The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
106
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sequence length |
353
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structure length |
344
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Chain Sequence |
RSYKNLNLVRANIETESRQFIENKNYSIQSIGPMPGSRAGLRVVFTRPGVNLATVDIFYNGDGSTTIQYLTGANRSLGQELADHLFETINPAEFEQVNMVLQGFVETSVLPVLELSADESHIEFREHSRNAHTVVWKIISTSYQDELTVSLHITTGKLQIQGRPLSCYRVFTFNLAALLDLQGLEKVLIRQEDGKANIVQQEVARTYLQTVMADAYPHLHVTAEKLLVSGLCVKLAAPDLPDYCMLLYPELRTIEGVLKSKMSGLGMPVQQPAGFGTYFDKPAAHYILKPQFAATLRPEQINIISTAYTFFNVERHSLFHMESDMARLMGKATRAWGIIKDLYI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-function studies of Escherichia coli RnlA reveal a novel toxin structure involved in bacteriophage resistance.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TOXIN RNLA
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| molecule tags |
Toxin
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| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
106
|
| structure length |
344
|
| sequence length |
353
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-12-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF15935 | RnlA_toxin | RNase LS, bacterial toxin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | TATA-Binding Protein | TATA-Binding Protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4I8O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LJ5 A; 1YUI A; 4RNA A; 3F6H A; 4X65 E; 4BHC A; 5EPC A; 2L6M A; 1P5G X; 5LL6 R; 2DAE A; 1OFH A; 2LE2 A; 4LF8 M; 4DV2 E; 5KL0 A; 2LHG A; 3D8B A; 4Q28 A; 2X49 A; 3GPY A; 2R62 A; 3U6P A; 2EM7 A; 2EMY A; 3QG5 C; 4DUZ M; 3E21 A; 3HXL A; 2I7P A; 3FKE A; 1R4X A; 2CV2 A; 2YTO A; 3MSW A; 3C4B A; 2QP9 X; 3LQR A; 3EPJ A; 3B9P A; 1IBK M; 1XXH E; 1Q02 A; 4DR6 M; 2QCU A; 4X66 E; 1DGB A; 1HNZ M; 3A46 A; 4JI7 M; 3VYY A; 2DMY A; 1N33 E; 1TH4 A; 2I9I A; 3HTX A; 1PZD A; 1V5S A; 3FUW A; 5LMU E; 1F4I A; 3B7N A; 4M9X A; 2HC5 A; 2XF3 A; 3FIG A; 1VEJ A; 2BNK A; 2YT4 A; 3H4M A; 3K1J A; 1IN8 A; 4ITQ A; 3LVW A; 3HS8 A; 4JYA M; 1ZMW A; 2EHB D; 2J7N A; 4P16 A; 3J80 S; 4AG6 A; 1A1H A; 2D7H A; 1J5E M; 2EOX A; 4LRS A; 2KZS A; 4F9C B; 3UW2 A; 1IXS A; 3FTC A; 4JI2 M; 2VE7 C; 2I13 A; 2YZT A; 2KA6 B; 1L2D A; 2RTX A; 4MGY E; 4LFB M; 1JR3 A; 1A1J A; 3ZC7 B; 4DR7 M; 2UXB E; 3QWL A; 2VQE M; 4Q7J A; 4B7H A; 2L3J A; 4ZPX A; 5EJC A; 2RGO A; 4IBD A; 4GHL A; 2UXC M; 4B3T M; 3ZH9 B; 3EAY A; 4JV5 M; 3EIH A; 2Q8U A; 1IBM E; 1NH2 A; 4O43 A; 4R3D A; 4DR3 E; 1GO5 A; 1PJQ A; 3B7Q A; 2EQ3 A; 4DV4 E; 2M5Z A; 1E32 A; 3CF0 A; 3OLP A; 2RKO A; 5ADZ A; 3VDU A; 1N32 E; 1J09 A; 2JHN A; 2IV9 A; 2VRD A; 4FWG A; 2WBU A; 3KXE C; 3FE3 A; 2LVA A; 3RE8 A; 4L6V 6; 3RPJ A; 2CV1 A; 3GRV A; 2WSE F; 2ZAM A; 5DNY A; 3C04 A; 2EOQ A; 2CUZ A; 3IH7 A; 3I4V A; 1JB0 F; 4CIS A; 1YQK A; 1NV8 A; 2LJH A; 3IWB A; 2FS1 A; 4BB9 A; 2EOF A; 3TPZ A; 2B9D A; 1UL7 A; 4XK8 F; 1YSY A; 4YY3 M; 2BWB A; 4PDG A; 3HKP A; 3MJ5 A; 1YPN A; 2LTS A; 1HT2 E; 1X6F A; 1QNE A; 2JOB A; 3GLF A; 3TE5 A; 4L5N C; 2JR1 A; 4PT5 A; 2OQ4 A; 1FJG E; 1TGU A; 4D7Q A; 2EOI A; 4EJZ A; 2KRU A; 5A2Q S; 3JAM S; 2CT1 A; 4NZV A; 1L1Z A; 3MHH C; 2EN7 A; 5IXM B; 2EJS A; 2E1M A; 3FUV A; 3KOX E; 2V85 A; 4LF6 E; 4LY6 A; 4NL4 H; 1R5L A; 2ADR A; 4LF9 M; 3FTF A; 3KS4 A; 1IY1 A; 1QZM A; 2I7N A; 2V1C A; 1ZAA C; 4G4N A; 1N78 A; 2XFT A; 1KY7 A; 1XNQ E; 5FLX S; 2EOY A; 1CUK A; 4I81 A; 1GL6 A; 2KXE A; 2EP3 A; 2EPN A; 1FKA E; 1QUT A; 1PJJ A; 3JR5 A; 2KNV A; 3GPX A; 3SYK A; 1M3H A; 2V8Q B; 2F5Q A; 2EKK A; 3BBZ A; 3KZZ A; 2EMI A; 2ZTC A; 1WJW A; 1OJL A; 2C98 A; 1T4O A; 3LVV A; 1K35 A; 1JQJ C; 1HNW M; 4DR2 M; 1A1G A; 2DVW B; 2CWB A; 4MM3 B; 1PM5 A; 1LV7 A; 2HKP A; 2L4E A; 4NRV A; 5FTJ A; 2N8X A; 2LUP B; 1XMO E; 4Z6Y A; 1EIJ A; 1LLM C; 4DV7 E; 3VDP A; 3PXG A; 2R18 A; 2G30 A; 3L2A A; 3AV0 A; 4OVZ B; 3GRR A; 1DO2 A; 5EXP A; 1N3G A; 2BB8 A; 3THN A; 2DWM A; 4JI1 M; 4JI5 M; 2N3H A; 2K7I A; 4K0K M; 2APL A; 2A5Y B; 2O01 F; 5ITX A; 5KO3 A; 5A6J A; 2E5L E; 1M3Q A; 1J3M A; 3SAS A; 3RSM A; 5KL4 A; 2EPZ A; 3C6K A; 1GKI A; 3BXW A; 3GRY A; 2LNH C; 3HJQ A; 3OC3 C; 2EMZ A; 3PNV A; 4G6Z A; 2LBS B; 5A6A A; 2FGT A; 4WXD A; 3GRU A; 3PNY A; 5C1B A; 4NXN E; 4CGY B; 3AL0 C; 3CGW A; 1PRB A; 2OOX A; 4R8O A; 1WHN A; 3K2L A; 2X4A A; 1C9B B; 1RMD A; 4LF5 E; 1T6A A; 4CJ6 A; 2JY7 A; 3GP1 A; 2NLV A; 2BBG A; 1OIP A; 5F3W A; 3DJW A; 3KOZ E; 4RF1 A; 2JY6 B; 2DWL A; 5IYB P; 2CFO A; 1K3X A; 1HQY E; 4LFA E; 2HHH M; 2RRU A; 2OOA A; 4RH8 A; 4P78 A; 2JA2 A; 1QNC A; 2KDL A; 3QYE A; 5ITR A; 5AC4 A; 3FUX A; 2M60 A; 2Q2E B; 1D0L A; 1UM8 A; 3U5Z B; 1KFV A; 1DI2 A; 4D7R A; 2DXI A; 3I51 A; 4LJ7 A; 3TE6 A; 1XMQ M; 4X62 M; 3FYD A; 2EPM X; 5KL6 A; 1EUV A; 3AUZ A; 3BF2 A; 1W80 A; 1PKP A; 2KEB A; 2GPI A; 2MDG A; 2BJW A; 3BBG A; 2R65 A; 4DV1 E; 4AKI A; 4G3O A; 2RSI A; 3HPZ A; 4FW9 A; 2LCE A; 3VYX A; 3GQ5 A; 2F4V E; 2H1R A; 3RGS A; 4YHH M; 2EOE A; 4GKK E; 1KY6 A; 1AIS A; 5JI3 E; 3GLF E; 3DPT A; 3I04 M; 1BBO A; 1YTF A; 1IXS B; 1IBL E; 1V34 A; 3U6O A; 1FNN A; 2L09 A; 3U6S A; 1G3I A; 2MJ7 A; 1KYU A; 4HLQ A; 2L33 A; 2EPU A; 1KFI A; 2KRK A; 4JI8 M; 2MRO B; 2LJU A; 1QDT A; 4X8W A; 2LH0 A; 4LF8 E; 5AE2 A; 1A1I A; 1WGL A; 3J7A G; 1L2B A; 3JTZ A; 4G4R A; 3H09 A; 2MJ5 B; 2IHR 1; 1O0W A; 2JPI A; 4DUZ E; 4MB7 A; 3ADJ A; 1J26 A; 2JP7 A; 2RS7 A; 3U60 B; 4ROE B; 3A45 A; 1P47 A; 2CRU A; 2Z8U A; 2MDR A; 3V76 A; 1WGN A; 1AAY A; 2JZ1 A; 2HZM A; 1I4W A; 2FV4 B; 2V92 A; 3U61 B; 3VFD A; 2F5S A; 3UK3 C; 2JY8 A; 1NVP A; 1UT4 A; 1ZR9 A; 3KOY E; 1HNZ E; 1QN5 A; 4R2D A; 4JI7 E; 1X37 A; 1EFU B; 1AUA A; 2Z0F A; 3SMS A; 5KPT A; 5KPR A; 3GLI E; 4D81 A; 4GZN C; 2E72 A; 5BMN A; 2UXD E; 4JI3 E; 2R6F A; 2V88 A; 4DMI A; 1E9R A; 3OCI A; 2Z7J A; 4BJU A; 4JYA E; 2Z8Y M; 2QR1 A; 5AAS A; 4A3V B; 2NVM A; 3DOA A; 2ZAO A; 2UU9 E; 1J5E E; 4JI4 M; 2LVP C; 2EN2 A; 3NA5 A; 2JNH A; 1AIP C; 2LVQ D; 3HGI A; 1EKZ A; 4DR7 E; 2EN3 A; 2VQE E; 3SC3 A; 2YWQ A; 1DGG A; 2H4L X; 2L8T A; 1YTB A; 1TF3 A; 2EPC A; 2L3C A; 4B7G A; 1ORY B; 3IHP A; 4B3T E; 2HL7 A; 3M99 B; 1DGF A; 5L8R F; 3KTU A; 4GC5 A; 5LMN M; 2YRK A; 2LHC A; 3ASM A; 2ZM6 M; 3CF2 A; 2ZFD B; 2LTR A; 2EOS A; 5E26 A; 2CHV A; 2EMA A; 2NOI A; 1Q3B A; 2O5R A; 4Y28 F; 4JI0 E; 1TUO A; 1DQ3 A; 4WPY A; 4ZYD A; 2LBC A; 4KZS A; 2NOH A; 1NJF A; 2QRE A; 2J7O A; 4MLQ A; 4LFC M; 4LGY A; 4MGK E; 2UUC E; 4EAL A; 1GQE A; 1QTP A; 4LRT A; 3C58 A; 1VTL E; 3BKQ X; 1PJT A; 4NXM M; 3VKH A; 5BR8 E; 4M9Z A; 2YH5 A; 4L8N A; 4YY3 E; 1LTM A; 4IBG A; 5F9C A; 3SYL A; 1QQW A; 2EMX A; 1HT1 E; 2YTN A; 2HL8 A; 5BPV A; 4HEO A; 1UN6 B; 2DIX A; 1QAQ A; 1YYW A; 3E4R A; 3TQM A; 1WXQ A; 3KP1 E; 1HQC A; 3N89 A; 1XNR E; 2R5X A; 1ZBQ A; 1SG9 A; 4Q35 B; 3D4V A; 4OX9 M; 1QN4 A; 5EQT A; 3OSM A; 3T1Y E; 3CWU A; 4LF4 M; 1AH5 A; 5FTM A; 4FK5 C; 2YPN A; 5HSH A; 3CWT A; 5FSW A; 1T4L B; 3HHW A; 2EN4 A; 2L2N A; 3A42 A; 1GVN A; 4R2C A; 4WSP A; 2YU5 A; 1Z1B A; 3RFW A; 1T43 A; 2H36 X; 3K92 A; 1HNW E; 1LWV A; 2I5W A; 4MLV A; 4XBO A; 1X5W A; 2EPA A; 2HCB A; 2VF7 A; 3OTO M; 2B3T B; 1TF6 A; 4KWY A; 2NOB A; 5KQD A; 2M1S A; 3CWA A; 4W5W A; 2D7E A; 3KRM A; 2DEN A; 4D82 A; 3U6L A; 1GTK A; 1YFH A; 3H1Z A; 4IL8 A; 2FE8 A; 3EIK A; 5DFL A; 4LG2 A; 2ERC A; 1G2F C; 2MZ8 A; 4FWH A; 3C6M A; 1NGM A; 3T15 A; 2V1U A; 4JI1 E; 4K0K E; 2QQ8 A; 4B3S E; 5KL2 A; 2QHO B; 1G4A E; 3K8Z A; 1PJS A; 3CWS A; 3PVS A; 3W68 A; 1YQL A; 3OH9 A; 3H4J A; 4M0D A; 3KWR A; 2QPA A; 3IEC A; 4NRW A; 2KHX A; 3LMM A; 1IY0 A; 1IN5 A; 3DA1 A; 1EH7 A; 2EN6 A; 1T39 A; 2NWV A; 2NOL A; 5C18 A; 4GKJ M; 3HU3 A; 4IIW A; 1NVM A; 1E9S A; 2UUB E; 3I0W A; 1XXH B; 4EAK A; 5AE1 A; 3K9O A; 2XZU A; 3IWC A; 3ADG A; 1VG5 A; 3VHT B; 5IWA M; 3KSX A; 2XHI A; 4QNM A; 4P7D A; 1VDL A; 1Y8G A; 1TBP A; 4M0W A; 5FTK A; 3SBJ A; 1DGH B; 2HHH E; 1UFZ A; 2V87 A; 2EMC A; 3KVW A; 2XGN A; 1OAI A; 2LT7 A; 2YU8 A; 1ZMU A; 1EH6 A; 2OPF A; 1SR9 A; 1R2Y A; 1X47 A; 4O5G A; 1TH2 A; 3HY5 A; 4JN6 A; 3U6Q A; 3HX3 A; 1IY2 A; 1IM2 A; 4GRI A; 1K82 A; 1E94 E; 4LJ9 A; 2JY5 A; 3WHL A; 1Z5C A; 3OSE A; 1BBG A; 3ADI A; 3GQ4 A; 2MR9 A; 3U6M A; 3GPU A; 2EPX A; 4OW0 A; 4X65 M; 4LF7 M; 3GLH E; 3F6G A; 1HR0 E; 2FKF A; 1RM1 A; 2BWE A; 2QRC A; 2C9C A; 2M9A A; 3SNS A; 3I4Y A; 1J7K A; 2EMF A; 2D7G A; 5IZ7 D; 4P17 A; 4YHH E; 3F0Z A; 1L1T A; 3J81 S; 4LJ4 A; 2NQ8 C; 3ZQJ A; 4BCA A; 2EZ6 A; 1X3C A; 2YTF A; 1DO0 A; 1G59 A; 3RMP A; 4X66 M; 2JOI A; 5JN5 A; 3LLH A; 2CHG A; 4GEW A; 1W5S A; 4JI8 E; 1YE9 A; 5EP2 A; 2N3G A; 1Z59 A; 2Y20 A; 1VEK A; 3B74 A; 3LCV B; 3GLI A; 1WHC A; 4QOS A; 4F2L A; 2L2M A; 1ZBT A; 4IJD A; 3T1H M; 2LVN C; 2KNA A; 1I94 E; 1PCZ A; 1Q3C A; 4EAI A; 1L4S A; 4N4R B; 3VN5 A; 3T6P A; 3SAR A; 2DHR A; 3ZOQ B; 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