The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
443
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structure length |
426
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Chain Sequence |
MNRLQPVRLVSFVTTDLAGITRGRSLPLATLEEQLASGCGWVPANSSLTPQDLIDESSPWGSHGDLRLLPDPNSRVRVEQGPDAAAPALDYLHGNLVETDGTPWPACPRSLLRAEVERYRDSGLQVIAAFEHEFSLLGLPGERPAAAFSLQAQRAAGQFPGWLVSALAQAGTEPEMFLPEYGQRQYEVTCRPAQGVAAADRAVNVREVTREVARQMGLRTCFAPLPAPGAVTNGVHLHLSLQHADGSPLLYEPGRPNDLSELGEHWAAGVLAHLPALCALTAPTAASYLRLKPHHWSAAYACLGLRNREAALRICPVVSVGGKPLGKQYNLEFRPMDATTCPHLAMAAVLIAGRLGIERRLPLRRGIQALPATLGDALDCLQRDEALCAELPKPLLDTYLAMKRHELALTAGLSDDDLCRHYAELY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Activity of PA5508, a Hexameric Glutamine Synthetase Homologue.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| molecule keywords |
Probable glutamine synthetase
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| total genus |
123
|
| structure length |
426
|
| sequence length |
443
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| ec nomenclature |
ec
6.3.1.11: Glutamate--putrescine ligase. |
| pdb deposition date | 2012-10-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00120 | Gln-synt_C | Glutamine synthetase, catalytic domain |
| A | PF16952 | Gln-synt_N_2 | Glutamine synthetase N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Glutamine synthetase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Creatine Kinase; Chain A, domain 2 | Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1P52 A; 2D3A A; 1HTQ A; 1I0E A; 2UU7 A; 2WHI A; 2QC8 A; 3JPZ A; 3NG0 A; 2CRK A; 4GVZ A; 4RF8 A; 4BG4 B; 1LGR A; 4RF9 A; 2J1Q A; 3JQ3 A; 2WGS A; 4Z9M A; 3L2E B; 1QH4 A; 2OJW A; 1RL9 A; 3M10 A; 4HPP A; 3DRE A; 1U6R A; 4BAX A; 4GW2 A; 4LNN A; 4Q2R A; 4LNK A; 4AM1 A; 3FKY A; 4S17 A; 1BG0 A; 4LNO A; 4LNF A; 3ZXR A; 4RF7 A; 1F52 A; 3JU5 A; 2BVC A; 2LGS A; 4S0R A; 3ZXV A; 4ACF A; 1G0W A; 1M15 A; 1P50 A; 1QK1 A; 3B6R A; 4GW0 A; 4RF6 A; 4BG4 A; 1CRK A; 5J99 A; 4XYC A; 1HTO A; 4LNI A; 3L2E A; 1F1H A; 2D3B A; 3DRB A; 4BHL A; 1VRP A; 4GVY A; 2D3C A; 2GLS A; 5J9A A; 3L2D A; 1SD0 A; 3JU6 A; 1FPY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QAR A; 3AN1 A; 3U8Z A; 5E6N A; 2O2V A; 2DWQ A; 4JLC A; 2JY6 A; 1EM7 A; 3ZO5 B; 2ZPN A; 5I4D A; 1P50 A; 1SB3 C; 2BPS A; 2J0K A; 1Z5S B; 2FCS A; 2K3U A; 4YXD B; 5FK9 C; 3DPD A; 1YQ3 B; 4HLE A; 4KDL B; 4DHZ B; 4P1C C; 1B9R A; 2LRW A; 3M3J A; 2QCZ A; 3RZW C; 3HVD A; 1MG8 A; 3NY5 A; 1QZE A; 3W5U B; 3ZNI D; 3I3T B; 3AM9 A; 1Q1O A; 4DHJ D; 5AUK A; 2KDB A; 4RF7 A; 3Q3M C; 3VVW B; 1L4Z B; 1V1P B; 1JRP A; 3L2E A; 4KZ0 A; 1BUI C; 1UWM A; 3GP7 A; 4WH4 A; 2O6V D; 1I4G A; 2KTR B; 4B6W A; 2M0X A; 1I0E A; 2FUG 1; 1JWU D; 4IUM B; 2VZK B; 3VTW A; 1L5P A; 4B0E A; 4WJQ A; 1F0Z A; 1WX8 A; 2PPH A; 1FNW A; 5EE1 A; 4GLS C; 2BGF A; 3QJZ A; 1GAQ B; 1RYJ A; 3P42 A; 2NR2 A; 2KN4 A; 2JU6 X; 4AWJ A; 1T3Q A; 2ICI A; 2KWV B; 1XF5 L; 5CHW A; 4DDG D; 4IM3 A; 2X38 A; 3GS2 A; 5GXG B; 1WIA A; 3QIJ A; 4LNK A; 2ON8 A; 2C60 A; 2PVO D; 2DX5 B; 5IP4 D; 4M8N A; 1MHH E; 4OZB A; 1EUV B; 1MG4 A; 2G9H D; 3U52 E; 4FUL A; 3U4E G; 3BZD B; 3W5V B; 3EUB 2; 1ROE A; 2HJ1 A; 3IT6 B; 2KO3 A; 1IPG A; 1TZ1 A; 1KM7 A; 4IWO A; 3MHS D; 3KVF B; 4Q2R A; 3N20 C; 2MH7 A; 1NVI D; 1KTK A; 2N4F A; 1JWB D; 1VRA B; 1GG3 A; 2WXH A; 1WR1 A; 2MEK A; 5DPW A; 3KYC D; 1FRR A; 2KDE B; 2ACZ B; 2SAK A; 3BY4 B; 1V49 A; 3O13 A; 4K1R B; 1K50 A; 3ZKJ C; 3ZDT A; 4TMA B; 4P7I A; 1DOX A; 1E8W A; 3AMZ A; 1OGW A; 4MJS B; 3FAH A; 4C56 C; 1QOA A; 2YEP F; 3CMM B; 3IHP C; 2M8S A; 3AE6 B; 3SDL C; 1ZDV A; 4LJP B; 2UYZ B; 2N7D A; 4G3X B; 4ZRP A; 1JCK B; 1IBX A; 3GE3 C; 2WDV B; 3OLM D; 2MJE A; 1TS2 A; 1CJE A; 3TL5 A; 2K8C A; 2KVR A; 4LLG M; 4A20 A; 2IZV B; 1IGD A; 4XWT A; 4RF8 A; 2D3G A; 2PE9 A; 1TGZ B; 3L13 A; 3JQ3 A; 5TR5 A; 4KZC A; 2LHE A; 3AE4 B; 1AAR A; 3PZD A; 2LVO A; 4DXG A; 2D33 A; 2KDF B; 1D4B A; 3HUI A; 4EZL A; 4NAW A; 3QK0 A; 2LWP A; 4DK5 A; 3BK1 A; 4AJY B; 2GBR A; 1KH0 A; 4YTP B; 1N60 A; 3PRP B; 2Y5B B; 2BS3 B; 4C4V A; 1JML A; 2MP2 A; 3L10 B; 2NCN A; 3UIN B; 1E5W A; 3W2D A; 4N59 A; 1YN4 A; 1M94 A; 2EEL A; 1QK1 A; 3VRA B; 1AYF A; 1HZ6 A; 3MJW A; 1Z2M A; 1V6E A; 3IG3 A; 4MT5 A; 3DVG Y; 2D2Q A; 2PEA A; 3WIM A; 3ZRC A; 4L2Y A; 3B08 A; 4ANU A; 1KFY B; 2BF8 B; 3LN6 A; 3ZTC A; 1WI0 A; 5DPR A; 2FIF A; 4MDK E; 2GMI C; 1QH4 A; 2V3S A; 1E8X A; 2CS4 A; 4WAA A; 1FFV A; 1E0Z A; 4ZOH C; 1P3Q U; 1G0W A; 2INP E; 4XDC A; 1UZX B; 4LDT B; 3RPF C; 3LXF A; 5EE3 A; 5JZE B; 2IO2 B; 2WXJ A; 1JWM D; 2QSD A; 4TQ1 A; 2L0T A; 4A3O A; 4J6I A; 4BG4 B; 3K9O B; 2WDQ B; 2ZVO A; 2B76 B; 2XK5 B; 4LK0 M; 3UF8 A; 3UQA A; 1WM3 A; 2M1M A; 4H2A A; 2IY0 B; 3EA6 A; 2JF5 A; 3L17 A; 1DOI A; 1SXT A; 5KHO A; 2IGG A; 4M8M A; 2RGF A; 1E10 A; 3A1Q B; 3WAP A; 4IWP A; 2FCQ A; 3QWZ B; 3ZNZ B; 2L76 A; 2ZZP B; 2PKO A; 2KVZ A; 2KWD A; 1GPX A; 2KQS A; 2WP9 B; 1M4V A; 1WSP A; 2D07 B; 3Q14 C; 1YQB A; 3IFW B; 1H8C A; 2D3B A; 2IGD A; 2D3C A; 3RNA C; 2INC C; 1N63 A; 3E56 A; 3Q6B A; 2LVQ A; 1P7E A; 1WRD B; 1WMH A; 3AEC B; 3PHW B; 2WU5 B; 4YT0 B; 5FR3 A; 2D32 A; 3VUY A; 1YOV B; 4I6N B; 1IGC A; 3SFE B; 2RR9 A; 3AV8 A; 3IT4 B; 4USA A; 2L1A A; 2LVP A; 4TSS A; 3QAQ A; 2BKR B; 2N1W A; 1UWX A; 4TQ0 A; 4TV3 A; 3T9L A; 1RL9 A; 3LYY A; 2E6X A; 2GBJ A; 3QCA A; 1FRD A; 3HRD D; 1V81 A; 1TT5 B; 4EFO A; 1FNU A; 1BG0 A; 2N7J A; 4HPM B; 2QIE B; 1GC7 A; 1ESF A; 1TT4 A; 2BT6 A; 1E8Z A; 1E90 A; 2JRI B; 4FJZ A; 3LVW A; 1UBQ A; 2KFK B; 4WJP A; 4YTN B; 4RGO S; 1QOG A; 4O1N A; 4M02 A; 4A90 A; 3FC4 A; 4ITK A; 3NVZ A; 4RM8 A; 1FXI A; 4UDU C; 2IO0 B; 2MX2 A; 1N6Z A; 3U2S C; 2KC2 A; 4ANV A; 4GMV A; 5AZH A; 2KWU B; 3V05 A; 1FCC C; 4ZYN A; 1WGK A; 1NI2 A; 2W55 A; 3IG5 A; 5L83 A; 2YVC A; 1C76 A; 1VRP A; 3VR8 B; 1WJ4 A; 1QF6 A; 5CHF A; 3NZT A; 1TS3 A; 3ZNG C; 2L0F A; 2KX3 A; 1RFK A; 2C7N B; 4BKG A; 2DZK A; 1YX5 B; 5BYR A; 1WXA A; 3TUO A; 3Q8B A; 4RH6 A; 3GB1 A; 3D32 A; 4KGR A; 2B3A A; 2O6V B; 5BMG A; 3R3M A; 4NQK E; 4HVB A; 4NQL B; 2NBU A; 4PK1 A; 3BYY B; 4GVZ A; 5HI1 A; 1N61 A; 1Y56 A; 1C78 A; 2MBQ A; 2OOB B; 3ZJV A; 3EC8 A; 4YTM B; 1F9J A; 4HXD A; 4ICU A; 4D2K A; 3TSS A; 1XLO A; 1EWY C; 1UEL A; 1YQ4 B; 1HA5 A; 2KNB A; 3MC9 A; 3W1Y A; 4CYE A; 3EEC A; 1MFW A; 4JPS A; 4FA6 A; 2UU7 A; 4LCD E; 3A9K B; 4ZRJ A; 4WJO A; 3IVF A; 3AUL A; 1ZGU B; 3AE2 B; 3AU4 A; 2AQ2 B; 1ISN A; 3ABV B; 1OEY A; 1R8G A; 2PW9 A; 2LEK A; 2MJ3 A; 2DAJ A; 4DHZ E; 1WXQ A; 3DBH I; 1KLU D; 3KWL A; 2VH1 A; 3QC8 B; 2VRR B; 3ZVV A; 1V4G A; 3H1U A; 3H7S A; 4KDI C; 1WXV A; 5JHA A; 1R4M I; 1N5W A; 2DZM A; 3R8B A; 1D3Z A; 3Q8A A; 1GUA B; 2LAS A; 4FJV B; 1BML C; 5IOI A; 4BKT A; 4DBG A; 2N9K A; 1TY0 A; 3R2I A; 2BYT A; 3DWM A; 2M19 A; 2Z0E B; 3V6C B; 4I6L B; 2WYQ A; 2ZVN A; 3PGE A; 2XN9 C; 1LQB A; 1YJJ A; 4EOY A; 4LNF A; 3AB5 A; 3FIL B; 2V4I B; 3TEY A; 3H6N A; 1C1Y B; 2RDG A; 2W3R A; 2IDY A; 2WQY B; 1ZXI A; 1YNT E; 4BVU C; 3PHX B; 3SHQ A; 1CZP A; 1SJE D; 2IND C; 4MAC A; 4A55 A; 1J19 A; 1JWS D; 4II2 B; 4RGT A; 3JYU A; 5CX3 A; 2KLC A; 3PZ7 A; 3DBR I; 2QJL A; 2O2V B; 3ZYY X; 4E71 A; 2OJR A; 4ZHP A; 1V8C A; 1ZDX A; 2JRH A; 1QQR A; 1V1O A; 1SSN A; 1L4D B; 3TIX A; 3DRE A; 4QAY A; 2C7H A; 3A33 B; 3VH3 B; 3NHE B; 1L6U A; 3DVN U; 2DLB A; 2QMT A; 5BYQ A; 4KKI A; 3PV1 A; 3ONS A; 4B0M A; 2KYW A; 1PGX A; 5CTR C; 3HM3 A; 5J9A A; 3AE1 B; 4OVV A; 2G3Q B; 3PLU A; 2IPK D; 3L2E B; 4HKZ E; 2INN E; 2KKC A; 1N5X A; 3WAN A; 3MTN B; 1T0R C; 1UF0 A; 2LZ6 A; 2JZZ A; 1VDV A; 2N9P C; 4ASW C; 2PE6 B; 1Q5W B; 1TIF A; 2XNA C; 1V5T A; 2L8J A; 3Q69 A; 1PYW D; 2KXJ A; 2ZW1 A; 3SR6 A; 4AJW A; 1ZE3 D; 3PVL A; 4JX1 C; 1IUE A; 1PGA A; 2WXR A; 2N9L A; 3NZ3 A; 2W9N A; 4KX6 B; 1SBB B; 3R66 C; 2REX A; 2DAF A; 3RMK C; 4M0W A; 2VH2 A; 3AE8 B; 1YN5 A; 2K6Q A; 2MBH A; 3V3X A; 3TJP A; 1NYQ A; 2BW2 A; 1XCT L; 3ML9 A; 3B1L X; 2V4L A; 4JGH B; 4KVG B; 3DCG A; 3VDZ A; 1FXA A; 3GZN I; 4ANW A; 2W54 A; 1Q10 A; 2RPQ A; 5C1Z A; 1MJD A; 1WJN A; 3WCQ A; 1FXT B; 3WAM A; 1NI3 A; 2IY1 B; 4RF6 A; 1XQQ A; 2PLP A; 3KW5 B; 4MGK E; 2JYT A; 1IP9 A; 3DBL I; 2LUM A; 4P6V F; 2LXC A; 1K53 A; 1TBE A; 2AL6 A; 4HPP A; 2K9X A; 4REZ A; 2MCN B; 4MH0 E; 1CRK A; 1MI0 A; 4BFR A; 4JWS C; 2KLG A; 2WWZ A; 1H4R A; 1RAX A; 2C9W B; 1S1Q B; 3HHM A; 5AZG A; 2MRP A; 3T3O A; 4WQM A; 2K8B A; 4HKQ A; 3LJ3 A; 3J9C A; 1IBX B; 1HZ5 A; 2JQR B; 2WXO A; 1HEZ E; 1RM6 C; 3Q2A C; 4XZ4 A; 3FKY A; 3OAW A; 1SGH A; 2IGH A; 3LB8 C; 1J0G A; 3JU5 A; 2BVC A; 2K8H A; 1NEK B; 1ZOY B; 2SEB D; 4ZDV A; 4K7S A; 4HDQ A; 1EF5 A; 2DZI A; 4C00 A; 3AEA B; 2JSV X; 3I63 C; 4N6E B; 2FUH B; 3NS8 A; 4NAW B; 2WGS A; 4GIV A; 3TBL D; 4LNO A; 4B9K A; 4ZRQ A; 3KQ4 A; 4C4V B; 3JSV A; 2L83 A; 2MWS B; 2MP2 B; 1KOT A; 3RNB C; 2YLM A; 2WXK A; 4OZA A; 2KMM A; 1C9F A; 4M01 A; 3KLS X; 4JL9 A; 3AEG B; 1N62 A; 3C0R B; 2N9E B; 3QA8 A; 5DPT A; 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