The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
149
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sequence length |
477
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structure length |
477
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Chain Sequence |
TEKTPDDVFKLAKDEKVEYVDVRFCDLPGIMQHFTIPASAFDKSVFDDGLAFDGSSIRGFQSIHESDMLLLPDPETARIDPFRAAKTLNINFFVHDPFTLEPYSRDPRNIARKAENYLISTGIADTAYFGAEAEFYIFDSVSFDSRANGSFYEVDAISGWWNTGAATEADGSPNRGYKVRHKGGYFPVAPNDQYVDLRDKMLTNLINSGFILEKGHHEVGSGGQAEINYQFNSLLHAADDMQLYKYIIKNTAWQNGKTVTFMPKPLFGDNGSGMHCHQSLWKDGAPLMYDETGYAGLSDTARHYIGGLLHHAPSLLAFTNPTVNSYKRLVPGYEAPINLVYSQRNRSACVRIPITGSNPKAKRLEFRSPDSSGNPYLAFSAMLMAGLDGIKNKIEPQAPVDKDLYELPPEEAASIPQTPTQLSDVIDRLEADHEYLTEGGVFTNDLIETWISFKRENEIEPVNIRPHPYEFALYYDV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Multicopy crystallographic refinement of a relaxed glutamine synthetase from Mycobacterium tuberculosis highlights flexible loops in the enzymatic mechanism and its regulation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GLUTAMINE SYNTHETASE
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| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Mycobacterium tuberculosis
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| total genus |
149
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| structure length |
477
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| sequence length |
477
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X
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| ec nomenclature |
ec
6.3.1.2: Glutamine synthetase. |
| pdb deposition date | 2001-01-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00120 | Gln-synt_C | Glutamine synthetase, catalytic domain |
| A | PF03951 | Gln-synt_N | Glutamine synthetase, beta-Grasp domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Glutamine synthetase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Creatine Kinase; Chain A, domain 2 | Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OJW A; 4BAX A; 4LNF A; 2CRK A; 1QK1 A; 2WHI A; 3NG0 A; 1U6R A; 4LNI A; 5J9A A; 3JQ3 A; 2UU7 A; 4GVY A; 1VRP A; 2D3A A; 2QC8 A; 1M15 A; 2BVC A; 4LNK A; 4LNN A; 4RF7 A; 1QH4 A; 2D3B A; 2LGS A; 3L2D A; 4BHL A; 5J99 A; 4Z9M A; 1CRK A; 4Q2R A; 1F52 A; 1P50 A; 3B6R A; 2WGS A; 1I0E A; 4RF9 A; 1SD0 A; 1RL9 A; 1LGR A; 1HTQ A; 4GW2 A; 4XYC A; 3M10 A; 4BG4 B; 4BG4 A; 1BG0 A; 3JU5 A; 2GLS A; 1HTO A; 1P52 A; 3JU6 A; 3DRE A; 1F1H A; 4AM1 A; 3ZXR A; 3L2E A; 3ZXV A; 3L2E B; 4LNO A; 2J1Q A; 4RF8 A; 1FPY A; 3JPZ A; 4GW0 A; 4RF6 A; 4GVZ A; 2D3C A; 4S17 A; 4ACF A; 4HPP A; 3DRB A; 3FKY A; 1G0W A; 4S0R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FCQ A; 2LXA A; 1SE9 A; 1Z2M A; 2K6D B; 2AWT A; 3B2F A; 2JWZ A; 5JH5 C; 3TEW A; 2RDH A; 1TY0 A; 3V3X A; 4MM3 A; 4DDG D; 2KNB A; 1WGY A; 4RGN A; 2H88 B; 3ZTC A; 2J53 A; 2IO2 B; 1WZ3 A; 4IG7 B; 1MI0 A; 1PGX A; 1LO5 D; 4BKT A; 2E3T A; 1TZ1 A; 5DPR A; 3R8B A; 2O6V B; 3A33 B; 3SHQ A; 3DWM A; 4LNK A; 1XLN A; 3VUX A; 3CMM B; 4DXF A; 2LJI A; 3SU8 X; 1OFF A; 4B6W A; 1NYR A; 3MP9 A; 4G11 A; 1GB1 A; 1ENF A; 1QOB A; 2NPT B; 5HKH A; 4OZC A; 4TQ1 A; 5LNK 1; 3DWG C; 3QJZ A; 4N9F 4; 2REX A; 1UZX B; 3TSS A; 1V6E A; 4B9K A; 2Y3A A; 5D94 A; 4RF9 A; 3IT6 B; 1GJZ A; 3KLS X; 4HEA 1; 1OTR B; 3BIN A; 1S1Q B; 4BFR A; 2R2O A; 3LXF A; 4URK A; 2MX2 A; 2LGD A; 2MH7 A; 3L0W B; 1HEZ E; 4G0N B; 4DHZ B; 1CQV A; 4TUU A; 2M19 A; 2N9P C; 2KZR A; 1C4C A; 4R3D A; 1SXT A; 4DXA B; 3VFK A; 3P4R B; 3I9V 1; 2N4F A; 4AOF A; 3OJ4 B; 1R4M B; 1V8C A; 2GLS A; 3OWE B; 2GBM A; 3AI5 A; 3AMZ A; 5JHB A; 1YJI A; 4RF6 A; 1T0R C; 2I1K A; 4LK0 M; 2LUM A; 4S0R A; 1ZP0 B; 1VZ8 A; 3ML9 A; 1N62 A; 1WI0 A; 2IGD A; 3UGB B; 3ZTD A; 5E6N A; 1VJK A; 2X38 A; 2C7N B; 5IOI A; 1E8W A; 2LGX A; 1I4R A; 4BG4 A; 1WGR A; 2JU6 X; 2N9X A; 4KDL B; 1R4N B; 1FPY A; 2BBC A; 3AEB B; 4A90 A; 2M0X A; 1GAQ B; 4US9 A; 2WWZ A; 5BYQ A; 4RCO A; 4TMA B; 3RNC C; 3HUI A; 4EE2 A; 3PLV A; 4MM3 B; 5AZF A; 1XT9 B; 3MJW A; 2BS2 B; 2AX5 A; 3GE8 C; 1E90 A; 2QC8 A; 2DWQ A; 2FAZ A; 1OGW A; 2BYV E; 3C19 A; 5TSS A; 1GUA B; 1QOG A; 1SD0 A; 1YD8 U; 2K8B A; 3NVW A; 4IW0 A; 4USA A; 2I2Y A; 2KAC A; 1P52 A; 3PGE A; 2MQJ A; 2Z0D B; 2D3C A; 3RMK C; 4NQL B; 4DHJ B; 1YQ3 B; 1E5W A; 1RAX A; 2L1A A; 3I3T B; 1SF0 A; 1I4H A; 2JT4 B; 2IND C; 3QIJ A; 2JZP A; 3CSF A; 3NUH B; 2LWP A; 2WGS A; 1RL9 A; 3LVV A; 4W9L A; 4KGS A; 2BWE S; 4N6E B; 4KSK C; 2Z59 B; 4OVU A; 5IO9 A; 2L7R A; 1V1P A; 3JPZ A; 4JL9 A; 1WWT A; 1RFA A; 4ANW A; 5DPS A; 4DWF A; 1L6V A; 1I4Q A; 5E6J A; 1FM0 D; 1UUP A; 4N59 A; 3ETR A; 3QK0 A; 3TEY A; 2ICI A; 4K81 A; 1I0E A; 4BVU C; 3W9C B; 3VH3 B; 2GBJ A; 1RFK A; 2KJR A; 1FO4 A; 4XC2 A; 2BWF A; 1V97 A; 2WXP A; 3VDZ A; 5DCN A; 1ZW7 A; 4FJY A; 1N6Z A; 4WWM A; 2VH2 A; 3RUL A; 4HPM B; 3R2I A; 1TS3 A; 2UU7 A; 1TKG A; 2V4I B; 3L13 A; 3AEC B; 1QH4 A; 5T8I A; 3VUW A; 3WAN A; 1TT5 B; 5BYR A; 2JQR B; 3ECI A; 4BG4 B; 5BO4 B; 3SR6 A; 1V4G A; 3N32 A; 5FKA C; 1SE4 A; 2OJR A; 2IDY A; 2ZW0 A; 1G0W A; 2XEW A; 3QQ8 B; 2OJW A; 1ROE A; 2L05 A; 3ZRC A; 5GXG B; 1LXD A; 3ZUN A; 4HKQ A; 3MC9 A; 4C4V A; 3L16 A; 4AP4 C; 2GWC A; 2Z0E B; 4L1B A; 1P3Q U; 4HCP B; 2WX1 A; 3BVG A; 1FNV A; 2SAK A; 4JE3 B; 2PE6 B; 4I6P A; 4HLE A; 4MJS A; 3KH0 A; 2WQY B; 4K7W A; 1ZOY B; 2QDF A; 2PVO D; 5E6O A; 3U2S C; 2KQS A; 1FFV A; 3UIN B; 3ZW3 A; 3NS8 A; 4LNI A; 3SDL C; 1UGJ A; 3DBH B; 4MH8 A; 1RYJ A; 2JF5 A; 5J99 A; 2KXJ A; 4G3X B; 2IO3 B; 4RM8 A; 3BZD B; 1UGM A; 4M8N A; 4EZJ A; 1P1A A; 1YN3 A; 4GN1 A; 3Q3O C; 2WU5 B; 2ZPN A; 4DBG A; 2Z8L A; 4ZRJ A; 3T9L A; 1I4X A; 3WA0 A; 4F8C B; 1MFW A; 3AE9 B; 2BKF A; 2KC2 A; 3WAO A; 2K9X A; 3CIR B; 5C2T B; 4HRS A; 3ZVV A; 3ENE A; 4M0W A; 1V1P B; 3AEA B; 2C7M B; 1XF5 L; 4BKS D; 3NZS A; 4XGA B; 2WHI A; 1N61 A; 4PT5 A; 3H7P A; 2KWV B; 3PV1 A; 1FFU A; 4FAD A; 3JSV A; 1P50 A; 2KWC A; 1OEY J; 3QHT A; 1E0Z A; 3Q8C A; 2DLB A; 4ZHP A; 2M1M A; 3JU6 A; 1I42 A; 1HA5 A; 4ANU A; 2INP E; 3ZDT A; 1QOF A; 4IWQ A; 4DHZ E; 1K50 A; 1LM8 B; 1OQY A; 2V3P A; 2LXC A; 3QWZ B; 4LNN A; 3L2D A; 1YMH E; 1FMA D; 1F52 A; 4REZ A; 2KDM A; 1V1O A; 4NNJ B; 2RR9 A; 2N1V A; 3FIL A; 1VR9 A; 4WIP A; 3O65 B; 3PVL A; 1GNU A; 3SEB A; 3WIM A; 1WGG A; 3EFC A; 2ZCC A; 4C4V B; 1S3S G; 1D6E C; 4BBN F; 1V49 A; 2PE9 A; 1YN4 A; 2YLM A; 2DEN B; 4FLH A; 1HTO A; 2BB6 A; 2IGH A; 1PDX A; 4MJS B; 5H8Y E; 1V86 A; 2DX5 B; 4GSW A; 2WXQ A; 2J4X A; 4GW0 A; 1X1M A; 2NS5 A; 3AH7 A; 4K3B A; 1QK1 A; 4WQO B; 4LCD E; 1EF1 A; 4HRO A; 3RD2 A; 3W1S C; 4XDD A; 4IUM B; 4O1N A; 3DQV A; 1FIQ A; 3APD A; 1V81 A; 4JIO U; 3N9Y C; 4EKU A; 3PRP B; 1J7B A; 4NAM A; 3DCG A; 2RMM A; 5CHW A; 2HTH A; 1TBE A; 3Q69 A; 2GI9 A; 1GPX A; 1DGJ A; 5EDS A; 2RD0 A; 3AN1 A; 3MTN B; 4WJQ A; 4NJC A; 4LDT D; 2EEL A; 2BKR B; 3TEZ A; 3VH4 B; 2OED A; 2A5U A; 4HWI B; 2V3S A; 5KHQ A; 3ALB A; 1EUV B; 4M0W B; 3ABV B; 4MSQ B; 1M94 A; 4JQW C; 5JZE B; 3DBL I; 2KT7 A; 1TT4 A; 4HJK A; 3P4Q B; 1JRP A; 1GC7 A; 2NTS A; 4MGZ E; 1E10 A; 3HVZ A; 3H7P B; 2K0P A; 2KVR A; 2G4D B; 3L54 A; 3VQI A; 5G5H A; 2ZVO A; 3JSV B; 2WYQ A; 4MT5 A; 3L17 A; 1IGC A; 3W5U B; 3IG3 A; 2KKC A; 1STE A; 1P98 A; 4AJW A; 2VZK D; 3U7D A; 3IG5 A; 3UQA A; 1E9M A; 1N5W A; 4PS8 A; 4WAF A; 1R7S A; 1JQ4 A; 4OZB A; 1M15 A; 1ZKH A; 1JCK B; 3Q2A C; 5BYS A; 1K53 A; 1WH3 A; 4IWO A; 2KVZ A; 3B08 A; 3PHX B; 3EGR A; 5AZG A; 1CZP A; 3RUI B; 4IM3 A; 2AL6 A; 2WDV B; 4IDI A; 2V9H A; 4HXD A; 1KM7 A; 2WXO A; 2KLG A; 3FIL B; 2A4Z A; 1YIW A; 2MWS B; 1YX5 B; 2MSE D; 4CHK A; 1WZ0 A; 1FXA A; 4ZRQ A; 1DOX A; 2FUH B; 2GBK A; 2FBW B; 2D10 A; 4WWN A; 2HD5 B; 4J6I A; 4W9K A; 3ONS A; 4XYC A; 3LYY A; 5HHD G; 2D11 A; 3GZN I; 4S17 A; 2NR2 A; 1T0S C; 1XEE A; 1C1Y B; 2BYF A; 2KC1 A; 2AQ2 B; 3T3N A; 3WAP A; 2LJ5 A; 1ZE3 D; 2WP9 B; 3PPA A; 2K8H A; 4A6Q A; 2AQ3 B; 4WUR A; 3Q3J A; 5I4D A; 3P63 A; 4ZYN A; 3PT2 B; 3L10 B; 4EZL A; 4FA6 A; 2EMT A; 3AE7 B; 1IGD A; 1C4A A; 4LLG M; 2ZVN A; 3CST A; 1EWC A; 3PHW B; 3W5V B; 2MA9 B; 3DBS A; 3QCA A; 5IKC M; 1HE8 A; 1C77 A; 2JRI B; 3EA6 A; 2W3R A; 3JVZ X; 1YJJ A; 4AM1 A; 1D5M C; 4RF8 A; 2O6V D; 3GOE A; 4LJO B; 2XNA C; 4C7Y A; 2BS4 B; 2PKO A; 3ZIM A; 3UF8 A; 4OW0 A; 2ONQ A; 4A55 A; 3IFW B; 3OLM D; 1ZUD 2; 4ZRI A; 2NVU I; 2VRR B; 2EKE C; 1E7U A; 3P4S B; 2KWD A; 3ZQ4 A; 5J17 A; 1WF9 A; 2RPV A; 1WFY A; 2PW9 A; 2PJH A; 4LTU A; 2WXF A; 3ZNG C; 1WXM A; 2JYT A; 1QQR A; 2KDB A; 2YVC A; 2R2Q A; 3PSE B; 1C78 A; 3AE1 B; 5BMH A; 3B6R A; 2CU3 A; 2RSU A; 3TMP B; 4L23 A; 2RDB C; 1P7F A; 2QMT A; 3C0R B; 3I63 C; 1ZDX A; 4E71 A; 2L3Z A; 2RDG A; 3KUC B; 4B0E A; 3ZJU A; 2YEP F; 1L2N A; 3H1U A; 1H8C A; 1L7Y A; 2D07 B; 3M62 B; 3URY A; 1KOT A; 1WM2 A; 4C56 C; 2KJ6 A; 4AWJ A; 1ZXH A; 4P6V F; 4NAW A; 1QLB B; 1N5X A; 3IT4 B; 1E7V A; 1KJT A; 2KMA A; 3LVW A; 2UYZ B; 5MPO A; 1UF0 A; 2L8J A; 3KVF B; 2G4S A; 2K8C A; 1FNW A; 5KHO A; 1BUI C; 2LGI A; 2WU2 B; 1EU3 A; 4KV2 A; 3WCQ A; 2D3B A; 1PYW D; 3OG5 A; 4A20 A; 4M02 A; 2MP2 A; 2WDT B; 2AL3 A; 2HJ8 A; 1L5P A; 3TL5 A; 2JPH A; 1A5R A; 1LGR A; 1NYQ A; 1SB3 C; 2CHZ A; 4P16 A; 1L4Z B; 5CTR C; 1K51 A; 1T5X D; 3N3K B; 1KF6 B; 3AEG B; 3AE3 B; 1TS2 A; 2WNM A; 1K8R B; 1FRD A; 4RGM A; 3B9J A; 3ML8 A; 3QX1 A; 3P1M A; 3M63 B; 2KFK A; 1YNT E; 2V0G A; 1XCQ L; 1SJE D; 4FJZ A; 2INC C; 1VRA B; 2DZK A; 3A1Q A; 4QAY A; 1KTK A; 1I4P A; 2KN5 A; 2LVP A; 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