The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
251
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sequence length |
778
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structure length |
765
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Chain Sequence |
DVEELLIPKVWVPPEDPLASPSRLAKFLRENGYKVLQPRSLPENEEYETDQILPDLAWMRQIKPTLSLPIGDQEYFPKYYPTHRPSKEKPNAYPPDIALLKQMIYLFLQVPEANEGLKDEVTLLTQNIRDKAYGSGTYMGQANRLVAMKEVATGRNPNKDPLKLGYTFESIAQLLDITLPVGPPGEWVPLTRVPSRMLVLTGDVDGDFEVEDYLPKINLKSSSGLPYVGRTKGETIGEMIAISNQFLRELSTLLKQGAGTKGSNKKKLLSMLSDYWYLSCGLLFPKAERYDKSTWLTKTRNIWSAPSPTHLMISMITWPVMSNSPNNVLNIEGCPSLYKFNPFRGGLNRIVEWILAPEEPKALVYADNIYIVHSNTWYSIDLEKGEANCTRQHMQAAMYYILTRGWSDNGDPMFNQTWATFAMNIAPALVVDSSCLIMNLQIKTYGQGSGNAATFINNHLLSTLVLDQWNLMRQPRPDSEEFKSIEDKLGINFKIERSIDDIRGKLRQLVLLAQPGYLSGGVEPEQSSPTVELDLLGWSATYSKDLGIYVPVLDKERLFCSAAYPKGVENKSLKSKVGIEQAYKVVRYEALRLVGGWNYPLLNKACKNNAGAARRHLEAKGFPLDEFLAEWSELSEFGEAFEGFNIKLTVTSESLAELNKPVPPKPPNVNRPVNTGGLKAVSNALKTGRYRNEAGLSGLVLLATARSRLQDAVKAKAEAEKLHKSKPADWFERSETLSDLLEKADIASKVAHSALVETSDALEAV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Activation mechanism of a noncanonical RNA-dependent RNA polymerase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
IBDV VP1 RNA-dependant RNA polymerase
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Infectious bursal disease virus
|
| total genus |
251
|
| structure length |
765
|
| sequence length |
778
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2007-05-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A | Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Infectious bursal virus vp1 polymerase fold | Infectious bursal virus vp1 polymerase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1G6U A; 3ZED A; 3BHP A; 3VQY A; 2R72 A; 2QJ1 A; 2PGG A; 4Q6G A; 2YI8 A; 4CS4 A; 2R70 A; 2RQ6 A; 4CH4 A; 3QTC A; 3VQX A; 2YIA A; 2ZNJ A; 3VQW A; 1O9H A; 3DSQ A; 2ZIM A; 4TQD A; 2JVD A; 4CS3 A; 4BWA A; 2YIB A; 4TQF A; 4CH6 A; 2E3C A; 4BW9 A; 2ZIO A; 2Q7H A; 3VQV A; 2PUS A; 2RJZ A; 4CH5 A; 2ZNI A; 4CH3 A; 4CS2 A; 2YI9 A; 2ZIN A; 5K1X A; 2YIB D; 2ZCE A; 5K1P A; 2Q7G A; 2Q7E A; 4ZIB A; 1O9G A; 2HEP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VWJ A; 4YJ3 A; 5LYJ B; 1RPO A; 1VAR A; 1S46 A; 2RDC A; 5B1N A; 3B4S A; 2CTQ A; 2NR5 A; 2BCC H; 5LOV A; 3TK1 A; 1COW G; 1NR7 A; 4TQF A; 1XI1 A; 3RC8 A; 5KUM A; 5IJ0 A; 2YC0 A; 4ZQH A; 2DQM A; 3CCQ V; 3CHS A; 2B9Z A; 4B3R O; 2K9P A; 3UER A; 3FTU A; 1PL0 A; 2DJV A; 1G6U A; 3OMN B; 4J7K A; 4DUY O; 4LF7 O; 1R3J C; 3RYF B; 4HYO A; 3UO3 A; 1WNS A; 3SDL A; 1QQC A; 4NXM B; 3FU0 A; 4QPK A; 5AG2 A; 1XDC A; 1Y4M A; 1T1S A; 3MDS A; 4WCE V; 1BMF G; 3KCY A; 3BFR A; 4FLR A; 4K35 A; 1NVP D; 1G5A A; 4B3M O; 1NTK H; 1RPR A; 1IX9 A; 4LF5 B; 4LR3 A; 1KKC A; 5JCO A; 3ZS8 C; 4B3M B; 3STL C; 2Q67 A; 1MW0 A; 1GW6 A; 3ANL A; 1H2L A; 4EFE A; 3AG3 B; 3I55 V; 4HZ3 A; 4LF6 O; 4BW9 A; 4RVB A; 2EZP A; 3SJB C; 2JCY A; 3L9D A; 4PW4 A; 4JI7 O; 4DR3 O; 4U3J A; 5CBG A; 5LA6 A; 4LF6 B; 2P4K A; 2HPT A; 3OEE G; 3B37 A; 1TVK A; 5KHH A; 1K92 A; 3G67 A; 5KX5 B; 1YF2 A; 4WFA V; 4ARF A; 5EZY A; 2EIK C; 4AR9 A; 2UXX A; 4MW3 A; 4LNU A; 4FLT A; 4GAA A; 3DXR A; 1RSO A; 5L3D A; 4PHZ A; 3B40 A; 3OTO B; 3K03 A; 1QR8 A; 2ARH A; 1D5N A; 3JAM N; 4JI3 B; 1YSC A; 2UU9 O; 4H0L B; 1FD9 A; 2Q69 A; 3C3T A; 4AQY O; 3FB5 C; 2VQF B; 1FYJ A; 2GUZ A; 4GAE A; 3BEH A; 1AI4 A; 1K34 A; 1FS0 G; 4AQY B; 3RYI A; 2KB1 A; 3ABM B; 4BWA A; 2YEV A; 3L74 H; 4GYC B; 4D7T A; 5L3B A; 3NXS A; 3HKC A; 4MVQ A; 3CZL A; 5KMG A; 3BA9 A; 3WQQ A; 4J7J A; 3DC5 A; 4PDM A; 1TAE A; 1T5E A; 4DW1 A; 1M93 A; 2L35 A; 4B08 A; 1U97 A; 1SRY A; 4QJF B; 1H2M A; 3CMA V; 2KSD A; 2Q68 A; 3E89 A; 5JH7 A; 4NXN O; 1OV9 A; 2QR4 A; 4E4E A; 4H44 B; 1Y74 B; 4H13 B; 1SS3 A; 5C8Y A; 3CCS V; 2L6L A; 4I7Z B; 3SPI A; 1GKF A; 3W7S A; 4XDL A; 3A0B Z; 4HNA B; 3CCL V; 4UV9 A; 1BHB A; 3D8C A; 1OR7 A; 2UUA O; 2JCX A; 5HFL A; 1F4M A; 2F23 A; 3T1Y O; 4JND A; 4XMX A; 2ZT9 B; 4FLY A; 3CME V; 3QO8 A; 1Q8I A; 1DTO A; 1X59 A; 3LNN A; 4F4L A; 2O7G A; 2A3Q A; 1ZTE A; 1BQ0 A; 3CHR A; 5JAZ A; 4F6E A; 4ZN6 A; 1NTM H; 4DPR A; 2QTO A; 2MAO A; 5EK0 A; 1NT2 B; 4GKK O; 3LSU A; 3T4D A; 4EB6 A; 1U96 A; 3CJH B; 1JQ0 A; 3DC6 A; 2RQ6 A; 1IBK O; 2QKC A; 2JD2 A; 2X7R B; 3LDE A; 2QWP B; 3RWR D; 3OR7 C; 2WWW A; 1V55 C; 3F5T A; 3JYC A; 4X64 O; 4O2A A; 1IBK B; 1BGY H; 5IY5 C; 3OR6 C; 1VIB A; 5DYF A; 2PI4 A; 4X64 B; 2QGN A; 4KHP B; 1NQT A; 1VQ9 V; 3X2Q C; 3Q43 A; 1O9G A; 2CTW A; 1RM1 B; 1WA8 A; 4PDR A; 3N2K A; 3B7U X; 3CZE A; 4HBN A; 1FKA O; 2A79 B; 4XNA A; 4AIC A; 1ROP A; 5FPR A; 1OJH A; 4XMW A; 5J2T A; 2QWN B; 1XHX A; 2JEX A; 4IGG A; 4DV6 O; 3ICX A; 2P06 A; 3THO A; 1B3Q A; 2P6J A; 2ZDI A; 3JAL B; 3AG1 B; 3OT7 A; 4ZW7 A; 2A7W A; 4DV6 B; 2ITC C; 5EIB C; 4DK1 A; 4CH4 A; 1NVP B; 4NTY A; 4ZI7 A; 3CRC A; 3CHP A; 2Q0A A; 2H3O A; 1IBL O; 4ZX3 A; 2ZIO A; 3P3P A; 1SQV H; 1DF4 A; 5CA3 A; 1KKD A; 2NN4 A; 2QEX V; 1I5Y A; 2YUA A; 4AR8 A; 2N05 A; 3ZHY A; 1Q0H A; 4GX2 A; 2E74 B; 3AK1 A; 3RN4 A; 3SJQ C; 3ZMZ A; 5IE9 A; 3H1H H; 5IT9 N; 1K8A W; 3AG4 C; 3SGI A; 5EV7 A; 3WB0 A; 1NS1 A; 1XNR O; 1A32 A; 1OCC B; 5KA6 A; 3JAW A; 4CS3 A; 4PD4 F; 4FLU A; 4O2B A; 3SPG A; 4UCT A; 3HKD B; 4X20 A; 5LGT A; 5BPP A; 3LSS A; 1R1B A; 5K1X A; 1R73 A; 2WLK A; 3JAT A; 2UUC B; 3FTV A; 5B5E Z; 1AR5 A; 4WF9 V; 4QPE A; 3G6E V; 2LW1 A; 5LBQ A; 3B2P A; 3GWK C; 2Y1F A; 2OT5 A; 1RFY A; 3Q4H B; 4DRX A; 1M1K W; 4PDL A; 3H9V A; 4XN4 A; 3FUH A; 3UQ8 A; 5DEC A; 1OCO B; 3EVK A; 2E3C A; 4O4L B; 4PVB A; 1XHZ A; 3OTF A; 3C3S A; 1Y76 A; 4JYB A; 5B1B C; 4W4K A; 4JGS A; 3ZHT A; 2WLI A; 1M5I A; 2E5L B; 3IFX A; 2JIZ G; 1H38 A; 3HR0 A; 3S3X A; 2Y4U A; 2H94 A; 4NR1 A; 2LP7 A; 2N04 A; 4O4J B; 1WJZ A; 4X1Y A; 2BTQ A; 2JRI A; 3WFV A; 2AHY A; 2EJ7 A; 4DR6 B; 2KG7 B; 5B1A B; 2Q7G A; 1S72 V; 1EBO A; 5H5N A; 3W7U A; 1TUB B; 4JAV A; 5J2U A; 4RSY A; 2XND G; 4OPA A; 1VF7 A; 4X65 O; 1YJN V; 1N36 O; 2IH1 C; 4CC5 A; 4R50 A; 1W59 A; 1CP9 A; 2DW4 A; 1JPX A; 3ABK C; 3MAQ A; 3FUK A; 3H1L H; 5HFM A; 5JC1 A; 1WAZ A; 2Y4T A; 2P67 A; 4OX9 B; 4ZOL B; 4PA7 A; 4FLW A; 3W7T A; 1Q81 W; 4XN7 A; 4R8C A; 3FUD A; 2DYS B; 4Q4E A; 1L0L H; 4YJ2 B; 4Y67 A; 1NI8 A; 3WU2 Z; 1YVW A; 1Q0L A; 3IIE A; 4P9P A; 4DUZ B; 4X66 O; 2JEU A; 4LH6 A; 3AU8 A; 4G28 B; 2JVD A; 3FB8 C; 1ZLZ A; 4X66 B; 4N21 A; 1R0L A; 4KXR A; 4W4L A; 4FM1 A; 2DQ3 A; 1F23 A; 4B7K A; 3CCJ V; 1HNZ B; 4O4I A; 4Z1V A; 4UVA A; 4Y6R A; 3ANM A; 4I9W A; 1V9P A; 1F51 A; 1H2K A; 3ZRV A; 3F5W C; 3ZBH A; 4TV9 B; 4GX1 A; 2UUB O; 3FUL A; 2CAZ C; 1SZT A; 4DR7 B; 3BVO A; 1MSW D; 2C5Z A; 2UUB B; 1UFI A; 2PYL A; 4PV1 B; 3TCU A; 1SC5 B; 2Y69 B; 2ETN A; 1G1X B; 2WLM A; 5GON B; 4L2L A; 4GLX A; 4I50 B; 2QM7 A; 1BS3 A; 1XIL A; 4JI5 O; 1GAX A; 4MSW C; 2F93 B; 4GCZ A; 3QNE A; 4D7S A; 1M90 W; 1KP2 A; 3ZN0 A; 4DV1 O; 2RNB A; 1JOY A; 3CRQ A; 3PUU A; 1H2N A; 1GM8 A; 4B7E A; 1E79 G; 2GV9 A; 2Y0I A; 4FLZ A; 3QF7 A; 4I0X B; 1YZB A; 1JMK C; 1ZX3 A; 4UB6 Z; 5DN6 G; 3ZHZ A; 2CH7 A; 2E76 B; 2HPO A; 5CA1 B; 3UO2 A; 2LGW A; 3AG2 C; 5GTH Z; 5HNH A; 2HJF C; 3L73 H; 4PEL A; 1FXK B; 4JI8 B; 1DK1 A; 1P7G A; 4P9O A; 4U3F H; 3GWO A; 1VMG A; 2YID A; 1XMQ O; 1MW2 A; 2FML A; 1SQM A; 4QIR A; 2YS8 A; 1D5A A; 1Q6I A; 1AR1 B; 1ORQ C; 5CMU A; 1N33 O; 1M56 B; 1XMQ B; 4XN9 A; 4DV5 B; 1D2D A; 3CCM V; 3HKE B; 2JD0 A; 3ASN B; 2EIN C; 4MTG A; 5KHK A; 1R3L C; 4MVO A; 2R59 A; 2EIL B; 4ZW5 A; 4MVR A; 1N0J A; 1Y67 A; 1N4C A; 1KMI Z; 3OGC C; 1SET A; 5LMU O; 4ZW8 A; 2QKS A; 1K7D A; 1N34 O; 4FLX A; 4FM2 A; 4XMT A; 5CA0 A; 1I94 B; 1N34 B; 1KP3 A; 4PA9 A; 4UCV A; 5HLT A; 3JCU Z; 2YSU B; 4X88 A; 3ABU A; 4XMV A; 5ITZ B; 4JAA A; 4LWS A; 3H1K H; 3IJ4 A; 5BMV B; 4IYH A; 3UKM A; 3UCQ A; 3FU5 A; 4LF4 B; 1L8D A; 1RP3 B; 2JK5 C; 1K5S A; 4CH3 A; 4FZ1 A; 2AXT Z; 4QE7 A; 3K58 A; 3CZK A; 4XN8 A; 4BW5 A; 2ZDI C; 3STZ C; 3BAA A; 4DR5 B; 1K9M W; 3K5M A; 2ZE8 A; 3E22 B; 1FFT B; 2RMK B; 2BOB C; 2Y0P A; 4UVC A; 1XQ8 A; 2DE0 X; 2EIM B; 2QE7 G; 2AZ2 A; 4PA3 A; 1XOU A; 3AUA A; 1VEW A; 3WQS B; 4WFG A; 2WLN A; 2WZG A; 3JSL A; 1JVS A; 3RW0 A; 4PU2 A; 4NKG B; 3M7M X; 2P5O A; 4FJC C; 1SG7 A; 4X1K A; 3CHO A; 5JQG A; 3T8V A; 3JAL A; 1HR0 B; 2Q73 A; 2UXD O; 1I7F A; 3OGI B; 3SPH A; 3CD6 V; 2B61 A; 1TUE B; 1JR9 A; 4J7Z A; 4RO2 A; 2WA3 A; 4WFF A; 1ARO P; 5AEN A; 2V4D A; 3PN1 A; 1MZE A; 3HKB A; 4IT5 A; 5LP6 B; 4J10 A; 1FXH A; 1Z5V A; 1K3E A; 1M57 C; 4B3R B; 3CWB H; 3SYQ A; 5L3E A; 4JI1 O; 3ZHS A; 3RYH A; 1SZX A; 5B3S C; 3ZN1 A; 4DUY B; 4LF7 B; 1BZK A; 4JI1 B; 4CBC A; 3JAS B; 3CHQ A; 4ZQT A; 1ZL8 A; 3HB3 B; 4GT1 A; 3S3W A; 1GN2 A; 3RVZ A; 4RCV A; 1NU1 H; 3B7T A; 4ZBM A; 3ZRW B; 3TET A; 4BIZ A; 4TWK A; 1IVS A; 3B2X A; 2HP8 A; 2UXB O; 5JBI A; 4MVM A; 2OIE A; 2F1M A; 1VQN V; 3FUM A; 4Q4I A; 4O4H B; 1WLE A; 3ZHR A; 3VQV A; 3SPJ A; 4TV8 A; 5EBW C; 3JCZ A; 4NVP A; 4KP4 A; 4O4L A; 5FL7 G; 2ZXW B; 2XAQ A; 2AW9 A; 1B6Q A; 2GHY A; 1F7Y A; 4LFB O; 5JVD A; 4FVM A; 4DR3 B; 3B09 A; 4JI7 B; 2IJH A; 3FD9 A; 2OCC B; 3JD0 A; 4LFB B; 1SQG A; 2HJD A; 3U0Z A; 4WFH A; 1XL4 A; 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4GUN A; 2ADP A; 4NYK A; 4KFM A; 2GDS A; 4DV7 B; 1SES A; 3H1J H; 3L72 H; 3ABM C; 4H33 A; 1UPG A; 4JV5 O; 4WBN A; 1P49 A; 1JJ2 U; 1IUR A; 5IYZ B; 1ZAU A; 1URF A; 1YTF D; 4XN2 A; 3O65 A; 5KHJ A; 3LDC A; 4GKK B; 2B5U A; 2PYJ A; 1WB7 A; 4FLQ A; 1IXM A; 3W7W A; 4F6R A; 2DQ6 A; 3DTU B; 4X1I B; 2XHB A; 4KL1 A; 4MTO A; 5B66 Z; 1GM9 A; 2FKX A; 3RYC A; 3K5L A; 2IH3 C; 2XAG A; 3TXQ A; 1PNM A; 1CPY A; 4LBE C; 2IU0 A; 4FCA A; 1E1Q G; 4MKT A; 2ATK C; 3CRR A; 3ML0 A; 3CCE V; 1VF5 B; 2YXL A; 2WLL B; 1I08 A; 3ASO B; 2ITD C; 1JFF B; 3KG2 A; 2A7O A; 5IWA O; 4XO3 A; 4UV8 A; 1DLB A; 2F66 C; 3BPZ A; 1OCR B; 1GO3 F; 5IWA B; 1R6K A; 4K5O A; 5E1A C; 4FZ0 A; 1FPO A; 1KYO F; 2XAJ A; 1H19 A; 3JAR A; 1MMM A; 3JAK B; 3VQW A; 4E2L A; 2B1G A; 4ZW3 A; 5H6Q A; 1S5J A; 2P7T C; 1AR4 A; 3AK3 A; 4I55 A; 3CSX A; 4JI4 O; 2QSA A; 4PDV A; 2YDE A; 4JTC B; 4YJ3 B; 1IBL B; 2R9A A; 4JI4 B; 3M8A A; 5DLL A; 2LFS A; 1Q43 A; 4L8J A; 5EC2 C; 5LOV B; 2Y1C A; 2EGH A; 3T0Y A; 5IJ0 B; 3G71 V; 1EZV H; 1O9H A; 3CRM A; 4MVZ A; 1RM1 C; 1FAF A; 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