YUJ A; 3KOX E; 2CSH A; 2V8Q B; 5A6B A; 4DT2 A; 3SYL A; 4J8Z A; 5FTJ A; 2GPI A; 2QQ8 A; 4H1Y P; 5FTK A; 1T70 A; 3PXG A; 5FLX S; 3GLI A; 1PJS A; 4FBQ A; 1EKZ A; 4QNM A; 3FUW A; 1WR1 B; 2EM8 A; 2NA2 A; 4M0W A; 2RTX A; 2QEN A; 2EWL A; 4HD0 A; 1XB2 B; 1TF6 A; 3T1I A; 4R3D A; 1QDT A; 1G3I A; 5IZ7 D; 1WHC A; 1QVR A; 2YWQ A; 3L29 A; 4GH9 A; 3RGS A; 2EPR A; 1QHW A; 2F4V M; 1ZMW A; 4NSR A; 2MH8 A; 1UM8 A; 4P17 A; 2Q8U A; 3SAU A; 4GHA A; 3ICF A; 2CV0 A; 5FSW A; 1NNU C; 2D7G A; 5H37 D; 3JTZ A; 5BR8 M; 2R46 A; 3H09 A; 2KON A; 4OR9 A; 2XMO A; 3B74 A; 2E5L M; 3B7Q A; 1IBL E; 2V6Z M; 2XZF A; 2WDD A; 3K92 A; 1EFU B; 4G4R A; 3U6C A; 5EXP A; 3L28 A; 2JR1 A; 2JOX A; 2HWJ A; 4NSO B; 4XGI A; 3C6K A; 1X49 A; 1VDL A; 3SAT A; 2LO3 A; 2LT7 A; 3I4Y A; 3KFU G; 1HNW M; 4WX9 A; 1ZQ9 A; 4B3R M; 1Q3B A; 3SAV A; 3JR5 A; 2DIX A; 1IXS B; 3IWB A; 3T1H E; 3LW5 F; 1LTM A; 3F6G A; 4R2A A; 4H2B A; 3AOE C; 3ZC7 B; 4AQY E; 3MSW A; 1J5E E; 1II7 A; 1WAO 1; 1V92 A; 3HHX A; 2J7J A; 2BJV A; 1HO5 A; 1OQY A; 3SAW A; 2BNK A; 4DV3 M; 2FE8 A; 4DV7 E; 2K7I A; 3KZY A; 1G8P A; 2JWO A; 2VF1 A; 3MHV C; 1G2D C; 1HPU A; 4IJE A; 3F6H A; 2MDR A; 2EMZ A; 1S3S A; 1S3M A; 2Q2E B; 3JU0 A; 4R03 A; 3GRU A; 2VDB B; 4LZJ A; 2I9I A; 2EMW A; 1L1T A; 1AH5 A; 2EMF A; 4G9J A; 4DR4 E; 4AKH A; 2JUJ A; 4JI0 E; 3GQ5 A; 4BMJ A; 3A46 A; 2V88 A; 2EOZ A; 3P1X A; 3GRR A; 2JZ0 A; 2HKJ A; 3RL3 A; 2EMB A; 2YTF A; 3QWL A; 1J09 A; 3HJQ A; 5A6A A; 4JI7 E; 2YRK A; 2KNV A; 3FE3 A; 4DV0 M; 1IN8 A; 4JI5 E; 3U5Z B; 2GNO A; 2KRU A; 5KL6 A; 2ZM6 E; 4KLN A; 4JI4 E; 2N3H A; 4LGM A; 5IWA M; 5AC4 A; 3L27 A; 1FKA E; 3H67 A; 2J5Y A; 2EOY A; 1IBM E; 2X4A A; 4GHL A; 2ENA A; 2EM9 A; 4IL1 A; 2APL A; 3H61 A; 3U61 A; 1QQW A; 2EOO A; 2DI0 A; 2QHO B; 1TH2 A; 1PJI A; 1S3N A; 1HT1 E; 2JXP A; 2BDX A; 3VK7 A; 4B3M E; 2C9O A; 4WXC A; 2YTI A; 2BQ8 X; 1AUI A; 2VF8 A; 1VEK A; 1YYO A; 2C5R A; 4BC9 A; 3GLH B; 3SC3 A; 3GRV A; 1KBP A; 1P47 A; 3FRI A; 2CV9 A; 1OIP A; 4UT3 A; 3DSD A; 2QCU A; 4G4N A; 2RQL A; 2A5Y B; 4QNR A; 3J7A G; 3VHT B; 2LV2 A; 4R2P A; 1UFZ A; 4FCV A; 4M0V A; 4LRT A; 2ZAN A; 4CGY B; 2EMA A; 2KEB A; 4LF5 M; 3EQ1 A; 4IJD A; 4DV5 E; 1Z1B A; 4LY6 A; 4MM3 B; 3T1Y M; 1TH3 A; 2EPL X; 4IBD A; 2XFS A; 1DGC A; 4CIZ A; 2F8B A; 1ZBT A; 5B8I A; 1KFV A; 3GLF B; 1QAQ A; 2XZU A; 2E1M A; 2V85 A; 4JI3 E; 4MGZ E; 1OAI A; 1UF3 A; 3RGP A; 3FLO A; 2F4V E; 3HX3 A; 4FWG A; 4LF9 M; 4BHC A; 1N36 M; 3KP0 E; 4JN6 A; 2EN7 A; 1G5B A; 3FTD A; 1RMD A; 5BR8 E; 5KL3 A; 3VK8 A; 1HQY E; 5IXM B; 3KOZ E; 2I13 A; 2XF3 A; 4I5S A; 4MH0 E; 3VK6 A; 3HJS A; 4X65 E; 2EM7 A; 1JK1 A; 4IBE A; 4HLQ A; 4ZVZ A; 5KL2 A; 3TPZ A; 2IAE C; 4BBY A; 3J81 C; 2ELY A; 3LVV A; 4FCW A; 2UUA E; 2LHG A; 4KZS A; 2JA2 A; 5AE3 A; 1MF8 A; 1E32 A; 5FTL A; 2LVO C; 4DHL A; 3GPU A; 1NY6 A; 5INB A; 4LJ5 A; 4L8R C; 4Q7J A; 2C96 A; 1NNW A; 1I94 E; 1WRJ A; 1A1K A; 4JA7 A; 2HCB A; 5DFL A; 4RKU F; 2NUG A; 3HU2 A; 4DV6 M; 3J80 S; 1AUA A; 2A22 A; 4H1S A; 1I4W A; 2YRM A; 3EPL A; 4B3T E; 3LCV B; 4GEW A; 5FTN A; 4LJ8 A; 2UXD M; 5A6B D; 2EM4 A; 3FKE A; 2OOA A; 2BB8 A; 3IVE A; 2VQF M; 3J7Y p; 2DB2 A; 4ZYG A; 1Z5A A; 2H1R A; 2OPF A; 2R1F A; 2ERC A; 4DR3 E; 1DO0 A; 5J28 A; 4KO8 A; 2LJU A; 3E9S A; 4JI1 E; 4WSG A; 2ZOA A; 1K3X A; 2R4E A; 2EM6 A; 2VRD A; 3HQ1 A; 2EM3 A; 2EA0 A; 4RF0 A; 4YHH E; 2WDF A; 2L3C A; 1IY2 A; 2O5R A; 4XPN A; 4GKK E; 2YTN A; 3GPY A; 1XMO E; 3H62 B; 2DZL A; 4R2R A; 2JP7 A; 2Z1A A; 2LVQ D; 2EOH A; 1NSF A; 1GJT A; 2MRO B; 2DZN B; 5ITX A; 5IRE B; 2UUB M; 5LL6 R; 4JI6 E; 4DR7 M; 2L09 A; 1JQJ C; 4JYA M; 1DGG A; 5BPV A; 1STU A; 1IN4 A; 1Z2W A; 3FD9 A; 3AUZ A; 4X64 M; 4X62 M; 1S95 A; 3R8F A; 3HJ8 A; 2EMG A; 4M9V C; 2F5Q A; 5EXS A; 2K4V A; 1AIP C; 3EPH A; 3A45 A; 5ITR A; 1D0M A; 2ZBK B; 4R7G A; 4WUR A; 1IFY A; 2G3Q A; 1OI8 A; 4FCT A; 5IOH A; 2ZAM A; 4G4Q A; 5LMU E; 3IG5 A; 4L78 A; 1R2Z A; 3TL4 X; 1OFH A; 2CE7 A; 1A1H A; 2KOU A; 1NO1 A; 3AV0 A; 2R62 A; 3KSJ A; 2KNA A; 4I4L A; 4DR6 M; 4O5G A; 2C9C A; 2JVA A; 2JYA A; 5C1V A; 3VLF B; 1GVN A; 3KOW E; 2DAE A; 1HJP A; 3H4J A; 2WBS A; 5JI2 E; 3GPP A; 2QSF X; 3M6A A; 5EQT A; 2KZU A; 2V1U A; 4X8W A; 1UN6 B; 4OU7 A; 2MKN A; 1FJM A; 1QUS A; 2JY9 A; 1L2D A; 3I01 M; 2DAM A; 4QHT A; 4HL4 A; 4LFB M; 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